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;MGSSHHHHHHPGGPGSENLYFQGGSTGGVPIQKVQDDTKTLIKTIVTRINDISHTQSVSAKQRVTGLDFIPGLHPILSLS KMDQTLAVYQQVLTSLPSQNVLQIANDLENLRDLLHLLAFSKSCSLPQTSGLQKPESLDGVLEASLYSTEVVALSRLQGS LQDILQQLDVSPEC ; A,C,E ? 2 'polypeptide(L)' no no ;LNLAYPISPWKFKLFCGPPNTTDDSFLSPAGAPNNASALKGASEAIVEAKFNSSGIYVPELSKTVFHCCFGNEQGQNCSA LTDNTEGKTLASVVKASVFRQLGVNWDIECWMKGDLTLFICHMEPLPKNPFKNYDSKVHLLYDLPEVIDDSPLPPLKDSF QTVQCNCSLRGCECHVPVPRAKLNYALLMYLEITSAGVSFQSPLMSLQPMLVVKPDPPLGLHMEVTDDGNLKISWDSQTM APFPLQYQVKYLENSTIVREAAEIVSATSLLVDSVLPGSSYEVQVRSKRLDGSGVWSDWSSPQVFTTQDVVYFPPKILTS VGSNASFHCIYKNENQIISSKQIVWWRNLAEKIPEIQYSIVSDRVSKVTFSNLKATRPRGKFTYDAVYCCNEQACHHRYA ELYVIDVNINISCETDGYLTKMTCRWSPSTIQSLVGSTVQLRYHRRSLYCPDSPSIHPTSEPKNCVLQRDGFYECVFQPI FLLSGYTMWIRINHSLGSLDSPPTCVLPDSVVKPLPPSNVKAEITVNTGLLKVSWEKPVFPENNLQFQIRYGLSGKEIQW KTHEVFDAKSKSASLLVSDLCAVYVVQVRCRRLDGLGYWSNWSSPAYTLVMDVKVPMRGPEFWRKMDGDVTKKERNVTLL WKPLTKNDSLCSVRRYVVKHRTAHNGTWSEDVGNRTNLTFLWTEPAHTVTVLAVNSLGASLVNFNLTFSWPMSKVSAVES 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'ELECTRON MICROSCOPY' ? 1.0950 ? 17814 ? f_angle_d ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.0638 ? 2067 ? f_chiral_restr ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.0061 ? 2259 ? f_plane_restr ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 5.2816 ? 1740 ? f_dihedral_angle_d ? ? # _struct.entry_id 8AVD _struct.title 'Cryo-EM structure for a 3:3 complex between mouse leptin and the mouse LEP-R ectodomain (local refinement)' _struct.pdbx_model_details ? _struct.pdbx_formula_weight ? _struct.pdbx_formula_weight_method ? _struct.pdbx_model_type_details ? _struct.pdbx_CASP_flag N # _struct_keywords.entry_id 8AVD _struct_keywords.text 'leptin, LEP-R, obesity, metabolism, energy balance, CYTOKINE' _struct_keywords.pdbx_keywords CYTOKINE # loop_ _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.entity_id _struct_asym.details A N N 1 ? B N N 2 ? C N N 1 ? D N N 2 ? E N N 1 ? F N N 2 ? G N N 3 ? H N N 3 ? I N N 3 ? # loop_ _struct_ref.id _struct_ref.db_name _struct_ref.db_code _struct_ref.pdbx_db_accession _struct_ref.pdbx_db_isoform _struct_ref.entity_id _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code _struct_ref.pdbx_align_begin 1 UNP LEP_MOUSE P41160 ? 1 ;AVPIQKVQDDTKTLIKTIVTRINDISHTQSVSAKQRVTGLDFIPGLHPILSLSKMDQTLAVYQQVLTSLPSQNVLQIAND LENLRDLLHLLAFSKSCSLPQTSGLQKPESLDGVLEASLYSTEVVALSRLQGSLQDILQQLDVSPEC ; 21 2 UNP LEPR_MOUSE P48356 ? 2 ;LNLAYPISPWKFKLFCGPPNTTDDSFLSPAGAPNNASALKGASEAIVEAKFNSSGIYVPELSKTVFHCCFGNEQGQNCSA LTDNTEGKTLASVVKASVFRQLGVNWDIECWMKGDLTLFICHMEPLPKNPFKNYDSKVHLLYDLPEVIDDSPLPPLKDSF QTVQCNCSLRGCECHVPVPRAKLNYALLMYLEITSAGVSFQSPLMSLQPMLVVKPDPPLGLHMEVTDDGNLKISWDSQTM APFPLQYQVKYLENSTIVREAAEIVSATSLLVDSVLPGSSYEVQVRSKRLDGSGVWSDWSSPQVFTTQDVVYFPPKILTS VGSNASFHCIYKNENQIISSKQIVWWRNLAEKIPEIQYSIVSDRVSKVTFSNLKATRPRGKFTYDAVYCCNEQACHHRYA ELYVIDVNINISCETDGYLTKMTCRWSPSTIQSLVGSTVQLRYHRRSLYCPDSPSIHPTSEPKNCVLQRDGFYECVFQPI FLLSGYTMWIRINHSLGSLDSPPTCVLPDSVVKPLPPSNVKAEITVNTGLLKVSWEKPVFPENNLQFQIRYGLSGKEIQW KTHEVFDAKSKSASLLVSDLCAVYVVQVRCRRLDGLGYWSNWSSPAYTLVMDVKVPMRGPEFWRKMDGDVTKKERNVTLL WKPLTKNDSLCSVRRYVVKHRTAHNGTWSEDVGNRTNLTFLWTEPAHTVTVLAVNSLGASLVNFNLTFSWPMSKVSAVES LSAYPLSSSCVILSWTLSPDDYSLLYLVIEWKILNEDDGMKWLRIPSNVKKFYIHDNFIPIEKYQFSLYPVFMEGVGKPK IINGFTKDAIDKQQNDAG ; 22 # loop_ _struct_ref_seq.align_id _struct_ref_seq.ref_id _struct_ref_seq.pdbx_PDB_id_code _struct_ref_seq.pdbx_strand_id _struct_ref_seq.seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.seq_align_end _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_db_accession _struct_ref_seq.db_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_db_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.db_align_end _struct_ref_seq.pdbx_db_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_end 1 1 8AVD A 28 ? 174 ? 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'expression tag' 889 234 # _pdbx_struct_assembly.id 1 _pdbx_struct_assembly.details author_defined_assembly _pdbx_struct_assembly.method_details ? _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details hexameric _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count 6 # _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression 1 _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list A,B,C,D,E,F,G,H,I # _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.id 1 _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.experimental_support 'light scattering' _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.details 'The molecular weight as determined by SEC-MALLS corresponds to a 3:3 leptin-LEPR assembly.' # _pdbx_struct_oper_list.id 1 _pdbx_struct_oper_list.type 'identity operation' _pdbx_struct_oper_list.name 1_555 _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation ? _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] 1.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.vector[1] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] 1.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.vector[2] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] 1.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 0.0000000000 # loop_ _struct_conf.conf_type_id _struct_conf.id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_id _struct_conf.beg_label_comp_id _struct_conf.beg_label_asym_id _struct_conf.beg_label_seq_id _struct_conf.pdbx_beg_PDB_ins_code _struct_conf.end_label_comp_id _struct_conf.end_label_asym_id _struct_conf.end_label_seq_id _struct_conf.pdbx_end_PDB_ins_code _struct_conf.beg_auth_comp_id _struct_conf.beg_auth_asym_id _struct_conf.beg_auth_seq_id _struct_conf.end_auth_comp_id _struct_conf.end_auth_asym_id _struct_conf.end_auth_seq_id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_class _struct_conf.details _struct_conf.pdbx_PDB_helix_length HELX_P HELX_P1 AA1 PRO A 30 ? 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LEU F 528 VAL F 533 5 ? 6 # _struct_conf_type.id HELX_P _struct_conf_type.criteria ? _struct_conf_type.reference ? # loop_ _struct_conn.id _struct_conn.conn_type_id _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag _struct_conn.pdbx_PDB_id _struct_conn.ptnr1_label_asym_id _struct_conn.ptnr1_label_comp_id _struct_conn.ptnr1_label_seq_id _struct_conn.ptnr1_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id _struct_conn.ptnr1_symmetry _struct_conn.ptnr2_label_asym_id _struct_conn.ptnr2_label_comp_id _struct_conn.ptnr2_label_seq_id _struct_conn.ptnr2_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_symmetry _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code _struct_conn.details _struct_conn.pdbx_dist_value _struct_conn.pdbx_value_order _struct_conn.pdbx_role disulf1 disulf ? ? 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D CYS 413 SG ? ? ? 1_555 D CYS 424 SG ? ? D CYS 434 D CYS 445 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.037 ? ? disulf11 disulf ? ? D CYS 450 SG ? ? ? 1_555 D CYS 505 SG ? ? D CYS 471 D CYS 526 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.028 ? ? disulf12 disulf ? ? D CYS 465 SG ? ? ? 1_555 D CYS 475 SG ? ? D CYS 486 D CYS 496 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.019 ? ? disulf13 disulf ? ? E CYS 124 SG ? ? ? 1_555 E CYS 174 SG ? ? E CYS 117 E CYS 167 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.036 ? ? disulf14 disulf ? ? F CYS 329 SG ? ? ? 1_555 F CYS 389 SG ? ? F CYS 350 F CYS 410 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.040 ? ? disulf15 disulf ? ? F CYS 390 SG ? ? ? 1_555 F CYS 395 SG ? ? F CYS 411 F CYS 416 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.029 ? ? disulf16 disulf ? ? F CYS 413 SG ? ? ? 1_555 F CYS 424 SG ? ? F CYS 434 F CYS 445 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.035 ? ? disulf17 disulf ? ? F CYS 450 SG ? ? ? 1_555 F CYS 505 SG ? ? F CYS 471 F CYS 526 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.026 ? ? disulf18 disulf ? ? F CYS 465 SG ? ? ? 1_555 F CYS 475 SG ? ? F CYS 486 F CYS 496 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.080 ? ? # _struct_conn_type.id disulf _struct_conn_type.criteria ? _struct_conn_type.reference ? # loop_ _pdbx_modification_feature.ordinal _pdbx_modification_feature.label_comp_id _pdbx_modification_feature.label_asym_id _pdbx_modification_feature.label_seq_id _pdbx_modification_feature.label_alt_id _pdbx_modification_feature.modified_residue_label_comp_id _pdbx_modification_feature.modified_residue_label_asym_id _pdbx_modification_feature.modified_residue_label_seq_id _pdbx_modification_feature.modified_residue_label_alt_id _pdbx_modification_feature.auth_comp_id _pdbx_modification_feature.auth_asym_id _pdbx_modification_feature.auth_seq_id _pdbx_modification_feature.PDB_ins_code _pdbx_modification_feature.symmetry _pdbx_modification_feature.modified_residue_auth_comp_id _pdbx_modification_feature.modified_residue_auth_asym_id _pdbx_modification_feature.modified_residue_auth_seq_id _pdbx_modification_feature.modified_residue_PDB_ins_code _pdbx_modification_feature.modified_residue_symmetry _pdbx_modification_feature.comp_id_linking_atom _pdbx_modification_feature.modified_residue_id_linking_atom _pdbx_modification_feature.modified_residue_id _pdbx_modification_feature.ref_pcm_id _pdbx_modification_feature.ref_comp_id _pdbx_modification_feature.type _pdbx_modification_feature.category 1 CYS A 124 ? 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None 'Disulfide bridge' # loop_ _struct_mon_prot_cis.pdbx_id _struct_mon_prot_cis.label_comp_id _struct_mon_prot_cis.label_seq_id _struct_mon_prot_cis.label_asym_id _struct_mon_prot_cis.label_alt_id _struct_mon_prot_cis.pdbx_PDB_ins_code _struct_mon_prot_cis.auth_comp_id _struct_mon_prot_cis.auth_seq_id _struct_mon_prot_cis.auth_asym_id _struct_mon_prot_cis.pdbx_label_comp_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_label_seq_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_label_asym_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_PDB_ins_code_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_auth_comp_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_auth_seq_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_auth_asym_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_PDB_model_num _struct_mon_prot_cis.pdbx_omega_angle 1 PHE 313 B . ? PHE 334 B PRO 314 B ? PRO 335 B 1 -1.82 2 GLN 478 B . ? GLN 499 B PRO 479 B ? PRO 500 B 1 -1.22 3 PHE 540 B . ? PHE 561 B PRO 541 B ? PRO 562 B 1 -2.35 4 PHE 313 D . ? PHE 334 D PRO 314 D ? PRO 335 D 1 -1.92 5 GLN 478 D . ? GLN 499 D PRO 479 D ? PRO 500 D 1 -2.14 6 PHE 540 D . ? PHE 561 D PRO 541 D ? PRO 562 D 1 -3.53 7 PHE 313 F . ? PHE 334 F PRO 314 F ? PRO 335 F 1 -1.94 8 GLN 478 F . ? GLN 499 F PRO 479 F ? PRO 500 F 1 -1.41 9 PHE 540 F . ? PHE 561 F PRO 541 F ? PRO 562 F 1 -2.54 # loop_ _struct_sheet.id _struct_sheet.type _struct_sheet.number_strands _struct_sheet.details AA1 ? 2 ? AA2 ? 3 ? AA3 ? 4 ? AA4 ? 4 ? AA5 ? 5 ? AA6 ? 2 ? AA7 ? 4 ? AA8 ? 4 ? AA9 ? 4 ? AB1 ? 3 ? AB2 ? 4 ? AB3 ? 3 ? AB4 ? 4 ? AB5 ? 4 ? AB6 ? 5 ? AB7 ? 2 ? AB8 ? 4 ? AB9 ? 4 ? AC1 ? 4 ? AC2 ? 3 ? AC3 ? 4 ? AC4 ? 3 ? AC5 ? 4 ? AC6 ? 4 ? AC7 ? 5 ? AC8 ? 4 ? AC9 ? 4 ? AD1 ? 4 ? AD2 ? 3 ? AD3 ? 4 ? # loop_ _struct_sheet_order.sheet_id _struct_sheet_order.range_id_1 _struct_sheet_order.range_id_2 _struct_sheet_order.offset _struct_sheet_order.sense AA1 1 2 ? parallel AA2 1 2 ? anti-parallel AA2 2 3 ? anti-parallel AA3 1 2 ? anti-parallel AA3 2 3 ? anti-parallel AA3 3 4 ? anti-parallel AA4 1 2 ? anti-parallel AA4 2 3 ? anti-parallel AA4 3 4 ? anti-parallel AA5 1 2 ? parallel AA5 2 3 ? anti-parallel AA5 3 4 ? anti-parallel AA5 4 5 ? anti-parallel AA6 1 2 ? parallel AA7 1 2 ? anti-parallel AA7 2 3 ? anti-parallel AA7 3 4 ? anti-parallel AA8 1 2 ? anti-parallel AA8 2 3 ? anti-parallel AA8 3 4 ? anti-parallel AA9 1 2 ? anti-parallel AA9 2 3 ? anti-parallel AA9 3 4 ? anti-parallel AB1 1 2 ? anti-parallel AB1 2 3 ? anti-parallel AB2 1 2 ? anti-parallel AB2 2 3 ? anti-parallel AB2 3 4 ? anti-parallel AB3 1 2 ? anti-parallel AB3 2 3 ? anti-parallel AB4 1 2 ? anti-parallel AB4 2 3 ? anti-parallel AB4 3 4 ? anti-parallel AB5 1 2 ? anti-parallel AB5 2 3 ? anti-parallel AB5 3 4 ? anti-parallel AB6 1 2 ? parallel AB6 2 3 ? anti-parallel AB6 3 4 ? anti-parallel AB6 4 5 ? anti-parallel AB7 1 2 ? parallel AB8 1 2 ? anti-parallel AB8 2 3 ? anti-parallel AB8 3 4 ? anti-parallel AB9 1 2 ? anti-parallel AB9 2 3 ? anti-parallel AB9 3 4 ? anti-parallel AC1 1 2 ? anti-parallel AC1 2 3 ? anti-parallel AC1 3 4 ? anti-parallel AC2 1 2 ? anti-parallel AC2 2 3 ? anti-parallel AC3 1 2 ? anti-parallel AC3 2 3 ? anti-parallel AC3 3 4 ? anti-parallel AC4 1 2 ? anti-parallel AC4 2 3 ? anti-parallel AC5 1 2 ? anti-parallel AC5 2 3 ? anti-parallel AC5 3 4 ? anti-parallel AC6 1 2 ? anti-parallel AC6 2 3 ? anti-parallel AC6 3 4 ? anti-parallel AC7 1 2 ? parallel AC7 2 3 ? anti-parallel AC7 3 4 ? anti-parallel AC7 4 5 ? anti-parallel AC8 1 2 ? anti-parallel AC8 2 3 ? anti-parallel AC8 3 4 ? anti-parallel AC9 1 2 ? anti-parallel AC9 2 3 ? anti-parallel AC9 3 4 ? anti-parallel AD1 1 2 ? anti-parallel AD1 2 3 ? anti-parallel AD1 3 4 ? anti-parallel AD2 1 2 ? anti-parallel AD2 2 3 ? anti-parallel AD3 1 2 ? anti-parallel AD3 2 3 ? anti-parallel AD3 3 4 ? anti-parallel # loop_ _struct_sheet_range.sheet_id _struct_sheet_range.id _struct_sheet_range.beg_label_comp_id _struct_sheet_range.beg_label_asym_id _struct_sheet_range.beg_label_seq_id _struct_sheet_range.pdbx_beg_PDB_ins_code _struct_sheet_range.end_label_comp_id _struct_sheet_range.end_label_asym_id _struct_sheet_range.end_label_seq_id _struct_sheet_range.pdbx_end_PDB_ins_code _struct_sheet_range.beg_auth_comp_id _struct_sheet_range.beg_auth_asym_id _struct_sheet_range.beg_auth_seq_id _struct_sheet_range.end_auth_comp_id _struct_sheet_range.end_auth_asym_id _struct_sheet_range.end_auth_seq_id AA1 1 VAL A 64 ? 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_em_3d_fitting_list.source_name PDB _em_3d_fitting_list.type 'experimental model' _em_3d_fitting_list.accession_code 7Z3R # _em_3d_reconstruction.entry_id 8AVD _em_3d_reconstruction.id 1 _em_3d_reconstruction.algorithm ? _em_3d_reconstruction.details ;The final map was obtained via local refinement in cryoSPARC using a mask around the mouse leptin:LEP-R core region of the trimeric complex ; _em_3d_reconstruction.refinement_type ? _em_3d_reconstruction.image_processing_id 1 _em_3d_reconstruction.num_class_averages ? _em_3d_reconstruction.num_particles 54708 _em_3d_reconstruction.resolution 4.42 _em_3d_reconstruction.resolution_method 'FSC 0.143 CUT-OFF' _em_3d_reconstruction.symmetry_type POINT _em_3d_reconstruction.method ? _em_3d_reconstruction.nominal_pixel_size ? _em_3d_reconstruction.actual_pixel_size ? _em_3d_reconstruction.magnification_calibration ? # _em_buffer.id 1 _em_buffer.details '20 mM HEPES, 150 mM NaCl, pH 7.4' _em_buffer.pH 7.4 _em_buffer.specimen_id 1 _em_buffer.name ? # _em_entity_assembly.id 1 _em_entity_assembly.parent_id 0 _em_entity_assembly.details ;The mLEP-R ectodomain was C-terminally fused to a trimeric GCN4 isoleucine zipper tag and secreted from HEK93 FreeStyle cells and complexed with refolded mouse leptin produced in E.coli. ; _em_entity_assembly.name 'Stucture of mouse leptin in complex with a trimerized form of the mouse Lep-R extracellular region' _em_entity_assembly.source RECOMBINANT _em_entity_assembly.type COMPLEX _em_entity_assembly.entity_id_list '1, 2' _em_entity_assembly.synonym ? _em_entity_assembly.oligomeric_details ? # _em_imaging.id 1 _em_imaging.entry_id 8AVD _em_imaging.accelerating_voltage 300 _em_imaging.alignment_procedure ? _em_imaging.c2_aperture_diameter ? _em_imaging.calibrated_defocus_max ? _em_imaging.calibrated_defocus_min ? _em_imaging.calibrated_magnification ? _em_imaging.cryogen ? _em_imaging.details ? _em_imaging.electron_source 'FIELD EMISSION GUN' _em_imaging.illumination_mode 'FLOOD BEAM' _em_imaging.microscope_model 'TFS KRIOS' _em_imaging.mode OTHER _em_imaging.nominal_cs 2.7 _em_imaging.nominal_defocus_max 2500 _em_imaging.nominal_defocus_min 1200 _em_imaging.nominal_magnification 105000 _em_imaging.recording_temperature_maximum ? 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