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EMDB EMD-16493 ? ? # _pdbx_database_related.db_name EMDB _pdbx_database_related.details 'cryo-EM structure of BG505 SOSIP.664 HIV-1 Env trimer in complex with bNAbs EPTC112 and 3BNC117' _pdbx_database_related.db_id EMD-16493 _pdbx_database_related.content_type 'associated EM volume' # _pdbx_database_status.status_code REL _pdbx_database_status.status_code_sf ? _pdbx_database_status.status_code_mr ? _pdbx_database_status.entry_id 8C8T _pdbx_database_status.recvd_initial_deposition_date 2023-01-21 _pdbx_database_status.SG_entry N _pdbx_database_status.deposit_site PDBE _pdbx_database_status.process_site PDBE _pdbx_database_status.status_code_cs ? _pdbx_database_status.status_code_nmr_data ? _pdbx_database_status.methods_development_category ? _pdbx_database_status.pdb_format_compatible N # loop_ _audit_author.name _audit_author.pdbx_ordinal _audit_author.identifier_ORCID 'Baquero, E.' 1 0000-0002-4701-4181 'Molinos-Albert, L.' 2 0000-0001-5447-6803 'Mouquet, H.' 3 0000-0002-4230-610X # _citation.abstract ? _citation.abstract_id_CAS ? _citation.book_id_ISBN ? _citation.book_publisher ? _citation.book_publisher_city ? _citation.book_title ? _citation.coordinate_linkage ? _citation.country US _citation.database_id_Medline ? _citation.details ? _citation.id primary _citation.journal_abbrev 'Cell Host Microbe' _citation.journal_id_ASTM ? _citation.journal_id_CSD ? _citation.journal_id_ISSN 1934-6069 _citation.journal_full ? _citation.journal_issue ? _citation.journal_volume 31 _citation.language ? _citation.page_first 1275 _citation.page_last ? _citation.title 'Anti-V1/V3-glycan broadly HIV-1 neutralizing antibodies in a post-treatment controller.' _citation.year 2023 _citation.database_id_CSD ? _citation.pdbx_database_id_DOI 10.1016/j.chom.2023.06.006 _citation.pdbx_database_id_PubMed 37433296 _citation.pdbx_database_id_patent ? _citation.unpublished_flag ? # loop_ _citation_author.citation_id _citation_author.name _citation_author.ordinal _citation_author.identifier_ORCID primary 'Molinos-Albert, L.M.' 1 ? primary 'Baquero, E.' 2 ? primary 'Bouvin-Pley, M.' 3 ? primary 'Lorin, V.' 4 ? primary 'Charre, C.' 5 ? primary 'Planchais, C.' 6 ? primary 'Dimitrov, J.D.' 7 ? primary 'Monceaux, V.' 8 ? primary 'Vos, M.' 9 ? primary 'Hocqueloux, L.' 10 ? primary 'Berger, J.L.' 11 ? primary 'Seaman, M.S.' 12 ? primary 'Braibant, M.' 13 ? primary 'Avettand-Fenoel, V.' 14 ? primary 'Saez-Cirion, A.' 15 ? primary 'Mouquet, H.' 16 ? # _cell.angle_alpha 90.00 _cell.angle_alpha_esd ? _cell.angle_beta 90.00 _cell.angle_beta_esd ? _cell.angle_gamma 90.00 _cell.angle_gamma_esd ? _cell.entry_id 8C8T _cell.details ? _cell.formula_units_Z ? _cell.length_a 1.00 _cell.length_a_esd ? _cell.length_b 1.00 _cell.length_b_esd ? _cell.length_c 1.00 _cell.length_c_esd ? _cell.volume ? _cell.volume_esd ? _cell.Z_PDB ? _cell.reciprocal_angle_alpha ? _cell.reciprocal_angle_beta ? _cell.reciprocal_angle_gamma ? _cell.reciprocal_angle_alpha_esd ? _cell.reciprocal_angle_beta_esd ? _cell.reciprocal_angle_gamma_esd ? _cell.reciprocal_length_a ? _cell.reciprocal_length_b ? _cell.reciprocal_length_c ? _cell.reciprocal_length_a_esd ? _cell.reciprocal_length_b_esd ? _cell.reciprocal_length_c_esd ? _cell.pdbx_unique_axis ? _cell.pdbx_esd_method ? # _symmetry.entry_id 8C8T _symmetry.cell_setting ? _symmetry.Int_Tables_number 1 _symmetry.space_group_name_Hall ? _symmetry.space_group_name_H-M 'P 1' _symmetry.pdbx_full_space_group_name_H-M ? # loop_ _entity.id _entity.type _entity.src_method _entity.pdbx_description _entity.formula_weight _entity.pdbx_number_of_molecules _entity.pdbx_ec _entity.pdbx_mutation _entity.pdbx_fragment _entity.details 1 polymer man 'Envelope glycoprotein gp160' 52551.500 3 ? ? ? 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_entity_poly.type _entity_poly.nstd_linkage _entity_poly.nstd_monomer _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can _entity_poly.pdbx_strand_id _entity_poly.pdbx_target_identifier 1 'polypeptide(L)' no no ;LWVTVYYGVPVWKDAETTLFCASDAKAYETEKHNVWATHACVPTDPNPQEIHLENVTEEFNMWKNNMVEQMHTDIISLWD QSLKPCVKLTPLCVTLQCTNVTNNITDDMRGELKNCSFNMTTELRDKKQKVYSLFYRLDVVQINENQGNRSNNSNKEYRL INCNTSAITQACPKVSFEPIPIHYCAPAGFAILKCKDKKFNGTGPCPSVSTVQCTHGIKPVVSTQLLLNGSLAEEEVMIR SENITNNAKNILVQFNTPVQINCTRPNNNTRKSIRIGPGQAFYATGDIIGDIRQAHCNVSKATWNETLGKVVKQLRKHFG NNTIIRFANSSGGDLEVTTHSFNCGGEFFYCNTSGLFNSTWISNTSVQGSNSTGSNDSITLPCRIKQIINMWQRIGQAMY APPIQGVIRCVSNITGLILTRDGGSTNSTTETFRPGGGDMRDNWRSELYKYKVVKIEPLGVAPTRCKRR ; ;LWVTVYYGVPVWKDAETTLFCASDAKAYETEKHNVWATHACVPTDPNPQEIHLENVTEEFNMWKNNMVEQMHTDIISLWD QSLKPCVKLTPLCVTLQCTNVTNNITDDMRGELKNCSFNMTTELRDKKQKVYSLFYRLDVVQINENQGNRSNNSNKEYRL INCNTSAITQACPKVSFEPIPIHYCAPAGFAILKCKDKKFNGTGPCPSVSTVQCTHGIKPVVSTQLLLNGSLAEEEVMIR SENITNNAKNILVQFNTPVQINCTRPNNNTRKSIRIGPGQAFYATGDIIGDIRQAHCNVSKATWNETLGKVVKQLRKHFG NNTIIRFANSSGGDLEVTTHSFNCGGEFFYCNTSGLFNSTWISNTSVQGSNSTGSNDSITLPCRIKQIINMWQRIGQAMY APPIQGVIRCVSNITGLILTRDGGSTNSTTETFRPGGGDMRDNWRSELYKYKVVKIEPLGVAPTRCKRR ; A,F,G ? 2 'polypeptide(L)' no no ;LGFLGAAGSTMGAASMTLTVQARNLLSGIVQQQSNLLRAPEAQQHLLKLTVWGIKQLQARVLAVERYLRDQQLLGIWGCS GKLICCTNVPWNSSWSNRNLSEIWDNMTWLQWDKEISNYTQIIYGLLEESQNQQEKNEQDLLALD ; ;LGFLGAAGSTMGAASMTLTVQARNLLSGIVQQQSNLLRAPEAQQHLLKLTVWGIKQLQARVLAVERYLRDQQLLGIWGCS GKLICCTNVPWNSSWSNRNLSEIWDNMTWLQWDKEISNYTQIIYGLLEESQNQQEKNEQDLLALD ; B,I,J ? 3 'polypeptide(L)' no no ;QVQLLESGPGLVRPSETLTLTCSVFNSRVSGYYYSWIRQPPGRGLEWIASTHFSLRPSRNPSLLSRVTTSIDTERYQVFL NMRSVTAADTAVYFCARGDASGWRADYFPHWGQGTLVVVSSASTKGPSVFPLAPSSKSTSGGTAALGCLVKDYFPEPVTV SWNSGALTSGVHTFPAVLQSSGLYSLSSVVTVPSSSLGTQTYICNVNHKPSNTKVDKRVEPKSCDKTHHHHHH ; ;QVQLLESGPGLVRPSETLTLTCSVFNSRVSGYYYSWIRQPPGRGLEWIASTHFSLRPSRNPSLLSRVTTSIDTERYQVFL NMRSVTAADTAVYFCARGDASGWRADYFPHWGQGTLVVVSSASTKGPSVFPLAPSSKSTSGGTAALGCLVKDYFPEPVTV SWNSGALTSGVHTFPAVLQSSGLYSLSSVVTVPSSSLGTQTYICNVNHKPSNTKVDKRVEPKSCDKTHHHHHH ; C,H ? 4 'polypeptide(L)' no no ;QVQLLQSGAAVTKPGASVRVSCEASGYNIRDYFIHWWRQAPGQGLQWVGWINPKTGQPNNPRQFQGRVSLTRHASWDFDT FSFYMDLKALRSDDTAVYFCARQRSDYWDFDVWGSGTQVTVSSASTKGPSVFPLAPSSKSTSGGTAALGCLVKDYFPEPV TVSWNSGALTSGVHTFPAVLQSSGLYSLSSVVTVPSSSLGTQTYICNVNHKPSNTKVDKKVEPKSC ; ;QVQLLQSGAAVTKPGASVRVSCEASGYNIRDYFIHWWRQAPGQGLQWVGWINPKTGQPNNPRQFQGRVSLTRHASWDFDT FSFYMDLKALRSDDTAVYFCARQRSDYWDFDVWGSGTQVTVSSASTKGPSVFPLAPSSKSTSGGTAALGCLVKDYFPEPV TVSWNSGALTSGVHTFPAVLQSSGLYSLSSVVTVPSSSLGTQTYICNVNHKPSNTKVDKKVEPKSC ; R,S ? 5 'polypeptide(L)' no no ;DIQMTQSPSSLSASVGDTVTITCQANGYLNWYQQRRGKAPKLLIYDGSKLERGVPSRFSGRRWGQEYNLTINNLQPEDIA TYFCQVYEFVVPGTRLDLKRTVAAPSVFIFPPSDEQLKSGTASVVCLLNNFYPREAKVQWKVDNALQSGNSQESVTEQDS KDSTYSLSSTLTLSKADYEKHKVYACEVTHQGLSSPVTKSFNRGEC ; ;DIQMTQSPSSLSASVGDTVTITCQANGYLNWYQQRRGKAPKLLIYDGSKLERGVPSRFSGRRWGQEYNLTINNLQPEDIA TYFCQVYEFVVPGTRLDLKRTVAAPSVFIFPPSDEQLKSGTASVVCLLNNFYPREAKVQWKVDNALQSGNSQESVTEQDS KDSTYSLSSTLTLSKADYEKHKVYACEVTHQGLSSPVTKSFNRGEC ; T,U ? 6 'polypeptide(L)' no no ;QSVLTQPPSASGSPGQSVTISCTGTSSDIGASDYVSWYQQYPGEAPKVIIYDVTKRPSGVPDRFSGSKSGTTASLTVSGL QAEDEADYYCSSDAGRHTLLFGGGTKVTVLGQPKAAPSVTLFPPSSEELQANKATLVCLISDFYPGAVTVAWKADSSPVK AGVETTTPSKQSNNKYAASSYLSLTPEQWKSHRSYSCQVTHEGSTVEKTVAPTECS ; ;QSVLTQPPSASGSPGQSVTISCTGTSSDIGASDYVSWYQQYPGEAPKVIIYDVTKRPSGVPDRFSGSKSGTTASLTVSGL QAEDEADYYCSSDAGRHTLLFGGGTKVTVLGQPKAAPSVTLFPPSSEELQANKATLVCLISDFYPGAVTVAWKADSSPVK AGVETTTPSKQSNNKYAASSYLSLTPEQWKSHRSYSCQVTHEGSTVEKTVAPTECS ; D,K ? # loop_ _entity_poly_seq.entity_id _entity_poly_seq.num _entity_poly_seq.mon_id _entity_poly_seq.hetero 1 1 LEU n 1 2 TRP n 1 3 VAL n 1 4 THR n 1 5 VAL n 1 6 TYR n 1 7 TYR n 1 8 GLY n 1 9 VAL n 1 10 PRO n 1 11 VAL n 1 12 TRP n 1 13 LYS n 1 14 ASP n 1 15 ALA n 1 16 GLU n 1 17 THR n 1 18 THR n 1 19 LEU n 1 20 PHE n 1 21 CYS n 1 22 ALA n 1 23 SER n 1 24 ASP n 1 25 ALA n 1 26 LYS n 1 27 ALA 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SER n # loop_ _entity_src_gen.entity_id _entity_src_gen.pdbx_src_id _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag _entity_src_gen.pdbx_seq_type _entity_src_gen.pdbx_beg_seq_num _entity_src_gen.pdbx_end_seq_num _entity_src_gen.gene_src_common_name _entity_src_gen.gene_src_genus _entity_src_gen.pdbx_gene_src_gene _entity_src_gen.gene_src_species _entity_src_gen.gene_src_strain _entity_src_gen.gene_src_tissue _entity_src_gen.gene_src_tissue_fraction _entity_src_gen.gene_src_details _entity_src_gen.pdbx_gene_src_fragment _entity_src_gen.pdbx_gene_src_scientific_name _entity_src_gen.pdbx_gene_src_ncbi_taxonomy_id _entity_src_gen.pdbx_gene_src_variant _entity_src_gen.pdbx_gene_src_cell_line _entity_src_gen.pdbx_gene_src_atcc _entity_src_gen.pdbx_gene_src_organ _entity_src_gen.pdbx_gene_src_organelle _entity_src_gen.pdbx_gene_src_cell _entity_src_gen.pdbx_gene_src_cellular_location _entity_src_gen.host_org_common_name _entity_src_gen.pdbx_host_org_scientific_name _entity_src_gen.pdbx_host_org_ncbi_taxonomy_id _entity_src_gen.host_org_genus _entity_src_gen.pdbx_host_org_gene _entity_src_gen.pdbx_host_org_organ _entity_src_gen.host_org_species _entity_src_gen.pdbx_host_org_tissue _entity_src_gen.pdbx_host_org_tissue_fraction _entity_src_gen.pdbx_host_org_strain _entity_src_gen.pdbx_host_org_variant _entity_src_gen.pdbx_host_org_cell_line _entity_src_gen.pdbx_host_org_atcc _entity_src_gen.pdbx_host_org_culture_collection _entity_src_gen.pdbx_host_org_cell _entity_src_gen.pdbx_host_org_organelle _entity_src_gen.pdbx_host_org_cellular_location _entity_src_gen.pdbx_host_org_vector_type _entity_src_gen.pdbx_host_org_vector _entity_src_gen.host_org_details _entity_src_gen.expression_system_id _entity_src_gen.plasmid_name _entity_src_gen.plasmid_details _entity_src_gen.pdbx_description 1 1 sample 'Biological sequence' 1 469 ? ? env ? ? ? ? ? ? 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HEK293 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? # loop_ _struct_ref.id _struct_ref.db_name _struct_ref.db_code _struct_ref.pdbx_db_accession _struct_ref.pdbx_db_isoform _struct_ref.entity_id _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code _struct_ref.pdbx_align_begin 1 UNP Q2N0S5_9HIV1 Q2N0S5 ? 1 ;LWVTVYYGVPVWKDAETTLFCASDAKAYETEKHNVWATHACVPTDPNPQEIHLENVTEEFNMWKNNMVEQMHTDIISLWD QSLKPCVKLTPLCVTLQCTNVTNNITDDMRGELKNCSFNMTTELRDKKQKVYSLFYRLDVVQINENQGNRSNNSNKEYRL INCNTSAITQACPKVSFEPIPIHYCAPAGFAILKCKDKKFNGTGPCPSVSTVQCTHGIKPVVSTQLLLNGSLAEEEVMIR SENITNNAKNILVQFNTPVQINCTRPNNNTRKSIRIGPGQAFYATGDIIGDIRQAHCTVSKATWNETLGKVVKQLRKHFG NNTIIRFANSSGGDLEVTTHSFNCGGEFFYCNTSGLFNSTWISNTSVQGSNSTGSNDSITLPCRIKQIINMWQRIGQAMY APPIQGVIRCVSNITGLILTRDGGSTNSTTETFRPGGGDMRDNWRSELYKYKVVKIEPLGVAPTRAKRR ; 33 2 PDB 8C8T 8C8T ? 2 ? 1 3 PDB 8C8T 8C8T ? 3 ? 1 4 PDB 8C8T 8C8T ? 4 ? 1 5 PDB 8C8T 8C8T ? 5 ? 1 6 PDB 8C8T 8C8T ? 6 ? 1 # loop_ _struct_ref_seq.align_id _struct_ref_seq.ref_id _struct_ref_seq.pdbx_PDB_id_code _struct_ref_seq.pdbx_strand_id _struct_ref_seq.seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.seq_align_end _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_db_accession _struct_ref_seq.db_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_db_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.db_align_end _struct_ref_seq.pdbx_db_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_end 1 1 8C8T A 1 ? 469 ? 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'C9 H11 N O3' 181.189 VAL 'L-peptide linking' y VALINE ? 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G CYS 378 G CYS 445 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.030 ? ? disulf28 disulf ? ? E CYS 351 SG ? ? ? 1_555 E CYS 383 SG ? ? G CYS 385 G CYS 418 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.031 ? ? disulf29 disulf ? ? F CYS 22 SG ? ? ? 1_555 F CYS 95 SG ? ? H CYS 22 H CYS 95 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.035 ? ? disulf30 disulf ? ? G CYS 79 SG ? ? ? 1_555 G CYS 85 SG ? ? I CYS 598 I CYS 604 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.029 ? ? disulf31 disulf ? ? H CYS 79 SG ? ? ? 1_555 H CYS 85 SG ? ? J CYS 598 J CYS 604 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.028 ? ? disulf32 disulf ? ? I CYS 22 SG ? ? ? 1_555 I CYS 100 SG ? ? R CYS 22 R CYS 100 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.031 ? ? disulf33 disulf ? ? J CYS 22 SG ? ? ? 1_555 J CYS 100 SG ? ? S CYS 22 S CYS 100 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.034 ? ? disulf34 disulf ? ? L CYS 23 SG ? ? ? 1_555 L CYS 84 SG ? ? U CYS 23 U CYS 88 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.035 ? ? disulf35 disulf ? ? M CYS 22 SG ? ? ? 1_555 M CYS 90 SG ? ? D CYS 21 D CYS 89 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.033 ? ? disulf36 disulf ? ? N CYS 22 SG ? ? ? 1_555 N CYS 90 SG ? ? 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