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'Mouse leptin was produced with an N-terminal His-tag and refolded from inclusion bodies produced in E. coli' 2 polymer man 'Leptin receptor' 97479.391 3 ? ? ? ;The mLEP-R ectodomain was C-terminally fused to a trimeric GCN4 isoleucine zipper tag and secreted from HEK93 FreeStyle cells and complexed with refolded mouse leptin produced in E.coli. ; 3 non-polymer syn 'NICKEL (II) ION' 58.693 3 ? ? ? ? # loop_ _entity_name_com.entity_id _entity_name_com.name 1 'Obesity factor' 2 'LEP-R,B219,OB receptor,OB-R' # loop_ _entity_poly.entity_id _entity_poly.type _entity_poly.nstd_linkage _entity_poly.nstd_monomer _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can _entity_poly.pdbx_strand_id _entity_poly.pdbx_target_identifier 1 'polypeptide(L)' no no ;MGSSHHHHHHPGGPGSENLYFQGGSTGGVPIQKVQDDTKTLIKTIVTRINDISHTQSVSAKQRVTGLDFIPGLHPILSLS KMDQTLAVYQQVLTSLPSQNVLQIANDLENLRDLLHLLAFSKSCSLPQTSGLQKPESLDGVLEASLYSTEVVALSRLQGS LQDILQQLDVSPEC ; ;MGSSHHHHHHPGGPGSENLYFQGGSTGGVPIQKVQDDTKTLIKTIVTRINDISHTQSVSAKQRVTGLDFIPGLHPILSLS KMDQTLAVYQQVLTSLPSQNVLQIANDLENLRDLLHLLAFSKSCSLPQTSGLQKPESLDGVLEASLYSTEVVALSRLQGS LQDILQQLDVSPEC ; A,C,E ? 2 'polypeptide(L)' no no ;LNLAYPISPWKFKLFCGPPNTTDDSFLSPAGAPNNASALKGASEAIVEAKFNSSGIYVPELSKTVFHCCFGNEQGQNCSA LTDNTEGKTLASVVKASVFRQLGVNWDIECWMKGDLTLFICHMEPLPKNPFKNYDSKVHLLYDLPEVIDDSPLPPLKDSF QTVQCNCSLRGCECHVPVPRAKLNYALLMYLEITSAGVSFQSPLMSLQPMLVVKPDPPLGLHMEVTDDGNLKISWDSQTM APFPLQYQVKYLENSTIVREAAEIVSATSLLVDSVLPGSSYEVQVRSKRLDGSGVWSDWSSPQVFTTQDVVYFPPKILTS VGSNASFHCIYKNENQIISSKQIVWWRNLAEKIPEIQYSIVSDRVSKVTFSNLKATRPRGKFTYDAVYCCNEQACHHRYA ELYVIDVNINISCETDGYLTKMTCRWSPSTIQSLVGSTVQLRYHRRSLYCPDSPSIHPTSEPKNCVLQRDGFYECVFQPI FLLSGYTMWIRINHSLGSLDSPPTCVLPDSVVKPLPPSNVKAEITVNTGLLKVSWEKPVFPENNLQFQIRYGLSGKEIQW KTHEVFDAKSKSASLLVSDLCAVYVVQVRCRRLDGLGYWSNWSSPAYTLVMDVKVPMRGPEFWRKMDGDVTKKERNVTLL WKPLTKNDSLCSVRRYVVKHRTAHNGTWSEDVGNRTNLTFLWTEPAHTVTVLAVNSLGASLVNFNLTFSWPMSKVSAVES 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'C5 H10 N2 O3' 146.144 GLU 'L-peptide linking' y 'GLUTAMIC ACID' ? 'C5 H9 N O4' 147.129 GLY 'peptide linking' y GLYCINE ? 'C2 H5 N O2' 75.067 HIS 'L-peptide linking' y HISTIDINE ? 'C6 H10 N3 O2 1' 156.162 ILE 'L-peptide linking' y ISOLEUCINE ? 'C6 H13 N O2' 131.173 LEU 'L-peptide linking' y LEUCINE ? 'C6 H13 N O2' 131.173 LYS 'L-peptide linking' y LYSINE ? 'C6 H15 N2 O2 1' 147.195 MET 'L-peptide linking' y METHIONINE ? 'C5 H11 N O2 S' 149.211 NI non-polymer . 'NICKEL (II) ION' ? 'Ni 2' 58.693 PHE 'L-peptide linking' y PHENYLALANINE ? 'C9 H11 N O2' 165.189 PRO 'L-peptide linking' y PROLINE ? 'C5 H9 N O2' 115.130 SER 'L-peptide linking' y SERINE ? 'C3 H7 N O3' 105.093 THR 'L-peptide linking' y THREONINE ? 'C4 H9 N O3' 119.119 TRP 'L-peptide linking' y TRYPTOPHAN ? 'C11 H12 N2 O2' 204.225 TYR 'L-peptide linking' y TYROSINE ? 'C9 H11 N O3' 181.189 VAL 'L-peptide linking' y VALINE ? 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'ELECTRON MICROSCOPY' ? 1.0950 ? 17814 ? f_angle_d ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.0638 ? 2067 ? f_chiral_restr ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.0061 ? 2259 ? f_plane_restr ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 5.2816 ? 1740 ? f_dihedral_angle_d ? ? # _struct.entry_id 8AVD _struct.title 'Cryo-EM structure for a 3:3 complex between mouse leptin and the mouse LEP-R ectodomain (local refinement)' _struct.pdbx_model_details ? _struct.pdbx_formula_weight ? _struct.pdbx_formula_weight_method ? _struct.pdbx_model_type_details ? _struct.pdbx_CASP_flag N # _struct_keywords.entry_id 8AVD _struct_keywords.text 'leptin, LEP-R, obesity, metabolism, energy balance, CYTOKINE' _struct_keywords.pdbx_keywords CYTOKINE # loop_ _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.entity_id _struct_asym.details A N N 1 ? B N N 2 ? C N N 1 ? D N N 2 ? E N N 1 ? F N N 2 ? G N N 3 ? H N N 3 ? I N N 3 ? # loop_ _struct_conf.conf_type_id _struct_conf.id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_id _struct_conf.beg_label_comp_id _struct_conf.beg_label_asym_id _struct_conf.beg_label_seq_id _struct_conf.pdbx_beg_PDB_ins_code _struct_conf.end_label_comp_id _struct_conf.end_label_asym_id _struct_conf.end_label_seq_id _struct_conf.pdbx_end_PDB_ins_code _struct_conf.beg_auth_comp_id _struct_conf.beg_auth_asym_id _struct_conf.beg_auth_seq_id _struct_conf.end_auth_comp_id _struct_conf.end_auth_asym_id _struct_conf.end_auth_seq_id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_class _struct_conf.details _struct_conf.pdbx_PDB_helix_length HELX_P HELX_P1 AA1 PRO A 30 ? ASP A 51 ? PRO A 23 ASP A 44 1 ? 22 HELX_P HELX_P2 AA2 ILE A 52 ? SER A 57 ? ILE A 45 SER A 50 1 ? 6 HELX_P HELX_P3 AA3 SER A 78 ? SER A 95 ? SER A 71 SER A 88 1 ? 18 HELX_P HELX_P4 AA4 SER A 98 ? SER A 123 ? SER A 91 SER A 116 1 ? 26 HELX_P HELX_P5 AA5 SER A 137 ? SER A 145 ? SER A 130 SER A 138 1 ? 9 HELX_P HELX_P6 AA6 SER A 145 ? GLN A 167 ? 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LEU F 528 VAL F 533 5 ? 6 # _struct_conf_type.id HELX_P _struct_conf_type.criteria ? _struct_conf_type.reference ? # loop_ _struct_conn.id _struct_conn.conn_type_id _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag _struct_conn.pdbx_PDB_id _struct_conn.ptnr1_label_asym_id _struct_conn.ptnr1_label_comp_id _struct_conn.ptnr1_label_seq_id _struct_conn.ptnr1_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id _struct_conn.ptnr1_symmetry _struct_conn.ptnr2_label_asym_id _struct_conn.ptnr2_label_comp_id _struct_conn.ptnr2_label_seq_id _struct_conn.ptnr2_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_symmetry _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code _struct_conn.details _struct_conn.pdbx_dist_value _struct_conn.pdbx_value_order _struct_conn.pdbx_role disulf1 disulf ? ? 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D CYS 413 SG ? ? ? 1_555 D CYS 424 SG ? ? D CYS 434 D CYS 445 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.037 ? ? disulf11 disulf ? ? D CYS 450 SG ? ? ? 1_555 D CYS 505 SG ? ? D CYS 471 D CYS 526 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.028 ? ? disulf12 disulf ? ? D CYS 465 SG ? ? ? 1_555 D CYS 475 SG ? ? D CYS 486 D CYS 496 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.019 ? ? disulf13 disulf ? ? E CYS 124 SG ? ? ? 1_555 E CYS 174 SG ? ? E CYS 117 E CYS 167 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.036 ? ? disulf14 disulf ? ? F CYS 329 SG ? ? ? 1_555 F CYS 389 SG ? ? F CYS 350 F CYS 410 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.040 ? ? disulf15 disulf ? ? F CYS 390 SG ? ? ? 1_555 F CYS 395 SG ? ? F CYS 411 F CYS 416 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.029 ? ? disulf16 disulf ? ? F CYS 413 SG ? ? ? 1_555 F CYS 424 SG ? ? F CYS 434 F CYS 445 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.035 ? ? disulf17 disulf ? ? F CYS 450 SG ? ? ? 1_555 F CYS 505 SG ? ? F CYS 471 F CYS 526 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.026 ? ? disulf18 disulf ? ? F CYS 465 SG ? ? ? 1_555 F CYS 475 SG ? ? F CYS 486 F CYS 496 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.080 ? ? # _struct_conn_type.id disulf _struct_conn_type.criteria ? _struct_conn_type.reference ? # loop_ _struct_mon_prot_cis.pdbx_id _struct_mon_prot_cis.label_comp_id _struct_mon_prot_cis.label_seq_id _struct_mon_prot_cis.label_asym_id _struct_mon_prot_cis.label_alt_id _struct_mon_prot_cis.pdbx_PDB_ins_code _struct_mon_prot_cis.auth_comp_id _struct_mon_prot_cis.auth_seq_id _struct_mon_prot_cis.auth_asym_id _struct_mon_prot_cis.pdbx_label_comp_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_label_seq_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_label_asym_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_PDB_ins_code_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_auth_comp_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_auth_seq_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_auth_asym_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_PDB_model_num _struct_mon_prot_cis.pdbx_omega_angle 1 PHE 313 B . ? PHE 334 B PRO 314 B ? PRO 335 B 1 -1.82 2 GLN 478 B . ? GLN 499 B PRO 479 B ? PRO 500 B 1 -1.22 3 PHE 540 B . ? PHE 561 B PRO 541 B ? PRO 562 B 1 -2.35 4 PHE 313 D . ? PHE 334 D PRO 314 D ? PRO 335 D 1 -1.92 5 GLN 478 D . ? GLN 499 D PRO 479 D ? PRO 500 D 1 -2.14 6 PHE 540 D . ? PHE 561 D PRO 541 D ? PRO 562 D 1 -3.53 7 PHE 313 F . ? PHE 334 F PRO 314 F ? PRO 335 F 1 -1.94 8 GLN 478 F . ? GLN 499 F PRO 479 F ? PRO 500 F 1 -1.41 9 PHE 540 F . ? PHE 561 F PRO 541 F ? PRO 562 F 1 -2.54 # loop_ _struct_sheet.id _struct_sheet.type _struct_sheet.number_strands _struct_sheet.details AA1 ? 2 ? AA2 ? 3 ? AA3 ? 4 ? AA4 ? 4 ? AA5 ? 5 ? AA6 ? 2 ? AA7 ? 4 ? AA8 ? 4 ? AA9 ? 4 ? AB1 ? 3 ? AB2 ? 4 ? AB3 ? 3 ? AB4 ? 4 ? AB5 ? 4 ? AB6 ? 5 ? AB7 ? 2 ? AB8 ? 4 ? AB9 ? 4 ? AC1 ? 4 ? AC2 ? 3 ? AC3 ? 4 ? AC4 ? 3 ? AC5 ? 4 ? AC6 ? 4 ? AC7 ? 5 ? AC8 ? 4 ? AC9 ? 4 ? AD1 ? 4 ? AD2 ? 3 ? AD3 ? 4 ? # loop_ _struct_sheet_order.sheet_id _struct_sheet_order.range_id_1 _struct_sheet_order.range_id_2 _struct_sheet_order.offset _struct_sheet_order.sense AA1 1 2 ? parallel AA2 1 2 ? anti-parallel AA2 2 3 ? anti-parallel AA3 1 2 ? anti-parallel AA3 2 3 ? anti-parallel AA3 3 4 ? anti-parallel AA4 1 2 ? anti-parallel AA4 2 3 ? anti-parallel AA4 3 4 ? anti-parallel AA5 1 2 ? parallel AA5 2 3 ? anti-parallel AA5 3 4 ? anti-parallel AA5 4 5 ? anti-parallel AA6 1 2 ? parallel AA7 1 2 ? anti-parallel AA7 2 3 ? anti-parallel AA7 3 4 ? anti-parallel AA8 1 2 ? anti-parallel AA8 2 3 ? anti-parallel AA8 3 4 ? anti-parallel AA9 1 2 ? anti-parallel AA9 2 3 ? anti-parallel AA9 3 4 ? anti-parallel AB1 1 2 ? anti-parallel AB1 2 3 ? anti-parallel AB2 1 2 ? anti-parallel AB2 2 3 ? anti-parallel AB2 3 4 ? anti-parallel AB3 1 2 ? anti-parallel AB3 2 3 ? anti-parallel AB4 1 2 ? anti-parallel AB4 2 3 ? anti-parallel AB4 3 4 ? anti-parallel AB5 1 2 ? anti-parallel AB5 2 3 ? anti-parallel AB5 3 4 ? anti-parallel AB6 1 2 ? parallel AB6 2 3 ? anti-parallel AB6 3 4 ? anti-parallel AB6 4 5 ? anti-parallel AB7 1 2 ? parallel AB8 1 2 ? anti-parallel AB8 2 3 ? anti-parallel AB8 3 4 ? anti-parallel AB9 1 2 ? anti-parallel AB9 2 3 ? anti-parallel AB9 3 4 ? anti-parallel AC1 1 2 ? anti-parallel AC1 2 3 ? anti-parallel AC1 3 4 ? anti-parallel AC2 1 2 ? anti-parallel AC2 2 3 ? anti-parallel AC3 1 2 ? anti-parallel AC3 2 3 ? anti-parallel AC3 3 4 ? anti-parallel AC4 1 2 ? anti-parallel AC4 2 3 ? anti-parallel AC5 1 2 ? anti-parallel AC5 2 3 ? anti-parallel AC5 3 4 ? anti-parallel AC6 1 2 ? anti-parallel AC6 2 3 ? anti-parallel AC6 3 4 ? anti-parallel AC7 1 2 ? parallel AC7 2 3 ? anti-parallel AC7 3 4 ? anti-parallel AC7 4 5 ? anti-parallel AC8 1 2 ? anti-parallel AC8 2 3 ? anti-parallel AC8 3 4 ? anti-parallel AC9 1 2 ? anti-parallel AC9 2 3 ? anti-parallel AC9 3 4 ? anti-parallel AD1 1 2 ? anti-parallel AD1 2 3 ? anti-parallel AD1 3 4 ? anti-parallel AD2 1 2 ? anti-parallel AD2 2 3 ? anti-parallel AD3 1 2 ? anti-parallel AD3 2 3 ? anti-parallel AD3 3 4 ? anti-parallel # loop_ _struct_sheet_range.sheet_id _struct_sheet_range.id _struct_sheet_range.beg_label_comp_id _struct_sheet_range.beg_label_asym_id _struct_sheet_range.beg_label_seq_id _struct_sheet_range.pdbx_beg_PDB_ins_code _struct_sheet_range.end_label_comp_id _struct_sheet_range.end_label_asym_id _struct_sheet_range.end_label_seq_id _struct_sheet_range.pdbx_end_PDB_ins_code _struct_sheet_range.beg_auth_comp_id _struct_sheet_range.beg_auth_asym_id _struct_sheet_range.beg_auth_seq_id _struct_sheet_range.end_auth_comp_id _struct_sheet_range.end_auth_asym_id _struct_sheet_range.end_auth_seq_id AA1 1 VAL A 64 ? THR A 65 ? VAL A 57 THR A 58 AA1 2 CYS F 395 ? HIS F 396 ? CYS F 416 HIS F 417 AA2 1 LEU B 219 ? VAL B 225 ? LEU B 240 VAL B 246 AA2 2 LEU B 231 ? ASP B 236 ? LEU B 252 ASP B 257 AA2 3 SER B 269 ? VAL B 272 ? SER B 290 VAL B 293 AA3 1 VAL B 258 ? VAL B 265 ? VAL B 279 VAL B 286 AA3 2 LEU B 245 ? ASN B 254 ? LEU B 266 ASN B 275 AA3 3 SER B 280 ? ARG B 289 ? SER B 301 ARG B 310 AA3 4 GLN B 303 ? THR B 306 ? GLN B 324 THR B 327 AA4 1 VAL B 310 ? PHE B 313 ? VAL B 331 PHE B 334 AA4 2 ALA B 325 ? TYR B 331 ? ALA B 346 TYR B 352 AA4 3 SER B 366 ? PHE B 370 ? SER B 387 PHE B 391 AA4 4 TYR B 358 ? ILE B 360 ? TYR B 379 ILE B 381 AA5 1 LYS B 316 ? SER B 320 ? LYS B 337 SER B 341 AA5 2 ALA B 400 ? ILE B 405 ? ALA B 421 ILE B 426 AA5 3 ASP B 385 ? ASN B 391 ? ASP B 406 ASN B 412 AA5 4 ILE B 343 ? ARG B 347 ? ILE B 364 ARG B 368 AA5 5 GLU B 351 ? LYS B 352 ? GLU B 372 LYS B 373 AA6 1 CYS B 395 ? HIS B 396 ? CYS B 416 HIS B 417 AA6 2 VAL C 64 ? THR C 65 ? VAL C 57 THR C 58 AA7 1 ILE B 411 ? 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'Pavel Afonine' pafonine@lbl.gov ? ? ? ? Python/C++ https://www.phenix-online.org/ ? phenix.real_space_refine ? ? program 1.19.2_4158 1 ? refinement ? ? 'Paul D. Adams' pdadams@lbl.gov ? ? ? ? Python/C++ https://www.phenix-online.org/ ? 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