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A CYS 2775 SG ? ? ? 1_555 E SY8 . C3 ? ? B CYS 2768 K SY8 101 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.707 ? ? covale2 covale none ? B CYS 48 SG ? ? ? 1_555 E SY8 . C ? ? I CYS 48 K SY8 101 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.702 ? ? covale3 covale one ? C GLY 75 C ? ? ? 1_555 E SY8 . N ? ? K GLY 75 K SY8 101 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.325 ? ? # _struct_conn_type.id covale _struct_conn_type.criteria ? _struct_conn_type.reference ? # loop_ _pdbx_modification_feature.ordinal _pdbx_modification_feature.label_comp_id _pdbx_modification_feature.label_asym_id _pdbx_modification_feature.label_seq_id _pdbx_modification_feature.label_alt_id _pdbx_modification_feature.modified_residue_label_comp_id _pdbx_modification_feature.modified_residue_label_asym_id _pdbx_modification_feature.modified_residue_label_seq_id _pdbx_modification_feature.modified_residue_label_alt_id _pdbx_modification_feature.auth_comp_id _pdbx_modification_feature.auth_asym_id _pdbx_modification_feature.auth_seq_id _pdbx_modification_feature.PDB_ins_code _pdbx_modification_feature.symmetry _pdbx_modification_feature.modified_residue_auth_comp_id _pdbx_modification_feature.modified_residue_auth_asym_id _pdbx_modification_feature.modified_residue_auth_seq_id _pdbx_modification_feature.modified_residue_PDB_ins_code _pdbx_modification_feature.modified_residue_symmetry _pdbx_modification_feature.comp_id_linking_atom _pdbx_modification_feature.modified_residue_id_linking_atom _pdbx_modification_feature.modified_residue_id _pdbx_modification_feature.ref_pcm_id _pdbx_modification_feature.ref_comp_id _pdbx_modification_feature.type _pdbx_modification_feature.category 1 SY8 E . ? GLY C 75 ? SY8 K 101 ? 1_555 GLY K 75 ? 1_555 N C GLY 1 SY8 None Crosslinker 2 SY8 E . ? CYS B 48 ? SY8 K 101 ? 1_555 CYS I 48 ? 1_555 C SG CYS 2 SY8 None Crosslinker 3 SY8 E . ? CYS A 2775 ? SY8 K 101 ? 1_555 CYS B 2768 ? 1_555 C3 SG CYS 3 SY8 None Crosslinker # loop_ _struct_sheet.id _struct_sheet.type _struct_sheet.number_strands _struct_sheet.details AA1 ? 2 ? AA2 ? 2 ? AA3 ? 2 ? AA4 ? 4 ? AA5 ? 4 ? AA6 ? 4 ? # loop_ _struct_sheet_order.sheet_id _struct_sheet_order.range_id_1 _struct_sheet_order.range_id_2 _struct_sheet_order.offset _struct_sheet_order.sense AA1 1 2 ? parallel AA2 1 2 ? anti-parallel AA3 1 2 ? anti-parallel AA4 1 2 ? parallel AA4 2 3 ? parallel AA4 3 4 ? anti-parallel AA5 1 2 ? anti-parallel AA5 2 3 ? parallel AA5 3 4 ? anti-parallel AA6 1 2 ? parallel AA6 2 3 ? anti-parallel AA6 3 4 ? anti-parallel # loop_ _struct_sheet_range.sheet_id _struct_sheet_range.id _struct_sheet_range.beg_label_comp_id _struct_sheet_range.beg_label_asym_id _struct_sheet_range.beg_label_seq_id _struct_sheet_range.pdbx_beg_PDB_ins_code _struct_sheet_range.end_label_comp_id _struct_sheet_range.end_label_asym_id _struct_sheet_range.end_label_seq_id _struct_sheet_range.pdbx_end_PDB_ins_code _struct_sheet_range.beg_auth_comp_id _struct_sheet_range.beg_auth_asym_id _struct_sheet_range.beg_auth_seq_id _struct_sheet_range.end_auth_comp_id _struct_sheet_range.end_auth_asym_id _struct_sheet_range.end_auth_seq_id AA1 1 ARG A 2245 ? GLU A 2250 ? ARG B 2238 GLU B 2243 AA1 2 VAL A 2281 ? THR A 2287 ? VAL B 2274 THR B 2280 AA2 1 PHE A 2512 ? TYR A 2513 ? PHE B 2505 TYR B 2506 AA2 2 THR A 2522 ? PRO A 2523 ? THR B 2515 PRO B 2516 AA3 1 ALA A 2610 ? ASP A 2612 ? ALA B 2603 ASP B 2605 AA3 2 GLY A 2620 ? GLU A 2623 ? GLY B 2613 GLU B 2616 AA4 1 ASN A 2704 ? ASP A 2705 ? ASN B 2697 ASP B 2698 AA4 2 SER A 2758 ? ILE A 2761 ? SER B 2751 ILE B 2754 AA4 3 ARG A 2778 ? VAL A 2781 ? ARG B 2771 VAL B 2774 AA4 4 THR A 2771 ? ASN A 2773 ? THR B 2764 ASN B 2766 AA5 1 THR B 12 ? GLU B 16 ? THR I 12 GLU I 16 AA5 2 GLN B 2 ? LYS B 6 ? GLN I 2 LYS I 6 AA5 3 THR B 66 ? LEU B 71 ? THR I 66 LEU I 71 AA5 4 GLN B 41 ? ILE B 44 ? GLN I 41 ILE I 44 AA6 1 ILE C 3 ? LYS C 6 ? ILE K 3 LYS K 6 AA6 2 SER C 65 ? LEU C 71 ? SER K 65 LEU K 71 AA6 3 GLN C 41 ? PHE C 45 ? GLN K 41 PHE K 45 AA6 4 LYS C 48 ? GLN C 49 ? LYS K 48 GLN K 49 # loop_ _pdbx_struct_sheet_hbond.sheet_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_id_1 _pdbx_struct_sheet_hbond.range_id_2 _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_label_atom_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_label_comp_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_label_asym_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_label_seq_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_PDB_ins_code _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_auth_atom_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_auth_comp_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_auth_asym_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_auth_seq_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_label_atom_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_label_comp_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_label_asym_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_label_seq_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_PDB_ins_code _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_auth_atom_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_auth_comp_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_auth_asym_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_auth_seq_id AA1 1 2 N ARG A 2245 ? N ARG B 2238 O HIS A 2282 ? O HIS B 2275 AA2 1 2 N TYR A 2513 ? N TYR B 2506 O THR A 2522 ? O THR B 2515 AA3 1 2 N ILE A 2611 ? N ILE B 2604 O VAL A 2622 ? O VAL B 2615 AA4 1 2 N ASN A 2704 ? N ASN B 2697 O ILE A 2759 ? O ILE B 2752 AA4 2 3 N THR A 2760 ? N THR B 2753 O VAL A 2781 ? O VAL B 2774 AA4 3 4 O TYR A 2780 ? O TYR B 2773 N THR A 2771 ? N THR B 2764 AA5 1 2 O LEU B 15 ? O LEU I 15 N ILE B 3 ? N ILE I 3 AA5 2 3 N PHE B 4 ? N PHE I 4 O LEU B 67 ? O LEU I 67 AA5 3 4 O VAL B 70 ? O VAL I 70 N ARG B 42 ? N ARG I 42 AA6 1 2 N PHE C 4 ? N PHE K 4 O SER C 65 ? O SER K 65 AA6 2 3 O VAL C 70 ? O VAL K 70 N ARG C 42 ? N ARG K 42 AA6 3 4 N PHE C 45 ? N PHE K 45 O LYS C 48 ? O LYS K 48 # _pdbx_entry_details.entry_id 8C07 _pdbx_entry_details.has_ligand_of_interest N _pdbx_entry_details.compound_details ? _pdbx_entry_details.source_details ? _pdbx_entry_details.nonpolymer_details ? _pdbx_entry_details.sequence_details ? _pdbx_entry_details.has_protein_modification Y # loop_ _pdbx_validate_torsion.id _pdbx_validate_torsion.PDB_model_num _pdbx_validate_torsion.auth_comp_id _pdbx_validate_torsion.auth_asym_id _pdbx_validate_torsion.auth_seq_id _pdbx_validate_torsion.PDB_ins_code _pdbx_validate_torsion.label_alt_id _pdbx_validate_torsion.phi _pdbx_validate_torsion.psi 1 1 ASN B 2019 ? ? -94.16 49.45 2 1 PHE B 2281 ? ? -83.90 -81.69 3 1 LYS B 2282 ? ? -174.54 132.68 4 1 ASN B 2311 ? ? 57.89 -161.30 5 1 PHE B 2571 ? ? -94.40 -61.21 6 1 ALA B 2591 ? ? 67.08 -5.73 7 1 MET B 2643 ? ? -90.92 -62.18 8 1 VAL B 2661 ? ? -92.86 -61.78 9 1 LEU B 2707 ? ? 55.82 -138.44 10 1 MET B 2749 ? ? 55.39 81.17 11 1 SER B 2770 ? ? -155.20 0.26 12 1 SER B 2779 ? ? 57.59 -162.65 13 1 ASN B 2795 ? ? -142.56 -2.38 14 1 PHE B 2796 ? ? 58.58 -145.24 15 1 GLU I 64 ? ? 60.61 64.19 16 1 ASN K 60 ? ? 60.02 60.20 # _em_3d_fitting.id 1 _em_3d_fitting.entry_id 8C07 _em_3d_fitting.method ? _em_3d_fitting.target_criteria ? _em_3d_fitting.details ? _em_3d_fitting.overall_b_value ? _em_3d_fitting.ref_space ? _em_3d_fitting.ref_protocol ? # _em_3d_reconstruction.entry_id 8C07 _em_3d_reconstruction.id 1 _em_3d_reconstruction.method ? _em_3d_reconstruction.algorithm ? _em_3d_reconstruction.citation_id ? _em_3d_reconstruction.details ? _em_3d_reconstruction.resolution 3.3 _em_3d_reconstruction.resolution_method 'FSC 0.143 CUT-OFF' _em_3d_reconstruction.magnification_calibration ? _em_3d_reconstruction.nominal_pixel_size ? _em_3d_reconstruction.actual_pixel_size ? _em_3d_reconstruction.num_particles 141034 _em_3d_reconstruction.euler_angles_details ? _em_3d_reconstruction.num_class_averages ? _em_3d_reconstruction.refinement_type ? _em_3d_reconstruction.image_processing_id 1 _em_3d_reconstruction.symmetry_type POINT # _em_buffer.id 1 _em_buffer.specimen_id 1 _em_buffer.name ? _em_buffer.details ? _em_buffer.pH 7.5 # _em_entity_assembly.id 1 _em_entity_assembly.parent_id 0 _em_entity_assembly.source RECOMBINANT _em_entity_assembly.type COMPLEX _em_entity_assembly.name 'HECT E3 UBR5 forming K48 linked Ubiquitin chains' _em_entity_assembly.details ? _em_entity_assembly.synonym ? _em_entity_assembly.oligomeric_details ? _em_entity_assembly.entity_id_list 1,2,3 # _em_imaging.entry_id 8C07 _em_imaging.id 1 _em_imaging.astigmatism ? _em_imaging.electron_beam_tilt_params ? _em_imaging.residual_tilt ? _em_imaging.microscope_model 'FEI TITAN KRIOS' _em_imaging.specimen_holder_type ? _em_imaging.specimen_holder_model ? _em_imaging.details ? _em_imaging.date ? _em_imaging.accelerating_voltage 300 _em_imaging.illumination_mode 'FLOOD BEAM' _em_imaging.mode 'BRIGHT FIELD' _em_imaging.nominal_cs ? _em_imaging.nominal_defocus_min 700 _em_imaging.nominal_defocus_max 2700 _em_imaging.calibrated_defocus_min ? _em_imaging.calibrated_defocus_max ? _em_imaging.tilt_angle_min ? _em_imaging.tilt_angle_max ? _em_imaging.nominal_magnification ? _em_imaging.calibrated_magnification ? _em_imaging.electron_source 'FIELD EMISSION GUN' _em_imaging.citation_id ? _em_imaging.temperature ? _em_imaging.detector_distance ? _em_imaging.recording_temperature_minimum ? _em_imaging.recording_temperature_maximum ? _em_imaging.alignment_procedure ? _em_imaging.c2_aperture_diameter ? _em_imaging.specimen_id 1 _em_imaging.cryogen ? # _em_vitrification.entry_id 8C07 _em_vitrification.id 1 _em_vitrification.specimen_id 1 _em_vitrification.cryogen_name ETHANE _em_vitrification.humidity ? _em_vitrification.temp ? _em_vitrification.chamber_temperature ? _em_vitrification.instrument ? _em_vitrification.method ? _em_vitrification.time_resolved_state ? _em_vitrification.citation_id ? _em_vitrification.details ? # _em_experiment.entry_id 8C07 _em_experiment.id 1 _em_experiment.reconstruction_method 'SINGLE PARTICLE' _em_experiment.aggregation_state PARTICLE _em_experiment.entity_assembly_id 1 # loop_ _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.id _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.PDB_model_num _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.polymer_flag _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.occupancy_flag _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.auth_asym_id _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.auth_comp_id _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.auth_seq_id _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.PDB_ins_code _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.label_asym_id _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.label_comp_id _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.label_seq_id 1 1 Y 1 B GLY -6 ? 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A LEU 36 37 1 Y 1 B ASN 30 ? A ASN 37 38 1 Y 1 B LYS 31 ? A LYS 38 39 1 Y 1 B TYR 32 ? A TYR 39 40 1 Y 1 B ASN 33 ? A ASN 40 41 1 Y 1 B LEU 34 ? A LEU 41 42 1 Y 1 B ASN 35 ? A ASN 42 43 1 Y 1 B SER 36 ? A SER 43 44 1 Y 1 B HIS 37 ? A HIS 44 45 1 Y 1 B PRO 38 ? A PRO 45 46 1 Y 1 B PRO 39 ? A PRO 46 47 1 Y 1 B LEU 40 ? A LEU 47 48 1 Y 1 B ASN 41 ? A ASN 48 49 1 Y 1 B VAL 42 ? A VAL 49 50 1 Y 1 B LEU 43 ? A LEU 50 51 1 Y 1 B GLU 44 ? A GLU 51 52 1 Y 1 B GLN 45 ? A GLN 52 53 1 Y 1 B ALA 46 ? A ALA 53 54 1 Y 1 B THR 47 ? A THR 54 55 1 Y 1 B ILE 48 ? A ILE 55 56 1 Y 1 B LYS 49 ? A LYS 56 57 1 Y 1 B GLN 50 ? A GLN 57 58 1 Y 1 B CYS 51 ? A CYS 58 59 1 Y 1 B VAL 52 ? A VAL 59 60 1 Y 1 B VAL 53 ? A VAL 60 61 1 Y 1 B GLY 54 ? A GLY 61 62 1 Y 1 B PRO 55 ? A PRO 62 63 1 Y 1 B ASN 56 ? A ASN 63 64 1 Y 1 B HIS 57 ? A HIS 64 65 1 Y 1 B ALA 58 ? A ALA 65 66 1 Y 1 B ALA 59 ? A ALA 66 67 1 Y 1 B PHE 60 ? A PHE 67 68 1 Y 1 B LEU 61 ? A LEU 68 69 1 Y 1 B LEU 62 ? A LEU 69 70 1 Y 1 B GLU 63 ? 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