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'N-terminally His-tagged mouse leptin was refolded from inclusion bodies produced in E.coli.' 2 polymer man 'Leptin receptor' 97479.391 3 ? ? ? ? 3 non-polymer syn 'NICKEL (II) ION' 58.693 3 ? ? ? ? # loop_ _entity_name_com.entity_id _entity_name_com.name 1 'Obesity factor' 2 'LEP-R,B219,OB receptor,OB-R' # loop_ _entity_poly.entity_id _entity_poly.type _entity_poly.nstd_linkage _entity_poly.nstd_monomer _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can _entity_poly.pdbx_strand_id _entity_poly.pdbx_target_identifier 1 'polypeptide(L)' no no ;MGSSHHHHHHPGGPGSENLYFQGGSTGGVPIQKVQDDTKTLIKTIVTRINDISHTQSVSAKQRVTGLDFIPGLHPILSLS KMDQTLAVYQQVLTSLPSQNVLQIANDLENLRDLLHLLAFSKSCSLPQTSGLQKPESLDGVLEASLYSTEVVALSRLQGS LQDILQQLDVSPEC ; ;MGSSHHHHHHPGGPGSENLYFQGGSTGGVPIQKVQDDTKTLIKTIVTRINDISHTQSVSAKQRVTGLDFIPGLHPILSLS KMDQTLAVYQQVLTSLPSQNVLQIANDLENLRDLLHLLAFSKSCSLPQTSGLQKPESLDGVLEASLYSTEVVALSRLQGS LQDILQQLDVSPEC ; A,C,E ? 2 'polypeptide(L)' no no 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'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.7721 ? 24447 ? f_angle_d ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.0524 ? 2802 ? f_chiral_restr ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.0052 ? 3078 ? f_plane_restr ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 5.3640 ? 2367 ? f_dihedral_angle_d ? ? # _struct.entry_id 8AVC _struct.title 'Mouse leptin:LEP-R complex cryoEM structure (3:3 model)' _struct.pdbx_model_details ? _struct.pdbx_formula_weight ? _struct.pdbx_formula_weight_method ? _struct.pdbx_model_type_details ? _struct.pdbx_CASP_flag N # _struct_keywords.entry_id 8AVC _struct_keywords.text 'leptin, LEP-R, obesity, metabolism, energy balance, CYTOKINE' _struct_keywords.pdbx_keywords CYTOKINE # loop_ _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.entity_id _struct_asym.details A N N 1 ? B N N 2 ? C N N 1 ? D N N 2 ? E N N 1 ? F N N 2 ? G N N 3 ? H N N 3 ? 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F ARG 467 F NI 901 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.376 ? ? # loop_ _struct_conn_type.id _struct_conn_type.criteria _struct_conn_type.reference disulf ? ? metalc ? ? # loop_ _struct_mon_prot_cis.pdbx_id _struct_mon_prot_cis.label_comp_id _struct_mon_prot_cis.label_seq_id _struct_mon_prot_cis.label_asym_id _struct_mon_prot_cis.label_alt_id _struct_mon_prot_cis.pdbx_PDB_ins_code _struct_mon_prot_cis.auth_comp_id _struct_mon_prot_cis.auth_seq_id _struct_mon_prot_cis.auth_asym_id _struct_mon_prot_cis.pdbx_label_comp_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_label_seq_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_label_asym_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_PDB_ins_code_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_auth_comp_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_auth_seq_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_auth_asym_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_PDB_model_num _struct_mon_prot_cis.pdbx_omega_angle 1 PHE 313 B . ? PHE 334 B PRO 314 B ? PRO 335 B 1 -6.90 2 GLN 478 B . ? GLN 499 B PRO 479 B ? PRO 500 B 1 -3.66 3 PHE 540 B . ? PHE 561 B PRO 541 B ? 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ARG B 592 ? TYR B 605 ARG B 613 AB2 4 ALA B 606 ? TYR B 607 ? ALA B 627 TYR B 628 AB3 1 PHE B 622 ? ASP B 627 ? PHE B 643 ASP B 648 AB3 2 ARG B 635 ? TRP B 641 ? ARG B 656 TRP B 662 AB3 3 ASN B 677 ? TRP B 682 ? ASN B 698 TRP B 703 AB4 1 SER B 669 ? GLY B 673 ? SER B 690 GLY B 694 AB4 2 ARG B 655 ? THR B 662 ? ARG B 676 THR B 683 AB4 3 ALA B 686 ? VAL B 694 ? ALA B 707 VAL B 715 AB4 4 ASN B 705 ? SER B 709 ? ASN B 726 SER B 730 AB5 1 VAL B 718 ? SER B 727 ? VAL B 739 SER B 748 AB5 2 CYS B 730 ? LEU B 737 ? CYS B 751 LEU B 758 AB5 3 LYS B 771 ? ILE B 774 ? LYS B 792 ILE B 795 AB6 1 LYS B 761 ? PRO B 766 ? LYS B 782 PRO B 787 AB6 2 LEU B 744 ? ILE B 753 ? LEU B 765 ILE B 774 AB6 3 TYR B 784 ? PHE B 792 ? TYR B 805 PHE B 813 AB6 4 LYS B 800 ? GLY B 804 ? LYS B 821 GLY B 825 AB7 1 LEU D 219 ? VAL D 225 ? LEU D 240 VAL D 246 AB7 2 LEU D 231 ? ASP D 236 ? LEU D 252 ASP D 257 AB7 3 SER D 269 ? VAL D 272 ? SER D 290 VAL D 293 AB8 1 VAL D 258 ? VAL D 265 ? VAL D 279 VAL D 286 AB8 2 LEU D 245 ? 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F GLU 845 905 1 Y 1 F GLU 867 ? F GLU 846 906 1 Y 1 F ILE 868 ? F ILE 847 907 1 Y 1 F LEU 869 ? F LEU 848 908 1 Y 1 F SER 870 ? F SER 849 909 1 Y 1 F LYS 871 ? F LYS 850 910 1 Y 1 F ILE 872 ? F ILE 851 911 1 Y 1 F TYR 873 ? F TYR 852 912 1 Y 1 F HIS 874 ? F HIS 853 913 1 Y 1 F ILE 875 ? F ILE 854 914 1 Y 1 F GLU 876 ? F GLU 855 915 1 Y 1 F ASN 877 ? F ASN 856 916 1 Y 1 F GLU 878 ? F GLU 857 917 1 Y 1 F ILE 879 ? F ILE 858 918 1 Y 1 F ALA 880 ? F ALA 859 919 1 Y 1 F ARG 881 ? F ARG 860 920 1 Y 1 F ILE 882 ? F ILE 861 921 1 Y 1 F LYS 883 ? F LYS 862 922 1 Y 1 F LYS 884 ? F LYS 863 923 1 Y 1 F LEU 885 ? F LEU 864 924 1 Y 1 F ILE 886 ? F ILE 865 925 1 Y 1 F GLY 887 ? F GLY 866 926 1 Y 1 F GLU 888 ? F GLU 867 927 1 Y 1 F ARG 889 ? F ARG 868 # loop_ _em_buffer_component.buffer_id _em_buffer_component.id _em_buffer_component.concentration _em_buffer_component.concentration_units _em_buffer_component.formula _em_buffer_component.name 1 1 20 mM C8H18N2O4S HEPES 1 2 150 mM NaCl 'sodium chloride' # _em_ctf_correction.id 1 _em_ctf_correction.em_image_processing_id 1 _em_ctf_correction.type 'PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION' _em_ctf_correction.details ? # _em_entity_assembly_molwt.entity_assembly_id 1 _em_entity_assembly_molwt.id 1 _em_entity_assembly_molwt.experimental_flag YES _em_entity_assembly_molwt.units MEGADALTONS _em_entity_assembly_molwt.value 0.444 # _em_entity_assembly_naturalsource.id 2 _em_entity_assembly_naturalsource.entity_assembly_id 1 _em_entity_assembly_naturalsource.cell ? _em_entity_assembly_naturalsource.cellular_location ? _em_entity_assembly_naturalsource.ncbi_tax_id 10090 _em_entity_assembly_naturalsource.organ ? _em_entity_assembly_naturalsource.organelle ? _em_entity_assembly_naturalsource.organism 'Mus musculus' _em_entity_assembly_naturalsource.strain ? _em_entity_assembly_naturalsource.tissue ? # _em_entity_assembly_recombinant.id 2 _em_entity_assembly_recombinant.entity_assembly_id 1 _em_entity_assembly_recombinant.cell ? _em_entity_assembly_recombinant.ncbi_tax_id 9606 _em_entity_assembly_recombinant.organism 'Homo sapiens' _em_entity_assembly_recombinant.plasmid pTwist _em_entity_assembly_recombinant.strain '293 Freestyle' # _em_image_processing.id 1 _em_image_processing.image_recording_id 1 _em_image_processing.details ? # _em_image_recording.id 1 _em_image_recording.imaging_id 1 _em_image_recording.avg_electron_dose_per_image 45 _em_image_recording.average_exposure_time ? _em_image_recording.details ? _em_image_recording.detector_mode ? _em_image_recording.film_or_detector_model 'GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)' _em_image_recording.num_diffraction_images ? _em_image_recording.num_grids_imaged 1 _em_image_recording.num_real_images 13230 _em_image_recording.avg_electron_dose_per_subtomogram ? # _em_particle_selection.id 1 _em_particle_selection.image_processing_id 1 _em_particle_selection.details ;Movies were processed via patch-based motion correction and CTF estimation as implemented in cryoSPARC v3.3.1. Initial 2D classes were obtained by the blob picker function in cryoSPARC, followed by particle picking via TOPAZ as implemented in cryoSPARC. Junk particles were removed by multiple rounds of 2D classification and ab initio 3D classification resulting in a particle set of 141,157 particles. ; _em_particle_selection.method ? _em_particle_selection.num_particles_selected 141157 _em_particle_selection.reference_model ? # loop_ _em_software.id _em_software.category _em_software.details _em_software.name _em_software.version _em_software.image_processing_id _em_software.fitting_id _em_software.imaging_id 1 'PARTICLE SELECTION' ? cryoSPARC v3.3.1 1 ? ? 2 'IMAGE ACQUISITION' ? ? ? ? ? 1 3 MASKING ? ? ? ? ? ? 4 'CTF CORRECTION' 'Patch ctf' cryoSPARC v3.3.1 1 ? ? 5 'LAYERLINE INDEXING' ? ? ? ? ? ? 6 'DIFFRACTION INDEXING' ? ? ? ? ? ? 7 'MODEL FITTING' ? 'UCSF Chimera' 1.17 ? 1 ? 8 OTHER ? ? ? ? ? ? 9 'MODEL REFINEMENT' ? PHENIX 1.19.2-4158 ? 1 ? 10 'INITIAL EULER ASSIGNMENT' ? cryoSPARC v3.3.1 1 ? ? 11 'FINAL EULER ASSIGNMENT' ? cryoSPARC v3.3.1 1 ? ? 12 CLASSIFICATION 'Ab initio' cryoSPARC v3.3.1 1 ? ? 13 RECONSTRUCTION 'Non-uniform refinement' cryoSPARC v3.3.1 1 ? ? # _em_specimen.id 1 _em_specimen.experiment_id 1 _em_specimen.concentration 0.3 _em_specimen.details 'This sample was monodisperse.' _em_specimen.embedding_applied NO _em_specimen.shadowing_applied NO _em_specimen.staining_applied NO _em_specimen.vitrification_applied YES # _pdbx_audit_support.funding_organization 'Research Foundation - Flanders (FWO)' _pdbx_audit_support.country Belgium _pdbx_audit_support.grant_number G0G0619N _pdbx_audit_support.ordinal 1 # _pdbx_entity_nonpoly.entity_id 3 _pdbx_entity_nonpoly.name 'NICKEL (II) ION' _pdbx_entity_nonpoly.comp_id NI # _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.id 1 _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.experimental_support 'light scattering' _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.details 'The oligomeric state of the complex was confirmed by SEC-MALLS.' # _space_group.crystal_system triclinic _space_group.name_H-M_alt 'P 1' _space_group.IT_number 1 _space_group.name_Hall 'P 1' _space_group.id 1 #