data_8AC5 # _entry.id 8AC5 # _audit_conform.dict_name mmcif_pdbx.dic _audit_conform.dict_version 5.398 _audit_conform.dict_location http://mmcif.pdb.org/dictionaries/ascii/mmcif_pdbx.dic # loop_ _database_2.database_id _database_2.database_code _database_2.pdbx_database_accession _database_2.pdbx_DOI PDB 8AC5 pdb_00008ac5 10.2210/pdb8ac5/pdb WWPDB D_1292123305 ? ? EMDB EMD-15334 ? ? # loop_ _pdbx_audit_revision_history.ordinal _pdbx_audit_revision_history.data_content_type _pdbx_audit_revision_history.major_revision _pdbx_audit_revision_history.minor_revision _pdbx_audit_revision_history.revision_date 1 'Structure model' 1 0 2023-01-11 2 'Structure model' 1 1 2023-01-25 3 'Structure model' 1 2 2024-11-13 # _pdbx_audit_revision_details.ordinal 1 _pdbx_audit_revision_details.revision_ordinal 1 _pdbx_audit_revision_details.data_content_type 'Structure model' _pdbx_audit_revision_details.provider repository _pdbx_audit_revision_details.type 'Initial release' _pdbx_audit_revision_details.description ? _pdbx_audit_revision_details.details ? # loop_ _pdbx_audit_revision_group.ordinal _pdbx_audit_revision_group.revision_ordinal _pdbx_audit_revision_group.data_content_type _pdbx_audit_revision_group.group 1 2 'Structure model' 'Database references' 2 2 'Structure model' 'Structure summary' 3 3 'Structure model' 'Data collection' 4 3 'Structure model' 'Refinement description' 5 3 'Structure model' 'Structure summary' # loop_ _pdbx_audit_revision_category.ordinal _pdbx_audit_revision_category.revision_ordinal _pdbx_audit_revision_category.data_content_type _pdbx_audit_revision_category.category 1 2 'Structure model' audit_author 2 2 'Structure model' citation 3 2 'Structure model' citation_author 4 3 'Structure model' chem_comp_atom 5 3 'Structure model' chem_comp_bond 6 3 'Structure model' em_admin 7 3 'Structure model' pdbx_entry_details 8 3 'Structure model' pdbx_modification_feature 9 3 'Structure model' struct_ncs_dom_lim # loop_ _pdbx_audit_revision_item.ordinal _pdbx_audit_revision_item.revision_ordinal _pdbx_audit_revision_item.data_content_type _pdbx_audit_revision_item.item 1 2 'Structure model' '_audit_author.name' 2 2 'Structure model' '_citation.journal_volume' 3 2 'Structure model' '_citation.page_first' 4 2 'Structure model' '_citation.page_last' 5 2 'Structure model' '_citation.pdbx_database_id_DOI' 6 2 'Structure model' '_citation.pdbx_database_id_PubMed' 7 2 'Structure model' '_citation.title' 8 2 'Structure model' '_citation_author.identifier_ORCID' 9 3 'Structure model' '_em_admin.last_update' 10 3 'Structure model' '_pdbx_entry_details.has_protein_modification' 11 3 'Structure model' '_struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id' 12 3 'Structure model' '_struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id' 13 3 'Structure model' '_struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id' 14 3 'Structure model' '_struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id' 15 3 'Structure model' '_struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id' 16 3 'Structure model' '_struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id' 17 3 'Structure model' '_struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id' 18 3 'Structure model' '_struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id' # _pdbx_database_status.status_code REL _pdbx_database_status.status_code_sf ? _pdbx_database_status.status_code_mr ? _pdbx_database_status.entry_id 8AC5 _pdbx_database_status.recvd_initial_deposition_date 2022-07-05 _pdbx_database_status.SG_entry N _pdbx_database_status.deposit_site PDBE _pdbx_database_status.process_site PDBE _pdbx_database_status.status_code_cs ? _pdbx_database_status.status_code_nmr_data ? _pdbx_database_status.methods_development_category ? _pdbx_database_status.pdb_format_compatible Y # loop_ _pdbx_database_related.db_name _pdbx_database_related.details _pdbx_database_related.db_id _pdbx_database_related.content_type PDB 'combined, consensus' 8AB6 unspecified PDB 'atovaquone, antimycin A' 8AB7 unspecified PDB 'decylubiquinone, ascorbate, b-position' 8AB8 unspecified PDB 'ascorbate, b-position' 8AB9 unspecified PDB 'ascorbate, int-position' 8ABA unspecified PDB 'ascorbate, c-position' 8ABB unspecified PDB 'ferricyanide, b-position' 8ABE unspecified PDB 'ferricyanide, int-position' 8ABF unspecified PDB 'ferricyanide, c-position' 8ABG unspecified PDB 'antimycin A, b-position' 8ABH unspecified PDB 'antimycin A, int-position' 8ABI unspecified PDB 'antimycin A, c-position' 8ABJ unspecified PDB 'decylubiquinol, b-position' 8ABK unspecified PDB 'decylubiquinol, antimycin A, consensus' 8ABL unspecified PDB 'apo, b-position' 8ABM unspecified PDB 'apo, int-position' 8AC3 unspecified PDB 'apo, c-position' 8AC4 unspecified PDB 'decylubiquinone, oxidised, b-position' 8AC5 unspecified EMDB 'ferricyanide, asymmetric dimer b- and c-position' EMD-15335 'other EM volume' EMDB 'ferricyanide, symmetric dimer b-position' EMD-15336 'other EM volume' EMDB 'ferricyanide, symmetric dimer, c-position' EMD-15337 'other EM volume' EMDB 'ferricyanide, symmetric dimer, int-position' EMD-15338 'other EM volume' EMDB 'Complex III2 from Yarrowia lipolytica, with decylubiquinol, oxidised, b-position' EMD-15334 'associated EM volume' # _pdbx_contact_author.id 2 _pdbx_contact_author.email werner.kuehlbrandt@biophys.mpg.de _pdbx_contact_author.name_first Werner _pdbx_contact_author.name_last Kuehlbrandt _pdbx_contact_author.name_mi ? _pdbx_contact_author.role 'principal investigator/group leader' _pdbx_contact_author.identifier_ORCID 0000-0002-2013-4810 # loop_ _audit_author.name _audit_author.pdbx_ordinal _audit_author.identifier_ORCID 'Wieferig, J.P.' 1 0000-0002-5552-3381 'Kuhlbrandt, W.' 2 0000-0002-2013-4810 # _citation.abstract ? _citation.abstract_id_CAS ? _citation.book_id_ISBN ? _citation.book_publisher ? _citation.book_publisher_city ? _citation.book_title ? _citation.coordinate_linkage ? _citation.country UK _citation.database_id_Medline ? _citation.details ? _citation.id primary _citation.journal_abbrev Iucrj _citation.journal_id_ASTM ? _citation.journal_id_CSD ? _citation.journal_id_ISSN 2052-2525 _citation.journal_full ? _citation.journal_issue ? _citation.journal_volume 10 _citation.language ? _citation.page_first 27 _citation.page_last 37 _citation.title 'Analysis of the conformational heterogeneity of the Rieske iron-sulfur protein in complex III 2 by cryo-EM.' _citation.year 2023 _citation.database_id_CSD ? _citation.pdbx_database_id_DOI 10.1107/S2052252522010570 _citation.pdbx_database_id_PubMed 36598500 _citation.pdbx_database_id_patent ? _citation.unpublished_flag ? # loop_ _citation_author.citation_id _citation_author.name _citation_author.ordinal _citation_author.identifier_ORCID primary 'Wieferig, J.P.' 1 0000-0002-5552-3381 primary 'Kuhlbrandt, W.' 2 ? # loop_ _entity.id _entity.type _entity.src_method _entity.pdbx_description _entity.formula_weight _entity.pdbx_number_of_molecules _entity.pdbx_ec _entity.pdbx_mutation _entity.pdbx_fragment _entity.details 1 polymer nat 'Cytochrome b' 43409.406 2 ? ? ? ? 2 polymer nat 'Cytochrome b-c1 complex subunit Rieske, mitochondrial' 24563.213 2 7.1.1.8 ? ? ? 3 polymer nat 'Cytochrome b-c1 complex subunit 7' 14675.995 2 ? ? ? ? 4 polymer nat YALI0F24673p 15789.444 2 ? ? ? ? 5 polymer nat YALI0A14806p 52846.945 2 ? ? ? ? 6 polymer nat 'Cytochrome b-c1 complex subunit 2, mitochondrial' 44277.840 2 ? ? ? ? 7 polymer nat YALI0A17468p 36555.605 2 ? ? ? ? 8 polymer nat 'Cytochrome b-c1 complex subunit 8' 10463.970 2 ? ? ? ? 9 polymer nat 'Complex III subunit 9' 8038.856 2 ? ? ? ? 10 polymer nat YALI0C12210p 9114.678 2 ? ? ? ? 11 non-polymer syn 'HEME C' 618.503 6 ? ? ? ? 12 non-polymer syn 1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE 790.145 4 ? ? ? ? 13 non-polymer syn PHOSPHATIDYLETHANOLAMINE 734.039 4 ? ? ? ? 14 non-polymer syn CARDIOLIPIN 1464.043 10 ? ? ? ? 15 non-polymer syn DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE 510.615 4 ? ? ? ? 16 non-polymer syn 'FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER' 175.820 1 ? ? ? ? 17 non-polymer syn 1,2-DIMYRISTOYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHATE 591.777 2 ? ? ? ? # loop_ _entity_name_com.entity_id _entity_name_com.name 1 ;Complex III subunit 3,Complex III subunit III,Cytochrome b-c1 complex subunit 3,Ubiquinol-cytochrome-c reductase complex cytochrome b subunit ; 3 'Complex III subunit 7,Complex III subunit VII,Ubiquinol-cytochrome c reductase complex 14 kDa protein' 6 'Complex III subunit 2,Core protein II,Ubiquinol-cytochrome-c reductase complex core protein 2' 8 'Complex III subunit 8,Complex III subunit VIII' # loop_ _entity_poly.entity_id _entity_poly.type _entity_poly.nstd_linkage _entity_poly.nstd_monomer _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can _entity_poly.pdbx_strand_id _entity_poly.pdbx_target_identifier 1 'polypeptide(L)' no no ;MALRKKNSLLNMANSYVLDSPQPSNLNYFWNFGSLLALCLVIQLATGITLAMHYTSHASLAFDSVEHIMRDVNFGWFIRY AHANTASFFFICIYAHMGRNIYYGSYKTPRVLPWSIGVIIFLLLIITAFMGYVLVFGQMSLWGATVICNLVSAIPWLGED IVHFLWGGFSVGNPTLQRFFALHYLMPFVLAVFALLHLIALHTAGSSNPLGITSNVDKLSMHPYYSFKDLITVFAFLLMF TLFVFFSPDKLGHPDNYIPANPMVTPASIVPEWYLLPFYAILRAIPDKLGGVIAMVAAILILLILPIVDRSIIRGNAFKP ISKLLFGFFICNFLLLGVLGQVHIEPPFIVLGQICTIFYFSYFLILLPMVSTIENIFFYIGSLRK ; ;MALRKKNSLLNMANSYVLDSPQPSNLNYFWNFGSLLALCLVIQLATGITLAMHYTSHASLAFDSVEHIMRDVNFGWFIRY AHANTASFFFICIYAHMGRNIYYGSYKTPRVLPWSIGVIIFLLLIITAFMGYVLVFGQMSLWGATVICNLVSAIPWLGED IVHFLWGGFSVGNPTLQRFFALHYLMPFVLAVFALLHLIALHTAGSSNPLGITSNVDKLSMHPYYSFKDLITVFAFLLMF TLFVFFSPDKLGHPDNYIPANPMVTPASIVPEWYLLPFYAILRAIPDKLGGVIAMVAAILILLILPIVDRSIIRGNAFKP ISKLLFGFFICNFLLLGVLGQVHIEPPFIVLGQICTIFYFSYFLILLPMVSTIENIFFYIGSLRK ; C,N ? 2 'polypeptide(L)' no no ;MSLLRTAAQAVKAPKAYTPLVAAKAFAQTRSVSSQPIGGKSTYKIPDFTPYLKKDRNTDANRLFSYFMIGSFGMLSAAGA KATVQDFLSNMSASADVLAMAKVEVKLGAIPLGKNVIIKWRGKPIFIRHRTSEEIEEANEVNVATLRDPQTDDERVQKPE WLVMIGVCTHLGCVPIGEAGDFGGWFCPCHGSHYDISGRIRRGPAPLNLEIPEYDFADAETLVIG ; ;MSLLRTAAQAVKAPKAYTPLVAAKAFAQTRSVSSQPIGGKSTYKIPDFTPYLKKDRNTDANRLFSYFMIGSFGMLSAAGA KATVQDFLSNMSASADVLAMAKVEVKLGAIPLGKNVIIKWRGKPIFIRHRTSEEIEEANEVNVATLRDPQTDDERVQKPE WLVMIGVCTHLGCVPIGEAGDFGGWFCPCHGSHYDISGRIRRGPAPLNLEIPEYDFADAETLVIG ; P,E ? 3 'polypeptide(L)' no no ;MASITSVVKTSELILKSPLLSKIVVPLAKTYVKFSGYRQLGFKMNDLIIEETPNMQLALRRLPPTESYDRVYRLIRATQF SLSHKLATGNDITKPEEDDHYLIPYILDVEAEAFEKDALDNLEVVKRK ; ;MASITSVVKTSELILKSPLLSKIVVPLAKTYVKFSGYRQLGFKMNDLIIEETPNMQLALRRLPPTESYDRVYRLIRATQF SLSHKLATGNDITKPEEDDHYLIPYILDVEAEAFEKDALDNLEVVKRK ; G,R ? 4 'polypeptide(L)' no no ;MSYFLTLASEVAESLLPTVAFASEEEKEQDEPVEVESDDDESEEKEDDDEEEDEDDDDDDDDDEVPDPAIALHEAAAEGP CHDFKHHFDECVERVTKAQEAEDYDHAEYKEDCVEEFFHLQHCINDNTADKLFRVLK ; ;MSYFLTLASEVAESLLPTVAFASEEEKEQDEPVEVESDDDESEEKEDDDEEEDEDDDDDDDDDEVPDPAIALHEAAAEGP CHDFKHHFDECVERVTKAQEAEDYDHAEYKEDCVEEFFHLQHCINDNTADKLFRVLK ; F,Q ? 5 'polypeptide(L)' no no ;MNSLLRLPALKRGVFTMSKRGLATTVSPKTRTSNLKNGLTIASESNPLVQTATVGVWIDAGSRNENAYNNGTAHFFEHLA FKGTDKRSQHQLELDIENMGGHLNAYTSRESTVYYAKSFKDDVPKSVEILADILQHSKLAESAIDREREVITRELEEVNK QYEEVVFDHLHATAFMNQPLGRTILGPRENIQTITNTELRKFITENYTADRMVLVGAGAVDHDALVELAEKYFSHLPSSQ SPVPLGTPRSSGEDANQNPIPNFVGSEVRLRDDTMPVAHIAIAVEGVSWTSEDYYTALVAQAIIGNYDRAVGTSRHQGSR LSNIVSENNLANSFQSFSTSYSDTGLWGIYLTSENTTQIDDLVHFTLKEWNRLSTSVSNLQVERAKSQLKAGLLLSLDGT TYVAEDIGRQLTTLGRRVTPAEVEAKLEAVTEHDVRAWAQKTLYDKDIALVGLGPIEGLYDYNRIRNDMSMMRW ; ;MNSLLRLPALKRGVFTMSKRGLATTVSPKTRTSNLKNGLTIASESNPLVQTATVGVWIDAGSRNENAYNNGTAHFFEHLA FKGTDKRSQHQLELDIENMGGHLNAYTSRESTVYYAKSFKDDVPKSVEILADILQHSKLAESAIDREREVITRELEEVNK QYEEVVFDHLHATAFMNQPLGRTILGPRENIQTITNTELRKFITENYTADRMVLVGAGAVDHDALVELAEKYFSHLPSSQ SPVPLGTPRSSGEDANQNPIPNFVGSEVRLRDDTMPVAHIAIAVEGVSWTSEDYYTALVAQAIIGNYDRAVGTSRHQGSR LSNIVSENNLANSFQSFSTSYSDTGLWGIYLTSENTTQIDDLVHFTLKEWNRLSTSVSNLQVERAKSQLKAGLLLSLDGT TYVAEDIGRQLTTLGRRVTPAEVEAKLEAVTEHDVRAWAQKTLYDKDIALVGLGPIEGLYDYNRIRNDMSMMRW ; A,L ? 6 'polypeptide(L)' no no ;MTRGVPRLAVAARHFSTAEAAGVKVAAQDGQSPISDLSVVLRGGSRYATVPGVSHILEKFAFQNTVPKSALRFVRELELF GGKLYTHTTREHIVLRTQFLKQDLPYFVDAFANVLKETKFQQFELTERVAPVAELDLLKRESDPAFTALEAAHEVAFRTG LGNSVYAQGYSPVTLEDVKEFARQVYAKQNVAVVGNNVVPADLQQLVGTAFADLQEGSKVTQAGTTTLHGGEARVRTSTG NALTIALPIAEPKPVYHALASFLGGPASMPWSVGASPLAQATVGTHTSVKATYHNYGDAGLFAITIKGDSPAEISQVAHK AVQALKDTGAEVTEEQAARAYAKSKFAAAEAFENPDSSASVIGMELLSGVSRIAPENVQKFTPAELSEAAAQLSASAKPV VAAVGQVHALPFADELF ; ;MTRGVPRLAVAARHFSTAEAAGVKVAAQDGQSPISDLSVVLRGGSRYATVPGVSHILEKFAFQNTVPKSALRFVRELELF GGKLYTHTTREHIVLRTQFLKQDLPYFVDAFANVLKETKFQQFELTERVAPVAELDLLKRESDPAFTALEAAHEVAFRTG LGNSVYAQGYSPVTLEDVKEFARQVYAKQNVAVVGNNVVPADLQQLVGTAFADLQEGSKVTQAGTTTLHGGEARVRTSTG NALTIALPIAEPKPVYHALASFLGGPASMPWSVGASPLAQATVGTHTSVKATYHNYGDAGLFAITIKGDSPAEISQVAHK AVQALKDTGAEVTEEQAARAYAKSKFAAAEAFENPDSSASVIGMELLSGVSRIAPENVQKFTPAELSEAAAQLSASAKPV VAAVGQVHALPFADELF ; B,M ? 7 'polypeptide(L)' no no ;MRRRRIGVWPENRRVSRLWVSLSPRSCVTCPVPTNQNPPINNHHTPILTQMFKAIPLRQALLGISSAVCAGATTTYYYTT KAEAMTAAEHGLHPAEYPWPQNGMLSTFDHASLRRGYQVYKEVCAACHSLDRIAWRNLVGVTHTTDEAKAFAEELEYDDE PDDEGNPRKRPGKLADYIPGPYPNEQAARAANQGALPPDLSLIAKARHGGADYIFALLTGYPDEPPAGVVLAPGMNYNPY FPGGGIGMARTLFDGVVEYEDGTPATTSQMAKDVAAFLTWAAEPEHDERKKLGLKAIIVISAMLGLSVYIKKFKWSPIKN RKFIYNPPKN ; ;MRRRRIGVWPENRRVSRLWVSLSPRSCVTCPVPTNQNPPINNHHTPILTQMFKAIPLRQALLGISSAVCAGATTTYYYTT KAEAMTAAEHGLHPAEYPWPQNGMLSTFDHASLRRGYQVYKEVCAACHSLDRIAWRNLVGVTHTTDEAKAFAEELEYDDE PDDEGNPRKRPGKLADYIPGPYPNEQAARAANQGALPPDLSLIAKARHGGADYIFALLTGYPDEPPAGVVLAPGMNYNPY FPGGGIGMARTLFDGVVEYEDGTPATTSQMAKDVAAFLTWAAEPEHDERKKLGLKAIIVISAMLGLSVYIKKFKWSPIKN RKFIYNPPKN ; D,O ? 8 'polypeptide(L)' no no ;MGGNGHYMGWWGHMGSPPQKGIAGYTISPFAARPFAGVVHAAIFNTFRRTKNQALFVILPVSFFYYVWTQASEKNEWLYT KAGRHELAKALAE ; ;MGGNGHYMGWWGHMGSPPQKGIAGYTISPFAARPFAGVVHAAIFNTFRRTKNQALFVILPVSFFYYVWTQASEKNEWLYT KAGRHELAKALAE ; H,S ? 9 'polypeptide(L)' no no MAWATTFYNVFVKRNSAFVATILASAFVFDMTFETAIDNFWDRINAGKQWKDIRHKYIEAAGDDDEDDE MAWATTFYNVFVKRNSAFVATILASAFVFDMTFETAIDNFWDRINAGKQWKDIRHKYIEAAGDDDEDDE I,T ? 10 'polypeptide(L)' no no ;MICGEGDYVKKPSYKIVPHFLGFNIPTVSKWIPIFGIWGAAAGIGALFLIEGVPRTRQDILSKIPIIGEHWIREIPASDN PF ; ;MICGEGDYVKKPSYKIVPHFLGFNIPTVSKWIPIFGIWGAAAGIGALFLIEGVPRTRQDILSKIPIIGEHWIREIPASDN PF ; J,U ? # loop_ _pdbx_entity_nonpoly.entity_id _pdbx_entity_nonpoly.name _pdbx_entity_nonpoly.comp_id 11 'HEME C' HEC 12 1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE PC1 13 PHOSPHATIDYLETHANOLAMINE PTY 14 CARDIOLIPIN CDL 15 DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE LMT 16 'FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER' FES 17 1,2-DIMYRISTOYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHATE XP4 # loop_ _entity_poly_seq.entity_id _entity_poly_seq.num _entity_poly_seq.mon_id _entity_poly_seq.hetero 1 1 MET n 1 2 ALA n 1 3 LEU n 1 4 ARG n 1 5 LYS n 1 6 LYS n 1 7 ASN n 1 8 SER n 1 9 LEU n 1 10 LEU n 1 11 ASN n 1 12 MET n 1 13 ALA n 1 14 ASN n 1 15 SER n 1 16 TYR n 1 17 VAL n 1 18 LEU n 1 19 ASP n 1 20 SER n 1 21 PRO n 1 22 GLN n 1 23 PRO n 1 24 SER n 1 25 ASN n 1 26 LEU n 1 27 ASN n 1 28 TYR n 1 29 PHE n 1 30 TRP n 1 31 ASN n 1 32 PHE n 1 33 GLY n 1 34 SER n 1 35 LEU n 1 36 LEU n 1 37 ALA n 1 38 LEU n 1 39 CYS n 1 40 LEU n 1 41 VAL n 1 42 ILE n 1 43 GLN n 1 44 LEU n 1 45 ALA n 1 46 THR n 1 47 GLY n 1 48 ILE n 1 49 THR n 1 50 LEU n 1 51 ALA n 1 52 MET n 1 53 HIS n 1 54 TYR n 1 55 THR n 1 56 SER n 1 57 HIS n 1 58 ALA n 1 59 SER n 1 60 LEU n 1 61 ALA n 1 62 PHE n 1 63 ASP n 1 64 SER n 1 65 VAL n 1 66 GLU n 1 67 HIS n 1 68 ILE n 1 69 MET n 1 70 ARG n 1 71 ASP n 1 72 VAL n 1 73 ASN n 1 74 PHE n 1 75 GLY n 1 76 TRP n 1 77 PHE n 1 78 ILE n 1 79 ARG n 1 80 TYR n 1 81 ALA n 1 82 HIS n 1 83 ALA n 1 84 ASN n 1 85 THR n 1 86 ALA n 1 87 SER n 1 88 PHE n 1 89 PHE n 1 90 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U TYR 8 U PHE 82 0 ? # loop_ _struct_ncs_ens.id _struct_ncs_ens.details 1 ? 2 ? 3 ? 4 ? 5 ? 6 ? 7 ? 8 ? 9 ? 10 ? # _struct.entry_id 8AC5 _struct.title 'Complex III2 from Yarrowia lipolytica, with decylubiquinol, oxidised, b-position' _struct.pdbx_model_details ? _struct.pdbx_formula_weight ? _struct.pdbx_formula_weight_method ? _struct.pdbx_model_type_details ? _struct.pdbx_CASP_flag N # _struct_keywords.entry_id 8AC5 _struct_keywords.text 'oxidoreductase, electron transport chain, MEMBRANE PROTEIN' _struct_keywords.pdbx_keywords 'MEMBRANE PROTEIN' # loop_ _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.entity_id _struct_asym.details A N N 1 ? B N N 2 ? C N N 3 ? D N N 4 ? E N N 5 ? F N N 6 ? G N N 7 ? H N N 8 ? I N N 9 ? J N N 10 ? K N N 1 ? L N N 2 ? M N N 3 ? N N N 4 ? O N N 5 ? P N N 6 ? Q N N 7 ? R N N 8 ? S N N 9 ? T N N 10 ? U N N 11 ? V N N 11 ? W N N 12 ? X N N 13 ? Y N N 14 ? Z N N 15 ? AA N N 14 ? BA N N 16 ? CA N N 13 ? 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O MET 248 O HEC 401 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.242 ? ? # loop_ _struct_conn_type.id _struct_conn_type.criteria _struct_conn_type.reference disulf ? ? metalc ? ? # loop_ _pdbx_struct_conn_angle.id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_alt_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_atom_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_PDB_ins_code _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_alt_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_seq_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_atom_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_PDB_ins_code _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_symmetry _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_alt_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_atom_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_PDB_ins_code _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry _pdbx_struct_conn_angle.value _pdbx_struct_conn_angle.value_esd 1 NE2 ? 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O HEC 401 ? 1_555 ND ? VA HEC . ? O HEC 401 ? 1_555 90.4 ? 98 NE2 ? Q HIS 128 ? O HIS 128 ? 1_555 FE ? VA HEC . ? O HEC 401 ? 1_555 SD ? Q MET 248 ? O MET 248 ? 1_555 171.2 ? 99 NA ? VA HEC . ? O HEC 401 ? 1_555 FE ? VA HEC . ? O HEC 401 ? 1_555 SD ? Q MET 248 ? O MET 248 ? 1_555 94.2 ? 100 NB ? VA HEC . ? O HEC 401 ? 1_555 FE ? VA HEC . ? O HEC 401 ? 1_555 SD ? Q MET 248 ? O MET 248 ? 1_555 84.6 ? 101 NC ? VA HEC . ? O HEC 401 ? 1_555 FE ? VA HEC . ? O HEC 401 ? 1_555 SD ? Q MET 248 ? O MET 248 ? 1_555 84.8 ? 102 ND ? VA HEC . ? O HEC 401 ? 1_555 FE ? VA HEC . ? O HEC 401 ? 1_555 SD ? Q MET 248 ? O MET 248 ? 1_555 95.0 ? # loop_ _pdbx_modification_feature.ordinal _pdbx_modification_feature.label_comp_id _pdbx_modification_feature.label_asym_id _pdbx_modification_feature.label_seq_id _pdbx_modification_feature.label_alt_id _pdbx_modification_feature.modified_residue_label_comp_id _pdbx_modification_feature.modified_residue_label_asym_id _pdbx_modification_feature.modified_residue_label_seq_id _pdbx_modification_feature.modified_residue_label_alt_id _pdbx_modification_feature.auth_comp_id _pdbx_modification_feature.auth_asym_id _pdbx_modification_feature.auth_seq_id _pdbx_modification_feature.PDB_ins_code _pdbx_modification_feature.symmetry _pdbx_modification_feature.modified_residue_auth_comp_id _pdbx_modification_feature.modified_residue_auth_asym_id _pdbx_modification_feature.modified_residue_auth_seq_id _pdbx_modification_feature.modified_residue_PDB_ins_code _pdbx_modification_feature.modified_residue_symmetry _pdbx_modification_feature.comp_id_linking_atom _pdbx_modification_feature.modified_residue_id_linking_atom _pdbx_modification_feature.modified_residue_id _pdbx_modification_feature.ref_pcm_id _pdbx_modification_feature.ref_comp_id _pdbx_modification_feature.type _pdbx_modification_feature.category 1 CYS B 173 ? 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None 'Disulfide bridge' # loop_ _struct_mon_prot_cis.pdbx_id _struct_mon_prot_cis.label_comp_id _struct_mon_prot_cis.label_seq_id _struct_mon_prot_cis.label_asym_id _struct_mon_prot_cis.label_alt_id _struct_mon_prot_cis.pdbx_PDB_ins_code _struct_mon_prot_cis.auth_comp_id _struct_mon_prot_cis.auth_seq_id _struct_mon_prot_cis.auth_asym_id _struct_mon_prot_cis.pdbx_label_comp_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_label_seq_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_label_asym_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_PDB_ins_code_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_auth_comp_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_auth_seq_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_auth_asym_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_PDB_model_num _struct_mon_prot_cis.pdbx_omega_angle 1 THR 108 A . ? THR 108 C PRO 109 A ? PRO 109 C 1 1.35 2 HIS 222 A . ? HIS 222 C PRO 223 A ? PRO 223 C 1 3.78 3 PRO 346 A . ? PRO 346 C PRO 347 A ? PRO 347 C 1 -1.70 4 THR 108 K . ? THR 108 N PRO 109 K ? PRO 109 N 1 2.83 5 HIS 222 K . ? HIS 222 N PRO 223 K ? PRO 223 N 1 3.63 6 PRO 346 K . ? 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TYR A 307 ASP A 308 AA7 2 SER E 333 ? SER E 340 ? SER A 333 SER A 340 AA7 3 GLY E 345 ? SER E 353 ? GLY A 345 SER A 353 AA7 4 ALA E 278 ? GLU E 285 ? ALA A 278 GLU A 285 AA7 5 ALA E 449 ? GLY E 454 ? ALA A 449 GLY A 454 AA7 6 SER E 266 ? ASP E 272 ? SER A 266 ASP A 272 AA7 7 LYS H 20 ? ILE H 27 ? LYS H 22 ILE H 29 AA7 8 LYS G 322 ? TYR G 325 ? LYS D 322 TYR D 325 AA8 1 SER F 16 ? ALA F 20 ? SER B 16 ALA B 20 AA8 2 VAL F 23 ? GLN F 28 ? VAL B 23 GLN B 28 AA8 3 VAL F 191 ? ASN F 196 ? VAL B 191 ASN B 196 AA8 4 ILE F 34 ? LEU F 41 ? ILE B 34 LEU B 41 AA8 5 ILE F 93 ? LEU F 100 ? ILE B 93 LEU B 100 AA8 6 LYS F 83 ? THR F 88 ? LYS B 83 THR B 88 AA9 1 GLY F 231 ? VAL F 235 ? GLY B 231 VAL B 235 AA9 2 VAL F 400 ? VAL F 404 ? VAL B 400 VAL B 404 AA9 3 ASN F 241 ? ILE F 249 ? ASN B 241 ILE B 249 AA9 4 GLY F 300 ? GLY F 308 ? GLY B 300 GLY B 308 AA9 5 THR F 287 ? ASN F 295 ? THR B 287 ASN B 295 AB1 1 GLU G 156 ? ASP G 158 ? GLU D 156 ASP D 158 AB1 2 LYS G 169 ? PRO G 171 ? LYS D 169 PRO D 171 AB2 1 ASN G 236 ? TYR G 237 ? ASN D 236 TYR D 237 AB2 2 GLY G 245 ? ILE G 246 ? GLY D 245 ILE D 246 AB3 1 TYR J 14 ? ILE J 16 ? TYR J 14 ILE J 16 AB3 2 LEU M 122 ? VAL M 124 ? LEU R 122 VAL R 124 AB4 1 HIS J 19 ? PHE J 20 ? HIS J 19 PHE J 20 AB4 2 PHE J 23 ? ASN J 24 ? PHE J 23 ASN J 24 AB5 1 PRO K 21 ? PRO K 23 ? PRO N 21 PRO N 23 AB5 2 LYS K 218 ? SER K 220 ? LYS N 218 SER N 220 AB6 1 ARG O 31 ? ASN O 34 ? ARG L 31 ASN L 34 AB6 2 THR O 40 ? SER O 45 ? THR L 40 SER L 45 AB6 3 MET O 212 ? GLY O 218 ? MET L 212 GLY L 218 AB6 4 THR O 51 ? ILE O 58 ? THR L 51 ILE L 58 AB6 5 THR O 112 ? PHE O 119 ? THR L 112 PHE L 119 AB6 6 HIS O 102 ? THR O 107 ? HIS L 102 THR L 107 AB7 1 TYR O 307 ? ASP O 308 ? TYR L 307 ASP L 308 AB7 2 SER O 333 ? SER O 340 ? SER L 333 SER L 340 AB7 3 GLY O 345 ? SER O 353 ? GLY L 345 SER L 353 AB7 4 ALA O 278 ? GLU O 285 ? ALA L 278 GLU L 285 AB7 5 ALA O 449 ? GLY O 454 ? ALA L 449 GLY L 454 AB7 6 SER O 266 ? ASP O 272 ? 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PHE U 23 ASN U 24 # loop_ _pdbx_struct_sheet_hbond.sheet_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_id_1 _pdbx_struct_sheet_hbond.range_id_2 _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_label_atom_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_label_comp_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_label_asym_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_label_seq_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_PDB_ins_code _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_auth_atom_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_auth_comp_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_auth_asym_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_auth_seq_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_label_atom_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_label_comp_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_label_asym_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_label_seq_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_PDB_ins_code _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_auth_atom_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_auth_comp_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_auth_asym_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_auth_seq_id AA1 1 2 N GLN A 22 ? 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CDL C51 C52 sing N N 217 CDL C51 H512 sing N N 218 CDL C51 H511 sing N N 219 CDL C52 C53 sing N N 220 CDL C52 H522 sing N N 221 CDL C52 H521 sing N N 222 CDL C53 C54 sing N N 223 CDL C53 H532 sing N N 224 CDL C53 H531 sing N N 225 CDL C54 C55 sing N N 226 CDL C54 H542 sing N N 227 CDL C54 H541 sing N N 228 CDL C55 C56 sing N N 229 CDL C55 H552 sing N N 230 CDL C55 H551 sing N N 231 CDL C56 C57 sing N N 232 CDL C56 H562 sing N N 233 CDL C56 H561 sing N N 234 CDL C57 C58 sing N N 235 CDL C57 H572 sing N N 236 CDL C57 H571 sing N N 237 CDL C58 C59 sing N N 238 CDL C58 H582 sing N N 239 CDL C58 H581 sing N N 240 CDL C59 C60 sing N N 241 CDL C59 H592 sing N N 242 CDL C59 H591 sing N N 243 CDL C60 C61 sing N N 244 CDL C60 H602 sing N N 245 CDL C60 H601 sing N N 246 CDL C61 C62 sing N N 247 CDL C61 H612 sing N N 248 CDL C61 H611 sing N N 249 CDL C62 C63 sing N N 250 CDL C62 H622 sing N N 251 CDL C62 H621 sing N N 252 CDL C63 C64 sing N N 253 CDL C63 H632 sing N N 254 CDL C63 H631 sing N N 255 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N 458 HEC C3D CAD sing N N 459 HEC CMD HMD1 sing N N 460 HEC CMD HMD2 sing N N 461 HEC CMD HMD3 sing N N 462 HEC CAD CBD sing N N 463 HEC CAD HAD1 sing N N 464 HEC CAD HAD2 sing N N 465 HEC CBD CGD sing N N 466 HEC CBD HBD1 sing N N 467 HEC CBD HBD2 sing N N 468 HEC CGD O1D doub N N 469 HEC CGD O2D sing N N 470 HEC O2D H2D sing N N 471 HIS N CA sing N N 472 HIS N H sing N N 473 HIS N H2 sing N N 474 HIS CA C sing N N 475 HIS CA CB sing N N 476 HIS CA HA sing N N 477 HIS C O doub N N 478 HIS C OXT sing N N 479 HIS CB CG sing N N 480 HIS CB HB2 sing N N 481 HIS CB HB3 sing N N 482 HIS CG ND1 sing Y N 483 HIS CG CD2 doub Y N 484 HIS ND1 CE1 doub Y N 485 HIS ND1 HD1 sing N N 486 HIS CD2 NE2 sing Y N 487 HIS CD2 HD2 sing N N 488 HIS CE1 NE2 sing Y N 489 HIS CE1 HE1 sing N N 490 HIS NE2 HE2 sing N N 491 HIS OXT HXT sing N N 492 ILE N CA sing N N 493 ILE N H sing N N 494 ILE N H2 sing N N 495 ILE CA C sing N N 496 ILE CA CB sing N N 497 ILE CA HA sing N N 498 ILE C O doub N N 499 ILE C OXT sing N N 500 ILE CB CG1 sing N N 501 ILE CB CG2 sing N N 502 ILE CB HB sing N N 503 ILE CG1 CD1 sing N N 504 ILE CG1 HG12 sing N N 505 ILE CG1 HG13 sing N N 506 ILE CG2 HG21 sing N N 507 ILE CG2 HG22 sing N N 508 ILE CG2 HG23 sing N N 509 ILE CD1 HD11 sing N N 510 ILE CD1 HD12 sing N N 511 ILE CD1 HD13 sing N N 512 ILE OXT HXT sing N N 513 LEU N CA sing N N 514 LEU N H sing N N 515 LEU N H2 sing N N 516 LEU CA C sing N N 517 LEU CA CB sing N N 518 LEU CA HA sing N N 519 LEU C O doub N N 520 LEU C OXT sing N N 521 LEU CB CG sing N N 522 LEU CB HB2 sing N N 523 LEU CB HB3 sing N N 524 LEU CG CD1 sing N N 525 LEU CG CD2 sing N N 526 LEU CG HG sing N N 527 LEU CD1 HD11 sing N N 528 LEU CD1 HD12 sing N N 529 LEU CD1 HD13 sing N N 530 LEU CD2 HD21 sing N N 531 LEU CD2 HD22 sing N N 532 LEU CD2 HD23 sing N N 533 LEU OXT HXT sing N N 534 LMT C1B C2B sing N N 535 LMT C1B O1B sing N N 536 LMT C1B O5B sing N N 537 LMT C1B H1B sing N N 538 LMT C2B C3B sing N N 539 LMT C2B O2B sing N N 540 LMT C2B 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LYS N H2 sing N N 619 LYS CA C sing N N 620 LYS CA CB sing N N 621 LYS CA HA sing N N 622 LYS C O doub N N 623 LYS C OXT sing N N 624 LYS CB CG sing N N 625 LYS CB HB2 sing N N 626 LYS CB HB3 sing N N 627 LYS CG CD sing N N 628 LYS CG HG2 sing N N 629 LYS CG HG3 sing N N 630 LYS CD CE sing N N 631 LYS CD HD2 sing N N 632 LYS CD HD3 sing N N 633 LYS CE NZ sing N N 634 LYS CE HE2 sing N N 635 LYS CE HE3 sing N N 636 LYS NZ HZ1 sing N N 637 LYS NZ HZ2 sing N N 638 LYS NZ HZ3 sing N N 639 LYS OXT HXT sing N N 640 MET N CA sing N N 641 MET N H sing N N 642 MET N H2 sing N N 643 MET CA C sing N N 644 MET CA CB sing N N 645 MET CA HA sing N N 646 MET C O doub N N 647 MET C OXT sing N N 648 MET CB CG sing N N 649 MET CB HB2 sing N N 650 MET CB HB3 sing N N 651 MET CG SD sing N N 652 MET CG HG2 sing N N 653 MET CG HG3 sing N N 654 MET SD CE sing N N 655 MET CE HE1 sing N N 656 MET CE HE2 sing N N 657 MET CE HE3 sing N N 658 MET OXT HXT sing N N 659 PC1 O12 P sing N N 660 PC1 P O14 doub N N 661 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C2I H2I1 sing N N 741 PC1 C2I H2I2 sing N N 742 PC1 C2I H2I3 sing N N 743 PC1 C3 O31 sing N N 744 PC1 C3 H31 sing N N 745 PC1 C3 H32 sing N N 746 PC1 O31 C31 sing N N 747 PC1 C31 O32 doub N N 748 PC1 C31 C32 sing N N 749 PC1 C32 C33 sing N N 750 PC1 C32 H321 sing N N 751 PC1 C32 H322 sing N N 752 PC1 C33 C34 sing N N 753 PC1 C33 H331 sing N N 754 PC1 C33 H332 sing N N 755 PC1 C34 C35 sing N N 756 PC1 C34 H341 sing N N 757 PC1 C34 H342 sing N N 758 PC1 C35 C36 sing N N 759 PC1 C35 H351 sing N N 760 PC1 C35 H352 sing N N 761 PC1 C36 C37 sing N N 762 PC1 C36 H361 sing N N 763 PC1 C36 H362 sing N N 764 PC1 C37 C38 sing N N 765 PC1 C37 H371 sing N N 766 PC1 C37 H372 sing N N 767 PC1 C38 C39 sing N N 768 PC1 C38 H381 sing N N 769 PC1 C38 H382 sing N N 770 PC1 C39 C3A sing N N 771 PC1 C39 H391 sing N N 772 PC1 C39 H392 sing N N 773 PC1 C3A C3B sing N N 774 PC1 C3A H3A1 sing N N 775 PC1 C3A H3A2 sing N N 776 PC1 C3B C3C sing N N 777 PC1 C3B H3B1 sing N N 778 PC1 C3B H3B2 sing N N 779 PC1 C3C 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