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'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.000 0.016 6367 ? r_bond_other_d ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.960 1.644 9439 ? r_angle_refined_deg ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.330 1.562 14579 ? r_angle_other_deg ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 5.119 5.000 913 ? r_dihedral_angle_1_deg ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 12.499 5.000 44 ? r_dihedral_angle_2_deg ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 16.319 10.000 1014 ? r_dihedral_angle_3_deg ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? ? ? ? ? r_dihedral_angle_4_deg ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.043 0.200 1101 ? r_chiral_restr ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.004 0.020 8497 ? r_gen_planes_refined ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.001 0.020 1655 ? r_gen_planes_other ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? ? ? ? ? r_nbd_refined ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? ? ? ? ? r_nbd_other ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? ? ? ? ? r_nbtor_refined ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? ? ? ? ? r_nbtor_other ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? ? ? ? ? r_xyhbond_nbd_refined ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? ? ? ? ? r_xyhbond_nbd_other ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? ? ? ? ? r_metal_ion_refined ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? ? ? ? ? r_metal_ion_other ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? ? ? ? ? r_symmetry_vdw_refined ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? ? ? ? ? r_symmetry_vdw_other ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? ? ? ? ? r_symmetry_hbond_refined ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? ? ? ? ? r_symmetry_hbond_other ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? ? ? ? ? r_symmetry_metal_ion_refined ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? ? ? ? ? r_symmetry_metal_ion_other ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 4.580 7.656 3661 ? r_mcbond_it ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 4.576 7.655 3661 ? r_mcbond_other ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 7.515 13.755 4571 ? r_mcangle_it ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 7.525 13.755 4572 ? r_mcangle_other ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 4.598 7.490 3251 ? r_scbond_it ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 4.597 7.490 3252 ? r_scbond_other ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? ? ? ? ? r_scangle_it ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 7.827 13.761 4869 ? r_scangle_other ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 14.722 88.38 27693 ? r_long_range_B_refined ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 14.722 88.37 27694 ? r_long_range_B_other ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? ? ? ? ? r_rigid_bond_restr ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? ? ? ? ? r_sphericity_free ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? ? ? ? ? r_sphericity_bonded ? ? # _refine_ls_shell.pdbx_refine_id 'ELECTRON MICROSCOPY' _refine_ls_shell.d_res_high 2.540 _refine_ls_shell.d_res_low 2.606 _refine_ls_shell.number_reflns_all ? _refine_ls_shell.number_reflns_obs ? _refine_ls_shell.number_reflns_R_free 0 _refine_ls_shell.number_reflns_R_work 92459 _refine_ls_shell.percent_reflns_obs 100.00 _refine_ls_shell.percent_reflns_R_free ? _refine_ls_shell.R_factor_all ? _refine_ls_shell.R_factor_obs ? _refine_ls_shell.R_factor_R_free_error ? _refine_ls_shell.R_factor_R_work 0.563 _refine_ls_shell.redundancy_reflns_all ? _refine_ls_shell.redundancy_reflns_obs ? _refine_ls_shell.wR_factor_all ? _refine_ls_shell.wR_factor_obs ? _refine_ls_shell.wR_factor_R_free ? _refine_ls_shell.wR_factor_R_work ? _refine_ls_shell.pdbx_R_complete ? _refine_ls_shell.pdbx_total_number_of_bins_used 20 _refine_ls_shell.pdbx_phase_error ? _refine_ls_shell.pdbx_fsc_work ? _refine_ls_shell.pdbx_fsc_free ? _refine_ls_shell.R_factor_R_free 0.000 # loop_ _struct_ncs_oper.id _struct_ncs_oper.code _struct_ncs_oper.details _struct_ncs_oper.matrix[1][1] _struct_ncs_oper.matrix[1][2] _struct_ncs_oper.matrix[1][3] _struct_ncs_oper.matrix[2][1] _struct_ncs_oper.matrix[2][2] _struct_ncs_oper.matrix[2][3] _struct_ncs_oper.matrix[3][1] _struct_ncs_oper.matrix[3][2] _struct_ncs_oper.matrix[3][3] _struct_ncs_oper.vector[1] _struct_ncs_oper.vector[2] _struct_ncs_oper.vector[3] 1 given ? 1.000000 0.000000 0.000000 0.000000 1.000000 0.000000 0.000000 0.000000 1.000000 0.00000 0.00000 0.00000 2 generate ? 0.500000 -0.866025 0.000000 0.866025 0.500000 0.000000 0.000000 0.000000 1.000000 298.33994 -79.93995 0.00000 3 generate ? -0.500000 -0.866025 0.000000 0.866025 -0.500000 0.000000 0.000000 0.000000 1.000000 516.73993 138.46005 0.00000 4 generate ? -1.000000 -0.000000 0.000000 0.000000 -1.000000 0.000000 0.000000 0.000000 1.000000 436.79999 436.79999 0.00000 5 generate ? -0.500000 0.866025 0.000000 -0.866025 -0.500000 0.000000 0.000000 0.000000 1.000000 138.46005 516.73993 0.00000 6 generate ? 0.500000 0.866025 0.000000 -0.866025 0.500000 0.000000 0.000000 0.000000 1.000000 -79.93995 298.33994 0.00000 # _struct.entry_id 8CKA _struct.title 'Deinococcus radidurans HPI S-layer' _struct.pdbx_model_details ? _struct.pdbx_formula_weight ? _struct.pdbx_formula_weight_method ? _struct.pdbx_model_type_details ? _struct.pdbx_CASP_flag N # _struct_keywords.entry_id 8CKA _struct_keywords.text 'HPI S-layer, STRUCTURAL PROTEIN' _struct_keywords.pdbx_keywords 'STRUCTURAL PROTEIN' # loop_ _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.entity_id _struct_asym.details A N N 1 ? B N N 1 ? # loop_ _struct_conf.conf_type_id _struct_conf.id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_id _struct_conf.beg_label_comp_id _struct_conf.beg_label_asym_id _struct_conf.beg_label_seq_id _struct_conf.pdbx_beg_PDB_ins_code _struct_conf.end_label_comp_id _struct_conf.end_label_asym_id _struct_conf.end_label_seq_id _struct_conf.pdbx_end_PDB_ins_code _struct_conf.beg_auth_comp_id _struct_conf.beg_auth_asym_id _struct_conf.beg_auth_seq_id _struct_conf.end_auth_comp_id _struct_conf.end_auth_asym_id _struct_conf.end_auth_seq_id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_class _struct_conf.details _struct_conf.pdbx_PDB_helix_length HELX_P HELX_P1 AA1 GLY A 234 ? GLU A 237 ? GLY A 234 GLU A 237 5 ? 4 HELX_P HELX_P2 AA2 GLN A 309 ? GLY A 311 ? GLN A 309 GLY A 311 5 ? 3 HELX_P HELX_P3 AA3 LEU A 333 ? ASP A 337 ? LEU A 333 ASP A 337 5 ? 5 HELX_P HELX_P4 AA4 THR A 439 ? ASN A 443 ? THR A 439 ASN A 443 5 ? 5 HELX_P HELX_P5 AA5 ASP A 450 ? VAL A 461 ? ASP A 450 VAL A 461 1 ? 12 HELX_P HELX_P6 AA6 ASN A 598 ? 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ASN B 865 ASN B 875 1 ? 11 # _struct_conf_type.id HELX_P _struct_conf_type.criteria ? _struct_conf_type.reference ? # loop_ _struct_conn.id _struct_conn.conn_type_id _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag _struct_conn.pdbx_PDB_id _struct_conn.ptnr1_label_asym_id _struct_conn.ptnr1_label_comp_id _struct_conn.ptnr1_label_seq_id _struct_conn.ptnr1_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id _struct_conn.ptnr1_symmetry _struct_conn.ptnr2_label_asym_id _struct_conn.ptnr2_label_comp_id _struct_conn.ptnr2_label_seq_id _struct_conn.ptnr2_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_symmetry _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code _struct_conn.details _struct_conn.pdbx_dist_value _struct_conn.pdbx_value_order _struct_conn.pdbx_role disulf1 disulf ? ? A CYS 168 SG ? ? ? 1_555 A CYS 187 SG ? ? A CYS 168 A CYS 187 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.034 ? ? disulf2 disulf ? ? B CYS 554 SG ? ? ? 1_555 B CYS 666 SG ? ? B CYS 554 B CYS 666 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.075 ? ? # _struct_conn_type.id disulf _struct_conn_type.criteria ? _struct_conn_type.reference ? # loop_ _struct_mon_prot_cis.pdbx_id _struct_mon_prot_cis.label_comp_id _struct_mon_prot_cis.label_seq_id _struct_mon_prot_cis.label_asym_id _struct_mon_prot_cis.label_alt_id _struct_mon_prot_cis.pdbx_PDB_ins_code _struct_mon_prot_cis.auth_comp_id _struct_mon_prot_cis.auth_seq_id _struct_mon_prot_cis.auth_asym_id _struct_mon_prot_cis.pdbx_label_comp_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_label_seq_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_label_asym_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_PDB_ins_code_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_auth_comp_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_auth_seq_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_auth_asym_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_PDB_model_num _struct_mon_prot_cis.pdbx_omega_angle 1 SER 140 A . ? SER 140 A PRO 141 A ? PRO 141 A 1 -1.97 2 THR 262 A . ? THR 262 A PRO 263 A ? PRO 263 A 1 13.48 3 ARG 409 A . ? ARG 409 A GLU 410 A ? GLU 410 A 1 12.88 4 THR 493 A . ? THR 493 A PRO 494 A ? PRO 494 A 1 0.85 5 LEU 544 A . ? LEU 544 A PRO 545 A ? PRO 545 A 1 -0.85 6 LEU 544 B . ? LEU 544 B PRO 545 B ? PRO 545 B 1 -1.38 # loop_ _struct_sheet.id _struct_sheet.type _struct_sheet.number_strands _struct_sheet.details AA1 ? 4 ? AA2 ? 5 ? AA3 ? 3 ? AA4 ? 6 ? AA5 ? 3 ? AA6 ? 6 ? AA7 ? 5 ? AA8 ? 2 ? AA9 ? 3 ? AB1 ? 5 ? AB2 ? 2 ? AB3 ? 3 ? AB4 ? 5 ? AB5 ? 3 ? AB6 ? 5 ? AB7 ? 3 ? 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_pdbx_contact_author.id 2 _pdbx_contact_author.email tbharat@mrc-lmb.cam.ac.uk _pdbx_contact_author.name_first Tanmay _pdbx_contact_author.name_last Bharat _pdbx_contact_author.name_mi 'A. M.' _pdbx_contact_author.role 'principal investigator/group leader' _pdbx_contact_author.identifier_ORCID 0000-0002-0168-0277 # _pdbx_struct_assembly.id 1 _pdbx_struct_assembly.details author_defined_assembly _pdbx_struct_assembly.method_details ? _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details dodecameric _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count 12 # _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression 1,2,3,4,5,6 _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list A,B # loop_ _pdbx_struct_oper_list.id _pdbx_struct_oper_list.type _pdbx_struct_oper_list.name _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] _pdbx_struct_oper_list.vector[1] _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] _pdbx_struct_oper_list.vector[2] _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 1 'identity operation' 1_555 ? 1 0 0 0 0 1 0 0 0 0 1 0 2 'point symmetry operation' ? ? 0.500000 -0.866025 0.000000 298.33994 0.866025 0.500000 0.000000 -79.93995 0.000000 0.000000 1.000000 0.00000 3 'point symmetry operation' ? ? -0.500000 -0.866025 0.000000 516.73993 0.866025 -0.500000 0.000000 138.46005 0.000000 0.000000 1.000000 0.00000 4 'point symmetry operation' ? ? -1.000000 -0.000000 0.000000 436.79999 0.000000 -1.000000 0.000000 436.79999 0.000000 0.000000 1.000000 0.00000 5 'point symmetry operation' ? ? -0.500000 0.866025 0.000000 138.46005 -0.866025 -0.500000 0.000000 516.73993 0.000000 0.000000 1.000000 0.00000 6 'point symmetry operation' ? ? 0.500000 0.866025 0.000000 -79.93995 -0.866025 0.500000 0.000000 298.33994 0.000000 0.000000 1.000000 0.00000 # loop_ _pdbx_audit_revision_history.ordinal _pdbx_audit_revision_history.data_content_type _pdbx_audit_revision_history.major_revision _pdbx_audit_revision_history.minor_revision _pdbx_audit_revision_history.revision_date 1 'Structure model' 1 0 2023-04-19 2 'Structure model' 1 1 2023-04-26 # _pdbx_audit_revision_details.ordinal 1 _pdbx_audit_revision_details.revision_ordinal 1 _pdbx_audit_revision_details.data_content_type 'Structure model' _pdbx_audit_revision_details.provider repository _pdbx_audit_revision_details.type 'Initial release' _pdbx_audit_revision_details.description ? _pdbx_audit_revision_details.details ? # _pdbx_audit_revision_group.ordinal 1 _pdbx_audit_revision_group.revision_ordinal 2 _pdbx_audit_revision_group.data_content_type 'Structure model' _pdbx_audit_revision_group.group 'Database references' # loop_ _pdbx_audit_revision_category.ordinal _pdbx_audit_revision_category.revision_ordinal _pdbx_audit_revision_category.data_content_type _pdbx_audit_revision_category.category 1 2 'Structure model' citation 2 2 'Structure model' citation_author # loop_ _pdbx_audit_revision_item.ordinal _pdbx_audit_revision_item.revision_ordinal _pdbx_audit_revision_item.data_content_type _pdbx_audit_revision_item.item 1 2 'Structure model' '_citation.page_first' 2 2 'Structure model' '_citation.page_last' 3 2 'Structure model' '_citation.pdbx_database_id_PubMed' 4 2 'Structure model' '_citation.title' 5 2 'Structure model' '_citation_author.identifier_ORCID' # _software.citation_id ? _software.classification refinement _software.compiler_name ? _software.compiler_version ? _software.contact_author ? _software.contact_author_email ? _software.date ? _software.description ? _software.dependencies ? _software.hardware ? _software.language ? _software.location ? _software.mods ? _software.name REFMAC _software.os ? _software.os_version ? _software.type ? _software.version 5.8.0403 _software.pdbx_ordinal 1 # _em_3d_fitting.id 1 _em_3d_fitting.entry_id 8CKA _em_3d_fitting.method ? _em_3d_fitting.target_criteria 'Best Fit' _em_3d_fitting.details ? _em_3d_fitting.overall_b_value 19.48 _em_3d_fitting.ref_space RECIPROCAL _em_3d_fitting.ref_protocol 'AB INITIO MODEL' # _em_3d_reconstruction.entry_id 8CKA _em_3d_reconstruction.id 1 _em_3d_reconstruction.method ? _em_3d_reconstruction.algorithm 'FOURIER SPACE' _em_3d_reconstruction.citation_id ? _em_3d_reconstruction.details ;Per-particle defocus, anisotropy magnification, and higher-order aberrations were refined inside RELION3.1, followed by another round of focused 3D auto refinement and Bayesian particle polishing. The final map was obtained from 55,345 particles and post-processed using a soft mask focused on the central hexamer, including the dimeric bridge, yielding a global resolution of 2.52 Angstrom according to the gold standard Fourier shell correlation criterion of 0.143. ; _em_3d_reconstruction.resolution 2.52 _em_3d_reconstruction.resolution_method 'FSC 0.143 CUT-OFF' _em_3d_reconstruction.magnification_calibration ? _em_3d_reconstruction.nominal_pixel_size ? _em_3d_reconstruction.actual_pixel_size ? _em_3d_reconstruction.num_particles 55345 _em_3d_reconstruction.euler_angles_details ? _em_3d_reconstruction.num_class_averages 1 _em_3d_reconstruction.refinement_type ? _em_3d_reconstruction.image_processing_id 1 _em_3d_reconstruction.symmetry_type POINT # _em_buffer.id 1 _em_buffer.specimen_id 1 _em_buffer.name ? _em_buffer.details '50 mM HEPES/NaOH pH=7.5, 150 mM NaCl, 5 mM MgCl2, 1 mM CaCl2' _em_buffer.pH 7.5 # _em_entity_assembly.id 1 _em_entity_assembly.parent_id 0 _em_entity_assembly.source NATURAL _em_entity_assembly.type 'ORGANELLE OR CELLULAR COMPONENT' _em_entity_assembly.name 'Structure of Hexagonally Packed Intermediate-layer (HPI) protein' _em_entity_assembly.details 'Structure of Hexagonally Packed Intermediate-layer (HPI) protein' _em_entity_assembly.synonym ? 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B LEU 382 830 1 Y 1 B ASN 383 ? B ASN 383 831 1 Y 1 B ASN 384 ? B ASN 384 832 1 Y 1 B TYR 385 ? B TYR 385 833 1 Y 1 B ASN 386 ? B ASN 386 834 1 Y 1 B ASN 387 ? B ASN 387 835 1 Y 1 B SER 388 ? B SER 388 836 1 Y 1 B GLY 389 ? B GLY 389 837 1 Y 1 B LEU 390 ? B LEU 390 838 1 Y 1 B THR 391 ? B THR 391 839 1 Y 1 B TYR 392 ? B TYR 392 840 1 Y 1 B VAL 393 ? B VAL 393 841 1 Y 1 B ARG 394 ? B ARG 394 842 1 Y 1 B GLY 395 ? B GLY 395 843 1 Y 1 B ASP 396 ? B ASP 396 844 1 Y 1 B VAL 397 ? B VAL 397 845 1 Y 1 B ASN 398 ? B ASN 398 846 1 Y 1 B VAL 399 ? B VAL 399 847 1 Y 1 B PHE 400 ? B PHE 400 848 1 Y 1 B THR 401 ? B THR 401 849 1 Y 1 B GLY 402 ? B GLY 402 850 1 Y 1 B ASN 403 ? B ASN 403 851 1 Y 1 B PRO 404 ? B PRO 404 852 1 Y 1 B SER 405 ? B SER 405 853 1 Y 1 B LEU 406 ? B LEU 406 854 1 Y 1 B GLN 407 ? B GLN 407 855 1 Y 1 B ASP 408 ? B ASP 408 856 1 Y 1 B ARG 409 ? B ARG 409 857 1 Y 1 B GLU 410 ? B GLU 410 858 1 Y 1 B PHE 411 ? B PHE 411 859 1 Y 1 B GLY 412 ? B GLY 412 860 1 Y 1 B GLN 413 ? B GLN 413 861 1 Y 1 B ALA 414 ? B ALA 414 862 1 Y 1 B PRO 415 ? B PRO 415 863 1 Y 1 B LEU 416 ? B LEU 416 864 1 Y 1 B GLY 417 ? B GLY 417 865 1 Y 1 B SER 418 ? B SER 418 866 1 Y 1 B SER 419 ? B SER 419 867 1 Y 1 B PHE 420 ? B PHE 420 868 1 Y 1 B VAL 421 ? B VAL 421 869 1 Y 1 B GLN 422 ? B GLN 422 870 1 Y 1 B ARG 423 ? B ARG 423 871 1 Y 1 B ARG 424 ? B ARG 424 872 1 Y 1 B PRO 425 ? B PRO 425 873 1 Y 1 B SER 426 ? B SER 426 874 1 Y 1 B GLY 427 ? B GLY 427 875 1 Y 1 B PHE 428 ? B PHE 428 876 1 Y 1 B GLU 429 ? B GLU 429 877 1 Y 1 B SER 430 ? B SER 430 878 1 Y 1 B ILE 431 ? B ILE 431 879 1 Y 1 B ARG 432 ? B ARG 432 880 1 Y 1 B TYR 433 ? B TYR 433 881 1 Y 1 B TYR 434 ? B TYR 434 882 1 Y 1 B LEU 435 ? B LEU 435 883 1 Y 1 B VAL 436 ? B VAL 436 884 1 Y 1 B PRO 437 ? B PRO 437 885 1 Y 1 B GLU 438 ? B GLU 438 886 1 Y 1 B THR 439 ? B THR 439 887 1 Y 1 B ALA 440 ? B ALA 440 888 1 Y 1 B PHE 441 ? B PHE 441 889 1 Y 1 B GLY 442 ? B GLY 442 890 1 Y 1 B ASN 443 ? B ASN 443 891 1 Y 1 B LYS 444 ? B LYS 444 892 1 Y 1 B ALA 445 ? B ALA 445 893 1 Y 1 B LEU 446 ? B LEU 446 894 1 Y 1 B GLN 447 ? B GLN 447 895 1 Y 1 B GLU 448 ? B GLU 448 896 1 Y 1 B SER 449 ? B SER 449 897 1 Y 1 B ASP 450 ? B ASP 450 898 1 Y 1 B GLU 451 ? B GLU 451 899 1 Y 1 B MET 452 ? B MET 452 900 1 Y 1 B LEU 453 ? B LEU 453 901 1 Y 1 B ARG 454 ? B ARG 454 902 1 Y 1 B ALA 455 ? B ALA 455 903 1 Y 1 B LYS 456 ? B LYS 456 904 1 Y 1 B ALA 457 ? B ALA 457 905 1 Y 1 B ILE 458 ? B ILE 458 906 1 Y 1 B LYS 459 ? B LYS 459 907 1 Y 1 B SER 460 ? B SER 460 908 1 Y 1 B VAL 461 ? B VAL 461 909 1 Y 1 B ALA 462 ? B ALA 462 910 1 Y 1 B THR 463 ? B THR 463 911 1 Y 1 B VAL 464 ? B VAL 464 912 1 Y 1 B VAL 465 ? B VAL 465 913 1 Y 1 B SER 466 ? B SER 466 914 1 Y 1 B ALA 467 ? B ALA 467 915 1 Y 1 B PRO 468 ? B PRO 468 916 1 Y 1 B VAL 469 ? B VAL 469 917 1 Y 1 B LEU 470 ? B LEU 470 918 1 Y 1 B GLU 471 ? B GLU 471 919 1 Y 1 B PRO 472 ? B PRO 472 920 1 Y 1 B GLY 473 ? B GLY 473 921 1 Y 1 B THR 474 ? B THR 474 922 1 Y 1 B VAL 475 ? B VAL 475 923 1 Y 1 B LYS 476 ? B LYS 476 924 1 Y 1 B ALA 477 ? B ALA 477 925 1 Y 1 B THR 478 ? B THR 478 926 1 Y 1 B SER 479 ? B SER 479 927 1 Y 1 B PHE 480 ? B PHE 480 928 1 Y 1 B SER 481 ? B SER 481 929 1 Y 1 B ARG 482 ? B ARG 482 930 1 Y 1 B VAL 483 ? B VAL 483 931 1 Y 1 B ILE 484 ? B ILE 484 932 1 Y 1 B GLY 485 ? B GLY 485 933 1 Y 1 B SER 486 ? B SER 486 934 1 Y 1 B GLY 487 ? B GLY 487 935 1 Y 1 B ALA 488 ? B ALA 488 936 1 Y 1 B THR 489 ? B THR 489 937 1 Y 1 B SER 490 ? B SER 490 938 1 Y 1 B THR 491 ? B THR 491 939 1 Y 1 B VAL 492 ? B VAL 492 940 1 Y 1 B THR 493 ? B THR 493 941 1 Y 1 B PRO 494 ? B PRO 494 942 1 Y 1 B LYS 495 ? B LYS 495 943 1 Y 1 B ALA 496 ? B ALA 496 944 1 Y 1 B GLN 497 ? B GLN 497 945 1 Y 1 B ASP 498 ? B ASP 498 946 1 Y 1 B ASN 499 ? B ASN 499 947 1 Y 1 B VAL 500 ? B VAL 500 948 1 Y 1 B THR 501 ? B THR 501 949 1 Y 1 B TYR 502 ? B TYR 502 950 1 Y 1 B ARG 503 ? B ARG 503 951 1 Y 1 B VAL 504 ? B VAL 504 952 1 Y 1 B TYR 505 ? B TYR 505 953 1 Y 1 B ALA 506 ? B ALA 506 954 1 Y 1 B ILE 507 ? B ILE 507 955 1 Y 1 B SER 508 ? B SER 508 956 1 Y 1 B ARG 509 ? B ARG 509 957 1 Y 1 B ASP 510 ? B ASP 510 958 1 Y 1 B GLN 511 ? B GLN 511 959 1 Y 1 B LEU 512 ? B LEU 512 960 1 Y 1 B GLY 513 ? B GLY 513 961 1 Y 1 B ASN 514 ? B ASN 514 962 1 Y 1 B GLU 515 ? B GLU 515 963 1 Y 1 B THR 516 ? B THR 516 964 1 Y 1 B ALA 517 ? B ALA 517 965 1 Y 1 B SER 518 ? B SER 518 966 1 Y 1 B ALA 519 ? B ALA 519 967 1 Y 1 B THR 520 ? B THR 520 968 1 Y 1 B TYR 521 ? B TYR 521 969 1 Y 1 B GLU 522 ? B GLU 522 970 1 Y 1 B LEU 523 ? B LEU 523 971 1 Y 1 B VAL 524 ? B VAL 524 972 1 Y 1 B ARG 525 ? B ARG 525 973 1 Y 1 B PHE 526 ? B PHE 526 974 1 Y 1 B ASP 527 ? B ASP 527 975 1 Y 1 B ASN 528 ? B ASN 528 976 1 Y 1 B VAL 529 ? B VAL 529 977 1 Y 1 B GLY 530 ? B GLY 530 978 1 Y 1 B LEU 818 ? B LEU 818 979 1 Y 1 B PRO 819 ? B PRO 819 980 1 Y 1 B ARG 820 ? B ARG 820 # loop_ _em_buffer_component.buffer_id _em_buffer_component.concentration _em_buffer_component.concentration_units _em_buffer_component.formula _em_buffer_component.id _em_buffer_component.name 1 50 mM C8H18N2O4S 1 HEPES 1 150 mM NaCl 2 NaCl 1 5 mM MgCl2 3 MgCl2 1 1 mM CaCl2 4 CaCl2 # _em_ctf_correction.details 'RELION refinement with in-built CTF correction. The function is similar to a Wiener filter, so amplitude correction included.' _em_ctf_correction.em_image_processing_id 1 _em_ctf_correction.id 1 _em_ctf_correction.type 'PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION' # _em_entity_assembly_molwt.entity_assembly_id 1 _em_entity_assembly_molwt.experimental_flag NO _em_entity_assembly_molwt.id 1 _em_entity_assembly_molwt.units ? _em_entity_assembly_molwt.value ? # _em_entity_assembly_naturalsource.cell ? _em_entity_assembly_naturalsource.cellular_location extracellular _em_entity_assembly_naturalsource.entity_assembly_id 1 _em_entity_assembly_naturalsource.id 2 _em_entity_assembly_naturalsource.ncbi_tax_id 1299 _em_entity_assembly_naturalsource.organism 'Deinococcus radiodurans' _em_entity_assembly_naturalsource.organelle ? _em_entity_assembly_naturalsource.organ ? _em_entity_assembly_naturalsource.strain ? _em_entity_assembly_naturalsource.tissue ? # _em_image_processing.details ;Movies collected at the scope were clustered into optics groups based on the XML meta-data of the data-collection software EPU (Thermo Fisher Scientific) using a k-means algorithm implemented in EPU_group_AFIS (https://github.com/DustinMorado/EPU_group_AFIS). Imported movies were motion-corrected, dose-weighted, and Fourier cropped (2x) with MotionCor2 implemented in RELION-3.1. Contrast transfer functions (CTFs) of the resulting motion-corrected micrographs were estimated using CTFFIND4. ; _em_image_processing.id 1 _em_image_processing.image_recording_id 1 # _em_image_recording.average_exposure_time 3.43 _em_image_recording.avg_electron_dose_per_subtomogram ? _em_image_recording.avg_electron_dose_per_image 53.245 _em_image_recording.details ? _em_image_recording.detector_mode ? _em_image_recording.film_or_detector_model 'GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)' _em_image_recording.id 1 _em_image_recording.imaging_id 1 _em_image_recording.num_diffraction_images ? _em_image_recording.num_grids_imaged 1 _em_image_recording.num_real_images 1002 # _em_imaging_optics.chr_aberration_corrector 'not used' _em_imaging_optics.energyfilter_lower ? _em_imaging_optics.energyfilter_slit_width 20 _em_imaging_optics.energyfilter_name 'GIF Quantum LS' _em_imaging_optics.energyfilter_upper ? _em_imaging_optics.id 1 _em_imaging_optics.imaging_id 1 _em_imaging_optics.phase_plate ? _em_imaging_optics.sph_aberration_corrector 'not used' _em_imaging_optics.details ? # _em_particle_selection.details ;Initially, side views of S-layer sheets were first manually picked along the edge of the lattice using the helical picking tab in RELION while setting the helical rise to 40 Angstrom. Top and tilted views were manually picked at the central hexameric axis. Manually picked particles were extracted in 4x downsampled 100 x 100 boxes and classified using reference-free 2D classification inside RELION3.1. Class averages centered at a hexameric axis were used to automatically pick particles inside RELION3.1. Automatically picked particles were extracted in 4x downsampled 100x100 pixel2 boxes and classified using reference-free 2D classification. Particle coordinates belonging to class averages centered at the hexameric axis were used to train TOPAZ in 5x downsampled micrographs with the neural network architecture conv127. For the final reconstruction, particles were picked using TOPAZ and the previously trained neural network above. Additionally, top, bottom, and side views were picked using the reference-based autopicker inside RELION3.1, which TOPAZ did not readily identify. Particles were extracted in 4x downsampled 100x100 pixel2 boxes and classified using reference-free 2D classification inside RELION3.1. Particles belonging to class averages centered at the hexameric axis were combined, and particles within 30 Angstrom were removed to prevent duplication after alignment. All resulting particles were then re-extracted in 4x downsampled 100x100 pixel2 boxes. ; _em_particle_selection.id 1 _em_particle_selection.image_processing_id 1 _em_particle_selection.method ? _em_particle_selection.num_particles_selected 882866 _em_particle_selection.reference_model ? # loop_ _em_software.category _em_software.details _em_software.id _em_software.image_processing_id _em_software.fitting_id _em_software.imaging_id _em_software.name _em_software.version 'PARTICLE SELECTION' 'ResNet8 trained model' 1 1 ? ? Topaz 0.2.5 'PARTICLE SELECTION' ? 2 1 ? ? RELION 3.1.2 'IMAGE ACQUISITION' ? 3 ? ? 1 EPU ? MASKING ? 4 ? ? ? ? ? 'CTF CORRECTION' 'CTFFIND4 was used as implemented in RELION 3.1' 5 1 ? ? CTFFIND 4.1.13 'LAYERLINE INDEXING' ? 6 ? ? ? ? ? 'DIFFRACTION INDEXING' ? 7 ? ? ? ? ? 'MODEL FITTING' ? 8 ? 1 ? Coot 0.9.2-pre OTHER ? 9 ? ? ? ? ? 'INITIAL EULER ASSIGNMENT' ? 10 1 ? ? RELION 3.1 'FINAL EULER ASSIGNMENT' ? 11 1 ? ? RELION 3.1 CLASSIFICATION ? 12 1 ? ? RELION 3.1 RECONSTRUCTION ? 13 1 ? ? RELION 3.1 'MODEL REFINEMENT' 'Servalcat v 0.3.0' 14 ? 1 ? REFMAC 5.8.0403 # _em_specimen.concentration ? _em_specimen.details 'In vitro isolate Hexagonally Packed Intermediate-layer (HPI) layer' _em_specimen.embedding_applied NO _em_specimen.experiment_id 1 _em_specimen.id 1 _em_specimen.shadowing_applied NO _em_specimen.staining_applied NO _em_specimen.vitrification_applied YES # loop_ _pdbx_audit_support.funding_organization _pdbx_audit_support.country _pdbx_audit_support.grant_number _pdbx_audit_support.ordinal 'Wellcome Trust' 'United Kingdom' 202231/Z/16/Z 1 'Medical Research Council (MRC, United Kingdom)' 'United Kingdom' MC_UP_1201/31 2 # _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.id 1 _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.experimental_support 'electron microscopy' _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.details ? #