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_entity_src_gen.pdbx_host_org_ncbi_taxonomy_id _entity_src_gen.host_org_genus _entity_src_gen.pdbx_host_org_gene _entity_src_gen.pdbx_host_org_organ _entity_src_gen.host_org_species _entity_src_gen.pdbx_host_org_tissue _entity_src_gen.pdbx_host_org_tissue_fraction _entity_src_gen.pdbx_host_org_strain _entity_src_gen.pdbx_host_org_variant _entity_src_gen.pdbx_host_org_cell_line _entity_src_gen.pdbx_host_org_atcc _entity_src_gen.pdbx_host_org_culture_collection _entity_src_gen.pdbx_host_org_cell _entity_src_gen.pdbx_host_org_organelle _entity_src_gen.pdbx_host_org_cellular_location _entity_src_gen.pdbx_host_org_vector_type _entity_src_gen.pdbx_host_org_vector _entity_src_gen.host_org_details _entity_src_gen.expression_system_id _entity_src_gen.plasmid_name _entity_src_gen.plasmid_details _entity_src_gen.pdbx_description 4 1 sample 'Biological sequence' 1 91 ? ? 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'Escherichia coli BL21(DE3)' 469008 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? # loop_ _pdbx_entity_src_syn.entity_id _pdbx_entity_src_syn.pdbx_src_id _pdbx_entity_src_syn.pdbx_alt_source_flag _pdbx_entity_src_syn.pdbx_beg_seq_num _pdbx_entity_src_syn.pdbx_end_seq_num _pdbx_entity_src_syn.organism_scientific _pdbx_entity_src_syn.organism_common_name _pdbx_entity_src_syn.ncbi_taxonomy_id _pdbx_entity_src_syn.details 1 1 sample 1 266 'Escherichia coli K-12' ? 83333 ? 2 1 sample 1 93 'Escherichia coli K-12' ? 83333 ? 3 1 sample 1 266 'Escherichia coli K-12' ? 83333 ? # loop_ _struct_ref.id _struct_ref.db_name _struct_ref.db_code _struct_ref.pdbx_db_accession _struct_ref.pdbx_db_isoform _struct_ref.entity_id _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code _struct_ref.pdbx_align_begin 1 PDB 8AD1 8AD1 ? 1 ? 1 2 GB CP053852.1 1877730557 ? 2 ;AUAGACGAACGGCGCGUCUUUAAACCAUGCGUCGGGAGCGCGGCGGGUUCAGGAUGAACGGCAAUGCUGCUCAUUAGCGA GAAGGCUUUUUUG ; 3073579 3 PDB 8AD1 8AD1 ? 3 ? 1 4 UNP RPOZ_ECOLI P0A800 ? 4 ;MARVTVQDAVEKIGNRFDLVLVAARRARQMQVGGKDPLVPEENDKTTVIALREIEEGLINNQILDVRERQEQQEQEAAEL QAVTAIAEGRR ; 1 5 UNP RPOD_ECOLI P00579 ? 5 ;MEQNPQSQLKLLVTRGKEQGYLTYAEVNDHLPEDIVDSDQIEDIIQMINDMGIQVMEEAPDADDLMLAENTADEDAAEAA AQVLSSVESEIGRTTDPVRMYMREMGTVELLTREGEIDIAKRIEDGINQVQCSVAEYPEAITYLLEQYDRVEAEEARLSD LITGFVDPNAEEDLAPTATHVGSELSQEDLDDDEDEDEEDGDDDSADDDNSIDPELAREKFAELRAQYVVTRDTIKAKGR SHATAQEEILKLSEVFKQFRLVPKQFDYLVNSMRVMMDRVRTQERLIMKLCVEQCKMPKKNFITLFTGNETSDTWFNAAI AMNKPWSEKLHDVSEEVHRALQKLQQIEEETGLTIEQVKDINRRMSIGEAKARRAKKEMVEANLRLVISIAKKYTNRGLQ FLDLIQEGNIGLMKAVDKFEYRRGYKFSTYATWWIRQAITRSIADQARTIRIPVHMIETINKLNRISRQMLQEMGREPTP EELAERMLMPEDKIRKVLKIAKEPISMETPIGDDEDSHLGDFIEDTTLELPLDSATTESLRAATHDVLAGLTAREAKVLR MRFGIDMNTDYTLEEVGKQFDVTRERIRQIEAKALRKLRHPSRSEVLRSFLDD ; 1 6 UNP RPOA_ECOLI P0A7Z4 ? 6 ;MQGSVTEFLKPRLVDIEQVSSTHAKVTLEPLERGFGHTLGNALRRILLSSMPGCAVTEVEIDGVLHEYSTKEGVQEDILE ILLNLKGLAVRVQGKDEVILTLNKSGIGPVTAADITHDGDVEIVKPQHVICHLTDENASISMRIKVQRGRGYVPASTRIH SEEDERPIGRLLVDACYSPVERIAYNVEAARVEQRTDLDKLVIEMETNGTIDPEEAIRRAATILAEQLEAFVDLRDVRQP EVKEEKPEFDPILLRPVDDLELTVRSANCLKAEAIHYIGDLVQRTEVELLKTPNLGKKSLTEIKDVLASRGLSLGMRLEN WPPASIADE ; 1 7 UNP RPOB_ECOLI P0A8V2 ? 7 ;MVYSYTEKKRIRKDFGKRPQVLDVPYLLSIQLDSFQKFIEQDPEGQYGLEAAFRSVFPIQSYSGNSELQYVSYRLGEPVF DVQECQIRGVTYSAPLRVKLRLVIYEREAPEGTVKDIKEQEVYMGEIPLMTDNGTFVINGTERVIVSQLHRSPGVFFDSD KGKTHSSGKVLYNARIIPYRGSWLDFEFDPKDNLFVRIDRRRKLPATIILRALNYTTEQILDLFFEKVIFEIRDNKLQME LVPERLRGETASFDIEANGKVYVEKGRRITARHIRQLEKDDVKLIEVPVEYIAGKVVAKDYIDESTGELICAANMELSLD LLAKLSQSGHKRIETLFTNDLDHGPYISETLRVDPTNDRLSALVEIYRMMRPGEPPTREAAESLFENLFFSEDRYDLSAV GRMKFNRSLLREEIEGSGILSKDDIIDVMKKLIDIRNGKGEVDDIDHLGNRRIRSVGEMAENQFRVGLVRVERAVKERLS LGDLDTLMPQDMINAKPISAAVKEFFGSSQLSQFMDQNNPLSEITHKRRISALGPGGLTRERAGFEVRDVHPTHYGRVCP IETPEGPNIGLINSLSVYAQTNEYGFLETPYRKVTDGVVTDEIHYLSAIEEGNYVIAQANSNLDEEGHFVEDLVTCRSKG ESSLFSRDQVDYMDVSTQQVVSVGASLIPFLEHDDANRALMGANMQRQAVPTLRADKPLVGTGMERAVAVDSGVTAVAKR GGVVQYVDASRIVIKVNEDEMYPGEAGIDIYNLTKYTRSNQNTCINQMPCVSLGEPVERGDVLADGPSTDLGELALGQNM RVAFMPWNGYNFEDSILVSERVVQEDRFTTIHIQELACVSRDTKLGPEEITADIPNVGEAALSKLDESGIVYIGAEVTGG DILVGKVTPKGETQLTPEEKLLRAIFGEKASDVKDSSLRVPNGVSGTVIDVQVFTRDGVEKDKRALEIEEMQLKQAKKDL SEELQILEAGLFSRIRAVLVAGGVEAEKLDKLPRDRWLELGLTDEEKQNQLEQLAEQYDELKHEFEKKLEAKRRKITQGD DLAPGVLKIVKVYLAVKRRIQPGDKMAGRHGNKGVISKINPIEDMPYDENGTPVDIVLNPLGVPSRMNIGQILETHLGMA AKGIGDKINAMLKQQQEVAKLREFIQRAYDLGADVRQKVDLSTFSDEEVMRLAENLRKGMPIATPVFDGAKEAEIKELLK LGDLPTSGQIRLYDGRTGEQFERPVTVGYMYMLKLNHLVDDKMHARSTGSYSLVTQQPLGGKAQFGGQRFGEMEVWALEA YGAAYTLQEMLTVKSDDVNGRTKMYKNIVDGNHQMEPGMPESFNVLLKEIRSLGINIELEDE ; 1 8 UNP RPOC_ECO57 P0A8T8 ? 8 ;MKDLLKFLKAQTKTEEFDAIKIALASPDMIRSWSFGEVKKPETINYRTFKPERDGLFCARIFGPVKDYECLCGKYKRLKH RGVICEKCGVEVTQTKVRRERMGHIELASPTAHIWFLKSLPSRIGLLLDMPLRDIERVLYFESYVVIEGGMTNLERQQIL TEEQYLDALEEFGDEFDAKMGAEAIQALLKSMDLEQECEQLREELNETNSETKRKKLTKRIKLLEAFVQSGNKPEWMILT VLPVLPPDLRPLVPLDGGRFATSDLNDLYRRVINRNNRLKRLLDLAAPDIIVRNEKRMLQEAVDALLDNGRRGRAITGSN KRPLKSLADMIKGKQGRFRQNLLGKRVDYSGRSVITVGPYLRLHQCGLPKKMALELFKPFIYGKLELRGLATTIKAAKKM VEREEAVVWDILDEVIREHPVLLNRAPTLHRLGIQAFEPVLIEGKAIQLHPLVCAAYNADFDGDQMAVHVPLTLEAQLEA RALMMSTNNILSPANGEPIIVPSQDVVLGLYYMTRDCVNAKGEGMVLTGPKEAERLYRSGLASLHARVKVRITEYEKDAN GELVAKTSLKDTTVGRAILWMIVPKGLPYSIVNQALGKKAISKMLNTCYRILGLKPTVIFADQIMYTGFAYAARSGASVG IDDMVIPEKKHEIISEAEAEVAEIQEQFQSGLVTAGERYNKVIDIWAAANDRVSKAMMDNLQTETVINRDGQEEKQVSFN SIYMMADSGARGSAAQIRQLAGMRGLMAKPDGSIIETPITANFREGLNVLQYFISTHGARKGLADTALKTANSGYLTRRL VDVAQDLVVTEDDCGTHEGIMMTPVIEGGDVKEPLRDRVLGRVTAEDVLKPGTADILVPRNTLLHEQWCDLLEENSVDAV KVRSVVSCDTDFGVCAHCYGRDLARGHIINKGEAIGVIAAQSIGEPGTQLTMRTFHIGGAASRAAAESSIQVKNKGSIKL SNVKSVVNSSGKLVITSRNTELKLIDEFGRTKESYKVPYGAVLAKGDGEQVAGGETVANWDPHTMPVITEVSGFVRFTDM IDGQTITRQTDELTGLSSLVVLDSAERTAGGKDLRPALKIVDAQGNDVLIPGTDMPAQYFLPGKAIVQLEDGVQISSGDT LARIPQESGGTKDITGGLPRVADLFEARRPKEPAILAEISGIVSFGKETKGKRRLVITPVDGSDPYEEMIPKWRQLNVFE GERVERGDVISDGPEAPHDILRLRGVHAVTRYIVNEVQDVYRLQGVKINDKHIEVIVRQMLRKATIVNAGSSDFLEGEQV EYSRVKIANRELEANGKVGATYSRDLLGITKASLATESFISAASFQETTRVLTEAAVAGKRDELRGLKENVIVGRLIPAG TGYAYHQDRMRRRAAGEAPAAPQVTAEDASASLAELLNAGLGGSDN ; 1 # loop_ _struct_ref_seq.align_id _struct_ref_seq.ref_id _struct_ref_seq.pdbx_PDB_id_code _struct_ref_seq.pdbx_strand_id _struct_ref_seq.seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.seq_align_end _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_db_accession _struct_ref_seq.db_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_db_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.db_align_end _struct_ref_seq.pdbx_db_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_end 1 1 8AD1 N 1 ? 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P0A800 1 ? 91 ? 1 91 5 5 8AD1 F 1 ? 613 ? P00579 1 ? 613 ? 1 613 6 6 8AD1 A 1 ? 329 ? P0A7Z4 1 ? 329 ? 1 329 7 6 8AD1 B 1 ? 329 ? P0A7Z4 1 ? 329 ? 1 329 8 7 8AD1 C 1 ? 1342 ? P0A8V2 1 ? 1342 ? 1 1342 9 8 8AD1 D 1 ? 1406 ? P0A8T8 1 ? 1406 ? 1 1406 # loop_ _struct_ref_seq_dif.align_id _struct_ref_seq_dif.pdbx_pdb_id_code _struct_ref_seq_dif.mon_id _struct_ref_seq_dif.pdbx_pdb_strand_id _struct_ref_seq_dif.seq_num _struct_ref_seq_dif.pdbx_pdb_ins_code _struct_ref_seq_dif.pdbx_seq_db_name _struct_ref_seq_dif.pdbx_seq_db_accession_code _struct_ref_seq_dif.db_mon_id _struct_ref_seq_dif.pdbx_seq_db_seq_num _struct_ref_seq_dif.details _struct_ref_seq_dif.pdbx_auth_seq_num _struct_ref_seq_dif.pdbx_ordinal 2 8AD1 C R 14 ? GB 1877730557 G 3073592 'engineered mutation' 14 1 2 8AD1 U R 37 ? GB 1877730557 A 3073615 'engineered mutation' 37 2 2 8AD1 C R 40 ? GB 1877730557 G 3073618 'engineered mutation' 40 3 5 8AD1 HIS F 571 ? UNP P00579 TYR 571 conflict 571 4 # loop_ _chem_comp.id _chem_comp.type _chem_comp.mon_nstd_flag _chem_comp.name _chem_comp.pdbx_synonyms _chem_comp.formula _chem_comp.formula_weight A 'RNA linking' y "ADENOSINE-5'-MONOPHOSPHATE" ? 'C10 H14 N5 O7 P' 347.221 ALA 'L-peptide linking' y ALANINE ? 'C3 H7 N O2' 89.093 ARG 'L-peptide linking' y ARGININE ? 'C6 H15 N4 O2 1' 175.209 ASN 'L-peptide linking' y ASPARAGINE ? 'C4 H8 N2 O3' 132.118 ASP 'L-peptide linking' y 'ASPARTIC ACID' ? 'C4 H7 N O4' 133.103 C 'RNA linking' y "CYTIDINE-5'-MONOPHOSPHATE" ? 'C9 H14 N3 O8 P' 323.197 CYS 'L-peptide linking' y CYSTEINE ? 'C3 H7 N O2 S' 121.158 DA 'DNA linking' y "2'-DEOXYADENOSINE-5'-MONOPHOSPHATE" ? 'C10 H14 N5 O6 P' 331.222 DC 'DNA linking' y "2'-DEOXYCYTIDINE-5'-MONOPHOSPHATE" ? 'C9 H14 N3 O7 P' 307.197 DG 'DNA linking' y "2'-DEOXYGUANOSINE-5'-MONOPHOSPHATE" ? 'C10 H14 N5 O7 P' 347.221 DT 'DNA linking' y "THYMIDINE-5'-MONOPHOSPHATE" ? 'C10 H15 N2 O8 P' 322.208 G 'RNA linking' y "GUANOSINE-5'-MONOPHOSPHATE" ? 'C10 H14 N5 O8 P' 363.221 GLN 'L-peptide linking' y GLUTAMINE ? 'C5 H10 N2 O3' 146.144 GLU 'L-peptide linking' y 'GLUTAMIC ACID' ? 'C5 H9 N O4' 147.129 GLY 'peptide linking' y GLYCINE ? 'C2 H5 N O2' 75.067 HIS 'L-peptide linking' y HISTIDINE ? 'C6 H10 N3 O2 1' 156.162 IGU 'DNA linking' n "2'-DEOXYISOGUANINE-5'-MONOPHOSPHATE" ? 'C10 H14 N5 O7 P' 347.221 ILE 'L-peptide linking' y ISOLEUCINE ? 'C6 H13 N O2' 131.173 LEU 'L-peptide linking' y LEUCINE ? 'C6 H13 N O2' 131.173 LYS 'L-peptide linking' y LYSINE ? 'C6 H15 N2 O2 1' 147.195 MET 'L-peptide linking' y METHIONINE ? 'C5 H11 N O2 S' 149.211 MG non-polymer . 'MAGNESIUM ION' ? 'Mg 2' 24.305 PHE 'L-peptide linking' y PHENYLALANINE ? 'C9 H11 N O2' 165.189 PRO 'L-peptide linking' y PROLINE ? 'C5 H9 N O2' 115.130 SER 'L-peptide linking' y SERINE ? 'C3 H7 N O3' 105.093 THR 'L-peptide linking' y THREONINE ? 'C4 H9 N O3' 119.119 TRP 'L-peptide linking' y TRYPTOPHAN ? 'C11 H12 N2 O2' 204.225 TYR 'L-peptide linking' y TYROSINE ? 'C9 H11 N O3' 181.189 U 'RNA linking' y "URIDINE-5'-MONOPHOSPHATE" ? 'C9 H13 N2 O9 P' 324.181 VAL 'L-peptide linking' y VALINE ? 'C5 H11 N O2' 117.146 ZN non-polymer . 'ZINC ION' ? 'Zn 2' 65.409 # _exptl.absorpt_coefficient_mu ? _exptl.absorpt_correction_T_max ? _exptl.absorpt_correction_T_min ? _exptl.absorpt_correction_type ? _exptl.absorpt_process_details ? _exptl.entry_id 8AD1 _exptl.crystals_number ? _exptl.details ? _exptl.method 'ELECTRON MICROSCOPY' _exptl.method_details ? # _refine.aniso_B[1][1] ? _refine.aniso_B[1][2] ? _refine.aniso_B[1][3] ? _refine.aniso_B[2][2] ? _refine.aniso_B[2][3] ? _refine.aniso_B[3][3] ? _refine.B_iso_max ? _refine.B_iso_mean 203.86 _refine.B_iso_min ? _refine.correlation_coeff_Fo_to_Fc ? _refine.correlation_coeff_Fo_to_Fc_free ? _refine.details ? _refine.diff_density_max ? _refine.diff_density_max_esd ? _refine.diff_density_min ? _refine.diff_density_min_esd ? _refine.diff_density_rms ? _refine.diff_density_rms_esd ? _refine.entry_id 8AD1 _refine.pdbx_refine_id 'ELECTRON MICROSCOPY' _refine.ls_abs_structure_details ? _refine.ls_abs_structure_Flack ? _refine.ls_abs_structure_Flack_esd ? _refine.ls_abs_structure_Rogers ? _refine.ls_abs_structure_Rogers_esd ? _refine.ls_d_res_high . _refine.ls_d_res_low ? _refine.ls_extinction_coef ? _refine.ls_extinction_coef_esd ? _refine.ls_extinction_expression ? _refine.ls_extinction_method ? _refine.ls_goodness_of_fit_all ? _refine.ls_goodness_of_fit_all_esd ? _refine.ls_goodness_of_fit_obs ? _refine.ls_goodness_of_fit_obs_esd ? _refine.ls_hydrogen_treatment ? _refine.ls_matrix_type ? _refine.ls_number_constraints ? _refine.ls_number_parameters ? _refine.ls_number_reflns_all ? _refine.ls_number_reflns_obs ? _refine.ls_number_reflns_R_free ? _refine.ls_number_reflns_R_work ? _refine.ls_number_restraints ? _refine.ls_percent_reflns_obs ? _refine.ls_percent_reflns_R_free ? _refine.ls_R_factor_all ? _refine.ls_R_factor_obs ? _refine.ls_R_factor_R_free ? _refine.ls_R_factor_R_free_error ? _refine.ls_R_factor_R_free_error_details ? _refine.ls_R_factor_R_work ? _refine.ls_R_Fsqd_factor_obs ? _refine.ls_R_I_factor_obs ? _refine.ls_redundancy_reflns_all ? _refine.ls_redundancy_reflns_obs ? _refine.ls_restrained_S_all ? _refine.ls_restrained_S_obs ? _refine.ls_shift_over_esd_max ? _refine.ls_shift_over_esd_mean ? _refine.ls_structure_factor_coef ? _refine.ls_weighting_details ? _refine.ls_weighting_scheme ? _refine.ls_wR_factor_all ? _refine.ls_wR_factor_obs ? _refine.ls_wR_factor_R_free ? _refine.ls_wR_factor_R_work ? _refine.occupancy_max ? _refine.occupancy_min ? _refine.solvent_model_details ? _refine.solvent_model_param_bsol ? _refine.solvent_model_param_ksol ? _refine.pdbx_R_complete ? _refine.ls_R_factor_gt ? _refine.ls_goodness_of_fit_gt ? _refine.ls_goodness_of_fit_ref ? _refine.ls_shift_over_su_max ? _refine.ls_shift_over_su_max_lt ? _refine.ls_shift_over_su_mean ? _refine.ls_shift_over_su_mean_lt ? _refine.pdbx_ls_sigma_I ? _refine.pdbx_ls_sigma_F ? _refine.pdbx_ls_sigma_Fsqd ? _refine.pdbx_data_cutoff_high_absF ? _refine.pdbx_data_cutoff_high_rms_absF ? _refine.pdbx_data_cutoff_low_absF ? _refine.pdbx_isotropic_thermal_model ? _refine.pdbx_ls_cross_valid_method NONE _refine.pdbx_method_to_determine_struct ? _refine.pdbx_starting_model ? _refine.pdbx_stereochemistry_target_values 'GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2' _refine.pdbx_R_Free_selection_details ? _refine.pdbx_stereochem_target_val_spec_case ? _refine.pdbx_overall_ESU_R ? _refine.pdbx_overall_ESU_R_Free ? _refine.pdbx_solvent_vdw_probe_radii ? _refine.pdbx_solvent_ion_probe_radii ? _refine.pdbx_solvent_shrinkage_radii ? _refine.pdbx_real_space_R ? _refine.pdbx_density_correlation ? _refine.pdbx_pd_number_of_powder_patterns ? _refine.pdbx_pd_number_of_points ? _refine.pdbx_pd_meas_number_of_points ? _refine.pdbx_pd_proc_ls_prof_R_factor ? _refine.pdbx_pd_proc_ls_prof_wR_factor ? _refine.pdbx_pd_Marquardt_correlation_coeff ? _refine.pdbx_pd_Fsqrd_R_factor ? _refine.pdbx_pd_ls_matrix_band_width ? _refine.pdbx_overall_phase_error ? _refine.pdbx_overall_SU_R_free_Cruickshank_DPI ? _refine.pdbx_overall_SU_R_free_Blow_DPI ? _refine.pdbx_overall_SU_R_Blow_DPI ? _refine.pdbx_TLS_residual_ADP_flag ? _refine.pdbx_diffrn_id ? _refine.overall_SU_B ? _refine.overall_SU_ML ? _refine.overall_SU_R_Cruickshank_DPI ? _refine.overall_SU_R_free ? _refine.overall_FOM_free_R_set ? _refine.overall_FOM_work_R_set ? _refine.pdbx_average_fsc_overall ? _refine.pdbx_average_fsc_work ? _refine.pdbx_average_fsc_free ? # loop_ _refine_ls_restr.pdbx_refine_id _refine_ls_restr.criterion _refine_ls_restr.dev_ideal _refine_ls_restr.dev_ideal_target _refine_ls_restr.number _refine_ls_restr.rejects _refine_ls_restr.type _refine_ls_restr.weight _refine_ls_restr.pdbx_restraint_function 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.0283 ? 28727 ? f_bond_d ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 1.0039 ? 39076 ? f_angle_d ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.0413 ? 4464 ? f_chiral_restr ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.0035 ? 4855 ? f_plane_restr ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 15.5508 ? 11130 ? f_dihedral_angle_d ? ? # _struct.entry_id 8AD1 _struct.title 'RNA polymerase at U-rich pause bound to RNA putL triple mutant - pause prone, closed clamp state' _struct.pdbx_model_details ? _struct.pdbx_formula_weight ? _struct.pdbx_formula_weight_method ? _struct.pdbx_model_type_details ? _struct.pdbx_CASP_flag N # _struct_keywords.entry_id 8AD1 _struct_keywords.text 'RNA polymerase, transcriptional pausing, transcription termination, regulatory RNA, TRANSCRIPTION' _struct_keywords.pdbx_keywords TRANSCRIPTION # loop_ _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.entity_id _struct_asym.details A N N 1 ? B N N 2 ? C N N 3 ? D N N 4 ? E N N 5 ? F N N 6 ? G N N 6 ? H N N 7 ? I N N 8 ? J N N 9 ? K N N 10 ? 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WATSON-CRICK ? ? ? # loop_ _struct_conn_type.id _struct_conn_type.criteria _struct_conn_type.reference covale ? ? metalc ? ? hydrog ? ? # loop_ _struct_mon_prot_cis.pdbx_id _struct_mon_prot_cis.label_comp_id _struct_mon_prot_cis.label_seq_id _struct_mon_prot_cis.label_asym_id _struct_mon_prot_cis.label_alt_id _struct_mon_prot_cis.pdbx_PDB_ins_code _struct_mon_prot_cis.auth_comp_id _struct_mon_prot_cis.auth_seq_id _struct_mon_prot_cis.auth_asym_id _struct_mon_prot_cis.pdbx_label_comp_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_label_seq_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_label_asym_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_PDB_ins_code_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_auth_comp_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_auth_seq_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_auth_asym_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_PDB_model_num _struct_mon_prot_cis.pdbx_omega_angle 1 GLU 29 G . ? GLU 29 B PRO 30 G ? PRO 30 B 1 -5.51 2 PHE 57 H . ? PHE 57 C PRO 58 H ? PRO 58 C 1 -2.14 3 ALA 426 I . ? ALA 426 D PRO 427 I ? 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AF1 ? 3 ? # loop_ _struct_sheet_order.sheet_id _struct_sheet_order.range_id_1 _struct_sheet_order.range_id_2 _struct_sheet_order.offset _struct_sheet_order.sense AA1 1 2 ? anti-parallel AA1 2 3 ? anti-parallel AA1 3 4 ? anti-parallel AA2 1 2 ? anti-parallel AA2 2 3 ? anti-parallel AA2 3 4 ? anti-parallel AA3 1 2 ? anti-parallel AA4 1 2 ? anti-parallel AA5 1 2 ? anti-parallel AA6 1 2 ? anti-parallel AA6 2 3 ? anti-parallel AA6 3 4 ? anti-parallel AA7 1 2 ? anti-parallel AA7 2 3 ? anti-parallel AA7 3 4 ? anti-parallel AA8 1 2 ? anti-parallel AA9 1 2 ? anti-parallel AB1 1 2 ? anti-parallel AB2 1 2 ? parallel AB2 2 3 ? parallel AB3 1 2 ? anti-parallel AB3 2 3 ? anti-parallel AB3 3 4 ? anti-parallel AB4 1 2 ? anti-parallel AB5 1 2 ? anti-parallel AB5 2 3 ? parallel AB6 1 2 ? anti-parallel AB6 2 3 ? anti-parallel AB6 3 4 ? anti-parallel AB6 4 5 ? anti-parallel AB7 1 2 ? anti-parallel AB7 2 3 ? anti-parallel AB7 3 4 ? anti-parallel AB8 1 2 ? anti-parallel AB9 1 2 ? anti-parallel AC1 1 2 ? anti-parallel AC1 2 3 ? anti-parallel AC2 1 2 ? anti-parallel AC2 2 3 ? anti-parallel AC3 1 2 ? anti-parallel AC4 1 2 ? anti-parallel AC4 2 3 ? anti-parallel AC4 3 4 ? anti-parallel AC5 1 2 ? anti-parallel AC6 1 2 ? anti-parallel AC7 1 2 ? anti-parallel AC7 2 3 ? anti-parallel AC7 3 4 ? parallel AC7 4 5 ? anti-parallel AC7 5 6 ? parallel AC8 1 2 ? anti-parallel AC8 2 3 ? anti-parallel AC9 1 2 ? anti-parallel AC9 2 3 ? anti-parallel AD1 1 2 ? anti-parallel AD2 1 2 ? anti-parallel AD2 2 3 ? anti-parallel AD2 3 4 ? anti-parallel AD2 4 5 ? anti-parallel AD2 5 6 ? parallel AD3 1 2 ? anti-parallel AD3 2 3 ? parallel AD4 1 2 ? anti-parallel AD5 1 2 ? anti-parallel AD6 1 2 ? parallel AD6 2 3 ? anti-parallel AD7 1 2 ? parallel AD7 2 3 ? anti-parallel AD8 1 2 ? anti-parallel AD9 1 2 ? parallel AE1 1 2 ? anti-parallel AE2 1 2 ? anti-parallel AE3 1 2 ? anti-parallel AE4 1 2 ? anti-parallel AE4 2 3 ? anti-parallel AE4 3 4 ? anti-parallel AE4 4 5 ? anti-parallel AE5 1 2 ? anti-parallel AE6 1 2 ? anti-parallel AE7 1 2 ? anti-parallel AE8 1 2 ? anti-parallel AE8 2 3 ? anti-parallel AE9 1 2 ? anti-parallel AE9 2 3 ? anti-parallel AE9 3 4 ? anti-parallel AF1 1 2 ? anti-parallel AF1 2 3 ? anti-parallel # loop_ _struct_sheet_range.sheet_id _struct_sheet_range.id _struct_sheet_range.beg_label_comp_id _struct_sheet_range.beg_label_asym_id _struct_sheet_range.beg_label_seq_id _struct_sheet_range.pdbx_beg_PDB_ins_code _struct_sheet_range.end_label_comp_id _struct_sheet_range.end_label_asym_id _struct_sheet_range.end_label_seq_id _struct_sheet_range.pdbx_end_PDB_ins_code _struct_sheet_range.beg_auth_comp_id _struct_sheet_range.beg_auth_asym_id _struct_sheet_range.beg_auth_seq_id _struct_sheet_range.end_auth_comp_id _struct_sheet_range.end_auth_asym_id _struct_sheet_range.end_auth_seq_id AA1 1 LEU F 13 ? 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H GLU 899 1178 1 Y 1 C LYS 900 ? H LYS 900 1179 1 Y 1 C LEU 901 ? H LEU 901 1180 1 Y 1 C LEU 902 ? H LEU 902 1181 1 Y 1 C ARG 903 ? H ARG 903 1182 1 Y 1 C ALA 904 ? H ALA 904 1183 1 Y 1 C ILE 905 ? H ILE 905 1184 1 Y 1 C PHE 906 ? H PHE 906 1185 1 Y 1 C GLY 907 ? H GLY 907 1186 1 Y 1 C GLU 908 ? H GLU 908 1187 1 Y 1 C LYS 909 ? H LYS 909 1188 1 Y 1 C ALA 910 ? H ALA 910 1189 1 Y 1 C SER 911 ? H SER 911 1190 1 Y 1 C ASP 912 ? H ASP 912 1191 1 Y 1 D MET 1 ? I MET 1 1192 1 Y 1 D LYS 2 ? I LYS 2 1193 1 Y 1 D ASP 3 ? I ASP 3 1194 1 Y 1 D LEU 4 ? I LEU 4 1195 1 Y 1 D LEU 5 ? I LEU 5 1196 1 Y 1 D LYS 6 ? I LYS 6 1197 1 Y 1 D PHE 7 ? I PHE 7 1198 1 Y 1 D LEU 8 ? I LEU 8 1199 1 Y 1 D LYS 9 ? I LYS 9 1200 1 Y 1 D ALA 10 ? I ALA 10 1201 1 Y 1 D GLN 11 ? I GLN 11 1202 1 Y 1 D THR 12 ? I THR 12 1203 1 Y 1 D LYS 13 ? I LYS 13 1204 1 Y 1 D THR 14 ? I THR 14 1205 1 Y 1 D GLU 15 ? I GLU 15 1206 1 Y 1 D THR 934 ? I THR 934 1207 1 Y 1 D PHE 935 ? I PHE 935 1208 1 Y 1 D HIS 936 ? I HIS 936 1209 1 Y 1 D ILE 937 ? I ILE 937 1210 1 Y 1 D GLY 938 ? I GLY 938 1211 1 Y 1 D GLY 939 ? I GLY 939 1212 1 Y 1 D ALA 940 ? I ALA 940 1213 1 Y 1 D ALA 941 ? I ALA 941 1214 1 Y 1 D SER 942 ? I SER 942 1215 1 Y 1 D ARG 943 ? I ARG 943 1216 1 Y 1 D ALA 944 ? I ALA 944 1217 1 Y 1 D ALA 945 ? I ALA 945 1218 1 Y 1 D ALA 946 ? I ALA 946 1219 1 Y 1 D GLU 947 ? I GLU 947 1220 1 Y 1 D GLU 1127 ? I GLU 1127 1221 1 Y 1 D SER 1128 ? I SER 1128 1222 1 Y 1 D GLY 1129 ? I GLY 1129 1223 1 Y 1 D GLY 1130 ? I GLY 1130 1224 1 Y 1 D THR 1131 ? I THR 1131 1225 1 Y 1 D LYS 1132 ? I LYS 1132 1226 1 Y 1 D ASP 1133 ? I ASP 1133 1227 1 Y 1 D ILE 1134 ? I ILE 1134 1228 1 Y 1 D THR 1135 ? I THR 1135 1229 1 Y 1 D ALA 1374 ? I ALA 1374 1230 1 Y 1 D ALA 1375 ? I ALA 1375 1231 1 Y 1 D GLY 1376 ? I GLY 1376 1232 1 Y 1 D GLU 1377 ? I GLU 1377 1233 1 Y 1 D ALA 1378 ? I ALA 1378 1234 1 Y 1 D PRO 1379 ? I PRO 1379 1235 1 Y 1 D ALA 1380 ? I ALA 1380 1236 1 Y 1 D ALA 1381 ? I ALA 1381 1237 1 Y 1 D PRO 1382 ? I PRO 1382 1238 1 Y 1 D GLN 1383 ? I GLN 1383 1239 1 Y 1 D VAL 1384 ? I VAL 1384 1240 1 Y 1 D THR 1385 ? I THR 1385 1241 1 Y 1 D ALA 1386 ? I ALA 1386 1242 1 Y 1 D GLU 1387 ? I GLU 1387 1243 1 Y 1 D ASP 1388 ? I ASP 1388 1244 1 Y 1 D ALA 1389 ? I ALA 1389 1245 1 Y 1 D SER 1390 ? I SER 1390 1246 1 Y 1 D ALA 1391 ? I ALA 1391 1247 1 Y 1 D SER 1392 ? I SER 1392 1248 1 Y 1 D LEU 1393 ? I LEU 1393 1249 1 Y 1 D ALA 1394 ? I ALA 1394 1250 1 Y 1 D GLU 1395 ? I GLU 1395 1251 1 Y 1 D LEU 1396 ? I LEU 1396 1252 1 Y 1 D LEU 1397 ? I LEU 1397 1253 1 Y 1 D ASN 1398 ? I ASN 1398 1254 1 Y 1 D ALA 1399 ? I ALA 1399 1255 1 Y 1 D GLY 1400 ? I GLY 1400 1256 1 Y 1 D LEU 1401 ? I LEU 1401 1257 1 Y 1 D GLY 1402 ? I GLY 1402 1258 1 Y 1 D GLY 1403 ? I GLY 1403 1259 1 Y 1 D SER 1404 ? I SER 1404 1260 1 Y 1 D ASP 1405 ? I ASP 1405 1261 1 Y 1 D ASN 1406 ? I ASN 1406 # _em_ctf_correction.details ? _em_ctf_correction.em_image_processing_id 1 _em_ctf_correction.id 1 _em_ctf_correction.type 'PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION' # _em_entity_assembly_molwt.entity_assembly_id 1 _em_entity_assembly_molwt.experimental_flag NO _em_entity_assembly_molwt.id 1 _em_entity_assembly_molwt.units KILODALTONS/NANOMETER _em_entity_assembly_molwt.value 435 # _em_entity_assembly_naturalsource.cell ? _em_entity_assembly_naturalsource.cellular_location ? _em_entity_assembly_naturalsource.entity_assembly_id 1 _em_entity_assembly_naturalsource.id 2 _em_entity_assembly_naturalsource.ncbi_tax_id 83333 _em_entity_assembly_naturalsource.organism 'Escherichia coli K-12' _em_entity_assembly_naturalsource.organelle ? _em_entity_assembly_naturalsource.organ ? _em_entity_assembly_naturalsource.strain ? _em_entity_assembly_naturalsource.tissue ? # _em_entity_assembly_recombinant.cell ? _em_entity_assembly_recombinant.entity_assembly_id 1 _em_entity_assembly_recombinant.id 2 _em_entity_assembly_recombinant.ncbi_tax_id 469008 _em_entity_assembly_recombinant.organism 'Escherichia coli BL21(DE3)' _em_entity_assembly_recombinant.plasmid ? _em_entity_assembly_recombinant.strain ? # _em_image_processing.details ? _em_image_processing.id 1 _em_image_processing.image_recording_id 1 # _em_image_recording.average_exposure_time 2.2 _em_image_recording.avg_electron_dose_per_subtomogram ? _em_image_recording.avg_electron_dose_per_image 52 _em_image_recording.details ? _em_image_recording.detector_mode ? _em_image_recording.film_or_detector_model 'GATAN K3 (6k x 4k)' _em_image_recording.id 1 _em_image_recording.imaging_id 1 _em_image_recording.num_diffraction_images ? _em_image_recording.num_grids_imaged 1 _em_image_recording.num_real_images ? # loop_ _em_software.category _em_software.details _em_software.id _em_software.image_processing_id _em_software.fitting_id _em_software.imaging_id _em_software.name _em_software.version 'CRYSTALLOGRAPHY MERGING' ? 1 1 1 1 ? ? 'IMAGE ACQUISITION' ? 2 ? ? 1 SerialEM ? MASKING ? 3 ? ? ? ? ? 'CTF CORRECTION' ? 4 1 ? ? CTFFIND 4 'LAYERLINE INDEXING' ? 5 ? ? ? ? ? 'DIFFRACTION INDEXING' ? 6 ? ? ? ? ? 'MODEL FITTING' ? 7 ? 1 ? Coot 0.9 OTHER ? 8 ? ? ? ? ? 'INITIAL EULER ASSIGNMENT' ? 9 1 ? ? cryoSPARC 3.3 'FINAL EULER ASSIGNMENT' ? 10 1 ? ? cryoSPARC 3.3 CLASSIFICATION ? 11 1 ? ? cryoSPARC 3.3 RECONSTRUCTION ? 12 1 ? ? cryoSPARC 3.3 'MODEL REFINEMENT' ? 13 ? 1 ? PHENIX 1.20 'PARTICLE SELECTION' ? 14 1 1 1 ? ? 'VOLUME SELECTION' ? 15 1 1 1 ? ? 'SERIES ALIGNMENT' ? 16 1 1 1 ? ? 'MOLECULAR REPLACEMENT' ? 17 1 1 1 ? ? 'LATTICE DISTORTION CORRECTION' ? 18 1 1 1 ? ? 'SYMMETRY DETERMINATION' ? 19 1 1 1 ? ? # _em_specimen.concentration 12 _em_specimen.details ;The co-transcriptionally halted complexes for cryo-EM analysis were prepared in vitro by mixing E. coli RNAP holoenzyme with templates containing the DNA base analogue isoG. The RNAP ECs halted at the U-rich pause (G93). The complexes were prepared in 0.03 ml reactions and contained: 0.02 mM of E. coli RNAP, 0.080 mM of E. coli Sigma70, 0.02 mM of template DNA, 20 mM Tris-glutamate pH 8.0, 50 mM K-glutamate, 10 mM Mg-glutamate, 0.001 mM ZnCl2, 2mM DTT and 6 mM of each ATP, GTP, CTP and UTP. Initially, all the components except NTPs were added and incubated for 10 min at 310K. To allow transcription elongation, NTPs were added and the sample was incubated for 20 to 40 min at 310K. The final products were purified on a Superose 6 Increase 3.2/300 gel filtration column equilibrated in Glutamate buffer. Samples were concentrated to 10-12 mg/mL using an Amicon Ultra 0.5mL centrifugal filter unit (30 KDa MWCO). Before grid freezing, 8 mM of CHAPSO was added to freshly prepared sample to overcome preferred particle orientation. ; _em_specimen.embedding_applied NO _em_specimen.experiment_id 1 _em_specimen.id 1 _em_specimen.shadowing_applied NO _em_specimen.staining_applied NO _em_specimen.vitrification_applied YES # loop_ _ndb_struct_conf_na.entry_id _ndb_struct_conf_na.feature 8AD1 'double helix' 8AD1 'a-form double helix' 8AD1 'b-form double helix' # loop_ _ndb_struct_na_base_pair.model_number _ndb_struct_na_base_pair.i_label_asym_id _ndb_struct_na_base_pair.i_label_comp_id _ndb_struct_na_base_pair.i_label_seq_id _ndb_struct_na_base_pair.i_symmetry _ndb_struct_na_base_pair.j_label_asym_id _ndb_struct_na_base_pair.j_label_comp_id _ndb_struct_na_base_pair.j_label_seq_id _ndb_struct_na_base_pair.j_symmetry _ndb_struct_na_base_pair.shear _ndb_struct_na_base_pair.stretch _ndb_struct_na_base_pair.stagger _ndb_struct_na_base_pair.buckle _ndb_struct_na_base_pair.propeller _ndb_struct_na_base_pair.opening _ndb_struct_na_base_pair.pair_number _ndb_struct_na_base_pair.pair_name _ndb_struct_na_base_pair.i_auth_asym_id _ndb_struct_na_base_pair.i_auth_seq_id _ndb_struct_na_base_pair.i_PDB_ins_code _ndb_struct_na_base_pair.j_auth_asym_id _ndb_struct_na_base_pair.j_auth_seq_id _ndb_struct_na_base_pair.j_PDB_ins_code _ndb_struct_na_base_pair.hbond_type_28 _ndb_struct_na_base_pair.hbond_type_12 1 A DC 231 1_555 C DG 36 1_555 0.194 -0.151 0.335 2.224 1.337 0.695 1 N_DC231:DG36_T N 231 ? T 36 ? 19 1 1 A DA 232 1_555 C DT 35 1_555 0.067 -0.133 0.170 3.698 -2.363 1.916 2 N_DA232:DT35_T N 232 ? T 35 ? 20 1 1 A DT 233 1_555 C DA 34 1_555 -0.094 -0.116 -0.066 2.636 -5.820 0.097 3 N_DT233:DA34_T N 233 ? T 34 ? 20 1 1 A DT 234 1_555 C DA 33 1_555 -0.090 -0.171 0.179 -2.353 -8.827 3.940 4 N_DT234:DA33_T N 234 ? T 33 ? 20 1 1 A DA 235 1_555 C DT 32 1_555 0.095 -0.102 -0.487 -10.490 -8.467 -2.802 5 N_DA235:DT32_T N 235 ? T 32 ? 20 1 1 A DG 236 1_555 C DC 31 1_555 -0.228 -0.209 -0.749 -8.733 -5.542 2.509 6 N_DG236:DC31_T N 236 ? T 31 ? 19 1 1 A DC 237 1_555 C DG 30 1_555 0.222 -0.148 -0.156 -8.490 -4.666 2.048 7 N_DC237:DG30_T N 237 ? T 30 ? 19 1 1 A DG 238 1_555 C DC 29 1_555 -0.197 -0.158 0.210 -11.647 1.580 3.179 8 N_DG238:DC29_T N 238 ? T 29 ? 19 1 1 A DA 239 1_555 C DT 28 1_555 0.085 -0.181 0.484 -4.965 0.821 0.454 9 N_DA239:DT28_T N 239 ? T 28 ? 20 1 1 A DG 240 1_555 C DC 27 1_555 -0.143 -0.283 0.862 -0.872 0.104 -0.075 10 N_DG240:DC27_T N 240 ? 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T 7 ? 20 1 1 A DC 261 1_555 C DG 6 1_555 0.174 -0.232 0.697 -0.104 -4.024 -0.539 20 N_DC261:DG6_T N 261 ? T 6 ? 19 1 1 A DA 262 1_555 C DT 5 1_555 0.073 -0.191 -0.360 0.102 -5.936 2.380 21 N_DA262:DT5_T N 262 ? T 5 ? 20 1 1 A DC 263 1_555 C DG 4 1_555 0.218 -0.206 -0.531 -2.189 -4.883 2.801 22 N_DC263:DG4_T N 263 ? T 4 ? 19 1 1 A DG 264 1_555 C DC 3 1_555 -0.170 -0.151 0.203 -6.858 -5.620 0.256 23 N_DG264:DC3_T N 264 ? T 3 ? 19 1 1 A DG 265 1_555 C DC 2 1_555 -0.156 -0.295 1.000 1.635 -1.449 -0.796 24 N_DG265:DC2_T N 265 ? T 2 ? 19 1 1 A DC 266 1_555 C DG 1 1_555 0.157 -0.337 1.015 -0.442 -0.344 0.949 25 N_DC266:DG1_T N 266 ? T 1 ? 19 1 1 B G 85 1_555 C DC 23 1_555 -0.191 -0.187 0.471 -3.503 -0.197 -0.203 26 R_G85:DC23_T R 85 ? T 23 ? 19 1 1 B C 86 1_555 C DG 22 1_555 0.180 -0.200 0.631 0.170 3.643 1.849 27 R_C86:DG22_T R 86 ? T 22 ? 19 1 1 B U 87 1_555 C DA 21 1_555 -0.054 -0.179 0.660 1.308 3.988 -0.291 28 R_U87:DA21_T R 87 ? 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