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DKHIKMAVDEDLEKEGFRKTNTARRPSMDYKKTDKKLDDEDGQSRDANASEACSGKNEGMQSNDNNKDVDEKDNENDSRV DDRDDNEIAIADEEEILHFEYDDPEMQHDYTIILEPERATAIEKRWLYRCIYGQPSDIQILFNKLLKYFNGKVPMELVII KEEISRHDLKKLLNALDKYLIEIHHW ; 1 2 UNP WDR59_YEAST Q03897 ? 2 ;MCSSINEGPYNSPTFGKSLSLKVDGGFNAVSINPSGRDIVLASRQGLYIIDLDDPFTPPRWLHHITPWQVADVQWSPHPA KPYWIVSTSNQKAIIWNLAKSSSNAIEFVLHGHSRAITDINFNPQHPDVLATCSVDTYVHAWDMRSPHRPFYSTSSWRSA ASQVKWNYKDPNVLASSHGNDIFVWDLRKGSTPLCSLKGHVSSVNSIDFNRFKYSEIMSSSNDGTVKFWDYSKSTTESKR TVTTNFPIWRGRYLPFGEGYCIMPMVGGNNAVYLINLCDDDDSEQNKKTKLQPIYAFKGHSDRVIDFLWRSRHTCDGDYD DREFQLVTWSKDCDLKLWPISDSIYGKVNFDRGKRLEEKLPDYDYCSYNKEPENRENVQKNEFRRLRENFVTTSGLKKNK TNHITWLSGIRMNSATSQEDLFNETKIQNLGEEVSAIGHKFPKVVFEKISVSTRELCLTLNGPWSEENPDDYIFLRISIN FPLNYPNKGDPPKFTIEENSNLTMSKRQEILSNLATIGQKYTDSNLYCLEPCIRFVLGEKVSLEDIEEGQEPLLNFDIAD HIDFEELSSLDSSYSDSQNPENLSSQSDIESYKEALVFPDTSNQGLDFGRNLALDTTPVPNGCGSCWTATGELFCFFANE KKPEKKQNAIIKLSQKEAGVEKHPFKIEPQVLYDKEVDSSVITAADELKARPKRYVDTLGLGGGTNGDSRTYFDDETSSD DSFDSVADDWDDILRNDIIVRTKIPILRGNFKAFSSVHSESGKTVESTKKNKNLVISKNFSSLLSDRKELALEYLFMDAT PEGFARNNALVAEKFDLDEISHCWQILSDMLIDQSDYDPYTTIWNNHPMGIKWFIKEAIVYFERQQNLQMLAMLCCVILS ARRKKIPARYYGQELENMEGTIVFNDNESQNTSFWKGSDAFSTRSRSSTVTPNFYGNHLRGKNIHGGDNSSIRSDDHHAR LRTHNTLNGSSKFTEPAQKQGSRAISSSPFHSRMPDIKVELLHDDIIEAYEQEDLLHLEVSDIPKFQTYIYQYSKLLFRW GLPLERVKILKVSTDFRSSYSSQGIPPNNNKKSPYNGVLTHWIENNEFGEEKFLARNCNYCDLRVTRSSFICGNCQHVLH SSCARIWWEIGDECPSGCGCNCPEMFDA ; 1 3 UNP IML1_YEAST P47170 ? 3 ;MFAKLHGKKQRPISSINSQTPRTSNTTHANSISLSSGNLIVGSNRNLRQKKEQFGSQQRASGRKLISNKENDDNVNNGGD NNYDNGERVHRHHIPGLKIKAYQAELGYHESRFSENLVMLNLVEFPDIKPGDLVELKTYHKNPSASNGDKKIYFIAKDFD GETKRRAKTSNVSILSGQLQTLLDLPSRSRIWIKLKPNKFDLQADVVEFNIKDCLLNRGDMWVLSSKLVDTCVFMDQRLA FLDSIRGTIKGIYRNGKKIVSGYIGEQTRIIFRSESARLIFLIQITDEMWNFEETGEQLFQKMVNSFFPKIFKKWKDVDT HHTITIAFAISMDLSDTSFKDLTPGESLKNSQDYFRIVVDQVSIIHWVDIMETLREEFMEIRKDLLNKQTDKGYSVANGR FSPVIKSNFLELVNFATTILTDPFKQLDLRHTTTHVMIISPGSGLFDVDYSLLRLTGKKLLSLEMTMDLICLSKAPLHIV 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DPEFKDRELFAKSKFYYHVYLLKASGFLLDNRASKFLQNQDIEFDIMYSWGKPQFKYVQYIHHTGAYVAELRENGCLFLA PNNIYISRVNPGNIIGKIHSASSSSLDAQKVILNFKSTCLDYQKLRSIFLDAKEMWITGKIVED ; 1 4 UNP NPR2_YEAST P39923 ? 4 ;MLSYFQGFVPIHTIFYSVFHPTEGSKIKYEFPPNNLKNHGINFNTFKNYIIPKPILCHKLITFKYGTYRIVCYPVTINSP IYARNFFSFNFVFVFPYDCETSPYEPAITRLGKMFKVLEEQNQLLSKSERDPVFFDLKVLENSTTTPSTAGPSSTPNPSS NTTPTHPTSEKDTKDMRSSRYSDLIKDLGLPQSAFSIQDLLMRIFQDLNNYSECLIPIDEGNAVDIKIFPLLRPPTTCVS LEDVPLSSVNLKKIIDVNWDPTMMSIVPYIDGLNSIAKISKLSNSDPGLVIECIRHLIYYKCVTLSDIFQFSNIYAPSSL IRNFLTDPLMASDCQSYVTFPEVSKISNLPLNKSLGSGDQDSPSFSVRRKSKSSSIPSNPDSRTTSFSSTSRVSQNSSLN SSFSSIYKDWRQSQTSCSSSNIHVINNRNRFLPTRSCLFDLYRSLSQGQTLKTWYESKYMILKENNIDIRRFITFGLEKR IIYRCYSFPVMINAGSREPKEMTPIITKDLVNNDKLLEKRNHNHLLSATGSRNTAQSGNLKPERPSKVSFEMQRVSSLAT GKSTMPKLSDEEEGILEESIRNAETFDKICVLLSKPKLEVESYLNELGEFKVINS ; 1 # loop_ _struct_ref_seq.align_id _struct_ref_seq.ref_id _struct_ref_seq.pdbx_PDB_id_code _struct_ref_seq.pdbx_strand_id _struct_ref_seq.seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.seq_align_end _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_db_accession _struct_ref_seq.db_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_db_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.db_align_end _struct_ref_seq.pdbx_db_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_end 1 1 8AE6 U 1 ? 1146 ? P38742 1 ? 1146 ? 1 1146 2 2 8AE6 Q 1 ? 1148 ? Q03897 1 ? 1148 ? 1 1148 3 3 8AE6 W 1 ? 1584 ? P47170 1 ? 1584 ? 1 1584 4 4 8AE6 S 1 ? 615 ? P39923 1 ? 615 ? 1 615 # loop_ _chem_comp.id _chem_comp.type _chem_comp.mon_nstd_flag _chem_comp.name _chem_comp.pdbx_synonyms _chem_comp.formula _chem_comp.formula_weight ALA 'L-peptide linking' y ALANINE ? 'C3 H7 N O2' 89.093 ARG 'L-peptide linking' y ARGININE ? 'C6 H15 N4 O2 1' 175.209 ASN 'L-peptide linking' y ASPARAGINE ? 'C4 H8 N2 O3' 132.118 ASP 'L-peptide linking' y 'ASPARTIC ACID' ? 'C4 H7 N O4' 133.103 CYS 'L-peptide linking' y CYSTEINE ? 'C3 H7 N O2 S' 121.158 GLN 'L-peptide linking' y GLUTAMINE ? 'C5 H10 N2 O3' 146.144 GLU 'L-peptide linking' y 'GLUTAMIC ACID' ? 'C5 H9 N O4' 147.129 GLY 'peptide linking' y GLYCINE ? 'C2 H5 N O2' 75.067 HIS 'L-peptide linking' y HISTIDINE ? 'C6 H10 N3 O2 1' 156.162 ILE 'L-peptide linking' y ISOLEUCINE ? 'C6 H13 N O2' 131.173 LEU 'L-peptide linking' y LEUCINE ? 'C6 H13 N O2' 131.173 LYS 'L-peptide linking' y LYSINE ? 'C6 H15 N2 O2 1' 147.195 MET 'L-peptide linking' y METHIONINE ? 'C5 H11 N O2 S' 149.211 PHE 'L-peptide linking' y PHENYLALANINE ? 'C9 H11 N O2' 165.189 PRO 'L-peptide linking' y PROLINE ? 'C5 H9 N O2' 115.130 SER 'L-peptide linking' y SERINE ? 'C3 H7 N O3' 105.093 THR 'L-peptide linking' y THREONINE ? 'C4 H9 N O3' 119.119 TRP 'L-peptide linking' y TRYPTOPHAN ? 'C11 H12 N2 O2' 204.225 TYR 'L-peptide linking' y TYROSINE ? 'C9 H11 N O3' 181.189 VAL 'L-peptide linking' y VALINE ? 'C5 H11 N O2' 117.146 # _exptl.absorpt_coefficient_mu ? _exptl.absorpt_correction_T_max ? _exptl.absorpt_correction_T_min ? _exptl.absorpt_correction_type ? _exptl.absorpt_process_details ? _exptl.entry_id 8AE6 _exptl.crystals_number ? _exptl.details ? _exptl.method 'ELECTRON MICROSCOPY' _exptl.method_details ? # _refine.pdbx_refine_id 'ELECTRON MICROSCOPY' _refine.entry_id 8AE6 _refine.pdbx_diffrn_id ? _refine.pdbx_TLS_residual_ADP_flag ? _refine.ls_number_reflns_obs ? _refine.ls_number_reflns_all ? _refine.pdbx_ls_sigma_I ? _refine.pdbx_ls_sigma_F ? _refine.pdbx_data_cutoff_high_absF ? _refine.pdbx_data_cutoff_low_absF ? _refine.pdbx_data_cutoff_high_rms_absF ? _refine.ls_d_res_low ? _refine.ls_d_res_high . _refine.ls_percent_reflns_obs ? _refine.ls_R_factor_obs ? _refine.ls_R_factor_all ? _refine.ls_R_factor_R_work ? _refine.ls_R_factor_R_free ? _refine.ls_R_factor_R_free_error ? _refine.ls_R_factor_R_free_error_details ? _refine.ls_percent_reflns_R_free ? _refine.ls_number_reflns_R_free ? _refine.ls_number_parameters ? _refine.ls_number_restraints ? _refine.occupancy_min ? _refine.occupancy_max ? _refine.correlation_coeff_Fo_to_Fc ? _refine.correlation_coeff_Fo_to_Fc_free ? _refine.B_iso_mean ? _refine.aniso_B[1][1] ? _refine.aniso_B[2][2] ? _refine.aniso_B[3][3] ? _refine.aniso_B[1][2] ? _refine.aniso_B[1][3] ? _refine.aniso_B[2][3] ? _refine.solvent_model_details ? _refine.solvent_model_param_ksol ? _refine.solvent_model_param_bsol ? _refine.pdbx_solvent_vdw_probe_radii ? _refine.pdbx_solvent_ion_probe_radii ? _refine.pdbx_solvent_shrinkage_radii ? _refine.pdbx_ls_cross_valid_method ? _refine.details ? _refine.pdbx_starting_model ? _refine.pdbx_method_to_determine_struct ? _refine.pdbx_isotropic_thermal_model ? _refine.pdbx_stereochemistry_target_values ? _refine.pdbx_stereochem_target_val_spec_case ? _refine.pdbx_R_Free_selection_details ? _refine.pdbx_overall_ESU_R ? _refine.pdbx_overall_ESU_R_Free ? _refine.overall_SU_ML ? _refine.pdbx_overall_phase_error ? _refine.overall_SU_B ? _refine.overall_SU_R_Cruickshank_DPI ? _refine.pdbx_overall_SU_R_free_Cruickshank_DPI ? _refine.pdbx_overall_SU_R_Blow_DPI ? _refine.pdbx_overall_SU_R_free_Blow_DPI ? # loop_ _refine_ls_restr.pdbx_refine_id _refine_ls_restr.criterion _refine_ls_restr.dev_ideal _refine_ls_restr.dev_ideal_target _refine_ls_restr.number _refine_ls_restr.rejects _refine_ls_restr.type _refine_ls_restr.weight _refine_ls_restr.pdbx_restraint_function 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.004 ? 20278 ? f_bond_d ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.620 ? 27448 ? f_angle_d ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 4.820 ? 2610 ? f_dihedral_angle_d ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.050 ? 3022 ? f_chiral_restr ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.005 ? 3475 ? f_plane_restr ? ? # _struct.entry_id 8AE6 _struct.title 'Cryo-EM structure of the SEA complex wing (SEACIT)' _struct.pdbx_model_details ? _struct.pdbx_formula_weight ? _struct.pdbx_formula_weight_method ? _struct.pdbx_model_type_details ? _struct.pdbx_CASP_flag N # _struct_keywords.entry_id 8AE6 _struct_keywords.text 'GTPase activating protein, TORC1, Rag GTPase, SIGNALING PROTEIN' _struct_keywords.pdbx_keywords 'SIGNALING PROTEIN' # loop_ _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.entity_id _struct_asym.details A N N 1 ? B N N 2 ? C N N 3 ? D N N 4 ? # loop_ _struct_conf.conf_type_id _struct_conf.id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_id _struct_conf.beg_label_comp_id _struct_conf.beg_label_asym_id _struct_conf.beg_label_seq_id _struct_conf.pdbx_beg_PDB_ins_code _struct_conf.end_label_comp_id _struct_conf.end_label_asym_id _struct_conf.end_label_seq_id _struct_conf.pdbx_end_PDB_ins_code _struct_conf.beg_auth_comp_id _struct_conf.beg_auth_asym_id _struct_conf.beg_auth_seq_id _struct_conf.end_auth_comp_id _struct_conf.end_auth_asym_id _struct_conf.end_auth_seq_id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_class _struct_conf.details _struct_conf.pdbx_PDB_helix_length HELX_P HELX_P1 AA1 ASN A 33 ? ASN A 39 ? ASN U 33 ASN U 39 1 ? 7 HELX_P HELX_P2 AA2 GLU A 365 ? ASP A 376 ? GLU U 365 ASP U 376 1 ? 12 HELX_P HELX_P3 AA3 ASN A 382 ? GLU A 387 ? ASN U 382 GLU U 387 5 ? 6 HELX_P HELX_P4 AA4 ASP A 401 ? CYS A 409 ? ASP U 401 CYS U 409 1 ? 9 HELX_P HELX_P5 AA5 LEU A 526 ? MET A 530 ? LEU U 526 MET U 530 1 ? 5 HELX_P HELX_P6 AA6 GLU A 545 ? VAL A 557 ? GLU U 545 VAL U 557 1 ? 13 HELX_P HELX_P7 AA7 VAL A 557 ? SER A 573 ? VAL U 557 SER U 573 1 ? 17 HELX_P HELX_P8 AA8 SER A 573 ? LYS A 591 ? SER U 573 LYS U 591 1 ? 19 HELX_P HELX_P9 AA9 SER A 593 ? SER A 598 ? SER U 593 SER U 598 1 ? 6 HELX_P HELX_P10 AB1 GLY A 601 ? SER A 617 ? GLY U 601 SER U 617 1 ? 17 HELX_P HELX_P11 AB2 SER A 618 ? ARG A 632 ? SER U 618 ARG U 632 1 ? 15 HELX_P HELX_P12 AB3 ASN A 678 ? GLU A 683 ? ASN U 678 GLU U 683 1 ? 6 HELX_P HELX_P13 AB4 ASP A 743 ? TYR A 747 ? ASP U 743 TYR U 747 5 ? 5 HELX_P HELX_P14 AB5 GLU A 754 ? GLU A 763 ? GLU U 754 GLU U 763 1 ? 10 HELX_P HELX_P15 AB6 THR A 764 ? SER A 766 ? THR U 764 SER U 766 5 ? 3 HELX_P HELX_P16 AB7 ASP A 770 ? ASN A 782 ? ASP U 770 ASN U 782 1 ? 13 HELX_P HELX_P17 AB8 PRO A 788 ? TYR A 792 ? PRO U 788 TYR U 792 5 ? 5 HELX_P HELX_P18 AB9 ARG A 793 ? ASP A 798 ? ARG U 793 ASP U 798 1 ? 6 HELX_P HELX_P19 AC1 SER A 815 ? TRP A 831 ? SER U 815 TRP U 831 1 ? 17 HELX_P HELX_P20 AC2 PRO A 889 ? PHE A 902 ? 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