data_8D4D # _entry.id 8D4D # _audit_conform.dict_name mmcif_pdbx.dic _audit_conform.dict_version 5.371 _audit_conform.dict_location http://mmcif.pdb.org/dictionaries/ascii/mmcif_pdbx.dic # loop_ _database_2.database_id _database_2.database_code _database_2.pdbx_database_accession _database_2.pdbx_DOI PDB 8D4D pdb_00008d4d 10.2210/pdb8d4d/pdb WWPDB D_1000265997 ? ? EMDB EMD-27182 ? ? # loop_ _pdbx_database_related.db_name _pdbx_database_related.details _pdbx_database_related.db_id _pdbx_database_related.content_type EMDB 'Asymmetric unit of AP-1 lattice on narrow membrane tubes' EMD-26853 'other EM volume' EMDB ;gamma-Arf1 mediated dimeric assembly of AP-1, Arf1, Nef complex within lattice on MHC-I lipopeptide incorporated narrow membrane tubes ; EMD-27182 'associated EM volume' # _pdbx_database_status.status_code REL _pdbx_database_status.status_code_sf ? _pdbx_database_status.status_code_mr ? _pdbx_database_status.entry_id 8D4D _pdbx_database_status.recvd_initial_deposition_date 2022-06-01 _pdbx_database_status.SG_entry N _pdbx_database_status.deposit_site RCSB _pdbx_database_status.process_site RCSB _pdbx_database_status.status_code_cs ? _pdbx_database_status.status_code_nmr_data ? _pdbx_database_status.methods_development_category ? _pdbx_database_status.pdb_format_compatible N # loop_ _audit_author.name _audit_author.pdbx_ordinal _audit_author.identifier_ORCID 'Hooy, R.M.' 1 0000-0001-8917-0249 'Hurley, J.H.' 2 0000-0001-5054-5445 # _citation.abstract ? _citation.abstract_id_CAS ? _citation.book_id_ISBN ? _citation.book_publisher ? _citation.book_publisher_city ? _citation.book_title ? _citation.coordinate_linkage ? _citation.country US _citation.database_id_Medline ? _citation.details ? _citation.id primary _citation.journal_abbrev 'Sci Adv' _citation.journal_id_ASTM ? _citation.journal_id_CSD ? _citation.journal_id_ISSN 2375-2548 _citation.journal_full ? _citation.journal_issue ? _citation.journal_volume 8 _citation.language ? _citation.page_first eadd3914 _citation.page_last eadd3914 _citation.title 'Self-assembly and structure of a clathrin-independent AP-1:Arf1 tubular membrane coat.' _citation.year 2022 _citation.database_id_CSD ? _citation.pdbx_database_id_DOI 10.1126/sciadv.add3914 _citation.pdbx_database_id_PubMed 36269825 _citation.pdbx_database_id_patent ? _citation.unpublished_flag ? # loop_ _citation_author.citation_id _citation_author.name _citation_author.ordinal _citation_author.identifier_ORCID primary 'Hooy, R.M.' 1 0000-0001-8917-0249 primary 'Iwamoto, Y.' 2 0000-0002-6747-1590 primary 'Tudorica, D.A.' 3 0000-0003-0337-5150 primary 'Ren, X.' 4 0000-0002-4822-4316 primary 'Hurley, J.H.' 5 0000-0001-5054-5445 # _cell.angle_alpha 90.00 _cell.angle_alpha_esd ? _cell.angle_beta 90.00 _cell.angle_beta_esd ? _cell.angle_gamma 90.00 _cell.angle_gamma_esd ? _cell.entry_id 8D4D _cell.details ? _cell.formula_units_Z ? _cell.length_a 1.00 _cell.length_a_esd ? _cell.length_b 1.00 _cell.length_b_esd ? _cell.length_c 1.00 _cell.length_c_esd ? _cell.volume ? _cell.volume_esd ? _cell.Z_PDB ? _cell.reciprocal_angle_alpha ? _cell.reciprocal_angle_beta ? _cell.reciprocal_angle_gamma ? _cell.reciprocal_angle_alpha_esd ? _cell.reciprocal_angle_beta_esd ? _cell.reciprocal_angle_gamma_esd ? _cell.reciprocal_length_a ? _cell.reciprocal_length_b ? _cell.reciprocal_length_c ? _cell.reciprocal_length_a_esd ? _cell.reciprocal_length_b_esd ? _cell.reciprocal_length_c_esd ? _cell.pdbx_unique_axis ? _cell.pdbx_esd_method ? # _symmetry.entry_id 8D4D _symmetry.cell_setting ? _symmetry.Int_Tables_number 1 _symmetry.space_group_name_Hall ? _symmetry.space_group_name_H-M 'P 1' _symmetry.pdbx_full_space_group_name_H-M ? # loop_ _entity.id _entity.type _entity.src_method _entity.pdbx_description _entity.formula_weight _entity.pdbx_number_of_molecules _entity.pdbx_ec _entity.pdbx_mutation _entity.pdbx_fragment _entity.details 1 polymer man 'ADP-ribosylation factor 1' 20590.547 4 ? ? ? 'N-terminal myristoylation' 2 polymer man 'Protein Nef' 24154.049 4 ? ? ? 'N-terminal myristoylation' 3 polymer man 'HLA class I histocompatibility antigen, A alpha chain' 4139.429 2 ? 'T345S, S349G, G355S, C363A' ? ? 4 polymer man 'AP-1 complex subunit beta-1' 104736.461 2 ? 'K359R, E476K' ? ? 5 polymer man 'AP-1 complex subunit gamma-1' 68194.094 2 ? ? ? ? 6 polymer man 'AP-1 complex subunit mu-1' 48606.730 2 ? ? ? ? 7 polymer man 'AP-1 complex subunit sigma-3' 18305.273 2 ? ? ? ? 8 non-polymer syn "GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE" 523.180 4 ? ? ? ? 9 non-polymer syn 'MAGNESIUM ION' 24.305 4 ? ? ? ? # loop_ _entity_name_com.entity_id _entity_name_com.name 2 ;3'ORF,Negative factor,F-protein ; 3 'Human leukocyte antigen A,HLA-A' 4 ;Adaptor protein complex AP-1 subunit beta-1,Adaptor-related protein complex 1 subunit beta-1,Beta-1-adaptin,Beta-adaptin 1,Clathrin assembly protein complex 1 beta large chain,Golgi adaptor HA1/AP1 adaptin beta subunit ; 5 ;Adaptor protein complex AP-1 subunit gamma-1,Adaptor-related protein complex 1 subunit gamma-1,Clathrin assembly protein complex 1 gamma-1 large chain,Gamma-adaptin,Gamma1-adaptin,Golgi adaptor HA1/AP1 adaptin subunit gamma-1 ; 6 ;AP-mu chain family member mu1A,Adaptor protein complex AP-1 subunit mu-1,Adaptor-related protein complex 1 subunit mu-1,Clathrin assembly protein complex 1 mu-1 medium chain 1,Clathrin coat assembly protein AP47,Clathrin coat-associated protein AP47,Golgi adaptor HA1/AP1 adaptin mu-1 subunit,Mu-adaptin 1,Mu1A-adaptin ; 7 ;Adaptor protein complex AP-1 subunit sigma-1C,Adaptor-related protein complex 1 subunit sigma-1C,Clathrin assembly protein complex 1 sigma-1C small chain,Golgi adaptor HA1/AP1 adaptin sigma-1C subunit,Sigma 1C subunit of AP-1 clathrin,Sigma-adaptin 1C,Sigma1C-adaptin ; # loop_ _entity_poly.entity_id _entity_poly.type _entity_poly.nstd_linkage _entity_poly.nstd_monomer _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can _entity_poly.pdbx_strand_id _entity_poly.pdbx_target_identifier 1 'polypeptide(L)' no no ;GNIFANLFKGLFGKKEMRILMVGLDAAGKTTILYKLKLGEIVTTIPTIGFNVETVEYKNISFTVWDVGGQDKIRPLWRHY FQNTQGLIFVVDSNDRERVNEAREELMRMLAEDELRDAVLLVFANKQDLPNAMNAAEITDKLGLHSLRHRNWYIQATCAT SGDGLYEGLDWLSNQLRNQK ; ;GNIFANLFKGLFGKKEMRILMVGLDAAGKTTILYKLKLGEIVTTIPTIGFNVETVEYKNISFTVWDVGGQDKIRPLWRHY FQNTQGLIFVVDSNDRERVNEAREELMRMLAEDELRDAVLLVFANKQDLPNAMNAAEITDKLGLHSLRHRNWYIQATCAT SGDGLYEGLDWLSNQLRNQK ; C,H,D,F ? 2 'polypeptide(L)' no no ;GGKWSKSSVIGWPAVRERMRRAEPAADGVGAVSRDLEKHGAITSSNTAANNAACAWLEAQEEEEVGFPVTPQVPLRPMTY KAAVDLSHFLKEKGGLEGLIHSQRRQDILDLWIYHTQGYFPDWQNYTPGPGVRYPLTFGWCYKLVPVEPDKVEEANKGEN TSLLHPVSLHGMDDPEREVLEWRFDSRLAFHHVARELHPEYFKNCGHHHHHH ; ;GGKWSKSSVIGWPAVRERMRRAEPAADGVGAVSRDLEKHGAITSSNTAANNAACAWLEAQEEEEVGFPVTPQVPLRPMTY KAAVDLSHFLKEKGGLEGLIHSQRRQDILDLWIYHTQGYFPDWQNYTPGPGVRYPLTFGWCYKLVPVEPDKVEEANKGEN TSLLHPVSLHGMDDPEREVLEWRFDSRLAFHHVARELHPEYFKNCGHHHHHH ; N,L,K,I ? 3 'polypeptide(L)' no no CRKSSDRKGGSYSQAAGSDSAQSSDVSLTAAKVHHHHHH CRKSSDRKGGSYSQAAGSDSAQSSDVSLTAAKVHHHHHH Y,P ? 4 'polypeptide(L)' no no ;MTDSKYFTTTKKGEIFELKAELNSDKKEKKKEAVKKVIASMTVGKDVSALFPDVVNCMQTDNLELKKLVYLYLMNYAKSQ PDMAIMAVNTFVKDCEDPNPLIRALAVRTMGCIRVDKITEYLCEPLRKCLKDEDPYVRKTAAVCVAKLHDINAQLVEDQG FLDTLKDLISDSNPMVVANAVAALSEIAESHPSSNLLDLNPQSINKLLTALNECTEWGQIFILDCLANYMPKDDREAQSI CERVTPRLSHANSAVVLSAVKVLMKFMEMLSKDLDYYGTLLKKLAPPLVTLLSAEPELQYVALRNINLIVQKRPEILKHE MKVFFVKYNDPIYVKLEKLDIMIRLASQANIAQVLAELREYATEVDVDFVRKAVRAIGRCAIKVEQSAERCVSTLLDLIQ TKVNYVVQEAIVVIKDIFRKYPNKYESVIATLCENLDSLDEPEARAAMIWIVGEYAERIDNADELLESFLEGFHDKSTQV QLQLLTAIVKLFLKKPTETQELVQQVLSLATQDSDNPDLRDRGYIYWRLLSTDPVAAKEVVLAEKPLISEETDLIEPTLL DELICYIGTLASVYHKPPSAFVEGGRGVVHKSLPPRTASSESAESPETAPTGAPPGEQPDVIPAQGDLLGDLLNLDLGPP VSGPPLATSSVQMGAVDLLGGGLDSLMGDEPEGIGGTNFVAPPTAAVPANLGAPIGSGLSDLFDLTSGVGTLSGSYVAPK AVWLPAMKAKGLEISGTFTRQVGSISMDLQLTNKALQVMTDFAIQFNRNSFGLAPAAPLQVHAPLSPNQTVEISLPLSTV GSVMKMEPLNNLQVAVKNNIDVFYFSTLYPLHILFVEDGKMDRQMFLATWKDIPNENEAQFQIRDCPLNAEAASSKLQSS NIFTVAKRNVEGQDMLYQSLKLTNGIWVLAELRIQPGNPSCTDLELSLKCRAPEVSQHVYQAYETILKN ; ;MTDSKYFTTTKKGEIFELKAELNSDKKEKKKEAVKKVIASMTVGKDVSALFPDVVNCMQTDNLELKKLVYLYLMNYAKSQ PDMAIMAVNTFVKDCEDPNPLIRALAVRTMGCIRVDKITEYLCEPLRKCLKDEDPYVRKTAAVCVAKLHDINAQLVEDQG FLDTLKDLISDSNPMVVANAVAALSEIAESHPSSNLLDLNPQSINKLLTALNECTEWGQIFILDCLANYMPKDDREAQSI CERVTPRLSHANSAVVLSAVKVLMKFMEMLSKDLDYYGTLLKKLAPPLVTLLSAEPELQYVALRNINLIVQKRPEILKHE MKVFFVKYNDPIYVKLEKLDIMIRLASQANIAQVLAELREYATEVDVDFVRKAVRAIGRCAIKVEQSAERCVSTLLDLIQ TKVNYVVQEAIVVIKDIFRKYPNKYESVIATLCENLDSLDEPEARAAMIWIVGEYAERIDNADELLESFLEGFHDKSTQV QLQLLTAIVKLFLKKPTETQELVQQVLSLATQDSDNPDLRDRGYIYWRLLSTDPVAAKEVVLAEKPLISEETDLIEPTLL DELICYIGTLASVYHKPPSAFVEGGRGVVHKSLPPRTASSESAESPETAPTGAPPGEQPDVIPAQGDLLGDLLNLDLGPP VSGPPLATSSVQMGAVDLLGGGLDSLMGDEPEGIGGTNFVAPPTAAVPANLGAPIGSGLSDLFDLTSGVGTLSGSYVAPK AVWLPAMKAKGLEISGTFTRQVGSISMDLQLTNKALQVMTDFAIQFNRNSFGLAPAAPLQVHAPLSPNQTVEISLPLSTV GSVMKMEPLNNLQVAVKNNIDVFYFSTLYPLHILFVEDGKMDRQMFLATWKDIPNENEAQFQIRDCPLNAEAASSKLQSS NIFTVAKRNVEGQDMLYQSLKLTNGIWVLAELRIQPGNPSCTDLELSLKCRAPEVSQHVYQAYETILKN ; B,A ? 5 'polypeptide(L)' no no ;MPAPIRLRELIRTIRTARTQAEEREMIQKECAAIRSSFREEDNTYRCRNVAKLLYMHMLGYPAHFGQLECLKLIASQKFT DKRIGYLGAMLLLDERQDVHLLMTNCIKNDLNHSTQFVQGLALCTLGCMGSSEMCRDLAGEVEKLLKTSNSYLRKKAALC AVHVIRKVPELMEMFLPATKNLLNEKNHGVLHTSVVLLTEMCERSPDMLAHFRKLVPQLVRILKNLIMSGYSPEHDVSGI SDPFLQVRILRLLRILGRNDDDSSEAMNDILAQVATNTETSKNVGNAILYETVLTIMDIKSESGLRVLAINILGRFLLNN DKNIRYVALTSLLKTVQTDHNAVQRHRSTIVDCLKDLDVSIKRRAMELSFALVNGNNIRGMMKELLYFLDSCEPEFKADC ASGIFLAAEKYAPSKRWHIDTIMRVLTTAGSYVRDDAVPNLIQLITNSVEMHAYTVQRLYKAILGDYSQQPLVQVAAWCI GEYGDLLVSGQCEEEEPIQVTEDEVLDILESVLISNMSTSVTRGYALTAIMKLSTRFTCTVNRIKKVVSIYGSSIDVELQ QRAVEYNALFKKYDHMRSALLERMPVMEKVTTNGPENLYFQ ; ;MPAPIRLRELIRTIRTARTQAEEREMIQKECAAIRSSFREEDNTYRCRNVAKLLYMHMLGYPAHFGQLECLKLIASQKFT DKRIGYLGAMLLLDERQDVHLLMTNCIKNDLNHSTQFVQGLALCTLGCMGSSEMCRDLAGEVEKLLKTSNSYLRKKAALC AVHVIRKVPELMEMFLPATKNLLNEKNHGVLHTSVVLLTEMCERSPDMLAHFRKLVPQLVRILKNLIMSGYSPEHDVSGI SDPFLQVRILRLLRILGRNDDDSSEAMNDILAQVATNTETSKNVGNAILYETVLTIMDIKSESGLRVLAINILGRFLLNN DKNIRYVALTSLLKTVQTDHNAVQRHRSTIVDCLKDLDVSIKRRAMELSFALVNGNNIRGMMKELLYFLDSCEPEFKADC ASGIFLAAEKYAPSKRWHIDTIMRVLTTAGSYVRDDAVPNLIQLITNSVEMHAYTVQRLYKAILGDYSQQPLVQVAAWCI GEYGDLLVSGQCEEEEPIQVTEDEVLDILESVLISNMSTSVTRGYALTAIMKLSTRFTCTVNRIKKVVSIYGSSIDVELQ QRAVEYNALFKKYDHMRSALLERMPVMEKVTTNGPENLYFQ ; G,E ? 6 'polypeptide(L)' no no ;MSASAVYVLDLKGKVLICRNYRGDVDMSEVEHFMPILMEKEEEGMLSPILAHGGVRFMWIKHNNLYLVATSKKNACVSLV FSFLYKVVQVFSEYFKELEEESIRDNFVIIYELLDELMDFGYPQTTDSKILQEYITQEGHKLETGAPRPPATVTNAVSWR SEGIKYRKNEVFLDVIEAVNLLVSANGNVLRSEIVGSIKMRVFLSGMPELRLGLNDKVLFDNTGRGKSKSVELEDVKFHQ CVRLSRFENDRTISFIPPDGEFELMSYRLNTHVKPLIWIESVIEKHSHSRIEYMVKAKSQFKRRSTANNVEIHIPVPNDA DSPKFKTTVGSVKWVPENSEIVWSVKSFPGGKEYLMRAHFGLPSVEAEDKEGKPPISVKFEIPYFTTSGIQVRYLKIIEK SGYQALPWVRYITQNGDYQLRTQ ; ;MSASAVYVLDLKGKVLICRNYRGDVDMSEVEHFMPILMEKEEEGMLSPILAHGGVRFMWIKHNNLYLVATSKKNACVSLV FSFLYKVVQVFSEYFKELEEESIRDNFVIIYELLDELMDFGYPQTTDSKILQEYITQEGHKLETGAPRPPATVTNAVSWR SEGIKYRKNEVFLDVIEAVNLLVSANGNVLRSEIVGSIKMRVFLSGMPELRLGLNDKVLFDNTGRGKSKSVELEDVKFHQ CVRLSRFENDRTISFIPPDGEFELMSYRLNTHVKPLIWIESVIEKHSHSRIEYMVKAKSQFKRRSTANNVEIHIPVPNDA DSPKFKTTVGSVKWVPENSEIVWSVKSFPGGKEYLMRAHFGLPSVEAEDKEGKPPISVKFEIPYFTTSGIQVRYLKIIEK SGYQALPWVRYITQNGDYQLRTQ ; M,J ? 7 'polypeptide(L)' no no ;MIHFILLFSRQGKLRLQKWYITLPDKERKKITREIVQIILSRGHRTSSFVDWKELKLVYKRYASLYFCCAIENQDNELLT LEIVHRYVELLDKYFGNVCELDIIFNFEKAYFILDEFIIGGEIQETSKKIAVKAIEDSDMLQEVSTVSQTMGER ; ;MIHFILLFSRQGKLRLQKWYITLPDKERKKITREIVQIILSRGHRTSSFVDWKELKLVYKRYASLYFCCAIENQDNELLT LEIVHRYVELLDKYFGNVCELDIIFNFEKAYFILDEFIIGGEIQETSKKIAVKAIEDSDMLQEVSTVSQTMGER ; S,O ? # loop_ _entity_poly_seq.entity_id _entity_poly_seq.num _entity_poly_seq.mon_id _entity_poly_seq.hetero 1 1 GLY n 1 2 ASN n 1 3 ILE n 1 4 PHE n 1 5 ALA n 1 6 ASN n 1 7 LEU n 1 8 PHE n 1 9 LYS n 1 10 GLY n 1 11 LEU n 1 12 PHE n 1 13 GLY n 1 14 LYS n 1 15 LYS n 1 16 GLU n 1 17 MET n 1 18 ARG n 1 19 ILE n 1 20 LEU n 1 21 MET n 1 22 VAL n 1 23 GLY n 1 24 LEU n 1 25 ASP n 1 26 ALA n 1 27 ALA n 1 28 GLY n 1 29 LYS n 1 30 THR n 1 31 THR n 1 32 ILE n 1 33 LEU n 1 34 TYR n 1 35 LYS n 1 36 LEU n 1 37 LYS n 1 38 LEU n 1 39 GLY n 1 40 GLU n 1 41 ILE n 1 42 VAL n 1 43 THR n 1 44 THR n 1 45 ILE n 1 46 PRO n 1 47 THR n 1 48 ILE n 1 49 GLY n 1 50 PHE n 1 51 ASN n 1 52 VAL n 1 53 GLU n 1 54 THR n 1 55 VAL n 1 56 GLU n 1 57 TYR n 1 58 LYS n 1 59 ASN n 1 60 ILE n 1 61 SER n 1 62 PHE n 1 63 THR n 1 64 VAL n 1 65 TRP n 1 66 ASP n 1 67 VAL n 1 68 GLY n 1 69 GLY n 1 70 GLN n 1 71 ASP n 1 72 LYS n 1 73 ILE n 1 74 ARG n 1 75 PRO n 1 76 LEU n 1 77 TRP n 1 78 ARG n 1 79 HIS n 1 80 TYR n 1 81 PHE n 1 82 GLN n 1 83 ASN n 1 84 THR n 1 85 GLN n 1 86 GLY n 1 87 LEU n 1 88 ILE n 1 89 PHE n 1 90 VAL n 1 91 VAL n 1 92 ASP n 1 93 SER n 1 94 ASN n 1 95 ASP n 1 96 ARG n 1 97 GLU n 1 98 ARG n 1 99 VAL n 1 100 ASN n 1 101 GLU n 1 102 ALA n 1 103 ARG n 1 104 GLU n 1 105 GLU n 1 106 LEU n 1 107 MET n 1 108 ARG n 1 109 MET n 1 110 LEU n 1 111 ALA n 1 112 GLU n 1 113 ASP n 1 114 GLU n 1 115 LEU n 1 116 ARG n 1 117 ASP n 1 118 ALA n 1 119 VAL n 1 120 LEU n 1 121 LEU n 1 122 VAL n 1 123 PHE n 1 124 ALA n 1 125 ASN n 1 126 LYS n 1 127 GLN n 1 128 ASP n 1 129 LEU n 1 130 PRO n 1 131 ASN n 1 132 ALA n 1 133 MET n 1 134 ASN n 1 135 ALA n 1 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'Escherichia coli BL21(DE3)' 469008 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? # loop_ _struct_ref.id _struct_ref.db_name _struct_ref.db_code _struct_ref.pdbx_db_accession _struct_ref.pdbx_db_isoform _struct_ref.entity_id _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code _struct_ref.pdbx_align_begin 1 UNP ARF1_HUMAN P84077 ? 1 ;GNIFANLFKGLFGKKEMRILMVGLDAAGKTTILYKLKLGEIVTTIPTIGFNVETVEYKNISFTVWDVGGQDKIRPLWRHY FQNTQGLIFVVDSNDRERVNEAREELMRMLAEDELRDAVLLVFANKQDLPNAMNAAEITDKLGLHSLRHRNWYIQATCAT SGDGLYEGLDWLSNQLRNQK ; 2 2 UNP Q90VU7_9HIV1 Q90VU7 ? 2 ;GGKWSKSSVIGWPAVRERMRRAEPAADGVGAVSRDLEKHGAITSSNTAANNAACAWLEAQEEEEVGFPVTPQVPLRPMTY KAAVDLSHFLKEKGGLEGLIHSQRRQDILDLWIYHTQGYFPDWQNYTPGPGVRYPLTFGWCYKLVPVEPDKVEEANKGEN TSLLHPVSLHGMDDPEREVLEWRFDSRLAFHHVARELHPEYFKNC ; 2 3 UNP HLAA_HUMAN P04439 ? 3 RKSSDRKGGSYTQAASSDSAQGSDVSLTACKV 334 4 UNP AP1B1_HUMAN Q10567 ? 4 ;MTDSKYFTTTKKGEIFELKAELNSDKKEKKKEAVKKVIASMTVGKDVSALFPDVVNCMQTDNLELKKLVYLYLMNYAKSQ PDMAIMAVNTFVKDCEDPNPLIRALAVRTMGCIRVDKITEYLCEPLRKCLKDEDPYVRKTAAVCVAKLHDINAQLVEDQG FLDTLKDLISDSNPMVVANAVAALSEIAESHPSSNLLDLNPQSINKLLTALNECTEWGQIFILDCLANYMPKDDREAQSI CERVTPRLSHANSAVVLSAVKVLMKFMEMLSKDLDYYGTLLKKLAPPLVTLLSAEPELQYVALRNINLIVQKRPEILKHE MKVFFVKYNDPIYVKLEKLDIMIRLASQANIAQVLAELKEYATEVDVDFVRKAVRAIGRCAIKVEQSAERCVSTLLDLIQ TKVNYVVQEAIVVIKDIFRKYPNKYESVIATLCENLDSLDEPEARAAMIWIVGEYAERIDNADELLESFLEGFHDESTQV QLQLLTAIVKLFLKKPTETQELVQQVLSLATQDSDNPDLRDRGYIYWRLLSTDPVAAKEVVLAEKPLISEETDLIEPTLL DELICYIGTLASVYHKPPSAFVEGGRGVVHKSLPPRTASSESAESPETAPTGAPPGEQPDVIPAQGDLLGDLLNLDLGPP VSGPPLATSSVQMGAVDLLGGGLDSLMGDEPEGIGGTNFVAPPTAAVPANLGAPIGSGLSDLFDLTSGVGTLSGSYVAPK AVWLPAMKAKGLEISGTFTRQVGSISMDLQLTNKALQVMTDFAIQFNRNSFGLAPAAPLQVHAPLSPNQTVEISLPLSTV GSVMKMEPLNNLQVAVKNNIDVFYFSTLYPLHILFVEDGKMDRQMFLATWKDIPNENEAQFQIRDCPLNAEAASSKLQSS NIFTVAKRNVEGQDMLYQSLKLTNGIWVLAELRIQPGNPSCTDLELSLKCRAPEVSQHVYQAYETILKN ; 1 5 UNP AP1G1_MOUSE P22892 ? 5 ;MPAPIRLRELIRTIRTARTQAEEREMIQKECAAIRSSFREEDNTYRCRNVAKLLYMHMLGYPAHFGQLECLKLIASQKFT DKRIGYLGAMLLLDERQDVHLLMTNCIKNDLNHSTQFVQGLALCTLGCMGSSEMCRDLAGEVEKLLKTSNSYLRKKAALC AVHVIRKVPELMEMFLPATKNLLNEKNHGVLHTSVVLLTEMCERSPDMLAHFRKLVPQLVRILKNLIMSGYSPEHDVSGI SDPFLQVRILRLLRILGRNDDDSSEAMNDILAQVATNTETSKNVGNAILYETVLTIMDIKSESGLRVLAINILGRFLLNN DKNIRYVALTSLLKTVQTDHNAVQRHRSTIVDCLKDLDVSIKRRAMELSFALVNGNNIRGMMKELLYFLDSCEPEFKADC ASGIFLAAEKYAPSKRWHIDTIMRVLTTAGSYVRDDAVPNLIQLITNSVEMHAYTVQRLYKAILGDYSQQPLVQVAAWCI GEYGDLLVSGQCEEEEPIQVTEDEVLDILESVLISNMSTSVTRGYALTAIMKLSTRFTCTVNRIKKVVSIYGSSIDVELQ QRAVEYNALFKKYDHMRSALLERMPVMEKVTTNGP ; 1 6 UNP AP1M1_MOUSE P35585 ? 6 ;MSASAVYVLDLKGKVLICRNYRGDVDMSEVEHFMPILMEKEEEGMLSPILAHGGVRFMWIKHNNLYLVATSKKNACVSLV FSFLYKVVQVFSEYFKELEEESIRDNFVIIYELLDELMDFGYPQTTDSKILQEYITQEGHKLETGAPRPPATVTNAVSWR SEGIKYRKNEVFLDVIEAVNLLVSANGNVLRSEIVGSIKMRVFLSGMPELRLGLNDKVLFDNTGRGKSKSVELEDVKFHQ CVRLSRFENDRTISFIPPDGEFELMSYRLNTHVKPLIWIESVIEKHSHSRIEYMVKAKSQFKRRSTANNVEIHIPVPNDA DSPKFKTTVGSVKWVPENSEIVWSVKSFPGGKEYLMRAHFGLPSVEAEDKEGKPPISVKFEIPYFTTSGIQVRYLKIIEK SGYQALPWVRYITQNGDYQLRTQ ; 1 7 UNP AP1S3_HUMAN Q96PC3 ? 7 ;MIHFILLFSRQGKLRLQKWYITLPDKERKKITREIVQIILSRGHRTSSFVDWKELKLVYKRYASLYFCCAIENQDNELLT LEIVHRYVELLDKYFGNVCELDIIFNFEKAYFILDEFIIGGEIQETSKKIAVKAIEDSDMLQEVSTVSQTMGER ; 1 # loop_ _struct_ref_seq.align_id _struct_ref_seq.ref_id _struct_ref_seq.pdbx_PDB_id_code _struct_ref_seq.pdbx_strand_id _struct_ref_seq.seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.seq_align_end _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_db_accession _struct_ref_seq.db_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_db_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.db_align_end _struct_ref_seq.pdbx_db_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_end 1 1 8D4D C 1 ? 180 ? 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Q96PC3 1 ? 154 ? 1 154 # loop_ _struct_ref_seq_dif.align_id _struct_ref_seq_dif.pdbx_pdb_id_code _struct_ref_seq_dif.mon_id _struct_ref_seq_dif.pdbx_pdb_strand_id _struct_ref_seq_dif.seq_num _struct_ref_seq_dif.pdbx_pdb_ins_code _struct_ref_seq_dif.pdbx_seq_db_name _struct_ref_seq_dif.pdbx_seq_db_accession_code _struct_ref_seq_dif.db_mon_id _struct_ref_seq_dif.pdbx_seq_db_seq_num _struct_ref_seq_dif.details _struct_ref_seq_dif.pdbx_auth_seq_num _struct_ref_seq_dif.pdbx_ordinal 3 8D4D GLY N 206 ? UNP Q90VU7 ? ? 'expression tag' 207 1 3 8D4D HIS N 207 ? UNP Q90VU7 ? ? 'expression tag' 208 2 3 8D4D HIS N 208 ? UNP Q90VU7 ? ? 'expression tag' 209 3 3 8D4D HIS N 209 ? UNP Q90VU7 ? ? 'expression tag' 210 4 3 8D4D HIS N 210 ? UNP Q90VU7 ? ? 'expression tag' 211 5 3 8D4D HIS N 211 ? UNP Q90VU7 ? ? 'expression tag' 212 6 3 8D4D HIS N 212 ? UNP Q90VU7 ? ? 'expression tag' 213 7 4 8D4D CYS Y 1 ? UNP P04439 ? ? 'expression tag' 333 8 4 8D4D SER Y 13 ? 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UNP P04439 THR 345 'engineered mutation' 345 42 13 8D4D GLY P 17 ? UNP P04439 SER 349 'engineered mutation' 349 43 13 8D4D SER P 23 ? UNP P04439 GLY 355 'engineered mutation' 355 44 13 8D4D ALA P 31 ? UNP P04439 CYS 363 'engineered mutation' 363 45 13 8D4D HIS P 34 ? UNP P04439 ? ? 'expression tag' 366 46 13 8D4D HIS P 35 ? UNP P04439 ? ? 'expression tag' 367 47 13 8D4D HIS P 36 ? UNP P04439 ? ? 'expression tag' 368 48 13 8D4D HIS P 37 ? UNP P04439 ? ? 'expression tag' 369 49 13 8D4D HIS P 38 ? UNP P04439 ? ? 'expression tag' 370 50 13 8D4D HIS P 39 ? UNP P04439 ? ? 'expression tag' 371 51 14 8D4D ARG A 359 ? UNP Q10567 LYS 359 'engineered mutation' 359 52 14 8D4D LYS A 476 ? UNP Q10567 GLU 476 'engineered mutation' 476 53 15 8D4D GLU E 596 ? UNP P22892 ? ? 'expression tag' 596 54 15 8D4D ASN E 597 ? UNP P22892 ? ? 'expression tag' 597 55 15 8D4D LEU E 598 ? UNP P22892 ? ? 'expression tag' 598 56 15 8D4D TYR E 599 ? UNP P22892 ? ? 'expression tag' 599 57 15 8D4D PHE E 600 ? UNP P22892 ? ? 'expression tag' 600 58 15 8D4D GLN E 601 ? UNP P22892 ? ? 'expression tag' 601 59 16 8D4D GLY I 206 ? UNP Q90VU7 ? ? 'expression tag' 207 60 16 8D4D HIS I 207 ? UNP Q90VU7 ? ? 'expression tag' 208 61 16 8D4D HIS I 208 ? UNP Q90VU7 ? ? 'expression tag' 209 62 16 8D4D HIS I 209 ? UNP Q90VU7 ? ? 'expression tag' 210 63 16 8D4D HIS I 210 ? UNP Q90VU7 ? ? 'expression tag' 211 64 16 8D4D HIS I 211 ? UNP Q90VU7 ? ? 'expression tag' 212 65 16 8D4D HIS I 212 ? UNP Q90VU7 ? ? 'expression tag' 213 66 # loop_ _chem_comp.id _chem_comp.type _chem_comp.mon_nstd_flag _chem_comp.name _chem_comp.pdbx_synonyms _chem_comp.formula _chem_comp.formula_weight ALA 'L-peptide linking' y ALANINE ? 'C3 H7 N O2' 89.093 ARG 'L-peptide linking' y ARGININE ? 'C6 H15 N4 O2 1' 175.209 ASN 'L-peptide linking' y ASPARAGINE ? 'C4 H8 N2 O3' 132.118 ASP 'L-peptide linking' y 'ASPARTIC ACID' ? 'C4 H7 N O4' 133.103 CYS 'L-peptide linking' y CYSTEINE ? 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GLU M 353 GLY M 361 AB2 4 ASP H 321 ? LYS H 326 ? ASP M 321 LYS M 326 AB3 1 LEU I 14 ? TRP I 19 ? LEU S 14 TRP S 19 AB3 2 ILE I 2 ? PHE I 8 ? ILE S 2 PHE S 8 AB3 3 TYR I 66 ? ILE I 71 ? TYR S 66 ILE S 71 AB3 4 LEU I 55 ? TYR I 59 ? LEU S 55 TYR S 59 AB3 5 PHE I 49 ? TRP I 52 ? PHE S 49 TRP S 52 AB4 1 ILE I 118 ? ILE I 119 ? ILE S 118 ILE S 119 AB4 2 GLU I 122 ? ILE I 123 ? GLU S 122 ILE S 123 AB5 1 VAL J 22 ? GLY J 23 ? VAL D 23 GLY D 24 AB5 2 PHE J 89 ? ASP J 92 ? PHE D 90 ASP D 93 AB5 3 VAL J 122 ? ASN J 125 ? VAL D 123 ASN D 126 AB5 4 ILE J 154 ? ALA J 156 ? ILE D 155 ALA D 157 AB6 1 PHE J 50 ? TYR J 57 ? PHE D 51 TYR D 58 AB6 2 ILE J 60 ? VAL J 67 ? ILE D 61 VAL D 68 AB7 1 VAL K 22 ? GLY K 23 ? VAL F 23 GLY F 24 AB7 2 PHE K 89 ? ASP K 92 ? PHE F 90 ASP F 93 AB7 3 VAL K 122 ? ASN K 125 ? VAL F 123 ASN F 126 AB7 4 ILE K 154 ? ALA K 156 ? ILE F 155 ALA F 157 AB8 1 PHE K 50 ? TYR K 57 ? PHE F 51 TYR F 58 AB8 2 ILE K 60 ? VAL K 67 ? ILE F 61 VAL F 68 AB9 1 TYR L 142 ? PRO L 146 ? TYR K 143 PRO K 147 AB9 2 LEU L 180 ? PHE L 184 ? LEU K 181 PHE K 185 AC1 1 SER M 13 ? GLN M 14 ? SER P 345 GLN P 346 AC1 2 GLU Q 170 ? VAL Q 183 ? GLU J 170 VAL J 183 AC1 3 VAL Q 189 ? PHE Q 203 ? VAL J 189 PHE J 203 AC1 4 ASP Q 235 ? PHE Q 238 ? ASP J 235 PHE J 238 AC1 5 GLY Q 260 ? ASN Q 270 ? GLY J 260 ASN J 270 AC1 6 THR Q 306 ? ILE Q 314 ? THR J 306 ILE J 314 AC1 7 SER Q 331 ? VAL Q 335 ? SER J 331 VAL J 335 AC1 8 GLU Q 340 ? PRO Q 349 ? GLU J 340 PRO J 349 AC1 9 ILE Q 376 ? VAL Q 378 ? ILE J 376 VAL J 378 AC1 10 GLU Q 381 ? PRO Q 383 ? GLU J 381 PRO J 383 AC1 11 LEU Q 406 ? ASN Q 415 ? LEU J 406 ASN J 415 AC1 12 GLN Q 419 ? LEU Q 420 ? GLN J 419 LEU J 420 AC2 1 ASP O 236 ? VAL O 237 ? ASP E 236 VAL E 237 AC2 2 ILE O 240 ? SER O 241 ? ILE E 240 SER E 241 AC3 1 ILE Q 17 ? ASN Q 20 ? ILE J 17 ASN J 20 AC3 2 ALA Q 5 ? VAL Q 8 ? ALA J 5 VAL J 8 AC3 3 TYR Q 66 ? SER Q 71 ? TYR J 66 SER J 71 AC3 4 VAL Q 55 ? LYS Q 61 ? VAL J 55 LYS J 61 AC3 5 ILE Q 49 ? HIS Q 52 ? 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O SER M 377 AA6 6 10 N ASN H 308 ? N ASN M 308 O GLU H 381 ? O GLU M 381 AA6 7 8 N LYS H 333 ? N LYS M 333 O VAL H 342 ? O VAL M 342 AA6 9 12 N ILE H 376 ? N ILE M 376 O LEU H 420 ? O LEU M 420 AA6 10 11 N ILE H 382 ? N ILE M 382 O THR H 413 ? O THR M 413 AA7 1 2 N VAL F 237 ? N VAL G 237 O ILE F 240 ? O ILE G 240 AA8 1 2 O ILE H 17 ? O ILE M 17 N VAL H 8 ? N VAL M 8 AA8 2 3 N TYR H 7 ? N TYR M 7 O VAL H 68 ? O VAL M 68 AA8 3 4 O SER H 71 ? O SER M 71 N ARG H 56 ? N ARG M 56 AA8 4 5 O PHE H 57 ? O PHE M 57 N LEU H 50 ? N LEU M 50 AA9 1 2 N ASP H 119 ? N ASP M 119 O TYR H 122 ? O TYR M 122 AB1 1 2 O PHE H 255 ? O PHE M 255 N LEU H 210 ? N LEU M 210 AB1 2 3 N GLY H 213 ? N GLY M 213 O TYR H 394 ? O TYR M 394 AB2 1 2 N TRP H 278 ? N TRP M 278 O LYS H 298 ? O LYS M 298 AB2 2 3 N ALA H 297 ? N ALA M 297 O TYR H 354 ? O TYR M 354 AB2 3 4 O HIS H 359 ? O HIS M 359 N LYS H 324 ? N LYS M 324 AB3 1 2 O ARG I 15 ? O ARG S 15 N LEU I 7 ? N LEU S 7 AB3 2 3 N HIS I 3 ? N HIS S 3 O ALA I 70 ? O ALA S 70 AB3 3 4 O ILE I 71 ? O ILE S 71 N LYS I 56 ? N LYS S 56 AB3 4 5 O LEU I 57 ? O LEU S 57 N VAL I 50 ? N VAL S 50 AB4 1 2 N ILE I 119 ? N ILE S 119 O GLU I 122 ? O GLU S 122 AB5 1 2 N VAL J 22 ? N VAL D 23 O VAL J 90 ? O VAL D 91 AB5 2 3 N PHE J 89 ? N PHE D 90 O PHE J 123 ? O PHE D 124 AB5 3 4 N ALA J 124 ? N ALA D 125 O GLN J 155 ? O GLN D 156 AB6 1 2 N VAL J 55 ? N VAL D 56 O PHE J 62 ? O PHE D 63 AB7 1 2 N VAL K 22 ? N VAL F 23 O VAL K 90 ? O VAL F 91 AB7 2 3 N PHE K 89 ? N PHE F 90 O PHE K 123 ? O PHE F 124 AB7 3 4 N ALA K 124 ? N ALA F 125 O GLN K 155 ? O GLN F 156 AB8 1 2 N VAL K 55 ? N VAL F 56 O PHE K 62 ? O PHE F 63 AB9 1 2 N LYS L 143 ? N LYS K 144 O ARG L 183 ? O ARG K 184 AC1 1 11 N SER M 13 ? N SER P 345 O VAL Q 409 ? O VAL J 409 AC1 2 3 N LEU Q 182 ? N LEU J 182 O LEU Q 190 ? O LEU J 190 AC1 2 11 N VAL Q 175 ? N VAL J 175 O ARG Q 410 ? O ARG J 410 AC1 2 12 N VAL Q 183 ? N VAL J 183 O GLN Q 419 ? O GLN J 419 AC1 3 5 N ILE Q 198 ? N ILE J 198 O MET Q 265 ? 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P GLU 153 1358 1 Y 1 I GLU 155 ? P GLU 154 1359 1 Y 1 I ALA 156 ? P ALA 155 1360 1 Y 1 I ASN 157 ? P ASN 156 1361 1 Y 1 I VAL 168 ? P VAL 167 1362 1 Y 1 I SER 169 ? P SER 168 1363 1 Y 1 I LEU 170 ? P LEU 169 1364 1 Y 1 I HIS 171 ? P HIS 170 1365 1 Y 1 I GLY 172 ? P GLY 171 1366 1 Y 1 I MET 173 ? P MET 172 1367 1 Y 1 I ASP 174 ? P ASP 173 1368 1 Y 1 I ASP 175 ? P ASP 174 1369 1 Y 1 I PRO 176 ? P PRO 175 1370 1 Y 1 I GLU 177 ? P GLU 176 1371 1 Y 1 I ARG 178 ? P ARG 177 1372 1 Y 1 I GLU 179 ? P GLU 178 1373 1 Y 1 I VAL 180 ? P VAL 179 1374 1 Y 1 I LEU 181 ? P LEU 180 1375 1 Y 1 I GLU 182 ? P GLU 181 1376 1 Y 1 I TRP 183 ? P TRP 182 1377 1 Y 1 I ARG 184 ? P ARG 183 1378 1 Y 1 I PHE 185 ? P PHE 184 1379 1 Y 1 I ASP 186 ? P ASP 185 1380 1 Y 1 I SER 187 ? P SER 186 1381 1 Y 1 I ARG 188 ? P ARG 187 1382 1 Y 1 I LEU 189 ? P LEU 188 1383 1 Y 1 I ALA 190 ? P ALA 189 1384 1 Y 1 I PHE 191 ? P PHE 190 1385 1 Y 1 I HIS 192 ? P HIS 191 1386 1 Y 1 I HIS 193 ? P HIS 192 1387 1 Y 1 I VAL 194 ? P VAL 193 1388 1 Y 1 I ALA 195 ? P ALA 194 1389 1 Y 1 I ARG 196 ? P ARG 195 1390 1 Y 1 I GLU 197 ? P GLU 196 1391 1 Y 1 I LEU 198 ? P LEU 197 1392 1 Y 1 I HIS 199 ? P HIS 198 1393 1 Y 1 I PRO 200 ? P PRO 199 1394 1 Y 1 I GLU 201 ? P GLU 200 1395 1 Y 1 I TYR 202 ? P TYR 201 1396 1 Y 1 I PHE 203 ? P PHE 202 1397 1 Y 1 I LYS 204 ? P LYS 203 1398 1 Y 1 I ASN 205 ? P ASN 204 1399 1 Y 1 I CYS 206 ? P CYS 205 1400 1 Y 1 I GLY 207 ? P GLY 206 1401 1 Y 1 I HIS 208 ? P HIS 207 1402 1 Y 1 I HIS 209 ? P HIS 208 1403 1 Y 1 I HIS 210 ? P HIS 209 1404 1 Y 1 I HIS 211 ? P HIS 210 1405 1 Y 1 I HIS 212 ? P HIS 211 1406 1 Y 1 I HIS 213 ? P HIS 212 1407 1 Y 1 J MET 1 ? Q MET 1 1408 1 Y 1 J GLY 139 ? Q GLY 139 1409 1 Y 1 J HIS 140 ? Q HIS 140 1410 1 Y 1 J LYS 141 ? Q LYS 141 1411 1 Y 1 J LEU 142 ? Q LEU 142 1412 1 Y 1 J GLU 143 ? Q GLU 143 1413 1 Y 1 J THR 144 ? Q THR 144 1414 1 Y 1 J GLY 145 ? Q GLY 145 1415 1 Y 1 O GLU 143 ? R GLU 143 1416 1 Y 1 O VAL 144 ? R VAL 144 1417 1 Y 1 O SER 145 ? R SER 145 1418 1 Y 1 O THR 146 ? R THR 146 1419 1 Y 1 O VAL 147 ? R VAL 147 1420 1 Y 1 O SER 148 ? R SER 148 1421 1 Y 1 O GLN 149 ? R GLN 149 1422 1 Y 1 O THR 150 ? R THR 150 1423 1 Y 1 O MET 151 ? R MET 151 1424 1 Y 1 O GLY 152 ? R GLY 152 1425 1 Y 1 O GLU 153 ? R GLU 153 1426 1 Y 1 O ARG 154 ? R ARG 154 # loop_ _em_buffer_component.buffer_id _em_buffer_component.id _em_buffer_component.concentration _em_buffer_component.concentration_units _em_buffer_component.formula _em_buffer_component.name 1 1 20 mM ? HEPES 1 2 125 mM KOAc 'potassium acetate' 1 3 2 mM ? 'magnesium chloride' 1 4 1 mM ? DTT # _em_ctf_correction.id 1 _em_ctf_correction.em_image_processing_id 1 _em_ctf_correction.type 'PHASE FLIPPING ONLY' _em_ctf_correction.details ;CTF was estimated on a per-tilt basis in IMOD (4.11) using CTFPLOTTER. The results were used as input to NOVACTF during 3DCTF correction. ; # loop_ _em_entity_assembly_naturalsource.id _em_entity_assembly_naturalsource.entity_assembly_id _em_entity_assembly_naturalsource.cell _em_entity_assembly_naturalsource.cellular_location _em_entity_assembly_naturalsource.ncbi_tax_id _em_entity_assembly_naturalsource.organ _em_entity_assembly_naturalsource.organelle _em_entity_assembly_naturalsource.organism _em_entity_assembly_naturalsource.strain _em_entity_assembly_naturalsource.tissue 2 1 ? ? 9606 ? ? 'Homo sapiens' ? ? 3 2 ? ? 9606 ? ? 'Homo sapiens' ? ? # loop_ _em_entity_assembly_recombinant.id _em_entity_assembly_recombinant.entity_assembly_id _em_entity_assembly_recombinant.cell _em_entity_assembly_recombinant.ncbi_tax_id _em_entity_assembly_recombinant.organism _em_entity_assembly_recombinant.plasmid _em_entity_assembly_recombinant.strain 2 1 ? 469008 'Escherichia coli BL21(DE3)' ? ? 3 2 ? 469008 'Escherichia coli BL21(DE3)' ? ? # _em_image_processing.id 1 _em_image_processing.image_recording_id 1 _em_image_processing.details 'The images were gain-normalized' # _em_image_recording.id 1 _em_image_recording.imaging_id 1 _em_image_recording.avg_electron_dose_per_image 3 _em_image_recording.average_exposure_time 3 _em_image_recording.details 'Tilt images were collected in movie-mode. Each movie/tilt consisted of 3-4 frames each' _em_image_recording.detector_mode ? _em_image_recording.film_or_detector_model 'GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)' _em_image_recording.num_diffraction_images ? _em_image_recording.num_grids_imaged 1 _em_image_recording.num_real_images ? _em_image_recording.avg_electron_dose_per_subtomogram 123 # _em_imaging_optics.id 1 _em_imaging_optics.imaging_id 1 _em_imaging_optics.chr_aberration_corrector ? _em_imaging_optics.energyfilter_lower ? _em_imaging_optics.energyfilter_name ? _em_imaging_optics.energyfilter_upper ? _em_imaging_optics.energyfilter_slit_width 25 _em_imaging_optics.phase_plate ? _em_imaging_optics.sph_aberration_corrector ? _em_imaging_optics.details ? # loop_ _em_software.id _em_software.category _em_software.details _em_software.name _em_software.version _em_software.image_processing_id _em_software.fitting_id _em_software.imaging_id 1 'VOLUME SELECTION' ? Dynamo 1.1.532 1 ? ? 2 'IMAGE ACQUISITION' ? SerialEM ? ? ? 1 3 MASKING ? ? ? ? ? ? 4 'CTF CORRECTION' ? NOVACTF ? 1 ? ? 5 'LAYERLINE INDEXING' ? ? ? ? ? ? 6 'DIFFRACTION INDEXING' ? ? ? ? ? ? 7 'MODEL FITTING' ? 'UCSF Chimera' 1.14 ? 1 ? 8 'MODEL FITTING' ? 'UCSF ChimeraX' 1.3 ? 1 ? 9 OTHER ? ? ? ? ? ? 10 'MODEL REFINEMENT' ? PHENIX 1.20-4459 ? 1 ? 11 'INITIAL EULER ASSIGNMENT' ? ? ? 1 ? ? 12 'FINAL EULER ASSIGNMENT' ? ? ? 1 ? ? 13 CLASSIFICATION ? ? ? 1 ? ? 14 RECONSTRUCTION ? RELION 3.1.1 1 ? ? # _em_specimen.id 1 _em_specimen.experiment_id 1 _em_specimen.concentration 0.2 _em_specimen.details ? _em_specimen.embedding_applied NO _em_specimen.shadowing_applied NO _em_specimen.staining_applied NO _em_specimen.vitrification_applied YES # _em_volume_selection.id 1 _em_volume_selection.details ;Tubes were annotated by tracing the center of the tube in Dynamo and recording the average apparent diameter. Initial subtomogram positions were picked using uniform radial and axial sampling. ; _em_volume_selection.image_processing_id 1 _em_volume_selection.method ? _em_volume_selection.num_tomograms 38 _em_volume_selection.num_volumes_extracted 29941 _em_volume_selection.reference_model Reference-free # loop_ _pdbx_audit_support.funding_organization _pdbx_audit_support.country _pdbx_audit_support.grant_number _pdbx_audit_support.ordinal 'National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)' 'United States' 'F32 AI152971' 1 'National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)' 'United States' 'R01 AI120691' 2 'National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)' 'United States' 'P50 AI150476' 3 # loop_ _pdbx_entity_instance_feature.ordinal _pdbx_entity_instance_feature.comp_id _pdbx_entity_instance_feature.asym_id _pdbx_entity_instance_feature.seq_num _pdbx_entity_instance_feature.auth_comp_id _pdbx_entity_instance_feature.auth_asym_id _pdbx_entity_instance_feature.auth_seq_num _pdbx_entity_instance_feature.feature_type _pdbx_entity_instance_feature.details 1 GTP ? ? GTP ? ? 'SUBJECT OF INVESTIGATION' ? 2 MG ? ? MG ? ? 'SUBJECT OF INVESTIGATION' ? # loop_ _pdbx_entity_nonpoly.entity_id _pdbx_entity_nonpoly.name _pdbx_entity_nonpoly.comp_id 8 "GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE" GTP 9 'MAGNESIUM ION' MG # loop_ _pdbx_initial_refinement_model.id _pdbx_initial_refinement_model.type _pdbx_initial_refinement_model.source_name _pdbx_initial_refinement_model.accession_code 1 'experimental model' PDB 6CM9 2 'experimental model' PDB 4EN2 # _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.id 1 _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.experimental_support 'electron microscopy' _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.details ? # _space_group.crystal_system triclinic _space_group.name_H-M_alt 'P 1' _space_group.IT_number 1 _space_group.name_Hall 'P 1' _space_group.id 1 #