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'Escherichia coli BL21(DE3)' 469008 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? # loop_ _pdbx_entity_src_syn.entity_id _pdbx_entity_src_syn.pdbx_src_id _pdbx_entity_src_syn.pdbx_alt_source_flag _pdbx_entity_src_syn.pdbx_beg_seq_num _pdbx_entity_src_syn.pdbx_end_seq_num _pdbx_entity_src_syn.organism_scientific _pdbx_entity_src_syn.organism_common_name _pdbx_entity_src_syn.ncbi_taxonomy_id _pdbx_entity_src_syn.details 5 1 sample 1 295 'Escherichia coli K-12' ? 83333 ? 6 1 sample 1 122 'Escherichia coli' ? 562 ? 7 1 sample 1 295 'Escherichia coli K-12' ? 83333 ? # loop_ _chem_comp.id _chem_comp.type _chem_comp.mon_nstd_flag _chem_comp.name _chem_comp.pdbx_synonyms _chem_comp.formula _chem_comp.formula_weight A 'RNA linking' y "ADENOSINE-5'-MONOPHOSPHATE" ? 'C10 H14 N5 O7 P' 347.221 ALA 'L-peptide linking' y ALANINE ? 'C3 H7 N O2' 89.093 ARG 'L-peptide linking' y ARGININE ? 'C6 H15 N4 O2 1' 175.209 ASN 'L-peptide linking' y ASPARAGINE ? 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K N N 9 ? # loop_ _struct_ref.id _struct_ref.db_name _struct_ref.db_code _struct_ref.pdbx_db_accession _struct_ref.pdbx_db_isoform _struct_ref.entity_id _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code _struct_ref.pdbx_align_begin 1 UNP RPOA_ECOLI P0A7Z4 ? 1 ;MQGSVTEFLKPRLVDIEQVSSTHAKVTLEPLERGFGHTLGNALRRILLSSMPGCAVTEVEIDGVLHEYSTKEGVQEDILE ILLNLKGLAVRVQGKDEVILTLNKSGIGPVTAADITHDGDVEIVKPQHVICHLTDENASISMRIKVQRGRGYVPASTRIH SEEDERPIGRLLVDACYSPVERIAYNVEAARVEQRTDLDKLVIEMETNGTIDPEEAIRRAATILAEQLEAFVDLRDVRQP EVKEEKPEFDPILLRPVDDLELTVRSANCLKAEAIHYIGDLVQRTEVELLKTPNLGKKSLTEIKDVLASRGLSLGMRLEN WPPASIADE ; 1 2 UNP RPOB_ECOLI P0A8V2 ? 2 ;MVYSYTEKKRIRKDFGKRPQVLDVPYLLSIQLDSFQKFIEQDPEGQYGLEAAFRSVFPIQSYSGNSELQYVSYRLGEPVF DVQECQIRGVTYSAPLRVKLRLVIYEREAPEGTVKDIKEQEVYMGEIPLMTDNGTFVINGTERVIVSQLHRSPGVFFDSD KGKTHSSGKVLYNARIIPYRGSWLDFEFDPKDNLFVRIDRRRKLPATIILRALNYTTEQILDLFFEKVIFEIRDNKLQME LVPERLRGETASFDIEANGKVYVEKGRRITARHIRQLEKDDVKLIEVPVEYIAGKVVAKDYIDESTGELICAANMELSLD LLAKLSQSGHKRIETLFTNDLDHGPYISETLRVDPTNDRLSALVEIYRMMRPGEPPTREAAESLFENLFFSEDRYDLSAV GRMKFNRSLLREEIEGSGILSKDDIIDVMKKLIDIRNGKGEVDDIDHLGNRRIRSVGEMAENQFRVGLVRVERAVKERLS LGDLDTLMPQDMINAKPISAAVKEFFGSSQLSQFMDQNNPLSEITHKRRISALGPGGLTRERAGFEVRDVHPTHYGRVCP IETPEGPNIGLINSLSVYAQTNEYGFLETPYRKVTDGVVTDEIHYLSAIEEGNYVIAQANSNLDEEGHFVEDLVTCRSKG ESSLFSRDQVDYMDVSTQQVVSVGASLIPFLEHDDANRALMGANMQRQAVPTLRADKPLVGTGMERAVAVDSGVTAVAKR GGVVQYVDASRIVIKVNEDEMYPGEAGIDIYNLTKYTRSNQNTCINQMPCVSLGEPVERGDVLADGPSTDLGELALGQNM RVAFMPWNGYNFEDSILVSERVVQEDRFTTIHIQELACVSRDTKLGPEEITADIPNVGEAALSKLDESGIVYIGAEVTGG DILVGKVTPKGETQLTPEEKLLRAIFGEKASDVKDSSLRVPNGVSGTVIDVQVFTRDGVEKDKRALEIEEMQLKQAKKDL SEELQILEAGLFSRIRAVLVAGGVEAEKLDKLPRDRWLELGLTDEEKQNQLEQLAEQYDELKHEFEKKLEAKRRKITQGD DLAPGVLKIVKVYLAVKRRIQPGDKMAGRHGNKGVISKINPIEDMPYDENGTPVDIVLNPLGVPSRMNIGQILETHLGMA AKGIGDKINAMLKQQQEVAKLREFIQRAYDLGADVRQKVDLSTFSDEEVMRLAENLRKGMPIATPVFDGAKEAEIKELLK LGDLPTSGQIRLYDGRTGEQFERPVTVGYMYMLKLNHLVDDKMHARSTGSYSLVTQQPLGGKAQFGGQRFGEMEVWALEA YGAAYTLQEMLTVKSDDVNGRTKMYKNIVDGNHQMEPGMPESFNVLLKEIRSLGINIELEDE ; 1 3 UNP C3SIA2_ECOLX C3SIA2 ? 3 ;MKDLLKFLKAQTKTEEFDAIKIALASPDMIRSWSFGEVKKPETINYRTFKPERDGLFCARIFGPVKDYECLCGKYKRLKH RGVICEKCGVEVTQTKVRRERMGHIELASPTAHIWFLKSLPSRIGLLLDMPLRDIERVLYFESYVVIEGGMTNLERQQIL TEEQYLDALEEFGDEFDAKMGAEAIQALLKSMDLEQECEQLREELNETNSETKRKKLTKRIKLLEAFVQSGNKPEWMILT VLPVLPPDLRPLVPLDGGRFATSDLNDLYRRVINRNNRLKRLLDLAAPDIIVRNEKRMLQEAVDALLDNGRRGRAITGSN KRPLKSLADMIKGKQGRFRQNLLGKRVDYSGRSVITVGPYLRLHQCGLPKKMALELFKPFIYGKLELRGLATTIKAAKKM VEREEAVVWDILDEVIREHPVLLNRAPTLHRLGIQAFEPVLIEGKAIQLHPLVCAAYNADFDGDQMAVHVPLTLEAQLEA RALMMSTNNILSPANGEPIIVPSQDVVLGLYYMTRDCVNAKGEGMVLTGPKEAERLYRSGLASLHARVKVRITEYEKDAN GELVAKTSLKDTTVGRAILWMIVPKGLPYSIVNQALGKKAISKMLNTCYRILGLKPTVIFADQIMYTGFAYAARSGASVG IDDMVIPEKKHEIISEAEAEVAEIQEQFQSGLVTAGERYNKVIDIWAAANDRVSKAMMDNLQTETVINRDGQEEKQVSFN SIYMMADSGARGSAAQIRQLAGMRGLMAKPDGSIIETPITANFREGLNVLQYFISTHGARKGLADTALKTANSGYLTRRL VDVAQDLVVTEDDCGTHEGIMMTPVIEGGDVKEPLRDRVLGRVTAEDVLKPGTADILVPRNTLLHEQWCDLLEENSVDAV KVRSVVSCDTDFGVCAHCYGRDLARGHIINKGEAIGVIAAQSIGEPGTQLTMRTFHIGGAASRAAAESSIQVKNKGSIKL SNVKSVVNSSGKLVITSRNTELKLIDEFGRTKESYKVPYGAVLAKGDGEQVAGGETVANWDPHTMPVITEVSGFVRFTDM IDGQTITRQTDELTGLSSLVVLDSAERTAGGKDLRPALKIVDAQGNDVLIPGTDMPAQYFLPGKAIVQLEDGVQISSGDT LARIPQESGGTKDITGGLPRVADLFEARRPKEPAILAEISGIVSFGKETKGKRRLVITPVDGSDPYEEMIPKWRQLNVFE GERVERGDVISDGPEAPHDILRLRGVHAVTRYIVNEVQDVYRLQGVKINDKHIEVIVRQMLRKATIVNAGSSDFLEGEQV EYSRVKIANRELEANGKVGATYSRDLLGITKASLATESFISAASFQETTRVLTEAAVAGKRDELRGLKENVIVGRLIPAG TGYAYHQDRMRRRAAGEAPAAPQVTAEDASASLAELLNAGLGGSDN ; 1 4 UNP RPOZ_ECOLI P0A800 ? 4 ;MARVTVQDAVEKIGNRFDLVLVAARRARQMQVGGKDPLVPEENDKTTVIALREIEEGLINNQILDVRERQEQQEQEAAEL QAVTAIAEGRR ; 1 5 PDB 8ABZ 8ABZ ? 5 ? 1 6 PDB 8ABZ 8ABZ ? 6 ? 1 7 PDB 8ABZ 8ABZ ? 7 ? 1 # loop_ _struct_ref_seq.align_id _struct_ref_seq.ref_id _struct_ref_seq.pdbx_PDB_id_code _struct_ref_seq.pdbx_strand_id _struct_ref_seq.seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.seq_align_end _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_db_accession _struct_ref_seq.db_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_db_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.db_align_end _struct_ref_seq.pdbx_db_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_end 1 1 8ABZ A 1 ? 329 ? 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WATSON-CRICK ? ? ? # loop_ _struct_conn_type.id _struct_conn_type.criteria _struct_conn_type.reference covale ? ? metalc ? ? hydrog ? ? # loop_ _pdbx_struct_conn_angle.id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_alt_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_atom_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_PDB_ins_code _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_alt_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_seq_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_atom_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_PDB_ins_code _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_symmetry _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_alt_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_atom_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_PDB_ins_code _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry _pdbx_struct_conn_angle.value _pdbx_struct_conn_angle.value_esd 1 SG ? 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AA5 ? 2 ? AA6 ? 4 ? AA7 ? 4 ? AA8 ? 2 ? AA9 ? 2 ? AB1 ? 2 ? AB2 ? 3 ? AB3 ? 4 ? AB4 ? 2 ? AB5 ? 3 ? AB6 ? 5 ? AB7 ? 4 ? AB8 ? 2 ? AB9 ? 2 ? AC1 ? 2 ? AC2 ? 3 ? AC3 ? 3 ? AC4 ? 3 ? AC5 ? 3 ? AC6 ? 4 ? AC7 ? 2 ? AC8 ? 8 ? AC9 ? 3 ? AD1 ? 3 ? AD2 ? 2 ? AD3 ? 6 ? AD4 ? 3 ? AD5 ? 2 ? AD6 ? 3 ? AD7 ? 3 ? AD8 ? 3 ? AD9 ? 3 ? AE1 ? 2 ? AE2 ? 2 ? AE3 ? 2 ? AE4 ? 2 ? AE5 ? 2 ? AE6 ? 2 ? AE7 ? 2 ? AE8 ? 3 ? AE9 ? 3 ? AF1 ? 2 ? AF2 ? 2 ? AF3 ? 2 ? AF4 ? 4 ? AF5 ? 3 ? # loop_ _struct_sheet_order.sheet_id _struct_sheet_order.range_id_1 _struct_sheet_order.range_id_2 _struct_sheet_order.offset _struct_sheet_order.sense AA1 1 2 ? anti-parallel AA1 2 3 ? anti-parallel AA1 3 4 ? anti-parallel AA2 1 2 ? anti-parallel AA2 2 3 ? anti-parallel AA2 3 4 ? anti-parallel AA3 1 2 ? anti-parallel AA4 1 2 ? anti-parallel AA5 1 2 ? anti-parallel AA6 1 2 ? anti-parallel AA6 2 3 ? anti-parallel AA6 3 4 ? anti-parallel AA7 1 2 ? anti-parallel AA7 2 3 ? anti-parallel AA7 3 4 ? anti-parallel AA8 1 2 ? anti-parallel AA9 1 2 ? anti-parallel AB1 1 2 ? anti-parallel AB2 1 2 ? parallel AB2 2 3 ? parallel AB3 1 2 ? anti-parallel AB3 2 3 ? anti-parallel AB3 3 4 ? anti-parallel AB4 1 2 ? anti-parallel AB5 1 2 ? anti-parallel AB5 2 3 ? parallel AB6 1 2 ? anti-parallel AB6 2 3 ? anti-parallel AB6 3 4 ? anti-parallel AB6 4 5 ? anti-parallel AB7 1 2 ? anti-parallel AB7 2 3 ? anti-parallel AB7 3 4 ? anti-parallel AB8 1 2 ? anti-parallel AB9 1 2 ? anti-parallel AC1 1 2 ? anti-parallel AC2 1 2 ? anti-parallel AC2 2 3 ? anti-parallel AC3 1 2 ? anti-parallel AC3 2 3 ? anti-parallel AC4 1 2 ? anti-parallel AC4 2 3 ? anti-parallel AC5 1 2 ? anti-parallel AC5 2 3 ? anti-parallel AC6 1 2 ? anti-parallel AC6 2 3 ? anti-parallel AC6 3 4 ? anti-parallel AC7 1 2 ? anti-parallel AC8 1 2 ? anti-parallel AC8 2 3 ? anti-parallel AC8 3 4 ? anti-parallel AC8 4 5 ? parallel AC8 5 6 ? anti-parallel AC8 6 7 ? parallel AC8 7 8 ? anti-parallel AC9 1 2 ? anti-parallel AC9 2 3 ? anti-parallel AD1 1 2 ? anti-parallel AD1 2 3 ? anti-parallel AD2 1 2 ? anti-parallel AD3 1 2 ? anti-parallel AD3 2 3 ? anti-parallel AD3 3 4 ? anti-parallel AD3 4 5 ? anti-parallel AD3 5 6 ? parallel AD4 1 2 ? anti-parallel AD4 2 3 ? parallel AD5 1 2 ? anti-parallel AD6 1 2 ? anti-parallel AD6 2 3 ? anti-parallel AD7 1 2 ? parallel AD7 2 3 ? anti-parallel AD8 1 2 ? anti-parallel AD8 2 3 ? anti-parallel AD9 1 2 ? parallel AD9 2 3 ? anti-parallel AE1 1 2 ? anti-parallel AE2 1 2 ? parallel AE3 1 2 ? anti-parallel AE4 1 2 ? anti-parallel AE5 1 2 ? anti-parallel AE6 1 2 ? anti-parallel AE7 1 2 ? anti-parallel AE8 1 2 ? anti-parallel AE8 2 3 ? anti-parallel AE9 1 2 ? anti-parallel AE9 2 3 ? anti-parallel AF1 1 2 ? anti-parallel AF2 1 2 ? anti-parallel AF3 1 2 ? anti-parallel AF4 1 2 ? anti-parallel AF4 2 3 ? anti-parallel AF4 3 4 ? anti-parallel AF5 1 2 ? anti-parallel AF5 2 3 ? anti-parallel # loop_ _struct_sheet_range.sheet_id _struct_sheet_range.id _struct_sheet_range.beg_label_comp_id _struct_sheet_range.beg_label_asym_id _struct_sheet_range.beg_label_seq_id _struct_sheet_range.pdbx_beg_PDB_ins_code _struct_sheet_range.end_label_comp_id _struct_sheet_range.end_label_asym_id _struct_sheet_range.end_label_seq_id _struct_sheet_range.pdbx_end_PDB_ins_code _struct_sheet_range.beg_auth_comp_id _struct_sheet_range.beg_auth_asym_id _struct_sheet_range.beg_auth_seq_id _struct_sheet_range.end_auth_comp_id _struct_sheet_range.end_auth_asym_id _struct_sheet_range.end_auth_seq_id AA1 1 LEU A 13 ? 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GLY C 154 SER C 159 AB6 2 TYR C 172 ? ILE C 177 ? TYR C 172 ILE C 177 AB6 3 ASP C 185 ? GLU C 187 ? ASP C 185 GLU C 187 AB6 4 PHE C 195 ? ARG C 197 ? PHE C 195 ARG C 197 AB6 5 LEU C 204 ? PRO C 205 ? LEU C 204 PRO C 205 AB7 1 LEU C 284 ? ILE C 285 ? LEU C 284 ILE C 285 AB7 2 LEU C 237 ? GLU C 240 ? LEU C 237 GLU C 240 AB7 3 LYS C 227 ? ILE C 232 ? LYS C 227 ILE C 232 AB7 4 ARG C 332 ? LEU C 336 ? ARG C 332 LEU C 336 AB8 1 GLU C 256 ? ALA C 257 ? GLU C 256 ALA C 257 AB8 2 LYS C 260 ? VAL C 261 ? LYS C 260 VAL C 261 AB9 1 VAL C 296 ? VAL C 297 ? VAL C 296 VAL C 297 AB9 2 MET C 315 ? GLU C 316 ? MET C 315 GLU C 316 AC1 1 TYR C 301 ? ILE C 302 ? TYR C 301 ILE C 302 AC1 2 LEU C 309 ? CYS C 311 ? LEU C 309 CYS C 311 AC2 1 GLN C 580 ? THR C 581 ? GLN C 580 THR C 581 AC2 2 LEU C 587 ? THR C 595 ? LEU C 587 THR C 595 AC2 3 VAL C 598 ? SER C 607 ? VAL C 598 SER C 607 AC3 1 GLN C 580 ? THR C 581 ? GLN C 580 THR C 581 AC3 2 LEU C 587 ? THR C 595 ? LEU C 587 THR C 595 AC3 3 TYR C 652 ? MET C 653 ? 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A ALA 324 104 1 Y 1 A SER 325 ? A SER 325 105 1 Y 1 A ILE 326 ? A ILE 326 106 1 Y 1 A ALA 327 ? A ALA 327 107 1 Y 1 A ASP 328 ? A ASP 328 108 1 Y 1 A GLU 329 ? A GLU 329 109 1 Y 1 B MET 1 ? B MET 1 110 1 Y 1 B GLN 2 ? B GLN 2 111 1 Y 1 B GLY 3 ? B GLY 3 112 1 Y 1 B ILE 159 ? B ILE 159 113 1 Y 1 B HIS 160 ? B HIS 160 114 1 Y 1 B SER 161 ? B SER 161 115 1 Y 1 B GLU 162 ? B GLU 162 116 1 Y 1 B GLU 163 ? B GLU 163 117 1 Y 1 B ASP 164 ? B ASP 164 118 1 Y 1 B GLU 165 ? B GLU 165 119 1 Y 1 B ARG 166 ? B ARG 166 120 1 Y 1 B PRO 167 ? B PRO 167 121 1 Y 1 B ILE 168 ? B ILE 168 122 1 Y 1 B GLY 169 ? B GLY 169 123 1 Y 1 B ASP 233 ? B ASP 233 124 1 Y 1 B LEU 234 ? B LEU 234 125 1 Y 1 B ARG 235 ? B ARG 235 126 1 Y 1 B ASP 236 ? B ASP 236 127 1 Y 1 B VAL 237 ? B VAL 237 128 1 Y 1 B ARG 238 ? B ARG 238 129 1 Y 1 B GLN 239 ? B GLN 239 130 1 Y 1 B PRO 240 ? B PRO 240 131 1 Y 1 B GLU 241 ? B GLU 241 132 1 Y 1 B VAL 242 ? B VAL 242 133 1 Y 1 B LYS 243 ? B LYS 243 134 1 Y 1 B GLU 244 ? 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"C3'" "O3'" sing N N 15 A "C3'" "C2'" sing N N 16 A "C3'" "H3'" sing N N 17 A "O3'" "HO3'" sing N N 18 A "C2'" "O2'" sing N N 19 A "C2'" "C1'" sing N N 20 A "C2'" "H2'" sing N N 21 A "O2'" "HO2'" sing N N 22 A "C1'" N9 sing N N 23 A "C1'" "H1'" sing N N 24 A N9 C8 sing Y N 25 A N9 C4 sing Y N 26 A C8 N7 doub Y N 27 A C8 H8 sing N N 28 A N7 C5 sing Y N 29 A C5 C6 sing Y N 30 A C5 C4 doub Y N 31 A C6 N6 sing N N 32 A C6 N1 doub Y N 33 A N6 H61 sing N N 34 A N6 H62 sing N N 35 A N1 C2 sing Y N 36 A C2 N3 doub Y N 37 A C2 H2 sing N N 38 A N3 C4 sing Y N 39 ALA N CA sing N N 40 ALA N H sing N N 41 ALA N H2 sing N N 42 ALA CA C sing N N 43 ALA CA CB sing N N 44 ALA CA HA sing N N 45 ALA C O doub N N 46 ALA C OXT sing N N 47 ALA CB HB1 sing N N 48 ALA CB HB2 sing N N 49 ALA CB HB3 sing N N 50 ALA OXT HXT sing N N 51 ARG N CA sing N N 52 ARG N H sing N N 53 ARG N H2 sing N N 54 ARG CA C sing N N 55 ARG CA CB sing N N 56 ARG CA HA sing N N 57 ARG C O doub N N 58 ARG C OXT sing N N 59 ARG CB CG sing N N 60 ARG CB HB2 sing N N 61 ARG CB HB3 sing N N 62 ARG CG CD sing N N 63 ARG CG HG2 sing N N 64 ARG CG HG3 sing N N 65 ARG CD NE sing N N 66 ARG CD HD2 sing N N 67 ARG CD HD3 sing N N 68 ARG NE CZ sing N N 69 ARG NE HE sing N N 70 ARG CZ NH1 sing N N 71 ARG CZ NH2 doub N N 72 ARG NH1 HH11 sing N N 73 ARG NH1 HH12 sing N N 74 ARG NH2 HH21 sing N N 75 ARG NH2 HH22 sing N N 76 ARG OXT HXT sing N N 77 ASN N CA sing N N 78 ASN N H sing N N 79 ASN N H2 sing N N 80 ASN CA C sing N N 81 ASN CA CB sing N N 82 ASN CA HA sing N N 83 ASN C O doub N N 84 ASN C OXT sing N N 85 ASN CB CG sing N N 86 ASN CB HB2 sing N N 87 ASN CB HB3 sing N N 88 ASN CG OD1 doub N N 89 ASN CG ND2 sing N N 90 ASN ND2 HD21 sing N N 91 ASN ND2 HD22 sing N N 92 ASN OXT HXT sing N N 93 ASP N CA sing N N 94 ASP N H sing N N 95 ASP N H2 sing N N 96 ASP CA C sing N N 97 ASP CA CB sing N N 98 ASP CA HA sing N N 99 ASP C O doub N N 100 ASP C OXT sing N N 101 ASP CB CG sing N N 102 ASP CB HB2 sing N N 103 ASP CB HB3 sing N N 104 ASP CG OD1 doub N N 105 ASP CG OD2 sing N N 106 ASP OD2 HD2 sing N N 107 ASP OXT HXT sing N N 108 C OP3 P sing N N 109 C OP3 HOP3 sing N N 110 C P OP1 doub N N 111 C P OP2 sing N N 112 C P "O5'" sing N N 113 C OP2 HOP2 sing N N 114 C "O5'" "C5'" sing N N 115 C "C5'" "C4'" sing N N 116 C "C5'" "H5'" sing N N 117 C "C5'" "H5''" sing N N 118 C "C4'" "O4'" sing N N 119 C "C4'" "C3'" sing N N 120 C "C4'" "H4'" sing N N 121 C "O4'" "C1'" sing N N 122 C "C3'" "O3'" sing N N 123 C "C3'" "C2'" sing N N 124 C "C3'" "H3'" sing N N 125 C "O3'" "HO3'" sing N N 126 C "C2'" "O2'" sing N N 127 C "C2'" "C1'" sing N N 128 C "C2'" "H2'" sing N N 129 C "O2'" "HO2'" sing N N 130 C "C1'" N1 sing N N 131 C "C1'" "H1'" sing N N 132 C N1 C2 sing N N 133 C N1 C6 sing N N 134 C C2 O2 doub N N 135 C C2 N3 sing N N 136 C N3 C4 doub N N 137 C C4 N4 sing N N 138 C C4 C5 sing N N 139 C N4 H41 sing N N 140 C N4 H42 sing N N 141 C C5 C6 doub N N 142 C C5 H5 sing N N 143 C C6 H6 sing N N 144 CYS N CA sing N N 145 CYS N H sing N N 146 CYS N H2 sing N N 147 CYS CA C sing N N 148 CYS CA CB sing N N 149 CYS CA HA sing N N 150 CYS C O doub N N 151 CYS C OXT sing N N 152 CYS CB SG sing N N 153 CYS CB HB2 sing N N 154 CYS CB HB3 sing N N 155 CYS SG HG sing N N 156 CYS OXT HXT sing N N 157 DA OP3 P sing N N 158 DA OP3 HOP3 sing N N 159 DA P OP1 doub N N 160 DA P OP2 sing N N 161 DA P "O5'" sing N N 162 DA OP2 HOP2 sing N N 163 DA "O5'" "C5'" sing N N 164 DA "C5'" "C4'" sing N N 165 DA "C5'" "H5'" sing N N 166 DA "C5'" "H5''" sing N N 167 DA "C4'" "O4'" sing N N 168 DA "C4'" "C3'" sing N N 169 DA "C4'" "H4'" sing N N 170 DA "O4'" "C1'" sing N N 171 DA "C3'" "O3'" sing N N 172 DA "C3'" "C2'" sing N N 173 DA "C3'" "H3'" sing N N 174 DA "O3'" "HO3'" sing N N 175 DA "C2'" "C1'" sing N N 176 DA "C2'" "H2'" sing N N 177 DA "C2'" "H2''" sing N N 178 DA "C1'" N9 sing N N 179 DA "C1'" "H1'" sing N N 180 DA N9 C8 sing Y N 181 DA N9 C4 sing Y N 182 DA C8 N7 doub Y N 183 DA C8 H8 sing N N 184 DA N7 C5 sing Y N 185 DA C5 C6 sing Y N 186 DA C5 C4 doub Y N 187 DA C6 N6 sing N N 188 DA C6 N1 doub Y N 189 DA N6 H61 sing N N 190 DA N6 H62 sing N N 191 DA N1 C2 sing Y N 192 DA C2 N3 doub Y N 193 DA C2 H2 sing N N 194 DA N3 C4 sing Y N 195 DC OP3 P sing N N 196 DC OP3 HOP3 sing N N 197 DC P OP1 doub N N 198 DC P OP2 sing N N 199 DC P "O5'" sing N N 200 DC OP2 HOP2 sing N N 201 DC "O5'" "C5'" sing N N 202 DC "C5'" "C4'" sing N N 203 DC "C5'" "H5'" sing N N 204 DC "C5'" "H5''" sing N N 205 DC "C4'" "O4'" sing N N 206 DC "C4'" "C3'" sing N N 207 DC "C4'" "H4'" sing N N 208 DC "O4'" "C1'" sing N N 209 DC "C3'" "O3'" sing N N 210 DC "C3'" "C2'" sing N N 211 DC "C3'" "H3'" sing N N 212 DC "O3'" "HO3'" sing N N 213 DC "C2'" "C1'" sing N N 214 DC "C2'" "H2'" sing N N 215 DC "C2'" "H2''" sing N N 216 DC "C1'" N1 sing N N 217 DC "C1'" "H1'" sing N N 218 DC N1 C2 sing N N 219 DC N1 C6 sing N N 220 DC C2 O2 doub N N 221 DC C2 N3 sing N N 222 DC N3 C4 doub N N 223 DC C4 N4 sing N N 224 DC C4 C5 sing N N 225 DC N4 H41 sing N N 226 DC N4 H42 sing N N 227 DC C5 C6 doub N N 228 DC C5 H5 sing N N 229 DC C6 H6 sing N N 230 DG OP3 P sing N N 231 DG OP3 HOP3 sing N N 232 DG P OP1 doub N N 233 DG P OP2 sing N N 234 DG P "O5'" sing N N 235 DG OP2 HOP2 sing N N 236 DG "O5'" "C5'" sing N N 237 DG "C5'" "C4'" sing N N 238 DG "C5'" "H5'" sing N N 239 DG "C5'" "H5''" sing N N 240 DG "C4'" "O4'" sing N N 241 DG "C4'" "C3'" sing N N 242 DG "C4'" "H4'" sing N N 243 DG "O4'" "C1'" sing N N 244 DG "C3'" "O3'" sing N N 245 DG "C3'" "C2'" sing N N 246 DG "C3'" "H3'" sing N N 247 DG "O3'" "HO3'" sing N N 248 DG "C2'" "C1'" sing N N 249 DG "C2'" "H2'" sing N N 250 DG "C2'" "H2''" sing N N 251 DG "C1'" N9 sing N N 252 DG "C1'" "H1'" sing N N 253 DG N9 C8 sing Y N 254 DG N9 C4 sing Y N 255 DG C8 N7 doub Y N 256 DG C8 H8 sing N N 257 DG N7 C5 sing Y N 258 DG C5 C6 sing N N 259 DG C5 C4 doub Y N 260 DG C6 O6 doub N N 261 DG C6 N1 sing N N 262 DG N1 C2 sing N N 263 DG N1 H1 sing N N 264 DG C2 N2 sing N N 265 DG C2 N3 doub N N 266 DG N2 H21 sing N N 267 DG N2 H22 sing N N 268 DG N3 C4 sing N N 269 DT OP3 P sing N N 270 DT OP3 HOP3 sing N N 271 DT P OP1 doub N N 272 DT P OP2 sing N N 273 DT P "O5'" sing N N 274 DT OP2 HOP2 sing N N 275 DT "O5'" "C5'" sing N N 276 DT "C5'" "C4'" sing N N 277 DT "C5'" "H5'" sing N N 278 DT "C5'" "H5''" sing N N 279 DT "C4'" "O4'" sing N N 280 DT "C4'" "C3'" sing N N 281 DT "C4'" "H4'" sing N N 282 DT "O4'" "C1'" sing N N 283 DT "C3'" "O3'" sing N N 284 DT "C3'" "C2'" sing N N 285 DT "C3'" "H3'" sing N N 286 DT "O3'" "HO3'" sing N N 287 DT "C2'" "C1'" sing N N 288 DT "C2'" "H2'" sing N N 289 DT "C2'" "H2''" sing N N 290 DT "C1'" N1 sing N N 291 DT "C1'" "H1'" sing N N 292 DT N1 C2 sing N N 293 DT N1 C6 sing N N 294 DT C2 O2 doub N N 295 DT C2 N3 sing N N 296 DT N3 C4 sing N N 297 DT N3 H3 sing N N 298 DT C4 O4 doub N N 299 DT C4 C5 sing N N 300 DT C5 C7 sing N N 301 DT C5 C6 doub N N 302 DT C7 H71 sing N N 303 DT C7 H72 sing N N 304 DT C7 H73 sing N N 305 DT C6 H6 sing N N 306 G OP3 P sing N N 307 G OP3 HOP3 sing N N 308 G P OP1 doub N N 309 G P OP2 sing N N 310 G P "O5'" sing N N 311 G OP2 HOP2 sing N N 312 G "O5'" "C5'" sing N N 313 G "C5'" "C4'" sing N N 314 G "C5'" "H5'" sing N N 315 G "C5'" "H5''" sing N N 316 G "C4'" "O4'" sing N N 317 G "C4'" "C3'" sing N N 318 G "C4'" "H4'" sing N N 319 G "O4'" "C1'" sing N N 320 G "C3'" "O3'" sing N N 321 G "C3'" "C2'" sing N N 322 G "C3'" "H3'" sing N N 323 G "O3'" "HO3'" sing N N 324 G "C2'" "O2'" sing N N 325 G "C2'" "C1'" sing N N 326 G "C2'" "H2'" sing N N 327 G "O2'" "HO2'" sing N N 328 G "C1'" N9 sing N N 329 G "C1'" "H1'" sing N N 330 G N9 C8 sing Y N 331 G N9 C4 sing Y N 332 G C8 N7 doub Y N 333 G C8 H8 sing N N 334 G N7 C5 sing Y N 335 G C5 C6 sing N N 336 G C5 C4 doub Y N 337 G C6 O6 doub N N 338 G C6 N1 sing N N 339 G N1 C2 sing N N 340 G N1 H1 sing N N 341 G C2 N2 sing N N 342 G C2 N3 doub N N 343 G N2 H21 sing N N 344 G N2 H22 sing N N 345 G N3 C4 sing N N 346 GLN N CA sing N N 347 GLN N H sing N N 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GLY OXT HXT sing N N 392 HIS N CA sing N N 393 HIS N H sing N N 394 HIS N H2 sing N N 395 HIS CA C sing N N 396 HIS CA CB sing N N 397 HIS CA HA sing N N 398 HIS C O doub N N 399 HIS C OXT sing N N 400 HIS CB CG sing N N 401 HIS CB HB2 sing N N 402 HIS CB HB3 sing N N 403 HIS CG ND1 sing Y N 404 HIS CG CD2 doub Y N 405 HIS ND1 CE1 doub Y N 406 HIS ND1 HD1 sing N N 407 HIS CD2 NE2 sing Y N 408 HIS CD2 HD2 sing N N 409 HIS CE1 NE2 sing Y N 410 HIS CE1 HE1 sing N N 411 HIS NE2 HE2 sing N N 412 HIS OXT HXT sing N N 413 IGU P OP1 doub N N 414 IGU P OP2 sing N N 415 IGU P OP3 sing N N 416 IGU P "O5'" sing N N 417 IGU OP2 HOP2 sing N N 418 IGU OP3 HOP3 sing N N 419 IGU "O5'" "C5'" sing N N 420 IGU "C5'" "C4'" sing N N 421 IGU "C5'" "H5'" sing N N 422 IGU "C5'" "H5''" sing N N 423 IGU "C4'" "O4'" sing N N 424 IGU "C4'" "C3'" sing N N 425 IGU "C4'" "H4'" sing N N 426 IGU "O4'" "C1'" sing N N 427 IGU "C3'" "O3'" sing N N 428 IGU "C3'" "C2'" sing N N 429 IGU "C3'" "H3'" sing N N 430 IGU "O3'" "HO3'" sing N N 431 IGU "C2'" "C1'" sing N N 432 IGU "C2'" "H2'" sing N N 433 IGU "C2'" "H2''" sing N N 434 IGU "C1'" N9 sing N N 435 IGU "C1'" "H1'" sing N N 436 IGU N9 C8 sing N N 437 IGU N9 C4 sing N N 438 IGU C8 N7 doub N N 439 IGU C8 H8 sing N N 440 IGU N7 C5 sing N N 441 IGU C6 N6 sing N N 442 IGU C6 C5 doub N N 443 IGU C6 N1 sing N N 444 IGU N6 HN61 sing N N 445 IGU N6 HN62 sing N N 446 IGU C5 C4 sing N N 447 IGU N1 C2 sing N N 448 IGU C2 O2 doub N N 449 IGU C2 N3 sing N N 450 IGU N3 C4 doub N N 451 IGU N1 HN1 sing N N 452 ILE N CA sing N N 453 ILE N H sing N N 454 ILE N H2 sing N N 455 ILE CA C sing N N 456 ILE CA CB sing N N 457 ILE CA HA sing N N 458 ILE C O doub N N 459 ILE C OXT sing N N 460 ILE CB CG1 sing N N 461 ILE CB CG2 sing N N 462 ILE CB HB sing N N 463 ILE CG1 CD1 sing N N 464 ILE CG1 HG12 sing N N 465 ILE CG1 HG13 sing N N 466 ILE CG2 HG21 sing N N 467 ILE CG2 HG22 sing N N 468 ILE CG2 HG23 sing N N 469 ILE CD1 HD11 sing N N 470 ILE CD1 HD12 sing N N 471 ILE CD1 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514 LYS NZ HZ1 sing N N 515 LYS NZ HZ2 sing N N 516 LYS NZ HZ3 sing N N 517 LYS OXT HXT sing N N 518 MET N CA sing N N 519 MET N H sing N N 520 MET N H2 sing N N 521 MET CA C sing N N 522 MET CA CB sing N N 523 MET CA HA sing N N 524 MET C O doub N N 525 MET C OXT sing N N 526 MET CB CG sing N N 527 MET CB HB2 sing N N 528 MET CB HB3 sing N N 529 MET CG SD sing N N 530 MET CG HG2 sing N N 531 MET CG HG3 sing N N 532 MET SD CE sing N N 533 MET CE HE1 sing N N 534 MET CE HE2 sing N N 535 MET CE HE3 sing N N 536 MET OXT HXT sing N N 537 PHE N CA sing N N 538 PHE N H sing N N 539 PHE N H2 sing N N 540 PHE CA C sing N N 541 PHE CA CB sing N N 542 PHE CA HA sing N N 543 PHE C O doub N N 544 PHE C OXT sing N N 545 PHE CB CG sing N N 546 PHE CB HB2 sing N N 547 PHE CB HB3 sing N N 548 PHE CG CD1 doub Y N 549 PHE CG CD2 sing Y N 550 PHE CD1 CE1 sing Y N 551 PHE CD1 HD1 sing N N 552 PHE CD2 CE2 doub Y N 553 PHE CD2 HD2 sing N N 554 PHE CE1 CZ doub Y N 555 PHE CE1 HE1 sing N N 556 PHE CE2 CZ sing Y N 557 PHE CE2 HE2 sing N N 558 PHE CZ HZ sing N N 559 PHE OXT HXT sing N N 560 PRO N CA sing N N 561 PRO N CD sing N N 562 PRO N H sing N N 563 PRO CA C sing N N 564 PRO CA CB sing N N 565 PRO CA HA sing N N 566 PRO C O doub N N 567 PRO C OXT sing N N 568 PRO CB CG sing N N 569 PRO CB HB2 sing N N 570 PRO CB HB3 sing N N 571 PRO CG CD sing N N 572 PRO CG HG2 sing N N 573 PRO CG HG3 sing N N 574 PRO CD HD2 sing N N 575 PRO CD HD3 sing N N 576 PRO OXT HXT sing N N 577 SER N CA sing N N 578 SER N H sing N N 579 SER N H2 sing N N 580 SER CA C sing N N 581 SER CA CB sing N N 582 SER CA HA sing N N 583 SER C O doub N N 584 SER C OXT sing N N 585 SER CB OG sing N N 586 SER CB HB2 sing N N 587 SER CB HB3 sing N N 588 SER OG HG sing N N 589 SER OXT HXT sing N N 590 THR N CA sing N N 591 THR N H sing N N 592 THR N H2 sing N N 593 THR CA C sing N N 594 THR CA CB sing N N 595 THR CA HA sing N N 596 THR C O doub N N 597 THR C OXT sing N N 598 THR CB OG1 sing N N 599 THR CB CG2 sing N N 600 THR CB HB sing N N 601 THR OG1 HG1 sing N N 602 THR CG2 HG21 sing N N 603 THR CG2 HG22 sing N N 604 THR CG2 HG23 sing N N 605 THR OXT HXT sing N N 606 TRP N CA sing N N 607 TRP N H sing N N 608 TRP N H2 sing N N 609 TRP CA C sing N N 610 TRP CA CB sing N N 611 TRP CA HA sing N N 612 TRP C O doub N N 613 TRP C OXT sing N N 614 TRP CB CG sing N N 615 TRP CB HB2 sing N N 616 TRP CB HB3 sing N N 617 TRP CG CD1 doub Y N 618 TRP CG CD2 sing Y N 619 TRP CD1 NE1 sing Y N 620 TRP CD1 HD1 sing N N 621 TRP CD2 CE2 doub Y N 622 TRP CD2 CE3 sing Y N 623 TRP NE1 CE2 sing Y N 624 TRP NE1 HE1 sing N N 625 TRP CE2 CZ2 sing Y N 626 TRP CE3 CZ3 doub Y N 627 TRP CE3 HE3 sing N N 628 TRP CZ2 CH2 doub Y N 629 TRP CZ2 HZ2 sing N N 630 TRP CZ3 CH2 sing Y N 631 TRP CZ3 HZ3 sing N N 632 TRP CH2 HH2 sing N N 633 TRP OXT HXT sing N N 634 TYR N CA sing N N 635 TYR N H sing N N 636 TYR N H2 sing N N 637 TYR CA C sing N N 638 TYR CA CB sing N N 639 TYR CA HA sing N N 640 TYR C O doub N N 641 TYR C OXT sing N N 642 TYR CB CG sing N N 643 TYR CB HB2 sing N N 644 TYR CB HB3 sing N N 645 TYR CG CD1 doub Y N 646 TYR CG CD2 sing Y N 647 TYR CD1 CE1 sing Y N 648 TYR CD1 HD1 sing N N 649 TYR CD2 CE2 doub Y N 650 TYR CD2 HD2 sing N N 651 TYR CE1 CZ doub Y N 652 TYR CE1 HE1 sing N N 653 TYR CE2 CZ sing Y N 654 TYR CE2 HE2 sing N N 655 TYR CZ OH sing N N 656 TYR OH HH sing N N 657 TYR OXT HXT sing N N 658 U OP3 P sing N N 659 U OP3 HOP3 sing N N 660 U P OP1 doub N N 661 U P OP2 sing N N 662 U P "O5'" sing N N 663 U OP2 HOP2 sing N N 664 U "O5'" "C5'" sing N N 665 U "C5'" "C4'" sing N N 666 U "C5'" "H5'" sing N N 667 U "C5'" "H5''" sing N N 668 U "C4'" "O4'" sing N N 669 U "C4'" "C3'" sing N N 670 U "C4'" "H4'" sing N N 671 U "O4'" "C1'" sing N N 672 U "C3'" "O3'" sing N N 673 U "C3'" "C2'" sing N N 674 U "C3'" "H3'" sing N N 675 U "O3'" "HO3'" sing N N 676 U "C2'" "O2'" sing N N 677 U "C2'" "C1'" sing N N 678 U "C2'" "H2'" sing N N 679 U "O2'" "HO2'" sing N N 680 U "C1'" N1 sing N N 681 U "C1'" "H1'" sing N N 682 U N1 C2 sing N N 683 U N1 C6 sing N N 684 U C2 O2 doub N N 685 U C2 N3 sing N N 686 U N3 C4 sing N N 687 U N3 H3 sing N N 688 U C4 O4 doub N N 689 U C4 C5 sing N N 690 U C5 C6 doub N N 691 U C5 H5 sing N N 692 U C6 H6 sing N N 693 VAL N CA sing N N 694 VAL N H sing N N 695 VAL N H2 sing N N 696 VAL CA C sing N N 697 VAL CA CB sing N N 698 VAL CA HA sing N N 699 VAL C O doub N N 700 VAL C OXT sing N N 701 VAL CB CG1 sing N N 702 VAL CB CG2 sing N N 703 VAL CB HB sing N N 704 VAL CG1 HG11 sing N N 705 VAL CG1 HG12 sing N N 706 VAL CG1 HG13 sing N N 707 VAL CG2 HG21 sing N N 708 VAL CG2 HG22 sing N N 709 VAL CG2 HG23 sing N N 710 VAL OXT HXT sing N N 711 # _em_admin.current_status REL _em_admin.deposition_date 2022-07-05 _em_admin.deposition_site PDBE _em_admin.entry_id 8ABZ _em_admin.last_update 2024-07-24 _em_admin.map_release_date 2022-10-19 _em_admin.title 'RNA polymerase at U-rich pause bound to non-regulatory RNA - pause prone, closed clamp state' # _em_ctf_correction.details ? _em_ctf_correction.em_image_processing_id 1 _em_ctf_correction.id 1 _em_ctf_correction.type 'PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION' # _em_entity_assembly_molwt.entity_assembly_id 1 _em_entity_assembly_molwt.experimental_flag NO _em_entity_assembly_molwt.id 1 _em_entity_assembly_molwt.units MEGADALTONS _em_entity_assembly_molwt.value 0.435 # _em_entity_assembly_naturalsource.cell ? _em_entity_assembly_naturalsource.cellular_location ? _em_entity_assembly_naturalsource.entity_assembly_id 1 _em_entity_assembly_naturalsource.id 2 _em_entity_assembly_naturalsource.ncbi_tax_id 83333 _em_entity_assembly_naturalsource.organism 'Escherichia coli K-12' _em_entity_assembly_naturalsource.organelle ? _em_entity_assembly_naturalsource.organ ? _em_entity_assembly_naturalsource.strain ? _em_entity_assembly_naturalsource.tissue ? # _em_entity_assembly_recombinant.cell ? _em_entity_assembly_recombinant.entity_assembly_id 1 _em_entity_assembly_recombinant.id 2 _em_entity_assembly_recombinant.ncbi_tax_id 469008 _em_entity_assembly_recombinant.organism 'Escherichia coli BL21(DE3)' _em_entity_assembly_recombinant.plasmid ? _em_entity_assembly_recombinant.strain ? # _em_image_processing.details ? _em_image_processing.id 1 _em_image_processing.image_recording_id 1 # _em_image_recording.average_exposure_time 2.2 _em_image_recording.avg_electron_dose_per_subtomogram ? _em_image_recording.avg_electron_dose_per_image 52 _em_image_recording.details ? _em_image_recording.detector_mode ? _em_image_recording.film_or_detector_model 'GATAN K3 (6k x 4k)' _em_image_recording.id 1 _em_image_recording.imaging_id 1 _em_image_recording.num_diffraction_images ? _em_image_recording.num_grids_imaged 1 _em_image_recording.num_real_images ? # loop_ _em_software.category _em_software.details _em_software.id _em_software.image_processing_id _em_software.fitting_id _em_software.imaging_id _em_software.name _em_software.version 'PARTICLE SELECTION' ? 1 1 ? ? cryoSPARC 3.3 'IMAGE ACQUISITION' ? 2 ? ? 1 SerialEM ? MASKING ? 3 ? ? ? ? ? 'CTF CORRECTION' ? 4 1 ? ? CTFFIND 4 'LAYERLINE INDEXING' ? 5 ? ? ? ? ? 'DIFFRACTION INDEXING' ? 6 ? ? ? ? ? 'MODEL FITTING' ? 7 ? 1 ? Coot 0.9 OTHER ? 8 ? ? ? ? ? 'MODEL REFINEMENT' ? 9 ? 1 ? PHENIX 1.20 'INITIAL EULER ASSIGNMENT' ? 10 1 ? ? cryoSPARC ? 'FINAL EULER ASSIGNMENT' ? 11 1 ? ? cryoSPARC 3.3 CLASSIFICATION ? 12 1 ? ? cryoSPARC 3.3 RECONSTRUCTION ? 13 1 ? ? cryoSPARC 3.3 'VOLUME SELECTION' ? 14 1 1 1 ? ? 'SERIES ALIGNMENT' ? 15 1 1 1 ? ? 'MOLECULAR REPLACEMENT' ? 16 1 1 1 ? ? 'LATTICE DISTORTION CORRECTION' ? 17 1 1 1 ? ? 'SYMMETRY DETERMINATION' ? 18 1 1 1 ? ? 'CRYSTALLOGRAPHY MERGING' ? 19 1 1 1 ? ? # _em_specimen.concentration 12 _em_specimen.details ;The co-transcriptionally halted complexes for cryo-EM analysis were prepared in vitro by mixing E. coli RNAP holoenzyme with templates containing the DNA base analogue isoG. The RNAP ECs halted at the U-rich pause (G93). The complexes were prepared in 0.03 ml reactions and contained: 0.02 mM of E. coli RNAP, 0.080 mM of E. coli Sigma70, 0.02 mM of template DNA, 20 mM Tris-glutamate pH 8.0, 50 mM K-glutamate, 10 mM Mg-glutamate, 0.001 mM ZnCl2, 2mM DTT and 6 mM of each ATP, GTP, CTP and UTP. Initially, all the components except NTPs were added and incubated for 10 min at 310K. To allow transcription elongation, NTPs were added and the sample was incubated for 20 to 40 min at 310K. The final products were purified on a Superose 6 Increase 3.2/300 gel filtration column equilibrated in Glutamate buffer. Samples were concentrated to 10-12 mg/mL using an Amicon Ultra 0.5mL centrifugal filter unit (30 KDa MWCO). Before grid freezing, 8 mM of CHAPSO was added to freshly prepared sample to overcome preferred particle orientation. ; _em_specimen.embedding_applied NO _em_specimen.experiment_id 1 _em_specimen.id 1 _em_specimen.shadowing_applied NO _em_specimen.staining_applied NO _em_specimen.vitrification_applied YES # loop_ _ndb_struct_conf_na.entry_id _ndb_struct_conf_na.feature 8ABZ 'double helix' 8ABZ 'a-form double helix' 8ABZ 'b-form double helix' # loop_ _ndb_struct_na_base_pair.model_number _ndb_struct_na_base_pair.i_label_asym_id _ndb_struct_na_base_pair.i_label_comp_id _ndb_struct_na_base_pair.i_label_seq_id _ndb_struct_na_base_pair.i_symmetry _ndb_struct_na_base_pair.j_label_asym_id _ndb_struct_na_base_pair.j_label_comp_id _ndb_struct_na_base_pair.j_label_seq_id _ndb_struct_na_base_pair.j_symmetry _ndb_struct_na_base_pair.shear _ndb_struct_na_base_pair.stretch _ndb_struct_na_base_pair.stagger _ndb_struct_na_base_pair.buckle _ndb_struct_na_base_pair.propeller _ndb_struct_na_base_pair.opening _ndb_struct_na_base_pair.pair_number _ndb_struct_na_base_pair.pair_name _ndb_struct_na_base_pair.i_auth_asym_id _ndb_struct_na_base_pair.i_auth_seq_id _ndb_struct_na_base_pair.i_PDB_ins_code _ndb_struct_na_base_pair.j_auth_asym_id _ndb_struct_na_base_pair.j_auth_seq_id _ndb_struct_na_base_pair.j_PDB_ins_code _ndb_struct_na_base_pair.hbond_type_28 _ndb_struct_na_base_pair.hbond_type_12 1 F DT 283 1_555 H IGU 13 1_555 -1.303 -0.146 -0.421 -12.739 -6.965 -12.736 1 N_DT283:IGU13_T N 283 ? 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