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The resulting complex was purified from the conditioned medium by IMAC and SEC. ; # loop_ _entity_name_com.entity_id _entity_name_com.name 1 'Obese protein,Obesity factor' 2 'LEP-R,HuB219,OB receptor,OB-R' # loop_ _entity_poly.entity_id _entity_poly.type _entity_poly.nstd_linkage _entity_poly.nstd_monomer _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can _entity_poly.pdbx_strand_id _entity_poly.pdbx_target_identifier 1 'polypeptide(L)' no no ;AHHHHHHPGGPGSENLYFQGGSTGGVPIQKVQDDTKTLIKTIVTRINDISHTQSVSSKQKVTGLDFIPGLHPILTLSKMD QTLAVYQQILTSMPSRNVIQISNDLENLRDLLHVLAFSKSCHLPWASGLETLDSLGGVLEASGYSTEVVALSRLQGSLQD MLWQLDLSPGC ; ;AHHHHHHPGGPGSENLYFQGGSTGGVPIQKVQDDTKTLIKTIVTRINDISHTQSVSSKQKVTGLDFIPGLHPILTLSKMD QTLAVYQQILTSMPSRNVIQISNDLENLRDLLHVLAFSKSCHLPWASGLETLDSLGGVLEASGYSTEVVALSRLQGSLQD MLWQLDLSPGC ; A,C,E ? 2 'polypeptide(L)' no no ;FNLSYPITPWRFKLSCMPPNSTYDYFLLPAGLSKNTSNSNGHYETAVEPKFNSSGTHFSNLSKTTFHCCFRSEQDRNCSL 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'expression tag' 889 225 # loop_ _chem_comp.id _chem_comp.type _chem_comp.mon_nstd_flag _chem_comp.name _chem_comp.pdbx_synonyms _chem_comp.formula _chem_comp.formula_weight ALA 'L-peptide linking' y ALANINE ? 'C3 H7 N O2' 89.093 ARG 'L-peptide linking' y ARGININE ? 'C6 H15 N4 O2 1' 175.209 ASN 'L-peptide linking' y ASPARAGINE ? 'C4 H8 N2 O3' 132.118 ASP 'L-peptide linking' y 'ASPARTIC ACID' ? 'C4 H7 N O4' 133.103 CYS 'L-peptide linking' y CYSTEINE ? 'C3 H7 N O2 S' 121.158 GLN 'L-peptide linking' y GLUTAMINE ? 'C5 H10 N2 O3' 146.144 GLU 'L-peptide linking' y 'GLUTAMIC ACID' ? 'C5 H9 N O4' 147.129 GLY 'peptide linking' y GLYCINE ? 'C2 H5 N O2' 75.067 HIS 'L-peptide linking' y HISTIDINE ? 'C6 H10 N3 O2 1' 156.162 ILE 'L-peptide linking' y ISOLEUCINE ? 'C6 H13 N O2' 131.173 LEU 'L-peptide linking' y LEUCINE ? 'C6 H13 N O2' 131.173 LYS 'L-peptide linking' y LYSINE ? 'C6 H15 N2 O2 1' 147.195 MET 'L-peptide linking' y METHIONINE ? 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F . n # _pdbx_contact_author.id 2 _pdbx_contact_author.email Kenneth.verstraete@ugent.be _pdbx_contact_author.name_first Kenneth _pdbx_contact_author.name_last Verstraete _pdbx_contact_author.name_mi ? _pdbx_contact_author.role 'principal investigator/group leader' _pdbx_contact_author.identifier_ORCID 0000-0001-6544-6458 # _pdbx_struct_assembly.id 1 _pdbx_struct_assembly.details author_defined_assembly _pdbx_struct_assembly.method_details ? _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details hexameric _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count 6 # _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression 1 _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list A,B,C,D,E,F # _pdbx_struct_oper_list.id 1 _pdbx_struct_oper_list.type 'identity operation' _pdbx_struct_oper_list.name 1_555 _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation ? _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] 1.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.vector[1] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] 1.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.vector[2] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] 1.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 0.0000000000 # loop_ _pdbx_audit_revision_history.ordinal _pdbx_audit_revision_history.data_content_type _pdbx_audit_revision_history.major_revision _pdbx_audit_revision_history.minor_revision _pdbx_audit_revision_history.revision_date 1 'Structure model' 1 0 2023-04-05 2 'Structure model' 1 1 2023-04-26 # _pdbx_audit_revision_details.ordinal 1 _pdbx_audit_revision_details.revision_ordinal 1 _pdbx_audit_revision_details.data_content_type 'Structure model' _pdbx_audit_revision_details.provider repository _pdbx_audit_revision_details.type 'Initial release' _pdbx_audit_revision_details.description ? _pdbx_audit_revision_details.details ? # _pdbx_audit_revision_group.ordinal 1 _pdbx_audit_revision_group.revision_ordinal 2 _pdbx_audit_revision_group.data_content_type 'Structure model' _pdbx_audit_revision_group.group 'Database references' # loop_ _pdbx_audit_revision_category.ordinal _pdbx_audit_revision_category.revision_ordinal _pdbx_audit_revision_category.data_content_type _pdbx_audit_revision_category.category 1 2 'Structure model' citation 2 2 'Structure model' citation_author # loop_ _pdbx_audit_revision_item.ordinal _pdbx_audit_revision_item.revision_ordinal _pdbx_audit_revision_item.data_content_type _pdbx_audit_revision_item.item 1 2 'Structure model' '_citation.journal_volume' 2 2 'Structure model' '_citation.page_first' 3 2 'Structure model' '_citation.page_last' 4 2 'Structure model' '_citation_author.identifier_ORCID' # _em_3d_fitting.entry_id 8AVF _em_3d_fitting.id 1 _em_3d_fitting.details ;Atomic models for the 2:2 and 3:3 hLeptin:hLEP-R complexes were created based on the Alphafold2 predictions for hLEP-R and hLeptin, and the crystal structures for the mouse 3:3 Leptin:LEP-RIgCRH2 complex (pdb 7z3r) and the human Leptin:LEP-RCRH2 complex (pdb 7z3q) and fitted in the cryo-EM maps via Chimera. Atomic models were further refined via real space refinement in Phenix using rigid body refinement and coordinate refinement with reference restraints to the starting model. ; _em_3d_fitting.overall_b_value ? _em_3d_fitting.ref_protocol 'FLEXIBLE FIT' _em_3d_fitting.ref_space REAL _em_3d_fitting.target_criteria ? _em_3d_fitting.method ? # loop_ _em_3d_fitting_list.3d_fitting_id _em_3d_fitting_list.id _em_3d_fitting_list.details _em_3d_fitting_list.pdb_chain_id _em_3d_fitting_list.pdb_chain_residue_range _em_3d_fitting_list.pdb_entry_id 1 1 ? ? ? 7Z3R 1 2 ? ? ? 7Z3Q # _em_3d_reconstruction.entry_id 8AVF _em_3d_reconstruction.id 1 _em_3d_reconstruction.algorithm ? _em_3d_reconstruction.details ? _em_3d_reconstruction.refinement_type ? _em_3d_reconstruction.image_processing_id 1 _em_3d_reconstruction.num_class_averages 1 _em_3d_reconstruction.num_particles 29899 _em_3d_reconstruction.resolution 6.45 _em_3d_reconstruction.resolution_method 'FSC 0.143 CUT-OFF' _em_3d_reconstruction.symmetry_type POINT _em_3d_reconstruction.method ? _em_3d_reconstruction.nominal_pixel_size ? _em_3d_reconstruction.actual_pixel_size ? _em_3d_reconstruction.magnification_calibration ? # _em_buffer.id 1 _em_buffer.details '20 mM HEPES, 150 mM NaCl, pH 7.4' _em_buffer.pH 7.4 _em_buffer.specimen_id 1 _em_buffer.name ? # _em_entity_assembly.id 1 _em_entity_assembly.parent_id 0 _em_entity_assembly.details ;Human leptin carrying an N-terminal His-tag and the human LEP-R ectodomain C-terminally fused to a trimeric GCN4 isoleucine zipper tag (without His-tag) were co-expressed in HEK293 FreeStyle cells in the presence of kifunensine. The resulting complex was purified from the conditioned medium by IMAC and SEC. ; _em_entity_assembly.name 'Human leptin in complex with the human LEP-R ectodomain C-terminally fused to a trimeric GCN4 isoleucine zipper tag' _em_entity_assembly.source RECOMBINANT _em_entity_assembly.type COMPLEX _em_entity_assembly.entity_id_list '1, 2' _em_entity_assembly.synonym ? _em_entity_assembly.oligomeric_details ? # _em_imaging.id 1 _em_imaging.entry_id 8AVF _em_imaging.accelerating_voltage 300 _em_imaging.alignment_procedure ? _em_imaging.c2_aperture_diameter ? _em_imaging.calibrated_defocus_max ? _em_imaging.calibrated_defocus_min ? _em_imaging.calibrated_magnification ? _em_imaging.cryogen ? _em_imaging.details ? _em_imaging.electron_source 'FIELD EMISSION GUN' _em_imaging.illumination_mode 'FLOOD BEAM' _em_imaging.microscope_model 'JEOL CRYO ARM 300' _em_imaging.mode OTHER _em_imaging.nominal_cs ? _em_imaging.nominal_defocus_max 3000 _em_imaging.nominal_defocus_min 800 _em_imaging.nominal_magnification ? _em_imaging.recording_temperature_maximum ? _em_imaging.recording_temperature_minimum ? _em_imaging.residual_tilt ? _em_imaging.specimen_holder_model ? _em_imaging.specimen_id 1 _em_imaging.citation_id ? _em_imaging.date ? _em_imaging.temperature ? _em_imaging.tilt_angle_min ? _em_imaging.tilt_angle_max ? _em_imaging.astigmatism ? _em_imaging.detector_distance ? _em_imaging.electron_beam_tilt_params ? _em_imaging.specimen_holder_type ? # _em_sample_support.id 1 _em_sample_support.specimen_id 1 _em_sample_support.details ;4 microliter of hLeptin:hLEP-RECD-tGCN4 complex at 0.3 mg.mL-1 was applied to a glow-discharged Quantifoil R 0.6/1 300 mesh golden grid coated with graphene (PUXANO), blotted for 1 s (blot force = 1) under 100% humidity at 295K and plunged into liquid ethane using an FEI Vitribot Mark IV ; _em_sample_support.grid_material GOLD _em_sample_support.grid_mesh_size 300 _em_sample_support.grid_type 'Quantifoil R0.6/1' _em_sample_support.method ? _em_sample_support.film_material ? # _em_vitrification.id 1 _em_vitrification.specimen_id 1 _em_vitrification.chamber_temperature 295 _em_vitrification.cryogen_name ETHANE _em_vitrification.details ? _em_vitrification.humidity 100 _em_vitrification.instrument 'FEI VITROBOT MARK IV' _em_vitrification.entry_id 8AVF _em_vitrification.citation_id ? _em_vitrification.method ? _em_vitrification.temp ? _em_vitrification.time_resolved_state ? # _em_experiment.entry_id 8AVF _em_experiment.id 1 _em_experiment.aggregation_state PARTICLE _em_experiment.reconstruction_method 'SINGLE PARTICLE' _em_experiment.entity_assembly_id 1 # _em_single_particle_entity.entry_id 8AVF _em_single_particle_entity.id 1 _em_single_particle_entity.image_processing_id 1 _em_single_particle_entity.point_symmetry C1 # _pdbx_validate_close_contact.id 1 _pdbx_validate_close_contact.PDB_model_num 1 _pdbx_validate_close_contact.auth_atom_id_1 OD2 _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_1 A _pdbx_validate_close_contact.auth_comp_id_1 ASP _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_1 30 _pdbx_validate_close_contact.PDB_ins_code_1 ? _pdbx_validate_close_contact.label_alt_id_1 ? _pdbx_validate_close_contact.auth_atom_id_2 OH _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_2 B _pdbx_validate_close_contact.auth_comp_id_2 TYR _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_2 472 _pdbx_validate_close_contact.PDB_ins_code_2 ? _pdbx_validate_close_contact.label_alt_id_2 ? _pdbx_validate_close_contact.dist 2.04 # loop_ _pdbx_validate_rmsd_angle.id _pdbx_validate_rmsd_angle.PDB_model_num _pdbx_validate_rmsd_angle.auth_atom_id_1 _pdbx_validate_rmsd_angle.auth_asym_id_1 _pdbx_validate_rmsd_angle.auth_comp_id_1 _pdbx_validate_rmsd_angle.auth_seq_id_1 _pdbx_validate_rmsd_angle.PDB_ins_code_1 _pdbx_validate_rmsd_angle.label_alt_id_1 _pdbx_validate_rmsd_angle.auth_atom_id_2 _pdbx_validate_rmsd_angle.auth_asym_id_2 _pdbx_validate_rmsd_angle.auth_comp_id_2 _pdbx_validate_rmsd_angle.auth_seq_id_2 _pdbx_validate_rmsd_angle.PDB_ins_code_2 _pdbx_validate_rmsd_angle.label_alt_id_2 _pdbx_validate_rmsd_angle.auth_atom_id_3 _pdbx_validate_rmsd_angle.auth_asym_id_3 _pdbx_validate_rmsd_angle.auth_comp_id_3 _pdbx_validate_rmsd_angle.auth_seq_id_3 _pdbx_validate_rmsd_angle.PDB_ins_code_3 _pdbx_validate_rmsd_angle.label_alt_id_3 _pdbx_validate_rmsd_angle.angle_value _pdbx_validate_rmsd_angle.angle_target_value _pdbx_validate_rmsd_angle.angle_deviation _pdbx_validate_rmsd_angle.angle_standard_deviation _pdbx_validate_rmsd_angle.linker_flag 1 1 CA B LEU 341 ? ? 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F ASP 150 770 1 Y 1 F SER 172 ? F SER 151 771 1 Y 1 F PRO 173 ? F PRO 152 772 1 Y 1 F LEU 174 ? F LEU 153 773 1 Y 1 F VAL 175 ? F VAL 154 774 1 Y 1 F PRO 176 ? F PRO 155 775 1 Y 1 F GLN 177 ? F GLN 156 776 1 Y 1 F LYS 178 ? F LYS 157 777 1 Y 1 F GLY 179 ? F GLY 158 778 1 Y 1 F SER 180 ? F SER 159 779 1 Y 1 F PHE 181 ? F PHE 160 780 1 Y 1 F GLN 182 ? F GLN 161 781 1 Y 1 F MET 183 ? F MET 162 782 1 Y 1 F VAL 184 ? F VAL 163 783 1 Y 1 F HIS 185 ? F HIS 164 784 1 Y 1 F CYS 186 ? F CYS 165 785 1 Y 1 F ASN 187 ? F ASN 166 786 1 Y 1 F CYS 188 ? F CYS 167 787 1 Y 1 F SER 189 ? F SER 168 788 1 Y 1 F VAL 190 ? F VAL 169 789 1 Y 1 F HIS 191 ? F HIS 170 790 1 Y 1 F GLU 192 ? F GLU 171 791 1 Y 1 F CYS 193 ? F CYS 172 792 1 Y 1 F CYS 194 ? F CYS 173 793 1 Y 1 F GLU 195 ? F GLU 174 794 1 Y 1 F CYS 196 ? F CYS 175 795 1 Y 1 F LEU 197 ? F LEU 176 796 1 Y 1 F VAL 198 ? F VAL 177 797 1 Y 1 F PRO 199 ? F PRO 178 798 1 Y 1 F VAL 200 ? F VAL 179 799 1 Y 1 F PRO 201 ? F PRO 180 800 1 Y 1 F THR 202 ? F THR 181 801 1 Y 1 F ALA 203 ? F ALA 182 802 1 Y 1 F LYS 204 ? F LYS 183 803 1 Y 1 F LEU 205 ? F LEU 184 804 1 Y 1 F ASN 206 ? F ASN 185 805 1 Y 1 F ASP 207 ? F ASP 186 806 1 Y 1 F THR 208 ? F THR 187 807 1 Y 1 F LEU 209 ? F LEU 188 808 1 Y 1 F LEU 210 ? F LEU 189 809 1 Y 1 F MET 211 ? F MET 190 810 1 Y 1 F CYS 212 ? F CYS 191 811 1 Y 1 F LEU 213 ? F LEU 192 812 1 Y 1 F LYS 214 ? F LYS 193 813 1 Y 1 F ILE 215 ? F ILE 194 814 1 Y 1 F THR 216 ? F THR 195 815 1 Y 1 F SER 217 ? F SER 196 816 1 Y 1 F GLY 218 ? F GLY 197 817 1 Y 1 F GLY 219 ? F GLY 198 818 1 Y 1 F VAL 220 ? F VAL 199 819 1 Y 1 F ILE 221 ? F ILE 200 820 1 Y 1 F PHE 222 ? F PHE 201 821 1 Y 1 F GLN 223 ? F GLN 202 822 1 Y 1 F SER 224 ? F SER 203 823 1 Y 1 F PRO 225 ? F PRO 204 824 1 Y 1 F LEU 226 ? F LEU 205 825 1 Y 1 F MET 227 ? F MET 206 826 1 Y 1 F SER 228 ? F SER 207 827 1 Y 1 F VAL 229 ? F VAL 208 828 1 Y 1 F GLN 230 ? F GLN 209 829 1 Y 1 F PRO 231 ? F PRO 210 830 1 Y 1 F ILE 232 ? F ILE 211 831 1 Y 1 F ASN 233 ? F ASN 212 832 1 Y 1 F MET 234 ? F MET 213 833 1 Y 1 F VAL 235 ? F VAL 214 834 1 Y 1 F ASP 832 ? F ASP 811 835 1 Y 1 F ILE 833 ? F ILE 812 836 1 Y 1 F GLU 834 ? F GLU 813 837 1 Y 1 F LYS 835 ? F LYS 814 838 1 Y 1 F HIS 836 ? F HIS 815 839 1 Y 1 F GLN 837 ? F GLN 816 840 1 Y 1 F SER 838 ? F SER 817 841 1 Y 1 F ASP 839 ? F ASP 818 842 1 Y 1 F SER 840 ? F SER 819 843 1 Y 1 F THR 841 ? F THR 820 844 1 Y 1 F GLY 842 ? F GLY 821 845 1 Y 1 F GLY 843 ? F GLY 822 846 1 Y 1 F SER 844 ? F SER 823 847 1 Y 1 F GLY 845 ? F GLY 824 848 1 Y 1 F GLY 846 ? F GLY 825 849 1 Y 1 F SER 847 ? F SER 826 850 1 Y 1 F GLY 848 ? F GLY 827 851 1 Y 1 F GLY 849 ? F GLY 828 852 1 Y 1 F SER 850 ? F SER 829 853 1 Y 1 F GLY 851 ? F GLY 830 854 1 Y 1 F GLY 852 ? F GLY 831 855 1 Y 1 F SER 853 ? F SER 832 856 1 Y 1 F GLY 854 ? F GLY 833 857 1 Y 1 F GLY 855 ? F GLY 834 858 1 Y 1 F SER 856 ? F SER 835 859 1 Y 1 F ARG 857 ? F ARG 836 860 1 Y 1 F MET 858 ? F MET 837 861 1 Y 1 F LYS 859 ? F LYS 838 862 1 Y 1 F GLN 860 ? F GLN 839 863 1 Y 1 F ILE 861 ? F ILE 840 864 1 Y 1 F GLU 862 ? F GLU 841 865 1 Y 1 F ASP 863 ? F ASP 842 866 1 Y 1 F LYS 864 ? F LYS 843 867 1 Y 1 F ILE 865 ? F ILE 844 868 1 Y 1 F GLU 866 ? F GLU 845 869 1 Y 1 F GLU 867 ? F GLU 846 870 1 Y 1 F ILE 868 ? F ILE 847 871 1 Y 1 F LEU 869 ? F LEU 848 872 1 Y 1 F SER 870 ? F SER 849 873 1 Y 1 F LYS 871 ? F LYS 850 874 1 Y 1 F ILE 872 ? F ILE 851 875 1 Y 1 F TYR 873 ? F TYR 852 876 1 Y 1 F HIS 874 ? F HIS 853 877 1 Y 1 F ILE 875 ? F ILE 854 878 1 Y 1 F GLU 876 ? F GLU 855 879 1 Y 1 F ASN 877 ? F ASN 856 880 1 Y 1 F GLU 878 ? F GLU 857 881 1 Y 1 F ILE 879 ? F ILE 858 882 1 Y 1 F ALA 880 ? F ALA 859 883 1 Y 1 F ARG 881 ? F ARG 860 884 1 Y 1 F ILE 882 ? F ILE 861 885 1 Y 1 F LYS 883 ? F LYS 862 886 1 Y 1 F LYS 884 ? F LYS 863 887 1 Y 1 F LEU 885 ? F LEU 864 888 1 Y 1 F ILE 886 ? F ILE 865 889 1 Y 1 F GLY 887 ? F GLY 866 890 1 Y 1 F GLU 888 ? F GLU 867 891 1 Y 1 F ARG 889 ? F ARG 868 # loop_ _em_buffer_component.buffer_id _em_buffer_component.id _em_buffer_component.concentration _em_buffer_component.concentration_units _em_buffer_component.formula _em_buffer_component.name 1 1 20 mM C8H18N2O4S HEPES 1 2 150 mM NaCl 'sodium chloride' # _em_ctf_correction.id 1 _em_ctf_correction.em_image_processing_id 1 _em_ctf_correction.type 'PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION' _em_ctf_correction.details ? # _em_entity_assembly_molwt.entity_assembly_id 1 _em_entity_assembly_molwt.id 1 _em_entity_assembly_molwt.experimental_flag YES _em_entity_assembly_molwt.units MEGADALTONS _em_entity_assembly_molwt.value 0.350 # _em_entity_assembly_naturalsource.id 2 _em_entity_assembly_naturalsource.entity_assembly_id 1 _em_entity_assembly_naturalsource.cell ? _em_entity_assembly_naturalsource.cellular_location ? _em_entity_assembly_naturalsource.ncbi_tax_id 9606 _em_entity_assembly_naturalsource.organ ? _em_entity_assembly_naturalsource.organelle ? _em_entity_assembly_naturalsource.organism 'Homo sapiens' _em_entity_assembly_naturalsource.strain ? _em_entity_assembly_naturalsource.tissue ? # _em_entity_assembly_recombinant.id 2 _em_entity_assembly_recombinant.entity_assembly_id 1 _em_entity_assembly_recombinant.cell ? _em_entity_assembly_recombinant.ncbi_tax_id 9606 _em_entity_assembly_recombinant.organism 'Homo sapiens' _em_entity_assembly_recombinant.plasmid pTwist _em_entity_assembly_recombinant.strain 'HEK293 FreeStyle' # _em_image_processing.id 1 _em_image_processing.image_recording_id 1 _em_image_processing.details ? # _em_image_recording.id 1 _em_image_recording.imaging_id 1 _em_image_recording.avg_electron_dose_per_image 62.4 _em_image_recording.average_exposure_time ? _em_image_recording.details ? _em_image_recording.detector_mode ? _em_image_recording.film_or_detector_model 'GATAN K3 (6k x 4k)' _em_image_recording.num_diffraction_images ? _em_image_recording.num_grids_imaged 1 _em_image_recording.num_real_images 13755 _em_image_recording.avg_electron_dose_per_subtomogram ? # _em_particle_selection.id 1 _em_particle_selection.image_processing_id 1 _em_particle_selection.details ;Initial 2D-classes were obtained via template-based particle picking using 2D-classes for a mLeptin:mLEP-R-deltaFnIII-tGCN4 complex lowpass filtered to 20 Angstrom. These 2D classes were then used to seed template-based picking and neural network-based particle picking via Topaz 0.2.4. Junk particles were removed by multiple rounds of 2D classification resulting in a particle set of 206,218 particles. High-resolution 2D classes were selected for ab initio 3D classification followed by heterogeneous refinement and non-uniform refinement. ; _em_particle_selection.method ? _em_particle_selection.num_particles_selected 206218 _em_particle_selection.reference_model ? # loop_ _em_software.id _em_software.category _em_software.details _em_software.name _em_software.version _em_software.image_processing_id _em_software.fitting_id _em_software.imaging_id 1 'PARTICLE SELECTION' 'TOPAZ, template picking' cryoSPARC v3.1.0 1 ? ? 2 'IMAGE ACQUISITION' ? ? ? ? ? 1 3 MASKING ? ? ? ? ? ? 4 'CTF CORRECTION' 'patch CTF' cryoSPARC v3.1.0 1 ? ? 5 'LAYERLINE INDEXING' ? ? ? ? ? ? 6 'DIFFRACTION INDEXING' ? ? ? ? ? ? 7 'MODEL FITTING' ? 'UCSF Chimera' 1.17 ? 1 ? 8 OTHER ? ? ? ? ? ? 9 'INITIAL EULER ASSIGNMENT' 'Ab initio' cryoSPARC v3.1.0 1 ? ? 10 'FINAL EULER ASSIGNMENT' ? ? ? 1 ? ? 11 CLASSIFICATION 'Ab initio' cryoSPARC v3.1.0 1 ? ? 12 CLASSIFICATION Hetero-refinement cryoSPARC v3.1.0 1 ? ? 13 RECONSTRUCTION 'Non-uniform refinement' cryoSPARC v3.3.2 1 ? ? 14 'MODEL REFINEMENT' ? PHENIX 1.19.2 ? 1 ? # _em_specimen.id 1 _em_specimen.experiment_id 1 _em_specimen.concentration 0.3 _em_specimen.details 'This sample was monodisperse.' _em_specimen.embedding_applied NO _em_specimen.shadowing_applied NO _em_specimen.staining_applied NO _em_specimen.vitrification_applied YES # _pdbx_audit_support.funding_organization 'Research Foundation - Flanders (FWO)' _pdbx_audit_support.country Belgium _pdbx_audit_support.grant_number G0G0619N _pdbx_audit_support.ordinal 1 # loop_ _pdbx_initial_refinement_model.id _pdbx_initial_refinement_model.type _pdbx_initial_refinement_model.source_name _pdbx_initial_refinement_model.accession_code 1 'experimental model' PDB 7Z3R 2 'experimental model' PDB 7Z3Q # _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.id 1 _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.experimental_support 'light scattering' _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.details 'The molecular weight of the trimeric human leptin:LEP-R assembly was confirmed by SEC-MALLS' #