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no ;MVMTDPIADMLTRIRNANMVRHEKLEIPASKLKREIAEILKREGFIRDVEFVEDSKQGIIRVFLKYGQNNERVITGLKRI SKPGLRVYAKSNEVPRVLNGLGIAIISTSQGVLTDKEARAKQAGGEVLAYVW ; ;MVMTDPIADMLTRIRNANMVRHEKLEIPASKLKREIAEILKREGFIRDVEFVEDSKQGIIRVFLKYGQNNERVITGLKRI SKPGLRVYAKSNEVPRVLNGLGIAIISTSQGVLTDKEARAKQAGGEVLAYVW ; I ? 8 'polypeptide(L)' no no ;MAQVQYYGTGRRKSSVARVRLVPGEGRIVVNNREISEHIPSAALIEDIKQPLTLTETAGTYDVLVNVHGGGLSGQAGAIR HGIARALLEADPEYRTTLKRAGLLTRDARMKERKKYGLKGARRAPQFSKR ; ;MAQVQYYGTGRRKSSVARVRLVPGEGRIVVNNREISEHIPSAALIEDIKQPLTLTETAGTYDVLVNVHGGGLSGQAGAIR HGIARALLEADPEYRTTLKRAGLLTRDARMKERKKYGLKGARRAPQFSKR ; J ? 9 'polypeptide(L)' no no ;MAKQKIRIRLKAYDHRILDQSAEKIVETAKRSGASVSGPIPLPTEKSVYTILRAVHKYKDSREQFEMRTHKRLIDIVNPT PQTVDALMRLDLPSGVDIEIKL ; ;MAKQKIRIRLKAYDHRILDQSAEKIVETAKRSGASVSGPIPLPTEKSVYTILRAVHKYKDSREQFEMRTHKRLIDIVNPT PQTVDALMRLDLPSGVDIEIKL ; K ? 10 'polypeptide(L)' no no ;MPTINQLIRKGRVSKVENSKSPALNKGYNSFKKEHTNVSSPQKRGVCTRVGTMTPKKPNSALRKYARVRLTNGIEVTAYI PGIGHNLQEHSVVLIRGGRVKDLPGVRYHIVRGALDTAGVENRAQGRSKYGTKKPKAK ; 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;MSERNQRKVYQGRVVSDKMDKTITVVVETYKKHTLYGKRVKYSKKFKAHDENNQAKIGDIVKIMETRPLSATKRFRLVEV VEEAVII ; Q ? 15 'polypeptide(L)' no no ;MARSLKKGPFVDGHLMTKIEKLNETDKKQVVKTWSRRSTIFPQFIGHTIAVYDGRKHVPVFISEDMVGHKLGEFAPTRTY KGHASDDKKTRR ; ;MARSLKKGPFVDGHLMTKIEKLNETDKKQVVKTWSRRSTIFPQFIGHTIAVYDGRKHVPVFISEDMVGHKLGEFAPTRTY KGHASDDKKTRR ; R ? 16 'polypeptide(L)' no no ;MPNIKSAIKRTKTNNERRVHNATIKSAMRTAIKQVEASVANNEADKAKTALTEAAKRIDKAVKTGLVHKNTAARYKSRLA KKVNGLSA ; ;MPNIKSAIKRTKTNNERRVHNATIKSAMRTAIKQVEASVANNEADKAKTALTEAAKRIDKAVKTGLVHKNTAARYKSRLA KKVNGLSA ; S ? 17 'polypeptide(L)' no no ;MRKYEVMYIIRPNIDEESKKAVIERFNNVLTSNGAEITGTKDWGKRRLAYEINDFRDGFYQIVNVQSDAAAVQEFDRLAK ISDDIIRHIVVKEEE ; ;MRKYEVMYIIRPNIDEESKKAVIERFNNVLTSNGAEITGTKDWGKRRLAYEINDFRDGFYQIVNVQSDAAAVQEFDRLAK ISDDIIRHIVVKEEE ; T ? 18 'polypeptide(L)' no no MAGGRRGGRAKRRKVCYFTSNGITHIDYKDVDLLKKFVSERGKILPRRVTGTNAKYQRKLTAAIKRARQMALLPYVSGE MAGGRRGGRAKRRKVCYFTSNGITHIDYKDVDLLKKFVSERGKILPRRVTGTNAKYQRKLTAAIKRARQMALLPYVSGE U ? 19 'polypeptide(L)' no no ;MAAARKSNTRKRRVKKNIESGIAHIRSTFNNTIVTITDTHGNAISWSSAGALGFRGSRKSTPFAAQMAAETAAKGSIEHG LKTLEVTVKGPGSGREAAIRALQAAGLEVTAIRDVTPVPHNGCRPPKRRRV ; ;MAAARKSNTRKRRVKKNIESGIAHIRSTFNNTIVTITDTHGNAISWSSAGALGFRGSRKSTPFAAQMAAETAAKGSIEHG LKTLEVTVKGPGSGREAAIRALQAAGLEVTAIRDVTPVPHNGCRPPKRRRV ; V ? # loop_ _entity_poly_seq.entity_id _entity_poly_seq.num _entity_poly_seq.mon_id _entity_poly_seq.hetero 1 1 U n 1 2 U n 1 3 U n 1 4 A n 1 5 U n 1 6 C n 1 7 G n 1 8 G n 1 9 A n 1 10 G n 1 11 A n 1 12 G n 1 13 U n 1 14 U n 1 15 U n 1 16 G n 1 17 A n 1 18 U n 1 19 C n 1 20 C n 1 21 U n 1 22 G n 1 23 G n 1 24 C n 1 25 U n 1 26 C n 1 27 A n 1 28 G n 1 29 G n 1 30 A n 1 31 C n 1 32 G n 1 33 A n 1 34 A n 1 35 C n 1 36 G n 1 37 C n 1 38 U n 1 39 G n 1 40 G n 1 41 C n 1 42 G n 1 43 G n 1 44 C n 1 45 G n 1 46 U n 1 47 G n 1 48 C n 1 49 C n 1 50 U n 1 51 A n 1 52 A n 1 53 U n 1 54 A n 1 55 C n 1 56 A n 1 57 U n 1 58 G n 1 59 C n 1 60 A n 1 61 A n 1 62 G n 1 63 U n 1 64 C n 1 65 G n 1 66 A n 1 67 G n 1 68 C n 1 69 G n 1 70 G n 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'ELECTRON MICROSCOPY' ? ? ? ? ? r_metal_ion_refined ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? ? ? ? ? r_metal_ion_other ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? ? ? ? ? r_symmetry_vdw_refined ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? ? ? ? ? r_symmetry_vdw_other ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? ? ? ? ? r_symmetry_hbond_refined ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? ? ? ? ? r_symmetry_hbond_other ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? ? ? ? ? r_symmetry_metal_ion_refined ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? ? ? ? ? r_symmetry_metal_ion_other ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 39.496 25.802 8354 ? r_mcbond_it ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 39.493 25.803 8354 ? r_mcbond_other ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 67.739 46.291 10404 ? r_mcangle_it ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 67.736 46.289 10405 ? r_mcangle_other ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 36.780 23.446 38699 ? r_scbond_it ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 36.780 23.446 38700 ? r_scbond_other ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? ? ? ? ? r_scangle_it ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 62.047 42.242 59346 ? r_scangle_other ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 276.75 276.75 228645 ? r_long_range_B_refined ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 276.75 276.75 228646 ? r_long_range_B_other ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? ? ? ? ? r_rigid_bond_restr ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? ? ? ? ? r_sphericity_free ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? ? ? ? ? r_sphericity_bonded ? ? # _refine_ls_shell.pdbx_refine_id 'ELECTRON MICROSCOPY' _refine_ls_shell.d_res_high 4.700 _refine_ls_shell.d_res_low 4.822 _refine_ls_shell.number_reflns_all ? _refine_ls_shell.number_reflns_obs ? _refine_ls_shell.number_reflns_R_free 0 _refine_ls_shell.number_reflns_R_work 11327 _refine_ls_shell.percent_reflns_obs 100.00 _refine_ls_shell.percent_reflns_R_free ? _refine_ls_shell.R_factor_all ? _refine_ls_shell.R_factor_obs ? _refine_ls_shell.R_factor_R_free_error ? _refine_ls_shell.R_factor_R_work 0.634 _refine_ls_shell.redundancy_reflns_all ? _refine_ls_shell.redundancy_reflns_obs ? _refine_ls_shell.wR_factor_all ? _refine_ls_shell.wR_factor_obs ? _refine_ls_shell.wR_factor_R_free ? _refine_ls_shell.wR_factor_R_work ? _refine_ls_shell.pdbx_R_complete ? _refine_ls_shell.pdbx_total_number_of_bins_used 20 _refine_ls_shell.pdbx_phase_error ? _refine_ls_shell.pdbx_fsc_work ? _refine_ls_shell.pdbx_fsc_free ? _refine_ls_shell.R_factor_R_free 0.000 # _struct.entry_id 8CDV _struct.title 'Rnase R bound to a 30S degradation intermediate (state II)' _struct.pdbx_model_details ? _struct.pdbx_formula_weight ? _struct.pdbx_formula_weight_method ? _struct.pdbx_model_type_details ? _struct.pdbx_CASP_flag N # _struct_keywords.entry_id 8CDV _struct_keywords.text 'SSU, 30S, RNase R, ribosomal degradation, turnover, RIBOSOME' _struct_keywords.pdbx_keywords RIBOSOME # loop_ _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.entity_id _struct_asym.details A N N 1 ? B N N 2 ? C N N 3 ? D N N 4 ? E N N 5 ? F N N 6 ? G N N 7 ? H N N 8 ? I N N 9 ? J N N 10 ? K N N 11 ? L N N 12 ? M N N 13 ? N N N 14 ? O N N 15 ? P N N 16 ? Q N N 17 ? R N N 18 ? 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5 ;MRRIDPSKLELEERLVTVNRVAKVVKGGRRFRFAALVVVGDKNGHVGFGTGKAQEVPEAIRKAVEDAKKNLIEVPMVGTT IPHEIIGRFGAGNILLKPASEGTGVIAGGPVRAVLELAGVADILSKSLGSNTPINMIRATLQGLSELKRAEDVAKLRGKS VEELLG ; 1 6 UNP RS7_BACSU P21469 ? 6 ;MPRKGPVAKRDVLPDPIYNSKLVSRLINKMMIDGKKGKSQTILYKSFDIIKERTGNDAMEVFEQALKNIMPVLEVKARRV GGANYQVPVEVRPERRTTLGLRWLVNYARLRGEKTMEERLANEILDAANNTGAAVKKREDTHKMAEANKAFAHYRW ; 1 7 UNP RS8_BACSU P12879 ? 7 ;MVMTDPIADMLTRIRNANMVRHEKLEIPASKLKREIAEILKREGFIRDVEFVEDSKQGIIRVFLKYGQNNERVITGLKRI SKPGLRVYAKSNEVPRVLNGLGIAIISTSQGVLTDKEARAKQAGGEVLAYVW ; 1 8 UNP RS9_BACSU P21470 ? 8 ;MAQVQYYGTGRRKSSVARVRLVPGEGRIVVNNREISEHIPSAALIEDIKQPLTLTETAGTYDVLVNVHGGGLSGQAGAIR HGIARALLEADPEYRTTLKRAGLLTRDARMKERKKYGLKGARRAPQFSKR ; 1 9 UNP RS10_BACSU P21471 ? 9 ;MAKQKIRIRLKAYDHRILDQSAEKIVETAKRSGASVSGPIPLPTEKSVYTILRAVHKYKDSREQFEMRTHKRLIDIVNPT PQTVDALMRLDLPSGVDIEIKL ; 1 10 UNP RS12_BACSU P21472 ? 10 ;MPTINQLIRKGRVSKVENSKSPALNKGYNSFKKEHTNVSSPQKRGVCTRVGTMTPKKPNSALRKYARVRLTNGIEVTAYI PGIGHNLQEHSVVLIRGGRVKDLPGVRYHIVRGALDTAGVENRAQGRSKYGTKKPKAK ; 1 11 UNP RS13_BACSU P20282 ? 11 ;MARIAGVDIPRDKRVVISLTYIFGIGRTTAQQVLKEAGVSEDTRVRDLTEEELGKIRDIIDKLKVEGDLRREVSLNIKRL IEIGSYRGIRHRRGLPVRGQNSKNNARTRKGPRRTVANKKK ; 1 12 UNP RS15_BACSU P21473 ? 12 ;MAITQERKNQLINEFKTHESDTGSPEVQIAILTDSINNLNEHLRTHKKDHHSRRGLLKMVGKRRNLLTYLRNKDVTRYRE LINKLGLRR ; 1 13 UNP RS16_BACSU P21474 ? 13 ;MAVKIRLKRMGAKKSPFYRIVVADSRSPRDGRFIETVGTYNPVAKPAEVKIDEELALKWLQTGAKPSDTVRNLFSSQGIM EKFHNAKQGK ; 1 14 UNP RS17_BACSU P12874 ? 14 ;MSERNQRKVYQGRVVSDKMDKTITVVVETYKKHTLYGKRVKYSKKFKAHDENNQAKIGDIVKIMETRPLSATKRFRLVEV VEEAVII ; 1 15 UNP RS19_BACSU P21476 ? 15 ;MARSLKKGPFVDGHLMTKIEKLNETDKKQVVKTWSRRSTIFPQFIGHTIAVYDGRKHVPVFISEDMVGHKLGEFAPTRTY KGHASDDKKTRR ; 1 16 UNP RS20_BACSU P21477 ? 16 ;MPNIKSAIKRTKTNNERRVHNATIKSAMRTAIKQVEASVANNEADKAKTALTEAAKRIDKAVKTGLVHKNTAARYKSRLA KKVNGLSA ; 1 17 UNP RS6_BACSU P21468 ? 17 ;MRKYEVMYIIRPNIDEESKKAVIERFNNVLTSNGAEITGTKDWGKRRLAYEINDFRDGFYQIVNVQSDAAAVQEFDRLAK ISDDIIRHIVVKEEE ; 1 18 UNP RS18_BACSU P21475 ? 18 MAGGRRGGRAKRRKVCYFTSNGITHIDYKDVDLLKKFVSERGKILPRRVTGTNAKYQRKLTAAIKRARQMALLPYVSGE 1 19 UNP RS11_BACSU P04969 ? 19 ;MAAARKSNTRKRRVKKNIESGIAHIRSTFNNTIVTITDTHGNAISWSSAGALGFRGSRKSTPFAAQMAAETAAKGSIEHG LKTLEVTVKGPGSGREAAIRALQAAGLEVTAIRDVTPVPHNGCRPPKRRRV ; 1 # loop_ _struct_ref_seq.align_id _struct_ref_seq.ref_id _struct_ref_seq.pdbx_PDB_id_code _struct_ref_seq.pdbx_strand_id _struct_ref_seq.seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.seq_align_end _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_db_accession _struct_ref_seq.db_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_db_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.db_align_end _struct_ref_seq.pdbx_db_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_end 1 1 8CDV A 1 ? 1554 ? 225184640 9811 ? 11364 ? 2 1555 2 2 8CDV B 1 ? 11 ? 8CDV -1 ? 9 ? -1 9 3 3 8CDV C 1 ? 779 ? O32231 1 ? 779 ? 1 779 4 4 8CDV F 1 ? 200 ? P21466 1 ? 200 ? 1 200 5 5 8CDV G 1 ? 166 ? P21467 1 ? 166 ? 1 166 6 6 8CDV H 1 ? 156 ? P21469 1 ? 156 ? 1 156 7 7 8CDV I 1 ? 132 ? P12879 1 ? 132 ? 1 132 8 8 8CDV J 1 ? 130 ? P21470 1 ? 130 ? 1 130 9 9 8CDV K 1 ? 102 ? P21471 1 ? 102 ? 1 102 10 10 8CDV L 1 ? 138 ? P21472 1 ? 138 ? 1 138 11 11 8CDV M 1 ? 121 ? P20282 1 ? 121 ? 1 121 12 12 8CDV O 1 ? 89 ? P21473 1 ? 89 ? 1 89 13 13 8CDV P 1 ? 90 ? P21474 1 ? 90 ? 1 90 14 14 8CDV Q 1 ? 87 ? P12874 1 ? 87 ? 1 87 15 15 8CDV R 1 ? 92 ? P21476 1 ? 92 ? 1 92 16 16 8CDV S 1 ? 88 ? P21477 1 ? 88 ? 1 88 17 17 8CDV T 1 ? 95 ? P21468 1 ? 95 ? 1 95 18 18 8CDV U 1 ? 79 ? P21475 1 ? 79 ? 1 79 19 19 8CDV V 1 ? 131 ? P04969 1 ? 131 ? 1 131 # _pdbx_struct_assembly.id 1 _pdbx_struct_assembly.details author_defined_assembly _pdbx_struct_assembly.method_details ? _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details nonadecameric _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count 19 # _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression 1 _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L,M,N,O,P,Q,R,S # _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.id 1 _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.experimental_support none _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.details ? # _pdbx_struct_oper_list.id 1 _pdbx_struct_oper_list.type 'identity operation' _pdbx_struct_oper_list.name 1_555 _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation ? _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] 1.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.vector[1] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] 1.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.vector[2] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] 1.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 0.0000000000 # loop_ _struct_conf.conf_type_id _struct_conf.id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_id _struct_conf.beg_label_comp_id _struct_conf.beg_label_asym_id _struct_conf.beg_label_seq_id _struct_conf.pdbx_beg_PDB_ins_code _struct_conf.end_label_comp_id _struct_conf.end_label_asym_id _struct_conf.end_label_seq_id _struct_conf.pdbx_end_PDB_ins_code _struct_conf.beg_auth_comp_id _struct_conf.beg_auth_asym_id _struct_conf.beg_auth_seq_id _struct_conf.end_auth_comp_id _struct_conf.end_auth_asym_id _struct_conf.end_auth_seq_id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_class _struct_conf.details _struct_conf.pdbx_PDB_helix_length HELX_P HELX_P1 AA1 LYS C 3 ? 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