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EMDB EMD-16549 ? ? # loop_ _pdbx_database_related.db_name _pdbx_database_related.details _pdbx_database_related.db_id _pdbx_database_related.content_type EMDB 'STRUCTURE OF LEDGF PWWP DOMAIN BOUND H3K36 METHYLATED NUCLEOSOME' EMD-10069 'other EM volume' EMDB 'structure of LEDGF/p75 PWWP domain bound to the H3K36 trimethylated dinucleosome' EMD-16549 'associated EM volume' # _pdbx_database_status.status_code REL _pdbx_database_status.status_code_sf ? _pdbx_database_status.status_code_mr ? _pdbx_database_status.entry_id 8CBQ _pdbx_database_status.recvd_initial_deposition_date 2023-01-25 _pdbx_database_status.SG_entry N _pdbx_database_status.deposit_site PDBE _pdbx_database_status.process_site PDBE _pdbx_database_status.status_code_cs ? _pdbx_database_status.status_code_nmr_data ? _pdbx_database_status.methods_development_category ? _pdbx_database_status.pdb_format_compatible Y # loop_ _audit_author.name _audit_author.pdbx_ordinal _audit_author.identifier_ORCID 'Koutna, E.' 1 ? 'Kouba, T.' 2 ? 'Novacek, J.' 3 ? 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'DENSITY OF RESIDUE 30-34 AND RESIDUE 92-530 ARE INVISIBLE' 7 polymer man 'Histone H3' 15331.982 2 ? ? ? ? # loop_ _entity_name_com.entity_id _entity_name_com.name 3 H2B1.1 6 ;CLL-associated antigen KW-7,Dense fine speckles 70 kDa protein,DFS 70,Lens epithelium-derived growth factor,Transcriptional coactivator p75/p52 ; # loop_ _entity_poly.entity_id _entity_poly.type _entity_poly.nstd_linkage _entity_poly.nstd_monomer _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can _entity_poly.pdbx_strand_id _entity_poly.pdbx_target_identifier 1 'polypeptide(L)' no no ;SGRGKGGKGLGKGGAKRHRKVLRDNIQGITKPAIRRLARRGGVKRISGLIYEETRGVLKVFLENVIRDAVTYTEHAKRKT VTAMDVVYALKRQGRTLYGFGG ; ;SGRGKGGKGLGKGGAKRHRKVLRDNIQGITKPAIRRLARRGGVKRISGLIYEETRGVLKVFLENVIRDAVTYTEHAKRKT VTAMDVVYALKRQGRTLYGFGG ; B,F ? 2 'polypeptide(L)' no no ;SGRGKQGGKTRAKAKTRSSRAGLQFPVGRVHRLLRKGNYAERVGAGAPVYLAAVLEYLTAEILELAGNAARDNKKTRIIP RHLQLAVRNDEELNKLLGRVTIAQGGVLPNIQSVLLPKKTESSKSAKSK ; ;SGRGKQGGKTRAKAKTRSSRAGLQFPVGRVHRLLRKGNYAERVGAGAPVYLAAVLEYLTAEILELAGNAARDNKKTRIIP RHLQLAVRNDEELNKLLGRVTIAQGGVLPNIQSVLLPKKTESSKSAKSK ; C,G ? 3 'polypeptide(L)' no no ;AKSAPAPKKGSKKAVTKTQKKDGKKRRKTRKESYAIYVYKVLKQVHPDTGISSKAMSIMNSFVNDVFERIAGEASRLAHY NKRSTITSREIQTAVRLLLPGELAKHAVSEGTKAVTKYTSAK ; ;AKSAPAPKKGSKKAVTKTQKKDGKKRRKTRKESYAIYVYKVLKQVHPDTGISSKAMSIMNSFVNDVFERIAGEASRLAHY NKRSTITSREIQTAVRLLLPGELAKHAVSEGTKAVTKYTSAK ; D,H ? 4 polydeoxyribonucleotide no no ;(DA)(DT)(DC)(DA)(DG)(DA)(DA)(DT)(DC)(DC)(DC)(DG)(DG)(DT)(DG)(DC)(DC)(DG)(DA)(DG) (DG)(DC)(DC)(DG)(DC)(DT)(DC)(DA)(DA)(DT)(DT)(DG)(DG)(DT)(DC)(DG)(DT)(DA)(DG)(DA) (DC)(DA)(DG)(DC)(DT)(DC)(DT)(DA)(DG)(DC)(DA)(DC)(DC)(DG)(DC)(DT)(DT)(DA)(DA)(DA) (DC)(DG)(DC)(DA)(DC)(DG)(DT)(DA)(DC)(DG)(DC)(DG)(DC)(DT)(DG)(DT)(DC)(DC)(DC)(DC) (DC)(DG)(DC)(DG)(DT)(DT)(DT)(DT)(DA)(DA)(DC)(DC)(DG)(DC)(DC)(DA)(DA)(DG)(DG)(DG) (DG)(DA)(DT)(DT)(DA)(DC)(DT)(DC)(DC)(DC)(DT)(DA)(DG)(DT)(DC)(DT)(DC)(DC)(DA)(DG) (DG)(DC)(DA)(DC)(DG)(DT)(DG)(DT)(DC)(DA)(DG)(DA)(DT)(DA)(DT)(DA)(DT)(DA)(DC)(DA) (DT)(DC)(DC)(DT)(DG)(DT)(DG)(DC)(DA)(DT)(DG)(DT)(DA)(DT)(DT)(DG)(DA)(DA)(DC)(DA) (DG)(DC)(DG)(DA)(DC) ; ;ATCAGAATCCCGGTGCCGAGGCCGCTCAATTGGTCGTAGACAGCTCTAGCACCGCTTAAACGCACGTACGCGCTGTCCCC CGCGTTTTAACCGCCAAGGGGATTACTCCCTAGTCTCCAGGCACGTGTCAGATATATACATCCTGTGCATGTATTGAACA GCGAC ; I ? 5 polydeoxyribonucleotide no no ;(DG)(DT)(DC)(DG)(DC)(DT)(DG)(DT)(DT)(DC)(DA)(DA)(DT)(DA)(DC)(DA)(DT)(DG)(DC)(DA) (DC)(DA)(DG)(DG)(DA)(DT)(DG)(DT)(DA)(DT)(DA)(DT)(DA)(DT)(DC)(DT)(DG)(DA)(DC)(DA) (DC)(DG)(DT)(DG)(DC)(DC)(DT)(DG)(DG)(DA)(DG)(DA)(DC)(DT)(DA)(DG)(DG)(DG)(DA)(DG) (DT)(DA)(DA)(DT)(DC)(DC)(DC)(DC)(DT)(DT)(DG)(DG)(DC)(DG)(DG)(DT)(DT)(DA)(DA)(DA) (DA)(DC)(DG)(DC)(DG)(DG)(DG)(DG)(DG)(DA)(DC)(DA)(DG)(DC)(DG)(DC)(DG)(DT)(DA)(DC) (DG)(DT)(DG)(DC)(DG)(DT)(DT)(DT)(DA)(DA)(DG)(DC)(DG)(DG)(DT)(DG)(DC)(DT)(DA)(DG) (DA)(DG)(DC)(DT)(DG)(DT)(DC)(DT)(DA)(DC)(DG)(DA)(DC)(DC)(DA)(DA)(DT)(DT)(DG)(DA) (DG)(DC)(DG)(DG)(DC)(DC)(DT)(DC)(DG)(DG)(DC)(DA)(DC)(DC)(DG)(DG)(DG)(DA)(DT)(DT) (DC)(DT)(DG)(DA)(DT) ; ;GTCGCTGTTCAATACATGCACAGGATGTATATATCTGACACGTGCCTGGAGACTAGGGAGTAATCCCCTTGGCGGTTAAA ACGCGGGGGACAGCGCGTACGTGCGTTTAAGCGGTGCTAGAGCTGTCTACGACCAATTGAGCGGCCTCGGCACCGGGATT CTGAT ; J ? 6 'polypeptide(L)' no no ;MTRDFKPGDLIFAKMKGYPHWPARVDEVPDGAVKPPTNKLPIFFFGTHETAFLGPKDIFPYSENKEKYGKPNKRKGFNEG LWEIDNNPKVKFSSQQAATKQSNASSDVEVEEKETSVSKEDTDHEEKASNEDVTKAVDITTPKAARRGRKRKAEKQVETE EAGVVTTATASVNLKVSPKRGRPAATEVKIPKPRGRPKMVKQPCPSESDIITEEDKSKKKGQEEKQPKKQPKKDEEGQKE EDKPRKEPDKKEGKKEVESKRKNLAKTGVTSTSDSEEEGDDQEGEKKRKGGRNFQTAHRRNMLKGQHEKEAADRKRKQEE QMETEQQNKDEGKKPEVKKVEKKRETSMDSRLQRIHAEIKNSLKIDNLDVNRCIEALDELASLQVTMQQAQKHTEMITTL KKIRRFKVSQVIMEKSTMLYNKFKNMFLVGEGDSVITQVLNKSLAEQRQHEEANKTKDQGKKGPNKKLEKEQTGSKTLNG GSDAQDGNQPQHNGESNEDSKDNHEASTKKKPSSEERETEISLKDSTLDN ; ;MTRDFKPGDLIFAKMKGYPHWPARVDEVPDGAVKPPTNKLPIFFFGTHETAFLGPKDIFPYSENKEKYGKPNKRKGFNEG LWEIDNNPKVKFSSQQAATKQSNASSDVEVEEKETSVSKEDTDHEEKASNEDVTKAVDITTPKAARRGRKRKAEKQVETE EAGVVTTATASVNLKVSPKRGRPAATEVKIPKPRGRPKMVKQPCPSESDIITEEDKSKKKGQEEKQPKKQPKKDEEGQKE EDKPRKEPDKKEGKKEVESKRKNLAKTGVTSTSDSEEEGDDQEGEKKRKGGRNFQTAHRRNMLKGQHEKEAADRKRKQEE QMETEQQNKDEGKKPEVKKVEKKRETSMDSRLQRIHAEIKNSLKIDNLDVNRCIEALDELASLQVTMQQAQKHTEMITTL KKIRRFKVSQVIMEKSTMLYNKFKNMFLVGEGDSVITQVLNKSLAEQRQHEEANKTKDQGKKGPNKKLEKEQTGSKTLNG GSDAQDGNQPQHNGESNEDSKDNHEASTKKKPSSEERETEISLKDSTLDN ; K ? 7 'polypeptide(L)' no yes ;ARTKQTARKSTGGKAPRKQLATKAARKSAPATGGV(ML3)KPHRYRPGTVALREIRRYQKSTELLIRKLPFQRLVREIAQ DFKTDLRFQSSAVMALQEASEAYLVALFEDTNLAAIHAKRVTIMPKDIQLARRIRGERA ; ;ARTKQTARKSTGGKAPRKQLATKAARKSAPATGGVKKPHRYRPGTVALREIRRYQKSTELLIRKLPFQRLVREIAQDFKT DLRFQSSAVMALQEASEAYLVALFEDTNLAAIHAKRVTIMPKDIQLARRIRGERA ; A,E ? # loop_ _entity_poly_seq.entity_id _entity_poly_seq.num _entity_poly_seq.mon_id _entity_poly_seq.hetero 1 1 SER n 1 2 GLY n 1 3 ARG n 1 4 GLY n 1 5 LYS n 1 6 GLY n 1 7 GLY n 1 8 LYS n 1 9 GLY n 1 10 LEU n 1 11 GLY n 1 12 LYS n 1 13 GLY n 1 14 GLY n 1 15 ALA n 1 16 LYS n 1 17 ARG n 1 18 HIS n 1 19 ARG n 1 20 LYS n 1 21 VAL n 1 22 LEU n 1 23 ARG n 1 24 ASP n 1 25 ASN n 1 26 ILE n 1 27 GLN n 1 28 GLY n 1 29 ILE n 1 30 THR n 1 31 LYS n 1 32 PRO n 1 33 ALA n 1 34 ILE n 1 35 ARG n 1 36 ARG n 1 37 LEU n 1 38 ALA n 1 39 ARG n 1 40 ARG n 1 41 GLY n 1 42 GLY n 1 43 VAL n 1 44 LYS n 1 45 ARG n 1 46 ILE n 1 47 SER n 1 48 GLY n 1 49 LEU n 1 50 ILE n 1 51 TYR n 1 52 GLU n 1 53 GLU n 1 54 THR n 1 55 ARG n 1 56 GLY n 1 57 VAL n 1 58 LEU n 1 59 LYS n 1 60 VAL n 1 61 PHE n 1 62 LEU n 1 63 GLU n 1 64 ASN n 1 65 VAL n 1 66 ILE n 1 67 ARG n 1 68 ASP n 1 69 ALA n 1 70 VAL n 1 71 THR n 1 72 TYR n 1 73 THR n 1 74 GLU n 1 75 HIS n 1 76 ALA n 1 77 LYS n 1 78 ARG n 1 79 LYS n 1 80 THR n 1 81 VAL n 1 82 THR n 1 83 ALA n 1 84 MET n 1 85 ASP n 1 86 VAL n 1 87 VAL n 1 88 TYR n 1 89 ALA n 1 90 LEU n 1 91 LYS n 1 92 ARG n 1 93 GLN n 1 94 GLY n 1 95 ARG n 1 96 THR n 1 97 LEU n 1 98 TYR n 1 99 GLY n 1 100 PHE n 1 101 GLY n 1 102 GLY n 2 1 SER n 2 2 GLY n 2 3 ARG n 2 4 GLY n 2 5 LYS n 2 6 GLN n 2 7 GLY n 2 8 GLY n 2 9 LYS n 2 10 THR n 2 11 ARG n 2 12 ALA n 2 13 LYS n 2 14 ALA n 2 15 LYS n 2 16 THR n 2 17 ARG n 2 18 SER n 2 19 SER n 2 20 ARG n 2 21 ALA n 2 22 GLY n 2 23 LEU n 2 24 GLN n 2 25 PHE n 2 26 PRO n 2 27 VAL n 2 28 GLY n 2 29 ARG n 2 30 VAL n 2 31 HIS n 2 32 ARG n 2 33 LEU n 2 34 LEU n 2 35 ARG n 2 36 LYS n 2 37 GLY n 2 38 ASN n 2 39 TYR n 2 40 ALA n 2 41 GLU n 2 42 ARG n 2 43 VAL n 2 44 GLY n 2 45 ALA n 2 46 GLY n 2 47 ALA n 2 48 PRO n 2 49 VAL n 2 50 TYR n 2 51 LEU n 2 52 ALA n 2 53 ALA n 2 54 VAL n 2 55 LEU n 2 56 GLU n 2 57 TYR n 2 58 LEU n 2 59 THR n 2 60 ALA n 2 61 GLU n 2 62 ILE n 2 63 LEU n 2 64 GLU n 2 65 LEU n 2 66 ALA n 2 67 GLY n 2 68 ASN n 2 69 ALA n 2 70 ALA n 2 71 ARG n 2 72 ASP n 2 73 ASN n 2 74 LYS n 2 75 LYS n 2 76 THR n 2 77 ARG n 2 78 ILE n 2 79 ILE n 2 80 PRO n 2 81 ARG n 2 82 HIS n 2 83 LEU n 2 84 GLN n 2 85 LEU n 2 86 ALA n 2 87 VAL n 2 88 ARG n 2 89 ASN n 2 90 ASP n 2 91 GLU n 2 92 GLU n 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_entity_src_gen.host_org_genus _entity_src_gen.pdbx_host_org_gene _entity_src_gen.pdbx_host_org_organ _entity_src_gen.host_org_species _entity_src_gen.pdbx_host_org_tissue _entity_src_gen.pdbx_host_org_tissue_fraction _entity_src_gen.pdbx_host_org_strain _entity_src_gen.pdbx_host_org_variant _entity_src_gen.pdbx_host_org_cell_line _entity_src_gen.pdbx_host_org_atcc _entity_src_gen.pdbx_host_org_culture_collection _entity_src_gen.pdbx_host_org_cell _entity_src_gen.pdbx_host_org_organelle _entity_src_gen.pdbx_host_org_cellular_location _entity_src_gen.pdbx_host_org_vector_type _entity_src_gen.pdbx_host_org_vector _entity_src_gen.host_org_details _entity_src_gen.expression_system_id _entity_src_gen.plasmid_name _entity_src_gen.plasmid_details _entity_src_gen.pdbx_description 1 1 sample 'Biological sequence' 1 102 'African clawed frog' ? ? ? ? ? ? ? ? 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UNP P02281 SER 33 conflict 29 2 10 8CBQ ALA A 110 ? UNP A0A310TTQ1 CYS 111 conflict 110 3 11 8CBQ ALA E 110 ? UNP A0A310TTQ1 CYS 111 conflict 110 4 # loop_ _chem_comp.id _chem_comp.type _chem_comp.mon_nstd_flag _chem_comp.name _chem_comp.pdbx_synonyms _chem_comp.formula _chem_comp.formula_weight ALA 'L-peptide linking' y ALANINE ? 'C3 H7 N O2' 89.093 ARG 'L-peptide linking' y ARGININE ? 'C6 H15 N4 O2 1' 175.209 ASN 'L-peptide linking' y ASPARAGINE ? 'C4 H8 N2 O3' 132.118 ASP 'L-peptide linking' y 'ASPARTIC ACID' ? 'C4 H7 N O4' 133.103 CYS 'L-peptide linking' y CYSTEINE ? 'C3 H7 N O2 S' 121.158 DA 'DNA linking' y "2'-DEOXYADENOSINE-5'-MONOPHOSPHATE" ? 'C10 H14 N5 O6 P' 331.222 DC 'DNA linking' y "2'-DEOXYCYTIDINE-5'-MONOPHOSPHATE" ? 'C9 H14 N3 O7 P' 307.197 DG 'DNA linking' y "2'-DEOXYGUANOSINE-5'-MONOPHOSPHATE" ? 'C10 H14 N5 O7 P' 347.221 DT 'DNA linking' y "THYMIDINE-5'-MONOPHOSPHATE" ? 'C10 H15 N2 O8 P' 322.208 GLN 'L-peptide linking' y GLUTAMINE ? 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WATSON-CRICK ? ? ? hydrog295 hydrog ? ? G DA 123 N1 ? ? ? 1_555 H DT 43 N3 ? ? I DA 50 J DT -50 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog296 hydrog ? ? G DA 123 N6 ? ? ? 1_555 H DT 43 O4 ? ? I DA 50 J DT -50 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog297 hydrog ? ? G DC 124 N3 ? ? ? 1_555 H DG 42 N1 ? ? I DC 51 J DG -51 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog298 hydrog ? ? G DC 124 N4 ? ? ? 1_555 H DG 42 O6 ? ? I DC 51 J DG -51 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog299 hydrog ? ? G DC 124 O2 ? ? ? 1_555 H DG 42 N2 ? ? I DC 51 J DG -51 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog300 hydrog ? ? G DG 125 N1 ? ? ? 1_555 H DC 41 N3 ? ? I DG 52 J DC -52 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog301 hydrog ? ? G DG 125 N2 ? ? ? 1_555 H DC 41 O2 ? ? I DG 52 J DC -52 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog302 hydrog ? ? G DG 125 O6 ? ? ? 1_555 H DC 41 N4 ? ? I DG 52 J DC -52 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog303 hydrog ? ? G DT 126 N3 ? ? ? 1_555 H DA 40 N1 ? ? 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