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EMD-16028 'other EM volume' EMDB ;Cryo-EM structure of SARS-CoV-2 spike (Omicron BA.1 variant) in complex with nanobody W25 (map 5, focus refinement on RBD, W25 and adjacent NTD) ; EMD-16030 'associated EM volume' # _pdbx_contact_author.id 2 _pdbx_contact_author.email david.schwefel@charite.de _pdbx_contact_author.name_first David _pdbx_contact_author.name_last Schwefel _pdbx_contact_author.name_mi ? _pdbx_contact_author.role 'principal investigator/group leader' _pdbx_contact_author.identifier_ORCID 0000-0002-2945-0908 # loop_ _audit_author.name _audit_author.pdbx_ordinal _audit_author.identifier_ORCID 'Modhiran, N.' 1 0000-0003-3205-4970 'Lauer, S.' 2 0000-0003-3518-5116 'Spahn, C.M.T.' 3 0000-0002-2939-9487 'Watterson, D.' 4 0000-0001-5957-2853 'Schwefel, D.' 5 0000-0002-2945-0908 # _citation.abstract ? _citation.abstract_id_CAS ? _citation.book_id_ISBN ? _citation.book_publisher ? _citation.book_publisher_city ? _citation.book_title ? _citation.coordinate_linkage ? 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UNP P0DTC2 ? ? insertion 211 9 1 8BGG VAL B 207 ? UNP P0DTC2 ? ? insertion 212 10 1 8BGG ARG B 208 ? UNP P0DTC2 ASN 211 conflict 213 11 1 8BGG GLU B 209 ? UNP P0DTC2 LEU 212 conflict 214 12 1 8BGG PRO B 210 ? UNP P0DTC2 VAL 213 conflict 215 13 1 8BGG GLU B 211 ? UNP P0DTC2 ARG 214 conflict 216 14 1 8BGG ASP B 336 ? UNP P0DTC2 GLY 339 conflict 339 15 1 8BGG LEU B 368 ? UNP P0DTC2 SER 371 conflict 371 16 1 8BGG PRO B 370 ? UNP P0DTC2 SER 373 conflict 373 17 1 8BGG PHE B 372 ? UNP P0DTC2 SER 375 conflict 375 18 1 8BGG ASN B 414 ? UNP P0DTC2 LYS 417 conflict 417 19 1 8BGG LYS B 437 ? UNP P0DTC2 ASN 440 conflict 440 20 1 8BGG SER B 443 ? UNP P0DTC2 GLY 446 conflict 446 21 1 8BGG ASN B 474 ? UNP P0DTC2 SER 477 conflict 477 22 1 8BGG LYS B 475 ? UNP P0DTC2 THR 478 conflict 478 23 1 8BGG ALA B 481 ? UNP P0DTC2 GLU 484 conflict 484 24 1 8BGG LYS B 490 ? UNP P0DTC2 GLN 493 conflict 493 25 1 8BGG SER B 493 ? UNP P0DTC2 GLY 496 conflict 496 26 1 8BGG ARG B 495 ? UNP P0DTC2 GLN 498 conflict 498 27 1 8BGG TYR B 498 ? UNP P0DTC2 ASN 501 conflict 501 28 1 8BGG HIS B 502 ? UNP P0DTC2 TYR 505 conflict 505 29 1 8BGG LYS B 544 ? UNP P0DTC2 THR 547 conflict 547 30 1 8BGG GLY B 611 ? UNP P0DTC2 ASP 614 conflict 614 31 1 8BGG TYR B 652 ? UNP P0DTC2 HIS 655 conflict 655 32 1 8BGG LYS B 676 ? UNP P0DTC2 ASN 679 conflict 679 33 1 8BGG HIS B 678 ? UNP P0DTC2 PRO 681 conflict 681 34 1 8BGG GLY B 679 ? UNP P0DTC2 ARG 682 conflict 682 35 1 8BGG SER B 680 ? UNP P0DTC2 ARG 683 conflict 683 36 1 8BGG SER B 682 ? UNP P0DTC2 ARG 685 conflict 685 37 1 8BGG LYS B 761 ? UNP P0DTC2 ASN 764 conflict 764 38 1 8BGG TYR B 793 ? UNP P0DTC2 ASP 796 conflict 796 39 1 8BGG PRO B 814 ? UNP P0DTC2 PHE 817 conflict 817 40 1 8BGG LYS B 853 ? UNP P0DTC2 ASN 856 conflict 856 41 1 8BGG PRO B 889 ? UNP P0DTC2 ALA 892 conflict 892 42 1 8BGG PRO B 896 ? UNP P0DTC2 ALA 899 conflict 899 43 1 8BGG PRO B 939 ? UNP P0DTC2 ALA 942 conflict 942 44 1 8BGG HIS B 951 ? UNP P0DTC2 GLN 954 conflict 954 45 1 8BGG LYS B 966 ? UNP P0DTC2 ASN 969 conflict 969 46 1 8BGG PHE B 978 ? UNP P0DTC2 LEU 981 conflict 981 47 1 8BGG PRO B 983 ? UNP P0DTC2 LYS 986 conflict 986 48 1 8BGG PRO B 984 ? UNP P0DTC2 VAL 987 conflict 987 49 1 8BGG GLN B 1205 ? UNP P0DTC2 ? ? 'expression tag' 1208 50 2 8BGG VAL C 67 ? UNP P0DTC2 ALA 67 conflict 70 51 2 8BGG ? C ? ? UNP P0DTC2 HIS 69 deletion ? 52 2 8BGG ? C ? ? UNP P0DTC2 VAL 70 deletion ? 53 2 8BGG ILE C 93 ? UNP P0DTC2 THR 95 conflict 96 54 2 8BGG ? C ? ? UNP P0DTC2 GLY 142 deletion ? 55 2 8BGG ? C ? ? UNP P0DTC2 VAL 143 deletion ? 56 2 8BGG ? C ? ? UNP P0DTC2 TYR 144 deletion ? 57 2 8BGG ASP C 140 ? UNP P0DTC2 TYR 145 conflict 143 58 2 8BGG ILE C 206 ? UNP P0DTC2 ? ? insertion 209 59 2 8BGG VAL C 207 ? UNP P0DTC2 ? ? insertion 210 60 2 8BGG ARG C 208 ? UNP P0DTC2 ASN 211 conflict 211 61 2 8BGG GLU C 209 ? UNP P0DTC2 LEU 212 conflict 212 62 2 8BGG PRO C 210 ? UNP P0DTC2 VAL 213 conflict 213 63 2 8BGG GLU C 211 ? UNP P0DTC2 ARG 214 conflict 214 64 2 8BGG ASP C 336 ? UNP P0DTC2 GLY 339 conflict 339 65 2 8BGG LEU C 368 ? UNP P0DTC2 SER 371 conflict 371 66 2 8BGG PRO C 370 ? UNP P0DTC2 SER 373 conflict 373 67 2 8BGG PHE C 372 ? UNP P0DTC2 SER 375 conflict 375 68 2 8BGG ASN C 414 ? UNP P0DTC2 LYS 417 conflict 417 69 2 8BGG LYS C 437 ? UNP P0DTC2 ASN 440 conflict 440 70 2 8BGG SER C 443 ? UNP P0DTC2 GLY 446 conflict 446 71 2 8BGG ASN C 474 ? UNP P0DTC2 SER 477 conflict 477 72 2 8BGG LYS C 475 ? UNP P0DTC2 THR 478 conflict 478 73 2 8BGG ALA C 481 ? UNP P0DTC2 GLU 484 conflict 484 74 2 8BGG LYS C 490 ? UNP P0DTC2 GLN 493 conflict 493 75 2 8BGG SER C 493 ? UNP P0DTC2 GLY 496 conflict 496 76 2 8BGG ARG C 495 ? UNP P0DTC2 GLN 498 conflict 498 77 2 8BGG TYR C 498 ? UNP P0DTC2 ASN 501 conflict 501 78 2 8BGG HIS C 502 ? UNP P0DTC2 TYR 505 conflict 505 79 2 8BGG LYS C 544 ? UNP P0DTC2 THR 547 conflict 547 80 2 8BGG GLY C 611 ? UNP P0DTC2 ASP 614 conflict 614 81 2 8BGG TYR C 652 ? UNP P0DTC2 HIS 655 conflict 655 82 2 8BGG LYS C 676 ? UNP P0DTC2 ASN 679 conflict 679 83 2 8BGG HIS C 678 ? UNP P0DTC2 PRO 681 conflict 681 84 2 8BGG GLY C 679 ? UNP P0DTC2 ARG 682 conflict 682 85 2 8BGG SER C 680 ? UNP P0DTC2 ARG 683 conflict 683 86 2 8BGG SER C 682 ? UNP P0DTC2 ARG 685 conflict 685 87 2 8BGG LYS C 761 ? UNP P0DTC2 ASN 764 conflict 764 88 2 8BGG TYR C 793 ? UNP P0DTC2 ASP 796 conflict 796 89 2 8BGG PRO C 814 ? UNP P0DTC2 PHE 817 conflict 817 90 2 8BGG LYS C 853 ? UNP P0DTC2 ASN 856 conflict 856 91 2 8BGG PRO C 889 ? UNP P0DTC2 ALA 892 conflict 892 92 2 8BGG PRO C 896 ? UNP P0DTC2 ALA 899 conflict 899 93 2 8BGG PRO C 939 ? UNP P0DTC2 ALA 942 conflict 942 94 2 8BGG HIS C 951 ? UNP P0DTC2 GLN 954 conflict 954 95 2 8BGG LYS C 966 ? UNP P0DTC2 ASN 969 conflict 969 96 2 8BGG PHE C 978 ? UNP P0DTC2 LEU 981 conflict 981 97 2 8BGG PRO C 983 ? UNP P0DTC2 LYS 986 conflict 986 98 2 8BGG PRO C 984 ? UNP P0DTC2 VAL 987 conflict 987 99 2 8BGG GLN C 1205 ? UNP P0DTC2 ? ? 'expression tag' 1208 100 # _pdbx_struct_assembly.id 1 _pdbx_struct_assembly.details author_and_software_defined_assembly _pdbx_struct_assembly.method_details PISA _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details trimeric _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count 3 # loop_ _pdbx_struct_assembly_prop.biol_id _pdbx_struct_assembly_prop.type _pdbx_struct_assembly_prop.value _pdbx_struct_assembly_prop.details 1 'ABSA (A^2)' 4150 ? 1 MORE 26 ? 1 'SSA (A^2)' 31210 ? # _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression 1 _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list A,B,C,D,E,F,G,H,I,J # _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.id 1 _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.experimental_support 'electron microscopy' _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.details ? # _pdbx_struct_oper_list.id 1 _pdbx_struct_oper_list.type 'identity operation' _pdbx_struct_oper_list.name 1_555 _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation ? _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] 1.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.vector[1] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] 1.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.vector[2] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] 1.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 0.0000000000 # loop_ _struct_conf.conf_type_id _struct_conf.id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_id _struct_conf.beg_label_comp_id _struct_conf.beg_label_asym_id _struct_conf.beg_label_seq_id _struct_conf.pdbx_beg_PDB_ins_code _struct_conf.end_label_comp_id _struct_conf.end_label_asym_id _struct_conf.end_label_seq_id _struct_conf.pdbx_end_PDB_ins_code _struct_conf.beg_auth_comp_id _struct_conf.beg_auth_asym_id _struct_conf.beg_auth_seq_id _struct_conf.end_auth_comp_id _struct_conf.end_auth_asym_id _struct_conf.end_auth_seq_id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_class _struct_conf.details _struct_conf.pdbx_PDB_helix_length HELX_P HELX_P1 AA1 PHE B 335 ? 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A CYS 15 SG ? ? ? 1_555 A CYS 134 SG ? ? B CYS 15 B CYS 136 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.028 ? ? disulf2 disulf ? ? A CYS 129 SG ? ? ? 1_555 A CYS 161 SG ? ? B CYS 131 B CYS 166 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.031 ? ? disulf3 disulf ? ? B CYS 333 SG ? ? ? 1_555 B CYS 358 SG ? ? C CYS 336 C CYS 361 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.031 ? ? disulf4 disulf ? ? B CYS 376 SG ? ? ? 1_555 B CYS 429 SG ? ? C CYS 379 C CYS 432 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.031 ? ? disulf5 disulf ? ? B CYS 388 SG ? ? ? 1_555 B CYS 522 SG ? ? C CYS 391 C CYS 525 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.037 ? ? disulf6 disulf ? ? B CYS 477 SG ? ? ? 1_555 B CYS 485 SG ? ? C CYS 480 C CYS 488 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.029 ? ? disulf7 disulf ? ? C CYS 44 SG ? ? ? 1_555 C CYS 117 SG ? ? Y CYS 24 Y CYS 97 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.028 ? ? covale1 covale one ? A ASN 17 ND2 ? ? ? 1_555 F NAG . C1 ? ? B ASN 17 B NAG 1301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.442 ? N-Glycosylation covale2 covale one ? A ASN 61 ND2 ? ? ? 1_555 G NAG . C1 ? ? B ASN 61 B NAG 1302 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.448 ? N-Glycosylation covale3 covale one ? A ASN 120 ND2 ? ? ? 1_555 D NAG . C1 ? ? B ASN 122 A NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.444 ? N-Glycosylation covale4 covale one ? A ASN 160 ND2 ? ? ? 1_555 H NAG . C1 ? ? B ASN 165 B NAG 1303 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.441 ? N-Glycosylation covale5 covale one ? A ASN 231 ND2 ? ? ? 1_555 I NAG . C1 ? ? B ASN 236 B NAG 1304 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.437 ? N-Glycosylation covale6 covale one ? A ASN 279 ND2 ? ? ? 1_555 E NAG . C1 ? ? B ASN 282 D NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.438 ? N-Glycosylation covale7 covale one ? B ASN 340 ND2 ? ? ? 1_555 J NAG . C1 ? ? C ASN 343 C NAG 1301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.442 ? N-Glycosylation covale8 covale both ? D NAG . O4 ? ? ? 1_555 D NAG . C1 ? ? A NAG 1 A NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.443 ? ? covale9 covale both ? D NAG . O4 ? ? ? 1_555 D BMA . C1 ? ? A NAG 2 A BMA 3 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.452 ? ? covale10 covale both ? D BMA . O3 ? ? ? 1_555 D MAN . C1 ? ? A BMA 3 A MAN 4 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.450 ? ? covale11 covale both ? D BMA . 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D NAG 2 D BMA 3 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.441 ? ? # loop_ _struct_conn_type.id _struct_conn_type.criteria _struct_conn_type.reference disulf ? ? covale ? ? # loop_ _pdbx_modification_feature.ordinal _pdbx_modification_feature.label_comp_id _pdbx_modification_feature.label_asym_id _pdbx_modification_feature.label_seq_id _pdbx_modification_feature.label_alt_id _pdbx_modification_feature.modified_residue_label_comp_id _pdbx_modification_feature.modified_residue_label_asym_id _pdbx_modification_feature.modified_residue_label_seq_id _pdbx_modification_feature.modified_residue_label_alt_id _pdbx_modification_feature.auth_comp_id _pdbx_modification_feature.auth_asym_id _pdbx_modification_feature.auth_seq_id _pdbx_modification_feature.PDB_ins_code _pdbx_modification_feature.symmetry _pdbx_modification_feature.modified_residue_auth_comp_id _pdbx_modification_feature.modified_residue_auth_asym_id _pdbx_modification_feature.modified_residue_auth_seq_id _pdbx_modification_feature.modified_residue_PDB_ins_code _pdbx_modification_feature.modified_residue_symmetry _pdbx_modification_feature.comp_id_linking_atom _pdbx_modification_feature.modified_residue_id_linking_atom _pdbx_modification_feature.modified_residue_id _pdbx_modification_feature.ref_pcm_id _pdbx_modification_feature.ref_comp_id _pdbx_modification_feature.type _pdbx_modification_feature.category 1 NAG D . ? 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