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AN3 ? 4 ? # loop_ _struct_sheet_order.sheet_id _struct_sheet_order.range_id_1 _struct_sheet_order.range_id_2 _struct_sheet_order.offset _struct_sheet_order.sense AA1 1 2 ? anti-parallel AA1 2 3 ? anti-parallel AA1 3 4 ? anti-parallel AA2 1 2 ? anti-parallel AA2 2 3 ? anti-parallel AA2 3 4 ? parallel AA3 1 2 ? anti-parallel AA3 2 3 ? anti-parallel AA3 3 4 ? anti-parallel AA3 4 5 ? parallel AA4 1 2 ? anti-parallel AA4 2 3 ? anti-parallel AA4 3 4 ? anti-parallel AA4 4 5 ? anti-parallel AA4 5 6 ? anti-parallel AA4 6 7 ? anti-parallel AA5 1 2 ? anti-parallel AA5 2 3 ? anti-parallel AA5 3 4 ? anti-parallel AA5 4 5 ? anti-parallel AA5 5 6 ? anti-parallel AA5 6 7 ? anti-parallel AA6 1 2 ? anti-parallel AA7 1 2 ? anti-parallel AA7 2 3 ? anti-parallel AA7 3 4 ? anti-parallel AA7 4 5 ? anti-parallel AA8 1 2 ? parallel AA8 2 3 ? anti-parallel AA8 3 4 ? anti-parallel AA8 4 5 ? anti-parallel AA9 1 2 ? parallel AA9 2 3 ? anti-parallel AA9 3 4 ? anti-parallel AA9 4 5 ? anti-parallel AB1 1 2 ? anti-parallel AB2 1 2 ? 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_chem_comp_bond.pdbx_ordinal ALA N CA sing N N 1 ALA N H sing N N 2 ALA N H2 sing N N 3 ALA CA C sing N N 4 ALA CA CB sing N N 5 ALA CA HA sing N N 6 ALA C O doub N N 7 ALA C OXT sing N N 8 ALA CB HB1 sing N N 9 ALA CB HB2 sing N N 10 ALA CB HB3 sing N N 11 ALA OXT HXT sing N N 12 ARG N CA sing N N 13 ARG N H sing N N 14 ARG N H2 sing N N 15 ARG CA C sing N N 16 ARG CA CB sing N N 17 ARG CA HA sing N N 18 ARG C O doub N N 19 ARG C OXT sing N N 20 ARG CB CG sing N N 21 ARG CB HB2 sing N N 22 ARG CB HB3 sing N N 23 ARG CG CD sing N N 24 ARG CG HG2 sing N N 25 ARG CG HG3 sing N N 26 ARG CD NE sing N N 27 ARG CD HD2 sing N N 28 ARG CD HD3 sing N N 29 ARG NE CZ sing N N 30 ARG NE HE sing N N 31 ARG CZ NH1 sing N N 32 ARG CZ NH2 doub N N 33 ARG NH1 HH11 sing N N 34 ARG NH1 HH12 sing N N 35 ARG NH2 HH21 sing N N 36 ARG NH2 HH22 sing N N 37 ARG OXT HXT sing N N 38 ASN N CA sing N N 39 ASN N H sing N N 40 ASN N H2 sing N N 41 ASN CA C sing N N 42 ASN CA CB sing N N 43 ASN CA HA sing N N 44 ASN C O doub N N 45 ASN C OXT sing N N 46 ASN CB CG sing N N 47 ASN CB HB2 sing N N 48 ASN CB HB3 sing N N 49 ASN CG OD1 doub N N 50 ASN CG ND2 sing N N 51 ASN ND2 HD21 sing N N 52 ASN ND2 HD22 sing N N 53 ASN OXT HXT sing N N 54 ASP N CA sing N N 55 ASP N H sing N N 56 ASP N H2 sing N N 57 ASP CA C sing N N 58 ASP CA CB sing N N 59 ASP CA HA sing N N 60 ASP C O doub N N 61 ASP C OXT sing N N 62 ASP CB CG sing N N 63 ASP CB HB2 sing N N 64 ASP CB HB3 sing N N 65 ASP CG OD1 doub N N 66 ASP CG OD2 sing N N 67 ASP OD2 HD2 sing N N 68 ASP OXT HXT sing N N 69 CYS N CA sing N N 70 CYS N H sing N N 71 CYS N H2 sing N N 72 CYS CA C sing N N 73 CYS CA CB sing N N 74 CYS CA HA sing N N 75 CYS C O doub N N 76 CYS C OXT sing N N 77 CYS CB SG sing N N 78 CYS CB HB2 sing N N 79 CYS CB HB3 sing N N 80 CYS SG HG sing N N 81 CYS OXT HXT sing N N 82 GLN N CA sing N N 83 GLN N H sing N N 84 GLN N H2 sing N N 85 GLN CA C sing N N 86 GLN CA CB sing N N 87 GLN CA HA sing N N 88 GLN C O doub N N 89 GLN C OXT 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CA C sing N N 261 PRO CA CB sing N N 262 PRO CA HA sing N N 263 PRO C O doub N N 264 PRO C OXT sing N N 265 PRO CB CG sing N N 266 PRO CB HB2 sing N N 267 PRO CB HB3 sing N N 268 PRO CG CD sing N N 269 PRO CG HG2 sing N N 270 PRO CG HG3 sing N N 271 PRO CD HD2 sing N N 272 PRO CD HD3 sing N N 273 PRO OXT HXT sing N N 274 SER N CA sing N N 275 SER N H sing N N 276 SER N H2 sing N N 277 SER CA C sing N N 278 SER CA CB sing N N 279 SER CA HA sing N N 280 SER C O doub N N 281 SER C OXT sing N N 282 SER CB OG sing N N 283 SER CB HB2 sing N N 284 SER CB HB3 sing N N 285 SER OG HG sing N N 286 SER OXT HXT sing N N 287 THR N CA sing N N 288 THR N H sing N N 289 THR N H2 sing N N 290 THR CA C sing N N 291 THR CA CB sing N N 292 THR CA HA sing N N 293 THR C O doub N N 294 THR C OXT sing N N 295 THR CB OG1 sing N N 296 THR CB CG2 sing N N 297 THR CB HB sing N N 298 THR OG1 HG1 sing N N 299 THR CG2 HG21 sing N N 300 THR CG2 HG22 sing N N 301 THR CG2 HG23 sing N N 302 THR OXT HXT sing N N 303 TRP N 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sing N N 346 TYR CD2 CE2 doub Y N 347 TYR CD2 HD2 sing N N 348 TYR CE1 CZ doub Y N 349 TYR CE1 HE1 sing N N 350 TYR CE2 CZ sing Y N 351 TYR CE2 HE2 sing N N 352 TYR CZ OH sing N N 353 TYR OH HH sing N N 354 TYR OXT HXT sing N N 355 VAL N CA sing N N 356 VAL N H sing N N 357 VAL N H2 sing N N 358 VAL CA C sing N N 359 VAL CA CB sing N N 360 VAL CA HA sing N N 361 VAL C O doub N N 362 VAL C OXT sing N N 363 VAL CB CG1 sing N N 364 VAL CB CG2 sing N N 365 VAL CB HB sing N N 366 VAL CG1 HG11 sing N N 367 VAL CG1 HG12 sing N N 368 VAL CG1 HG13 sing N N 369 VAL CG2 HG21 sing N N 370 VAL CG2 HG22 sing N N 371 VAL CG2 HG23 sing N N 372 VAL OXT HXT sing N N 373 # loop_ _em_buffer_component.buffer_id _em_buffer_component.concentration _em_buffer_component.concentration_units _em_buffer_component.formula _em_buffer_component.id _em_buffer_component.name 1 10 mM C8H18N2O4S 1 HEPES 1 444.9 mM NaCl 2 NaCl 1 20.286 mM MgSO4 3 MgSO4 1 24.59 mM MgCl2 4 MgCl2 1 10.2 mM CaCl2 5 CaCl2 1 1 mM NH4Cl 6 NH4Cl 1 14.696 microM KH2PO4 7 KH2PO4 1 7.5 microM FeNaC10H12N2O8 8 FeNaEDTA 1 0.5 microM H3BO3 9 H3BO3 1 0.5 microM MnCl2 10 MnCl2 1 0.8 microM CoCl2 11 CoCl2 1 0.1 microM NiCl2 12 NiCl2 1 0.01 microM CuCl2 13 CuCl2 1 0.5 microM ZnSO4 14 ZnSO4 1 0.15 microM Na2MoO4 15 Na2MoO4 # _em_ctf_correction.details 'PseudoSubtomograms as described in Zivanov 2022 (https://elifesciences.org/articles/83724)' _em_ctf_correction.em_image_processing_id 1 _em_ctf_correction.id 1 _em_ctf_correction.type 'PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION' # _em_entity_assembly_molwt.entity_assembly_id 1 _em_entity_assembly_molwt.experimental_flag NO _em_entity_assembly_molwt.id 1 _em_entity_assembly_molwt.units ? _em_entity_assembly_molwt.value ? # _em_entity_assembly_naturalsource.cell ? _em_entity_assembly_naturalsource.cellular_location extracellular _em_entity_assembly_naturalsource.entity_assembly_id 1 _em_entity_assembly_naturalsource.id 2 _em_entity_assembly_naturalsource.ncbi_tax_id 436308 _em_entity_assembly_naturalsource.organism 'Nitrosopumilus maritimus SCM1' _em_entity_assembly_naturalsource.organelle ? _em_entity_assembly_naturalsource.organ ? _em_entity_assembly_naturalsource.strain SCM1 _em_entity_assembly_naturalsource.tissue ? _em_entity_assembly_naturalsource.details ? # _em_image_processing.details ? _em_image_processing.id 1 _em_image_processing.image_recording_id 1 # _em_image_recording.average_exposure_time 0.9 _em_image_recording.avg_electron_dose_per_subtomogram 121 _em_image_recording.avg_electron_dose_per_image 2.96 _em_image_recording.details 'Dose symmetric tilt scheme (Hagen et al, JSB)' _em_image_recording.detector_mode COUNTING _em_image_recording.film_or_detector_model 'GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)' _em_image_recording.id 1 _em_image_recording.imaging_id 1 _em_image_recording.num_diffraction_images ? _em_image_recording.num_grids_imaged ? _em_image_recording.num_real_images 1 # _em_imaging_optics.chr_aberration_corrector 'not used' _em_imaging_optics.energyfilter_lower ? _em_imaging_optics.energyfilter_slit_width 20 _em_imaging_optics.energyfilter_name 'GIF Quantum LS' _em_imaging_optics.energyfilter_upper ? _em_imaging_optics.id 1 _em_imaging_optics.imaging_id 1 _em_imaging_optics.phase_plate ? _em_imaging_optics.sph_aberration_corrector 'not used' _em_imaging_optics.details ? # _em_particle_selection.details ;Initially, side views of S-layer sheets were first manually picked along the edge of the lattice using the helical picking tab in RELION while setting the helical rise to 60 angstrom. Top and tilted views were manually picked at the central hexameric axis. Manually picked particles were extracted in 4x downsampled 128x128 pixel2 boxes and classified using reference-free 2D classification inside RELION-3.1. Class averages centered at a hexameric axis were used to automatically pick particles inside RELION-3.1. Automatically picked particles were extracted in 4x downsampled 128x128 pixel2 boxes and classified using reference-free 2D classification. Particle coordinates belonging to class averages centered at the hexameric axis were used to train TOPAZ in 5x downsampled micrographs with the neural network architecture conv127. For the final reconstruction, particles were picked using TOPAZ and the previously trained neural network above. Additionally, top, bottom, and side views were picked using the reference-based autopicker inside RELION-3.1, which TOPAZ did not readily identify. Particles were extracted in 4x downsampled 128x128 pixel2 boxes and classified using reference-free 2D classification inside RELION-3.1. Particles belonging to class averages centered at the hexameric axis were combined, and particles within 30 angstrom were removed to prevent duplication after alignment. All resulting particles were then re-extracted in 4x downsampled 128x128 pixel2 boxes. ; _em_particle_selection.id 1 _em_particle_selection.image_processing_id 1 _em_particle_selection.method ? _em_particle_selection.num_particles_selected 1971908 _em_particle_selection.reference_model ? # loop_ _em_software.category _em_software.details _em_software.id _em_software.image_processing_id _em_software.fitting_id _em_software.imaging_id _em_software.name _em_software.version 'VOLUME SELECTION' ? 1 1 ? ? RELION 4.0.0 'IMAGE ACQUISITION' ? 2 ? ? 1 SerialEM ? MASKING ? 3 ? ? ? ? ? 'CTF CORRECTION' 'CTF estimation' 4 1 ? ? CTFFIND 4.1.13 'CTF CORRECTION' 'CTF correction' 5 1 ? ? RELION 4.0.0 'LAYERLINE INDEXING' ? 6 ? ? ? ? ? 'DIFFRACTION INDEXING' ? 7 ? ? ? ? ? 'MODEL FITTING' ? 8 ? 1 ? Coot 0.9.2-pre OTHER ? 9 ? ? ? ? ? 'INITIAL EULER ASSIGNMENT' ? 10 1 ? ? RELION 3.1 'FINAL EULER ASSIGNMENT' ? 11 1 ? ? RELION 4.0.0 CLASSIFICATION ? 12 1 ? ? RELION 4.0.0 RECONSTRUCTION ? 13 1 ? ? RELION 4.0.0 'MODEL REFINEMENT' ? 14 ? 1 ? PHENIX 1.19-4092 'MODEL REFINEMENT' ? 15 ? 1 ? REFMAC ? 'PARTICLE SELECTION' ? 16 1 1 1 ? ? 'SERIES ALIGNMENT' ? 17 1 1 1 ? ? 'MOLECULAR REPLACEMENT' ? 18 1 1 1 ? ? 'LATTICE DISTORTION CORRECTION' ? 19 1 1 1 ? ? 'SYMMETRY DETERMINATION' ? 20 1 1 1 ? ? 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