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A9A4Y9 1 ? 1734 ? 1 1734 # _pdbx_struct_assembly.id 1 _pdbx_struct_assembly.details author_defined_assembly _pdbx_struct_assembly.method_details ? _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details hexameric _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count 6 # loop_ _pdbx_struct_assembly_prop.biol_id _pdbx_struct_assembly_prop.type _pdbx_struct_assembly_prop.value _pdbx_struct_assembly_prop.details 1 'ABSA (A^2)' 0 ? 1 MORE 0 ? 1 'SSA (A^2)' 74220 ? # _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression 1 _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list A,B,C,D,E,F # _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.id 1 _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.experimental_support 'electron microscopy' _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.details ? # _pdbx_struct_oper_list.id 1 _pdbx_struct_oper_list.type 'identity operation' _pdbx_struct_oper_list.name 1_555 _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation ? _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] 1.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.vector[1] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] 1.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.vector[2] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] 1.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 0.0000000000 # loop_ _struct_conf.conf_type_id _struct_conf.id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_id _struct_conf.beg_label_comp_id _struct_conf.beg_label_asym_id _struct_conf.beg_label_seq_id _struct_conf.pdbx_beg_PDB_ins_code _struct_conf.end_label_comp_id _struct_conf.end_label_asym_id _struct_conf.end_label_seq_id _struct_conf.pdbx_end_PDB_ins_code _struct_conf.beg_auth_comp_id _struct_conf.beg_auth_asym_id _struct_conf.beg_auth_seq_id _struct_conf.end_auth_comp_id _struct_conf.end_auth_asym_id _struct_conf.end_auth_seq_id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_class _struct_conf.details _struct_conf.pdbx_PDB_helix_length HELX_P HELX_P1 AA1 PRO A 1389 ? 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PRO F 1523 ASN F 1526 5 ? 4 # _struct_conf_type.id HELX_P _struct_conf_type.criteria ? _struct_conf_type.reference ? # loop_ _struct_mon_prot_cis.pdbx_id _struct_mon_prot_cis.label_comp_id _struct_mon_prot_cis.label_seq_id _struct_mon_prot_cis.label_asym_id _struct_mon_prot_cis.label_alt_id _struct_mon_prot_cis.pdbx_PDB_ins_code _struct_mon_prot_cis.auth_comp_id _struct_mon_prot_cis.auth_seq_id _struct_mon_prot_cis.auth_asym_id _struct_mon_prot_cis.pdbx_label_comp_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_label_seq_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_label_asym_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_PDB_ins_code_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_auth_comp_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_auth_seq_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_auth_asym_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_PDB_model_num _struct_mon_prot_cis.pdbx_omega_angle 1 ASP 1598 A . ? ASP 1598 A PRO 1599 A ? PRO 1599 A 1 9.29 2 ASP 1598 B . ? ASP 1598 B PRO 1599 B ? PRO 1599 B 1 9.27 3 ASP 1598 C . ? ASP 1598 C PRO 1599 C ? PRO 1599 C 1 9.22 4 ASP 1598 D . ? ASP 1598 D PRO 1599 D ? PRO 1599 D 1 9.23 5 ASP 1598 E . ? ASP 1598 E PRO 1599 E ? PRO 1599 E 1 9.18 6 ASP 1598 F . ? ASP 1598 F PRO 1599 F ? PRO 1599 F 1 9.25 # loop_ _struct_sheet.id _struct_sheet.type _struct_sheet.number_strands _struct_sheet.details AA1 ? 5 ? AA2 ? 4 ? AA3 ? 5 ? AA4 ? 8 ? AA5 ? 4 ? AA6 ? 5 ? AA7 ? 4 ? AA8 ? 5 ? AA9 ? 8 ? AB1 ? 4 ? AB2 ? 5 ? AB3 ? 4 ? AB4 ? 5 ? AB5 ? 8 ? AB6 ? 4 ? AB7 ? 5 ? AB8 ? 4 ? AB9 ? 5 ? AC1 ? 8 ? AC2 ? 4 ? AC3 ? 5 ? AC4 ? 4 ? AC5 ? 5 ? AC6 ? 8 ? AC7 ? 4 ? AC8 ? 5 ? AC9 ? 4 ? AD1 ? 5 ? AD2 ? 8 ? AD3 ? 4 ? # loop_ _struct_sheet_order.sheet_id _struct_sheet_order.range_id_1 _struct_sheet_order.range_id_2 _struct_sheet_order.offset _struct_sheet_order.sense AA1 1 2 ? anti-parallel AA1 2 3 ? anti-parallel AA1 3 4 ? anti-parallel AA1 4 5 ? anti-parallel AA2 1 2 ? anti-parallel AA2 2 3 ? anti-parallel AA2 3 4 ? parallel AA3 1 2 ? parallel AA3 2 3 ? anti-parallel AA3 3 4 ? anti-parallel AA3 4 5 ? anti-parallel AA4 1 2 ? anti-parallel AA4 2 3 ? anti-parallel AA4 3 4 ? anti-parallel AA4 4 5 ? anti-parallel AA4 5 6 ? anti-parallel AA4 6 7 ? anti-parallel AA4 7 8 ? parallel AA5 1 2 ? anti-parallel AA5 2 3 ? anti-parallel AA5 3 4 ? parallel AA6 1 2 ? anti-parallel AA6 2 3 ? anti-parallel AA6 3 4 ? anti-parallel AA6 4 5 ? anti-parallel AA7 1 2 ? anti-parallel AA7 2 3 ? anti-parallel AA7 3 4 ? parallel AA8 1 2 ? parallel AA8 2 3 ? anti-parallel AA8 3 4 ? anti-parallel AA8 4 5 ? anti-parallel AA9 1 2 ? anti-parallel AA9 2 3 ? anti-parallel AA9 3 4 ? anti-parallel AA9 4 5 ? anti-parallel AA9 5 6 ? anti-parallel AA9 6 7 ? anti-parallel AA9 7 8 ? parallel AB1 1 2 ? anti-parallel AB1 2 3 ? anti-parallel AB1 3 4 ? parallel AB2 1 2 ? anti-parallel AB2 2 3 ? anti-parallel AB2 3 4 ? anti-parallel AB2 4 5 ? anti-parallel AB3 1 2 ? anti-parallel AB3 2 3 ? anti-parallel AB3 3 4 ? parallel AB4 1 2 ? parallel AB4 2 3 ? anti-parallel AB4 3 4 ? anti-parallel AB4 4 5 ? anti-parallel AB5 1 2 ? anti-parallel AB5 2 3 ? anti-parallel AB5 3 4 ? anti-parallel AB5 4 5 ? anti-parallel AB5 5 6 ? anti-parallel AB5 6 7 ? anti-parallel AB5 7 8 ? parallel AB6 1 2 ? anti-parallel AB6 2 3 ? anti-parallel AB6 3 4 ? parallel AB7 1 2 ? anti-parallel AB7 2 3 ? anti-parallel AB7 3 4 ? anti-parallel AB7 4 5 ? anti-parallel AB8 1 2 ? anti-parallel AB8 2 3 ? anti-parallel AB8 3 4 ? parallel AB9 1 2 ? parallel AB9 2 3 ? anti-parallel AB9 3 4 ? anti-parallel AB9 4 5 ? anti-parallel AC1 1 2 ? anti-parallel AC1 2 3 ? anti-parallel AC1 3 4 ? anti-parallel AC1 4 5 ? anti-parallel AC1 5 6 ? anti-parallel AC1 6 7 ? anti-parallel AC1 7 8 ? parallel AC2 1 2 ? anti-parallel AC2 2 3 ? anti-parallel AC2 3 4 ? parallel AC3 1 2 ? anti-parallel AC3 2 3 ? anti-parallel AC3 3 4 ? anti-parallel AC3 4 5 ? anti-parallel AC4 1 2 ? anti-parallel AC4 2 3 ? anti-parallel AC4 3 4 ? parallel AC5 1 2 ? parallel AC5 2 3 ? anti-parallel AC5 3 4 ? anti-parallel AC5 4 5 ? anti-parallel AC6 1 2 ? anti-parallel AC6 2 3 ? anti-parallel AC6 3 4 ? anti-parallel AC6 4 5 ? anti-parallel AC6 5 6 ? anti-parallel AC6 6 7 ? anti-parallel AC6 7 8 ? parallel AC7 1 2 ? anti-parallel AC7 2 3 ? anti-parallel AC7 3 4 ? parallel AC8 1 2 ? anti-parallel AC8 2 3 ? anti-parallel AC8 3 4 ? anti-parallel AC8 4 5 ? anti-parallel AC9 1 2 ? anti-parallel AC9 2 3 ? anti-parallel AC9 3 4 ? parallel AD1 1 2 ? parallel AD1 2 3 ? anti-parallel AD1 3 4 ? anti-parallel AD1 4 5 ? anti-parallel AD2 1 2 ? anti-parallel AD2 2 3 ? anti-parallel AD2 3 4 ? anti-parallel AD2 4 5 ? anti-parallel AD2 5 6 ? anti-parallel AD2 6 7 ? anti-parallel AD2 7 8 ? parallel AD3 1 2 ? anti-parallel AD3 2 3 ? anti-parallel AD3 3 4 ? parallel # loop_ _struct_sheet_range.sheet_id _struct_sheet_range.id _struct_sheet_range.beg_label_comp_id _struct_sheet_range.beg_label_asym_id _struct_sheet_range.beg_label_seq_id _struct_sheet_range.pdbx_beg_PDB_ins_code _struct_sheet_range.end_label_comp_id _struct_sheet_range.end_label_asym_id _struct_sheet_range.end_label_seq_id _struct_sheet_range.pdbx_end_PDB_ins_code _struct_sheet_range.beg_auth_comp_id _struct_sheet_range.beg_auth_asym_id _struct_sheet_range.beg_auth_seq_id _struct_sheet_range.end_auth_comp_id _struct_sheet_range.end_auth_asym_id _struct_sheet_range.end_auth_seq_id AA1 1 THR A 1368 ? 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ASN A 1534 SER A 1541 AA4 6 ASP A 1585 ? ASP A 1593 ? ASP A 1585 ASP A 1593 AA4 7 LEU A 1606 ? ILE A 1614 ? LEU A 1606 ILE A 1614 AA4 8 SER A 1509 ? TYR A 1510 ? SER A 1509 TYR A 1510 AA5 1 GLU A 1502 ? TRP A 1505 ? GLU A 1502 TRP A 1505 AA5 2 THR A 1515 ? ILE A 1521 ? THR A 1515 ILE A 1521 AA5 3 ILE A 1561 ? THR A 1569 ? ILE A 1561 THR A 1569 AA5 4 ARG A 1578 ? ARG A 1580 ? ARG A 1578 ARG A 1580 AA6 1 THR B 1368 ? LEU B 1371 ? THR B 1368 LEU B 1371 AA6 2 LYS B 1381 ? VAL B 1387 ? LYS B 1381 VAL B 1387 AA6 3 ILE B 1432 ? LEU B 1439 ? ILE B 1432 LEU B 1439 AA6 4 LEU B 1423 ? GLU B 1425 ? LEU B 1423 GLU B 1425 AA6 5 GLU B 1400 ? ILE B 1401 ? GLU B 1400 ILE B 1401 AA7 1 THR B 1368 ? LEU B 1371 ? THR B 1368 LEU B 1371 AA7 2 LYS B 1381 ? VAL B 1387 ? LYS B 1381 VAL B 1387 AA7 3 ILE B 1432 ? LEU B 1439 ? ILE B 1432 LEU B 1439 AA7 4 GLY B 1468 ? LEU B 1470 ? GLY B 1468 LEU B 1470 AA8 1 VAL B 1375 ? TYR B 1376 ? VAL B 1375 TYR B 1376 AA8 2 GLU B 1488 ? ILE B 1496 ? 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N VAL D 1539 AC1 5 6 N TRP D 1540 ? N TRP D 1540 O THR D 1588 ? O THR D 1588 AC1 6 7 N TYR D 1591 ? N TYR D 1591 O ILE D 1608 ? O ILE D 1608 AC1 7 8 O LEU D 1613 ? O LEU D 1613 N TYR D 1510 ? N TYR D 1510 AC2 1 2 N GLU D 1502 ? N GLU D 1502 O ILE D 1521 ? O ILE D 1521 AC2 2 3 N GLY D 1516 ? N GLY D 1516 O VAL D 1566 ? O VAL D 1566 AC2 3 4 N PHE D 1567 ? N PHE D 1567 O LEU D 1579 ? O LEU D 1579 AC3 1 2 N THR E 1368 ? N THR E 1368 O VAL E 1387 ? O VAL E 1387 AC3 2 3 N ILE E 1386 ? N ILE E 1386 O PHE E 1433 ? O PHE E 1433 AC3 3 4 O THR E 1434 ? O THR E 1434 N VAL E 1424 ? N VAL E 1424 AC3 4 5 O LEU E 1423 ? O LEU E 1423 N ILE E 1401 ? N ILE E 1401 AC4 1 2 N THR E 1368 ? N THR E 1368 O VAL E 1387 ? O VAL E 1387 AC4 2 3 N ILE E 1386 ? N ILE E 1386 O PHE E 1433 ? O PHE E 1433 AC4 3 4 N ILE E 1438 ? N ILE E 1438 O GLY E 1468 ? O GLY E 1468 AC5 1 2 N TYR E 1376 ? N TYR E 1376 O LEU E 1495 ? O LEU E 1495 AC5 2 3 O ALA E 1494 ? O ALA E 1494 N LEU E 1478 ? N LEU E 1478 AC5 3 4 O THR E 1479 ? O THR E 1479 N SER E 1412 ? N SER E 1412 AC5 4 5 N VAL E 1411 ? N VAL E 1411 O LEU E 1418 ? O LEU E 1418 AC6 1 2 N GLU E 1502 ? N GLU E 1502 O ILE E 1521 ? O ILE E 1521 AC6 2 3 N GLY E 1516 ? N GLY E 1516 O VAL E 1566 ? O VAL E 1566 AC6 3 4 O GLU E 1563 ? O GLU E 1563 N THR E 1553 ? N THR E 1553 AC6 4 5 O ILE E 1548 ? O ILE E 1548 N VAL E 1539 ? N VAL E 1539 AC6 5 6 N TRP E 1540 ? N TRP E 1540 O THR E 1588 ? O THR E 1588 AC6 6 7 N TYR E 1591 ? N TYR E 1591 O ILE E 1608 ? O ILE E 1608 AC6 7 8 O LEU E 1613 ? O LEU E 1613 N TYR E 1510 ? N TYR E 1510 AC7 1 2 N GLU E 1502 ? N GLU E 1502 O ILE E 1521 ? O ILE E 1521 AC7 2 3 N GLY E 1516 ? N GLY E 1516 O VAL E 1566 ? O VAL E 1566 AC7 3 4 N PHE E 1567 ? N PHE E 1567 O LEU E 1579 ? O LEU E 1579 AC8 1 2 N THR F 1368 ? N THR F 1368 O VAL F 1387 ? O VAL F 1387 AC8 2 3 N ILE F 1386 ? N ILE F 1386 O PHE F 1433 ? O PHE F 1433 AC8 3 4 O THR F 1434 ? O THR F 1434 N VAL F 1424 ? N VAL F 1424 AC8 4 5 O LEU F 1423 ? O LEU F 1423 N ILE F 1401 ? N ILE F 1401 AC9 1 2 N THR F 1368 ? N THR F 1368 O VAL F 1387 ? O VAL F 1387 AC9 2 3 N ILE F 1386 ? N ILE F 1386 O PHE F 1433 ? O PHE F 1433 AC9 3 4 N ILE F 1438 ? N ILE F 1438 O GLY F 1468 ? O GLY F 1468 AD1 1 2 N TYR F 1376 ? N TYR F 1376 O LEU F 1495 ? O LEU F 1495 AD1 2 3 O ALA F 1494 ? O ALA F 1494 N LEU F 1478 ? N LEU F 1478 AD1 3 4 O THR F 1479 ? O THR F 1479 N SER F 1412 ? N SER F 1412 AD1 4 5 N VAL F 1411 ? N VAL F 1411 O LEU F 1418 ? O LEU F 1418 AD2 1 2 N GLU F 1502 ? N GLU F 1502 O ILE F 1521 ? O ILE F 1521 AD2 2 3 N GLY F 1516 ? N GLY F 1516 O VAL F 1566 ? O VAL F 1566 AD2 3 4 O GLU F 1563 ? O GLU F 1563 N THR F 1553 ? N THR F 1553 AD2 4 5 O ILE F 1548 ? O ILE F 1548 N VAL F 1539 ? N VAL F 1539 AD2 5 6 N TRP F 1540 ? N TRP F 1540 O THR F 1588 ? O THR F 1588 AD2 6 7 N TYR F 1591 ? N TYR F 1591 O ILE F 1608 ? O ILE F 1608 AD2 7 8 O LEU F 1613 ? O LEU F 1613 N TYR F 1510 ? N TYR F 1510 AD3 1 2 N GLU F 1502 ? N GLU F 1502 O ILE F 1521 ? O ILE F 1521 AD3 2 3 N GLY F 1516 ? N GLY F 1516 O VAL F 1566 ? O VAL F 1566 AD3 3 4 N PHE F 1567 ? N PHE F 1567 O LEU F 1579 ? O LEU F 1579 # loop_ _pdbx_validate_torsion.id _pdbx_validate_torsion.PDB_model_num _pdbx_validate_torsion.auth_comp_id _pdbx_validate_torsion.auth_asym_id _pdbx_validate_torsion.auth_seq_id _pdbx_validate_torsion.PDB_ins_code _pdbx_validate_torsion.label_alt_id _pdbx_validate_torsion.phi _pdbx_validate_torsion.psi 1 1 THR A 1379 ? ? 49.13 25.04 2 1 THR B 1379 ? ? 49.09 25.08 3 1 THR C 1379 ? ? 49.04 25.09 4 1 THR D 1379 ? ? 49.08 25.01 5 1 THR E 1379 ? ? 49.11 25.00 6 1 THR F 1379 ? ? 49.10 25.03 # _em_3d_fitting.id 1 _em_3d_fitting.entry_id 8C8K _em_3d_fitting.method ? _em_3d_fitting.target_criteria 'Best Fit' _em_3d_fitting.details ? _em_3d_fitting.overall_b_value 59.2 _em_3d_fitting.ref_space RECIPROCAL _em_3d_fitting.ref_protocol 'AB INITIO MODEL' # _em_3d_reconstruction.entry_id 8C8K _em_3d_reconstruction.id 1 _em_3d_reconstruction.method ? _em_3d_reconstruction.algorithm 'FOURIER SPACE' _em_3d_reconstruction.citation_id ? _em_3d_reconstruction.details ;Per-particle defocus, anisotropy magnification, and higher-order aberrations were refined inside RELION3.1, followed by three rounds of focused 3D auto refinement. Bayesian particle polishing was performed subsequently in a 640x640 pixel2 box followed by auto-refinement and symmetry relaxation. The final map was obtained from 354,860 particles and post-processed using a soft mask focused on the central hexamer, yielding a global resolution of 2.7 angstrom according to the Fourier shell correlation criterion between two independently refined half-maps at a threshold value at 0.143, and local resolution up to 2.5 angstrom ; _em_3d_reconstruction.resolution 2.87 _em_3d_reconstruction.resolution_method 'FSC 0.143 CUT-OFF' _em_3d_reconstruction.magnification_calibration ? _em_3d_reconstruction.nominal_pixel_size ? _em_3d_reconstruction.actual_pixel_size ? _em_3d_reconstruction.num_particles 354860 _em_3d_reconstruction.euler_angles_details ? _em_3d_reconstruction.num_class_averages ? _em_3d_reconstruction.refinement_type ? _em_3d_reconstruction.image_processing_id 1 _em_3d_reconstruction.symmetry_type POINT # _em_buffer.id 1 _em_buffer.specimen_id 1 _em_buffer.name ? _em_buffer.details '50 mM HEPES/NaOH pH=7.5, 500 mM NaCl, 50 mM MgCl2, 10 mM CaCl2' _em_buffer.pH 7.5 # _em_entity_assembly.id 1 _em_entity_assembly.parent_id 0 _em_entity_assembly.source NATURAL _em_entity_assembly.type 'ORGANELLE OR CELLULAR COMPONENT' _em_entity_assembly.name 'Nitrosopumilus maritimus S-layer' _em_entity_assembly.details 'Nitrosopumilus maritimus S-layer C6 symmetrised' _em_entity_assembly.synonym ? _em_entity_assembly.oligomeric_details ? _em_entity_assembly.entity_id_list 1 # _em_image_scans.entry_id 8C8K _em_image_scans.id 1 _em_image_scans.number_digital_images ? _em_image_scans.details ? _em_image_scans.scanner_model ? _em_image_scans.sampling_size ? _em_image_scans.od_range ? _em_image_scans.quant_bit_size ? _em_image_scans.citation_id ? _em_image_scans.dimension_height 4092 _em_image_scans.dimension_width 5760 _em_image_scans.frames_per_image ? _em_image_scans.image_recording_id 1 _em_image_scans.used_frames_per_image ? # _em_imaging.entry_id 8C8K _em_imaging.id 1 _em_imaging.astigmatism ? _em_imaging.electron_beam_tilt_params ? _em_imaging.residual_tilt ? _em_imaging.microscope_model 'FEI TITAN KRIOS' _em_imaging.specimen_holder_type ? _em_imaging.specimen_holder_model 'FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER' _em_imaging.details ? _em_imaging.date ? _em_imaging.accelerating_voltage 300 _em_imaging.illumination_mode 'FLOOD BEAM' _em_imaging.mode 'BRIGHT FIELD' _em_imaging.nominal_cs 2.7 _em_imaging.nominal_defocus_min 2000 _em_imaging.nominal_defocus_max 5000 _em_imaging.calibrated_defocus_min 2000 _em_imaging.calibrated_defocus_max 5000 _em_imaging.tilt_angle_min ? _em_imaging.tilt_angle_max ? _em_imaging.nominal_magnification 81000 _em_imaging.calibrated_magnification 81000 _em_imaging.electron_source 'FIELD EMISSION GUN' _em_imaging.citation_id ? _em_imaging.temperature ? _em_imaging.detector_distance ? _em_imaging.recording_temperature_minimum 70 _em_imaging.recording_temperature_maximum 70 _em_imaging.alignment_procedure 'COMA FREE' _em_imaging.c2_aperture_diameter 70 _em_imaging.specimen_id 1 _em_imaging.cryogen NITROGEN # _em_sample_support.id 1 _em_sample_support.film_material ? _em_sample_support.method ? _em_sample_support.grid_material COPPER/RHODIUM _em_sample_support.grid_mesh_size 200 _em_sample_support.grid_type 'Quantifoil R2/2' _em_sample_support.details '15 mA' _em_sample_support.specimen_id 1 _em_sample_support.citation_id ? # _em_vitrification.entry_id 8C8K _em_vitrification.id 1 _em_vitrification.specimen_id 1 _em_vitrification.cryogen_name NITROGEN _em_vitrification.humidity 100 _em_vitrification.temp ? _em_vitrification.chamber_temperature 283.15 _em_vitrification.instrument 'FEI VITROBOT MARK IV' _em_vitrification.method ? _em_vitrification.time_resolved_state ? _em_vitrification.citation_id ? _em_vitrification.details 'absorption for 60 sec and blotted for 5 sec with blot force -10' # _em_experiment.entry_id 8C8K _em_experiment.id 1 _em_experiment.reconstruction_method 'SINGLE PARTICLE' _em_experiment.aggregation_state '2D ARRAY' _em_experiment.entity_assembly_id 1 # _em_single_particle_entity.entry_id 8C8K _em_single_particle_entity.id 1 _em_single_particle_entity.image_processing_id 1 _em_single_particle_entity.point_symmetry C6 # loop_ _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.id _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.PDB_model_num _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.polymer_flag _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.occupancy_flag _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.auth_asym_id _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.auth_comp_id _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.auth_seq_id _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.PDB_ins_code _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.label_asym_id _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.label_comp_id _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.label_seq_id 1 1 Y 1 A MET 1 ? A MET 1 2 1 Y 1 A ASN 2 ? A ASN 2 3 1 Y 1 A ASN 3 ? A ASN 3 4 1 Y 1 A GLU 4 ? A GLU 4 5 1 Y 1 A ILE 5 ? A ILE 5 6 1 Y 1 A GLY 6 ? A GLY 6 7 1 Y 1 A ARG 7 ? A ARG 7 8 1 Y 1 A LYS 8 ? A LYS 8 9 1 Y 1 A ILE 9 ? A ILE 9 10 1 Y 1 A THR 10 ? A THR 10 11 1 Y 1 A SER 11 ? A SER 11 12 1 Y 1 A LEU 12 ? A LEU 12 13 1 Y 1 A THR 13 ? A THR 13 14 1 Y 1 A LEU 14 ? A LEU 14 15 1 Y 1 A MET 15 ? A MET 15 16 1 Y 1 A THR 16 ? A THR 16 17 1 Y 1 A ILE 17 ? A ILE 17 18 1 Y 1 A MET 18 ? A MET 18 19 1 Y 1 A VAL 19 ? A VAL 19 20 1 Y 1 A ALA 20 ? A ALA 20 21 1 Y 1 A GLY 21 ? A GLY 21 22 1 Y 1 A GLY 22 ? A GLY 22 23 1 Y 1 A LEU 23 ? A LEU 23 24 1 Y 1 A THR 24 ? A THR 24 25 1 Y 1 A PHE 25 ? A PHE 25 26 1 Y 1 A ALA 26 ? A ALA 26 27 1 Y 1 A ILE 27 ? A ILE 27 28 1 Y 1 A PRO 28 ? A PRO 28 29 1 Y 1 A GLY 29 ? A GLY 29 30 1 Y 1 A VAL 30 ? A VAL 30 31 1 Y 1 A MET 31 ? A MET 31 32 1 Y 1 A PRO 32 ? A PRO 32 33 1 Y 1 A GLU 33 ? A GLU 33 34 1 Y 1 A ALA 34 ? A ALA 34 35 1 Y 1 A MET 35 ? A MET 35 36 1 Y 1 A ALA 36 ? 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HIS CA HA sing N N 134 HIS C O doub N N 135 HIS C OXT sing N N 136 HIS CB CG sing N N 137 HIS CB HB2 sing N N 138 HIS CB HB3 sing N N 139 HIS CG ND1 sing Y N 140 HIS CG CD2 doub Y N 141 HIS ND1 CE1 doub Y N 142 HIS ND1 HD1 sing N N 143 HIS CD2 NE2 sing Y N 144 HIS CD2 HD2 sing N N 145 HIS CE1 NE2 sing Y N 146 HIS CE1 HE1 sing N N 147 HIS NE2 HE2 sing N N 148 HIS OXT HXT sing N N 149 ILE N CA sing N N 150 ILE N H sing N N 151 ILE N H2 sing N N 152 ILE CA C sing N N 153 ILE CA CB sing N N 154 ILE CA HA sing N N 155 ILE C O doub N N 156 ILE C OXT sing N N 157 ILE CB CG1 sing N N 158 ILE CB CG2 sing N N 159 ILE CB HB sing N N 160 ILE CG1 CD1 sing N N 161 ILE CG1 HG12 sing N N 162 ILE CG1 HG13 sing N N 163 ILE CG2 HG21 sing N N 164 ILE CG2 HG22 sing N N 165 ILE CG2 HG23 sing N N 166 ILE CD1 HD11 sing N N 167 ILE CD1 HD12 sing N N 168 ILE CD1 HD13 sing N N 169 ILE OXT HXT sing N N 170 LEU N CA sing N N 171 LEU N H sing N N 172 LEU N H2 sing N N 173 LEU CA C sing N N 174 LEU CA CB sing N N 175 LEU CA HA sing N N 176 LEU C O doub N N 177 LEU C OXT sing N N 178 LEU CB CG sing N N 179 LEU CB HB2 sing N N 180 LEU CB HB3 sing N N 181 LEU CG CD1 sing N N 182 LEU CG CD2 sing N N 183 LEU CG HG sing N N 184 LEU CD1 HD11 sing N N 185 LEU CD1 HD12 sing N N 186 LEU CD1 HD13 sing N N 187 LEU CD2 HD21 sing N N 188 LEU CD2 HD22 sing N N 189 LEU CD2 HD23 sing N N 190 LEU OXT HXT sing N N 191 LYS N CA sing N N 192 LYS N H sing N N 193 LYS N H2 sing N N 194 LYS CA C sing N N 195 LYS CA CB sing N N 196 LYS CA HA sing N N 197 LYS C O doub N N 198 LYS C OXT sing N N 199 LYS CB CG sing N N 200 LYS CB HB2 sing N N 201 LYS CB HB3 sing N N 202 LYS CG CD sing N N 203 LYS CG HG2 sing N N 204 LYS CG HG3 sing N N 205 LYS CD CE sing N N 206 LYS CD HD2 sing N N 207 LYS CD HD3 sing N N 208 LYS CE NZ sing N N 209 LYS CE HE2 sing N N 210 LYS CE HE3 sing N N 211 LYS NZ HZ1 sing N N 212 LYS NZ HZ2 sing N N 213 LYS NZ HZ3 sing N N 214 LYS OXT HXT sing N N 215 MET N CA sing N N 216 MET N H sing N N 217 MET N H2 sing N N 218 MET CA C sing N N 219 MET CA CB sing N N 220 MET CA HA sing N N 221 MET C O doub N N 222 MET C OXT sing N N 223 MET CB CG sing N N 224 MET CB HB2 sing N N 225 MET CB HB3 sing N N 226 MET CG SD sing N N 227 MET CG HG2 sing N N 228 MET CG HG3 sing N N 229 MET SD CE sing N N 230 MET CE HE1 sing N N 231 MET CE HE2 sing N N 232 MET CE HE3 sing N N 233 MET OXT HXT sing N N 234 PHE N CA sing N N 235 PHE N H sing N N 236 PHE N H2 sing N N 237 PHE CA C sing N N 238 PHE CA CB sing N N 239 PHE CA HA sing N N 240 PHE C O doub N N 241 PHE C OXT sing N N 242 PHE CB CG sing N N 243 PHE CB HB2 sing N N 244 PHE CB HB3 sing N N 245 PHE CG CD1 doub Y N 246 PHE CG CD2 sing Y N 247 PHE CD1 CE1 sing Y N 248 PHE CD1 HD1 sing N N 249 PHE CD2 CE2 doub Y N 250 PHE CD2 HD2 sing N N 251 PHE CE1 CZ doub Y N 252 PHE CE1 HE1 sing N N 253 PHE CE2 CZ sing Y N 254 PHE CE2 HE2 sing N N 255 PHE CZ HZ sing N N 256 PHE OXT HXT sing N N 257 PRO N CA sing N N 258 PRO N CD sing N N 259 PRO N H sing N N 260 PRO CA C sing N N 261 PRO CA CB sing N N 262 PRO CA HA sing N N 263 PRO C O doub N N 264 PRO C OXT sing N N 265 PRO CB CG sing N N 266 PRO CB HB2 sing N N 267 PRO CB HB3 sing N N 268 PRO CG CD sing N N 269 PRO CG HG2 sing N N 270 PRO CG HG3 sing N N 271 PRO CD HD2 sing N N 272 PRO CD HD3 sing N N 273 PRO OXT HXT sing N N 274 SER N CA sing N N 275 SER N H sing N N 276 SER N H2 sing N N 277 SER CA C sing N N 278 SER CA CB sing N N 279 SER CA HA sing N N 280 SER C O doub N N 281 SER C OXT sing N N 282 SER CB OG sing N N 283 SER CB HB2 sing N N 284 SER CB HB3 sing N N 285 SER OG HG sing N N 286 SER OXT HXT sing N N 287 THR N CA sing N N 288 THR N H sing N N 289 THR N H2 sing N N 290 THR CA C sing N N 291 THR CA CB sing N N 292 THR CA HA sing N N 293 THR C O doub N N 294 THR C OXT sing N N 295 THR CB OG1 sing N N 296 THR CB CG2 sing N N 297 THR CB HB sing N N 298 THR OG1 HG1 sing N N 299 THR CG2 HG21 sing N N 300 THR CG2 HG22 sing N N 301 THR CG2 HG23 sing N N 302 THR OXT HXT sing N N 303 TRP N CA sing N N 304 TRP N H sing N N 305 TRP N H2 sing N N 306 TRP CA C sing N N 307 TRP CA CB sing N N 308 TRP CA HA sing N N 309 TRP C O doub N N 310 TRP C OXT sing N N 311 TRP CB CG sing N N 312 TRP CB HB2 sing N N 313 TRP CB HB3 sing N N 314 TRP CG CD1 doub Y N 315 TRP CG CD2 sing Y N 316 TRP CD1 NE1 sing Y N 317 TRP CD1 HD1 sing N N 318 TRP CD2 CE2 doub Y N 319 TRP CD2 CE3 sing Y N 320 TRP NE1 CE2 sing Y N 321 TRP NE1 HE1 sing N N 322 TRP CE2 CZ2 sing Y N 323 TRP CE3 CZ3 doub Y N 324 TRP CE3 HE3 sing N N 325 TRP CZ2 CH2 doub Y N 326 TRP CZ2 HZ2 sing N N 327 TRP CZ3 CH2 sing Y N 328 TRP CZ3 HZ3 sing N N 329 TRP CH2 HH2 sing N N 330 TRP OXT HXT sing N N 331 TYR N CA sing N N 332 TYR N H sing N N 333 TYR N H2 sing N N 334 TYR CA C sing N N 335 TYR CA CB sing N N 336 TYR CA HA sing N N 337 TYR C O doub N N 338 TYR C OXT sing N N 339 TYR CB CG sing N N 340 TYR CB HB2 sing N N 341 TYR CB HB3 sing N N 342 TYR CG CD1 doub Y N 343 TYR CG CD2 sing Y N 344 TYR CD1 CE1 sing Y N 345 TYR CD1 HD1 sing N N 346 TYR CD2 CE2 doub Y N 347 TYR CD2 HD2 sing N N 348 TYR CE1 CZ doub Y N 349 TYR CE1 HE1 sing N N 350 TYR CE2 CZ sing Y N 351 TYR CE2 HE2 sing N N 352 TYR CZ OH sing N N 353 TYR OH HH sing N N 354 TYR OXT HXT sing N N 355 VAL N CA sing N N 356 VAL N H sing N N 357 VAL N H2 sing N N 358 VAL CA C sing N N 359 VAL CA CB sing N N 360 VAL CA HA sing N N 361 VAL C O doub N N 362 VAL C OXT sing N N 363 VAL CB CG1 sing N N 364 VAL CB CG2 sing N N 365 VAL CB HB sing N N 366 VAL CG1 HG11 sing N N 367 VAL CG1 HG12 sing N N 368 VAL CG1 HG13 sing N N 369 VAL CG2 HG21 sing N N 370 VAL CG2 HG22 sing N N 371 VAL CG2 HG23 sing N N 372 VAL OXT HXT sing N N 373 # loop_ _em_buffer_component.buffer_id _em_buffer_component.concentration _em_buffer_component.concentration_units _em_buffer_component.formula _em_buffer_component.id _em_buffer_component.name 1 50 mM C8H18N2O4S 1 HEPES 1 500 mM NaCl 2 NaCl 1 50 mM MgCl2 3 MgCl2 1 10 mM CaCl2 4 CaCl2 # _em_ctf_correction.details 'RELION refinement with in-built CTF correction. The function is similar to a Wiener filter, so amplitude correction included.' _em_ctf_correction.em_image_processing_id 1 _em_ctf_correction.id 1 _em_ctf_correction.type 'PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION' # _em_entity_assembly_molwt.entity_assembly_id 1 _em_entity_assembly_molwt.experimental_flag NO _em_entity_assembly_molwt.id 1 _em_entity_assembly_molwt.units ? _em_entity_assembly_molwt.value ? # _em_entity_assembly_naturalsource.cell ? _em_entity_assembly_naturalsource.cellular_location extracellular _em_entity_assembly_naturalsource.entity_assembly_id 1 _em_entity_assembly_naturalsource.id 2 _em_entity_assembly_naturalsource.ncbi_tax_id 436308 _em_entity_assembly_naturalsource.organism 'Nitrosopumilus maritimus SCM1' _em_entity_assembly_naturalsource.organelle ? _em_entity_assembly_naturalsource.organ ? _em_entity_assembly_naturalsource.strain SCM1 _em_entity_assembly_naturalsource.tissue ? # _em_image_processing.details ;Movies collected at the scope were clustered into optics groups based on the XML meta-data of the data-collection software EPU (Thermo Fisher Scientific) using a k-means algorithm implemented in EPU_group_AFIS (https://github.com/DustinMorado/EPU_group_AFIS). Imported movies were motion-corrected, dose-weighted, and Fourier cropped (2x) with MotionCor2 implemented in RELION-3.1. Contrast transfer functions (CTFs) of the resulting motion-corrected micrographs were estimated using CTFFIND4. ; _em_image_processing.id 1 _em_image_processing.image_recording_id 1 # _em_image_recording.average_exposure_time 4.2 _em_image_recording.avg_electron_dose_per_subtomogram ? _em_image_recording.avg_electron_dose_per_image 48.5 _em_image_recording.details 'collected over three sessions, two with no stage tilt and one session with stage tilted by 33 degrees (alpha tilt)' _em_image_recording.detector_mode ? _em_image_recording.film_or_detector_model 'GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)' _em_image_recording.id 1 _em_image_recording.imaging_id 1 _em_image_recording.num_diffraction_images ? _em_image_recording.num_grids_imaged 3 _em_image_recording.num_real_images 12557 # _em_imaging_optics.chr_aberration_corrector 'not used' _em_imaging_optics.energyfilter_lower ? _em_imaging_optics.energyfilter_slit_width 20 _em_imaging_optics.energyfilter_name 'GIF Quantum LS' _em_imaging_optics.energyfilter_upper ? _em_imaging_optics.id 1 _em_imaging_optics.imaging_id 1 _em_imaging_optics.phase_plate ? _em_imaging_optics.sph_aberration_corrector 'not used' _em_imaging_optics.details ? # _em_particle_selection.details ;Initially, side views of S-layer sheets were first manually picked along the edge of the lattice using the helical picking tab in RELION while setting the helical rise to 60 angstrom. Top and tilted views were manually picked at the central hexameric axis. Manually picked particles were extracted in 4x downsampled 128x128 pixel2 boxes and classified using reference-free 2D classification inside RELION-3.1. Class averages centered at a hexameric axis were used to automatically pick particles inside RELION-3.1. Automatically picked particles were extracted in 4x downsampled 128x128 pixel2 boxes and classified using reference-free 2D classification. Particle coordinates belonging to class averages centered at the hexameric axis were used to train TOPAZ in 5x downsampled micrographs with the neural network architecture conv127. For the final reconstruction, particles were picked using TOPAZ and the previously trained neural network above. Additionally, top, bottom, and side views were picked using the reference-based autopicker inside RELION-3.1, which TOPAZ did not readily identify. Particles were extracted in 4x downsampled 128x128 pixel2 boxes and classified using reference-free 2D classification inside RELION-3.1. Particles belonging to class averages centered at the hexameric axis were combined, and particles within 30 angstrom were removed to prevent duplication after alignment. All resulting particles were then re-extracted in 4x downsampled 128x128 pixel2 boxes. ; _em_particle_selection.id 1 _em_particle_selection.image_processing_id 1 _em_particle_selection.method ? _em_particle_selection.num_particles_selected 1971908 _em_particle_selection.reference_model ? # loop_ _em_software.category _em_software.details _em_software.id _em_software.image_processing_id _em_software.fitting_id _em_software.imaging_id _em_software.name _em_software.version 'PARTICLE SELECTION' 'ResNet8 trained model' 1 1 ? ? Topaz 0.2.5 'PARTICLE SELECTION' ? 2 1 ? ? RELION ? 'IMAGE ACQUISITION' ? 3 ? ? 1 EPU ? MASKING ? 4 ? ? ? ? ? 'CTF CORRECTION' 'CTFFIND4 was used as implemented in RELION 3.1' 5 1 ? ? CTFFIND 4.1.13 'LAYERLINE INDEXING' ? 6 ? ? ? ? ? 'DIFFRACTION INDEXING' ? 7 ? ? ? ? ? 'MODEL FITTING' ? 8 ? 1 ? Coot 0.9.2-pre OTHER ? 9 ? ? ? ? ? 'INITIAL EULER ASSIGNMENT' ? 10 1 ? ? RELION 3.1 'FINAL EULER ASSIGNMENT' ? 11 1 ? ? RELION 3.1 CLASSIFICATION ? 12 1 ? ? RELION 3.1 RECONSTRUCTION ? 13 1 ? ? RELION 3.1 'MODEL REFINEMENT' ? 14 ? 1 ? PHENIX 1.19-4092 'MODEL REFINEMENT' ? 15 ? 1 ? REFMAC ? 'VOLUME SELECTION' ? 16 1 1 1 ? ? 'SERIES ALIGNMENT' ? 17 1 1 1 ? ? 'MOLECULAR REPLACEMENT' ? 18 1 1 1 ? ? 'LATTICE DISTORTION CORRECTION' ? 19 1 1 1 ? ? 'SYMMETRY DETERMINATION' ? 20 1 1 1 ? ? 'CRYSTALLOGRAPHY MERGING' ? 21 1 1 1 ? ? # _em_specimen.concentration ? _em_specimen.details 'In vitro isolate S-layer cell envelopes' _em_specimen.embedding_applied NO _em_specimen.experiment_id 1 _em_specimen.id 1 _em_specimen.shadowing_applied NO _em_specimen.staining_applied NO _em_specimen.vitrification_applied YES # loop_ _pdbx_audit_support.funding_organization _pdbx_audit_support.country _pdbx_audit_support.grant_number _pdbx_audit_support.ordinal 'Wellcome Trust' 'United Kingdom' 202231/Z/16/Z 1 'Medical Research Council (MRC, United Kingdom)' 'United Kingdom' MC_UP_1201/31 2 # _atom_sites.entry_id 8C8K _atom_sites.Cartn_transf_matrix[1][1] ? _atom_sites.Cartn_transf_matrix[1][2] ? _atom_sites.Cartn_transf_matrix[1][3] ? _atom_sites.Cartn_transf_matrix[2][1] ? _atom_sites.Cartn_transf_matrix[2][2] ? _atom_sites.Cartn_transf_matrix[2][3] ? _atom_sites.Cartn_transf_matrix[3][1] ? _atom_sites.Cartn_transf_matrix[3][2] ? _atom_sites.Cartn_transf_matrix[3][3] ? _atom_sites.Cartn_transf_vector[1] ? _atom_sites.Cartn_transf_vector[2] ? _atom_sites.Cartn_transf_vector[3] ? _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] 1.000000 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][2] 0.000000 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][3] 0.000000 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][1] 0.000000 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] 1.000000 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][3] 0.000000 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][1] 0.000000 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][2] 0.000000 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3] 1.000000 _atom_sites.fract_transf_vector[1] 0.00000 _atom_sites.fract_transf_vector[2] 0.00000 _atom_sites.fract_transf_vector[3] 0.00000 _atom_sites.solution_primary ? _atom_sites.solution_secondary ? _atom_sites.solution_hydrogens ? _atom_sites.special_details ? # loop_ _atom_type.symbol C CA N O S # loop_