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P0DTC2 16 ? 1208 ? 16 1208 # loop_ _struct_ref_seq_dif.align_id _struct_ref_seq_dif.pdbx_pdb_id_code _struct_ref_seq_dif.mon_id _struct_ref_seq_dif.pdbx_pdb_strand_id _struct_ref_seq_dif.seq_num _struct_ref_seq_dif.pdbx_pdb_ins_code _struct_ref_seq_dif.pdbx_seq_db_name _struct_ref_seq_dif.pdbx_seq_db_accession_code _struct_ref_seq_dif.db_mon_id _struct_ref_seq_dif.pdbx_seq_db_seq_num _struct_ref_seq_dif.details _struct_ref_seq_dif.pdbx_auth_seq_num _struct_ref_seq_dif.pdbx_ordinal 3 8BG6 GLY E 667 ? UNP P0DTC2 ARG 682 conflict 682 1 3 8BG6 SER E 668 ? UNP P0DTC2 ARG 683 conflict 683 2 3 8BG6 SER E 670 ? UNP P0DTC2 ARG 685 conflict 685 3 3 8BG6 PRO E 802 ? UNP P0DTC2 PHE 817 conflict 817 4 3 8BG6 PRO E 877 ? UNP P0DTC2 ALA 892 conflict 892 5 3 8BG6 PRO E 884 ? UNP P0DTC2 ALA 899 conflict 899 6 3 8BG6 PRO E 927 ? UNP P0DTC2 ALA 942 conflict 942 7 3 8BG6 PRO E 971 ? UNP P0DTC2 LYS 986 conflict 986 8 3 8BG6 PRO E 972 ? UNP P0DTC2 VAL 987 conflict 987 9 3 8BG6 GLY E 1194 ? UNP P0DTC2 ? ? 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B N N 2 ? C N N 3 ? D N N 4 ? # loop_ _struct_conf.conf_type_id _struct_conf.id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_id _struct_conf.beg_label_comp_id _struct_conf.beg_label_asym_id _struct_conf.beg_label_seq_id _struct_conf.pdbx_beg_PDB_ins_code _struct_conf.end_label_comp_id _struct_conf.end_label_asym_id _struct_conf.end_label_seq_id _struct_conf.pdbx_end_PDB_ins_code _struct_conf.beg_auth_comp_id _struct_conf.beg_auth_asym_id _struct_conf.beg_auth_seq_id _struct_conf.end_auth_comp_id _struct_conf.end_auth_asym_id _struct_conf.end_auth_seq_id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_class _struct_conf.details _struct_conf.pdbx_PDB_helix_length HELX_P HELX_P1 AA1 ARG A 86 ? THR A 90 ? ARG A 86 THR A 90 5 ? 5 HELX_P HELX_P2 AA2 PRO C 322 ? PHE C 327 ? PRO E 337 PHE E 342 1 ? 6 HELX_P HELX_P3 AA3 SER C 334 ? TRP C 338 ? SER E 349 TRP E 353 5 ? 5 HELX_P HELX_P4 AA4 PRO C 369 ? ASN C 373 ? PRO E 384 ASN E 388 5 ? 5 HELX_P HELX_P5 AA5 GLY C 389 ? ILE C 395 ? GLY E 404 ILE E 410 5 ? 7 HELX_P HELX_P6 AA6 GLY C 487 ? GLN C 491 ? GLY E 502 GLN E 506 5 ? 5 # _struct_conf_type.id HELX_P _struct_conf_type.criteria ? _struct_conf_type.reference ? # loop_ _struct_conn.id _struct_conn.conn_type_id _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag _struct_conn.pdbx_PDB_id _struct_conn.ptnr1_label_asym_id _struct_conn.ptnr1_label_comp_id _struct_conn.ptnr1_label_seq_id _struct_conn.ptnr1_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id _struct_conn.ptnr1_symmetry _struct_conn.ptnr2_label_asym_id _struct_conn.ptnr2_label_comp_id _struct_conn.ptnr2_label_seq_id _struct_conn.ptnr2_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_symmetry _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code _struct_conn.details _struct_conn.pdbx_dist_value _struct_conn.pdbx_value_order _struct_conn.pdbx_role disulf1 disulf ? ? A CYS 22 SG ? ? ? 1_555 A CYS 95 SG ? ? A CYS 22 A CYS 95 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.035 ? ? disulf2 disulf ? ? B CYS 23 SG ? ? ? 1_555 B CYS 88 SG ? ? B CYS 23 B CYS 88 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.943 ? ? disulf3 disulf ? ? C CYS 321 SG ? ? ? 1_555 C CYS 346 SG ? ? E CYS 336 E CYS 361 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.026 ? ? disulf4 disulf ? ? C CYS 465 SG ? ? ? 1_555 C CYS 473 SG ? ? E CYS 480 E CYS 488 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.031 ? ? covale1 covale one ? C ASN 328 ND2 ? ? ? 1_555 D NAG . C1 ? ? E ASN 343 E NAG 2000 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.392 ? N-Glycosylation # loop_ _struct_conn_type.id _struct_conn_type.criteria _struct_conn_type.reference disulf ? ? covale ? ? # _struct_mon_prot_cis.pdbx_id 1 _struct_mon_prot_cis.label_comp_id PRO _struct_mon_prot_cis.label_seq_id 94 _struct_mon_prot_cis.label_asym_id B _struct_mon_prot_cis.label_alt_id . _struct_mon_prot_cis.pdbx_PDB_ins_code ? _struct_mon_prot_cis.auth_comp_id PRO _struct_mon_prot_cis.auth_seq_id 94 _struct_mon_prot_cis.auth_asym_id B _struct_mon_prot_cis.pdbx_label_comp_id_2 PRO _struct_mon_prot_cis.pdbx_label_seq_id_2 95 _struct_mon_prot_cis.pdbx_label_asym_id_2 B _struct_mon_prot_cis.pdbx_PDB_ins_code_2 ? _struct_mon_prot_cis.pdbx_auth_comp_id_2 PRO _struct_mon_prot_cis.pdbx_auth_seq_id_2 95 _struct_mon_prot_cis.pdbx_auth_asym_id_2 B _struct_mon_prot_cis.pdbx_PDB_model_num 1 _struct_mon_prot_cis.pdbx_omega_angle 0.45 # loop_ _struct_sheet.id _struct_sheet.type _struct_sheet.number_strands _struct_sheet.details AA1 ? 4 ? AA2 ? 6 ? AA3 ? 6 ? AA4 ? 3 ? AA5 ? 5 ? AA6 ? 2 ? AA7 ? 2 ? # loop_ _struct_sheet_order.sheet_id _struct_sheet_order.range_id_1 _struct_sheet_order.range_id_2 _struct_sheet_order.offset _struct_sheet_order.sense AA1 1 2 ? anti-parallel AA1 2 3 ? anti-parallel AA1 3 4 ? anti-parallel AA2 1 2 ? parallel AA2 2 3 ? anti-parallel AA2 3 4 ? anti-parallel AA2 4 5 ? anti-parallel AA2 5 6 ? anti-parallel AA3 1 2 ? parallel AA3 2 3 ? anti-parallel AA3 3 4 ? anti-parallel AA3 4 5 ? anti-parallel AA3 5 6 ? anti-parallel AA4 1 2 ? anti-parallel AA4 2 3 ? anti-parallel AA5 1 2 ? anti-parallel AA5 2 3 ? anti-parallel AA5 3 4 ? anti-parallel AA5 4 5 ? anti-parallel AA6 1 2 ? anti-parallel AA7 1 2 ? anti-parallel # loop_ _struct_sheet_range.sheet_id _struct_sheet_range.id _struct_sheet_range.beg_label_comp_id _struct_sheet_range.beg_label_asym_id _struct_sheet_range.beg_label_seq_id _struct_sheet_range.pdbx_beg_PDB_ins_code _struct_sheet_range.end_label_comp_id _struct_sheet_range.end_label_asym_id _struct_sheet_range.end_label_seq_id _struct_sheet_range.pdbx_end_PDB_ins_code _struct_sheet_range.beg_auth_comp_id _struct_sheet_range.beg_auth_asym_id _struct_sheet_range.beg_auth_seq_id _struct_sheet_range.end_auth_comp_id _struct_sheet_range.end_auth_asym_id _struct_sheet_range.end_auth_seq_id AA1 1 LEU A 4 ? SER A 7 ? LEU A 4 SER A 7 AA1 2 LEU A 18 ? ALA A 24 ? LEU A 18 ALA A 24 AA1 3 THR A 77 ? MET A 82 ? THR A 77 MET A 82 AA1 4 PHE A 67 ? ASP A 72 ? PHE A 67 ASP A 72 AA2 1 GLY A 10 ? LEU A 11 ? GLY A 10 LEU A 11 AA2 2 THR A 108 ? THR A 111 ? THR A 108 THR A 111 AA2 3 ALA A 91 ? ARG A 97 ? ALA A 91 ARG A 97 AA2 4 MET A 34 ? GLN A 39 ? MET A 34 GLN A 39 AA2 5 LEU A 45 ? ILE A 51 ? LEU A 45 ILE A 51 AA2 6 THR A 57 ? TYR A 59 ? THR A 57 TYR A 59 AA3 1 SER B 10 ? ALA B 13 ? SER B 10 ALA B 13 AA3 2 THR B 102 ? ILE B 106 ? THR B 102 ILE B 106 AA3 3 THR B 85 ? GLN B 89 ? THR B 85 GLN B 89 AA3 4 ASN B 34 ? GLN B 38 ? ASN B 34 GLN B 38 AA3 5 LYS B 45 ? TYR B 49 ? LYS B 45 TYR B 49 AA3 6 HIS B 53 ? LEU B 54 ? HIS B 53 LEU B 54 AA4 1 VAL B 19 ? GLN B 24 ? VAL B 19 GLN B 24 AA4 2 ASN B 70 ? ILE B 75 ? ASN B 70 ILE B 75 AA4 3 PHE B 62 ? SER B 67 ? PHE B 62 SER B 67 AA5 1 ARG C 340 ? ILE C 343 ? ARG E 355 ILE E 358 AA5 2 VAL C 380 ? ILE C 387 ? VAL E 395 ILE E 402 AA5 3 TYR C 493 ? PHE C 500 ? 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CYS E 488 TYR E 489 # loop_ _pdbx_struct_sheet_hbond.sheet_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_id_1 _pdbx_struct_sheet_hbond.range_id_2 _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_label_atom_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_label_comp_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_label_asym_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_label_seq_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_PDB_ins_code _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_auth_atom_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_auth_comp_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_auth_asym_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_auth_seq_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_label_atom_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_label_comp_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_label_asym_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_label_seq_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_PDB_ins_code _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_auth_atom_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_auth_comp_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_auth_asym_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_auth_seq_id AA1 1 2 N VAL A 5 ? N VAL A 5 O ALA A 23 ? O ALA A 23 AA1 2 3 N CYS A 22 ? N CYS A 22 O LEU A 78 ? O LEU A 78 AA1 3 4 O GLN A 81 ? O GLN A 81 N ALA A 68 ? N ALA A 68 AA2 1 2 N GLY A 10 ? N GLY A 10 O THR A 111 ? O THR A 111 AA2 2 3 O VAL A 110 ? O VAL A 110 N ALA A 91 ? N ALA A 91 AA2 3 4 O VAL A 92 ? O VAL A 92 N GLN A 39 ? N GLN A 39 AA2 4 5 N TRP A 36 ? N TRP A 36 O SER A 49 ? O SER A 49 AA2 5 6 N VAL A 50 ? N VAL A 50 O TYR A 58 ? O TYR A 58 AA3 1 2 N LEU B 11 ? N LEU B 11 O GLU B 105 ? O GLU B 105 AA3 2 3 O THR B 102 ? O THR B 102 N TYR B 86 ? N TYR B 86 AA3 3 4 O GLN B 89 ? O GLN B 89 N ASN B 34 ? N ASN B 34 AA3 4 5 N TRP B 35 ? N TRP B 35 O ILE B 48 ? O ILE B 48 AA3 5 6 N TYR B 49 ? N TYR B 49 O HIS B 53 ? O HIS B 53 AA4 1 2 N CYS B 23 ? N CYS B 23 O PHE B 71 ? O PHE B 71 AA4 2 3 O THR B 72 ? O THR B 72 N SER B 65 ? N SER B 65 AA5 1 2 N ILE C 343 ? N ILE E 358 O VAL C 380 ? O VAL E 395 AA5 2 3 N TYR C 381 ? N TYR E 396 O SER C 499 ? O SER E 514 AA5 3 4 O VAL C 496 ? O VAL E 511 N ILE C 419 ? N ILE E 434 AA5 4 5 O VAL C 418 ? O VAL E 433 N LYS C 363 ? N LYS E 378 AA6 1 2 N TYR C 438 ? N TYR E 453 O GLN C 478 ? O GLN E 493 AA7 1 2 N TYR C 458 ? N TYR E 473 O TYR C 474 ? O TYR E 489 # _atom_sites.entry_id 8BG6 _atom_sites.Cartn_transf_matrix[1][1] ? _atom_sites.Cartn_transf_matrix[1][2] ? _atom_sites.Cartn_transf_matrix[1][3] ? _atom_sites.Cartn_transf_matrix[2][1] ? _atom_sites.Cartn_transf_matrix[2][2] ? _atom_sites.Cartn_transf_matrix[2][3] ? _atom_sites.Cartn_transf_matrix[3][1] ? _atom_sites.Cartn_transf_matrix[3][2] ? _atom_sites.Cartn_transf_matrix[3][3] ? _atom_sites.Cartn_transf_vector[1] ? _atom_sites.Cartn_transf_vector[2] ? _atom_sites.Cartn_transf_vector[3] ? _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] 1.000000 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][2] 0.000000 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][3] 0.000000 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][1] 0.000000 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] 1.000000 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][3] 0.000000 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][1] 0.000000 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][2] 0.000000 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3] 1.000000 _atom_sites.fract_transf_vector[1] 0.00000 _atom_sites.fract_transf_vector[2] 0.00000 _atom_sites.fract_transf_vector[3] 0.00000 _atom_sites.solution_primary ? _atom_sites.solution_secondary ? _atom_sites.solution_hydrogens ? _atom_sites.special_details ? # loop_ _atom_type.symbol C N O S # loop_ _pdbx_poly_seq_scheme.asym_id _pdbx_poly_seq_scheme.entity_id _pdbx_poly_seq_scheme.seq_id _pdbx_poly_seq_scheme.mon_id _pdbx_poly_seq_scheme.ndb_seq_num _pdbx_poly_seq_scheme.pdb_seq_num _pdbx_poly_seq_scheme.auth_seq_num _pdbx_poly_seq_scheme.pdb_mon_id _pdbx_poly_seq_scheme.auth_mon_id _pdbx_poly_seq_scheme.pdb_strand_id _pdbx_poly_seq_scheme.pdb_ins_code _pdbx_poly_seq_scheme.hetero A 1 1 GLU 1 1 ? ? ? 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HEK293ExPi 3 4 9606 'Homo sapiens' ? ? # _em_image_processing.details ? _em_image_processing.id 1 _em_image_processing.image_recording_id 1 # _em_image_recording.average_exposure_time ? _em_image_recording.avg_electron_dose_per_subtomogram ? _em_image_recording.avg_electron_dose_per_image 60 _em_image_recording.details ? _em_image_recording.detector_mode ? _em_image_recording.film_or_detector_model 'GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)' _em_image_recording.id 1 _em_image_recording.imaging_id 1 _em_image_recording.num_diffraction_images ? _em_image_recording.num_grids_imaged ? _em_image_recording.num_real_images ? # loop_ _em_software.category _em_software.details _em_software.id _em_software.image_processing_id _em_software.fitting_id _em_software.imaging_id _em_software.name _em_software.version 'PARTICLE SELECTION' ? 1 1 ? ? ? ? 'IMAGE ACQUISITION' ? 2 ? ? 1 ? ? MASKING ? 3 ? ? ? ? ? 'CTF CORRECTION' ? 4 1 ? ? ? ? 'LAYERLINE INDEXING' ? 5 ? ? ? ? ? 'DIFFRACTION INDEXING' ? 6 ? ? ? ? ? 'MODEL FITTING' ? 7 ? 1 ? ? ? OTHER ? 8 ? ? ? ? ? 'MODEL REFINEMENT' ? 9 ? 1 ? ? ? 'INITIAL EULER ASSIGNMENT' ? 10 1 ? ? ? ? 'FINAL EULER ASSIGNMENT' ? 11 1 ? ? ? ? CLASSIFICATION ? 12 1 ? ? ? ? RECONSTRUCTION ? 13 1 ? ? ? ? 'VOLUME SELECTION' ? 14 1 1 1 ? ? 'SERIES ALIGNMENT' ? 15 1 1 1 ? ? 'MOLECULAR REPLACEMENT' ? 16 1 1 1 ? ? 'LATTICE DISTORTION CORRECTION' ? 17 1 1 1 ? ? 'SYMMETRY DETERMINATION' ? 18 1 1 1 ? ? 'CRYSTALLOGRAPHY MERGING' ? 19 1 1 1 ? ? # _em_specimen.concentration 0.34 _em_specimen.details ? _em_specimen.embedding_applied NO _em_specimen.experiment_id 1 _em_specimen.id 1 _em_specimen.shadowing_applied NO _em_specimen.staining_applied NO _em_specimen.vitrification_applied YES # loop_ _pdbx_audit_support.funding_organization _pdbx_audit_support.country _pdbx_audit_support.grant_number _pdbx_audit_support.ordinal 'Other government' Germany '14-76103-184 CORONA-12/20' 1 'Other government' Germany '14-76103-184 CORONA-15/20' 2 'German Federal Ministry for Education and Research' Germany 'COVIM (FKZ: 01KX2021)' 3 'German Federal Ministry for Education and Research' Germany 'RAPID (FKZ: 01KI1723G)' 4 'German Research Foundation (DFG)' Germany 'EXC 2155' 5 'German Research Foundation (DFG)' Germany '2485 VIPER (398066876/GRK 2485/1)' 6 # loop_ _pdbx_chem_comp_identifier.comp_id _pdbx_chem_comp_identifier.type _pdbx_chem_comp_identifier.program _pdbx_chem_comp_identifier.program_version _pdbx_chem_comp_identifier.identifier NAG 'CONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL' GMML 1.0 DGlcpNAcb NAG 'COMMON NAME' GMML 1.0 N-acetyl-b-D-glucopyranosamine NAG 'IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL' PDB-CARE 1.0 b-D-GlcpNAc NAG 'SNFG CARBOHYDRATE SYMBOL' GMML 1.0 GlcNAc # _pdbx_entity_nonpoly.entity_id 4 _pdbx_entity_nonpoly.name 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose _pdbx_entity_nonpoly.comp_id NAG # _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.id 1 _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.experimental_support none _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.details ? #