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THR F 335 MET F 340 5 ? 6 HELX_P HELX_P44 AE8 ASN F 384 ? SER F 386 ? ASN F 384 SER F 386 5 ? 3 HELX_P HELX_P45 AE9 GLU F 393 ? GLY F 398 ? GLU F 393 GLY F 398 1 ? 6 # _struct_conf_type.id HELX_P _struct_conf_type.criteria ? _struct_conf_type.reference ? # loop_ _struct_conn.id _struct_conn.conn_type_id _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag _struct_conn.pdbx_PDB_id _struct_conn.ptnr1_label_asym_id _struct_conn.ptnr1_label_comp_id _struct_conn.ptnr1_label_seq_id _struct_conn.ptnr1_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id _struct_conn.ptnr1_symmetry _struct_conn.ptnr2_label_asym_id _struct_conn.ptnr2_label_comp_id _struct_conn.ptnr2_label_seq_id _struct_conn.ptnr2_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_symmetry _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code _struct_conn.details _struct_conn.pdbx_dist_value _struct_conn.pdbx_value_order _struct_conn.pdbx_role disulf1 disulf ? ? A CYS 128 SG ? ? ? 1_555 A CYS 177 SG ? ? A CYS 128 A CYS 177 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.033 ? ? disulf2 disulf ? ? A CYS 341 SG ? ? ? 1_555 A CYS 345 SG ? ? A CYS 341 A CYS 345 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.030 ? ? disulf3 disulf ? ? B CYS 128 SG ? ? ? 1_555 B CYS 177 SG ? ? B CYS 128 B CYS 177 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.032 ? ? disulf4 disulf ? ? B CYS 341 SG ? ? ? 1_555 B CYS 345 SG ? ? B CYS 341 B CYS 345 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.032 ? ? disulf5 disulf ? ? C CYS 128 SG ? ? ? 1_555 C CYS 177 SG ? ? C CYS 128 C CYS 177 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.032 ? ? disulf6 disulf ? ? C CYS 341 SG ? ? ? 1_555 C CYS 345 SG ? ? C CYS 341 C CYS 345 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.029 ? ? disulf7 disulf ? ? D CYS 128 SG ? ? ? 1_555 D CYS 177 SG ? ? D CYS 128 D CYS 177 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.032 ? ? disulf8 disulf ? ? D CYS 341 SG ? ? ? 1_555 D CYS 345 SG ? ? D CYS 341 D CYS 345 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.031 ? ? disulf9 disulf ? ? E CYS 128 SG ? ? ? 1_555 E CYS 177 SG ? ? E CYS 128 E CYS 177 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.031 ? ? disulf10 disulf ? ? E CYS 341 SG ? ? ? 1_555 E CYS 345 SG ? ? E CYS 341 E CYS 345 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.031 ? ? disulf11 disulf ? ? F CYS 128 SG ? ? ? 1_555 F CYS 177 SG ? ? F CYS 128 F CYS 177 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.032 ? ? disulf12 disulf ? ? F CYS 341 SG ? ? ? 1_555 F CYS 345 SG ? ? F CYS 341 F CYS 345 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.029 ? ? # _struct_conn_type.id disulf _struct_conn_type.criteria ? _struct_conn_type.reference ? # loop_ _struct_mon_prot_cis.pdbx_id _struct_mon_prot_cis.label_comp_id _struct_mon_prot_cis.label_seq_id _struct_mon_prot_cis.label_asym_id _struct_mon_prot_cis.label_alt_id _struct_mon_prot_cis.pdbx_PDB_ins_code _struct_mon_prot_cis.auth_comp_id _struct_mon_prot_cis.auth_seq_id _struct_mon_prot_cis.auth_asym_id _struct_mon_prot_cis.pdbx_label_comp_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_label_seq_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_label_asym_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_PDB_ins_code_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_auth_comp_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_auth_seq_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_auth_asym_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_PDB_model_num _struct_mon_prot_cis.pdbx_omega_angle 1 TRP 225 A . ? TRP 225 A PRO 226 A ? PRO 226 A 1 -2.86 2 TRP 225 B . ? TRP 225 B PRO 226 B ? PRO 226 B 1 -0.57 3 TRP 225 C . ? TRP 225 C PRO 226 C ? PRO 226 C 1 -2.06 4 TRP 225 D . ? TRP 225 D PRO 226 D ? PRO 226 D 1 -2.85 5 TRP 225 E . ? TRP 225 E PRO 226 E ? PRO 226 E 1 1.15 6 TRP 225 F . ? TRP 225 F PRO 226 F ? PRO 226 F 1 -1.97 # loop_ _struct_sheet.id _struct_sheet.type _struct_sheet.number_strands _struct_sheet.details AA1 ? 4 ? AA2 ? 6 ? AA3 ? 5 ? AA4 ? 6 ? AA5 ? 4 ? AA6 ? 3 ? AA7 ? 2 ? AA8 ? 4 ? AA9 ? 6 ? AB1 ? 5 ? AB2 ? 6 ? AB3 ? 4 ? AB4 ? 3 ? AB5 ? 2 ? AB6 ? 4 ? AB7 ? 6 ? AB8 ? 5 ? AB9 ? 6 ? AC1 ? 4 ? AC2 ? 3 ? AC3 ? 2 ? AC4 ? 4 ? AC5 ? 6 ? AC6 ? 5 ? AC7 ? 6 ? AC8 ? 3 ? AC9 ? 3 ? AD1 ? 2 ? AD2 ? 4 ? AD3 ? 6 ? AD4 ? 5 ? AD5 ? 6 ? AD6 ? 4 ? AD7 ? 3 ? AD8 ? 2 ? AD9 ? 4 ? AE1 ? 6 ? AE2 ? 5 ? AE3 ? 6 ? AE4 ? 3 ? AE5 ? 3 ? AE6 ? 2 ? # loop_ _struct_sheet_order.sheet_id _struct_sheet_order.range_id_1 _struct_sheet_order.range_id_2 _struct_sheet_order.offset _struct_sheet_order.sense AA1 1 2 ? anti-parallel AA1 2 3 ? anti-parallel AA1 3 4 ? anti-parallel AA2 1 2 ? anti-parallel AA2 2 3 ? anti-parallel AA2 3 4 ? parallel AA2 4 5 ? anti-parallel AA2 5 6 ? anti-parallel AA3 1 2 ? parallel AA3 2 3 ? anti-parallel AA3 3 4 ? anti-parallel AA3 4 5 ? anti-parallel AA4 1 2 ? anti-parallel AA4 2 3 ? anti-parallel AA4 3 4 ? anti-parallel AA4 4 5 ? anti-parallel AA4 5 6 ? anti-parallel AA5 1 2 ? parallel AA5 2 3 ? anti-parallel AA5 3 4 ? anti-parallel AA6 1 2 ? anti-parallel AA6 2 3 ? anti-parallel AA7 1 2 ? anti-parallel AA8 1 2 ? anti-parallel AA8 2 3 ? anti-parallel AA8 3 4 ? anti-parallel AA9 1 2 ? anti-parallel AA9 2 3 ? anti-parallel AA9 3 4 ? parallel AA9 4 5 ? anti-parallel AA9 5 6 ? anti-parallel AB1 1 2 ? parallel AB1 2 3 ? anti-parallel AB1 3 4 ? anti-parallel AB1 4 5 ? anti-parallel AB2 1 2 ? anti-parallel AB2 2 3 ? anti-parallel AB2 3 4 ? anti-parallel AB2 4 5 ? anti-parallel AB2 5 6 ? anti-parallel AB3 1 2 ? parallel AB3 2 3 ? anti-parallel AB3 3 4 ? anti-parallel AB4 1 2 ? anti-parallel AB4 2 3 ? anti-parallel AB5 1 2 ? anti-parallel AB6 1 2 ? anti-parallel AB6 2 3 ? anti-parallel AB6 3 4 ? anti-parallel AB7 1 2 ? anti-parallel AB7 2 3 ? anti-parallel AB7 3 4 ? parallel AB7 4 5 ? anti-parallel AB7 5 6 ? anti-parallel AB8 1 2 ? parallel AB8 2 3 ? anti-parallel AB8 3 4 ? anti-parallel AB8 4 5 ? anti-parallel AB9 1 2 ? anti-parallel AB9 2 3 ? anti-parallel AB9 3 4 ? anti-parallel AB9 4 5 ? anti-parallel AB9 5 6 ? anti-parallel AC1 1 2 ? parallel AC1 2 3 ? anti-parallel AC1 3 4 ? anti-parallel AC2 1 2 ? anti-parallel AC2 2 3 ? anti-parallel AC3 1 2 ? anti-parallel AC4 1 2 ? anti-parallel AC4 2 3 ? anti-parallel AC4 3 4 ? anti-parallel AC5 1 2 ? anti-parallel AC5 2 3 ? anti-parallel AC5 3 4 ? parallel AC5 4 5 ? anti-parallel AC5 5 6 ? anti-parallel AC6 1 2 ? parallel AC6 2 3 ? anti-parallel AC6 3 4 ? anti-parallel AC6 4 5 ? anti-parallel AC7 1 2 ? anti-parallel AC7 2 3 ? anti-parallel AC7 3 4 ? anti-parallel AC7 4 5 ? anti-parallel AC7 5 6 ? anti-parallel AC8 1 2 ? anti-parallel AC8 2 3 ? anti-parallel AC9 1 2 ? anti-parallel AC9 2 3 ? anti-parallel AD1 1 2 ? anti-parallel AD2 1 2 ? anti-parallel AD2 2 3 ? anti-parallel AD2 3 4 ? anti-parallel AD3 1 2 ? anti-parallel AD3 2 3 ? anti-parallel AD3 3 4 ? parallel AD3 4 5 ? anti-parallel AD3 5 6 ? anti-parallel AD4 1 2 ? parallel AD4 2 3 ? anti-parallel AD4 3 4 ? anti-parallel AD4 4 5 ? anti-parallel AD5 1 2 ? anti-parallel AD5 2 3 ? anti-parallel AD5 3 4 ? anti-parallel AD5 4 5 ? anti-parallel AD5 5 6 ? anti-parallel AD6 1 2 ? parallel AD6 2 3 ? anti-parallel AD6 3 4 ? anti-parallel AD7 1 2 ? anti-parallel AD7 2 3 ? anti-parallel AD8 1 2 ? anti-parallel AD9 1 2 ? anti-parallel AD9 2 3 ? anti-parallel AD9 3 4 ? anti-parallel AE1 1 2 ? anti-parallel AE1 2 3 ? anti-parallel AE1 3 4 ? parallel AE1 4 5 ? anti-parallel AE1 5 6 ? anti-parallel AE2 1 2 ? parallel AE2 2 3 ? anti-parallel AE2 3 4 ? anti-parallel AE2 4 5 ? anti-parallel AE3 1 2 ? anti-parallel AE3 2 3 ? anti-parallel AE3 3 4 ? anti-parallel AE3 4 5 ? anti-parallel AE3 5 6 ? anti-parallel AE4 1 2 ? anti-parallel AE4 2 3 ? anti-parallel AE5 1 2 ? anti-parallel AE5 2 3 ? anti-parallel AE6 1 2 ? anti-parallel # loop_ _struct_sheet_range.sheet_id _struct_sheet_range.id _struct_sheet_range.beg_label_comp_id _struct_sheet_range.beg_label_asym_id _struct_sheet_range.beg_label_seq_id _struct_sheet_range.pdbx_beg_PDB_ins_code _struct_sheet_range.end_label_comp_id _struct_sheet_range.end_label_asym_id _struct_sheet_range.end_label_seq_id _struct_sheet_range.pdbx_end_PDB_ins_code _struct_sheet_range.beg_auth_comp_id _struct_sheet_range.beg_auth_asym_id _struct_sheet_range.beg_auth_seq_id _struct_sheet_range.end_auth_comp_id _struct_sheet_range.end_auth_asym_id _struct_sheet_range.end_auth_seq_id AA1 1 LEU A 41 ? 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THR A 314 TYR A 316 AA5 1 VAL A 271 ? PHE A 272 ? VAL A 271 PHE A 272 AA5 2 THR A 446 ? VAL A 452 ? THR A 446 VAL A 452 AA5 3 ALA A 439 ? TYR A 443 ? ALA A 439 TYR A 443 AA5 4 LEU A 347 ? ASP A 350 ? LEU A 347 ASP A 350 AA6 1 GLN A 277 ? VAL A 278 ? GLN A 277 VAL A 278 AA6 2 LEU A 427 ? ILE A 429 ? LEU A 427 ILE A 429 AA6 3 VAL A 361 ? ILE A 363 ? VAL A 361 ILE A 363 AA7 1 THR A 372 ? GLN A 373 ? THR A 372 GLN A 373 AA7 2 PHE A 388 ? GLY A 389 ? PHE A 388 GLY A 389 AA8 1 LEU B 41 ? VAL B 43 ? LEU B 41 VAL B 43 AA8 2 ILE B 60 ? VAL B 64 ? ILE B 60 VAL B 64 AA8 3 TRP B 98 ? ASP B 104 ? TRP B 98 ASP B 104 AA8 4 VAL B 91 ? GLN B 92 ? VAL B 91 GLN B 92 AA9 1 LEU B 41 ? VAL B 43 ? LEU B 41 VAL B 43 AA9 2 ILE B 60 ? VAL B 64 ? ILE B 60 VAL B 64 AA9 3 TRP B 98 ? ASP B 104 ? TRP B 98 ASP B 104 AA9 4 ILE B 228 ? TYR B 231 ? ILE B 228 TYR B 231 AA9 5 ILE B 147 ? ILE B 149 ? ILE B 147 ILE B 149 AA9 6 VAL B 126 ? CYS B 128 ? VAL B 126 CYS B 128 AB1 1 TYR B 53 ? MET B 54 ? TYR B 53 MET B 54 AB1 2 GLY B 248 ? PHE B 256 ? GLY B 248 PHE B 256 AB1 3 GLY B 237 ? LYS B 245 ? GLY B 237 LYS B 245 AB1 4 ASP B 80 ? VAL B 83 ? ASP B 80 VAL B 83 AB1 5 LYS B 86 ? VAL B 87 ? LYS B 86 VAL B 87 AB2 1 GLU B 264 ? LEU B 267 ? GLU B 264 LEU B 267 AB2 2 ALA B 280 ? THR B 283 ? ALA B 280 THR B 283 AB2 3 VAL B 415 ? GLY B 417 ? VAL B 415 GLY B 417 AB2 4 THR B 405 ? GLU B 408 ? THR B 405 GLU B 408 AB2 5 SER B 296 ? PHE B 299 ? SER B 296 PHE B 299 AB2 6 THR B 314 ? TYR B 316 ? THR B 314 TYR B 316 AB3 1 VAL B 271 ? PHE B 272 ? VAL B 271 PHE B 272 AB3 2 THR B 446 ? VAL B 452 ? THR B 446 VAL B 452 AB3 3 SER B 438 ? TYR B 443 ? SER B 438 TYR B 443 AB3 4 LEU B 347 ? ASP B 350 ? LEU B 347 ASP B 350 AB4 1 GLN B 277 ? VAL B 278 ? GLN B 277 VAL B 278 AB4 2 LEU B 427 ? ILE B 429 ? LEU B 427 ILE B 429 AB4 3 VAL B 361 ? ILE B 363 ? VAL B 361 ILE B 363 AB5 1 THR B 372 ? GLN B 373 ? THR B 372 GLN B 373 AB5 2 PHE B 388 ? GLY B 389 ? PHE B 388 GLY B 389 AB6 1 LEU C 41 ? VAL C 43 ? 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CA sing N N 304 TRP N H sing N N 305 TRP N H2 sing N N 306 TRP CA C sing N N 307 TRP CA CB sing N N 308 TRP CA HA sing N N 309 TRP C O doub N N 310 TRP C OXT sing N N 311 TRP CB CG sing N N 312 TRP CB HB2 sing N N 313 TRP CB HB3 sing N N 314 TRP CG CD1 doub Y N 315 TRP CG CD2 sing Y N 316 TRP CD1 NE1 sing Y N 317 TRP CD1 HD1 sing N N 318 TRP CD2 CE2 doub Y N 319 TRP CD2 CE3 sing Y N 320 TRP NE1 CE2 sing Y N 321 TRP NE1 HE1 sing N N 322 TRP CE2 CZ2 sing Y N 323 TRP CE3 CZ3 doub Y N 324 TRP CE3 HE3 sing N N 325 TRP CZ2 CH2 doub Y N 326 TRP CZ2 HZ2 sing N N 327 TRP CZ3 CH2 sing Y N 328 TRP CZ3 HZ3 sing N N 329 TRP CH2 HH2 sing N N 330 TRP OXT HXT sing N N 331 TYR N CA sing N N 332 TYR N H sing N N 333 TYR N H2 sing N N 334 TYR CA C sing N N 335 TYR CA CB sing N N 336 TYR CA HA sing N N 337 TYR C O doub N N 338 TYR C OXT sing N N 339 TYR CB CG sing N N 340 TYR CB HB2 sing N N 341 TYR CB HB3 sing N N 342 TYR CG CD1 doub Y N 343 TYR CG CD2 sing Y N 344 TYR CD1 CE1 sing Y N 345 TYR CD1 HD1 sing N N 346 TYR CD2 CE2 doub Y N 347 TYR CD2 HD2 sing N N 348 TYR CE1 CZ doub Y N 349 TYR CE1 HE1 sing N N 350 TYR CE2 CZ sing Y N 351 TYR CE2 HE2 sing N N 352 TYR CZ OH sing N N 353 TYR OH HH sing N N 354 TYR OXT HXT sing N N 355 VAL N CA sing N N 356 VAL N H sing N N 357 VAL N H2 sing N N 358 VAL CA C sing N N 359 VAL CA CB sing N N 360 VAL CA HA sing N N 361 VAL C O doub N N 362 VAL C OXT sing N N 363 VAL CB CG1 sing N N 364 VAL CB CG2 sing N N 365 VAL CB HB sing N N 366 VAL CG1 HG11 sing N N 367 VAL CG1 HG12 sing N N 368 VAL CG1 HG13 sing N N 369 VAL CG2 HG21 sing N N 370 VAL CG2 HG22 sing N N 371 VAL CG2 HG23 sing N N 372 VAL OXT HXT sing N N 373 # loop_ _em_buffer_component.buffer_id _em_buffer_component.concentration _em_buffer_component.concentration_units _em_buffer_component.formula _em_buffer_component.id _em_buffer_component.name 1 10 mM C8H18N2O4S 1 HEPES 1 444.9 mM NaCl 2 NaCl 1 20.286 mM MgSO4 3 MgSO4 1 24.59 mM MgCl2 4 MgCl2 1 10.2 mM CaCl2 5 CaCl2 1 1 mM NH4Cl 6 NH4Cl 1 14.696 microM KH2PO4 7 KH2PO4 1 7.5 microM FeNaC10H12N2O8 8 FeNaEDTA 1 0.5 microM H3BO3 9 H3BO3 1 0.5 microM MnCl2 10 MnCl2 1 0.8 microM CoCl2 11 CoCl2 1 0.1 microM NiCl2 12 NiCl2 1 0.01 microM CuCl2 13 CuCl2 1 0.5 microM ZnSO4 14 ZnSO4 1 0.15 microM Na2MoO4 15 Na2MoO4 # _em_ctf_correction.details 'PseudoSubtomograms as described in Zivanov 2022 (https://elifesciences.org/articles/83724)' _em_ctf_correction.em_image_processing_id 1 _em_ctf_correction.id 1 _em_ctf_correction.type 'PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION' # _em_entity_assembly_molwt.entity_assembly_id 1 _em_entity_assembly_molwt.experimental_flag NO _em_entity_assembly_molwt.id 1 _em_entity_assembly_molwt.units ? _em_entity_assembly_molwt.value ? # _em_entity_assembly_naturalsource.cell ? _em_entity_assembly_naturalsource.cellular_location extracellular _em_entity_assembly_naturalsource.entity_assembly_id 1 _em_entity_assembly_naturalsource.id 2 _em_entity_assembly_naturalsource.ncbi_tax_id 436308 _em_entity_assembly_naturalsource.organism 'Nitrosopumilus maritimus SCM1' _em_entity_assembly_naturalsource.organelle ? _em_entity_assembly_naturalsource.organ ? _em_entity_assembly_naturalsource.strain SCM1 _em_entity_assembly_naturalsource.tissue ? # _em_image_processing.details ? _em_image_processing.id 1 _em_image_processing.image_recording_id 1 # _em_image_recording.average_exposure_time 0.9 _em_image_recording.avg_electron_dose_per_subtomogram 121 _em_image_recording.avg_electron_dose_per_image 2.96 _em_image_recording.details 'Dose-symmetric tilt scheme (Hagen et al)' _em_image_recording.detector_mode COUNTING _em_image_recording.film_or_detector_model 'GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)' _em_image_recording.id 1 _em_image_recording.imaging_id 1 _em_image_recording.num_diffraction_images ? _em_image_recording.num_grids_imaged ? _em_image_recording.num_real_images 1 # _em_imaging_optics.chr_aberration_corrector 'not used' _em_imaging_optics.energyfilter_lower ? _em_imaging_optics.energyfilter_slit_width 20 _em_imaging_optics.energyfilter_name 'GIF Quantum LS' _em_imaging_optics.energyfilter_upper ? _em_imaging_optics.id 1 _em_imaging_optics.imaging_id 1 _em_imaging_optics.phase_plate ? _em_imaging_optics.sph_aberration_corrector 'not used' _em_imaging_optics.details ? # _em_particle_selection.details ;Initially, side views of S-layer sheets were first manually picked along the edge of the lattice using the helical picking tab in RELION while setting the helical rise to 60 angstrom. Top and tilted views were manually picked at the central hexameric axis. Manually picked particles were extracted in 4x downsampled 128x128 pixel2 boxes and classified using reference-free 2D classification inside RELION-3.1. Class averages centered at a hexameric axis were used to automatically pick particles inside RELION-3.1. Automatically picked particles were extracted in 4x downsampled 128x128 pixel2 boxes and classified using reference-free 2D classification. Particle coordinates belonging to class averages centered at the hexameric axis were used to train TOPAZ in 5x downsampled micrographs with the neural network architecture conv127. For the final reconstruction, particles were picked using TOPAZ and the previously trained neural network above. Additionally, top, bottom, and side views were picked using the reference-based autopicker inside RELION-3.1, which TOPAZ did not readily identify. Particles were extracted in 4x downsampled 128x128 pixel2 boxes and classified using reference-free 2D classification inside RELION-3.1. Particles belonging to class averages centered at the hexameric axis were combined, and particles within 30 angstrom were removed to prevent duplication after alignment. All resulting particles were then re-extracted in 4x downsampled 128x128 pixel2 boxes. ; _em_particle_selection.id 1 _em_particle_selection.image_processing_id 1 _em_particle_selection.method ? _em_particle_selection.num_particles_selected 1971908 _em_particle_selection.reference_model ? # loop_ _em_software.category _em_software.details _em_software.id _em_software.image_processing_id _em_software.fitting_id _em_software.imaging_id _em_software.name _em_software.version 'VOLUME SELECTION' ? 1 1 ? ? RELION 4.0.0 'IMAGE ACQUISITION' ? 2 ? ? 1 SerialEM ? MASKING ? 3 ? ? ? ? ? 'CTF CORRECTION' 'CTF estimation' 4 1 ? ? CTFFIND 4.1.13 'CTF CORRECTION' 'CTF correction' 5 1 ? ? RELION 4.0.0 'LAYERLINE INDEXING' ? 6 ? ? ? ? ? 'DIFFRACTION INDEXING' ? 7 ? ? ? ? ? 'MODEL FITTING' ? 8 ? 1 ? Coot 0.9.2-pre OTHER ? 9 ? ? ? ? ? 'MODEL REFINEMENT' ? 10 ? 1 ? PHENIX 1.19-4092 'MODEL REFINEMENT' ? 11 ? 1 ? REFMAC ? 'INITIAL EULER ASSIGNMENT' ? 12 1 ? ? RELION 3.1 'FINAL EULER ASSIGNMENT' ? 13 1 ? ? RELION 4.0.0 CLASSIFICATION ? 14 1 ? ? RELION 4.0.0 RECONSTRUCTION ? 15 1 ? ? RELION 4.0.0 'PARTICLE SELECTION' ? 16 1 1 1 ? ? 'SERIES ALIGNMENT' ? 17 1 1 1 ? ? 'MOLECULAR REPLACEMENT' ? 18 1 1 1 ? ? 'LATTICE DISTORTION CORRECTION' ? 19 1 1 1 ? ? 'SYMMETRY DETERMINATION' ? 20 1 1 1 ? ? 'CRYSTALLOGRAPHY MERGING' ? 21 1 1 1 ? ? # _em_specimen.concentration ? _em_specimen.details 'Nitrosopumilus maritimus cells' _em_specimen.embedding_applied NO _em_specimen.experiment_id 1 _em_specimen.id 1 _em_specimen.shadowing_applied NO _em_specimen.staining_applied NO _em_specimen.vitrification_applied YES # _em_volume_selection.details ? _em_volume_selection.id 1 _em_volume_selection.image_processing_id 1 _em_volume_selection.method ? _em_volume_selection.num_tomograms 153 _em_volume_selection.num_volumes_extracted 138532 _em_volume_selection.reference_model None # loop_ _pdbx_audit_support.funding_organization _pdbx_audit_support.country _pdbx_audit_support.grant_number _pdbx_audit_support.ordinal 'Wellcome Trust' 'United Kingdom' 202231/Z/16/Z 1 'Medical Research Council (MRC, United Kingdom)' 'United Kingdom' MC_UP_1201/31 2 # _atom_sites.entry_id 8C8N _atom_sites.Cartn_transf_matrix[1][1] ? _atom_sites.Cartn_transf_matrix[1][2] ? _atom_sites.Cartn_transf_matrix[1][3] ? _atom_sites.Cartn_transf_matrix[2][1] ? _atom_sites.Cartn_transf_matrix[2][2] ? _atom_sites.Cartn_transf_matrix[2][3] ? _atom_sites.Cartn_transf_matrix[3][1] ? _atom_sites.Cartn_transf_matrix[3][2] ? _atom_sites.Cartn_transf_matrix[3][3] ? _atom_sites.Cartn_transf_vector[1] ? _atom_sites.Cartn_transf_vector[2] ? _atom_sites.Cartn_transf_vector[3] ? _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] 1.000000 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][2] 0.000000 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][3] 0.000000 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][1] 0.000000 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] 1.000000 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][3] 0.000000 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][1] 0.000000 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][2] 0.000000 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3] 1.000000 _atom_sites.fract_transf_vector[1] 0.00000 _atom_sites.fract_transf_vector[2] 0.00000 _atom_sites.fract_transf_vector[3] 0.00000 _atom_sites.solution_primary ? _atom_sites.solution_secondary ? _atom_sites.solution_hydrogens ? _atom_sites.special_details ? # loop_ _atom_type.symbol C CA N O S # loop_