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'C6 H13 N O2' 131.173 LYS 'L-peptide linking' y LYSINE ? 'C6 H15 N2 O2 1' 147.195 MET 'L-peptide linking' y METHIONINE ? 'C5 H11 N O2 S' 149.211 PHE 'L-peptide linking' y PHENYLALANINE ? 'C9 H11 N O2' 165.189 PRO 'L-peptide linking' y PROLINE ? 'C5 H9 N O2' 115.130 SER 'L-peptide linking' y SERINE ? 'C3 H7 N O3' 105.093 THR 'L-peptide linking' y THREONINE ? 'C4 H9 N O3' 119.119 TRP 'L-peptide linking' y TRYPTOPHAN ? 'C11 H12 N2 O2' 204.225 TYR 'L-peptide linking' y TYROSINE ? 'C9 H11 N O3' 181.189 VAL 'L-peptide linking' y VALINE ? 'C5 H11 N O2' 117.146 # _exptl.absorpt_coefficient_mu ? _exptl.absorpt_correction_T_max ? _exptl.absorpt_correction_T_min ? _exptl.absorpt_correction_type ? _exptl.absorpt_process_details ? _exptl.entry_id 8AE1 _exptl.crystals_number ? _exptl.details ? _exptl.method 'ELECTRON MICROSCOPY' _exptl.method_details ? # _refine.pdbx_refine_id 'ELECTRON MICROSCOPY' _refine.entry_id 8AE1 _refine.pdbx_diffrn_id ? _refine.pdbx_TLS_residual_ADP_flag ? _refine.ls_number_reflns_obs ? _refine.ls_number_reflns_all ? _refine.pdbx_ls_sigma_I ? _refine.pdbx_ls_sigma_F ? _refine.pdbx_data_cutoff_high_absF ? _refine.pdbx_data_cutoff_low_absF ? _refine.pdbx_data_cutoff_high_rms_absF ? _refine.ls_d_res_low ? _refine.ls_d_res_high . _refine.ls_percent_reflns_obs ? _refine.ls_R_factor_obs ? _refine.ls_R_factor_all ? _refine.ls_R_factor_R_work ? _refine.ls_R_factor_R_free ? _refine.ls_R_factor_R_free_error ? _refine.ls_R_factor_R_free_error_details ? _refine.ls_percent_reflns_R_free ? _refine.ls_number_reflns_R_free ? _refine.ls_number_parameters ? _refine.ls_number_restraints ? _refine.occupancy_min ? _refine.occupancy_max ? _refine.correlation_coeff_Fo_to_Fc ? _refine.correlation_coeff_Fo_to_Fc_free ? _refine.B_iso_mean ? _refine.aniso_B[1][1] ? _refine.aniso_B[2][2] ? _refine.aniso_B[3][3] ? _refine.aniso_B[1][2] ? _refine.aniso_B[1][3] ? _refine.aniso_B[2][3] ? _refine.solvent_model_details ? _refine.solvent_model_param_ksol ? _refine.solvent_model_param_bsol ? _refine.pdbx_solvent_vdw_probe_radii ? _refine.pdbx_solvent_ion_probe_radii ? _refine.pdbx_solvent_shrinkage_radii ? _refine.pdbx_ls_cross_valid_method ? _refine.details ? _refine.pdbx_starting_model ? _refine.pdbx_method_to_determine_struct ? _refine.pdbx_isotropic_thermal_model ? _refine.pdbx_stereochemistry_target_values ? _refine.pdbx_stereochem_target_val_spec_case ? _refine.pdbx_R_Free_selection_details ? _refine.pdbx_overall_ESU_R ? _refine.pdbx_overall_ESU_R_Free ? _refine.overall_SU_ML ? _refine.pdbx_overall_phase_error ? _refine.overall_SU_B ? _refine.overall_SU_R_Cruickshank_DPI ? _refine.pdbx_overall_SU_R_free_Cruickshank_DPI ? _refine.pdbx_overall_SU_R_Blow_DPI ? _refine.pdbx_overall_SU_R_free_Blow_DPI ? # loop_ _refine_ls_restr.pdbx_refine_id _refine_ls_restr.criterion _refine_ls_restr.dev_ideal _refine_ls_restr.dev_ideal_target _refine_ls_restr.number _refine_ls_restr.rejects _refine_ls_restr.type _refine_ls_restr.weight _refine_ls_restr.pdbx_restraint_function 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.002 ? 21912 ? f_bond_d ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.453 ? 29781 ? f_angle_d ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 3.918 ? 3207 ? f_dihedral_angle_d ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.043 ? 3222 ? f_chiral_restr ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.003 ? 4044 ? f_plane_restr ? ? # _struct.entry_id 8AE1 _struct.title 'Structure of trimeric SlpA outer membrane protein' _struct.pdbx_model_details ? _struct.pdbx_formula_weight ? _struct.pdbx_formula_weight_method ? _struct.pdbx_model_type_details ? _struct.pdbx_CASP_flag N # _struct_keywords.entry_id 8AE1 _struct_keywords.text 'SlpA protein, STRUCTURAL PROTEIN' _struct_keywords.pdbx_keywords 'STRUCTURAL PROTEIN' # loop_ _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.entity_id _struct_asym.details A N N 1 ? B N N 1 ? C N N 1 ? D N N 2 ? E N N 2 ? F N N 2 ? G N N 2 ? H N N 2 ? I N N 2 ? J N N 2 ? K N N 2 ? L N N 2 ? M N N 2 ? N N N 2 ? O N N 2 ? P N N 2 ? Q N N 2 ? R N N 2 ? S N N 2 ? T N N 2 ? U N N 2 ? # loop_ _struct_conf.conf_type_id _struct_conf.id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_id _struct_conf.beg_label_comp_id _struct_conf.beg_label_asym_id _struct_conf.beg_label_seq_id _struct_conf.pdbx_beg_PDB_ins_code _struct_conf.end_label_comp_id _struct_conf.end_label_asym_id _struct_conf.end_label_seq_id _struct_conf.pdbx_end_PDB_ins_code _struct_conf.beg_auth_comp_id _struct_conf.beg_auth_asym_id _struct_conf.beg_auth_seq_id _struct_conf.end_auth_comp_id _struct_conf.end_auth_asym_id _struct_conf.end_auth_seq_id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_class _struct_conf.details _struct_conf.pdbx_PDB_helix_length HELX_P HELX_P1 AA1 GLN A 217 ? ASN A 252 ? GLN A 217 ASN A 252 1 ? 36 HELX_P HELX_P2 AA2 GLN A 304 ? PHE A 308 ? GLN A 304 PHE A 308 5 ? 5 HELX_P HELX_P3 AA3 GLY A 321 ? LEU A 325 ? GLY A 321 LEU A 325 5 ? 5 HELX_P HELX_P4 AA4 ASN A 350 ? TYR A 354 ? ASN A 350 TYR A 354 5 ? 5 HELX_P HELX_P5 AA5 THR A 451 ? TYR A 456 ? THR A 451 TYR A 456 1 ? 6 HELX_P HELX_P6 AA6 PHE A 591 ? 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ASN C 920 SER C 924 5 ? 5 # _struct_conf_type.id HELX_P _struct_conf_type.criteria ? _struct_conf_type.reference ? # loop_ _struct_conn.id _struct_conn.conn_type_id _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag _struct_conn.pdbx_PDB_id _struct_conn.ptnr1_label_asym_id _struct_conn.ptnr1_label_comp_id _struct_conn.ptnr1_label_seq_id _struct_conn.ptnr1_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id _struct_conn.ptnr1_symmetry _struct_conn.ptnr2_label_asym_id _struct_conn.ptnr2_label_comp_id _struct_conn.ptnr2_label_seq_id _struct_conn.ptnr2_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_symmetry _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code _struct_conn.details _struct_conn.pdbx_dist_value _struct_conn.pdbx_value_order _struct_conn.pdbx_role disulf1 disulf ? ? 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A GLU 381 OE2 ? ? ? 1_555 L CA . CA ? ? A GLU 381 B CA 1203 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.402 ? ? metalc8 metalc ? ? A ASP 438 OD1 ? ? ? 1_555 E CA . CA ? ? A ASP 438 A CA 1202 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.442 ? ? metalc9 metalc ? ? A ASN 440 OD1 ? ? ? 1_555 E CA . CA ? ? A ASN 440 A CA 1202 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.391 ? ? metalc10 metalc ? ? A ASN 442 OD1 ? ? ? 1_555 E CA . CA ? ? A ASN 442 A CA 1202 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.542 ? ? metalc11 metalc ? ? A LYS 444 O ? ? ? 1_555 E CA . CA ? ? A LYS 444 A CA 1202 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.371 ? ? metalc12 metalc ? ? A ASP 446 OD1 ? ? ? 1_555 E CA . CA ? ? A ASP 446 A CA 1202 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.452 ? ? metalc13 metalc ? ? A GLU 449 OE1 ? ? ? 1_555 E CA . CA ? ? A GLU 449 A CA 1202 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.714 ? ? metalc14 metalc ? ? A GLU 449 OE2 ? ? ? 1_555 E CA . CA ? ? A GLU 449 A CA 1202 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.406 ? ? metalc15 metalc ? ? A ASP 513 OD1 ? ? ? 1_555 H CA . CA ? ? A ASP 513 A CA 1205 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.668 ? ? metalc16 metalc ? ? 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A ASP 731 OD1 ? ? ? 1_555 I CA . CA ? ? A ASP 731 A CA 1206 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 3.167 ? ? metalc26 metalc ? ? A ASN 733 OD1 ? ? ? 1_555 I CA . CA ? ? A ASN 733 A CA 1206 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.579 ? ? metalc27 metalc ? ? A ASP 735 OD1 ? ? ? 1_555 I CA . CA ? ? A ASP 735 A CA 1206 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.447 ? ? metalc28 metalc ? ? A ASP 735 OD2 ? ? ? 1_555 I CA . CA ? ? A ASP 735 A CA 1206 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.541 ? ? metalc29 metalc ? ? A THR 737 O ? ? ? 1_555 I CA . CA ? ? A THR 737 A CA 1206 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.646 ? ? metalc30 metalc ? ? A ASP 739 OD1 ? ? ? 1_555 I CA . CA ? ? A ASP 739 A CA 1206 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.454 ? ? metalc31 metalc ? ? F CA . CA ? ? ? 1_555 C GLU 381 OE2 ? ? A CA 1203 C GLU 381 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.412 ? ? metalc32 metalc ? ? B ASP 274 OD1 ? ? ? 1_555 J CA . CA ? ? B ASP 274 B CA 1201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.446 ? ? metalc33 metalc ? ? B ASP 276 OD2 ? ? ? 1_555 J CA . CA ? ? B ASP 276 B CA 1201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.411 ? ? metalc34 metalc ? ? B ARG 305 O ? ? ? 1_555 J CA . CA ? ? B ARG 305 B CA 1201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.442 ? ? metalc35 metalc ? ? B PHE 308 O ? ? ? 1_555 J CA . CA ? ? B PHE 308 B CA 1201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.564 ? ? metalc36 metalc ? ? B ASP 310 OD1 ? ? ? 1_555 J CA . CA ? ? B ASP 310 B CA 1201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.448 ? ? metalc37 metalc ? ? B ASP 310 OD2 ? ? ? 1_555 J CA . CA ? ? B ASP 310 B CA 1201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.429 ? ? metalc38 metalc ? ? B GLU 381 OE2 ? ? ? 1_555 R CA . CA ? ? B GLU 381 C CA 1203 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.393 ? ? metalc39 metalc ? ? B ASP 438 OD1 ? ? ? 1_555 K CA . CA ? ? B ASP 438 B CA 1202 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.549 ? ? metalc40 metalc ? ? B ASN 440 OD1 ? ? ? 1_555 K CA . CA ? ? B ASN 440 B CA 1202 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.422 ? ? metalc41 metalc ? ? B ASN 442 OD1 ? ? ? 1_555 K CA . CA ? ? B ASN 442 B CA 1202 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.465 ? ? metalc42 metalc ? ? B LYS 444 O ? ? ? 1_555 K CA . CA ? ? B LYS 444 B CA 1202 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.416 ? ? metalc43 metalc ? ? B ASP 446 OD2 ? ? ? 1_555 K CA . CA ? ? B ASP 446 B CA 1202 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.836 ? ? metalc44 metalc ? ? B GLU 449 OE1 ? ? ? 1_555 K CA . CA ? ? B GLU 449 B CA 1202 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.974 ? ? metalc45 metalc ? ? B GLU 449 OE2 ? ? ? 1_555 K CA . CA ? ? B GLU 449 B CA 1202 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.424 ? ? metalc46 metalc ? ? B ASP 513 OD1 ? ? ? 1_555 N CA . CA ? ? B ASP 513 B CA 1205 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.429 ? ? metalc47 metalc ? ? B ASN 515 OD1 ? ? ? 1_555 N CA . CA ? ? B ASN 515 B CA 1205 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.402 ? ? metalc48 metalc ? ? B ARG 549 O ? ? ? 1_555 L CA . CA ? ? B ARG 549 B CA 1203 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.505 ? ? metalc49 metalc ? ? B SER 550 O ? ? ? 1_555 M CA . CA ? ? B SER 550 B CA 1204 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.681 ? ? metalc50 metalc ? ? B GLY 551 O ? ? ? 1_555 L CA . CA ? ? B GLY 551 B CA 1203 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.546 ? ? metalc51 metalc ? ? B LEU 552 O ? ? ? 1_555 M CA . CA ? ? B LEU 552 B CA 1204 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.907 ? ? metalc52 metalc ? ? B ASP 553 OD1 ? ? ? 1_555 M CA . CA ? ? B ASP 553 B CA 1204 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.470 ? ? metalc53 metalc ? ? B GLY 559 O ? ? ? 1_555 L CA . CA ? ? B GLY 559 B CA 1203 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.426 ? ? metalc54 metalc ? ? B GLY 716 O ? ? ? 1_555 N CA . CA ? ? B GLY 716 B CA 1205 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.378 ? ? metalc55 metalc ? ? B ASN 733 OD1 ? ? ? 1_555 O CA . CA ? ? B ASN 733 B CA 1206 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.554 ? ? metalc56 metalc ? ? B ASP 735 OD1 ? ? ? 1_555 O CA . CA ? ? B ASP 735 B CA 1206 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.472 ? ? metalc57 metalc ? ? B ASP 735 OD2 ? ? ? 1_555 O CA . CA ? ? B ASP 735 B CA 1206 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.629 ? ? metalc58 metalc ? ? B THR 737 O ? ? ? 1_555 O CA . CA ? ? B THR 737 B CA 1206 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.653 ? ? metalc59 metalc ? ? B ASP 739 OD1 ? ? ? 1_555 O CA . CA ? ? B ASP 739 B CA 1206 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.474 ? ? metalc60 metalc ? ? C ASP 274 OD1 ? ? ? 1_555 P CA . CA ? ? C ASP 274 C CA 1201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.449 ? ? metalc61 metalc ? ? C ASP 276 OD2 ? ? ? 1_555 P CA . CA ? ? C ASP 276 C CA 1201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.420 ? ? metalc62 metalc ? ? C ARG 305 O ? ? ? 1_555 P CA . CA ? ? C ARG 305 C CA 1201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.439 ? ? metalc63 metalc ? ? C PHE 308 O ? ? ? 1_555 P CA . CA ? ? C PHE 308 C CA 1201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.596 ? ? metalc64 metalc ? ? C ASP 310 OD1 ? ? ? 1_555 P CA . CA ? ? C ASP 310 C CA 1201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.487 ? ? metalc65 metalc ? ? C ASP 310 OD2 ? ? ? 1_555 P CA . CA ? ? C ASP 310 C CA 1201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.438 ? ? metalc66 metalc ? ? C ASP 438 OD1 ? ? ? 1_555 Q CA . CA ? ? C ASP 438 C CA 1202 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.493 ? ? metalc67 metalc ? ? C ASN 440 OD1 ? ? ? 1_555 Q CA . CA ? ? C ASN 440 C CA 1202 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.458 ? ? metalc68 metalc ? ? C ASN 442 OD1 ? ? ? 1_555 Q CA . CA ? ? C ASN 442 C CA 1202 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.511 ? ? metalc69 metalc ? ? C LYS 444 O ? ? ? 1_555 Q CA . CA ? ? C LYS 444 C CA 1202 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.443 ? ? metalc70 metalc ? ? C ASP 446 OD2 ? ? ? 1_555 Q CA . CA ? ? C ASP 446 C CA 1202 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.856 ? ? metalc71 metalc ? ? C GLU 449 OE2 ? ? ? 1_555 Q CA . CA ? ? C GLU 449 C CA 1202 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.453 ? ? metalc72 metalc ? ? C ASP 513 OD1 ? ? ? 1_555 T CA . CA ? ? C ASP 513 C CA 1205 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.618 ? ? metalc73 metalc ? ? C ASP 513 OD2 ? ? ? 1_555 T CA . CA ? ? C ASP 513 C CA 1205 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.595 ? ? metalc74 metalc ? ? C ASN 515 OD1 ? ? ? 1_555 T CA . CA ? ? C ASN 515 C CA 1205 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.502 ? ? metalc75 metalc ? ? C ARG 549 O ? ? ? 1_555 R CA . CA ? ? C ARG 549 C CA 1203 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.443 ? ? metalc76 metalc ? ? C SER 550 O ? ? ? 1_555 S CA . CA ? ? C SER 550 C CA 1204 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.531 ? ? metalc77 metalc ? ? C GLY 551 O ? ? ? 1_555 R CA . CA ? ? C GLY 551 C CA 1203 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.682 ? ? metalc78 metalc ? ? C LEU 552 O ? ? ? 1_555 S CA . CA ? ? C LEU 552 C CA 1204 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.703 ? ? metalc79 metalc ? ? C ASP 553 OD1 ? ? ? 1_555 S CA . CA ? ? C ASP 553 C CA 1204 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.484 ? ? metalc80 metalc ? ? C GLY 559 O ? ? ? 1_555 R CA . CA ? ? C GLY 559 C CA 1203 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.461 ? ? metalc81 metalc ? ? C GLY 716 O ? ? ? 1_555 T CA . CA ? ? C GLY 716 C CA 1205 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.453 ? ? metalc82 metalc ? ? C ASP 731 OD1 ? ? ? 1_555 U CA . CA ? ? C ASP 731 C CA 1206 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 3.100 ? ? metalc83 metalc ? ? C ASN 733 OD1 ? ? ? 1_555 U CA . CA ? ? C ASN 733 C CA 1206 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.858 ? ? metalc84 metalc ? ? C ASP 735 OD1 ? ? ? 1_555 U CA . CA ? ? C ASP 735 C CA 1206 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.446 ? ? metalc85 metalc ? ? C ASP 735 OD2 ? ? ? 1_555 U CA . CA ? ? C ASP 735 C CA 1206 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.784 ? ? metalc86 metalc ? ? C THR 737 O ? ? ? 1_555 U CA . CA ? ? C THR 737 C CA 1206 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.832 ? ? metalc87 metalc ? ? C ASP 739 OD1 ? ? ? 1_555 U CA . CA ? ? C ASP 739 C CA 1206 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.439 ? ? # loop_ _struct_conn_type.id _struct_conn_type.criteria _struct_conn_type.reference disulf ? ? metalc ? ? # loop_ _struct_mon_prot_cis.pdbx_id _struct_mon_prot_cis.label_comp_id _struct_mon_prot_cis.label_seq_id _struct_mon_prot_cis.label_asym_id _struct_mon_prot_cis.label_alt_id _struct_mon_prot_cis.pdbx_PDB_ins_code _struct_mon_prot_cis.auth_comp_id _struct_mon_prot_cis.auth_seq_id _struct_mon_prot_cis.auth_asym_id _struct_mon_prot_cis.pdbx_label_comp_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_label_seq_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_label_asym_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_PDB_ins_code_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_auth_comp_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_auth_seq_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_auth_asym_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_PDB_model_num _struct_mon_prot_cis.pdbx_omega_angle 1 ASN 493 A . ? ASN 493 A PRO 494 A ? PRO 494 A 1 4.17 2 ASN 493 B . ? ASN 493 B PRO 494 B ? PRO 494 B 1 4.22 3 ASN 493 C . ? ASN 493 C PRO 494 C ? PRO 494 C 1 4.34 # loop_ _struct_sheet.id _struct_sheet.type _struct_sheet.number_strands _struct_sheet.details AA1 ? 2 ? AA2 ? 29 ? AA3 ? 15 ? AA4 ? 3 ? AA5 ? 3 ? AA6 ? 3 ? AA7 ? 2 ? AA8 ? 2 ? AA9 ? 5 ? AB1 ? 2 ? AB2 ? 2 ? AB3 ? 2 ? AB4 ? 2 ? AB5 ? 2 ? AB6 ? 3 ? AB7 ? 29 ? AB8 ? 15 ? AB9 ? 3 ? AC1 ? 2 ? AC2 ? 5 ? AC3 ? 2 ? AC4 ? 2 ? AC5 ? 2 ? AC6 ? 2 ? AC7 ? 2 ? AC8 ? 3 ? AC9 ? 29 ? AD1 ? 15 ? AD2 ? 3 ? AD3 ? 2 ? AD4 ? 2 ? AD5 ? 2 ? AD6 ? 2 ? AD7 ? 2 ? # loop_ _struct_sheet_order.sheet_id _struct_sheet_order.range_id_1 _struct_sheet_order.range_id_2 _struct_sheet_order.offset _struct_sheet_order.sense AA1 1 2 ? anti-parallel AA2 1 2 ? anti-parallel AA2 2 3 ? anti-parallel AA2 3 4 ? anti-parallel AA2 4 5 ? anti-parallel AA2 5 6 ? anti-parallel AA2 6 7 ? anti-parallel AA2 7 8 ? anti-parallel AA2 8 9 ? anti-parallel AA2 9 10 ? anti-parallel AA2 10 11 ? anti-parallel AA2 11 12 ? anti-parallel AA2 12 13 ? anti-parallel AA2 13 14 ? anti-parallel AA2 14 15 ? anti-parallel AA2 15 16 ? anti-parallel AA2 16 17 ? anti-parallel AA2 17 18 ? anti-parallel AA2 18 19 ? anti-parallel AA2 19 20 ? anti-parallel AA2 20 21 ? anti-parallel AA2 21 22 ? anti-parallel AA2 22 23 ? anti-parallel AA2 23 24 ? anti-parallel AA2 24 25 ? anti-parallel AA2 25 26 ? anti-parallel AA2 26 27 ? anti-parallel AA2 27 28 ? anti-parallel AA2 28 29 ? anti-parallel AA3 1 2 ? anti-parallel AA3 2 3 ? anti-parallel AA3 3 4 ? anti-parallel AA3 4 5 ? anti-parallel AA3 5 6 ? anti-parallel AA3 6 7 ? anti-parallel AA3 7 8 ? anti-parallel AA3 8 9 ? anti-parallel AA3 9 10 ? anti-parallel AA3 10 11 ? anti-parallel AA3 11 12 ? anti-parallel AA3 12 13 ? anti-parallel AA3 13 14 ? anti-parallel AA3 14 15 ? anti-parallel AA4 1 2 ? anti-parallel AA4 2 3 ? anti-parallel AA5 1 2 ? anti-parallel AA5 2 3 ? anti-parallel AA6 1 2 ? anti-parallel AA6 2 3 ? anti-parallel AA7 1 2 ? anti-parallel AA8 1 2 ? anti-parallel AA9 1 2 ? anti-parallel AA9 2 3 ? anti-parallel AA9 3 4 ? anti-parallel AA9 4 5 ? anti-parallel AB1 1 2 ? anti-parallel AB2 1 2 ? anti-parallel AB3 1 2 ? anti-parallel AB4 1 2 ? anti-parallel AB5 1 2 ? anti-parallel AB6 1 2 ? anti-parallel AB6 2 3 ? anti-parallel AB7 1 2 ? anti-parallel AB7 2 3 ? anti-parallel AB7 3 4 ? anti-parallel AB7 4 5 ? anti-parallel AB7 5 6 ? anti-parallel AB7 6 7 ? anti-parallel AB7 7 8 ? anti-parallel AB7 8 9 ? anti-parallel AB7 9 10 ? anti-parallel AB7 10 11 ? anti-parallel AB7 11 12 ? anti-parallel AB7 12 13 ? anti-parallel AB7 13 14 ? anti-parallel AB7 14 15 ? anti-parallel AB7 15 16 ? anti-parallel AB7 16 17 ? anti-parallel AB7 17 18 ? anti-parallel AB7 18 19 ? anti-parallel AB7 19 20 ? anti-parallel AB7 20 21 ? anti-parallel AB7 21 22 ? anti-parallel AB7 22 23 ? anti-parallel AB7 23 24 ? anti-parallel AB7 24 25 ? anti-parallel AB7 25 26 ? anti-parallel AB7 26 27 ? anti-parallel AB7 27 28 ? anti-parallel AB7 28 29 ? anti-parallel AB8 1 2 ? anti-parallel AB8 2 3 ? anti-parallel AB8 3 4 ? anti-parallel AB8 4 5 ? anti-parallel AB8 5 6 ? anti-parallel AB8 6 7 ? anti-parallel AB8 7 8 ? anti-parallel AB8 8 9 ? anti-parallel AB8 9 10 ? anti-parallel AB8 10 11 ? anti-parallel AB8 11 12 ? anti-parallel AB8 12 13 ? anti-parallel AB8 13 14 ? anti-parallel AB8 14 15 ? anti-parallel AB9 1 2 ? anti-parallel AB9 2 3 ? anti-parallel AC1 1 2 ? anti-parallel AC2 1 2 ? anti-parallel AC2 2 3 ? anti-parallel AC2 3 4 ? anti-parallel AC2 4 5 ? anti-parallel AC3 1 2 ? anti-parallel AC4 1 2 ? anti-parallel AC5 1 2 ? anti-parallel AC6 1 2 ? anti-parallel AC7 1 2 ? anti-parallel AC8 1 2 ? anti-parallel AC8 2 3 ? anti-parallel AC9 1 2 ? anti-parallel AC9 2 3 ? anti-parallel AC9 3 4 ? anti-parallel AC9 4 5 ? anti-parallel AC9 5 6 ? anti-parallel AC9 6 7 ? anti-parallel AC9 7 8 ? anti-parallel AC9 8 9 ? anti-parallel AC9 9 10 ? anti-parallel AC9 10 11 ? anti-parallel AC9 11 12 ? anti-parallel AC9 12 13 ? anti-parallel AC9 13 14 ? anti-parallel AC9 14 15 ? anti-parallel AC9 15 16 ? anti-parallel AC9 16 17 ? anti-parallel AC9 17 18 ? anti-parallel AC9 18 19 ? anti-parallel AC9 19 20 ? anti-parallel AC9 20 21 ? anti-parallel AC9 21 22 ? anti-parallel AC9 22 23 ? anti-parallel AC9 23 24 ? anti-parallel AC9 24 25 ? anti-parallel AC9 25 26 ? anti-parallel AC9 26 27 ? anti-parallel AC9 27 28 ? anti-parallel AC9 28 29 ? anti-parallel AD1 1 2 ? anti-parallel AD1 2 3 ? anti-parallel AD1 3 4 ? anti-parallel AD1 4 5 ? anti-parallel AD1 5 6 ? anti-parallel AD1 6 7 ? anti-parallel AD1 7 8 ? anti-parallel AD1 8 9 ? anti-parallel AD1 9 10 ? anti-parallel AD1 10 11 ? anti-parallel AD1 11 12 ? anti-parallel AD1 12 13 ? anti-parallel AD1 13 14 ? anti-parallel AD1 14 15 ? anti-parallel AD2 1 2 ? anti-parallel AD2 2 3 ? anti-parallel AD3 1 2 ? anti-parallel AD4 1 2 ? anti-parallel AD5 1 2 ? anti-parallel AD6 1 2 ? anti-parallel AD7 1 2 ? anti-parallel # loop_ _struct_sheet_range.sheet_id _struct_sheet_range.id _struct_sheet_range.beg_label_comp_id _struct_sheet_range.beg_label_asym_id _struct_sheet_range.beg_label_seq_id _struct_sheet_range.pdbx_beg_PDB_ins_code _struct_sheet_range.end_label_comp_id _struct_sheet_range.end_label_asym_id _struct_sheet_range.end_label_seq_id _struct_sheet_range.pdbx_end_PDB_ins_code _struct_sheet_range.beg_auth_comp_id _struct_sheet_range.beg_auth_asym_id _struct_sheet_range.beg_auth_seq_id _struct_sheet_range.end_auth_comp_id _struct_sheet_range.end_auth_asym_id _struct_sheet_range.end_auth_seq_id AA1 1 PHE A 254 ? 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The pH of the HEPES stock solution was adjusted with sodium hydroxide at 4 deg C. ; _em_buffer.pH 7.5 _em_buffer.specimen_id 1 _em_buffer.name ? # _em_entity_assembly.id 1 _em_entity_assembly.parent_id 0 _em_entity_assembly.details 'Structure of trimeric SlpA protein' _em_entity_assembly.name 'Structure of trimeric SlpA protein' _em_entity_assembly.source NATURAL _em_entity_assembly.type COMPLEX _em_entity_assembly.entity_id_list 1 _em_entity_assembly.synonym ? _em_entity_assembly.oligomeric_details ? # _em_image_scans.entry_id 8AE1 _em_image_scans.id 1 _em_image_scans.dimension_height 4092 _em_image_scans.dimension_width 5760 _em_image_scans.frames_per_image ? _em_image_scans.image_recording_id 1 _em_image_scans.sampling_size ? _em_image_scans.scanner_model ? _em_image_scans.used_frames_per_image ? _em_image_scans.citation_id ? _em_image_scans.number_digital_images ? _em_image_scans.od_range ? _em_image_scans.quant_bit_size ? _em_image_scans.details ? # _em_imaging.id 1 _em_imaging.entry_id 8AE1 _em_imaging.accelerating_voltage 300 _em_imaging.alignment_procedure 'ZEMLIN TABLEAU' _em_imaging.c2_aperture_diameter 50 _em_imaging.calibrated_defocus_max 4000 _em_imaging.calibrated_defocus_min 1000 _em_imaging.calibrated_magnification 81000 _em_imaging.cryogen NITROGEN _em_imaging.details 'EPU software with faster acquisition mode AFIS (Aberration Free Image Shift).' _em_imaging.electron_source 'FIELD EMISSION GUN' _em_imaging.illumination_mode 'FLOOD BEAM' _em_imaging.microscope_model 'TFS KRIOS' _em_imaging.mode 'BRIGHT FIELD' _em_imaging.nominal_cs 2.7 _em_imaging.nominal_defocus_max 4000 _em_imaging.nominal_defocus_min 1000 _em_imaging.nominal_magnification 81000 _em_imaging.recording_temperature_maximum 70 _em_imaging.recording_temperature_minimum 70 _em_imaging.residual_tilt ? _em_imaging.specimen_holder_model 'FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER' _em_imaging.specimen_id 1 _em_imaging.citation_id ? _em_imaging.date ? _em_imaging.temperature ? _em_imaging.tilt_angle_min ? _em_imaging.tilt_angle_max ? _em_imaging.astigmatism ? _em_imaging.detector_distance ? _em_imaging.electron_beam_tilt_params ? _em_imaging.specimen_holder_type ? # _em_sample_support.id 1 _em_sample_support.specimen_id 1 _em_sample_support.details '20 seconds, 15 mA' _em_sample_support.grid_material COPPER/RHODIUM _em_sample_support.grid_mesh_size 200 _em_sample_support.grid_type 'Quantifoil R2/2' _em_sample_support.method ? _em_sample_support.film_material ? # _em_vitrification.id 1 _em_vitrification.specimen_id 1 _em_vitrification.chamber_temperature 283.15 _em_vitrification.cryogen_name ETHANE _em_vitrification.details ;Vitrobot options: Blot time 4.5 seconds, Blot force -10,1, Wait time 10 seconds, Drain time 0.5 seconds ; _em_vitrification.humidity 100 _em_vitrification.instrument 'FEI VITROBOT MARK IV' _em_vitrification.entry_id 8AE1 _em_vitrification.citation_id ? _em_vitrification.method ? _em_vitrification.temp ? _em_vitrification.time_resolved_state ? # _em_experiment.entry_id 8AE1 _em_experiment.id 1 _em_experiment.aggregation_state PARTICLE _em_experiment.reconstruction_method 'SINGLE PARTICLE' _em_experiment.entity_assembly_id 1 # _em_single_particle_entity.entry_id 8AE1 _em_single_particle_entity.id 1 _em_single_particle_entity.image_processing_id 1 _em_single_particle_entity.point_symmetry C3 # loop_ _pdbx_validate_close_contact.id _pdbx_validate_close_contact.PDB_model_num _pdbx_validate_close_contact.auth_atom_id_1 _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_1 _pdbx_validate_close_contact.auth_comp_id_1 _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_1 _pdbx_validate_close_contact.PDB_ins_code_1 _pdbx_validate_close_contact.label_alt_id_1 _pdbx_validate_close_contact.auth_atom_id_2 _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_2 _pdbx_validate_close_contact.auth_comp_id_2 _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_2 _pdbx_validate_close_contact.PDB_ins_code_2 _pdbx_validate_close_contact.label_alt_id_2 _pdbx_validate_close_contact.dist 1 1 O B CYS 896 ? ? 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C TYR 58 487 1 Y 1 C PRO 59 ? C PRO 59 488 1 Y 1 C ASP 60 ? C ASP 60 489 1 Y 1 C GLY 61 ? C GLY 61 490 1 Y 1 C THR 62 ? C THR 62 491 1 Y 1 C PHE 63 ? C PHE 63 492 1 Y 1 C ARG 64 ? C ARG 64 493 1 Y 1 C GLY 65 ? C GLY 65 494 1 Y 1 C THR 66 ? C THR 66 495 1 Y 1 C GLN 67 ? C GLN 67 496 1 Y 1 C ASN 68 ? C ASN 68 497 1 Y 1 C LEU 69 ? C LEU 69 498 1 Y 1 C THR 70 ? C THR 70 499 1 Y 1 C ARG 71 ? C ARG 71 500 1 Y 1 C TYR 72 ? C TYR 72 501 1 Y 1 C GLU 73 ? C GLU 73 502 1 Y 1 C ALA 74 ? C ALA 74 503 1 Y 1 C ALA 75 ? C ALA 75 504 1 Y 1 C ILE 76 ? C ILE 76 505 1 Y 1 C ILE 77 ? C ILE 77 506 1 Y 1 C ILE 78 ? C ILE 78 507 1 Y 1 C ALA 79 ? C ALA 79 508 1 Y 1 C ARG 80 ? C ARG 80 509 1 Y 1 C LEU 81 ? C LEU 81 510 1 Y 1 C LEU 82 ? C LEU 82 511 1 Y 1 C ASP 83 ? C ASP 83 512 1 Y 1 C GLN 84 ? C GLN 84 513 1 Y 1 C MET 85 ? C MET 85 514 1 Y 1 C ARG 86 ? C ARG 86 515 1 Y 1 C ASP 87 ? C ASP 87 516 1 Y 1 C GLY 88 ? C GLY 88 517 1 Y 1 C GLU 89 ? C GLU 89 518 1 Y 1 C THR 90 ? C THR 90 519 1 Y 1 C PRO 91 ? C PRO 91 520 1 Y 1 C ALA 92 ? C ALA 92 521 1 Y 1 C GLY 93 ? C GLY 93 522 1 Y 1 C MET 94 ? C MET 94 523 1 Y 1 C THR 95 ? C THR 95 524 1 Y 1 C ALA 96 ? C ALA 96 525 1 Y 1 C GLU 97 ? C GLU 97 526 1 Y 1 C ASP 98 ? C ASP 98 527 1 Y 1 C MET 99 ? C MET 99 528 1 Y 1 C THR 100 ? C THR 100 529 1 Y 1 C ALA 101 ? C ALA 101 530 1 Y 1 C LEU 102 ? C LEU 102 531 1 Y 1 C GLN 103 ? C GLN 103 532 1 Y 1 C ASN 104 ? C ASN 104 533 1 Y 1 C ALA 105 ? C ALA 105 534 1 Y 1 C ILE 106 ? C ILE 106 535 1 Y 1 C GLN 107 ? C GLN 107 536 1 Y 1 C GLU 108 ? C GLU 108 537 1 Y 1 C LEU 109 ? C LEU 109 538 1 Y 1 C ALA 110 ? C ALA 110 539 1 Y 1 C ALA 111 ? C ALA 111 540 1 Y 1 C ASP 112 ? C ASP 112 541 1 Y 1 C LEU 113 ? C LEU 113 542 1 Y 1 C ALA 114 ? C ALA 114 543 1 Y 1 C ALA 115 ? C ALA 115 544 1 Y 1 C LEU 116 ? C LEU 116 545 1 Y 1 C GLY 117 ? C GLY 117 546 1 Y 1 C VAL 118 ? C VAL 118 547 1 Y 1 C ARG 119 ? C ARG 119 548 1 Y 1 C VAL 120 ? C VAL 120 549 1 Y 1 C SER 121 ? C SER 121 550 1 Y 1 C ASP 122 ? C ASP 122 551 1 Y 1 C LEU 123 ? C LEU 123 552 1 Y 1 C GLU 124 ? C GLU 124 553 1 Y 1 C ALA 125 ? C ALA 125 554 1 Y 1 C ASN 126 ? C ASN 126 555 1 Y 1 C ALA 127 ? C ALA 127 556 1 Y 1 C VAL 128 ? C VAL 128 557 1 Y 1 C SER 129 ? C SER 129 558 1 Y 1 C LYS 130 ? C LYS 130 559 1 Y 1 C ASP 131 ? C ASP 131 560 1 Y 1 C ASP 132 ? C ASP 132 561 1 Y 1 C PHE 133 ? C PHE 133 562 1 Y 1 C ALA 134 ? C ALA 134 563 1 Y 1 C ARG 135 ? C ARG 135 564 1 Y 1 C LEU 136 ? C LEU 136 565 1 Y 1 C GLU 137 ? C GLU 137 566 1 Y 1 C ALA 138 ? C ALA 138 567 1 Y 1 C ARG 139 ? C ARG 139 568 1 Y 1 C ILE 140 ? C ILE 140 569 1 Y 1 C GLU 141 ? C GLU 141 570 1 Y 1 C GLU 142 ? C GLU 142 571 1 Y 1 C VAL 143 ? C VAL 143 572 1 Y 1 C ALA 144 ? C ALA 144 573 1 Y 1 C ALA 145 ? C ALA 145 574 1 Y 1 C ALA 146 ? C ALA 146 575 1 Y 1 C GLY 147 ? C GLY 147 576 1 Y 1 C GLY 148 ? C GLY 148 577 1 Y 1 C GLU 149 ? C GLU 149 578 1 Y 1 C GLN 150 ? C GLN 150 579 1 Y 1 C GLY 151 ? C GLY 151 580 1 Y 1 C ALA 152 ? C ALA 152 581 1 Y 1 C THR 153 ? C THR 153 582 1 Y 1 C GLU 154 ? C GLU 154 583 1 Y 1 C ALA 155 ? C ALA 155 584 1 Y 1 C LEU 156 ? C LEU 156 585 1 Y 1 C GLN 157 ? C GLN 157 586 1 Y 1 C GLY 158 ? C GLY 158 587 1 Y 1 C GLN 159 ? C GLN 159 588 1 Y 1 C ILE 160 ? C ILE 160 589 1 Y 1 C ASP 161 ? C ASP 161 590 1 Y 1 C ASP 162 ? C ASP 162 591 1 Y 1 C LEU 163 ? C LEU 163 592 1 Y 1 C THR 164 ? C THR 164 593 1 Y 1 C ALA 165 ? C ALA 165 594 1 Y 1 C ARG 166 ? C ARG 166 595 1 Y 1 C VAL 167 ? C VAL 167 596 1 Y 1 C ASP 168 ? C ASP 168 597 1 Y 1 C GLU 169 ? C GLU 169 598 1 Y 1 C TYR 170 ? C TYR 170 599 1 Y 1 C ASP 171 ? C ASP 171 600 1 Y 1 C ALA 172 ? C ALA 172 601 1 Y 1 C LEU 173 ? C LEU 173 602 1 Y 1 C ARG 174 ? C ARG 174 603 1 Y 1 C ALA 175 ? C ALA 175 604 1 Y 1 C ASP 176 ? C ASP 176 605 1 Y 1 C VAL 177 ? C VAL 177 606 1 Y 1 C ASP 178 ? C ASP 178 607 1 Y 1 C ASP 179 ? C ASP 179 608 1 Y 1 C ASN 180 ? C ASN 180 609 1 Y 1 C ALA 181 ? C ALA 181 610 1 Y 1 C SER 182 ? C SER 182 611 1 Y 1 C SER 183 ? C SER 183 612 1 Y 1 C ILE 184 ? C ILE 184 613 1 Y 1 C ALA 185 ? C ALA 185 614 1 Y 1 C ALA 186 ? C ALA 186 615 1 Y 1 C LEU 187 ? C LEU 187 616 1 Y 1 C ASN 188 ? C ASN 188 617 1 Y 1 C ASP 189 ? C ASP 189 618 1 Y 1 C LEU 190 ? C LEU 190 619 1 Y 1 C THR 191 ? C THR 191 620 1 Y 1 C VAL 192 ? C VAL 192 621 1 Y 1 C LEU 193 ? C LEU 193 622 1 Y 1 C LEU 194 ? C LEU 194 623 1 Y 1 C ASN 195 ? C ASN 195 624 1 Y 1 C GLN 196 ? C GLN 196 625 1 Y 1 C ASP 197 ? C ASP 197 626 1 Y 1 C ILE 198 ? C ILE 198 627 1 Y 1 C LEU 199 ? C LEU 199 628 1 Y 1 C ASP 200 ? C ASP 200 629 1 Y 1 C LEU 201 ? C LEU 201 630 1 Y 1 C GLN 202 ? C GLN 202 631 1 Y 1 C ASP 203 ? C ASP 203 632 1 Y 1 C ARG 204 ? C ARG 204 633 1 Y 1 C VAL 205 ? C VAL 205 634 1 Y 1 C SER 206 ? C SER 206 635 1 Y 1 C ALA 207 ? C ALA 207 636 1 Y 1 C VAL 208 ? C VAL 208 637 1 Y 1 C GLU 209 ? C GLU 209 638 1 Y 1 C ALA 210 ? C ALA 210 639 1 Y 1 C ALA 211 ? C ALA 211 640 1 Y 1 C GLN 212 ? C GLN 212 641 1 Y 1 C ALA 213 ? C ALA 213 642 1 Y 1 C ASP 214 ? C ASP 214 # loop_ _em_buffer_component.buffer_id _em_buffer_component.id _em_buffer_component.concentration _em_buffer_component.concentration_units _em_buffer_component.formula _em_buffer_component.name 1 1 20 mM C8H18N2O4S HEPES 1 2 150 mM NaCl 'Sodium chloride' 1 3 0.02 '% w/v' C24H46O11 DDM # _em_ctf_correction.id 1 _em_ctf_correction.em_image_processing_id 1 _em_ctf_correction.type 'PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION' _em_ctf_correction.details 'RELION refinement with in-built CTF correction. The function is similar to a Wiener filter, so amplitude correction included.' # _em_entity_assembly_molwt.entity_assembly_id 1 _em_entity_assembly_molwt.id 1 _em_entity_assembly_molwt.experimental_flag NO _em_entity_assembly_molwt.units ? _em_entity_assembly_molwt.value ? # _em_entity_assembly_naturalsource.id 2 _em_entity_assembly_naturalsource.entity_assembly_id 1 _em_entity_assembly_naturalsource.cell ? _em_entity_assembly_naturalsource.cellular_location ? _em_entity_assembly_naturalsource.ncbi_tax_id 1299 _em_entity_assembly_naturalsource.organ ? _em_entity_assembly_naturalsource.organelle ? _em_entity_assembly_naturalsource.organism 'Deinococcus radiodurans' _em_entity_assembly_naturalsource.strain BAA-816 _em_entity_assembly_naturalsource.tissue ? # _em_image_processing.id 1 _em_image_processing.image_recording_id 1 _em_image_processing.details ;Movies were clustered into optics groups based on the XML meta-data of the data-collection software EPU (ThermoFisher) using a k-means algorithm implemented in EPU_group_AFIS (https://github.com/DustinMorado/EPU_group_AFIS). Imported movies were motion-corrected, dose weighted, and Fourier cropped (2x) with MotionCor2 (Zheng et al., 2017) implemented in RELION3.1 (Zivanov et al., 2018). Contrast transfer functions (CTFs) of the resulting motion-corrected micrographs were estimated using CTFFIND4 (Rohou and Grigorieff, 2015). ; # _em_image_recording.id 1 _em_image_recording.imaging_id 1 _em_image_recording.avg_electron_dose_per_image 47.909 _em_image_recording.average_exposure_time 4.8 _em_image_recording.details ? _em_image_recording.detector_mode ? _em_image_recording.film_or_detector_model 'GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)' _em_image_recording.num_diffraction_images ? _em_image_recording.num_grids_imaged 1 _em_image_recording.num_real_images 2294 _em_image_recording.avg_electron_dose_per_subtomogram ? # _em_imaging_optics.id 1 _em_imaging_optics.imaging_id 1 _em_imaging_optics.chr_aberration_corrector ? _em_imaging_optics.energyfilter_lower ? _em_imaging_optics.energyfilter_name 'GIF Bioquantum' _em_imaging_optics.energyfilter_upper ? _em_imaging_optics.energyfilter_slit_width 20 _em_imaging_optics.phase_plate ? _em_imaging_optics.sph_aberration_corrector ? _em_imaging_optics.details ? # _em_particle_selection.id 1 _em_particle_selection.image_processing_id 1 _em_particle_selection.details ;Initially, micrographs were denoised using TOPAZ (73) using the UNET neural network and 2893 particles were manually picked. Particle coordinates were used to train TOPAZ picker (74) in 5 times downsampled micrographs with the neural network architecture ResNet8 and picked particles were extracted in 4 times downsampled 128 x 128 boxes and classified using reference-free 2D classification inside RELION3.1. ; _em_particle_selection.method ? _em_particle_selection.num_particles_selected 223878 _em_particle_selection.reference_model ? # loop_ _em_software.id _em_software.category _em_software.details _em_software.name _em_software.version _em_software.image_processing_id _em_software.fitting_id _em_software.imaging_id 1 'PARTICLE SELECTION' 'ResNet8 trained model' Topaz 0.2.5 1 ? ? 2 'IMAGE ACQUISITION' ? EPU ? ? ? 1 3 MASKING ? ? ? ? ? ? 4 'CTF CORRECTION' 'CTFFIND4 was used as implemented in RELION 3.1' CTFFIND 4.1.13 1 ? ? 5 'LAYERLINE INDEXING' ? ? ? ? ? ? 6 'DIFFRACTION INDEXING' ? ? ? ? ? ? 7 'MODEL FITTING' ? Coot 0.9.2-pre ? 1 ? 8 OTHER ? ? ? ? ? ? 9 'MODEL REFINEMENT' ? PHENIX 1.19-4092 ? 1 ? 10 'INITIAL EULER ASSIGNMENT' ? RELION 3.1 1 ? ? 11 'FINAL EULER ASSIGNMENT' ? RELION 3.1 1 ? ? 12 CLASSIFICATION ? RELION 3.1 1 ? ? 13 RECONSTRUCTION ? RELION 3.1 1 ? ? # _em_specimen.id 1 _em_specimen.experiment_id 1 _em_specimen.concentration 4.45 _em_specimen.details 'Purified SlpA protein after size-exclusion chromatography' _em_specimen.embedding_applied NO _em_specimen.shadowing_applied NO _em_specimen.staining_applied NO _em_specimen.vitrification_applied YES # loop_ _pdbx_audit_support.funding_organization _pdbx_audit_support.country _pdbx_audit_support.grant_number _pdbx_audit_support.ordinal 'Wellcome Trust' 'United Kingdom' 202231/Z/16/Z 1 'Other private' ? 'Vallee Scholarship' 2 'Leverhulme Trust' 'United Kingdom' 'Philip Leverhulme Prize' 3 # _pdbx_entity_nonpoly.entity_id 2 _pdbx_entity_nonpoly.name 'CALCIUM ION' _pdbx_entity_nonpoly.comp_id CA # _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.id 1 _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.experimental_support none _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.details ? #