data_8CBN # _entry.id 8CBN # _audit_conform.dict_name mmcif_pdbx.dic _audit_conform.dict_version 5.398 _audit_conform.dict_location http://mmcif.pdb.org/dictionaries/ascii/mmcif_pdbx.dic # loop_ _database_2.database_id _database_2.database_code _database_2.pdbx_database_accession _database_2.pdbx_DOI PDB 8CBN pdb_00008cbn 10.2210/pdb8cbn/pdb WWPDB D_1292128026 ? ? EMDB EMD-16546 ? ? # loop_ _pdbx_audit_revision_history.ordinal _pdbx_audit_revision_history.data_content_type _pdbx_audit_revision_history.major_revision _pdbx_audit_revision_history.minor_revision _pdbx_audit_revision_history.revision_date 1 'Structure model' 1 0 2023-12-27 2 'Structure model' 1 1 2024-11-06 # _pdbx_audit_revision_details.ordinal 1 _pdbx_audit_revision_details.revision_ordinal 1 _pdbx_audit_revision_details.data_content_type 'Structure model' _pdbx_audit_revision_details.provider repository _pdbx_audit_revision_details.type 'Initial release' _pdbx_audit_revision_details.description ? _pdbx_audit_revision_details.details ? # loop_ _pdbx_audit_revision_group.ordinal _pdbx_audit_revision_group.revision_ordinal _pdbx_audit_revision_group.data_content_type _pdbx_audit_revision_group.group 1 2 'Structure model' 'Data collection' 2 2 'Structure model' 'Structure summary' # loop_ _pdbx_audit_revision_category.ordinal _pdbx_audit_revision_category.revision_ordinal _pdbx_audit_revision_category.data_content_type _pdbx_audit_revision_category.category 1 2 'Structure model' em_admin 2 2 'Structure model' pdbx_entry_details 3 2 'Structure model' pdbx_modification_feature # loop_ _pdbx_audit_revision_item.ordinal _pdbx_audit_revision_item.revision_ordinal _pdbx_audit_revision_item.data_content_type _pdbx_audit_revision_item.item 1 2 'Structure model' '_em_admin.last_update' 2 2 'Structure model' '_pdbx_entry_details.has_protein_modification' # _pdbx_database_status.status_code REL _pdbx_database_status.status_code_sf ? _pdbx_database_status.status_code_mr ? _pdbx_database_status.entry_id 8CBN _pdbx_database_status.recvd_initial_deposition_date 2023-01-25 _pdbx_database_status.SG_entry N _pdbx_database_status.deposit_site PDBE _pdbx_database_status.process_site PDBE _pdbx_database_status.status_code_cs ? _pdbx_database_status.status_code_nmr_data ? _pdbx_database_status.methods_development_category ? _pdbx_database_status.pdb_format_compatible Y # loop_ _pdbx_database_related.db_name _pdbx_database_related.details _pdbx_database_related.db_id _pdbx_database_related.content_type EMDB 'STRUCTURE OF LEDGF PWWP DOMAIN BOUND H3K36 METHYLATED NUCLEOSOME' EMD-10069 'other EM volume' EMDB 'structure of LEDGF/p75 PWWP domain bound to the H3K36 trimethylated dinucleosome' EMD-16546 'associated EM volume' # _pdbx_contact_author.id 3 _pdbx_contact_author.email vaclav.veverka@uochb.cas.cz _pdbx_contact_author.name_first Vaclav _pdbx_contact_author.name_last Veverka _pdbx_contact_author.name_mi ? _pdbx_contact_author.role 'principal investigator/group leader' _pdbx_contact_author.identifier_ORCID 0000-0003-3782-5279 # loop_ _audit_author.name _audit_author.pdbx_ordinal _audit_author.identifier_ORCID 'Koutna, E.' 1 ? 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'Koutna, E.' 1 0000-0002-2944-1112 primary 'Lux, V.' 2 0000-0002-0184-8076 primary 'Kouba, T.' 3 0000-0001-8173-6930 primary 'Skerlova, J.' 4 0000-0002-9579-4047 primary 'Novacek, J.' 5 0000-0003-4013-3898 primary 'Srb, P.' 6 0000-0002-4562-578X primary 'Hexnerova, R.' 7 0000-0002-3537-8439 primary 'Svachova, H.' 8 ? primary 'Kukacka, Z.' 9 0000-0001-7569-843X primary 'Novak, P.' 10 0000-0001-8688-529X primary 'Fabry, M.' 11 ? primary 'Poepsel, S.' 12 0000-0002-8304-4062 primary 'Veverka, V.' 13 0000-0003-3782-5279 # loop_ _entity.id _entity.type _entity.src_method _entity.pdbx_description _entity.formula_weight _entity.pdbx_number_of_molecules _entity.pdbx_ec _entity.pdbx_mutation _entity.pdbx_fragment _entity.details 1 polymer man 'Histone H4' 11263.231 2 ? ? ? ? 2 polymer man 'Histone H2A' 13978.241 2 ? ? ? ? 3 polymer man 'Histone H2B 1.1' 13524.752 2 ? ? ? ? 4 polymer syn 'WIDOM 601 DNA' 50699.316 1 ? ? ? ? 5 polymer syn 'WIDOM 601 DNA' 51170.602 1 ? ? ? ? 6 polymer man 'PC4 and 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;SGRGKQGGKTRAKAKTRSSRAGLQFPVGRVHRLLRKGNYAERVGAGAPVYLAAVLEYLTAEILELAGNAARDNKKTRIIP RHLQLAVRNDEELNKLLGRVTIAQGGVLPNIQSVLLPKKTESSKSAKSK ; C,G ? 3 'polypeptide(L)' no no ;AKSAPAPKKGSKKAVTKTQKKDGKKRRKTRKESYAIYVYKVLKQVHPDTGISSKAMSIMNSFVNDVFERIAGEASRLAHY NKRSTITSREIQTAVRLLLPGELAKHAVSEGTKAVTKYTSAK ; ;AKSAPAPKKGSKKAVTKTQKKDGKKRRKTRKESYAIYVYKVLKQVHPDTGISSKAMSIMNSFVNDVFERIAGEASRLAHY NKRSTITSREIQTAVRLLLPGELAKHAVSEGTKAVTKYTSAK ; D,H ? 4 polydeoxyribonucleotide no no ;(DA)(DT)(DC)(DA)(DG)(DA)(DA)(DT)(DC)(DC)(DC)(DG)(DG)(DT)(DG)(DC)(DC)(DG)(DA)(DG) (DG)(DC)(DC)(DG)(DC)(DT)(DC)(DA)(DA)(DT)(DT)(DG)(DG)(DT)(DC)(DG)(DT)(DA)(DG)(DA) (DC)(DA)(DG)(DC)(DT)(DC)(DT)(DA)(DG)(DC)(DA)(DC)(DC)(DG)(DC)(DT)(DT)(DA)(DA)(DA) (DC)(DG)(DC)(DA)(DC)(DG)(DT)(DA)(DC)(DG)(DC)(DG)(DC)(DT)(DG)(DT)(DC)(DC)(DC)(DC) (DC)(DG)(DC)(DG)(DT)(DT)(DT)(DT)(DA)(DA)(DC)(DC)(DG)(DC)(DC)(DA)(DA)(DG)(DG)(DG) (DG)(DA)(DT)(DT)(DA)(DC)(DT)(DC)(DC)(DC)(DT)(DA)(DG)(DT)(DC)(DT)(DC)(DC)(DA)(DG) (DG)(DC)(DA)(DC)(DG)(DT)(DG)(DT)(DC)(DA)(DG)(DA)(DT)(DA)(DT)(DA)(DT)(DA)(DC)(DA) (DT)(DC)(DC)(DT)(DG)(DT)(DG)(DC)(DA)(DT)(DG)(DT)(DA)(DT)(DT)(DG)(DA)(DA)(DC)(DA) (DG)(DC)(DG)(DA)(DC) ; ;ATCAGAATCCCGGTGCCGAGGCCGCTCAATTGGTCGTAGACAGCTCTAGCACCGCTTAAACGCACGTACGCGCTGTCCCC CGCGTTTTAACCGCCAAGGGGATTACTCCCTAGTCTCCAGGCACGTGTCAGATATATACATCCTGTGCATGTATTGAACA GCGAC ; I ? 5 polydeoxyribonucleotide no no ;(DG)(DT)(DC)(DG)(DC)(DT)(DG)(DT)(DT)(DC)(DA)(DA)(DT)(DA)(DC)(DA)(DT)(DG)(DC)(DA) (DC)(DA)(DG)(DG)(DA)(DT)(DG)(DT)(DA)(DT)(DA)(DT)(DA)(DT)(DC)(DT)(DG)(DA)(DC)(DA) (DC)(DG)(DT)(DG)(DC)(DC)(DT)(DG)(DG)(DA)(DG)(DA)(DC)(DT)(DA)(DG)(DG)(DG)(DA)(DG) (DT)(DA)(DA)(DT)(DC)(DC)(DC)(DC)(DT)(DT)(DG)(DG)(DC)(DG)(DG)(DT)(DT)(DA)(DA)(DA) (DA)(DC)(DG)(DC)(DG)(DG)(DG)(DG)(DG)(DA)(DC)(DA)(DG)(DC)(DG)(DC)(DG)(DT)(DA)(DC) (DG)(DT)(DG)(DC)(DG)(DT)(DT)(DT)(DA)(DA)(DG)(DC)(DG)(DG)(DT)(DG)(DC)(DT)(DA)(DG) (DA)(DG)(DC)(DT)(DG)(DT)(DC)(DT)(DA)(DC)(DG)(DA)(DC)(DC)(DA)(DA)(DT)(DT)(DG)(DA) (DG)(DC)(DG)(DG)(DC)(DC)(DT)(DC)(DG)(DG)(DC)(DA)(DC)(DC)(DG)(DG)(DG)(DA)(DT)(DT) (DC)(DT)(DG)(DA)(DT) ; ;GTCGCTGTTCAATACATGCACAGGATGTATATATCTGACACGTGCCTGGAGACTAGGGAGTAATCCCCTTGGCGGTTAAA ACGCGGGGGACAGCGCGTACGTGCGTTTAAGCGGTGCTAGAGCTGTCTACGACCAATTGAGCGGCCTCGGCACCGGGATT CTGAT ; J ? 6 'polypeptide(L)' no no ;MTRDFKPGDLIFAKMKGYPHWPARVDEVPDGAVKPPTNKLPIFFFGTHETAFLGPKDIFPYSENKEKYGKPNKRKGFNEG LWEIDNNPKVKFSSQQAATKQSNASSDVEVEEKETSVSKEDTDHEEKASNEDVTKAVDITTPKAARRGRKRKAEKQVETE EAGVVTTATASVNLKVSPKRGRPAATEVKIPKPRGRPKMVKQPCPSESDIITEEDKSKKKGQEEKQPKKQPKKDEEGQKE EDKPRKEPDKKEGKKEVESKRKNLAKTGVTSTSDSEEEGDDQEGEKKRKGGRNFQTAHRRNMLKGQHEKEAADRKRKQEE QMETEQQNKDEGKKPEVKKVEKKRETSMDSRLQRIHAEIKNSLKIDNLDVNRCIEALDELASLQVTMQQAQKHTEMITTL KKIRRFKVSQVIMEKSTMLYNKFKNMFLVGEGDSVITQVLNKSLAEQRQHEEANKTKDQGKKGPNKKLEKEQTGSKTLNG GSDAQDGNQPQHNGESNEDSKDNHEASTKKKPSSEERETEISLKDSTLDN ; ;MTRDFKPGDLIFAKMKGYPHWPARVDEVPDGAVKPPTNKLPIFFFGTHETAFLGPKDIFPYSENKEKYGKPNKRKGFNEG LWEIDNNPKVKFSSQQAATKQSNASSDVEVEEKETSVSKEDTDHEEKASNEDVTKAVDITTPKAARRGRKRKAEKQVETE EAGVVTTATASVNLKVSPKRGRPAATEVKIPKPRGRPKMVKQPCPSESDIITEEDKSKKKGQEEKQPKKQPKKDEEGQKE EDKPRKEPDKKEGKKEVESKRKNLAKTGVTSTSDSEEEGDDQEGEKKRKGGRNFQTAHRRNMLKGQHEKEAADRKRKQEE QMETEQQNKDEGKKPEVKKVEKKRETSMDSRLQRIHAEIKNSLKIDNLDVNRCIEALDELASLQVTMQQAQKHTEMITTL KKIRRFKVSQVIMEKSTMLYNKFKNMFLVGEGDSVITQVLNKSLAEQRQHEEANKTKDQGKKGPNKKLEKEQTGSKTLNG GSDAQDGNQPQHNGESNEDSKDNHEASTKKKPSSEERETEISLKDSTLDN ; K,L ? 7 'polypeptide(L)' no yes ;ARTKQTARKSTGGKAPRKQLATKAARKSAPATGGV(ML3)KPHRYRPGTVALREIRRYQKSTELLIRKLPFQRLVREIAQ DFKTDLRFQSSAVMALQEASEAYLVALFEDTNLAAIHAKRVTIMPKDIQLARRIRGERA ; ;ARTKQTARKSTGGKAPRKQLATKAARKSAPATGGVKKPHRYRPGTVALREIRRYQKSTELLIRKLPFQRLVREIAQDFKT DLRFQSSAVMALQEASEAYLVALFEDTNLAAIHAKRVTIMPKDIQLARRIRGERA ; A,E ? # loop_ _entity_poly_seq.entity_id _entity_poly_seq.num _entity_poly_seq.mon_id _entity_poly_seq.hetero 1 1 SER n 1 2 GLY n 1 3 ARG n 1 4 GLY n 1 5 LYS n 1 6 GLY n 1 7 GLY n 1 8 LYS n 1 9 GLY n 1 10 LEU n 1 11 GLY n 1 12 LYS n 1 13 GLY n 1 14 GLY n 1 15 ALA n 1 16 LYS n 1 17 ARG n 1 18 HIS n 1 19 ARG n 1 20 LYS n 1 21 VAL n 1 22 LEU n 1 23 ARG n 1 24 ASP n 1 25 ASN n 1 26 ILE n 1 27 GLN n 1 28 GLY n 1 29 ILE n 1 30 THR n 1 31 LYS n 1 32 PRO n 1 33 ALA n 1 34 ILE n 1 35 ARG n 1 36 ARG n 1 37 LEU n 1 38 ALA n 1 39 ARG n 1 40 ARG n 1 41 GLY n 1 42 GLY n 1 43 VAL n 1 44 LYS n 1 45 ARG n 1 46 ILE n 1 47 SER n 1 48 GLY n 1 49 LEU n 1 50 ILE n 1 51 TYR n 1 52 GLU n 1 53 GLU n 1 54 THR n 1 55 ARG n 1 56 GLY n 1 57 VAL n 1 58 LEU n 1 59 LYS n 1 60 VAL n 1 61 PHE n 1 62 LEU n 1 63 GLU n 1 64 ASN n 1 65 VAL n 1 66 ILE n 1 67 ARG n 1 68 ASP n 1 69 ALA n 1 70 VAL n 1 71 THR n 1 72 TYR n 1 73 THR n 1 74 GLU n 1 75 HIS n 1 76 ALA n 1 77 LYS n 1 78 ARG n 1 79 LYS n 1 80 THR n 1 81 VAL n 1 82 THR n 1 83 ALA n 1 84 MET n 1 85 ASP n 1 86 VAL n 1 87 VAL n 1 88 TYR n 1 89 ALA n 1 90 LEU n 1 91 LYS n 1 92 ARG n 1 93 GLN n 1 94 GLY n 1 95 ARG n 1 96 THR n 1 97 LEU n 1 98 TYR n 1 99 GLY n 1 100 PHE n 1 101 GLY n 1 102 GLY n 2 1 SER n 2 2 GLY n 2 3 ARG n 2 4 GLY n 2 5 LYS n 2 6 GLN n 2 7 GLY n 2 8 GLY n 2 9 LYS n 2 10 THR n 2 11 ARG n 2 12 ALA n 2 13 LYS n 2 14 ALA n 2 15 LYS n 2 16 THR n 2 17 ARG n 2 18 SER n 2 19 SER n 2 20 ARG n 2 21 ALA n 2 22 GLY n 2 23 LEU n 2 24 GLN n 2 25 PHE n 2 26 PRO n 2 27 VAL n 2 28 GLY n 2 29 ARG n 2 30 VAL n 2 31 HIS n 2 32 ARG n 2 33 LEU n 2 34 LEU n 2 35 ARG n 2 36 LYS n 2 37 GLY n 2 38 ASN n 2 39 TYR n 2 40 ALA n 2 41 GLU n 2 42 ARG n 2 43 VAL n 2 44 GLY n 2 45 ALA n 2 46 GLY n 2 47 ALA n 2 48 PRO n 2 49 VAL n 2 50 TYR n 2 51 LEU n 2 52 ALA n 2 53 ALA n 2 54 VAL n 2 55 LEU n 2 56 GLU n 2 57 TYR n 2 58 LEU n 2 59 THR n 2 60 ALA n 2 61 GLU n 2 62 ILE n 2 63 LEU n 2 64 GLU n 2 65 LEU n 2 66 ALA n 2 67 GLY n 2 68 ASN n 2 69 ALA n 2 70 ALA n 2 71 ARG n 2 72 ASP n 2 73 ASN n 2 74 LYS n 2 75 LYS n 2 76 THR n 2 77 ARG n 2 78 ILE n 2 79 ILE n 2 80 PRO n 2 81 ARG n 2 82 HIS n 2 83 LEU n 2 84 GLN n 2 85 LEU n 2 86 ALA n 2 87 VAL n 2 88 ARG n 2 89 ASN n 2 90 ASP n 2 91 GLU n 2 92 GLU n 2 93 LEU n 2 94 ASN n 2 95 LYS n 2 96 LEU n 2 97 LEU n 2 98 GLY n 2 99 ARG n 2 100 VAL n 2 101 THR n 2 102 ILE n 2 103 ALA n 2 104 GLN n 2 105 GLY n 2 106 GLY n 2 107 VAL n 2 108 LEU n 2 109 PRO n 2 110 ASN n 2 111 ILE n 2 112 GLN n 2 113 SER n 2 114 VAL n 2 115 LEU n 2 116 LEU n 2 117 PRO n 2 118 LYS n 2 119 LYS n 2 120 THR n 2 121 GLU n 2 122 SER n 2 123 SER n 2 124 LYS n 2 125 SER n 2 126 ALA n 2 127 LYS n 2 128 SER n 2 129 LYS n 3 1 ALA n 3 2 LYS n 3 3 SER n 3 4 ALA n 3 5 PRO n 3 6 ALA n 3 7 PRO n 3 8 LYS n 3 9 LYS n 3 10 GLY n 3 11 SER n 3 12 LYS n 3 13 LYS n 3 14 ALA n 3 15 VAL n 3 16 THR n 3 17 LYS n 3 18 THR n 3 19 GLN n 3 20 LYS n 3 21 LYS n 3 22 ASP n 3 23 GLY n 3 24 LYS n 3 25 LYS n 3 26 ARG n 3 27 ARG n 3 28 LYS n 3 29 THR n 3 30 ARG n 3 31 LYS n 3 32 GLU n 3 33 SER n 3 34 TYR n 3 35 ALA n 3 36 ILE n 3 37 TYR n 3 38 VAL n 3 39 TYR n 3 40 LYS n 3 41 VAL n 3 42 LEU n 3 43 LYS n 3 44 GLN n 3 45 VAL n 3 46 HIS n 3 47 PRO n 3 48 ASP n 3 49 THR n 3 50 GLY n 3 51 ILE n 3 52 SER n 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L . n L 6 496 SER 496 496 ? ? ? L . n L 6 497 ASN 497 497 ? ? ? L . n L 6 498 GLU 498 498 ? ? ? L . n L 6 499 ASP 499 499 ? ? ? L . n L 6 500 SER 500 500 ? ? ? L . n L 6 501 LYS 501 501 ? ? ? L . n L 6 502 ASP 502 502 ? ? ? L . n L 6 503 ASN 503 503 ? ? ? L . n L 6 504 HIS 504 504 ? ? ? L . n L 6 505 GLU 505 505 ? ? ? L . n L 6 506 ALA 506 506 ? ? ? L . n L 6 507 SER 507 507 ? ? ? L . n L 6 508 THR 508 508 ? ? ? L . n L 6 509 LYS 509 509 ? ? ? L . n L 6 510 LYS 510 510 ? ? ? L . n L 6 511 LYS 511 511 ? ? ? L . n L 6 512 PRO 512 512 ? ? ? L . n L 6 513 SER 513 513 ? ? ? L . n L 6 514 SER 514 514 ? ? ? L . n L 6 515 GLU 515 515 ? ? ? L . n L 6 516 GLU 516 516 ? ? ? L . n L 6 517 ARG 517 517 ? ? ? L . n L 6 518 GLU 518 518 ? ? ? L . n L 6 519 THR 519 519 ? ? ? L . n L 6 520 GLU 520 520 ? ? ? L . n L 6 521 ILE 521 521 ? ? ? L . n L 6 522 SER 522 522 ? ? ? L . n L 6 523 LEU 523 523 ? ? ? L . n L 6 524 LYS 524 524 ? ? ? L . n L 6 525 ASP 525 525 ? ? ? L . n L 6 526 SER 526 526 ? ? ? L . n L 6 527 THR 527 527 ? ? ? L . n L 6 528 LEU 528 528 ? ? ? L . n L 6 529 ASP 529 529 ? ? ? L . n L 6 530 ASN 530 530 ? ? ? L . n # _exptl.absorpt_coefficient_mu ? _exptl.absorpt_correction_T_max ? _exptl.absorpt_correction_T_min ? _exptl.absorpt_correction_type ? _exptl.absorpt_process_details ? _exptl.entry_id 8CBN _exptl.crystals_number ? _exptl.details ? _exptl.method 'ELECTRON MICROSCOPY' _exptl.method_details ? # _refine.aniso_B[1][1] ? _refine.aniso_B[1][2] ? _refine.aniso_B[1][3] ? _refine.aniso_B[2][2] ? _refine.aniso_B[2][3] ? _refine.aniso_B[3][3] ? _refine.B_iso_max ? _refine.B_iso_mean ? _refine.B_iso_min ? _refine.correlation_coeff_Fo_to_Fc ? _refine.correlation_coeff_Fo_to_Fc_free ? _refine.details ? _refine.diff_density_max ? _refine.diff_density_max_esd ? _refine.diff_density_min ? _refine.diff_density_min_esd ? _refine.diff_density_rms ? _refine.diff_density_rms_esd ? _refine.entry_id 8CBN _refine.pdbx_refine_id 'ELECTRON MICROSCOPY' _refine.ls_abs_structure_details ? _refine.ls_abs_structure_Flack ? _refine.ls_abs_structure_Flack_esd ? _refine.ls_abs_structure_Rogers ? _refine.ls_abs_structure_Rogers_esd ? _refine.ls_d_res_high 3.34 _refine.ls_d_res_low ? _refine.ls_extinction_coef ? _refine.ls_extinction_coef_esd ? _refine.ls_extinction_expression ? _refine.ls_extinction_method ? _refine.ls_goodness_of_fit_all ? _refine.ls_goodness_of_fit_all_esd ? _refine.ls_goodness_of_fit_obs ? _refine.ls_goodness_of_fit_obs_esd ? _refine.ls_hydrogen_treatment ? _refine.ls_matrix_type ? _refine.ls_number_constraints ? _refine.ls_number_parameters ? _refine.ls_number_reflns_all ? _refine.ls_number_reflns_obs ? _refine.ls_number_reflns_R_free ? _refine.ls_number_reflns_R_work ? _refine.ls_number_restraints ? _refine.ls_percent_reflns_obs ? _refine.ls_percent_reflns_R_free ? _refine.ls_R_factor_all ? _refine.ls_R_factor_obs ? _refine.ls_R_factor_R_free ? _refine.ls_R_factor_R_free_error ? _refine.ls_R_factor_R_free_error_details ? _refine.ls_R_factor_R_work ? _refine.ls_R_Fsqd_factor_obs ? _refine.ls_R_I_factor_obs ? _refine.ls_redundancy_reflns_all ? _refine.ls_redundancy_reflns_obs ? _refine.ls_restrained_S_all ? _refine.ls_restrained_S_obs ? _refine.ls_shift_over_esd_max ? _refine.ls_shift_over_esd_mean ? _refine.ls_structure_factor_coef ? _refine.ls_weighting_details ? _refine.ls_weighting_scheme ? _refine.ls_wR_factor_all ? _refine.ls_wR_factor_obs ? _refine.ls_wR_factor_R_free ? _refine.ls_wR_factor_R_work ? _refine.occupancy_max ? _refine.occupancy_min ? _refine.solvent_model_details ? _refine.solvent_model_param_bsol ? _refine.solvent_model_param_ksol ? _refine.pdbx_R_complete ? _refine.ls_R_factor_gt ? _refine.ls_goodness_of_fit_gt ? _refine.ls_goodness_of_fit_ref ? _refine.ls_shift_over_su_max ? _refine.ls_shift_over_su_max_lt ? _refine.ls_shift_over_su_mean ? _refine.ls_shift_over_su_mean_lt ? _refine.pdbx_ls_sigma_I ? _refine.pdbx_ls_sigma_F ? _refine.pdbx_ls_sigma_Fsqd ? _refine.pdbx_data_cutoff_high_absF ? _refine.pdbx_data_cutoff_high_rms_absF ? _refine.pdbx_data_cutoff_low_absF ? _refine.pdbx_isotropic_thermal_model ? _refine.pdbx_ls_cross_valid_method ? _refine.pdbx_method_to_determine_struct ? _refine.pdbx_starting_model ? _refine.pdbx_stereochemistry_target_values ? _refine.pdbx_R_Free_selection_details ? _refine.pdbx_stereochem_target_val_spec_case ? _refine.pdbx_overall_ESU_R ? _refine.pdbx_overall_ESU_R_Free ? _refine.pdbx_solvent_vdw_probe_radii ? _refine.pdbx_solvent_ion_probe_radii ? _refine.pdbx_solvent_shrinkage_radii ? _refine.pdbx_real_space_R ? _refine.pdbx_density_correlation ? _refine.pdbx_pd_number_of_powder_patterns ? _refine.pdbx_pd_number_of_points ? _refine.pdbx_pd_meas_number_of_points ? _refine.pdbx_pd_proc_ls_prof_R_factor ? _refine.pdbx_pd_proc_ls_prof_wR_factor ? _refine.pdbx_pd_Marquardt_correlation_coeff ? _refine.pdbx_pd_Fsqrd_R_factor ? _refine.pdbx_pd_ls_matrix_band_width ? _refine.pdbx_overall_phase_error ? _refine.pdbx_overall_SU_R_free_Cruickshank_DPI ? _refine.pdbx_overall_SU_R_free_Blow_DPI ? _refine.pdbx_overall_SU_R_Blow_DPI ? _refine.pdbx_TLS_residual_ADP_flag ? _refine.pdbx_diffrn_id ? _refine.overall_SU_B ? _refine.overall_SU_ML ? _refine.overall_SU_R_Cruickshank_DPI ? _refine.overall_SU_R_free ? _refine.overall_FOM_free_R_set ? _refine.overall_FOM_work_R_set ? _refine.pdbx_average_fsc_overall ? _refine.pdbx_average_fsc_work ? _refine.pdbx_average_fsc_free ? # _database_PDB_matrix.entry_id 8CBN _database_PDB_matrix.origx[1][1] 1.000000 _database_PDB_matrix.origx[1][2] 0.000000 _database_PDB_matrix.origx[1][3] 0.000000 _database_PDB_matrix.origx[2][1] 0.000000 _database_PDB_matrix.origx[2][2] 1.000000 _database_PDB_matrix.origx[2][3] 0.000000 _database_PDB_matrix.origx[3][1] 0.000000 _database_PDB_matrix.origx[3][2] 0.000000 _database_PDB_matrix.origx[3][3] 1.000000 _database_PDB_matrix.origx_vector[1] 0.00000 _database_PDB_matrix.origx_vector[2] 0.00000 _database_PDB_matrix.origx_vector[3] 0.00000 # _struct.entry_id 8CBN _struct.title 'structure of LEDGF/p75 PWWP domain bound to the H3K36 trimethylated dinucleosome' _struct.pdbx_model_details ? _struct.pdbx_formula_weight ? _struct.pdbx_formula_weight_method ? _struct.pdbx_model_type_details ? _struct.pdbx_CASP_flag N # _struct_keywords.entry_id 8CBN _struct_keywords.text 'nucleosome, transcription activator, methylation, complex, DNA BINDING PROTEIN, TRANSCRIPTION' _struct_keywords.pdbx_keywords TRANSCRIPTION # loop_ _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.entity_id _struct_asym.details A N N 1 ? B N N 2 ? C N N 3 ? D N N 1 ? E N N 2 ? F N N 3 ? G N N 4 ? H N N 5 ? I N N 6 ? J N N 7 ? K N N 7 ? L N N 6 ? # loop_ _struct_ref.id _struct_ref.db_name _struct_ref.db_code _struct_ref.pdbx_db_accession _struct_ref.pdbx_db_isoform _struct_ref.entity_id _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code _struct_ref.pdbx_align_begin 1 UNP H4_XENLA P62799 ? 1 ;SGRGKGGKGLGKGGAKRHRKVLRDNIQGITKPAIRRLARRGGVKRISGLIYEETRGVLKVFLENVIRDAVTYTEHAKRKT VTAMDVVYALKRQGRTLYGFGG ; 2 2 UNP Q6AZJ8_XENLA Q6AZJ8 ? 2 ;SGRGKQGGKTRAKAKTRSSRAGLQFPVGRVHRLLRKGNYAERVGAGAPVYLAAVLEYLTAEILELAGNAARDNKKTRIIP RHLQLAVRNDEELNKLLGRVTIAQGGVLPNIQSVLLPKKTESSKSAKSK ; 2 3 UNP H2B11_XENLA P02281 ? 3 ;AKSAPAPKKGSKKAVTKTQKKDGKKRRKSRKESYAIYVYKVLKQVHPDTGISSKAMSIMNSFVNDVFERIAGEASRLAHY NKRSTITSREIQTAVRLLLPGELAKHAVSEGTKAVTKYTSAK ; 5 4 PDB 8CBN 8CBN ? 4 ? 1 5 PDB 8CBN 8CBN ? 5 ? 1 6 UNP PSIP1_HUMAN O75475 ? 6 ;MTRDFKPGDLIFAKMKGYPHWPARVDEVPDGAVKPPTNKLPIFFFGTHETAFLGPKDIFPYSENKEKYGKPNKRKGFNEG LWEIDNNPKVKFSSQQAATKQSNASSDVEVEEKETSVSKEDTDHEEKASNEDVTKAVDITTPKAARRGRKRKAEKQVETE EAGVVTTATASVNLKVSPKRGRPAATEVKIPKPRGRPKMVKQPCPSESDIITEEDKSKKKGQEEKQPKKQPKKDEEGQKE EDKPRKEPDKKEGKKEVESKRKNLAKTGVTSTSDSEEEGDDQEGEKKRKGGRNFQTAHRRNMLKGQHEKEAADRKRKQEE QMETEQQNKDEGKKPEVKKVEKKRETSMDSRLQRIHAEIKNSLKIDNLDVNRCIEALDELASLQVTMQQAQKHTEMITTL KKIRRFKVSQVIMEKSTMLYNKFKNMFLVGEGDSVITQVLNKSLAEQRQHEEANKTKDQGKKGPNKKLEKEQTGSKTLNG GSDAQDGNQPQHNGESNEDSKDNHEASTKKKPSSEERETEISLKDSTLDN ; 1 7 UNP A0A310TTQ1_XENLA A0A310TTQ1 ? 7 ;ARTKQTARKSTGGKAPRKQLATKAARKSAPATGGVKKPHRYRPGTVALREIRRYQKSTELLIRKLPFQRLVREIAQDFKT DLRFQSSAVMALQEASEAYLVALFEDTNLCAIHAKRVTIMPKDIQLARRIRGERA ; 2 # loop_ _struct_ref_seq.align_id _struct_ref_seq.ref_id _struct_ref_seq.pdbx_PDB_id_code _struct_ref_seq.pdbx_strand_id _struct_ref_seq.seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.seq_align_end _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_db_accession _struct_ref_seq.db_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_db_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.db_align_end _struct_ref_seq.pdbx_db_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_end 1 1 8CBN B 1 ? 102 ? 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UNP A0A310TTQ1 CYS 111 conflict 110 4 # _pdbx_struct_assembly.id 1 _pdbx_struct_assembly.details author_and_software_defined_assembly _pdbx_struct_assembly.method_details PISA _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details dodecameric _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count 12 # loop_ _pdbx_struct_assembly_prop.biol_id _pdbx_struct_assembly_prop.type _pdbx_struct_assembly_prop.value _pdbx_struct_assembly_prop.details 1 'ABSA (A^2)' 60020 ? 1 MORE -396 ? 1 'SSA (A^2)' 84930 ? # _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression 1 _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L # loop_ _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.id _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.assembly_id _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.experimental_support _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.details 1 1 'gel filtration' ? 2 1 'native gel electrophoresis' ? 3 1 'electron microscopy' ? # _pdbx_struct_oper_list.id 1 _pdbx_struct_oper_list.type 'identity operation' _pdbx_struct_oper_list.name 1_555 _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation ? _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] 1.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.vector[1] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] 1.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.vector[2] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] 1.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 0.0000000000 # loop_ _struct_conf.conf_type_id _struct_conf.id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_id _struct_conf.beg_label_comp_id _struct_conf.beg_label_asym_id _struct_conf.beg_label_seq_id _struct_conf.pdbx_beg_PDB_ins_code _struct_conf.end_label_comp_id _struct_conf.end_label_asym_id _struct_conf.end_label_seq_id _struct_conf.pdbx_end_PDB_ins_code _struct_conf.beg_auth_comp_id _struct_conf.beg_auth_asym_id _struct_conf.beg_auth_seq_id _struct_conf.end_auth_comp_id _struct_conf.end_auth_asym_id _struct_conf.end_auth_seq_id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_class _struct_conf.details _struct_conf.pdbx_PDB_helix_length HELX_P HELX_P1 AA1 ASN A 25 ? 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