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AB . n # _pdbx_contact_author.id 3 _pdbx_contact_author.email beme@nmr.phys.chem.ethz.ch _pdbx_contact_author.name_first Beat _pdbx_contact_author.name_last Meier _pdbx_contact_author.name_mi H. _pdbx_contact_author.role 'principal investigator/group leader' _pdbx_contact_author.identifier_ORCID 0000-0002-9107-4464 # _pdbx_struct_assembly.id 1 _pdbx_struct_assembly.details author_defined_assembly _pdbx_struct_assembly.method_details ? _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details 180-meric _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count 180 # _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression 1 _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list ;A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L,M,N,O,P,Q,R,S,T,U,V,W,X,Y,Z,AA,BA,CA,DA,EA,FA,GA,HA,IA,JA,KA,LA,MA,NA,OA,PA,QA,RA,SA,TA,UA,VA,WA,XA,YA,ZA,AB,BB,CB,DB,EB,FB,GB,HB,IB,JB,KB,LB,MB,NB,OB,PB,QB,RB,SB,TB,UB,VB,WB,XB,YB,ZB,AC,BC,CC,DC,EC,FC,GC,HC,IC,JC,KC,LC,MC,NC,OC,PC,QC,RC,SC,TC,UC,VC,WC,XC,YC,ZC,AD,BD,CD,DD,ED,FD,GD,HD,ID,JD,KD,LD,MD,ND,OD,PD,QD,RD,SD,TD,UD,VD,WD,XD,YD,ZD,AE,BE,CE,DE,EE,FE,GE,HE,IE,JE,KE,LE,ME,NE,OE,PE,QE,RE,SE,TE,UE,VE,WE,XE,YE,ZE,AF,BF,CF,DF,EF,FF,GF,HF,IF,JF,KF,LF,MF,NF,OF,PF,QF,RF,SF,TF,UF,VF,WF,XF ; # _pdbx_struct_oper_list.id 1 _pdbx_struct_oper_list.type 'identity operation' _pdbx_struct_oper_list.name 1_555 _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation ? _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] 1.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.vector[1] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] 1.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.vector[2] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] 1.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 0.0000000000 # _pdbx_audit_revision_history.ordinal 1 _pdbx_audit_revision_history.data_content_type 'Structure model' _pdbx_audit_revision_history.major_revision 1 _pdbx_audit_revision_history.minor_revision 0 _pdbx_audit_revision_history.revision_date 2023-04-05 # _pdbx_audit_revision_details.ordinal 1 _pdbx_audit_revision_details.revision_ordinal 1 _pdbx_audit_revision_details.data_content_type 'Structure model' _pdbx_audit_revision_details.provider repository _pdbx_audit_revision_details.type 'Initial release' _pdbx_audit_revision_details.description ? _pdbx_audit_revision_details.details ? # _em_3d_fitting.id 1 _em_3d_fitting.entry_id 8C0O _em_3d_fitting.method ? _em_3d_fitting.target_criteria ? _em_3d_fitting.details ;One protein chain was manually built in Coot. 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The capsid was refined with phenix and Isolde. ; _em_3d_fitting.overall_b_value ? _em_3d_fitting.ref_space REAL _em_3d_fitting.ref_protocol 'AB INITIO MODEL' # _em_3d_reconstruction.entry_id 8C0O _em_3d_reconstruction.id 1 _em_3d_reconstruction.method ? _em_3d_reconstruction.algorithm ? _em_3d_reconstruction.citation_id ? _em_3d_reconstruction.details ? _em_3d_reconstruction.resolution 3.9 _em_3d_reconstruction.resolution_method 'FSC 0.143 CUT-OFF' _em_3d_reconstruction.magnification_calibration ? _em_3d_reconstruction.nominal_pixel_size ? _em_3d_reconstruction.actual_pixel_size ? _em_3d_reconstruction.num_particles 77129 _em_3d_reconstruction.euler_angles_details ? _em_3d_reconstruction.num_class_averages 1 _em_3d_reconstruction.refinement_type ? _em_3d_reconstruction.image_processing_id 1 _em_3d_reconstruction.symmetry_type POINT # _em_buffer.id 1 _em_buffer.specimen_id 1 _em_buffer.name ? _em_buffer.details ? _em_buffer.pH 5.5 # _em_entity_assembly.id 1 _em_entity_assembly.parent_id 0 _em_entity_assembly.source RECOMBINANT _em_entity_assembly.type VIRUS _em_entity_assembly.name 'African cichlid nackednavirus' _em_entity_assembly.details ? 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? -67.10 -179.85 95 1 ALA LB 27 ? ? 63.97 -66.84 96 1 GLU LB 42 ? ? 60.45 64.50 97 1 TYR LB 102 ? ? -96.40 52.35 98 1 TYR LC 102 ? ? -96.49 -60.03 99 1 PRO LC 121 ? ? -68.90 73.56 100 1 GLN LC 122 ? ? 37.66 -68.52 101 1 PHE LC 124 ? ? -93.69 50.18 102 1 GLN LC 128 ? ? 56.54 72.20 103 1 PRO MB 26 ? ? -67.05 -179.88 104 1 ALA MB 27 ? ? 64.01 -66.83 105 1 GLU MB 42 ? ? 60.45 64.47 106 1 TYR MB 102 ? ? -96.44 52.43 107 1 TYR MC 102 ? ? -96.49 -60.05 108 1 PRO MC 121 ? ? -68.89 73.59 109 1 GLN MC 122 ? ? 37.62 -68.50 110 1 PHE MC 124 ? ? -93.66 50.21 111 1 GLN MC 128 ? ? 56.47 72.20 112 1 PRO NB 26 ? ? -67.10 -179.82 113 1 ALA NB 27 ? ? 63.93 -66.80 114 1 GLU NB 42 ? ? 60.45 64.47 115 1 TYR NB 102 ? ? -96.38 52.35 116 1 PRO NC 121 ? ? -68.89 73.56 117 1 GLN NC 122 ? ? 37.60 -68.54 118 1 PHE NC 124 ? ? -93.66 50.14 119 1 GLN NC 128 ? ? 56.45 72.28 120 1 PRO OB 26 ? ? -67.03 -179.89 121 1 ALA OB 27 ? ? 64.10 -66.91 122 1 GLU OB 42 ? ? 60.42 64.49 123 1 TYR OB 102 ? ? -96.42 52.31 124 1 TYR OC 102 ? ? -96.51 -60.01 125 1 PRO OC 121 ? ? -68.93 73.57 126 1 GLN OC 122 ? ? 37.64 -68.47 127 1 PHE OC 124 ? ? -93.72 50.21 128 1 GLN OC 128 ? ? 56.53 72.24 129 1 PRO PB 26 ? ? -67.07 -179.84 130 1 ALA PB 27 ? ? 64.00 -66.88 131 1 GLU PB 42 ? ? 60.45 64.46 132 1 TYR PB 102 ? ? -96.44 52.42 133 1 PRO PC 121 ? ? -68.94 73.60 134 1 GLN PC 122 ? ? 37.59 -68.46 135 1 PHE PC 124 ? ? -93.72 50.21 136 1 GLN PC 128 ? ? 56.53 72.19 137 1 PRO QB 26 ? ? -67.06 -179.85 138 1 ALA QB 27 ? ? 64.01 -66.89 139 1 GLU QB 42 ? ? 60.44 64.50 140 1 TYR QB 102 ? ? -96.42 52.34 141 1 TYR QC 102 ? ? -96.46 -60.01 142 1 PRO QC 121 ? ? -68.91 73.56 143 1 GLN QC 122 ? ? 37.65 -68.54 144 1 PHE QC 124 ? ? -93.66 50.17 145 1 GLN QC 128 ? ? 56.48 72.28 146 1 PRO RB 26 ? ? -67.09 -179.87 147 1 ALA RB 27 ? ? 64.01 -66.84 148 1 GLU RB 42 ? ? 60.49 64.44 149 1 TYR RB 102 ? ? -96.41 52.37 150 1 TYR RC 102 ? ? -96.49 -60.07 151 1 PRO RC 121 ? ? -68.97 73.65 152 1 GLN RC 122 ? ? 37.60 -68.53 153 1 PHE RC 124 ? ? -93.68 50.18 154 1 GLN RC 128 ? ? 56.50 72.23 155 1 TYR 1C 102 ? ? -96.49 -60.04 156 1 PRO 1C 121 ? ? -68.91 73.51 157 1 GLN 1C 122 ? ? 37.67 -68.53 158 1 PHE 1C 124 ? ? -93.73 50.18 159 1 GLN 1C 128 ? ? 56.50 72.22 160 1 PRO SB 26 ? ? -67.09 -179.85 161 1 ALA SB 27 ? ? 64.06 -66.88 162 1 GLU SB 42 ? ? 60.45 64.43 163 1 TYR SB 102 ? ? -96.48 52.41 164 1 TYR SC 102 ? ? -96.52 -60.02 165 1 PRO SC 121 ? ? -68.87 73.52 166 1 GLN SC 122 ? ? 37.65 -68.57 167 1 PHE SC 124 ? ? -93.68 50.18 168 1 GLN SC 128 ? ? 56.55 72.20 169 1 PRO TB 26 ? ? -67.08 -179.90 170 1 ALA TB 27 ? ? 64.05 -66.84 171 1 GLU TB 42 ? ? 60.40 64.49 172 1 TYR TB 102 ? ? -96.43 52.36 173 1 PRO TC 121 ? ? -68.87 73.53 174 1 GLN TC 122 ? ? 37.62 -68.51 175 1 PHE TC 124 ? ? -93.66 50.17 176 1 GLN TC 128 ? ? 56.52 72.26 177 1 PRO UB 26 ? ? -67.05 -179.86 178 1 ALA UB 27 ? ? 63.99 -66.84 179 1 GLU UB 42 ? ? 60.44 64.47 180 1 TYR UB 102 ? ? -96.44 52.39 181 1 PRO UC 121 ? ? -68.96 73.62 182 1 GLN UC 122 ? ? 37.63 -68.51 183 1 PHE UC 124 ? ? -93.71 50.20 184 1 GLN UC 128 ? ? 56.48 72.24 185 1 PRO VB 26 ? ? -67.07 -179.85 186 1 ALA VB 27 ? ? 64.02 -66.85 187 1 GLU VB 42 ? ? 60.46 64.49 188 1 TYR VB 102 ? ? -96.43 52.38 189 1 TYR VC 102 ? ? -96.48 -60.04 190 1 PRO VC 121 ? ? -68.95 73.56 191 1 GLN VC 122 ? ? 37.64 -68.53 192 1 PHE VC 124 ? ? -93.70 50.27 193 1 GLN VC 128 ? ? 56.51 72.21 194 1 PRO WB 26 ? ? -67.08 -179.82 195 1 ALA WB 27 ? ? 64.01 -66.88 196 1 GLU WB 42 ? ? 60.45 64.42 197 1 TYR WB 102 ? ? -96.46 52.39 198 1 PRO WC 121 ? ? -68.91 73.49 199 1 GLN WC 122 ? ? 37.70 -68.53 200 1 PHE WC 124 ? ? -93.71 50.22 201 1 GLN WC 128 ? ? 56.43 72.26 202 1 PRO XB 26 ? ? -67.09 -179.85 203 1 ALA XB 27 ? ? 64.05 -66.89 204 1 GLU XB 42 ? ? 60.51 64.38 205 1 TYR XB 102 ? ? -96.43 52.43 206 1 TYR XC 102 ? ? -96.52 -60.00 207 1 PRO XC 121 ? ? -68.95 73.60 208 1 GLN XC 122 ? ? 37.57 -68.46 209 1 PHE XC 124 ? ? -93.72 50.20 210 1 GLN XC 128 ? ? 56.55 72.22 211 1 PRO YB 26 ? ? -67.07 -179.88 212 1 ALA YB 27 ? ? 64.02 -66.79 213 1 GLU YB 42 ? ? 60.45 64.45 214 1 TYR YB 102 ? ? -96.46 52.33 215 1 PRO YC 121 ? ? -68.91 73.56 216 1 GLN YC 122 ? ? 37.62 -68.49 217 1 PHE YC 124 ? ? -93.67 50.18 218 1 GLN YC 128 ? ? 56.49 72.29 219 1 PRO ZB 26 ? ? -67.03 -179.87 220 1 ALA ZB 27 ? ? 63.99 -66.85 221 1 GLU ZB 42 ? ? 60.41 64.44 222 1 TYR ZB 102 ? ? -96.49 52.36 223 1 TYR ZC 102 ? ? -96.51 -60.02 224 1 PRO ZC 121 ? ? -68.89 73.57 225 1 GLN ZC 122 ? ? 37.58 -68.45 226 1 PHE ZC 124 ? ? -93.71 50.20 227 1 GLN ZC 128 ? ? 56.51 72.19 228 1 PRO aB 26 ? ? -66.99 -179.91 229 1 ALA aB 27 ? ? 64.04 -66.82 230 1 GLU aB 42 ? ? 60.52 64.46 231 1 TYR aB 102 ? ? -96.44 52.37 232 1 PRO aC 121 ? ? -68.83 73.53 233 1 GLN aC 122 ? ? 37.56 -68.44 234 1 PHE aC 124 ? ? -93.69 50.12 235 1 GLN aC 128 ? ? 56.50 72.28 236 1 PRO bB 26 ? ? -67.02 -179.91 237 1 ALA bB 27 ? ? 63.99 -66.80 238 1 GLU bB 42 ? ? 60.42 64.45 239 1 TYR bB 102 ? ? -96.47 52.37 240 1 TYR bC 102 ? ? -96.51 -60.03 241 1 PRO bC 121 ? ? -68.93 73.60 242 1 GLN bC 122 ? ? 37.54 -68.46 243 1 PHE bC 124 ? ? -93.64 50.16 244 1 GLN bC 128 ? ? 56.56 72.19 245 1 PRO cB 26 ? ? -67.01 -179.83 246 1 ALA cB 27 ? ? 63.94 -66.83 247 1 GLU cB 42 ? ? 60.47 64.45 248 1 TYR cB 102 ? ? -96.47 52.36 249 1 TYR cC 102 ? ? -96.48 -60.04 250 1 PRO cC 121 ? ? -68.89 73.54 251 1 GLN cC 122 ? ? 37.69 -68.56 252 1 PHE cC 124 ? ? -93.70 50.15 253 1 GLN cC 128 ? ? 56.42 72.30 254 1 PRO dB 26 ? ? -67.05 -179.83 255 1 ALA dB 27 ? ? 63.93 -66.85 256 1 GLU dB 42 ? ? 60.41 64.50 257 1 TYR dB 102 ? ? -96.42 52.35 258 1 TYR dC 102 ? ? -96.53 -60.04 259 1 PRO dC 121 ? ? -68.86 73.55 260 1 GLN dC 122 ? ? 37.65 -68.58 261 1 PHE dC 124 ? ? -93.71 50.17 262 1 GLN dC 128 ? ? 56.53 72.23 263 1 PRO eB 26 ? ? -67.09 -179.88 264 1 ALA eB 27 ? ? 64.02 -66.83 265 1 GLU eB 42 ? ? 60.47 64.39 266 1 TYR eB 102 ? ? -96.44 52.35 267 1 TYR eC 102 ? ? -96.53 -60.02 268 1 PRO eC 121 ? ? -68.95 73.60 269 1 GLN eC 122 ? ? 37.61 -68.46 270 1 PHE eC 124 ? ? -93.62 50.17 271 1 GLN eC 128 ? ? 56.48 72.29 272 1 PRO fB 26 ? ? -67.07 -179.87 273 1 ALA fB 27 ? ? 63.96 -66.78 274 1 GLU fB 42 ? ? 60.47 64.45 275 1 TYR fB 102 ? ? -96.42 52.32 276 1 TYR fC 102 ? ? -96.53 -60.01 277 1 PRO fC 121 ? ? -68.89 73.62 278 1 GLN fC 122 ? ? 37.49 -68.42 279 1 PHE fC 124 ? ? -93.68 50.12 280 1 GLN fC 128 ? ? 56.41 72.28 281 1 PRO gB 26 ? ? -67.03 -179.88 282 1 ALA gB 27 ? ? 64.03 -66.87 283 1 GLU gB 42 ? ? 60.43 64.48 284 1 TYR gB 102 ? ? -96.37 52.31 285 1 TYR gC 102 ? ? -96.53 -60.03 286 1 PRO gC 121 ? ? -68.97 73.57 287 1 GLN gC 122 ? ? 37.63 -68.48 288 1 PHE gC 124 ? ? -93.72 50.22 289 1 GLN gC 128 ? ? 56.47 72.25 290 1 PRO hB 26 ? ? -67.01 -179.85 291 1 ALA hB 27 ? ? 63.99 -66.86 292 1 GLU hB 42 ? ? 60.48 64.44 293 1 TYR hB 102 ? ? -96.46 52.41 294 1 PRO hC 121 ? ? -68.92 73.56 295 1 GLN hC 122 ? ? 37.60 -68.53 296 1 PHE hC 124 ? ? -93.68 50.20 297 1 GLN hC 128 ? ? 56.48 72.23 298 1 PRO iB 26 ? ? -67.09 -179.81 299 1 ALA iB 27 ? ? 63.99 -66.85 300 1 GLU iB 42 ? ? 60.43 64.43 301 1 TYR iB 102 ? ? -96.46 52.40 302 1 PRO iC 121 ? ? -68.98 73.57 303 1 GLN iC 122 ? ? 37.65 -68.53 304 1 PHE iC 124 ? ? -93.64 50.17 305 1 GLN iC 128 ? ? 56.56 72.20 306 1 PRO 2B 26 ? ? -67.00 -179.85 307 1 ALA 2B 27 ? ? 63.99 -66.85 308 1 GLU 2B 42 ? ? 60.43 64.45 309 1 TYR 2B 102 ? ? -96.47 52.41 310 1 PRO jB 26 ? ? -67.05 -179.86 311 1 ALA jB 27 ? ? 64.01 -66.85 312 1 GLU jB 42 ? ? 60.50 64.45 313 1 TYR jB 102 ? ? -96.40 52.33 314 1 TYR jC 102 ? ? -96.50 -60.03 315 1 PRO jC 121 ? ? -68.90 73.53 316 1 GLN jC 122 ? ? 37.71 -68.55 317 1 PHE jC 124 ? ? -93.67 50.11 318 1 GLN jC 128 ? ? 56.50 72.24 319 1 PRO kB 26 ? ? -67.04 -179.80 320 1 ALA kB 27 ? ? 63.96 -66.85 321 1 GLU kB 42 ? ? 60.41 64.45 322 1 TYR kB 102 ? ? -96.46 52.39 323 1 PRO kC 121 ? ? -68.88 73.51 324 1 GLN kC 122 ? ? 37.60 -68.46 325 1 PHE kC 124 ? ? -93.68 50.20 326 1 GLN kC 128 ? ? 56.60 72.21 327 1 PRO lB 26 ? ? -67.06 -179.83 328 1 ALA lB 27 ? ? 64.03 -66.90 329 1 GLU lB 42 ? ? 60.45 64.42 330 1 TYR lB 102 ? ? -96.41 52.36 331 1 PRO lC 121 ? ? -68.89 73.56 332 1 GLN lC 122 ? ? 37.65 -68.49 333 1 PHE lC 124 ? ? -93.70 50.15 334 1 GLN lC 128 ? 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