data_8DAT # _entry.id 8DAT # _audit_conform.dict_name mmcif_pdbx.dic _audit_conform.dict_version 5.364 _audit_conform.dict_location http://mmcif.pdb.org/dictionaries/ascii/mmcif_pdbx.dic # loop_ _database_2.database_id _database_2.database_code _database_2.pdbx_database_accession _database_2.pdbx_DOI PDB 8DAT pdb_00008dat 10.2210/pdb8dat/pdb WWPDB D_1000264776 ? ? EMDB EMD-27275 ? ? # _pdbx_database_related.db_name EMDB _pdbx_database_related.details ;Saccharomyces cerevisiae Ufd1/Npl4/Cdc48 complex bound to three ubiquitin moieties in presence of SUMO-ubiquitin(K48polyUb)-mEOS and ATP, state 1 (intB) ; _pdbx_database_related.db_id EMD-27275 _pdbx_database_related.content_type 'associated EM volume' # _pdbx_database_status.status_code REL _pdbx_database_status.status_code_sf ? _pdbx_database_status.status_code_mr ? _pdbx_database_status.entry_id 8DAT _pdbx_database_status.recvd_initial_deposition_date 2022-06-14 _pdbx_database_status.SG_entry N _pdbx_database_status.deposit_site RCSB _pdbx_database_status.process_site RCSB _pdbx_database_status.status_code_cs ? _pdbx_database_status.status_code_nmr_data ? _pdbx_database_status.methods_development_category ? _pdbx_database_status.pdb_format_compatible Y # loop_ _audit_author.name _audit_author.pdbx_ordinal _audit_author.identifier_ORCID 'Lee, H.G.' 1 ? 'Lima, C.D.' 2 0000-0002-9163-6092 # _citation.abstract ? _citation.abstract_id_CAS ? _citation.book_id_ISBN ? _citation.book_publisher ? _citation.book_publisher_city ? _citation.book_title ? _citation.coordinate_linkage ? _citation.country US _citation.database_id_Medline ? _citation.details ? _citation.id primary _citation.journal_abbrev Proc.Natl.Acad.Sci.USA _citation.journal_id_ASTM PNASA6 _citation.journal_id_CSD 0040 _citation.journal_id_ISSN 1091-6490 _citation.journal_full ? _citation.journal_issue ? _citation.journal_volume 120 _citation.language ? _citation.page_first e2213703120 _citation.page_last e2213703120 _citation.title 'SUMO enhances unfolding of SUMO-polyubiquitin-modified substrates by the Ufd1/Npl4/Cdc48 complex.' _citation.year 2023 _citation.database_id_CSD ? _citation.pdbx_database_id_DOI 10.1073/pnas.2213703120 _citation.pdbx_database_id_PubMed 36574706 _citation.pdbx_database_id_patent ? _citation.unpublished_flag ? # loop_ _citation_author.citation_id _citation_author.name _citation_author.ordinal _citation_author.identifier_ORCID primary 'Lee, H.G.' 1 ? primary 'Lemmon, A.A.' 2 0000-0001-6798-9384 primary 'Lima, C.D.' 3 0000-0002-9163-6092 # _cell.angle_alpha 90.00 _cell.angle_alpha_esd ? _cell.angle_beta 90.00 _cell.angle_beta_esd ? _cell.angle_gamma 90.00 _cell.angle_gamma_esd ? _cell.entry_id 8DAT _cell.details ? _cell.formula_units_Z ? _cell.length_a 1.00 _cell.length_a_esd ? _cell.length_b 1.00 _cell.length_b_esd ? _cell.length_c 1.00 _cell.length_c_esd ? _cell.volume ? _cell.volume_esd ? _cell.Z_PDB ? _cell.reciprocal_angle_alpha ? _cell.reciprocal_angle_beta ? _cell.reciprocal_angle_gamma ? _cell.reciprocal_angle_alpha_esd ? _cell.reciprocal_angle_beta_esd ? _cell.reciprocal_angle_gamma_esd ? _cell.reciprocal_length_a ? _cell.reciprocal_length_b ? _cell.reciprocal_length_c ? _cell.reciprocal_length_a_esd ? _cell.reciprocal_length_b_esd ? _cell.reciprocal_length_c_esd ? _cell.pdbx_unique_axis ? _cell.pdbx_esd_method ? # _symmetry.entry_id 8DAT _symmetry.cell_setting ? _symmetry.Int_Tables_number 1 _symmetry.space_group_name_Hall ? _symmetry.space_group_name_H-M 'P 1' _symmetry.pdbx_full_space_group_name_H-M ? # loop_ _entity.id _entity.type _entity.src_method _entity.pdbx_description _entity.formula_weight _entity.pdbx_number_of_molecules _entity.pdbx_ec _entity.pdbx_mutation _entity.pdbx_fragment _entity.details 1 polymer man 'Cell division control protein 48' 92389.195 6 3.6.4.6 ? ? ? 2 polymer man 'Nuclear protein localization protein 4' 66144.336 1 ? ? ? ? 3 polymer man 'Ubiquitin fusion degradation protein 1' 40001.449 1 ? ? ? ? 4 polymer man Ubiquitin 8568.769 3 ? ? ? ;ubiquitin that is part of the SUMO-ubiquitin(K48polyUb)-mEOS substrate; SUMO-ubiquitin-mEOS modified on K48 of ubiquitin with a K48-linked polyubiquitin. Sequence of the unmodified substrate is MGSSHHHHHHSSGENLYFQGHMSDSEVNQEAKPEVKPEVKPETHINLKVSDGSSEIFFKIKKTTPLRRLMEAFAKRQGKEMDSLRFLYDGIRIQADQTPEDLDMEDNDIIEAHREQIGGSHMQIFVKTLTGKTITLEVESSDTIDNVKSKIQDKEGIPPDQQRLIFAGKQLEDGRTLSDYNIQKESTLHLVLRLRGGMSAIKPDMKIKLRMEGNVNGHHFVIDGDGTGKPFEGKQSMDLEVKEGGPLPFAFDILTTAFHYGNRVFAKYPDNIQDYFKQSFPKGYSWERSLTFEDGGICNARNDITMEGDTFYNKVRFYGTNFPANGPVMQKKTLKWEPSTEKMYVRDGVLTGDIEMALLLEGNAHYRCDFRTTYKAKEKGVKLPGAHFVDHCIEILSHDKDYNKVKLYEHAVAHSGLPDNARR ; 5 non-polymer syn "ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE" 507.181 5 ? ? ? ? 6 non-polymer syn "ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE" 427.201 7 ? ? ? ? 7 non-polymer syn 'ZINC ION' 65.409 2 ? ? ? ? # loop_ _entity_name_com.entity_id _entity_name_com.name 1 'Cell division cycle protein 48,Transitional endoplasmic reticulum ATPase homolog' 2 'HMG-CoA reductase degradation protein 4' 3 'UB fusion protein 1,Polymerase-interacting protein 3' # loop_ _entity_poly.entity_id _entity_poly.type _entity_poly.nstd_linkage _entity_poly.nstd_monomer _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can _entity_poly.pdbx_strand_id _entity_poly.pdbx_target_identifier 1 'polypeptide(L)' no no ;GSHMGEEHKPLLDASGVDPREEDKTATAILRRKKKDNMLLVDDAINDDNSVIAINSNTMDKLELFRGDTVLVKGKKRKDT VLIVLIDDELEDGACRINRVVRNNLRIRLGDLVTIHPCPDIKYATRISVLPIADTIEGITGNLFDVFLKPYFVEAYRPVR KGDHFVVRGGMRQVEFKVVDVEPEEYAVVAQDTIIHWEGEPINREDEENNMNEVGYDDIGGCRKQMAQIREMVELPLRHP QLFKAIGIKPPRGVLMYGPPGTGKTLMARAVANETGAFFFLINGPEVMSKMAGESESNLRKAFEEAEKNAPAIIFIDEID SIAPKRDKTNGEVERRVVSQLLTLMDGMKARSNVVVIAATNRPNSIDPALRRFGRFDREVDIGIPDATGRLEVLRIHTKN MKLADDVDLEALAAETHGYVGADIASLCSEAAMQQIREKMDLIDLDEDEIDAEVLDSLGVTMDNFRFALGNSNPSALRET VVESVNVTWDDVGGLDEIKEELKETVEYPVLHPDQYTKFGLSPSKGVLFYGPPGTGKTLLAKAVATEVSANFISVKGPEL LSMWYGESESNIRDIFDKARAAAPTVVFLDELDSIAKARGGSLGDAGGASDRVVNQLLTEMDGMNAKKNVFVIGATNRPD QIDPAILRPGRLDQLIYVPLPDENARLSILNAQLRKTPLEPGLELTAIAKATQGFSGADLLYIVQRAAKYAIKDSIEAHR QHEAEKEVKVEGEDVEMTDEGAKAEQEPEVDPVPYITKEHFAEAMKTAKRSVSDAELRRYEAYSQQMKASRGQFSNFNFN DAPLGTTATDNANSNNSAPSGAGAAFGSNAEEDDDLYS ; ;GSHMGEEHKPLLDASGVDPREEDKTATAILRRKKKDNMLLVDDAINDDNSVIAINSNTMDKLELFRGDTVLVKGKKRKDT VLIVLIDDELEDGACRINRVVRNNLRIRLGDLVTIHPCPDIKYATRISVLPIADTIEGITGNLFDVFLKPYFVEAYRPVR KGDHFVVRGGMRQVEFKVVDVEPEEYAVVAQDTIIHWEGEPINREDEENNMNEVGYDDIGGCRKQMAQIREMVELPLRHP QLFKAIGIKPPRGVLMYGPPGTGKTLMARAVANETGAFFFLINGPEVMSKMAGESESNLRKAFEEAEKNAPAIIFIDEID SIAPKRDKTNGEVERRVVSQLLTLMDGMKARSNVVVIAATNRPNSIDPALRRFGRFDREVDIGIPDATGRLEVLRIHTKN MKLADDVDLEALAAETHGYVGADIASLCSEAAMQQIREKMDLIDLDEDEIDAEVLDSLGVTMDNFRFALGNSNPSALRET VVESVNVTWDDVGGLDEIKEELKETVEYPVLHPDQYTKFGLSPSKGVLFYGPPGTGKTLLAKAVATEVSANFISVKGPEL LSMWYGESESNIRDIFDKARAAAPTVVFLDELDSIAKARGGSLGDAGGASDRVVNQLLTEMDGMNAKKNVFVIGATNRPD QIDPAILRPGRLDQLIYVPLPDENARLSILNAQLRKTPLEPGLELTAIAKATQGFSGADLLYIVQRAAKYAIKDSIEAHR QHEAEKEVKVEGEDVEMTDEGAKAEQEPEVDPVPYITKEHFAEAMKTAKRSVSDAELRRYEAYSQQMKASRGQFSNFNFN DAPLGTTATDNANSNNSAPSGAGAAFGSNAEEDDDLYS ; A,B,C,D,E,F ? 2 'polypeptide(L)' no no ;GSHMLIRFRSKNGTHRVSCQENDLFGTVIEKLVGNLDPNADVDTFTVCEKPGQGIHAVSELADRTVMDLGLKHGDMLILN YSDKPANEKDGVNVEIGSVGIDSKGIRQHRYGPLRIKELAVDEELEKEDGLIPRQKSKLCKHGDRGMCEYCSPLPPWDKE YHEKNKIKHISFHSYLKKLNENANKKENGSSYISPLSEPDFRINKRCHNGHEPWPRGICSKCQPSAITLQQQEFRMVDHV EFQKSEIINEFIQAWRYTGMQRFGYMYGSYSKYDNTPLGIKAVVEAIYEPPQHDEQDGLTMDVEQVKNEMLQIDRQAQEM GLSRIGLIFTDLSDAGAGDGSVFCKRHKDSFFLSSLEVIMAARHQTRHPNVSKYSEQGFFSSKFVTCVISGNLEGEIDIS SYQVSTEAEALVTADMISGSTFPSMAYINDTTDERYVPEIFYMKSNEYGITVKENAKPAFPVDYLLVTLTHGFPNTDTET NSKFVSSTGFPWSNRQAMGQSQDYQELKKYLFNVASSGDFNLLHEKISNFHLLLYINSLQILSPDEWKLLIESAVKNEWE ESLLKLVSSAGWQTLVMILQESG ; ;GSHMLIRFRSKNGTHRVSCQENDLFGTVIEKLVGNLDPNADVDTFTVCEKPGQGIHAVSELADRTVMDLGLKHGDMLILN YSDKPANEKDGVNVEIGSVGIDSKGIRQHRYGPLRIKELAVDEELEKEDGLIPRQKSKLCKHGDRGMCEYCSPLPPWDKE YHEKNKIKHISFHSYLKKLNENANKKENGSSYISPLSEPDFRINKRCHNGHEPWPRGICSKCQPSAITLQQQEFRMVDHV EFQKSEIINEFIQAWRYTGMQRFGYMYGSYSKYDNTPLGIKAVVEAIYEPPQHDEQDGLTMDVEQVKNEMLQIDRQAQEM GLSRIGLIFTDLSDAGAGDGSVFCKRHKDSFFLSSLEVIMAARHQTRHPNVSKYSEQGFFSSKFVTCVISGNLEGEIDIS 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MQIFVKTLTGKTITLEVESSDTIDNVKSKIQDKEGIPPDQQRLIFAGKQLEDGRTLSDYNIQKESTLHLVLRLRGG MQIFVKTLTGKTITLEVESSDTIDNVKSKIQDKEGIPPDQQRLIFAGKQLEDGRTLSDYNIQKESTLHLVLRLRGG J,K,L ? # loop_ _entity_poly_seq.entity_id _entity_poly_seq.num _entity_poly_seq.mon_id _entity_poly_seq.hetero 1 1 GLY n 1 2 SER n 1 3 HIS n 1 4 MET n 1 5 GLY n 1 6 GLU n 1 7 GLU n 1 8 HIS n 1 9 LYS n 1 10 PRO n 1 11 LEU n 1 12 LEU n 1 13 ASP n 1 14 ALA n 1 15 SER n 1 16 GLY n 1 17 VAL n 1 18 ASP n 1 19 PRO n 1 20 ARG n 1 21 GLU n 1 22 GLU n 1 23 ASP n 1 24 LYS n 1 25 THR n 1 26 ALA n 1 27 THR n 1 28 ALA n 1 29 ILE n 1 30 LEU n 1 31 ARG n 1 32 ARG n 1 33 LYS n 1 34 LYS n 1 35 LYS n 1 36 ASP n 1 37 ASN n 1 38 MET n 1 39 LEU n 1 40 LEU n 1 41 VAL n 1 42 ASP n 1 43 ASP n 1 44 ALA n 1 45 ILE n 1 46 ASN n 1 47 ASP n 1 48 ASP n 1 49 ASN n 1 50 SER n 1 51 VAL n 1 52 ILE n 1 53 ALA n 1 54 ILE n 1 55 ASN n 1 56 SER n 1 57 ASN n 1 58 THR n 1 59 MET n 1 60 ASP n 1 61 LYS n 1 62 LEU n 1 63 GLU n 1 64 LEU n 1 65 PHE n 1 66 ARG n 1 67 GLY n 1 68 ASP n 1 69 THR n 1 70 VAL n 1 71 LEU n 1 72 VAL n 1 73 LYS n 1 74 GLY n 1 75 LYS n 1 76 LYS n 1 77 ARG n 1 78 LYS n 1 79 ASP n 1 80 THR n 1 81 VAL n 1 82 LEU n 1 83 ILE n 1 84 VAL n 1 85 LEU n 1 86 ILE n 1 87 ASP n 1 88 ASP n 1 89 GLU n 1 90 LEU n 1 91 GLU n 1 92 ASP n 1 93 GLY n 1 94 ALA n 1 95 CYS n 1 96 ARG n 1 97 ILE n 1 98 ASN n 1 99 ARG n 1 100 VAL n 1 101 VAL n 1 102 ARG n 1 103 ASN n 1 104 ASN n 1 105 LEU n 1 106 ARG n 1 107 ILE n 1 108 ARG n 1 109 LEU n 1 110 GLY n 1 111 ASP n 1 112 LEU n 1 113 VAL n 1 114 THR n 1 115 ILE n 1 116 HIS n 1 117 PRO n 1 118 CYS n 1 119 PRO n 1 120 ASP n 1 121 ILE n 1 122 LYS n 1 123 TYR n 1 124 ALA n 1 125 THR n 1 126 ARG n 1 127 ILE n 1 128 SER n 1 129 VAL n 1 130 LEU n 1 131 PRO n 1 132 ILE n 1 133 ALA n 1 134 ASP n 1 135 THR n 1 136 ILE n 1 137 GLU n 1 138 GLY n 1 139 ILE n 1 140 THR n 1 141 GLY n 1 142 ASN n 1 143 LEU n 1 144 PHE n 1 145 ASP n 1 146 VAL n 1 147 PHE n 1 148 LEU n 1 149 LYS n 1 150 PRO n 1 151 TYR n 1 152 PHE n 1 153 VAL n 1 154 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'Escherichia coli' 562 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? # loop_ _struct_ref.id _struct_ref.db_name _struct_ref.db_code _struct_ref.pdbx_db_accession _struct_ref.pdbx_db_isoform _struct_ref.entity_id _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code _struct_ref.pdbx_align_begin 1 UNP CDC48_YEAST P25694 ? 1 ;MGEEHKPLLDASGVDPREEDKTATAILRRKKKDNMLLVDDAINDDNSVIAINSNTMDKLELFRGDTVLVKGKKRKDTVLI VLIDDELEDGACRINRVVRNNLRIRLGDLVTIHPCPDIKYATRISVLPIADTIEGITGNLFDVFLKPYFVEAYRPVRKGD HFVVRGGMRQVEFKVVDVEPEEYAVVAQDTIIHWEGEPINREDEENNMNEVGYDDIGGCRKQMAQIREMVELPLRHPQLF KAIGIKPPRGVLMYGPPGTGKTLMARAVANETGAFFFLINGPEVMSKMAGESESNLRKAFEEAEKNAPAIIFIDEIDSIA PKRDKTNGEVERRVVSQLLTLMDGMKARSNVVVIAATNRPNSIDPALRRFGRFDREVDIGIPDATGRLEVLRIHTKNMKL ADDVDLEALAAETHGYVGADIASLCSEAAMQQIREKMDLIDLDEDEIDAEVLDSLGVTMDNFRFALGNSNPSALRETVVE SVNVTWDDVGGLDEIKEELKETVEYPVLHPDQYTKFGLSPSKGVLFYGPPGTGKTLLAKAVATEVSANFISVKGPELLSM WYGESESNIRDIFDKARAAAPTVVFLDELDSIAKARGGSLGDAGGASDRVVNQLLTEMDGMNAKKNVFVIGATNRPDQID PAILRPGRLDQLIYVPLPDENARLSILNAQLRKTPLEPGLELTAIAKATQGFSGADLLYIVQRAAKYAIKDSIEAHRQHE AEKEVKVEGEDVEMTDEGAKAEQEPEVDPVPYITKEHFAEAMKTAKRSVSDAELRRYEAYSQQMKASRGQFSNFNFNDAP LGTTATDNANSNNSAPSGAGAAFGSNAEEDDDLYS ; 1 2 UNP NPL4_YEAST P33755 ? 2 ;MLIRFRSKNGTHRVSCQENDLFGTVIEKLVGNLDPNADVDTFTVCEKPGQGIHAVSELADRTVMDLGLKHGDMLILNYSD KPANEKDGVNVEIGSVGIDSKGIRQHRYGPLRIKELAVDEELEKEDGLIPRQKSKLCKHGDRGMCEYCSPLPPWDKEYHE KNKIKHISFHSYLKKLNENANKKENGSSYISPLSEPDFRINKRCHNGHEPWPRGICSKCQPSAITLQQQEFRMVDHVEFQ KSEIINEFIQAWRYTGMQRFGYMYGSYSKYDNTPLGIKAVVEAIYEPPQHDEQDGLTMDVEQVKNEMLQIDRQAQEMGLS RIGLIFTDLSDAGAGDGSVFCKRHKDSFFLSSLEVIMAARHQTRHPNVSKYSEQGFFSSKFVTCVISGNLEGEIDISSYQ VSTEAEALVTADMISGSTFPSMAYINDTTDERYVPEIFYMKSNEYGITVKENAKPAFPVDYLLVTLTHGFPNTDTETNSK FVSSTGFPWSNRQAMGQSQDYQELKKYLFNVASSGDFNLLHEKISNFHLLLYINSLQILSPDEWKLLIESAVKNEWEESL LKLVSSAGWQTLVMILQESG ; 1 3 UNP UFD1_YEAST P53044 ? 3 ;MFSGFSSFGGGNGFVNMPQTFEEFFRCYPIAMMNDRIRKDDANFGGKIFLPPSALSKLSMLNIRYPMLFKLTANETGRVT HGGVLEFIAEEGRVYLPQWMMETLGIQPGSLLQISSTDVPLGQFVKLEPQSVDFLDISDPKAVLENVLRNFSTLTVDDVI EISYNGKTFKIKILEVKPESSSKSICVIETDLVTDFAPPVGYVEPDYKALKAQQDKEKKNSFGKGQVLDPSVLGQGSMST RIDYAGIANSSRNKLSKFVGQGQNISGKAPKAEPKQDIKDMKITFDGEPAKLDLPEGQLFFGFPMVLPKEDEESAAGSKS SEQNFQGQGISLRKSNKRKTKSDHDSSKSKAPKSPEVIEID ; 1 4 UNP UBI4P_YEAST P0CG63 ? 4 MQIFVKTLTGKTITLEVESSDTIDNVKSKIQDKEGIPPDQQRLIFAGKQLEDGRTLSDYNIQKESTLHLVLRLRGG 1 # loop_ _struct_ref_seq.align_id _struct_ref_seq.ref_id _struct_ref_seq.pdbx_PDB_id_code _struct_ref_seq.pdbx_strand_id _struct_ref_seq.seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.seq_align_end _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_db_accession _struct_ref_seq.db_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_db_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.db_align_end _struct_ref_seq.pdbx_db_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_end 1 1 8DAT A 4 ? 838 ? P25694 1 ? 835 ? 1 835 2 1 8DAT B 4 ? 838 ? P25694 1 ? 835 ? 1 835 3 1 8DAT C 4 ? 838 ? P25694 1 ? 835 ? 1 835 4 1 8DAT D 4 ? 838 ? P25694 1 ? 835 ? 1 835 5 1 8DAT E 4 ? 838 ? P25694 1 ? 835 ? 1 835 6 1 8DAT F 4 ? 838 ? P25694 1 ? 835 ? 1 835 7 2 8DAT G 4 ? 583 ? P33755 1 ? 580 ? 1 580 8 3 8DAT H 3 ? 363 ? P53044 1 ? 361 ? 1 361 9 4 8DAT J 1 ? 76 ? P0CG63 1 ? 76 ? 101 176 10 4 8DAT K 1 ? 76 ? P0CG63 1 ? 76 ? 201 276 11 4 8DAT L 1 ? 76 ? P0CG63 1 ? 76 ? 301 376 # loop_ _struct_ref_seq_dif.align_id _struct_ref_seq_dif.pdbx_pdb_id_code _struct_ref_seq_dif.mon_id _struct_ref_seq_dif.pdbx_pdb_strand_id _struct_ref_seq_dif.seq_num _struct_ref_seq_dif.pdbx_pdb_ins_code _struct_ref_seq_dif.pdbx_seq_db_name _struct_ref_seq_dif.pdbx_seq_db_accession_code _struct_ref_seq_dif.db_mon_id _struct_ref_seq_dif.pdbx_seq_db_seq_num _struct_ref_seq_dif.details _struct_ref_seq_dif.pdbx_auth_seq_num _struct_ref_seq_dif.pdbx_ordinal 1 8DAT GLY A 1 ? UNP P25694 ? ? 'expression tag' -2 1 1 8DAT SER A 2 ? UNP P25694 ? ? 'expression tag' -1 2 1 8DAT HIS A 3 ? UNP P25694 ? ? 'expression tag' 0 3 2 8DAT GLY B 1 ? UNP P25694 ? ? 'expression tag' -2 4 2 8DAT SER B 2 ? UNP P25694 ? ? 'expression tag' -1 5 2 8DAT HIS B 3 ? UNP P25694 ? ? 'expression tag' 0 6 3 8DAT GLY C 1 ? UNP P25694 ? ? 'expression tag' -2 7 3 8DAT SER C 2 ? UNP P25694 ? ? 'expression tag' -1 8 3 8DAT HIS C 3 ? UNP P25694 ? ? 'expression tag' 0 9 4 8DAT GLY D 1 ? UNP P25694 ? ? 'expression tag' -2 10 4 8DAT SER D 2 ? UNP P25694 ? ? 'expression tag' -1 11 4 8DAT HIS D 3 ? UNP P25694 ? ? 'expression tag' 0 12 5 8DAT GLY E 1 ? UNP P25694 ? ? 'expression tag' -2 13 5 8DAT SER E 2 ? UNP P25694 ? ? 'expression tag' -1 14 5 8DAT HIS E 3 ? UNP P25694 ? ? 'expression tag' 0 15 6 8DAT GLY F 1 ? UNP P25694 ? ? 'expression tag' -2 16 6 8DAT SER F 2 ? UNP P25694 ? ? 'expression tag' -1 17 6 8DAT HIS F 3 ? UNP P25694 ? ? 'expression tag' 0 18 7 8DAT GLY G 1 ? UNP P33755 ? ? 'expression tag' -2 19 7 8DAT SER G 2 ? UNP P33755 ? ? 'expression tag' -1 20 7 8DAT HIS G 3 ? UNP P33755 ? ? 'expression tag' 0 21 8 8DAT GLY H 1 ? UNP P53044 ? ? 'expression tag' -1 22 8 8DAT SER H 2 ? UNP P53044 ? ? 'expression tag' 0 23 # loop_ _chem_comp.id _chem_comp.type _chem_comp.mon_nstd_flag _chem_comp.name _chem_comp.pdbx_synonyms _chem_comp.formula _chem_comp.formula_weight ADP non-polymer n "ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE" ? 'C10 H15 N5 O10 P2' 427.201 ALA 'L-peptide linking' y ALANINE ? 'C3 H7 N O2' 89.093 ARG 'L-peptide linking' y ARGININE ? 'C6 H15 N4 O2 1' 175.209 ASN 'L-peptide linking' y ASPARAGINE ? 'C4 H8 N2 O3' 132.118 ASP 'L-peptide linking' y 'ASPARTIC ACID' ? 'C4 H7 N O4' 133.103 ATP non-polymer . "ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE" ? 'C10 H16 N5 O13 P3' 507.181 CYS 'L-peptide linking' y CYSTEINE ? 'C3 H7 N O2 S' 121.158 GLN 'L-peptide linking' y GLUTAMINE ? 'C5 H10 N2 O3' 146.144 GLU 'L-peptide linking' y 'GLUTAMIC ACID' ? 'C5 H9 N O4' 147.129 GLY 'peptide linking' y GLYCINE ? 'C2 H5 N O2' 75.067 HIS 'L-peptide linking' y HISTIDINE ? 'C6 H10 N3 O2 1' 156.162 ILE 'L-peptide linking' y ISOLEUCINE ? 'C6 H13 N O2' 131.173 LEU 'L-peptide linking' y LEUCINE ? 'C6 H13 N O2' 131.173 LYS 'L-peptide linking' y LYSINE ? 'C6 H15 N2 O2 1' 147.195 MET 'L-peptide linking' y METHIONINE ? 'C5 H11 N O2 S' 149.211 PHE 'L-peptide linking' y PHENYLALANINE ? 'C9 H11 N O2' 165.189 PRO 'L-peptide linking' y PROLINE ? 'C5 H9 N O2' 115.130 SER 'L-peptide linking' y SERINE ? 'C3 H7 N O3' 105.093 THR 'L-peptide linking' y THREONINE ? 'C4 H9 N O3' 119.119 TRP 'L-peptide linking' y TRYPTOPHAN ? 'C11 H12 N2 O2' 204.225 TYR 'L-peptide linking' y TYROSINE ? 'C9 H11 N O3' 181.189 VAL 'L-peptide linking' y VALINE ? 'C5 H11 N O2' 117.146 ZN non-polymer . 'ZINC ION' ? 'Zn 2' 65.409 # _exptl.absorpt_coefficient_mu ? _exptl.absorpt_correction_T_max ? _exptl.absorpt_correction_T_min ? _exptl.absorpt_correction_type ? _exptl.absorpt_process_details ? _exptl.entry_id 8DAT _exptl.crystals_number ? _exptl.details ? _exptl.method 'ELECTRON MICROSCOPY' _exptl.method_details ? # _struct.entry_id 8DAT _struct.title ;Saccharomyces cerevisiae Ufd1/Npl4/Cdc48 complex bound to three ubiquitin moieties in presence of SUMO-ubiquitin(K48polyUb)-mEOS and ATP, state 1 (intB) ; _struct.pdbx_model_details ? _struct.pdbx_formula_weight ? _struct.pdbx_formula_weight_method ? _struct.pdbx_model_type_details ? _struct.pdbx_CASP_flag N # _struct_keywords.entry_id 8DAT _struct_keywords.text 'ATPASE, ATPASE COMPLEX, UBIQUITIN, SUMO, SMT3, QUALITY CONTROL, MOTOR PROTEIN' _struct_keywords.pdbx_keywords 'MOTOR PROTEIN' # loop_ _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.entity_id _struct_asym.details A N N 1 ? B N N 1 ? C N N 1 ? D N N 1 ? E N N 1 ? F N N 1 ? G N N 2 ? H N N 3 ? I N N 4 ? J N N 4 ? K N N 4 ? L N N 5 ? M N N 6 ? N N N 5 ? O N N 6 ? P N N 6 ? Q N N 6 ? R N N 5 ? S N N 6 ? T N N 5 ? U N N 6 ? V N N 5 ? W N N 6 ? X N N 7 ? Y N N 7 ? # loop_ _struct_conf.conf_type_id _struct_conf.id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_id _struct_conf.beg_label_comp_id _struct_conf.beg_label_asym_id _struct_conf.beg_label_seq_id _struct_conf.pdbx_beg_PDB_ins_code _struct_conf.end_label_comp_id _struct_conf.end_label_asym_id _struct_conf.end_label_seq_id _struct_conf.pdbx_end_PDB_ins_code _struct_conf.beg_auth_comp_id _struct_conf.beg_auth_asym_id _struct_conf.beg_auth_seq_id _struct_conf.end_auth_comp_id _struct_conf.end_auth_asym_id _struct_conf.end_auth_seq_id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_class _struct_conf.details _struct_conf.pdbx_PDB_helix_length HELX_P HELX_P1 AA1 ASN A 55 ? GLU A 63 ? ASN A 52 GLU A 60 1 ? 9 HELX_P HELX_P2 AA2 ASN A 98 ? ARG A 106 ? ASN A 95 ARG A 103 1 ? 9 HELX_P HELX_P3 AA3 ALA A 133 ? GLU A 137 ? ALA A 130 GLU A 134 5 ? 5 HELX_P HELX_P4 AA4 ASN A 142 ? PHE A 152 ? ASN A 139 PHE A 149 1 ? 11 HELX_P HELX_P5 AA5 GLU A 205 ? ASN A 210 ? GLU A 202 ASN A 207 1 ? 6 HELX_P HELX_P6 AA6 GLY A 215 ? ILE A 219 ? GLY A 212 ILE A 216 5 ? 5 HELX_P HELX_P7 AA7 ARG A 223 ? HIS A 239 ? ARG A 220 HIS A 236 1 ? 17 HELX_P HELX_P8 AA8 PRO A 240 ? GLY A 247 ? PRO A 237 GLY A 244 1 ? 8 HELX_P HELX_P9 AA9 GLY A 263 ? GLY A 276 ? GLY A 260 GLY A 273 1 ? 14 HELX_P HELX_P10 AB1 ASN A 283 ? MET A 288 ? ASN A 280 MET A 285 1 ? 6 HELX_P HELX_P11 AB2 GLU A 294 ? LYS A 308 ? GLU A 291 LYS A 305 1 ? 15 HELX_P HELX_P12 AB3 GLU A 318 ? ALA A 323 ? GLU A 315 ALA A 320 1 ? 6 HELX_P HELX_P13 AB4 GLY A 331 ? GLY A 347 ? GLY A 328 GLY A 344 1 ? 17 HELX_P HELX_P14 AB5 ARG A 362 ? ILE A 366 ? ARG A 359 ILE A 363 5 ? 5 HELX_P HELX_P15 AB6 ASP A 367 ? ARG A 371 ? ASP A 364 ARG A 368 5 ? 5 HELX_P HELX_P16 AB7 ASP A 386 ? THR A 398 ? ASP A 383 THR A 395 1 ? 13 HELX_P HELX_P17 AB8 ASP A 408 ? THR A 416 ? ASP A 405 THR A 413 1 ? 9 HELX_P HELX_P18 AB9 VAL A 420 ? MET A 440 ? VAL A 417 MET A 437 1 ? 21 HELX_P HELX_P19 AC1 ASP A 441 ? ILE A 443 ? ASP A 438 ILE A 440 5 ? 3 HELX_P HELX_P20 AC2 ASP A 451 ? SER A 457 ? ASP A 448 SER A 454 1 ? 7 HELX_P HELX_P21 AC3 THR A 461 ? ASN A 471 ? THR A 458 ASN A 468 1 ? 11 HELX_P HELX_P22 AC4 SER A 475 ? GLU A 479 ? SER A 472 GLU A 476 5 ? 5 HELX_P HELX_P23 AC5 LEU A 495 ? HIS A 512 ? LEU A 492 HIS A 509 1 ? 18 HELX_P HELX_P24 AC6 HIS A 512 ? GLY A 520 ? HIS A 509 GLY A 517 1 ? 9 HELX_P HELX_P25 AC7 LYS A 537 ? SER A 549 ? LYS A 534 SER A 546 1 ? 13 HELX_P HELX_P26 AC8 LYS A 556 ? TYR A 565 ? LYS A 553 TYR A 562 1 ? 10 HELX_P HELX_P27 AC9 ASN A 571 ? ALA A 582 ? ASN A 568 ALA A 579 1 ? 12 HELX_P HELX_P28 AD1 GLU A 591 ? ILE A 595 ? GLU A 588 ILE A 592 5 ? 5 HELX_P HELX_P29 AD2 ARG A 612 ? GLY A 623 ? ARG A 609 GLY A 620 1 ? 12 HELX_P HELX_P30 AD3 ASP A 643 ? ARG A 648 ? ASP A 640 ARG A 645 5 ? 6 HELX_P HELX_P31 AD4 ASP A 662 ? LEU A 674 ? ASP A 659 LEU A 671 1 ? 13 HELX_P HELX_P32 AD5 ARG A 675 ? THR A 677 ? ARG A 672 THR A 674 5 ? 3 HELX_P HELX_P33 AD6 LEU A 685 ? THR A 692 ? LEU A 682 THR A 689 1 ? 8 HELX_P HELX_P34 AD7 SER A 696 ? HIS A 722 ? SER A 693 HIS A 719 1 ? 27 HELX_P HELX_P35 AD8 THR A 757 ? THR A 767 ? THR A 754 THR A 764 1 ? 11 HELX_P HELX_P36 AD9 SER A 773 ? ALA A 789 ? SER A 770 ALA A 786 1 ? 17 HELX_P HELX_P37 AE1 VAL B 100 ? ARG B 106 ? VAL B 97 ARG B 103 1 ? 7 HELX_P HELX_P38 AE2 GLY B 215 ? ILE B 219 ? GLY B 212 ILE B 216 5 ? 5 HELX_P HELX_P39 AE3 CYS B 222 ? HIS B 239 ? CYS B 219 HIS B 236 1 ? 18 HELX_P HELX_P40 AE4 PRO B 240 ? GLY B 247 ? PRO B 237 GLY B 244 1 ? 8 HELX_P HELX_P41 AE5 GLY B 263 ? GLY B 276 ? GLY B 260 GLY B 273 1 ? 14 HELX_P HELX_P42 AE6 GLY B 284 ? SER B 289 ? GLY B 281 SER B 286 1 ? 6 HELX_P HELX_P43 AE7 GLU B 296 ? ASN B 309 ? GLU B 293 ASN B 306 1 ? 14 HELX_P HELX_P44 AE8 GLU B 318 ? ALA B 323 ? GLU B 315 ALA B 320 1 ? 6 HELX_P HELX_P45 AE9 GLY B 331 ? LYS B 349 ? 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THR L 355 ASN L 360 1 ? 6 # _struct_conf_type.id HELX_P _struct_conf_type.criteria ? _struct_conf_type.reference ? # loop_ _struct_conn.id _struct_conn.conn_type_id _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag _struct_conn.pdbx_PDB_id _struct_conn.ptnr1_label_asym_id _struct_conn.ptnr1_label_comp_id _struct_conn.ptnr1_label_seq_id _struct_conn.ptnr1_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id _struct_conn.ptnr1_symmetry _struct_conn.ptnr2_label_asym_id _struct_conn.ptnr2_label_comp_id _struct_conn.ptnr2_label_seq_id _struct_conn.ptnr2_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_symmetry _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code _struct_conn.details _struct_conn.pdbx_dist_value _struct_conn.pdbx_value_order _struct_conn.pdbx_role covale1 covale one ? I LYS 48 NZ ? ? ? 1_555 J GLY 76 C ? ? J LYS 148 K GLY 276 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.335 ? ? covale2 covale one ? J LYS 48 NZ ? ? ? 1_555 K GLY 76 C ? ? K LYS 248 L GLY 376 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.353 ? ? metalc1 metalc ? ? G CYS 140 SG ? ? ? 1_555 X ZN . ZN ? ? G CYS 137 G ZN 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.267 ? ? metalc2 metalc ? ? G HIS 142 NE2 ? ? ? 1_555 X ZN . ZN ? ? G HIS 139 G ZN 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.004 ? ? metalc3 metalc ? ? G CYS 148 SG ? ? ? 1_555 X ZN . ZN ? ? G CYS 145 G ZN 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.324 ? ? metalc4 metalc ? ? G CYS 151 SG ? ? ? 1_555 X ZN . ZN ? ? G CYS 148 G ZN 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.257 ? ? metalc5 metalc ? ? G CYS 207 SG ? ? ? 1_555 Y ZN . ZN ? ? G CYS 204 G ZN 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.330 ? ? metalc6 metalc ? ? G HIS 211 NE2 ? ? ? 1_555 Y ZN . ZN ? ? G HIS 208 G ZN 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.994 ? ? metalc7 metalc ? ? G CYS 219 SG ? ? ? 1_555 Y ZN . ZN ? ? G CYS 216 G ZN 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.222 ? ? metalc8 metalc ? ? G CYS 222 SG ? ? ? 1_555 Y ZN . ZN ? ? G CYS 219 G ZN 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.251 ? ? # loop_ _struct_conn_type.id _struct_conn_type.criteria _struct_conn_type.reference covale ? ? metalc ? ? # loop_ _struct_mon_prot_cis.pdbx_id _struct_mon_prot_cis.label_comp_id _struct_mon_prot_cis.label_seq_id _struct_mon_prot_cis.label_asym_id _struct_mon_prot_cis.label_alt_id _struct_mon_prot_cis.pdbx_PDB_ins_code _struct_mon_prot_cis.auth_comp_id _struct_mon_prot_cis.auth_seq_id _struct_mon_prot_cis.auth_asym_id _struct_mon_prot_cis.pdbx_label_comp_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_label_seq_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_label_asym_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_PDB_ins_code_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_auth_comp_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_auth_seq_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_auth_asym_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_PDB_model_num _struct_mon_prot_cis.pdbx_omega_angle 1 GLU 182 A . ? GLU 179 A PRO 183 A ? PRO 180 A 1 -2.39 2 GLU 184 A . ? GLU 181 A GLU 185 A ? 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AB7 ? 6 ? AB8 ? 5 ? AB9 ? 5 ? AC1 ? 3 ? AC2 ? 8 ? AC3 ? 3 ? AC4 ? 3 ? AC5 ? 4 ? AC6 ? 5 ? 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THR A 582 LEU A 586 AA5 3 VAL A 630 ? THR A 636 ? VAL A 627 THR A 633 AA5 4 VAL A 527 ? TYR A 530 ? VAL A 524 TYR A 527 AA5 5 GLN A 654 ? TYR A 657 ? GLN A 651 TYR A 654 AA6 1 ARG B 378 ? ASP B 381 ? ARG B 375 ASP B 378 AA6 2 VAL B 254 ? TYR B 257 ? VAL B 251 TYR B 254 AA6 3 VAL B 354 ? ALA B 359 ? VAL B 351 ALA B 356 AA6 4 ALA B 312 ? ASP B 317 ? ALA B 309 ASP B 314 AA6 5 PHE B 278 ? ASN B 283 ? PHE B 275 ASN B 280 AA6 6 ILE G 218 ? CYS G 219 ? ILE G 215 CYS G 216 AA7 1 ASN B 551 ? VAL B 555 ? ASN B 548 VAL B 552 AA7 2 THR B 585 ? ASP B 590 ? THR B 582 ASP B 587 AA7 3 VAL B 630 ? THR B 636 ? VAL B 627 THR B 633 AA7 4 GLY B 526 ? TYR B 530 ? GLY B 523 TYR B 527 AA7 5 GLN B 654 ? TYR B 657 ? GLN B 651 TYR B 654 AA8 1 MET C 38 ? LEU C 40 ? MET C 35 LEU C 37 AA8 2 LEU C 112 ? PRO C 117 ? LEU C 109 PRO C 114 AA8 3 THR C 69 ? LYS C 73 ? THR C 66 LYS C 70 AA8 4 ASP C 79 ? ILE C 86 ? ASP C 76 ILE C 83 AA8 5 VAL C 51 ? ILE C 54 ? VAL C 48 ILE C 51 AA8 6 CYS C 95 ? ARG C 96 ? 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GLY D 250 TYR D 254 AB4 5 ARG D 378 ? ASP D 381 ? ARG D 375 ASP D 378 AB5 1 VAL D 482 ? GLU D 483 ? VAL D 479 GLU D 480 AB5 2 ASN D 551 ? VAL D 555 ? ASN D 548 VAL D 552 AB5 3 THR D 585 ? LEU D 589 ? THR D 582 LEU D 586 AB5 4 VAL D 630 ? THR D 636 ? VAL D 627 THR D 633 AB5 5 GLY D 526 ? TYR D 530 ? GLY D 523 TYR D 527 AB5 6 GLN D 654 ? TYR D 657 ? GLN D 651 TYR D 654 AB6 1 PHE E 315 ? ASP E 317 ? PHE E 312 ASP E 314 AB6 2 VAL E 356 ? THR E 360 ? VAL E 353 THR E 357 AB6 3 GLY E 253 ? TYR E 257 ? GLY E 250 TYR E 254 AB6 4 ARG E 378 ? ASP E 381 ? ARG E 375 ASP E 378 AB7 1 VAL E 482 ? GLU E 483 ? VAL E 479 GLU E 480 AB7 2 ASN E 551 ? VAL E 555 ? ASN E 548 VAL E 552 AB7 3 THR E 585 ? LEU E 589 ? THR E 582 LEU E 586 AB7 4 VAL E 630 ? THR E 636 ? VAL E 627 THR E 633 AB7 5 GLY E 526 ? TYR E 530 ? GLY E 523 TYR E 527 AB7 6 LEU E 655 ? TYR E 657 ? LEU E 652 TYR E 654 AB8 1 PHE F 278 ? ASN F 283 ? PHE F 275 ASN F 280 AB8 2 ALA F 312 ? ASP F 317 ? ALA F 309 ASP F 314 AB8 3 VAL F 354 ? THR F 360 ? 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