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MKAKELREKSVEELNTELLNLLREQFNLRMQAASGQLQQSHLLKQVRRDVARVKTLLNEKAGA V ? 23 'polypeptide(L)' no no MAKTIKITQTRSAIGRLPKHKATLLGLGLRRIGHTVEREDTPAIRGMINAVSFMVKVEE MAKTIKITQTRSAIGRLPKHKATLLGLGLRRIGHTVEREDTPAIRGMINAVSFMVKVEE W ? 24 'polypeptide(L)' no no MKKDIHPKYEEITASCSCGNVMKIRSTVGHDLNLDVCSKCHPFFTGKQRDVATGGRVDRFNKRFNIPGSK MKKDIHPKYEEITASCSCGNVMKIRSTVGHDLNLDVCSKCHPFFTGKQRDVATGGRVDRFNKRFNIPGSK X ? 25 'polypeptide(L)' no no MAVQQNKPTRSKRGMRRSHDALTAVTSLSVDKTSGEKHLRHHITADGYYRGRKVIAK MAVQQNKPTRSKRGMRRSHDALTAVTSLSVDKTSGEKHLRHHITADGYYRGRKVIAK a ? 26 'polypeptide(L)' no no MAKGIREKIKLVSSAGTGHFYTTTKNKRTKPEKLELKKFDPVVRQHVIYKEAKIK MAKGIREKIKLVSSAGTGHFYTTTKNKRTKPEKLELKKFDPVVRQHVIYKEAKIK b ? 27 'polypeptide(L)' no no MKRTFQPSVLKRNRSHGFRARMATKNGRQVLARRRAKGRARLTVSK MKRTFQPSVLKRNRSHGFRARMATKNGRQVLARRRAKGRARLTVSK c ? 28 'polypeptide(L)' no no MPKIKTVRGAAKRFKKTGKGGFKHKHANLRHILTKKATKRKRHLRPKAMVSKGDLGLVIACLPYA MPKIKTVRGAAKRFKKTGKGGFKHKHANLRHILTKKATKRKRHLRPKAMVSKGDLGLVIACLPYA d ? 29 'polypeptide(L)' no no MKVRASVKKLCRNCKIVKRDGVIRVICSAEPKHKQRQG MKVRASVKKLCRNCKIVKRDGVIRVICSAEPKHKQRQG e ? 30 'polypeptide(L)' no no ;MATVSMRDMLKAGVHFGHQTRYWNPKMKPFIFGARNKVHIINLEKTVPMFNEALAELNKIASRKGKILFVGTKRAASEAV KDAALSCDQFFVNHRWLGGMLTNWKTVRQSIKRLKDLETQSQDGTFDKLTKKEALMRTRELEKLENSLGGIKDMGGLPDA LFVIDADHEHIAIKEANNLGIPVFAIVDTNSDPDGVDFVIPGNDDAIRAVTLYLGAVAATVREGRSQDLASQAEESFVEA E ; ;MATVSMRDMLKAGVHFGHQTRYWNPKMKPFIFGARNKVHIINLEKTVPMFNEALAELNKIASRKGKILFVGTKRAASEAV KDAALSCDQFFVNHRWLGGMLTNWKTVRQSIKRLKDLETQSQDGTFDKLTKKEALMRTRELEKLENSLGGIKDMGGLPDA LFVIDADHEHIAIKEANNLGIPVFAIVDTNSDPDGVDFVIPGNDDAIRAVTLYLGAVAATVREGRSQDLASQAEESFVEA E ; f ? 31 'polypeptide(L)' no no ;MGQKVHPNGIRLGIVKPWNSTWFANTKEFADNLDSDFKVRQYLTKELAKASVSRIVIERPAKSIRVTIHTARPGIVIGKK GEDVEKLRKVVADIAGVPAQINIAEVRKPELDAKLVADSITSQLERRVMFRRAMKRAVQNAMRLGAKGIKVEVSGRLGGA EIARTEWYREGRVPLHTLRADIDYNTSEAHTTYGVIGVKVWIFKGEILGGMAAVEQPEKPAAQPKKQQRKGRK ; ;MGQKVHPNGIRLGIVKPWNSTWFANTKEFADNLDSDFKVRQYLTKELAKASVSRIVIERPAKSIRVTIHTARPGIVIGKK 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'polypeptide(L)' no no ;MRHYEIVFMVHPDQSEQVPGMIERYTAAITGAEGKIHRLEDWGRRQLAYPINKLHKAHYVLMNVEAPQEVIDELETTFRF NDAVIRSMVMRTKHAVTEASPMVKAKDERRERRDDFANETADDAEAGDSEE ; ;MRHYEIVFMVHPDQSEQVPGMIERYTAAITGAEGKIHRLEDWGRRQLAYPINKLHKAHYVLMNVEAPQEVIDELETTFRF NDAVIRSMVMRTKHAVTEASPMVKAKDERRERRDDFANETADDAEAGDSEE ; j ? 35 'polypeptide(L)' no no ;MPRRRVIGQRKILPDPKFGSELLAKFVNILMVDGKKSTAESIVYSALETLAQRSGKSELEAFEVALENVRPTVEVKSRRV GGSTYQVPVEVRPVRRNALAMRWIVEAARKRGDKSMALRLANELSDAAENKGTAVKKREDVHRMAEANKAFAHYRWLSLR SFSHQAGASSKQPALGYLN ; ;MPRRRVIGQRKILPDPKFGSELLAKFVNILMVDGKKSTAESIVYSALETLAQRSGKSELEAFEVALENVRPTVEVKSRRV GGSTYQVPVEVRPVRRNALAMRWIVEAARKRGDKSMALRLANELSDAAENKGTAVKKREDVHRMAEANKAFAHYRWLSLR SFSHQAGASSKQPALGYLN ; k ? 36 'polypeptide(L)' no no ;MSMQDPIADMLTRIRNGQAANKAAVTMPSSKLKVAIANVLKEEGFIEDFKVEGDTKPELELTLKYFQGKAVVESIQRVSR PGLRIYKRKDELPKVMAGLGIAVVSTSKGVMTDRAARQAGLGGEIICYVA ; ;MSMQDPIADMLTRIRNGQAANKAAVTMPSSKLKVAIANVLKEEGFIEDFKVEGDTKPELELTLKYFQGKAVVESIQRVSR PGLRIYKRKDELPKVMAGLGIAVVSTSKGVMTDRAARQAGLGGEIICYVA ; l ? 37 'polypeptide(L)' no no ;MAENQYYGTGRRKSSAARVFIKPGNGKIVINQRSLEQYFGRETARMVVRQPLELVDMVEKLDLYITVKGGGISGQAGAIR HGITRALMEYDESLRSELRKAGFVTRDARQVERKKVGLRKARRRPQFSKR ; ;MAENQYYGTGRRKSSAARVFIKPGNGKIVINQRSLEQYFGRETARMVVRQPLELVDMVEKLDLYITVKGGGISGQAGAIR HGITRALMEYDESLRSELRKAGFVTRDARQVERKKVGLRKARRRPQFSKR ; m ? 38 'polypeptide(L)' no no ;MQNQRIRIRLKAFDHRLIDQATAEIVETAKRTGAQVRGPIPLPTRKERFTVLISPHVNKDARDQYEIRTHLRLVDIVEPT EKTVDALMRLDLAAGVDVQISLG ; ;MQNQRIRIRLKAFDHRLIDQATAEIVETAKRTGAQVRGPIPLPTRKERFTVLISPHVNKDARDQYEIRTHLRLVDIVEPT EKTVDALMRLDLAAGVDVQISLG ; n ? 39 'polypeptide(L)' no no ;MAKAPIRARKRVRKQVSDGVAHIHASFNNTIVTITDRQGNALGWATAGGSGFRGSRKSTPFAAQVAAERCADAVKEYGIK NLEVMVKGPGPGRESTIRALNAAGFRITNITDVTPIPHNGCRPPKKRRV ; ;MAKAPIRARKRVRKQVSDGVAHIHASFNNTIVTITDRQGNALGWATAGGSGFRGSRKSTPFAAQVAAERCADAVKEYGIK NLEVMVKGPGPGRESTIRALNAAGFRITNITDVTPIPHNGCRPPKKRRV ; o ? 40 'polypeptide(L)' no no ;MATVNQLVRKPRARKVAKSNVPALEACPQKRGVCTRVYTTTPKKPNSALRKVCRVRLTNGFEVTSYIGGEGHNLQEHSVI LIRGGRVKDLPGVRYHTVRGALDCSGVKDRKQARSKYGVKRPKA ; ;MATVNQLVRKPRARKVAKSNVPALEACPQKRGVCTRVYTTTPKKPNSALRKVCRVRLTNGFEVTSYIGGEGHNLQEHSVI LIRGGRVKDLPGVRYHTVRGALDCSGVKDRKQARSKYGVKRPKA ; p ? 41 'polypeptide(L)' no no ;MARIAGINIPDHKHAVIALTSIYGVGKTRSKAILAAAGIAEDVKISELSEGQIDTLRDEVAKFVVEGDLRREISMSIKRL MDLGCYRGLRHRRGLPVRGQRTKTNARTRKGPRKPIKK ; ;MARIAGINIPDHKHAVIALTSIYGVGKTRSKAILAAAGIAEDVKISELSEGQIDTLRDEVAKFVVEGDLRREISMSIKRL MDLGCYRGLRHRRGLPVRGQRTKTNARTRKGPRKPIKK ; q ? 42 'polypeptide(L)' no no ;MAKQSMKAREVKRVALADKYFAKRAELKAIISDVNASDEDRWNAVLKLQTLPRDSSPSRQRNRCRQTGRPHGFLRKFGLS RIKVREAAMRGEIPGLKKASW ; ;MAKQSMKAREVKRVALADKYFAKRAELKAIISDVNASDEDRWNAVLKLQTLPRDSSPSRQRNRCRQTGRPHGFLRKFGLS RIKVREAAMRGEIPGLKKASW ; r ? 43 'polypeptide(L)' no no ;MSLSTEATAKIVSEFGRDANDTGSTEVQVALLTAQINHLQGHFAEHKKDHHSRRGLLRMVSQRRKLLDYLKRKDVARYTQ LIERLGLRR ; ;MSLSTEATAKIVSEFGRDANDTGSTEVQVALLTAQINHLQGHFAEHKKDHHSRRGLLRMVSQRRKLLDYLKRKDVARYTQ LIERLGLRR ; s ? 44 'polypeptide(L)' no no ;MVTIRLARHGAKKRPFYQVVVADSRNARNGRFIERVGFFNPIASEKEEGTRLDLDRIAHWVGQGATISDRVAALIKEVNK AA ; 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MPVIKVRENEPFDVALRRFKRSCEKAGVLAEVRRREFYEKPTTERKRAKASAVKRHAKKLARENARRTRLY MPVIKVRENEPFDVALRRFKRSCEKAGVLAEVRRREFYEKPTTERKRAKASAVKRHAKKLARENARRTRLY y ? 50 polyribonucleotide no no ;GGUUAAGCGACUAAGCGUACACGGUGGAUGCCCUGGCAGUCAGAGGCGAUGAAGGACGUGCUAAUCUGCGAUAAGCGUCG GUAAGGUGAUAUGAACCGUUAUAACCGGCGAUUUCCGAAUGGGGAAACCCAGUGUGUUUCGACACACUAUCAUUAACUGA AUCCAUAGGUUAAUGAGGCGAACCGGGGGAACUGAAACAUCUAAGUACCCCGAGGAAAAGAAAUCAACCGAGAUUCCCCC AGUAGCGGCGAGCGAACGGGGAGCAGCCCAGAGCCUGAAUCAGUGUGUGUGUUAGUGGAAGCGUCUGGAAAGGCGCGCGA UACAGGGUGACAGCCCCGUACACAAAAAUGCACAUGCUGUGAGCUCGAUGAGUAGGGCGGGACACGUGGUAUCCUGUCUG AAUAUGGGGGGACCAUCCUCCAAGGCUAAAUACUCCUGACUGACCGAUAGUGAACCAGUACCGUGAGGGAAAGGCGAAAA GAACCCCGGCGAGGGGAGUGAAAAAGAACCUGAAACCGUGUACGUACAAGCAGUGGGAGCACGCUUAGGCGUGUGACUGC GUACCUUUUGUAUAAUGGGUCAGCGACUUAUAUUCUGUAGCAAGGUUAACCGAAUAGGGGAGCCGAAGGGAAACCGAGUC UUAACUGGGCGUUAAGUUGCAGGGUAUAGACCCGAAACCCGGUGAUCUAGCCAUGGGCAGGUUGAAGGUUGGGUAACACU AACUGGAGGACCGAACCGACUAAUGUUGAAAAAUUAGCGGAUGACUUGUGGCUGGGGGUGAAAGGCCAAUCAAACCGGGA 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ZA U 49 O4 ? ? ? 1_555 ZA G 362 N2 ? ? 2 U 49 2 G 362 1_555 ? ? ? ? ? ? 'U-G MISPAIR' ? ? ? hydrog2966 hydrog ? ? ZA U 49 O4 ? ? ? 1_555 ZA U 365 N3 ? ? 2 U 49 2 U 365 1_555 ? ? ? ? ? ? 'U-U MISPAIR' ? ? ? hydrog2967 hydrog ? ? ZA A 50 N3 ? ? ? 1_555 ZA G 360 N2 ? ? 2 A 50 2 G 360 1_555 ? ? ? ? ? ? 'A-G MISPAIR' ? ? ? hydrog2968 hydrog ? ? ZA A 51 N6 ? ? ? 1_555 ZA U 114 O2 ? ? 2 A 51 2 U 114 1_555 ? ? ? ? ? ? 'A-U PAIR' ? ? ? hydrog2969 hydrog ? ? ZA C 52 N3 ? ? ? 1_555 ZA G 359 N1 ? ? 2 C 52 2 G 359 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog2970 hydrog ? ? ZA C 52 N4 ? ? ? 1_555 ZA G 359 O6 ? ? 2 C 52 2 G 359 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog2971 hydrog ? ? ZA C 52 O2 ? ? ? 1_555 ZA G 359 N2 ? ? 2 C 52 2 G 359 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog2972 hydrog ? ? ZA A 53 N1 ? ? ? 1_555 ZA U 358 N3 ? ? 2 A 53 2 U 358 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog2973 hydrog ? ? ZA A 53 N6 ? ? ? 1_555 ZA U 358 O4 ? ? 2 A 53 2 U 358 1_555 ? ? ? ? ? ? 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WATSON-CRICK ? ? ? hydrog3431 hydrog ? ? ZA U 508 O2 ? ? ? 1_555 ZA A 510 N6 ? ? 2 U 508 2 A 510 1_555 ? ? ? ? ? ? 'U-A PAIR' ? ? ? hydrog3432 hydrog ? ? ZA A 510 N3 ? ? ? 1_555 ZA G 542 N2 ? ? 2 A 510 2 G 542 1_555 ? ? ? ? ? ? 'A-G MISPAIR' ? ? ? hydrog3433 hydrog ? ? ZA C 511 N3 ? ? ? 1_555 ZA G 540 N1 ? ? 2 C 511 2 G 540 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog3434 hydrog ? ? ZA C 511 N4 ? ? ? 1_555 ZA G 540 O6 ? ? 2 C 511 2 G 540 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog3435 hydrog ? ? ZA C 511 O2 ? ? ? 1_555 ZA G 540 N2 ? ? 2 C 511 2 G 540 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog3436 hydrog ? ? ZA U 512 N3 ? ? ? 1_555 ZA A 539 N1 ? ? 2 U 512 2 A 539 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog3437 hydrog ? ? ZA U 512 O4 ? ? ? 1_555 ZA A 539 N6 ? ? 2 U 512 2 A 539 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog3438 hydrog ? ? ZA C 513 N3 ? ? ? 1_555 ZA G 538 N1 ? ? 2 C 513 2 G 538 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog3439 hydrog ? ? ZA C 513 N4 ? ? ? 1_555 ZA G 538 O6 ? ? 2 C 513 2 G 538 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog3440 hydrog ? ? ZA C 513 O2 ? ? ? 1_555 ZA G 538 N2 ? ? 2 C 513 2 G 538 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog3441 hydrog ? ? ZA C 514 N3 ? ? ? 1_555 ZA G 537 N1 ? ? 2 C 514 2 G 537 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog3442 hydrog ? ? ZA C 514 N4 ? ? ? 1_555 ZA G 537 O6 ? ? 2 C 514 2 G 537 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog3443 hydrog ? ? ZA C 514 O2 ? ? ? 1_555 ZA G 537 N2 ? ? 2 C 514 2 G 537 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog3444 hydrog ? ? ZA G 515 N1 ? ? ? 1_555 ZA C 536 N3 ? ? 2 G 515 2 C 536 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog3445 hydrog ? ? ZA G 515 N2 ? ? ? 1_555 ZA C 536 O2 ? ? 2 G 515 2 C 536 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog3446 hydrog ? ? ZA G 515 O6 ? ? ? 1_555 ZA C 536 N4 ? ? 2 G 515 2 C 536 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog3447 hydrog ? ? ZA U 516 O2 ? ? ? 1_555 ZA C 519 N4 ? ? 2 U 516 2 C 519 1_555 ? ? ? ? ? ? 'U-C MISPAIR' ? ? ? hydrog3448 hydrog ? ? ZA U 516 N3 ? ? ? 1_555 ZA A 533 N7 ? ? 2 U 516 2 A 533 1_555 ? ? ? ? ? ? 'REVERSED HOOGSTEEN' ? ? ? hydrog3449 hydrog ? ? ZA U 516 O2 ? ? ? 1_555 ZA A 533 N6 ? ? 2 U 516 2 A 533 1_555 ? ? ? ? ? ? 'REVERSED HOOGSTEEN' ? ? ? hydrog3450 hydrog ? ? ZA G 521 N1 ? ? ? 1_555 ZA C 528 N3 ? ? 2 G 521 2 C 528 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog3451 hydrog ? ? ZA G 521 N2 ? ? ? 1_555 ZA C 528 O2 ? ? 2 G 521 2 C 528 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog3452 hydrog ? ? ZA G 521 O6 ? ? ? 1_555 ZA C 528 N4 ? ? 2 G 521 2 C 528 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog3453 hydrog ? ? ZA C 522 N3 ? ? ? 1_555 ZA G 527 N1 ? ? 2 C 522 2 G 527 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog3454 hydrog ? ? ZA C 522 N4 ? ? ? 1_555 ZA G 527 O6 ? ? 2 C 522 2 G 527 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog3455 hydrog ? ? ZA C 522 O2 ? ? ? 1_555 ZA G 527 N2 ? ? 2 C 522 2 G 527 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog3456 hydrog ? ? 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ZA C 578 N4 ? ? ? 1_555 ZA G 763 O6 ? ? 2 C 578 2 G 763 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog3482 hydrog ? ? ZA C 578 O2 ? ? ? 1_555 ZA G 763 N2 ? ? 2 C 578 2 G 763 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog3483 hydrog ? ? ZA A 579 N1 ? ? ? 1_555 ZA U 762 N3 ? ? 2 A 579 2 U 762 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog3484 hydrog ? ? ZA A 579 N6 ? ? ? 1_555 ZA U 762 O4 ? ? 2 A 579 2 U 762 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog3485 hydrog ? ? ZA C 580 N3 ? ? ? 1_555 ZA G 761 N1 ? ? 2 C 580 2 G 761 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog3486 hydrog ? ? ZA C 580 N4 ? ? ? 1_555 ZA G 761 O6 ? ? 2 C 580 2 G 761 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog3487 hydrog ? ? ZA C 580 O2 ? ? ? 1_555 ZA G 761 N2 ? ? 2 C 580 2 G 761 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog3488 hydrog ? ? ZA G 581 N2 ? ? ? 1_555 ZA G 760 O6 ? ? 2 G 581 2 G 760 1_555 ? ? ? ? ? ? 'G-G MISPAIR' ? ? ? hydrog3489 hydrog ? ? ZA C 582 N3 ? ? ? 1_555 ZA A 759 N6 ? ? 2 C 582 2 A 759 1_555 ? ? ? ? ? ? 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ZA U 1307 O4 ? ? ? 1_555 ZA U 1330 N3 ? ? 2 U 1307 2 U 1330 1_555 ? ? ? ? ? ? 'U-U MISPAIR' ? ? ? hydrog4162 hydrog ? ? ZA U 1308 N3 ? ? ? 1_555 ZA A 1329 N1 ? ? 2 U 1308 2 A 1329 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog4163 hydrog ? ? ZA U 1308 O4 ? ? ? 1_555 ZA A 1329 N6 ? ? 2 U 1308 2 A 1329 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog4164 hydrog ? ? ZA G 1309 N1 ? ? ? 1_555 ZA C 1328 N3 ? ? 2 G 1309 2 C 1328 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog4165 hydrog ? ? ZA G 1309 N2 ? ? ? 1_555 ZA C 1328 O2 ? ? 2 G 1309 2 C 1328 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog4166 hydrog ? ? ZA G 1309 O6 ? ? ? 1_555 ZA C 1328 N4 ? ? 2 G 1309 2 C 1328 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog4167 hydrog ? ? ZA G 1310 N1 ? ? ? 1_555 ZA C 1327 N3 ? ? 2 G 1310 2 C 1327 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog4168 hydrog ? ? ZA G 1310 N2 ? ? ? 1_555 ZA C 1327 O2 ? ? 2 G 1310 2 C 1327 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog4169 hydrog ? ? 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FME 6 1 ? 1_555 . . . . . . . MET 1 FME Formylation 'Named protein modification' 2 A CB 76 ? LYS DB 2 ? A 5 76 ? 1_555 LYS 6 2 ? 1_555 "O3'" C LYS 5 A None 'Covalent chemical modification' # loop_ _struct_mon_prot_cis.pdbx_id _struct_mon_prot_cis.label_comp_id _struct_mon_prot_cis.label_seq_id _struct_mon_prot_cis.label_asym_id _struct_mon_prot_cis.label_alt_id _struct_mon_prot_cis.pdbx_PDB_ins_code _struct_mon_prot_cis.auth_comp_id _struct_mon_prot_cis.auth_seq_id _struct_mon_prot_cis.auth_asym_id _struct_mon_prot_cis.pdbx_label_comp_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_label_seq_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_label_asym_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_PDB_ins_code_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_auth_comp_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_auth_seq_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_auth_asym_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_PDB_model_num _struct_mon_prot_cis.pdbx_omega_angle 1 THR 151 B . ? THR 151 B PRO 152 B ? PRO 152 B 1 2.10 2 VAL 51 O . ? VAL 51 O PRO 52 O ? 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AH8 ? 3 ? # loop_ _struct_sheet_order.sheet_id _struct_sheet_order.range_id_1 _struct_sheet_order.range_id_2 _struct_sheet_order.offset _struct_sheet_order.sense AA1 1 2 ? anti-parallel AA2 1 2 ? anti-parallel AA3 1 2 ? anti-parallel AA3 2 3 ? anti-parallel AA3 3 4 ? anti-parallel AA4 1 2 ? anti-parallel AA4 2 3 ? anti-parallel AA4 3 4 ? anti-parallel AA4 4 5 ? anti-parallel AA4 5 6 ? anti-parallel AA4 6 7 ? anti-parallel AA5 1 2 ? anti-parallel AA6 1 2 ? anti-parallel AA6 2 3 ? anti-parallel AA6 3 4 ? anti-parallel AA6 4 5 ? anti-parallel AA6 5 6 ? anti-parallel AA6 6 7 ? anti-parallel AA7 1 2 ? anti-parallel AA7 2 3 ? anti-parallel AA7 3 4 ? anti-parallel AA8 1 2 ? anti-parallel AA9 1 2 ? anti-parallel AB1 1 2 ? parallel AB1 2 3 ? parallel AB1 3 4 ? parallel AB2 1 2 ? anti-parallel AB2 2 3 ? anti-parallel AB2 3 4 ? anti-parallel AB2 4 5 ? anti-parallel AB3 1 2 ? anti-parallel AB3 2 3 ? anti-parallel AB4 1 2 ? anti-parallel AB4 2 3 ? anti-parallel AB5 1 2 ? anti-parallel AB5 2 3 ? anti-parallel AB5 3 4 ? anti-parallel AB6 1 2 ? anti-parallel AB6 2 3 ? anti-parallel AB7 1 2 ? anti-parallel AB8 1 2 ? parallel AB8 2 3 ? anti-parallel AB9 1 2 ? parallel AB9 2 3 ? parallel AB9 3 4 ? parallel AC1 1 2 ? anti-parallel AC2 1 2 ? anti-parallel AC2 2 3 ? anti-parallel AC2 3 4 ? anti-parallel AC2 4 5 ? anti-parallel AC2 5 6 ? parallel AC3 1 2 ? anti-parallel AC3 2 3 ? anti-parallel AC3 3 4 ? anti-parallel AC3 4 5 ? anti-parallel AC3 5 6 ? anti-parallel AC3 6 7 ? anti-parallel AC4 1 2 ? parallel AC5 1 2 ? parallel AC5 2 3 ? parallel AC6 1 2 ? parallel AC6 2 3 ? parallel AC7 1 2 ? anti-parallel AC7 2 3 ? anti-parallel AC7 3 4 ? anti-parallel AC8 1 2 ? anti-parallel AC9 1 2 ? anti-parallel AC9 2 3 ? anti-parallel AD1 1 2 ? anti-parallel AD1 2 3 ? anti-parallel AD1 3 4 ? parallel AD2 1 2 ? anti-parallel AD2 2 3 ? anti-parallel AD2 3 4 ? anti-parallel AD3 1 2 ? anti-parallel AD3 2 3 ? anti-parallel AD3 3 4 ? anti-parallel AD4 1 2 ? anti-parallel AD5 1 2 ? anti-parallel AD5 2 3 ? anti-parallel AD6 1 2 ? anti-parallel AD7 1 2 ? anti-parallel AD7 2 3 ? anti-parallel AD7 3 4 ? anti-parallel AD8 1 2 ? anti-parallel AD9 1 2 ? anti-parallel AD9 2 3 ? anti-parallel AD9 3 4 ? anti-parallel AD9 4 5 ? anti-parallel AD9 5 6 ? anti-parallel AE1 1 2 ? anti-parallel AE2 1 2 ? anti-parallel AE3 1 2 ? parallel AE3 2 3 ? anti-parallel AE3 3 4 ? anti-parallel AE3 4 5 ? parallel AE3 5 6 ? anti-parallel AE3 6 7 ? anti-parallel AE4 1 2 ? anti-parallel AE4 2 3 ? anti-parallel AE4 3 4 ? anti-parallel AE5 1 2 ? anti-parallel AE5 2 3 ? anti-parallel AE5 3 4 ? parallel AE6 1 2 ? anti-parallel AE7 1 2 ? anti-parallel AE8 1 2 ? anti-parallel AE8 2 3 ? anti-parallel AE9 1 2 ? anti-parallel AE9 2 3 ? parallel AF1 1 2 ? anti-parallel AF2 1 2 ? anti-parallel AF3 1 2 ? anti-parallel AF3 2 3 ? anti-parallel AF3 3 4 ? anti-parallel AF4 1 2 ? anti-parallel AF4 2 3 ? anti-parallel AF5 1 2 ? parallel AF5 2 3 ? anti-parallel AF5 3 4 ? anti-parallel AF6 1 2 ? anti-parallel AF7 1 2 ? parallel AF7 2 3 ? parallel AF7 3 4 ? parallel AF7 4 5 ? parallel AF8 1 2 ? parallel AF8 2 3 ? anti-parallel AF8 3 4 ? parallel AF9 1 2 ? anti-parallel AF9 2 3 ? anti-parallel AF9 3 4 ? anti-parallel AG1 1 2 ? anti-parallel AG1 2 3 ? anti-parallel AG1 3 4 ? anti-parallel AG1 4 5 ? anti-parallel AG2 1 2 ? anti-parallel AG2 2 3 ? anti-parallel AG2 3 4 ? anti-parallel AG3 1 2 ? anti-parallel AG3 2 3 ? anti-parallel AG3 3 4 ? parallel AG4 1 2 ? anti-parallel AG4 2 3 ? anti-parallel AG4 3 4 ? anti-parallel AG5 1 2 ? anti-parallel AG6 1 2 ? anti-parallel AG6 2 3 ? anti-parallel AG7 1 2 ? anti-parallel AG7 2 3 ? anti-parallel AG8 1 2 ? anti-parallel AG8 2 3 ? anti-parallel AG8 3 4 ? anti-parallel AG9 1 2 ? anti-parallel AG9 2 3 ? anti-parallel AG9 3 4 ? parallel AH1 1 2 ? anti-parallel AH1 2 3 ? anti-parallel AH1 3 4 ? anti-parallel AH2 1 2 ? anti-parallel AH2 2 3 ? anti-parallel AH3 1 2 ? anti-parallel AH3 2 3 ? anti-parallel AH3 3 4 ? parallel AH3 4 5 ? parallel AH3 5 6 ? anti-parallel AH4 1 2 ? anti-parallel AH4 2 3 ? anti-parallel AH4 3 4 ? parallel AH4 4 5 ? anti-parallel AH4 5 6 ? anti-parallel AH5 1 2 ? anti-parallel AH6 1 2 ? anti-parallel AH6 2 3 ? anti-parallel AH6 3 4 ? anti-parallel AH6 4 5 ? parallel AH7 1 2 ? anti-parallel AH7 2 3 ? anti-parallel AH7 3 4 ? parallel AH7 4 5 ? anti-parallel AH7 5 6 ? anti-parallel AH8 1 2 ? parallel AH8 2 3 ? anti-parallel # loop_ _struct_sheet_range.sheet_id _struct_sheet_range.id _struct_sheet_range.beg_label_comp_id _struct_sheet_range.beg_label_asym_id _struct_sheet_range.beg_label_seq_id _struct_sheet_range.pdbx_beg_PDB_ins_code _struct_sheet_range.end_label_comp_id _struct_sheet_range.end_label_asym_id _struct_sheet_range.end_label_seq_id _struct_sheet_range.pdbx_end_PDB_ins_code _struct_sheet_range.beg_auth_comp_id _struct_sheet_range.beg_auth_asym_id _struct_sheet_range.beg_auth_seq_id _struct_sheet_range.end_auth_comp_id _struct_sheet_range.end_auth_asym_id _struct_sheet_range.end_auth_seq_id AA1 1 VAL A 3 ? LYS A 5 ? VAL A 3 LYS A 5 AA1 2 VAL A 17 ? VAL A 19 ? VAL A 17 VAL A 19 AA2 1 LEU A 34 ? LYS A 36 ? LEU A 34 LYS A 36 AA2 2 ALA A 61 ? ARG A 63 ? ALA A 61 ARG A 63 AA3 1 ARG A 101 ? LEU A 105 ? ARG A 101 LEU A 105 AA3 2 ILE A 91 ? TYR A 96 ? ILE A 91 TYR A 96 AA3 3 ALA A 76 ? GLU A 82 ? ALA A 76 GLU A 82 AA3 4 GLN A 115 ? ILE A 116 ? GLN A 115 ILE A 116 AA4 1 THR A 129 ? PRO A 131 ? THR A 129 PRO A 131 AA4 2 ARG A 189 ? LEU A 192 ? ARG A 189 LEU A 192 AA4 3 THR A 140 ? HIS A 142 ? THR A 140 HIS A 142 AA4 4 VAL A 162 ? ASP A 168 ? VAL A 162 ASP A 168 AA4 5 TYR A 171 ? ARG A 175 ? TYR A 171 ARG A 175 AA4 6 MET A 181 ? GLU A 185 ? MET A 181 GLU A 185 AA4 7 ILE A 267 ? ARG A 269 ? ILE A 267 ARG A 269 AA5 1 VAL A 144 ? GLU A 145 ? VAL A 144 GLU A 145 AA5 2 GLY A 152 ? LEU A 154 ? GLY A 152 LEU A 154 AA6 1 LEU B 4 ? PHE B 15 ? LEU B 4 PHE B 15 AA6 2 SER B 21 ? GLU B 28 ? SER B 21 GLU B 28 AA6 3 LEU B 186 ? LYS B 190 ? LEU B 186 LYS B 190 AA6 4 ARG B 169 ? ASP B 181 ? ARG B 169 ASP B 181 AA6 5 LYS B 106 ? THR B 112 ? LYS B 106 THR B 112 AA6 6 ASP B 200 ? PRO B 205 ? ASP B 200 PRO B 205 AA6 7 LEU B 4 ? PHE B 15 ? LEU B 4 PHE B 15 AA7 1 TRP B 80 ? ARG B 83 ? TRP B 80 ARG B 83 AA7 2 ALA B 47 ? THR B 51 ? ALA B 47 THR B 51 AA7 3 ASN B 32 ? LYS B 38 ? ASN B 32 LYS B 38 AA7 4 SER B 95 ? ILE B 96 ? SER B 95 ILE B 96 AA8 1 GLY B 115 ? ALA B 119 ? GLY B 115 ALA B 119 AA8 2 GLY B 163 ? GLY B 166 ? GLY B 163 GLY B 166 AA9 1 GLU C 2 ? LEU C 5 ? GLU C 2 LEU C 5 AA9 2 SER C 10 ? THR C 13 ? SER C 10 THR C 13 AB1 1 LEU C 118 ? VAL C 121 ? LEU C 118 VAL C 121 AB1 2 LYS C 185 ? THR C 189 ? LYS C 185 THR C 189 AB1 3 VAL C 146 ? THR C 150 ? VAL C 146 THR C 150 AB1 4 VAL C 167 ? ASP C 171 ? VAL C 167 ASP C 171 AB2 1 LEU D 66 ? LYS D 69 ? LEU D 66 LYS D 69 AB2 2 PRO D 84 ? LEU D 91 ? PRO D 84 LEU D 91 AB2 3 VAL D 31 ? GLY D 39 ? VAL D 31 GLY D 39 AB2 4 LEU D 152 ? THR D 158 ? LEU D 152 THR D 158 AB2 5 ASN D 127 ? VAL D 132 ? ASN D 127 VAL D 132 AB3 1 VAL E 9 ? VAL E 10 ? VAL E 9 VAL E 10 AB3 2 THR E 49 ? PRO E 54 ? THR E 49 PRO E 54 AB3 3 VAL E 41 ? HIS E 45 ? VAL E 41 HIS E 45 AB4 1 ASP E 16 ? ASN E 20 ? ASP E 16 ASN E 20 AB4 2 VAL E 23 ? GLY E 28 ? VAL E 23 GLY E 28 AB4 3 GLY E 31 ? THR E 36 ? GLY E 31 THR E 36 AB5 1 ILE E 121 ? GLU E 124 ? ILE E 121 GLU E 124 AB5 2 GLU E 130 ? GLY E 135 ? GLU E 130 GLY E 135 AB5 3 PHE E 83 ? VAL E 90 ? PHE E 83 VAL E 90 AB5 4 GLY E 161 ? TYR E 164 ? GLY E 161 TYR E 164 AB6 1 ARG E 95 ? LYS E 99 ? ARG E 95 LYS E 99 AB6 2 VAL E 102 ? SER E 106 ? VAL E 102 SER E 106 AB6 3 VAL E 113 ? GLN E 116 ? VAL E 113 GLN E 116 AB7 1 ILE F 4 ? LEU F 5 ? ILE F 4 LEU F 5 AB7 2 ALA F 36 ? VAL F 37 ? ALA F 36 VAL F 37 AB8 1 VAL F 78 ? SER F 82 ? VAL F 78 SER F 82 AB8 2 ALA F 140 ? ALA F 148 ? ALA F 140 ALA F 148 AB8 3 GLY F 126 ? PHE F 132 ? GLY F 126 PHE F 132 AB9 1 LEU G 122 ? VAL G 124 ? LEU G 122 VAL G 124 AB9 2 TYR G 53 ? LEU G 57 ? TYR G 53 LEU G 57 AB9 3 TRP G 15 ? ASP G 19 ? TRP G 15 ASP G 19 AB9 4 GLN G 138 ? VAL G 139 ? GLN G 138 VAL G 139 AC1 1 VAL G 73 ? HIS G 77 ? VAL G 73 HIS G 77 AC1 2 ILE G 84 ? THR G 88 ? ILE G 84 THR G 88 AC2 1 MET H 7 ? VAL H 10 ? MET H 7 VAL H 10 AC2 2 ALA H 16 ? VAL H 24 ? ALA H 16 VAL H 24 AC2 3 ILE H 38 ? ALA H 46 ? ILE H 38 ALA H 46 AC2 4 VAL H 57 ? ARG H 64 ? VAL H 57 ARG H 64 AC2 5 ALA H 83 ? LEU H 87 ? ALA H 83 LEU H 87 AC2 6 MET H 7 ? VAL H 10 ? MET H 7 VAL H 10 AC3 1 VAL H 69 ? ARG H 70 ? VAL H 69 ARG H 70 AC3 2 VAL H 76 ? PHE H 79 ? VAL H 76 PHE H 79 AC3 3 GLU M 68 ? GLN M 75 ? GLU M 68 GLN M 75 AC3 4 ALA M 58 ? SER M 65 ? ALA M 58 SER M 65 AC3 5 LYS M 37 ? ARG M 51 ? LYS M 37 ARG M 51 AC3 6 THR M 25 ? GLU M 34 ? THR M 25 GLU M 34 AC3 7 VAL M 81 ? ARG M 88 ? VAL M 81 ARG M 88 AC4 1 VAL H 103 ? THR H 104 ? VAL H 103 THR H 104 AC4 2 VAL H 122 ? LEU H 123 ? VAL H 122 LEU H 123 AC5 1 THR I 74 ? ILE I 77 ? THR I 74 ILE I 77 AC5 2 PHE I 107 ? VAL I 110 ? PHE I 107 VAL I 110 AC5 3 ARG I 126 ? VAL I 127 ? ARG I 126 VAL I 127 AC6 1 VAL I 89 ? VAL I 90 ? VAL I 89 VAL I 90 AC6 2 THR I 121 ? ARG I 123 ? THR I 121 ARG I 123 AC6 3 LYS I 141 ? GLU I 143 ? LYS I 141 GLU I 143 AC7 1 TRP J 64 ? ILE J 65 ? TRP J 64 ILE J 65 AC7 2 VAL J 101 ? MET J 105 ? VAL J 101 MET J 105 AC7 3 PHE J 31 ? ALA J 35 ? PHE J 31 ALA J 35 AC7 4 THR J 128 ? THR J 132 ? THR J 128 THR J 132 AC8 1 LYS J 71 ? GLU J 75 ? LYS J 71 GLU J 75 AC8 2 ASN J 88 ? VAL J 93 ? ASN J 88 VAL J 93 AC9 1 ILE K 33 ? THR K 37 ? ILE K 33 THR K 37 AC9 2 PRO K 109 ? LEU K 115 ? PRO K 109 LEU K 115 AC9 3 THR K 95 ? PHE K 102 ? THR K 95 PHE K 102 AD1 1 VAL L 47 ? SER L 52 ? VAL L 47 SER L 52 AD1 2 HIS L 34 ? ILE L 40 ? HIS L 34 ILE L 40 AD1 3 ARG L 25 ? THR L 31 ? ARG L 25 THR L 31 AD1 4 SER L 91 ? ASP L 93 ? SER L 91 ASP L 93 AD2 1 LYS O 10 ? VAL O 14 ? LYS O 10 VAL O 14 AD2 2 TYR O 2 ? SER O 7 ? TYR O 2 SER O 7 AD2 3 VAL O 38 ? ALA O 42 ? VAL O 38 ALA O 42 AD2 4 VAL O 47 ? ILE O 49 ? VAL O 47 ILE O 49 AD3 1 THR O 19 ? LEU O 22 ? THR O 19 LEU O 22 AD3 2 TRP O 92 ? SER O 102 ? TRP O 92 SER O 102 AD3 3 VAL O 58 ? ARG O 68 ? VAL O 58 ARG O 68 AD3 4 THR O 32 ? PHE O 35 ? THR O 32 PHE O 35 AD4 1 VAL O 72 ? ARG O 78 ? VAL O 72 ARG O 78 AD4 2 TYR O 83 ? HIS O 89 ? TYR O 83 HIS O 89 AD5 1 GLU P 2 ? ALA P 10 ? GLU P 2 ALA P 10 AD5 2 SER P 101 ? SER P 108 ? SER P 101 SER P 108 AD5 3 LYS P 70 ? GLU P 78 ? LYS P 70 GLU P 78 AD6 1 MET P 82 ? PRO P 87 ? MET P 82 PRO P 87 AD6 2 ALA P 93 ? LYS P 98 ? ALA P 93 LYS P 98 AD7 1 LEU Q 11 ? PRO Q 14 ? LEU Q 11 PRO Q 14 AD7 2 THR Q 29 ? VAL Q 34 ? THR Q 29 VAL Q 34 AD7 3 TRP Q 80 ? LEU Q 87 ? TRP Q 80 LEU Q 87 AD7 4 VAL Q 55 ? VAL Q 63 ? VAL Q 55 VAL Q 63 AD8 1 VAL Q 67 ? HIS Q 70 ? VAL Q 67 HIS Q 70 AD8 2 ARG Q 73 ? ARG Q 76 ? ARG Q 73 ARG Q 76 AD9 1 ILE R 65 ? GLN R 66 ? ILE R 65 GLN R 66 AD9 2 LYS R 33 ? VAL R 36 ? LYS R 33 VAL R 36 AD9 3 ARG R 22 ? VAL R 28 ? ARG R 22 VAL R 28 AD9 4 GLU R 10 ? VAL R 13 ? GLU R 10 VAL R 13 AD9 5 VAL R 70 ? ASN R 74 ? VAL R 70 ASN R 74 AD9 6 LYS R 79 ? ASP R 81 ? 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U 'modified residue' 2 BB OMC 33 4 OMC 32 ? C 'modified residue' 3 BB 5MU 55 4 5MU 54 ? U 'modified residue' 4 CB H2U 16 5 H2U 16 ? U 'modified residue' 5 CB H2U 17 5 H2U 17 ? U 'modified residue' 6 CB H2U 20 5 H2U 20 ? U 'modified residue' 7 CB U8U 34 5 U8U 34 ? U 'modified residue' 8 CB T6A 37 5 T6A 37 ? A 'modified residue' 9 CB 5MU 54 5 5MU 54 ? U 'modified residue' # loop_ _em_3d_fitting.id _em_3d_fitting.entry_id _em_3d_fitting.method _em_3d_fitting.target_criteria _em_3d_fitting.details _em_3d_fitting.overall_b_value _em_3d_fitting.ref_space _em_3d_fitting.ref_protocol 1 8BF7 ? ? ;Following rigid body fitting we used online Namdiantor tool to perform initial flexible fitting: https://namdinator.au.dk/namdinator/ ; ? REAL 'RIGID BODY FIT' 2 8BF7 ? ? ? ? REAL 'FLEXIBLE FIT' # _em_3d_reconstruction.entry_id 8BF7 _em_3d_reconstruction.id 1 _em_3d_reconstruction.method ? _em_3d_reconstruction.algorithm 'FOURIER SPACE' _em_3d_reconstruction.citation_id ? _em_3d_reconstruction.details ? _em_3d_reconstruction.resolution 2.33 _em_3d_reconstruction.resolution_method 'FSC 0.143 CUT-OFF' _em_3d_reconstruction.magnification_calibration ? _em_3d_reconstruction.nominal_pixel_size ? _em_3d_reconstruction.actual_pixel_size ? _em_3d_reconstruction.num_particles 103992 _em_3d_reconstruction.euler_angles_details ? _em_3d_reconstruction.num_class_averages 5 _em_3d_reconstruction.refinement_type ? _em_3d_reconstruction.image_processing_id 1 _em_3d_reconstruction.symmetry_type POINT # _em_buffer.id 1 _em_buffer.specimen_id 1 _em_buffer.name ? _em_buffer.details '1x TAKM7 buffer' _em_buffer.pH 7.5 # loop_ _em_entity_assembly.id _em_entity_assembly.parent_id _em_entity_assembly.source _em_entity_assembly.type _em_entity_assembly.name _em_entity_assembly.details _em_entity_assembly.synonym _em_entity_assembly.oligomeric_details _em_entity_assembly.entity_id_list 1 0 NATURAL RIBOSOME ;Elongating E. coli 70S ribosome with deacylated tRNA(iMet) in the P-site and mRNA containing AAA codon and dipeptidyl-tRNA(Lys) in the A-site ; ? ? ? ;1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28, 29, 30, 31, 32, 33, 34, 35, 36, 37, 38, 39, 40, 41, 42, 43, 44, 45, 46, 47, 48, 49, 50, 51, 52, 53, 54, 55, 56 ; 2 1 NATURAL COMPLEX '50S subunit' ? ? ? '1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28, 29, 50, 51' 3 2 NATURAL COMPLEX '23S and 5S rRNA' ? ? ? '50, 51' 4 1 NATURAL COMPLEX '30S subunit' ? ? ? '30, 31, 32, 33, 34, 35, 36, 37, 38, 39, 40, 41, 42, 43, 44, 45, 46, 47, 48, 49, 52' 5 4 NATURAL COMPLEX '16S rRNA' ? ? ? 52 6 1 NATURAL COMPLEX 'mRNA and tRNA' ? ? ? '53, 54, 55, 56' # _em_image_scans.entry_id 8BF7 _em_image_scans.id 1 _em_image_scans.number_digital_images ? _em_image_scans.details ? _em_image_scans.scanner_model ? _em_image_scans.sampling_size ? _em_image_scans.od_range ? _em_image_scans.quant_bit_size ? _em_image_scans.citation_id ? _em_image_scans.dimension_height 4092 _em_image_scans.dimension_width 5760 _em_image_scans.frames_per_image ? _em_image_scans.image_recording_id 1 _em_image_scans.used_frames_per_image ? # _em_imaging.entry_id 8BF7 _em_imaging.id 1 _em_imaging.astigmatism ? _em_imaging.electron_beam_tilt_params ? _em_imaging.residual_tilt ? _em_imaging.microscope_model 'TFS KRIOS' _em_imaging.specimen_holder_type ? _em_imaging.specimen_holder_model 'FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER' _em_imaging.details ? _em_imaging.date ? _em_imaging.accelerating_voltage 300 _em_imaging.illumination_mode 'FLOOD BEAM' _em_imaging.mode 'BRIGHT FIELD' _em_imaging.nominal_cs 2.7 _em_imaging.nominal_defocus_min 900 _em_imaging.nominal_defocus_max 2100 _em_imaging.calibrated_defocus_min ? _em_imaging.calibrated_defocus_max ? _em_imaging.tilt_angle_min ? _em_imaging.tilt_angle_max ? _em_imaging.nominal_magnification ? _em_imaging.calibrated_magnification 105000 _em_imaging.electron_source 'FIELD EMISSION GUN' _em_imaging.citation_id ? _em_imaging.temperature ? _em_imaging.detector_distance ? _em_imaging.recording_temperature_minimum ? _em_imaging.recording_temperature_maximum ? _em_imaging.alignment_procedure 'COMA FREE' _em_imaging.c2_aperture_diameter 50 _em_imaging.specimen_id 1 _em_imaging.cryogen NITROGEN # _em_sample_support.id 1 _em_sample_support.film_material ? _em_sample_support.method ? _em_sample_support.grid_material COPPER _em_sample_support.grid_mesh_size 200 _em_sample_support.grid_type 'Quantifoil R2/1' _em_sample_support.details ? _em_sample_support.specimen_id 1 _em_sample_support.citation_id ? # _em_vitrification.entry_id 8BF7 _em_vitrification.id 1 _em_vitrification.specimen_id 1 _em_vitrification.cryogen_name ETHANE _em_vitrification.humidity 100 _em_vitrification.temp ? _em_vitrification.chamber_temperature 277 _em_vitrification.instrument 'FEI VITROBOT MARK IV' _em_vitrification.method ? _em_vitrification.time_resolved_state ? _em_vitrification.citation_id ? _em_vitrification.details ? # _em_experiment.entry_id 8BF7 _em_experiment.id 1 _em_experiment.reconstruction_method 'SINGLE PARTICLE' _em_experiment.aggregation_state PARTICLE _em_experiment.entity_assembly_id 1 # _em_single_particle_entity.entry_id 8BF7 _em_single_particle_entity.id 1 _em_single_particle_entity.image_processing_id 1 _em_single_particle_entity.point_symmetry C1 # loop_ _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.id _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.PDB_model_num _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.polymer_flag _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.occupancy_flag _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.auth_asym_id _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.auth_comp_id _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.auth_seq_id _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.PDB_ins_code _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.label_asym_id _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.label_comp_id _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.label_seq_id 1 1 Y 1 A MET 1 ? A MET 1 2 1 Y 1 A LYS 273 ? A LYS 273 3 1 Y 1 B ALA 209 ? B ALA 209 4 1 Y 1 D MET 1 ? D MET 1 5 1 Y 1 D LYS 179 ? D LYS 179 6 1 Y 1 E MET 1 ? E MET 1 7 1 Y 1 E LYS 175 ? E LYS 175 8 1 Y 1 E LYS 176 ? E LYS 176 9 1 Y 1 E LYS 177 ? E LYS 177 10 1 Y 1 K SER 119 ? K SER 119 11 1 Y 1 K GLU 120 ? K GLU 120 12 1 Y 1 K LYS 121 ? K LYS 121 13 1 Y 1 K ALA 122 ? K ALA 122 14 1 Y 1 K GLU 123 ? K GLU 123 15 1 Y 1 K ALA 124 ? K ALA 124 16 1 Y 1 K ALA 125 ? K ALA 125 17 1 Y 1 K ALA 126 ? K ALA 126 18 1 Y 1 K GLU 127 ? K GLU 127 19 1 Y 1 L MET 1 ? L MET 1 20 1 Y 1 M MET 1 ? M MET 1 21 1 Y 1 N MET 1 ? N MET 1 22 1 Y 1 Q ASP 94 ? Q ASP 94 23 1 Y 1 Q PHE 95 ? Q PHE 95 24 1 Y 1 Q VAL 96 ? Q VAL 96 25 1 Y 1 Q GLY 97 ? Q GLY 97 26 1 Y 1 Q GLY 98 ? Q GLY 98 27 1 Y 1 Q ALA 99 ? Q ALA 99 28 1 Y 1 Q GLU 100 ? Q GLU 100 29 1 Y 1 R MET 1 ? R MET 1 30 1 Y 1 R LYS 104 ? R LYS 104 31 1 Y 1 T MET 1 ? T MET 1 32 1 Y 1 T ALA 2 ? T ALA 2 33 1 Y 1 T HIS 3 ? T HIS 3 34 1 Y 1 T LYS 4 ? T LYS 4 35 1 Y 1 T LYS 5 ? 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U8U P OP2 sing N N 771 U8U P OP3 sing N N 772 U8U OP2 HOP2 sing N N 773 U8U OP3 HOP3 sing N N 774 VAL N CA sing N N 775 VAL N H sing N N 776 VAL N H2 sing N N 777 VAL CA C sing N N 778 VAL CA CB sing N N 779 VAL CA HA sing N N 780 VAL C O doub N N 781 VAL C OXT sing N N 782 VAL CB CG1 sing N N 783 VAL CB CG2 sing N N 784 VAL CB HB sing N N 785 VAL CG1 HG11 sing N N 786 VAL CG1 HG12 sing N N 787 VAL CG1 HG13 sing N N 788 VAL CG2 HG21 sing N N 789 VAL CG2 HG22 sing N N 790 VAL CG2 HG23 sing N N 791 VAL OXT HXT sing N N 792 # _em_admin.current_status REL _em_admin.deposition_date 2022-10-24 _em_admin.deposition_site PDBE _em_admin.entry_id 8BF7 _em_admin.last_update 2024-10-16 _em_admin.map_release_date 2023-08-16 _em_admin.title ;Elongating E. coli 70S ribosome containing deacylated tRNA(iMet) in the P-site and AAA mRNA codon with cognate dipeptidyl-tRNA(Lys) in the A-site ; # loop_ _em_buffer_component.buffer_id _em_buffer_component.concentration _em_buffer_component.concentration_units _em_buffer_component.formula _em_buffer_component.id _em_buffer_component.name 1 50 mM Tris-HCl 1 'tris(hydroxymethyl)aminomethane' 1 70 mM NH4Cl 2 'ammonium chloride' 1 30 mM KCl 3 'potassium chloride' 1 7 mM MgCl2 4 'magnesium chloride' # _em_ctf_correction.details ? _em_ctf_correction.em_image_processing_id 1 _em_ctf_correction.id 1 _em_ctf_correction.type 'PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION' # loop_ _em_entity_assembly_molwt.entity_assembly_id _em_entity_assembly_molwt.experimental_flag _em_entity_assembly_molwt.id _em_entity_assembly_molwt.units _em_entity_assembly_molwt.value 1 NO 1 MEGADALTONS 2.7 1 NO 2 MEGADALTONS 1.6 3 ? 3 ? ? 4 ? 4 ? ? 5 ? 5 ? ? 6 ? 6 ? ? # loop_ _em_entity_assembly_naturalsource.cell _em_entity_assembly_naturalsource.cellular_location _em_entity_assembly_naturalsource.entity_assembly_id _em_entity_assembly_naturalsource.id _em_entity_assembly_naturalsource.ncbi_tax_id _em_entity_assembly_naturalsource.organism _em_entity_assembly_naturalsource.organelle _em_entity_assembly_naturalsource.organ _em_entity_assembly_naturalsource.strain _em_entity_assembly_naturalsource.tissue ? ? 1 2 83333 'Escherichia coli K-12' ? ? ? ? ? ? 2 3 83333 'Escherichia coli K-12' ? ? ? ? ? ? 3 4 83333 'Escherichia coli K-12' ? ? ? ? ? ? 4 5 83333 'Escherichia coli K-12' ? ? ? ? ? ? 5 6 83333 'Escherichia coli K-12' ? ? ? ? ? ? 6 7 83333 'Escherichia coli K-12' ? ? ? ? # _em_image_processing.details ? _em_image_processing.id 1 _em_image_processing.image_recording_id 1 # _em_image_recording.average_exposure_time 1.82 _em_image_recording.avg_electron_dose_per_subtomogram ? _em_image_recording.avg_electron_dose_per_image 40 _em_image_recording.details ? _em_image_recording.detector_mode ? _em_image_recording.film_or_detector_model 'GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)' _em_image_recording.id 1 _em_image_recording.imaging_id 1 _em_image_recording.num_diffraction_images ? _em_image_recording.num_grids_imaged 1 _em_image_recording.num_real_images 8435 # _em_imaging_optics.chr_aberration_corrector ? _em_imaging_optics.energyfilter_lower ? _em_imaging_optics.energyfilter_slit_width 20 _em_imaging_optics.energyfilter_name 'GIF Bioquantum' _em_imaging_optics.energyfilter_upper ? _em_imaging_optics.id 1 _em_imaging_optics.imaging_id 1 _em_imaging_optics.phase_plate ? _em_imaging_optics.sph_aberration_corrector ? _em_imaging_optics.details ? # _em_particle_selection.details ? _em_particle_selection.id 1 _em_particle_selection.image_processing_id 1 _em_particle_selection.method ? _em_particle_selection.num_particles_selected 500 _em_particle_selection.reference_model ? # loop_ _em_software.category _em_software.details _em_software.id _em_software.image_processing_id _em_software.fitting_id _em_software.imaging_id _em_software.name _em_software.version 'PARTICLE SELECTION' ? 1 1 ? ? cryoSPARC 3.3.0 'IMAGE ACQUISITION' ? 2 ? ? 1 EPU 2.1 MASKING ? 3 ? ? ? ? ? 'CTF CORRECTION' ? 4 1 ? ? cryoSPARC 3.3.0 'LAYERLINE INDEXING' ? 5 ? ? ? ? ? 'DIFFRACTION INDEXING' ? 6 ? ? ? ? ? 'MODEL FITTING' 'Rigid body fit' 7 ? 1 ? 'UCSF ChimeraX' 1.2.5 OTHER ? 8 ? ? ? ? ? 'INITIAL EULER ASSIGNMENT' Ab-initio 9 1 ? ? cryoSPARC 3.3.0 'FINAL EULER ASSIGNMENT' ? 10 1 ? ? ? ? CLASSIFICATION '3D Class' 11 1 ? ? cryoSPARC 3.3.0 RECONSTRUCTION 'Homogenous Refinement' 12 1 ? ? cryoSPARC 3.3.0 'MODEL REFINEMENT' https://namdinator.au.dk/namdinator/ 13 ? 1 ? PHENIX Online 'PARTICLE SELECTION' ? 14 ? ? ? ? ? 'IMAGE ACQUISITION' ? 15 ? ? ? ? ? 'CTF CORRECTION' ? 16 ? ? ? ? ? 'MODEL FITTING' ? 17 ? 2 ? ISOLDE 1.4 'INITIAL EULER ASSIGNMENT' ? 18 ? ? ? ? ? 'FINAL EULER ASSIGNMENT' ? 19 ? ? ? ? ? CLASSIFICATION ? 20 ? ? ? ? ? RECONSTRUCTION ? 21 ? ? ? ? ? 'MODEL REFINEMENT' ? 22 ? 2 ? PHENIX 1.19.2-4158 # _em_specimen.concentration 10 _em_specimen.details ;Initiation complex containing: 1x TAKM7 buffer 1 mM DTT (dithiothreitol) 1 mM GTP (guanosine 5'-triphosphate) 2.0 uM 70S ribosomes 3.0 uM IF1, IF2, IF3 mix 6.0 uM A-site AAA mRNA 3.0 uM fMet-tRNAfMet Mixed 1:1 with a ternary complex containing: 1x TAKM7 buffer 3 mM PEP (phosphoenolpyruvate) 1 mM GTP (guanosine 5'-triphosphate) 1 mM DTT (dithiothreitol) 1% PK (pyruvate kinase) 0.02 uM EF-Ts 1.5 uM EF-Tu 0.3 uM Lys-tRNALys Incubated on ice for 60 seconds Final concentration of the sample: 20 A260 (absorbance at 260 nm, 10 mm path), 10 A280 (absorbance at 280 nm, 10 mm path) ; _em_specimen.embedding_applied NO _em_specimen.experiment_id 1 _em_specimen.id 1 _em_specimen.shadowing_applied NO _em_specimen.staining_applied NO _em_specimen.vitrification_applied YES # loop_ _ndb_struct_conf_na.entry_id _ndb_struct_conf_na.feature 8BF7 'double helix' 8BF7 'a-form double helix' # loop_ _ndb_struct_na_base_pair.model_number _ndb_struct_na_base_pair.i_label_asym_id _ndb_struct_na_base_pair.i_label_comp_id _ndb_struct_na_base_pair.i_label_seq_id _ndb_struct_na_base_pair.i_symmetry _ndb_struct_na_base_pair.j_label_asym_id _ndb_struct_na_base_pair.j_label_comp_id _ndb_struct_na_base_pair.j_label_seq_id _ndb_struct_na_base_pair.j_symmetry _ndb_struct_na_base_pair.shear _ndb_struct_na_base_pair.stretch _ndb_struct_na_base_pair.stagger _ndb_struct_na_base_pair.buckle _ndb_struct_na_base_pair.propeller _ndb_struct_na_base_pair.opening _ndb_struct_na_base_pair.pair_number _ndb_struct_na_base_pair.pair_name _ndb_struct_na_base_pair.i_auth_asym_id _ndb_struct_na_base_pair.i_auth_seq_id _ndb_struct_na_base_pair.i_PDB_ins_code _ndb_struct_na_base_pair.j_auth_asym_id _ndb_struct_na_base_pair.j_auth_seq_id _ndb_struct_na_base_pair.j_PDB_ins_code _ndb_struct_na_base_pair.hbond_type_28 _ndb_struct_na_base_pair.hbond_type_12 1 XA G 1 1_555 XA C 2902 1_555 -0.188 -0.281 -1.109 -10.144 -5.999 0.528 1 0_G1:C2902_0 0 1 ? 0 2902 ? 19 1 1 XA G 2 1_555 XA C 2901 1_555 -0.195 -0.155 -0.804 -13.286 -5.140 1.074 2 0_G2:C2901_0 0 2 ? 0 2901 ? 19 1 1 XA U 3 1_555 XA A 2900 1_555 -0.106 -0.049 -0.406 -5.649 -4.717 -1.580 3 0_U3:A2900_0 0 3 ? 0 2900 ? 20 1 1 XA U 4 1_555 XA A 2899 1_555 -0.080 -0.012 0.090 -0.463 -5.267 -2.373 4 0_U4:A2899_0 0 4 ? 0 2899 ? 20 1 1 XA A 5 1_555 XA U 2898 1_555 0.017 -0.032 0.393 -3.673 -5.849 -2.636 5 0_A5:U2898_0 0 5 ? 0 2898 ? 20 1 1 XA A 6 1_555 XA U 2897 1_555 0.123 0.039 0.015 -1.967 -2.333 -2.447 6 0_A6:U2897_0 0 6 ? 0 2897 ? 20 1 1 XA G 7 1_555 XA C 2896 1_555 -0.178 -0.093 0.227 1.305 -3.147 -0.091 7 0_G7:C2896_0 0 7 ? 0 2896 ? 19 1 1 XA C 8 1_555 XA G 2895 1_555 0.210 -0.090 0.314 -1.436 -3.207 -0.563 8 0_C8:G2895_0 0 8 ? 0 2895 ? 19 1 1 XA G 9 1_555 XA A 2800 1_555 4.080 -3.186 0.202 -2.580 -1.345 -69.801 9 0_G9:A2800_0 0 9 ? 0 2800 ? 10 6 1 XA U 12 1_555 XA A 526 1_555 3.650 -1.499 -0.923 -7.138 10.309 -97.831 10 0_U12:A526_0 0 12 ? 0 526 ? 24 4 1 XA G 15 1_555 XA U 525 1_555 -2.557 -0.343 -0.744 -6.305 -3.992 1.881 11 0_G15:U525_0 0 15 ? 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