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EMD-15997 'other EM volume' EMDB ;Cryo-EM structure of SARS-CoV-2 spike (HexaPro variant) in complex with nanobody W25 (map 3, focus refinement on RBD, W25 and adjacent NTD) ; EMD-16010 'associated EM volume' # _pdbx_contact_author.id 2 _pdbx_contact_author.email david.schwefel@charite.de _pdbx_contact_author.name_first David _pdbx_contact_author.name_last Schwefel _pdbx_contact_author.name_mi ? _pdbx_contact_author.role 'principal investigator/group leader' _pdbx_contact_author.identifier_ORCID 0000-0002-2945-0908 # loop_ _audit_author.name _audit_author.pdbx_ordinal _audit_author.identifier_ORCID 'Lauer, S.' 1 0000-0003-3518-5116 'Spahn, C.M.T.' 2 0000-0002-2939-9487 'Schwefel, D.' 3 0000-0002-2945-0908 # _citation.abstract ? _citation.abstract_id_CAS ? _citation.book_id_ISBN ? _citation.book_publisher ? _citation.book_publisher_city ? _citation.book_title ? _citation.coordinate_linkage ? _citation.country ? _citation.database_id_Medline ? _citation.details ? _citation.id primary 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'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.638 ? 6246 ? f_angle_d ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 14.897 ? 676 ? f_dihedral_angle_d ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.048 ? 706 ? f_chiral_restr ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.006 ? 786 ? f_plane_restr ? ? # _struct.entry_id 8BEV _struct.title ;Cryo-EM structure of SARS-CoV-2 spike (HexaPro variant) in complex with nanobody W25 (map 3, focus refinement on RBD, W25 and adjacent NTD) ; _struct.pdbx_model_details ? _struct.pdbx_formula_weight ? _struct.pdbx_formula_weight_method ? _struct.pdbx_model_type_details ? _struct.pdbx_CASP_flag N # _struct_keywords.entry_id 8BEV _struct_keywords.text 'SARS-CoV-2, spike, S protein, HexaPro, nanobody, VIRAL PROTEIN' _struct_keywords.pdbx_keywords 'VIRAL PROTEIN' # loop_ _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.entity_id _struct_asym.details A N N 1 ? B N N 2 ? C N N 1 ? D N N 3 ? E N N 3 ? F N N 3 ? G N N 4 ? H N N 5 ? # loop_ _struct_ref.id _struct_ref.db_name _struct_ref.db_code _struct_ref.pdbx_db_accession _struct_ref.pdbx_db_isoform _struct_ref.entity_id _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code _struct_ref.pdbx_align_begin 1 UNP SPIKE_SARS2 P0DTC2 ? 1 ;MFVFLVLLPLVSSQCVNLTTRTQLPPAYTNSFTRGVYYPDKVFRSSVLHSTQDLFLPFFSNVTWFHAIHVSGTNGTKRFD NPVLPFNDGVYFASTEKSNIIRGWIFGTTLDSKTQSLLIVNNATNVVIKVCEFQFCNDPFLGVYYHKNNKSWMESEFRVY SSANNCTFEYVSQPFLMDLEGKQGNFKNLREFVFKNIDGYFKIYSKHTPINLVRDLPQGFSALEPLVDLPIGINITRFQT LLALHRSYLTPGDSSSGWTAGAAAYYVGYLQPRTFLLKYNENGTITDAVDCALDPLSETKCTLKSFTVEKGIYQTSNFRV QPTESIVRFPNITNLCPFGEVFNATRFASVYAWNRKRISNCVADYSVLYNSASFSTFKCYGVSPTKLNDLCFTNVYADSF VIRGDEVRQIAPGQTGKIADYNYKLPDDFTGCVIAWNSNNLDSKVGGNYNYLYRLFRKSNLKPFERDISTEIYQAGSTPC NGVEGFNCYFPLQSYGFQPTNGVGYQPYRVVVLSFELLHAPATVCGPKKSTNLVKNKCVNFNFNGLTGTGVLTESNKKFL PFQQFGRDIADTTDAVRDPQTLEILDITPCSFGGVSVITPGTNTSNQVAVLYQDVNCTEVPVAIHADQLTPTWRVYSTGS NVFQTRAGCLIGAEHVNNSYECDIPIGAGICASYQTQTNSPRRARSVASQSIIAYTMSLGAENSVAYSNNSIAIPTNFTI SVTTEILPVSMTKTSVDCTMYICGDSTECSNLLLQYGSFCTQLNRALTGIAVEQDKNTQEVFAQVKQIYKTPPIKDFGGF NFSQILPDPSKPSKRSFIEDLLFNKVTLADAGFIKQYGDCLGDIAARDLICAQKFNGLTVLPPLLTDEMIAQYTSALLAG TITSGWTFGAGAALQIPFAMQMAYRFNGIGVTQNVLYENQKLIANQFNSAIGKIQDSLSSTASALGKLQDVVNQNAQALN TLVKQLSSNFGAISSVLNDILSRLDKVEAEVQIDRLITGRLQSLQTYVTQQLIRAAEIRASANLAATKMSECVLGQSKRV DFCGKGYHLMSFPQSAPHGVVFLHVTYVPAQEKNFTTAPAICHDGKAHFPREGVFVSNGTHWFVTQRNFYEPQIITTDNT FVSGNCDVVIGIVNNTVYDPLQPELDSFKEELDKYFKNHTSPDVDLGDISGINASVVNIQKEIDRLNEVAKNLNESLIDL QELGKYEQ ; 1 2 PDB 8BEV 8BEV ? 2 ? 1 # loop_ _struct_ref_seq.align_id _struct_ref_seq.ref_id _struct_ref_seq.pdbx_PDB_id_code _struct_ref_seq.pdbx_strand_id _struct_ref_seq.seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.seq_align_end _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_db_accession _struct_ref_seq.db_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_db_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.db_align_end _struct_ref_seq.pdbx_db_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_end 1 1 8BEV A 1 ? 1208 ? P0DTC2 1 ? 1208 ? 1 1208 2 2 8BEV B 1 ? 167 ? 8BEV -19 ? 147 ? -19 147 3 1 8BEV C 1 ? 1208 ? P0DTC2 1 ? 1208 ? 1 1208 # loop_ _struct_ref_seq_dif.align_id _struct_ref_seq_dif.pdbx_pdb_id_code _struct_ref_seq_dif.mon_id _struct_ref_seq_dif.pdbx_pdb_strand_id _struct_ref_seq_dif.seq_num _struct_ref_seq_dif.pdbx_pdb_ins_code _struct_ref_seq_dif.pdbx_seq_db_name _struct_ref_seq_dif.pdbx_seq_db_accession_code _struct_ref_seq_dif.db_mon_id _struct_ref_seq_dif.pdbx_seq_db_seq_num _struct_ref_seq_dif.details _struct_ref_seq_dif.pdbx_auth_seq_num _struct_ref_seq_dif.pdbx_ordinal 1 8BEV GLY A 682 ? UNP P0DTC2 ARG 682 conflict 682 1 1 8BEV SER A 683 ? UNP P0DTC2 ARG 683 conflict 683 2 1 8BEV SER A 685 ? UNP P0DTC2 ARG 685 conflict 685 3 1 8BEV PRO A 817 ? UNP P0DTC2 PHE 817 conflict 817 4 1 8BEV PRO A 892 ? UNP P0DTC2 ALA 892 conflict 892 5 1 8BEV PRO A 899 ? UNP P0DTC2 ALA 899 conflict 899 6 1 8BEV PRO A 942 ? UNP P0DTC2 ALA 942 conflict 942 7 1 8BEV PRO A 986 ? UNP P0DTC2 LYS 986 conflict 986 8 1 8BEV PRO A 987 ? UNP P0DTC2 VAL 987 conflict 987 9 1 8BEV GLY A 1209 ? UNP P0DTC2 ? ? 'expression tag' 1209 10 1 8BEV SER A 1210 ? UNP P0DTC2 ? ? 'expression tag' 1210 11 1 8BEV GLY A 1211 ? UNP P0DTC2 ? ? 'expression tag' 1211 12 1 8BEV TYR A 1212 ? UNP P0DTC2 ? ? 'expression tag' 1212 13 1 8BEV ILE A 1213 ? UNP P0DTC2 ? ? 'expression tag' 1213 14 1 8BEV PRO A 1214 ? UNP P0DTC2 ? ? 'expression tag' 1214 15 1 8BEV GLU A 1215 ? UNP P0DTC2 ? ? 'expression tag' 1215 16 1 8BEV ALA A 1216 ? UNP P0DTC2 ? ? 'expression tag' 1216 17 1 8BEV PRO A 1217 ? UNP P0DTC2 ? ? 'expression tag' 1217 18 1 8BEV ARG A 1218 ? UNP P0DTC2 ? ? 'expression tag' 1218 19 1 8BEV ASP A 1219 ? UNP P0DTC2 ? ? 'expression tag' 1219 20 1 8BEV GLY A 1220 ? UNP P0DTC2 ? ? 'expression tag' 1220 21 1 8BEV GLN A 1221 ? UNP P0DTC2 ? ? 'expression tag' 1221 22 1 8BEV ALA A 1222 ? UNP P0DTC2 ? ? 'expression tag' 1222 23 1 8BEV TYR A 1223 ? UNP P0DTC2 ? ? 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'expression tag' 1255 56 1 8BEV HIS A 1256 ? UNP P0DTC2 ? ? 'expression tag' 1256 57 1 8BEV HIS A 1257 ? UNP P0DTC2 ? ? 'expression tag' 1257 58 1 8BEV SER A 1258 ? UNP P0DTC2 ? ? 'expression tag' 1258 59 1 8BEV ALA A 1259 ? UNP P0DTC2 ? ? 'expression tag' 1259 60 1 8BEV TRP A 1260 ? UNP P0DTC2 ? ? 'expression tag' 1260 61 1 8BEV SER A 1261 ? UNP P0DTC2 ? ? 'expression tag' 1261 62 1 8BEV HIS A 1262 ? UNP P0DTC2 ? ? 'expression tag' 1262 63 1 8BEV PRO A 1263 ? UNP P0DTC2 ? ? 'expression tag' 1263 64 1 8BEV GLN A 1264 ? UNP P0DTC2 ? ? 'expression tag' 1264 65 1 8BEV PHE A 1265 ? UNP P0DTC2 ? ? 'expression tag' 1265 66 1 8BEV GLU A 1266 ? UNP P0DTC2 ? ? 'expression tag' 1266 67 1 8BEV LYS A 1267 ? UNP P0DTC2 ? ? 'expression tag' 1267 68 3 8BEV GLY C 682 ? UNP P0DTC2 ARG 682 conflict 682 69 3 8BEV SER C 683 ? UNP P0DTC2 ARG 683 conflict 683 70 3 8BEV SER C 685 ? UNP P0DTC2 ARG 685 conflict 685 71 3 8BEV PRO C 817 ? UNP P0DTC2 PHE 817 conflict 817 72 3 8BEV PRO C 892 ? UNP P0DTC2 ALA 892 conflict 892 73 3 8BEV PRO C 899 ? UNP P0DTC2 ALA 899 conflict 899 74 3 8BEV PRO C 942 ? UNP P0DTC2 ALA 942 conflict 942 75 3 8BEV PRO C 986 ? UNP P0DTC2 LYS 986 conflict 986 76 3 8BEV PRO C 987 ? UNP P0DTC2 VAL 987 conflict 987 77 3 8BEV GLY C 1209 ? UNP P0DTC2 ? ? 'expression tag' 1209 78 3 8BEV SER C 1210 ? UNP P0DTC2 ? ? 'expression tag' 1210 79 3 8BEV GLY C 1211 ? UNP P0DTC2 ? ? 'expression tag' 1211 80 3 8BEV TYR C 1212 ? UNP P0DTC2 ? ? 'expression tag' 1212 81 3 8BEV ILE C 1213 ? UNP P0DTC2 ? ? 'expression tag' 1213 82 3 8BEV PRO C 1214 ? UNP P0DTC2 ? ? 'expression tag' 1214 83 3 8BEV GLU C 1215 ? UNP P0DTC2 ? ? 'expression tag' 1215 84 3 8BEV ALA C 1216 ? UNP P0DTC2 ? ? 'expression tag' 1216 85 3 8BEV PRO C 1217 ? UNP P0DTC2 ? ? 'expression tag' 1217 86 3 8BEV ARG C 1218 ? UNP P0DTC2 ? ? 'expression tag' 1218 87 3 8BEV ASP C 1219 ? UNP P0DTC2 ? ? 'expression tag' 1219 88 3 8BEV GLY C 1220 ? UNP P0DTC2 ? ? 'expression tag' 1220 89 3 8BEV GLN C 1221 ? UNP P0DTC2 ? ? 'expression tag' 1221 90 3 8BEV ALA C 1222 ? UNP P0DTC2 ? ? 'expression tag' 1222 91 3 8BEV TYR C 1223 ? UNP P0DTC2 ? ? 'expression tag' 1223 92 3 8BEV VAL C 1224 ? UNP P0DTC2 ? ? 'expression tag' 1224 93 3 8BEV ARG C 1225 ? UNP P0DTC2 ? ? 'expression tag' 1225 94 3 8BEV LYS C 1226 ? UNP P0DTC2 ? ? 'expression tag' 1226 95 3 8BEV ASP C 1227 ? UNP P0DTC2 ? ? 'expression tag' 1227 96 3 8BEV GLY C 1228 ? UNP P0DTC2 ? ? 'expression tag' 1228 97 3 8BEV GLU C 1229 ? UNP P0DTC2 ? ? 'expression tag' 1229 98 3 8BEV TRP C 1230 ? UNP P0DTC2 ? ? 'expression tag' 1230 99 3 8BEV VAL C 1231 ? UNP P0DTC2 ? ? 'expression tag' 1231 100 3 8BEV LEU C 1232 ? UNP P0DTC2 ? ? 'expression tag' 1232 101 3 8BEV LEU C 1233 ? UNP P0DTC2 ? ? 'expression tag' 1233 102 3 8BEV SER C 1234 ? UNP P0DTC2 ? ? 'expression tag' 1234 103 3 8BEV THR C 1235 ? UNP P0DTC2 ? ? 'expression tag' 1235 104 3 8BEV PHE C 1236 ? UNP P0DTC2 ? ? 'expression tag' 1236 105 3 8BEV LEU C 1237 ? UNP P0DTC2 ? ? 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'expression tag' 1267 136 # _pdbx_struct_assembly.id 1 _pdbx_struct_assembly.details author_defined_assembly _pdbx_struct_assembly.method_details ? _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details trimeric _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count 3 # _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression 1 _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list A,B,C,D,E,F,G,H # _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.id 1 _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.experimental_support 'electron microscopy' _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.details ? # _pdbx_struct_oper_list.id 1 _pdbx_struct_oper_list.type 'identity operation' _pdbx_struct_oper_list.name 1_555 _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation ? _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] 1.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.vector[1] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] 1.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.vector[2] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] 1.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 0.0000000000 # loop_ _struct_conf.conf_type_id _struct_conf.id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_id _struct_conf.beg_label_comp_id _struct_conf.beg_label_asym_id _struct_conf.beg_label_seq_id _struct_conf.pdbx_beg_PDB_ins_code _struct_conf.end_label_comp_id _struct_conf.end_label_asym_id _struct_conf.end_label_seq_id _struct_conf.pdbx_end_PDB_ins_code _struct_conf.beg_auth_comp_id _struct_conf.beg_auth_asym_id _struct_conf.beg_auth_seq_id _struct_conf.end_auth_comp_id _struct_conf.end_auth_asym_id _struct_conf.end_auth_seq_id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_class _struct_conf.details _struct_conf.pdbx_PDB_helix_length HELX_P HELX_P1 AA1 PRO A 337 ? ASN A 343 ? PRO A 337 ASN A 343 1 ? 7 HELX_P HELX_P2 AA2 TYR A 365 ? ASN A 370 ? TYR A 365 ASN A 370 1 ? 6 HELX_P HELX_P3 AA3 SER A 383 ? LEU A 390 ? SER A 383 LEU A 390 5 ? 8 HELX_P HELX_P4 AA4 ASP A 405 ? ARG A 408 ? ASP A 405 ARG A 408 5 ? 4 HELX_P HELX_P5 AA5 GLY A 416 ? ASN A 422 ? GLY A 416 ASN A 422 1 ? 7 HELX_P HELX_P6 AA6 SER A 438 ? SER A 443 ? SER A 438 SER A 443 1 ? 6 HELX_P HELX_P7 AA7 LYS B 108 ? THR B 112 ? LYS B 88 THR B 92 5 ? 5 # _struct_conf_type.id HELX_P _struct_conf_type.criteria ? _struct_conf_type.reference ? # loop_ _struct_conn.id _struct_conn.conn_type_id _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag _struct_conn.pdbx_PDB_id _struct_conn.ptnr1_label_asym_id _struct_conn.ptnr1_label_comp_id _struct_conn.ptnr1_label_seq_id _struct_conn.ptnr1_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id _struct_conn.ptnr1_symmetry _struct_conn.ptnr2_label_asym_id _struct_conn.ptnr2_label_comp_id _struct_conn.ptnr2_label_seq_id _struct_conn.ptnr2_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_symmetry _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code _struct_conn.details _struct_conn.pdbx_dist_value _struct_conn.pdbx_value_order _struct_conn.pdbx_role disulf1 disulf ? ? A CYS 336 SG ? ? ? 1_555 A CYS 361 SG ? ? A CYS 336 A CYS 361 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.030 ? ? disulf2 disulf ? ? A CYS 379 SG ? ? ? 1_555 A CYS 432 SG ? ? A CYS 379 A CYS 432 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.035 ? ? disulf3 disulf ? ? A CYS 480 SG ? ? ? 1_555 A CYS 488 SG ? ? A CYS 480 A CYS 488 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.028 ? ? disulf4 disulf ? ? B CYS 44 SG ? ? ? 1_555 B CYS 117 SG ? ? B CYS 24 B CYS 97 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.033 ? ? disulf5 disulf ? ? C CYS 15 SG ? ? ? 1_555 C CYS 136 SG ? ? C CYS 15 C CYS 136 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.031 ? ? disulf6 disulf ? ? C CYS 131 SG ? ? ? 1_555 C CYS 166 SG ? ? C CYS 131 C CYS 166 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.038 ? ? covale1 covale one ? A ASN 343 ND2 ? ? ? 1_555 G NAG . C1 ? ? A ASN 343 H NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.441 ? N-Glycosylation covale2 covale one ? C ASN 122 ND2 ? ? ? 1_555 E NAG . C1 ? ? C ASN 122 F NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.462 ? N-Glycosylation covale3 covale one ? C ASN 165 ND2 ? ? ? 1_555 D NAG . C1 ? ? C ASN 165 E NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.443 ? N-Glycosylation covale4 covale one ? C ASN 234 ND2 ? ? ? 1_555 H NAG . C1 ? ? C ASN 234 C NAG 1301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.440 ? N-Glycosylation covale5 covale one ? C ASN 282 ND2 ? ? ? 1_555 F NAG . C1 ? ? C ASN 282 G NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.443 ? N-Glycosylation covale6 covale both ? D NAG . O4 ? ? ? 1_555 D NAG . C1 ? ? E NAG 1 E NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.449 ? ? covale7 covale both ? D NAG . O4 ? ? ? 1_555 D BMA . C1 ? ? E NAG 2 E BMA 3 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.447 ? ? covale8 covale both ? E NAG . O4 ? ? ? 1_555 E NAG . C1 ? ? F NAG 1 F NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.442 ? ? covale9 covale both ? E NAG . O4 ? ? ? 1_555 E BMA . C1 ? ? F NAG 2 F BMA 3 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.441 ? ? covale10 covale both ? F NAG . O4 ? ? ? 1_555 F NAG . C1 ? ? G NAG 1 G NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.483 ? ? covale11 covale both ? F NAG . O4 ? ? ? 1_555 F BMA . C1 ? ? G NAG 2 G BMA 3 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.447 ? ? covale12 covale both ? G NAG . O4 ? ? ? 1_555 G NAG . C1 ? ? H NAG 1 H NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.444 ? ? # loop_ _struct_conn_type.id _struct_conn_type.criteria _struct_conn_type.reference disulf ? ? covale ? ? # loop_ _pdbx_modification_feature.ordinal _pdbx_modification_feature.label_comp_id _pdbx_modification_feature.label_asym_id _pdbx_modification_feature.label_seq_id _pdbx_modification_feature.label_alt_id _pdbx_modification_feature.modified_residue_label_comp_id _pdbx_modification_feature.modified_residue_label_asym_id _pdbx_modification_feature.modified_residue_label_seq_id _pdbx_modification_feature.modified_residue_label_alt_id _pdbx_modification_feature.auth_comp_id _pdbx_modification_feature.auth_asym_id _pdbx_modification_feature.auth_seq_id _pdbx_modification_feature.PDB_ins_code _pdbx_modification_feature.symmetry _pdbx_modification_feature.modified_residue_auth_comp_id _pdbx_modification_feature.modified_residue_auth_asym_id _pdbx_modification_feature.modified_residue_auth_seq_id _pdbx_modification_feature.modified_residue_PDB_ins_code _pdbx_modification_feature.modified_residue_symmetry _pdbx_modification_feature.comp_id_linking_atom _pdbx_modification_feature.modified_residue_id_linking_atom _pdbx_modification_feature.modified_residue_id _pdbx_modification_feature.ref_pcm_id _pdbx_modification_feature.ref_comp_id _pdbx_modification_feature.type _pdbx_modification_feature.category 1 NAG D . ? 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None 'Disulfide bridge' 11 CYS C 131 ? CYS C 166 ? CYS C 131 ? 1_555 CYS C 166 ? 1_555 SG SG . . . None 'Disulfide bridge' # loop_ _struct_sheet.id _struct_sheet.type _struct_sheet.number_strands _struct_sheet.details AA1 ? 4 ? AA2 ? 2 ? AA3 ? 4 ? AA4 ? 3 ? AA5 ? 5 ? AA6 ? 7 ? AA7 ? 3 ? AA8 ? 6 ? AA9 ? 6 ? # loop_ _struct_sheet_order.sheet_id _struct_sheet_order.range_id_1 _struct_sheet_order.range_id_2 _struct_sheet_order.offset _struct_sheet_order.sense AA1 1 2 ? anti-parallel AA1 2 3 ? anti-parallel AA1 3 4 ? anti-parallel AA2 1 2 ? anti-parallel AA3 1 2 ? anti-parallel AA3 2 3 ? anti-parallel AA3 3 4 ? anti-parallel AA4 1 2 ? anti-parallel AA4 2 3 ? anti-parallel AA5 1 2 ? anti-parallel AA5 2 3 ? anti-parallel AA5 3 4 ? anti-parallel AA5 4 5 ? anti-parallel AA6 1 2 ? parallel AA6 2 3 ? anti-parallel AA6 3 4 ? anti-parallel AA6 4 5 ? anti-parallel AA6 5 6 ? anti-parallel AA6 6 7 ? anti-parallel AA7 1 2 ? anti-parallel AA7 2 3 ? anti-parallel AA8 1 2 ? anti-parallel AA8 2 3 ? anti-parallel AA8 3 4 ? anti-parallel AA8 4 5 ? anti-parallel AA8 5 6 ? anti-parallel AA9 1 2 ? parallel AA9 2 3 ? anti-parallel AA9 3 4 ? anti-parallel AA9 4 5 ? anti-parallel AA9 5 6 ? anti-parallel # loop_ _struct_sheet_range.sheet_id _struct_sheet_range.id _struct_sheet_range.beg_label_comp_id _struct_sheet_range.beg_label_asym_id _struct_sheet_range.beg_label_seq_id _struct_sheet_range.pdbx_beg_PDB_ins_code _struct_sheet_range.end_label_comp_id _struct_sheet_range.end_label_asym_id _struct_sheet_range.end_label_seq_id _struct_sheet_range.pdbx_end_PDB_ins_code _struct_sheet_range.beg_auth_comp_id _struct_sheet_range.beg_auth_asym_id _struct_sheet_range.beg_auth_seq_id _struct_sheet_range.end_auth_comp_id _struct_sheet_range.end_auth_asym_id _struct_sheet_range.end_auth_seq_id AA1 1 ASN A 354 ? 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TYR C 200 PRO C 209 AA6 4 ASN C 188 ? ILE C 197 ? ASN C 188 ILE C 197 AA6 5 VAL C 90 ? SER C 94 ? VAL C 90 SER C 94 AA6 6 TYR C 265 ? TYR C 269 ? TYR C 265 TYR C 269 AA6 7 THR C 63 ? PHE C 65 ? THR C 63 PHE C 65 AA7 1 LEU C 48 ? PHE C 55 ? LEU C 48 PHE C 55 AA7 2 GLN C 271 ? TYR C 279 ? GLN C 271 TYR C 279 AA7 3 ILE C 285 ? VAL C 289 ? ILE C 285 VAL C 289 AA8 1 LEU C 84 ? PRO C 85 ? LEU C 84 PRO C 85 AA8 2 ARG C 237 ? HIS C 245 ? ARG C 237 HIS C 245 AA8 3 ILE C 101 ? GLY C 107 ? ILE C 101 GLY C 107 AA8 4 GLN C 115 ? ASN C 121 ? GLN C 115 ASN C 121 AA8 5 VAL C 126 ? PHE C 135 ? VAL C 126 PHE C 135 AA8 6 TYR C 160 ? ALA C 163 ? TYR C 160 ALA C 163 AA9 1 LEU C 141 ? VAL C 143 ? LEU C 141 VAL C 143 AA9 2 ARG C 237 ? HIS C 245 ? ARG C 237 HIS C 245 AA9 3 ILE C 101 ? GLY C 107 ? ILE C 101 GLY C 107 AA9 4 GLN C 115 ? ASN C 121 ? GLN C 115 ASN C 121 AA9 5 VAL C 126 ? PHE C 135 ? VAL C 126 PHE C 135 AA9 6 PHE C 168 ? VAL C 171 ? PHE C 168 VAL C 171 # loop_ _pdbx_struct_sheet_hbond.sheet_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_id_1 _pdbx_struct_sheet_hbond.range_id_2 _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_label_atom_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_label_comp_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_label_asym_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_label_seq_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_PDB_ins_code _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_auth_atom_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_auth_comp_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_auth_asym_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_auth_seq_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_label_atom_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_label_comp_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_label_asym_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_label_seq_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_PDB_ins_code _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_auth_atom_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_auth_comp_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_auth_asym_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_auth_seq_id AA1 1 2 N LYS A 356 ? 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