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EMD-16062 'other EM volume' PDB . 8BHN unspecified EMDB ;Elongating E. coli 70S ribosome containing acylated tRNA(iMet) in the P-site and m6AAA mRNA codon in the A-site after uncompleted di-peptide formation ; EMD-16065 'associated EM volume' # _pdbx_database_status.status_code REL _pdbx_database_status.status_code_sf ? _pdbx_database_status.status_code_mr ? _pdbx_database_status.entry_id 8BHP _pdbx_database_status.recvd_initial_deposition_date 2022-10-31 _pdbx_database_status.SG_entry N _pdbx_database_status.deposit_site PDBE _pdbx_database_status.process_site PDBE _pdbx_database_status.status_code_cs ? _pdbx_database_status.status_code_nmr_data ? _pdbx_database_status.methods_development_category ? _pdbx_database_status.pdb_format_compatible N # loop_ _audit_author.name _audit_author.pdbx_ordinal _audit_author.identifier_ORCID 'Koziej, L.' 1 0000-0003-3885-3845 'Glatt, S.' 2 0000-0003-2815-7133 # _citation.abstract ? _citation.abstract_id_CAS ? _citation.book_id_ISBN ? 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'Large ribosomal subunit protein bL34' 28 'Large ribosomal subunit protein bL35,Ribosomal protein A' 29 'Large ribosomal subunit protein bL36-A,Ribosomal protein B' 30 'Small ribosomal subunit protein uS2' 31 'Small ribosomal subunit protein uS3' 32 'Small ribosomal subunit protein uS4' 33 'Small ribosomal subunit protein uS5' 34 'Small ribosomal subunit protein bS6' 35 'Small ribosomal subunit protein uS7' 36 'Small ribosomal subunit protein uS8' 37 'Small ribosomal subunit protein uS9' 38 'Small ribosomal subunit protein uS10,Transcription termination/antitermination protein NusE' 39 'Small ribosomal subunit protein uS11' 40 'Small ribosomal subunit protein uS12' 41 'Small ribosomal subunit protein uS13' 42 'Small ribosomal subunit protein uS14' 43 'Small ribosomal subunit protein uS15' 44 'Small ribosomal subunit protein bS16' 45 'Small ribosomal subunit protein uS17' 46 'Small ribosomal subunit protein bS18' 47 'Small ribosomal subunit protein uS19' 48 'Small ribosomal subunit 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;MKTFTAKPETVKRDWYVVDATGKTLGRLATELARRLRGKHKAEYTPHVDTGDYIIVLNADKVAVTGNKRTDKVYYHHTGH IGGIKQATFEEMIARRPERVIEIAVKGMLPKGPLGRAMFRKLKVYAGNEHNHAAQQPQVLDI ; ;MKTFTAKPETVKRDWYVVDATGKTLGRLATELARRLRGKHKAEYTPHVDTGDYIIVLNADKVAVTGNKRTDKVYYHHTGH IGGIKQATFEEMIARRPERVIEIAVKGMLPKGPLGRAMFRKLKVYAGNEHNHAAQQPQVLDI ; G ? 8 'polypeptide(L)' no no ;MIQEQTMLNVADNSGARRVMCIKVLGGSHRRYAGVGDIIKITIKEAIPRGKVKKGDVLKAVVVRTKKGVRRPDGSVIRFD GNACVLLNNNSEQPIGTRIFGPVTRELRSEKFMKIISLAPEVL ; ;MIQEQTMLNVADNSGARRVMCIKVLGGSHRRYAGVGDIIKITIKEAIPRGKVKKGDVLKAVVVRTKKGVRRPDGSVIRFD GNACVLLNNNSEQPIGTRIFGPVTRELRSEKFMKIISLAPEVL ; H ? 9 'polypeptide(L)' no no ;MRLNTLSPAEGSKKAGKRLGRGIGSGLGKTGGRGHKGQKSRSGGGVRRGFEGGQMPLYRRLPKFGFTSRKAAITAEIRLS DLAKVEGGVVDLNTLKAANIIGIQIEFAKVILAGEVTTPVTVRGLRVTKGARAAIEAAGGKIEE ; ;MRLNTLSPAEGSKKAGKRLGRGIGSGLGKTGGRGHKGQKSRSGGGVRRGFEGGQMPLYRRLPKFGFTSRKAAITAEIRLS DLAKVEGGVVDLNTLKAANIIGIQIEFAKVILAGEVTTPVTVRGLRVTKGARAAIEAAGGKIEE ; I ? 10 'polypeptide(L)' no no 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;MSNIIKQLEQEQMKQDVPSFRPGDTVEVKVWVVEGSKKRLQAFEGVVIAIRNRGLHSAFTVRKISNGEGVERVFQTHSPV VDSISVKRRGAVRKAKLYYLRERTGKAARIKERLN ; M ? 14 'polypeptide(L)' no no ;MARVKRGVIARARHKKILKQAKGYYGARSRVYRVAFQAVIKAGQYAYRDRRQRKRQFRQLWIARINAAARQNGISYSKFI NGLKKASVEIDRKILADIAVFDKVAFTALVEKAKAALA ; ;MARVKRGVIARARHKKILKQAKGYYGARSRVYRVAFQAVIKAGQYAYRDRRQRKRQFRQLWIARINAAARQNGISYSKFI NGLKKASVEIDRKILADIAVFDKVAFTALVEKAKAALA ; N ? 15 'polypeptide(L)' no no ;MYAVFQSGGKQHRVSEGQTVRLEKLDIATGETVEFAEVLMIANGEEVKIGVPFVDGGVIKAEVVAHGRGEKVKIVKFRRR KHYRKQQGHRQWFTDVKITGISA ; ;MYAVFQSGGKQHRVSEGQTVRLEKLDIATGETVEFAEVLMIANGEEVKIGVPFVDGGVIKAEVVAHGRGEKVKIVKFRRR KHYRKQQGHRQWFTDVKITGISA ; O ? 16 'polypeptide(L)' no no ;METIAKHRHARSSAQKVRLVADLIRGKKVSQALDILTYTNKKAAVLVKKVLESAIANAEHNDGADIDDLKVTKIFVDEGP SMKRIMPRAKGRADRILKRTSHITVVVSDR ; ;METIAKHRHARSSAQKVRLVADLIRGKKVSQALDILTYTNKKAAVLVKKVLESAIANAEHNDGADIDDLKVTKIFVDEGP SMKRIMPRAKGRADRILKRTSHITVVVSDR ; P ? 17 'polypeptide(L)' no no 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23 MAKTIKITQTRSAIGRLPKHKATLLGLGLRRIGHTVEREDTPAIRGMINAVSFMVKVEE 1 24 UNP RL31_ECOLI P0A7M9 ? 24 MKKDIHPKYEEITASCSCGNVMKIRSTVGHDLNLDVCSKCHPFFTGKQRDVATGGRVDRFNKRFNIPGSK 1 25 UNP RL32_ECOLI P0A7N4 ? 25 MAVQQNKPTRSKRGMRRSHDALTAVTSLSVDKTSGEKHLRHHITADGYYRGRKVIAK 1 26 UNP RL33_ECOLI P0A7N9 ? 26 MAKGIREKIKLVSSAGTGHFYTTTKNKRTKPEKLELKKFDPVVRQHVIYKEAKIK 1 27 UNP RL34_ECOLI P0A7P5 ? 27 MKRTFQPSVLKRNRSHGFRARMATKNGRQVLARRRAKGRARLTVSK 1 28 UNP RL35_ECOLI P0A7Q1 ? 28 MPKIKTVRGAAKRFKKTGKGGFKHKHANLRHILTKKATKRKRHLRPKAMVSKGDLGLVIACLPYA 1 29 UNP RL36_ECOLI P0A7Q6 ? 29 MKVRASVKKLCRNCKIVKRDGVIRVICSAEPKHKQRQG 1 30 UNP RS2_ECOLI P0A7V0 ? 30 ;MATVSMRDMLKAGVHFGHQTRYWNPKMKPFIFGARNKVHIINLEKTVPMFNEALAELNKIASRKGKILFVGTKRAASEAV KDAALSCDQFFVNHRWLGGMLTNWKTVRQSIKRLKDLETQSQDGTFDKLTKKEALMRTRELEKLENSLGGIKDMGGLPDA LFVIDADHEHIAIKEANNLGIPVFAIVDTNSDPDGVDFVIPGNDDAIRAVTLYLGAVAATVREGRSQDLASQAEESFVEA E ; 1 31 UNP RS3_ECOLI P0A7V3 ? 31 ;MGQKVHPNGIRLGIVKPWNSTWFANTKEFADNLDSDFKVRQYLTKELAKASVSRIVIERPAKSIRVTIHTARPGIVIGKK GEDVEKLRKVVADIAGVPAQINIAEVRKPELDAKLVADSITSQLERRVMFRRAMKRAVQNAMRLGAKGIKVEVSGRLGGA EIARTEWYREGRVPLHTLRADIDYNTSEAHTTYGVIGVKVWIFKGEILGGMAAVEQPEKPAAQPKKQQRKGRK ; 1 32 UNP RS4_ECOLI P0A7V8 ? 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P0AG63 1 ? 84 ? 1 84 46 46 8BHP v 1 ? 75 ? P0A7T7 1 ? 75 ? 1 75 47 47 8BHP w 1 ? 92 ? P0A7U3 1 ? 92 ? 1 92 48 48 8BHP x 1 ? 87 ? P0A7U7 1 ? 87 ? 1 87 49 49 8BHP y 1 ? 71 ? P68679 1 ? 71 ? 1 71 50 50 8BHP 0 1 ? 2904 ? 1063812051 4109187 ? 4112090 ? 1 2904 51 51 8BHP 1 1 ? 120 ? 1845258627 230077 ? 230196 ? 1 120 52 52 8BHP 2 1 ? 1542 ? 1789840096 1587033 ? 1585492 ? 1 1542 53 53 8BHP 3 1 ? 30 ? 8BHP 0 ? 29 ? 0 29 54 54 8BHP 4 1 ? 77 ? 1848851804 1109974 ? 1110050 ? 0 76 # loop_ _chem_comp.id _chem_comp.type _chem_comp.mon_nstd_flag _chem_comp.name _chem_comp.pdbx_synonyms _chem_comp.formula _chem_comp.formula_weight 6MZ 'RNA linking' n "N6-METHYLADENOSINE-5'-MONOPHOSPHATE" ? 'C11 H16 N5 O7 P' 361.248 A 'RNA linking' y "ADENOSINE-5'-MONOPHOSPHATE" ? 'C10 H14 N5 O7 P' 347.221 ALA 'L-peptide linking' y ALANINE ? 'C3 H7 N O2' 89.093 ARG 'L-peptide linking' y ARGININE ? 'C6 H15 N4 O2 1' 175.209 ASN 'L-peptide linking' y ASPARAGINE ? 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XA U 3 N3 ? ? ? 1_555 XA A 2900 N1 ? ? 0 U 3 0 A 2900 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog8 hydrog ? ? XA U 3 O4 ? ? ? 1_555 XA A 2900 N6 ? ? 0 U 3 0 A 2900 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog9 hydrog ? ? XA U 4 N3 ? ? ? 1_555 XA A 2899 N1 ? ? 0 U 4 0 A 2899 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog10 hydrog ? ? XA U 4 O4 ? ? ? 1_555 XA A 2899 N6 ? ? 0 U 4 0 A 2899 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog11 hydrog ? ? XA A 5 N1 ? ? ? 1_555 XA U 2898 N3 ? ? 0 A 5 0 U 2898 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog12 hydrog ? ? XA A 5 N6 ? ? ? 1_555 XA U 2898 O4 ? ? 0 A 5 0 U 2898 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog13 hydrog ? ? XA A 6 N1 ? ? ? 1_555 XA U 2897 N3 ? ? 0 A 6 0 U 2897 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog14 hydrog ? ? XA A 6 N6 ? ? ? 1_555 XA U 2897 O4 ? ? 0 A 6 0 U 2897 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog15 hydrog ? ? XA G 7 N1 ? ? ? 1_555 XA C 2896 N3 ? ? 0 G 7 0 C 2896 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog16 hydrog ? ? XA G 7 N2 ? ? ? 1_555 XA C 2896 O2 ? ? 0 G 7 0 C 2896 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog17 hydrog ? ? XA G 7 O6 ? ? ? 1_555 XA C 2896 N4 ? ? 0 G 7 0 C 2896 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog18 hydrog ? ? XA C 8 N3 ? ? ? 1_555 XA G 2895 N1 ? ? 0 C 8 0 G 2895 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog19 hydrog ? ? XA C 8 N4 ? ? ? 1_555 XA G 2895 O6 ? ? 0 C 8 0 G 2895 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog20 hydrog ? ? XA C 8 O2 ? ? ? 1_555 XA G 2895 N2 ? ? 0 C 8 0 G 2895 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog21 hydrog ? ? XA G 9 N2 ? ? ? 1_555 XA A 2800 N1 ? ? 0 G 9 0 A 2800 1_555 ? ? ? ? ? ? TYPE_10_PAIR ? ? ? hydrog22 hydrog ? ? XA G 9 N3 ? ? ? 1_555 XA A 2800 N6 ? ? 0 G 9 0 A 2800 1_555 ? ? ? ? ? ? TYPE_10_PAIR ? ? ? hydrog23 hydrog ? ? XA U 12 N3 ? ? ? 1_555 XA A 526 N7 ? ? 0 U 12 0 A 526 1_555 ? ? ? ? ? ? 'REVERSED HOOGSTEEN' ? ? ? hydrog24 hydrog ? ? XA U 12 O2 ? ? ? 1_555 XA A 526 N6 ? ? 0 U 12 0 A 526 1_555 ? ? ? ? ? ? 'REVERSED HOOGSTEEN' ? ? ? hydrog25 hydrog ? ? XA G 15 N1 ? ? ? 1_555 XA U 525 O2 ? ? 0 G 15 0 U 525 1_555 ? ? ? ? ? ? TYPE_28_PAIR ? ? ? hydrog26 hydrog ? ? XA G 15 O6 ? ? ? 1_555 XA U 525 N3 ? ? 0 G 15 0 U 525 1_555 ? ? ? ? ? ? TYPE_28_PAIR ? ? ? hydrog27 hydrog ? ? XA C 16 N3 ? ? ? 1_555 XA G 524 N1 ? ? 0 C 16 0 G 524 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog28 hydrog ? ? XA C 16 N4 ? ? ? 1_555 XA G 524 O6 ? ? 0 C 16 0 G 524 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog29 hydrog ? ? XA C 16 O2 ? ? ? 1_555 XA G 524 N2 ? ? 0 C 16 0 G 524 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog30 hydrog ? ? XA G 17 N1 ? ? ? 1_555 XA C 523 N3 ? ? 0 G 17 0 C 523 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog31 hydrog ? ? XA G 17 N2 ? ? ? 1_555 XA C 523 O2 ? ? 0 G 17 0 C 523 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog32 hydrog ? ? XA G 17 O6 ? ? ? 1_555 XA C 523 N4 ? ? 0 G 17 0 C 523 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog33 hydrog ? ? XA U 18 N3 ? ? ? 1_555 XA A 522 N1 ? ? 0 U 18 0 A 522 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog34 hydrog ? ? XA U 18 O4 ? ? ? 1_555 XA A 522 N6 ? ? 0 U 18 0 A 522 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog35 hydrog ? ? XA A 19 N1 ? ? ? 1_555 XA U 521 N3 ? ? 0 A 19 0 U 521 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog36 hydrog ? ? XA A 19 N6 ? ? ? 1_555 XA U 521 O4 ? ? 0 A 19 0 U 521 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog37 hydrog ? ? XA C 20 N3 ? ? ? 1_555 XA G 520 N1 ? ? 0 C 20 0 G 520 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog38 hydrog ? ? XA C 20 N4 ? ? ? 1_555 XA G 520 O6 ? ? 0 C 20 0 G 520 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog39 hydrog ? ? XA C 20 O2 ? ? ? 1_555 XA G 520 N2 ? ? 0 C 20 0 G 520 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog40 hydrog ? ? XA A 21 N1 ? ? ? 1_555 XA U 519 N3 ? ? 0 A 21 0 U 519 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog41 hydrog ? ? XA A 21 N6 ? ? ? 1_555 XA U 519 O4 ? ? 0 A 21 0 U 519 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog42 hydrog ? ? XA C 22 N3 ? ? ? 1_555 XA G 518 N1 ? ? 0 C 22 0 G 518 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog43 hydrog ? ? XA C 22 N4 ? ? ? 1_555 XA G 518 O6 ? ? 0 C 22 0 G 518 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog44 hydrog ? ? XA C 22 O2 ? ? ? 1_555 XA G 518 N2 ? ? 0 C 22 0 G 518 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog45 hydrog ? ? XA G 23 N1 ? ? ? 1_555 XA C 517 N3 ? ? 0 G 23 0 C 517 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog46 hydrog ? ? XA G 23 N2 ? ? ? 1_555 XA C 517 O2 ? ? 0 G 23 0 C 517 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog47 hydrog ? ? XA G 23 O6 ? ? ? 1_555 XA C 517 N4 ? ? 0 G 23 0 C 517 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog48 hydrog ? ? XA G 24 N1 ? ? ? 1_555 XA C 516 N3 ? ? 0 G 24 0 C 516 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog49 hydrog ? ? XA G 24 N2 ? ? ? 1_555 XA C 516 O2 ? ? 0 G 24 0 C 516 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog50 hydrog ? ? XA G 24 O6 ? ? ? 1_555 XA C 516 N4 ? ? 0 G 24 0 C 516 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog51 hydrog ? ? 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BB G 50 N1 ? ? ? 1_555 BB C 66 N3 ? ? 4 G 49 4 C 65 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog4453 hydrog ? ? BB G 50 N2 ? ? ? 1_555 BB C 66 O2 ? ? 4 G 49 4 C 65 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog4454 hydrog ? ? BB G 50 O6 ? ? ? 1_555 BB C 66 N4 ? ? 4 G 49 4 C 65 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog4455 hydrog ? ? BB U 51 N3 ? ? ? 1_555 BB G 65 O6 ? ? 4 U 50 4 G 64 1_555 ? ? ? ? ? ? TYPE_28_PAIR ? ? ? hydrog4456 hydrog ? ? BB U 51 O2 ? ? ? 1_555 BB G 65 N1 ? ? 4 U 50 4 G 64 1_555 ? ? ? ? ? ? TYPE_28_PAIR ? ? ? hydrog4457 hydrog ? ? BB C 52 N3 ? ? ? 1_555 BB G 64 N1 ? ? 4 C 51 4 G 63 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog4458 hydrog ? ? BB C 52 N4 ? ? ? 1_555 BB G 64 O6 ? ? 4 C 51 4 G 63 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog4459 hydrog ? ? BB C 52 O2 ? ? ? 1_555 BB G 64 N2 ? ? 4 C 51 4 G 63 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog4460 hydrog ? ? BB G 53 N1 ? ? ? 1_555 BB C 63 N3 ? ? 4 G 52 4 C 62 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog4461 hydrog ? ? 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'REVERSED HOOGSTEEN' ? ? ? # loop_ _struct_conn_type.id _struct_conn_type.criteria _struct_conn_type.reference covale ? ? hydrog ? ? # loop_ _struct_mon_prot_cis.pdbx_id _struct_mon_prot_cis.label_comp_id _struct_mon_prot_cis.label_seq_id _struct_mon_prot_cis.label_asym_id _struct_mon_prot_cis.label_alt_id _struct_mon_prot_cis.pdbx_PDB_ins_code _struct_mon_prot_cis.auth_comp_id _struct_mon_prot_cis.auth_seq_id _struct_mon_prot_cis.auth_asym_id _struct_mon_prot_cis.pdbx_label_comp_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_label_seq_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_label_asym_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_PDB_ins_code_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_auth_comp_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_auth_seq_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_auth_asym_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_PDB_model_num _struct_mon_prot_cis.pdbx_omega_angle 1 THR 151 B . ? THR 151 B PRO 152 B ? PRO 152 B 1 3.05 2 VAL 51 O . ? VAL 51 O PRO 52 O ? 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_pdbx_struct_assembly.id 1 _pdbx_struct_assembly.details author_and_software_defined_assembly _pdbx_struct_assembly.method_details PISA _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details 54-meric _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count 54 # _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression 1 _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list ;A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L,M,N,O,P,Q,R,S,T,U,V,W,X,Y,Z,AA,BA,CA,DA,EA,FA,GA,HA,IA,JA,KA,LA,MA,NA,OA,PA,QA,RA,SA,TA,UA,VA,WA,XA,YA,ZA,AB,BB,CB ; # loop_ _pdbx_struct_assembly_prop.biol_id _pdbx_struct_assembly_prop.type _pdbx_struct_assembly_prop.value _pdbx_struct_assembly_prop.details 1 'ABSA (A^2)' 232970 ? 1 MORE -1923 ? 1 'SSA (A^2)' 857960 ? # _pdbx_struct_oper_list.id 1 _pdbx_struct_oper_list.type 'identity operation' _pdbx_struct_oper_list.name 1_555 _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation ? _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] 1.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] 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_pdbx_audit_revision_details.details ? # _pdbx_entry_details.entry_id 8BHP _pdbx_entry_details.nonpolymer_details ? _pdbx_entry_details.sequence_details ? _pdbx_entry_details.compound_details ? _pdbx_entry_details.source_details ? _pdbx_entry_details.has_ligand_of_interest Y # loop_ _em_3d_fitting.id _em_3d_fitting.entry_id _em_3d_fitting.method _em_3d_fitting.target_criteria _em_3d_fitting.details _em_3d_fitting.overall_b_value _em_3d_fitting.ref_space _em_3d_fitting.ref_protocol 1 8BHP ? ? ;Following rigid body fitting we used online Namdiantor tool to perform initial flexible fitting: https://namdinator.au.dk/namdinator/ ; ? 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'1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28, 29, 50, 51' 3 1 NATURAL COMPLEX '30S subunit' ? ? ? '30, 31, 32, 33, 34, 35, 36, 37, 38, 39, 40, 41, 42, 43, 44, 45, 46, 47, 48, 49, 52' 4 2 NATURAL COMPLEX '23S and 5S rRNA' ? ? ? '50, 51' 5 3 NATURAL COMPLEX '16S rRNA' ? ? ? 52 6 1 NATURAL COMPLEX 'mRNA and tRNA' ? ? ? 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530 TYR CZ OH sing N N 531 TYR OH HH sing N N 532 TYR OXT HXT sing N N 533 U OP3 P sing N N 534 U OP3 HOP3 sing N N 535 U P OP1 doub N N 536 U P OP2 sing N N 537 U P "O5'" sing N N 538 U OP2 HOP2 sing N N 539 U "O5'" "C5'" sing N N 540 U "C5'" "C4'" sing N N 541 U "C5'" "H5'" sing N N 542 U "C5'" "H5''" sing N N 543 U "C4'" "O4'" sing N N 544 U "C4'" "C3'" sing N N 545 U "C4'" "H4'" sing N N 546 U "O4'" "C1'" sing N N 547 U "C3'" "O3'" sing N N 548 U "C3'" "C2'" sing N N 549 U "C3'" "H3'" sing N N 550 U "O3'" "HO3'" sing N N 551 U "C2'" "O2'" sing N N 552 U "C2'" "C1'" sing N N 553 U "C2'" "H2'" sing N N 554 U "O2'" "HO2'" sing N N 555 U "C1'" N1 sing N N 556 U "C1'" "H1'" sing N N 557 U N1 C2 sing N N 558 U N1 C6 sing N N 559 U C2 O2 doub N N 560 U C2 N3 sing N N 561 U N3 C4 sing N N 562 U N3 H3 sing N N 563 U C4 O4 doub N N 564 U C4 C5 sing N N 565 U C5 C6 doub N N 566 U C5 H5 sing N N 567 U C6 H6 sing N N 568 VAL N CA sing N N 569 VAL N H sing N N 570 VAL N H2 sing N N 571 VAL CA C sing N N 572 VAL CA CB sing N N 573 VAL CA HA sing N N 574 VAL C O doub N N 575 VAL C OXT sing N N 576 VAL CB CG1 sing N N 577 VAL CB CG2 sing N N 578 VAL CB HB sing N N 579 VAL CG1 HG11 sing N N 580 VAL CG1 HG12 sing N N 581 VAL CG1 HG13 sing N N 582 VAL CG2 HG21 sing N N 583 VAL CG2 HG22 sing N N 584 VAL CG2 HG23 sing N N 585 VAL OXT HXT sing N N 586 # loop_ _em_buffer_component.buffer_id _em_buffer_component.concentration _em_buffer_component.concentration_units _em_buffer_component.formula _em_buffer_component.id _em_buffer_component.name 1 50 mM Tris-HCl 1 'tris(hydroxymethyl)aminomethane' 1 70 mM NH4Cl 2 'ammonium chloride' 1 30 mM KCl 3 'potassium chloride' 1 7 mM MgCl2 4 'magnesium chloride' # _em_ctf_correction.details ? _em_ctf_correction.em_image_processing_id 1 _em_ctf_correction.id 1 _em_ctf_correction.type 'PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION' # loop_ _em_entity_assembly_molwt.entity_assembly_id _em_entity_assembly_molwt.experimental_flag _em_entity_assembly_molwt.id _em_entity_assembly_molwt.units _em_entity_assembly_molwt.value 1 NO 1 MEGADALTONS 2.7 1 NO 2 MEGADALTONS 1.6 1 NO 3 MEGADALTONS 0.9 4 ? 4 ? ? 5 ? 5 ? ? 6 ? 6 ? ? # loop_ _em_entity_assembly_naturalsource.cell _em_entity_assembly_naturalsource.cellular_location _em_entity_assembly_naturalsource.entity_assembly_id _em_entity_assembly_naturalsource.id _em_entity_assembly_naturalsource.ncbi_tax_id _em_entity_assembly_naturalsource.organism _em_entity_assembly_naturalsource.organelle _em_entity_assembly_naturalsource.organ _em_entity_assembly_naturalsource.strain _em_entity_assembly_naturalsource.tissue ? ? 1 2 83333 'Escherichia coli K-12' ? ? ? ? ? ? 2 3 83333 'Escherichia coli K-12' ? ? ? ? ? ? 3 4 83333 'Escherichia coli K-12' ? ? ? ? ? ? 4 5 83333 'Escherichia coli K-12' ? ? ? ? ? ? 5 6 83333 'Escherichia coli K-12' ? ? ? ? ? ? 6 7 83333 'Escherichia coli K-12' ? ? ? ? # _em_image_processing.details ? _em_image_processing.id 1 _em_image_processing.image_recording_id 1 # _em_image_recording.average_exposure_time 1.82 _em_image_recording.avg_electron_dose_per_subtomogram ? _em_image_recording.avg_electron_dose_per_image 40 _em_image_recording.details ? _em_image_recording.detector_mode ? _em_image_recording.film_or_detector_model 'GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)' _em_image_recording.id 1 _em_image_recording.imaging_id 1 _em_image_recording.num_diffraction_images ? _em_image_recording.num_grids_imaged 1 _em_image_recording.num_real_images 9366 # _em_imaging_optics.chr_aberration_corrector ? _em_imaging_optics.energyfilter_lower ? _em_imaging_optics.energyfilter_slit_width 20 _em_imaging_optics.energyfilter_name 'GIF Bioquantum' _em_imaging_optics.energyfilter_upper ? _em_imaging_optics.id 1 _em_imaging_optics.imaging_id 1 _em_imaging_optics.phase_plate ? _em_imaging_optics.sph_aberration_corrector ? _em_imaging_optics.details ? # _em_particle_selection.details ? _em_particle_selection.id 1 _em_particle_selection.image_processing_id 1 _em_particle_selection.method ? _em_particle_selection.num_particles_selected 500 _em_particle_selection.reference_model ? # loop_ _em_software.category _em_software.details _em_software.id _em_software.image_processing_id _em_software.fitting_id _em_software.imaging_id _em_software.name _em_software.version 'PARTICLE SELECTION' ? 1 1 ? ? cryoSPARC 3.3.0 'PARTICLE SELECTION' ? 2 1 ? ? ? ? 'IMAGE ACQUISITION' ? 3 ? ? 1 EPU 2.1 MASKING ? 4 ? ? ? ? ? 'CTF CORRECTION' ? 5 1 ? ? cryoSPARC 3.3.0 'LAYERLINE INDEXING' ? 6 ? ? ? ? ? 'DIFFRACTION INDEXING' ? 7 ? ? ? ? ? 'MODEL FITTING' 'Rigid body fit' 8 ? 1 ? 'UCSF ChimeraX' 1.2.5 OTHER ? 9 ? ? ? ? ? 'IMAGE ACQUISITION' ? 10 ? ? ? ? ? 'CTF CORRECTION' ? 11 1 ? ? ? ? 'MODEL REFINEMENT' https://namdinator.au.dk/namdinator/ 12 ? 1 ? PHENIX Online 'MODEL FITTING' ? 13 ? 2 ? ISOLDE 1.4 'MODEL REFINEMENT' ? 14 ? 2 ? PHENIX 1.19.2-4158 'INITIAL EULER ASSIGNMENT' Ab-initio 15 1 ? ? cryoSPARC 3.3.0 'INITIAL EULER ASSIGNMENT' ? 16 1 ? ? ? ? 'FINAL EULER ASSIGNMENT' ? 17 1 ? ? ? ? CLASSIFICATION '3D Class' 18 1 ? ? cryoSPARC 3.3.0 CLASSIFICATION ? 19 1 ? ? ? ? RECONSTRUCTION 'Homogenous Refinement' 20 1 ? ? cryoSPARC 3.3.0 RECONSTRUCTION ? 21 1 ? ? ? ? 'VOLUME SELECTION' ? 22 1 1 1 ? ? 'SERIES ALIGNMENT' ? 23 1 1 1 ? ? 'MOLECULAR REPLACEMENT' ? 24 1 1 1 ? ? 'LATTICE DISTORTION CORRECTION' ? 25 1 1 1 ? ? 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'CRYSTALLOGRAPHY MERGING' ? 27 1 1 1 ? ? # _em_specimen.concentration 10 _em_specimen.details ;Initiation complex containing: 1x TAKM7 buffer 1 mM DTT (dithiothreitol) 1 mM GTP (guanosine 5'-triphosphate) 2.0 uM 70S ribosomes 3.0 uM IF1, IF2, IF3 mix 6.0 uM A-site m6AAA mRNA 3.0 uM fMet-tRNAfMet Mixed 1:1 with a ternary complex containing: 1x TAKM7 buffer 3 mM PEP (phosphoenolpyruvate) 1 mM GTP (guanosine 5'-triphosphate) 1 mM DTT (dithiothreitol) 1% PK (pyruvate kinase) 0.02 uM EF-Ts 1.5 uM EF-Tu 0.3 uM Lys-tRNALys Incubated on ice for 60 seconds Final concentration of the sample: 20 A260 (absorbance at 260 nm, 10 mm path), 10 A280 (absorbance at 280 nm, 10 mm path) ; _em_specimen.embedding_applied NO _em_specimen.experiment_id 1 _em_specimen.id 1 _em_specimen.shadowing_applied NO _em_specimen.staining_applied NO _em_specimen.vitrification_applied YES # loop_ _ndb_struct_conf_na.entry_id _ndb_struct_conf_na.feature 8BHP 'double helix' 8BHP 'a-form double helix' 8BHP 'z-form double helix' # loop_ _ndb_struct_na_base_pair.model_number _ndb_struct_na_base_pair.i_label_asym_id _ndb_struct_na_base_pair.i_label_comp_id _ndb_struct_na_base_pair.i_label_seq_id _ndb_struct_na_base_pair.i_symmetry _ndb_struct_na_base_pair.j_label_asym_id _ndb_struct_na_base_pair.j_label_comp_id _ndb_struct_na_base_pair.j_label_seq_id _ndb_struct_na_base_pair.j_symmetry _ndb_struct_na_base_pair.shear _ndb_struct_na_base_pair.stretch _ndb_struct_na_base_pair.stagger _ndb_struct_na_base_pair.buckle _ndb_struct_na_base_pair.propeller _ndb_struct_na_base_pair.opening _ndb_struct_na_base_pair.pair_number _ndb_struct_na_base_pair.pair_name _ndb_struct_na_base_pair.i_auth_asym_id _ndb_struct_na_base_pair.i_auth_seq_id _ndb_struct_na_base_pair.i_PDB_ins_code _ndb_struct_na_base_pair.j_auth_asym_id _ndb_struct_na_base_pair.j_auth_seq_id _ndb_struct_na_base_pair.j_PDB_ins_code _ndb_struct_na_base_pair.hbond_type_28 _ndb_struct_na_base_pair.hbond_type_12 1 XA G 1 1_555 XA C 2902 1_555 -0.199 -0.215 -0.900 -6.020 -6.788 1.629 1 0_G1:C2902_0 0 1 ? 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