data_8DAU # _entry.id 8DAU # _audit_conform.dict_name mmcif_pdbx.dic _audit_conform.dict_version 5.364 _audit_conform.dict_location http://mmcif.pdb.org/dictionaries/ascii/mmcif_pdbx.dic # loop_ _database_2.database_id _database_2.database_code _database_2.pdbx_database_accession _database_2.pdbx_DOI PDB 8DAU pdb_00008dau 10.2210/pdb8dau/pdb WWPDB D_1000264762 ? ? EMDB EMD-27276 ? ? # _pdbx_database_related.db_name EMDB _pdbx_database_related.details ;Saccharomyces cerevisiae Ufd1/Npl4/Cdc48 complex bound to two folded ubiquitin moieties and one unfolded ubiquitin in presence of SUMO-ubiquitin(K48polyUb)-mEOS and ATP, state 1 (uA) ; _pdbx_database_related.db_id EMD-27276 _pdbx_database_related.content_type 'associated EM volume' # _pdbx_database_status.status_code REL _pdbx_database_status.status_code_sf ? _pdbx_database_status.status_code_mr ? _pdbx_database_status.entry_id 8DAU _pdbx_database_status.recvd_initial_deposition_date 2022-06-14 _pdbx_database_status.SG_entry N _pdbx_database_status.deposit_site RCSB _pdbx_database_status.process_site RCSB _pdbx_database_status.status_code_cs ? _pdbx_database_status.status_code_nmr_data ? _pdbx_database_status.methods_development_category ? _pdbx_database_status.pdb_format_compatible Y # loop_ _audit_author.name _audit_author.pdbx_ordinal _audit_author.identifier_ORCID 'Lee, H.G.' 1 ? 'Lima, C.D.' 2 0000-0002-9163-6092 # _citation.abstract ? _citation.abstract_id_CAS ? _citation.book_id_ISBN ? _citation.book_publisher ? _citation.book_publisher_city ? _citation.book_title ? _citation.coordinate_linkage ? _citation.country US _citation.database_id_Medline ? _citation.details ? _citation.id primary _citation.journal_abbrev Proc.Natl.Acad.Sci.USA _citation.journal_id_ASTM PNASA6 _citation.journal_id_CSD 0040 _citation.journal_id_ISSN 1091-6490 _citation.journal_full ? _citation.journal_issue ? _citation.journal_volume 120 _citation.language ? _citation.page_first e2213703120 _citation.page_last e2213703120 _citation.title 'SUMO enhances unfolding of SUMO-polyubiquitin-modified substrates by the Ufd1/Npl4/Cdc48 complex.' _citation.year 2023 _citation.database_id_CSD ? _citation.pdbx_database_id_DOI 10.1073/pnas.2213703120 _citation.pdbx_database_id_PubMed 36574706 _citation.pdbx_database_id_patent ? _citation.unpublished_flag ? # loop_ _citation_author.citation_id _citation_author.name _citation_author.ordinal _citation_author.identifier_ORCID primary 'Lee, H.G.' 1 ? primary 'Lemmon, A.A.' 2 0000-0001-6798-9384 primary 'Lima, C.D.' 3 0000-0002-9163-6092 # _cell.angle_alpha 90.00 _cell.angle_alpha_esd ? _cell.angle_beta 90.00 _cell.angle_beta_esd ? _cell.angle_gamma 90.00 _cell.angle_gamma_esd ? _cell.entry_id 8DAU _cell.details ? _cell.formula_units_Z ? _cell.length_a 1.00 _cell.length_a_esd ? _cell.length_b 1.00 _cell.length_b_esd ? _cell.length_c 1.00 _cell.length_c_esd ? _cell.volume ? _cell.volume_esd ? _cell.Z_PDB ? _cell.reciprocal_angle_alpha ? _cell.reciprocal_angle_beta ? _cell.reciprocal_angle_gamma ? _cell.reciprocal_angle_alpha_esd ? _cell.reciprocal_angle_beta_esd ? _cell.reciprocal_angle_gamma_esd ? _cell.reciprocal_length_a ? _cell.reciprocal_length_b ? _cell.reciprocal_length_c ? _cell.reciprocal_length_a_esd ? _cell.reciprocal_length_b_esd ? _cell.reciprocal_length_c_esd ? _cell.pdbx_unique_axis ? _cell.pdbx_esd_method ? # _symmetry.entry_id 8DAU _symmetry.cell_setting ? _symmetry.Int_Tables_number 1 _symmetry.space_group_name_Hall ? _symmetry.space_group_name_H-M 'P 1' _symmetry.pdbx_full_space_group_name_H-M ? # loop_ _entity.id _entity.type _entity.src_method _entity.pdbx_description _entity.formula_weight _entity.pdbx_number_of_molecules _entity.pdbx_ec _entity.pdbx_mutation _entity.pdbx_fragment _entity.details 1 polymer man 'Cell division control protein 48' 92389.195 6 3.6.4.6 ? ? ? 2 polymer man 'Nuclear protein localization protein 4' 66144.336 1 ? ? ? ? 3 polymer man 'Ubiquitin fusion degradation protein 1' 40001.449 1 ? ? ? ? 4 polymer man Ubiquitin 8568.769 3 ? ? ? ;ubiquitin that is part of the SUMO-ubiquitin(K48polyUb)-mEOS substrate; SUMO-ubiquitin-mEOS modified on K48 of Ub with a K48-linked polyubiquitin. Sequence of the unmodified substrate is MGSSHHHHHHSSGENLYFQGHMSDSEVNQEAKPEVKPEVKPETHINLKVSDGSSEIFFKIKKTTPLRRLMEAFAKRQGKEMDSLRFLYDGIRIQADQTPEDLDMEDNDIIEAHREQIGGSHMQIFVKTLTGKTITLEVESSDTIDNVKSKIQDKEGIPPDQQRLIFAGKQLEDGRTLSDYNIQKESTLHLVLRLRGGMSAIKPDMKIKLRMEGNVNGHHFVIDGDGTGKPFEGKQSMDLEVKEGGPLPFAFDILTTAFHYGNRVFAKYPDNIQDYFKQSFPKGYSWERSLTFEDGGICNARNDITMEGDTFYNKVRFYGTNFPANGPVMQKKTLKWEPSTEKMYVRDGVLTGDIEMALLLEGNAHYRCDFRTTYKAKEKGVKLPGAHFVDHCIEILSHDKDYNKVKLYEHAVAHSGLPDNARR ; 5 non-polymer syn "ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE" 507.181 5 ? ? ? ? 6 non-polymer syn "ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE" 427.201 7 ? ? ? ? 7 non-polymer syn 'ZINC ION' 65.409 2 ? ? ? ? # loop_ _entity_name_com.entity_id _entity_name_com.name 1 'Cell division cycle protein 48,Transitional endoplasmic reticulum ATPase homolog' 2 'HMG-CoA reductase degradation protein 4' 3 'UB fusion protein 1,Polymerase-interacting protein 3' # loop_ _entity_poly.entity_id _entity_poly.type _entity_poly.nstd_linkage _entity_poly.nstd_monomer _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can _entity_poly.pdbx_strand_id _entity_poly.pdbx_target_identifier 1 'polypeptide(L)' no no ;GSHMGEEHKPLLDASGVDPREEDKTATAILRRKKKDNMLLVDDAINDDNSVIAINSNTMDKLELFRGDTVLVKGKKRKDT VLIVLIDDELEDGACRINRVVRNNLRIRLGDLVTIHPCPDIKYATRISVLPIADTIEGITGNLFDVFLKPYFVEAYRPVR KGDHFVVRGGMRQVEFKVVDVEPEEYAVVAQDTIIHWEGEPINREDEENNMNEVGYDDIGGCRKQMAQIREMVELPLRHP QLFKAIGIKPPRGVLMYGPPGTGKTLMARAVANETGAFFFLINGPEVMSKMAGESESNLRKAFEEAEKNAPAIIFIDEID SIAPKRDKTNGEVERRVVSQLLTLMDGMKARSNVVVIAATNRPNSIDPALRRFGRFDREVDIGIPDATGRLEVLRIHTKN MKLADDVDLEALAAETHGYVGADIASLCSEAAMQQIREKMDLIDLDEDEIDAEVLDSLGVTMDNFRFALGNSNPSALRET VVESVNVTWDDVGGLDEIKEELKETVEYPVLHPDQYTKFGLSPSKGVLFYGPPGTGKTLLAKAVATEVSANFISVKGPEL LSMWYGESESNIRDIFDKARAAAPTVVFLDELDSIAKARGGSLGDAGGASDRVVNQLLTEMDGMNAKKNVFVIGATNRPD QIDPAILRPGRLDQLIYVPLPDENARLSILNAQLRKTPLEPGLELTAIAKATQGFSGADLLYIVQRAAKYAIKDSIEAHR QHEAEKEVKVEGEDVEMTDEGAKAEQEPEVDPVPYITKEHFAEAMKTAKRSVSDAELRRYEAYSQQMKASRGQFSNFNFN 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;GSHMLIRFRSKNGTHRVSCQENDLFGTVIEKLVGNLDPNADVDTFTVCEKPGQGIHAVSELADRTVMDLGLKHGDMLILN YSDKPANEKDGVNVEIGSVGIDSKGIRQHRYGPLRIKELAVDEELEKEDGLIPRQKSKLCKHGDRGMCEYCSPLPPWDKE YHEKNKIKHISFHSYLKKLNENANKKENGSSYISPLSEPDFRINKRCHNGHEPWPRGICSKCQPSAITLQQQEFRMVDHV EFQKSEIINEFIQAWRYTGMQRFGYMYGSYSKYDNTPLGIKAVVEAIYEPPQHDEQDGLTMDVEQVKNEMLQIDRQAQEM GLSRIGLIFTDLSDAGAGDGSVFCKRHKDSFFLSSLEVIMAARHQTRHPNVSKYSEQGFFSSKFVTCVISGNLEGEIDIS SYQVSTEAEALVTADMISGSTFPSMAYINDTTDERYVPEIFYMKSNEYGITVKENAKPAFPVDYLLVTLTHGFPNTDTET NSKFVSSTGFPWSNRQAMGQSQDYQELKKYLFNVASSGDFNLLHEKISNFHLLLYINSLQILSPDEWKLLIESAVKNEWE ESLLKLVSSAGWQTLVMILQESG ; ;GSHMLIRFRSKNGTHRVSCQENDLFGTVIEKLVGNLDPNADVDTFTVCEKPGQGIHAVSELADRTVMDLGLKHGDMLILN YSDKPANEKDGVNVEIGSVGIDSKGIRQHRYGPLRIKELAVDEELEKEDGLIPRQKSKLCKHGDRGMCEYCSPLPPWDKE YHEKNKIKHISFHSYLKKLNENANKKENGSSYISPLSEPDFRINKRCHNGHEPWPRGICSKCQPSAITLQQQEFRMVDHV EFQKSEIINEFIQAWRYTGMQRFGYMYGSYSKYDNTPLGIKAVVEAIYEPPQHDEQDGLTMDVEQVKNEMLQIDRQAQEM GLSRIGLIFTDLSDAGAGDGSVFCKRHKDSFFLSSLEVIMAARHQTRHPNVSKYSEQGFFSSKFVTCVISGNLEGEIDIS 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MQIFVKTLTGKTITLEVESSDTIDNVKSKIQDKEGIPPDQQRLIFAGKQLEDGRTLSDYNIQKESTLHLVLRLRGG MQIFVKTLTGKTITLEVESSDTIDNVKSKIQDKEGIPPDQQRLIFAGKQLEDGRTLSDYNIQKESTLHLVLRLRGG I,J,K ? # loop_ _entity_poly_seq.entity_id _entity_poly_seq.num _entity_poly_seq.mon_id _entity_poly_seq.hetero 1 1 GLY n 1 2 SER n 1 3 HIS n 1 4 MET n 1 5 GLY n 1 6 GLU n 1 7 GLU n 1 8 HIS n 1 9 LYS n 1 10 PRO n 1 11 LEU n 1 12 LEU n 1 13 ASP n 1 14 ALA n 1 15 SER n 1 16 GLY n 1 17 VAL n 1 18 ASP n 1 19 PRO n 1 20 ARG n 1 21 GLU n 1 22 GLU n 1 23 ASP n 1 24 LYS n 1 25 THR n 1 26 ALA n 1 27 THR n 1 28 ALA n 1 29 ILE n 1 30 LEU n 1 31 ARG n 1 32 ARG n 1 33 LYS n 1 34 LYS n 1 35 LYS n 1 36 ASP n 1 37 ASN n 1 38 MET n 1 39 LEU n 1 40 LEU n 1 41 VAL n 1 42 ASP n 1 43 ASP n 1 44 ALA n 1 45 ILE n 1 46 ASN n 1 47 ASP n 1 48 ASP n 1 49 ASN n 1 50 SER n 1 51 VAL n 1 52 ILE n 1 53 ALA n 1 54 ILE n 1 55 ASN n 1 56 SER n 1 57 ASN n 1 58 THR n 1 59 MET n 1 60 ASP n 1 61 LYS n 1 62 LEU n 1 63 GLU n 1 64 LEU n 1 65 PHE n 1 66 ARG n 1 67 GLY n 1 68 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'Escherichia coli' 562 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? # loop_ _struct_ref.id _struct_ref.db_name _struct_ref.db_code _struct_ref.pdbx_db_accession _struct_ref.pdbx_db_isoform _struct_ref.entity_id _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code _struct_ref.pdbx_align_begin 1 UNP CDC48_YEAST P25694 ? 1 ;MGEEHKPLLDASGVDPREEDKTATAILRRKKKDNMLLVDDAINDDNSVIAINSNTMDKLELFRGDTVLVKGKKRKDTVLI VLIDDELEDGACRINRVVRNNLRIRLGDLVTIHPCPDIKYATRISVLPIADTIEGITGNLFDVFLKPYFVEAYRPVRKGD HFVVRGGMRQVEFKVVDVEPEEYAVVAQDTIIHWEGEPINREDEENNMNEVGYDDIGGCRKQMAQIREMVELPLRHPQLF KAIGIKPPRGVLMYGPPGTGKTLMARAVANETGAFFFLINGPEVMSKMAGESESNLRKAFEEAEKNAPAIIFIDEIDSIA PKRDKTNGEVERRVVSQLLTLMDGMKARSNVVVIAATNRPNSIDPALRRFGRFDREVDIGIPDATGRLEVLRIHTKNMKL ADDVDLEALAAETHGYVGADIASLCSEAAMQQIREKMDLIDLDEDEIDAEVLDSLGVTMDNFRFALGNSNPSALRETVVE SVNVTWDDVGGLDEIKEELKETVEYPVLHPDQYTKFGLSPSKGVLFYGPPGTGKTLLAKAVATEVSANFISVKGPELLSM WYGESESNIRDIFDKARAAAPTVVFLDELDSIAKARGGSLGDAGGASDRVVNQLLTEMDGMNAKKNVFVIGATNRPDQID PAILRPGRLDQLIYVPLPDENARLSILNAQLRKTPLEPGLELTAIAKATQGFSGADLLYIVQRAAKYAIKDSIEAHRQHE AEKEVKVEGEDVEMTDEGAKAEQEPEVDPVPYITKEHFAEAMKTAKRSVSDAELRRYEAYSQQMKASRGQFSNFNFNDAP LGTTATDNANSNNSAPSGAGAAFGSNAEEDDDLYS ; 1 2 UNP NPL4_YEAST P33755 ? 2 ;MLIRFRSKNGTHRVSCQENDLFGTVIEKLVGNLDPNADVDTFTVCEKPGQGIHAVSELADRTVMDLGLKHGDMLILNYSD KPANEKDGVNVEIGSVGIDSKGIRQHRYGPLRIKELAVDEELEKEDGLIPRQKSKLCKHGDRGMCEYCSPLPPWDKEYHE KNKIKHISFHSYLKKLNENANKKENGSSYISPLSEPDFRINKRCHNGHEPWPRGICSKCQPSAITLQQQEFRMVDHVEFQ KSEIINEFIQAWRYTGMQRFGYMYGSYSKYDNTPLGIKAVVEAIYEPPQHDEQDGLTMDVEQVKNEMLQIDRQAQEMGLS RIGLIFTDLSDAGAGDGSVFCKRHKDSFFLSSLEVIMAARHQTRHPNVSKYSEQGFFSSKFVTCVISGNLEGEIDISSYQ VSTEAEALVTADMISGSTFPSMAYINDTTDERYVPEIFYMKSNEYGITVKENAKPAFPVDYLLVTLTHGFPNTDTETNSK FVSSTGFPWSNRQAMGQSQDYQELKKYLFNVASSGDFNLLHEKISNFHLLLYINSLQILSPDEWKLLIESAVKNEWEESL LKLVSSAGWQTLVMILQESG ; 1 3 UNP UFD1_YEAST P53044 ? 3 ;MFSGFSSFGGGNGFVNMPQTFEEFFRCYPIAMMNDRIRKDDANFGGKIFLPPSALSKLSMLNIRYPMLFKLTANETGRVT HGGVLEFIAEEGRVYLPQWMMETLGIQPGSLLQISSTDVPLGQFVKLEPQSVDFLDISDPKAVLENVLRNFSTLTVDDVI EISYNGKTFKIKILEVKPESSSKSICVIETDLVTDFAPPVGYVEPDYKALKAQQDKEKKNSFGKGQVLDPSVLGQGSMST RIDYAGIANSSRNKLSKFVGQGQNISGKAPKAEPKQDIKDMKITFDGEPAKLDLPEGQLFFGFPMVLPKEDEESAAGSKS SEQNFQGQGISLRKSNKRKTKSDHDSSKSKAPKSPEVIEID ; 1 4 UNP UBI4P_YEAST P0CG63 ? 4 MQIFVKTLTGKTITLEVESSDTIDNVKSKIQDKEGIPPDQQRLIFAGKQLEDGRTLSDYNIQKESTLHLVLRLRGG 1 # loop_ _struct_ref_seq.align_id _struct_ref_seq.ref_id _struct_ref_seq.pdbx_PDB_id_code _struct_ref_seq.pdbx_strand_id _struct_ref_seq.seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.seq_align_end _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_db_accession _struct_ref_seq.db_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_db_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.db_align_end _struct_ref_seq.pdbx_db_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_end 1 1 8DAU A 4 ? 838 ? P25694 1 ? 835 ? 1 835 2 1 8DAU B 4 ? 838 ? P25694 1 ? 835 ? 1 835 3 1 8DAU C 4 ? 838 ? P25694 1 ? 835 ? 1 835 4 1 8DAU D 4 ? 838 ? P25694 1 ? 835 ? 1 835 5 1 8DAU E 4 ? 838 ? P25694 1 ? 835 ? 1 835 6 1 8DAU F 4 ? 838 ? P25694 1 ? 835 ? 1 835 7 2 8DAU G 4 ? 583 ? P33755 1 ? 580 ? 1 580 8 3 8DAU H 3 ? 363 ? P53044 1 ? 361 ? 1 361 9 4 8DAU I 1 ? 76 ? P0CG63 1 ? 76 ? 1 76 10 4 8DAU J 1 ? 76 ? P0CG63 1 ? 76 ? 101 176 11 4 8DAU K 1 ? 76 ? P0CG63 1 ? 76 ? 201 276 # loop_ _struct_ref_seq_dif.align_id _struct_ref_seq_dif.pdbx_pdb_id_code _struct_ref_seq_dif.mon_id _struct_ref_seq_dif.pdbx_pdb_strand_id _struct_ref_seq_dif.seq_num _struct_ref_seq_dif.pdbx_pdb_ins_code _struct_ref_seq_dif.pdbx_seq_db_name _struct_ref_seq_dif.pdbx_seq_db_accession_code _struct_ref_seq_dif.db_mon_id _struct_ref_seq_dif.pdbx_seq_db_seq_num _struct_ref_seq_dif.details _struct_ref_seq_dif.pdbx_auth_seq_num _struct_ref_seq_dif.pdbx_ordinal 1 8DAU GLY A 1 ? UNP P25694 ? ? 'expression tag' -2 1 1 8DAU SER A 2 ? UNP P25694 ? ? 'expression tag' -1 2 1 8DAU HIS A 3 ? UNP P25694 ? ? 'expression tag' 0 3 2 8DAU GLY B 1 ? UNP P25694 ? ? 'expression tag' -2 4 2 8DAU SER B 2 ? UNP P25694 ? ? 'expression tag' -1 5 2 8DAU HIS B 3 ? UNP P25694 ? ? 'expression tag' 0 6 3 8DAU GLY C 1 ? UNP P25694 ? ? 'expression tag' -2 7 3 8DAU SER C 2 ? UNP P25694 ? ? 'expression tag' -1 8 3 8DAU HIS C 3 ? UNP P25694 ? ? 'expression tag' 0 9 4 8DAU GLY D 1 ? UNP P25694 ? ? 'expression tag' -2 10 4 8DAU SER D 2 ? UNP P25694 ? ? 'expression tag' -1 11 4 8DAU HIS D 3 ? UNP P25694 ? ? 'expression tag' 0 12 5 8DAU GLY E 1 ? UNP P25694 ? ? 'expression tag' -2 13 5 8DAU SER E 2 ? UNP P25694 ? ? 'expression tag' -1 14 5 8DAU HIS E 3 ? UNP P25694 ? ? 'expression tag' 0 15 6 8DAU GLY F 1 ? UNP P25694 ? ? 'expression tag' -2 16 6 8DAU SER F 2 ? UNP P25694 ? ? 'expression tag' -1 17 6 8DAU HIS F 3 ? UNP P25694 ? ? 'expression tag' 0 18 7 8DAU GLY G 1 ? UNP P33755 ? ? 'expression tag' -2 19 7 8DAU SER G 2 ? UNP P33755 ? ? 'expression tag' -1 20 7 8DAU HIS G 3 ? UNP P33755 ? ? 'expression tag' 0 21 8 8DAU GLY H 1 ? UNP P53044 ? ? 'expression tag' -1 22 8 8DAU SER H 2 ? UNP P53044 ? ? 'expression tag' 0 23 # loop_ _chem_comp.id _chem_comp.type _chem_comp.mon_nstd_flag _chem_comp.name _chem_comp.pdbx_synonyms _chem_comp.formula _chem_comp.formula_weight ADP non-polymer n "ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE" ? 'C10 H15 N5 O10 P2' 427.201 ALA 'L-peptide linking' y ALANINE ? 'C3 H7 N O2' 89.093 ARG 'L-peptide linking' y ARGININE ? 'C6 H15 N4 O2 1' 175.209 ASN 'L-peptide linking' y ASPARAGINE ? 'C4 H8 N2 O3' 132.118 ASP 'L-peptide linking' y 'ASPARTIC ACID' ? 'C4 H7 N O4' 133.103 ATP non-polymer . "ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE" ? 'C10 H16 N5 O13 P3' 507.181 CYS 'L-peptide linking' y CYSTEINE ? 'C3 H7 N O2 S' 121.158 GLN 'L-peptide linking' y GLUTAMINE ? 'C5 H10 N2 O3' 146.144 GLU 'L-peptide linking' y 'GLUTAMIC ACID' ? 'C5 H9 N O4' 147.129 GLY 'peptide linking' y GLYCINE ? 'C2 H5 N O2' 75.067 HIS 'L-peptide linking' y HISTIDINE ? 'C6 H10 N3 O2 1' 156.162 ILE 'L-peptide linking' y ISOLEUCINE ? 'C6 H13 N O2' 131.173 LEU 'L-peptide linking' y LEUCINE ? 'C6 H13 N O2' 131.173 LYS 'L-peptide linking' y LYSINE ? 'C6 H15 N2 O2 1' 147.195 MET 'L-peptide linking' y METHIONINE ? 'C5 H11 N O2 S' 149.211 PHE 'L-peptide linking' y PHENYLALANINE ? 'C9 H11 N O2' 165.189 PRO 'L-peptide linking' y PROLINE ? 'C5 H9 N O2' 115.130 SER 'L-peptide linking' y SERINE ? 'C3 H7 N O3' 105.093 THR 'L-peptide linking' y THREONINE ? 'C4 H9 N O3' 119.119 TRP 'L-peptide linking' y TRYPTOPHAN ? 'C11 H12 N2 O2' 204.225 TYR 'L-peptide linking' y TYROSINE ? 'C9 H11 N O3' 181.189 VAL 'L-peptide linking' y VALINE ? 'C5 H11 N O2' 117.146 ZN non-polymer . 'ZINC ION' ? 'Zn 2' 65.409 # _exptl.absorpt_coefficient_mu ? _exptl.absorpt_correction_T_max ? _exptl.absorpt_correction_T_min ? _exptl.absorpt_correction_type ? _exptl.absorpt_process_details ? _exptl.entry_id 8DAU _exptl.crystals_number ? _exptl.details ? _exptl.method 'ELECTRON MICROSCOPY' _exptl.method_details ? # _struct.entry_id 8DAU _struct.title ;Saccharomyces cerevisiae Ufd1/Npl4/Cdc48 complex bound to two folded ubiquitin moieties and one unfolded ubiquitin in presence of SUMO-ubiquitin(K48polyUb)-mEOS and ATP, state 1 (uA) ; _struct.pdbx_model_details ? _struct.pdbx_formula_weight ? _struct.pdbx_formula_weight_method ? _struct.pdbx_model_type_details ? _struct.pdbx_CASP_flag N # _struct_keywords.entry_id 8DAU _struct_keywords.text 'ATPASE, ATPASE COMPLEX, UBIQUITIN, SUMO, SMT3, QUALITY CONTROL, MOTOR PROTEIN' _struct_keywords.pdbx_keywords 'MOTOR PROTEIN' # loop_ _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.entity_id _struct_asym.details A N N 1 ? B N N 1 ? C N N 1 ? D N N 1 ? E N N 1 ? F N N 1 ? G N N 2 ? H N N 3 ? I N N 4 ? J N N 4 ? K N N 4 ? L N N 5 ? M N N 6 ? N N N 5 ? O N N 6 ? P N N 5 ? Q N N 6 ? R N N 5 ? S N N 6 ? T N N 6 ? U N N 6 ? V N N 5 ? W N N 6 ? X N N 7 ? Y N N 7 ? # loop_ _struct_conf.conf_type_id _struct_conf.id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_id _struct_conf.beg_label_comp_id _struct_conf.beg_label_asym_id _struct_conf.beg_label_seq_id _struct_conf.pdbx_beg_PDB_ins_code _struct_conf.end_label_comp_id _struct_conf.end_label_asym_id _struct_conf.end_label_seq_id _struct_conf.pdbx_end_PDB_ins_code _struct_conf.beg_auth_comp_id _struct_conf.beg_auth_asym_id _struct_conf.beg_auth_seq_id _struct_conf.end_auth_comp_id _struct_conf.end_auth_asym_id _struct_conf.end_auth_seq_id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_class _struct_conf.details _struct_conf.pdbx_PDB_helix_length HELX_P HELX_P1 AA1 ASN A 55 ? GLU A 63 ? ASN A 52 GLU A 60 1 ? 9 HELX_P HELX_P2 AA2 ASN A 98 ? ARG A 106 ? ASN A 95 ARG A 103 1 ? 9 HELX_P HELX_P3 AA3 ILE A 132 ? ILE A 136 ? ILE A 129 ILE A 133 5 ? 5 HELX_P HELX_P4 AA4 LEU A 143 ? PHE A 152 ? LEU A 140 PHE A 149 1 ? 10 HELX_P HELX_P5 AA5 ARG A 204 ? ASN A 210 ? ARG A 201 ASN A 207 1 ? 7 HELX_P HELX_P6 AA6 GLY A 215 ? ILE A 219 ? GLY A 212 ILE A 216 5 ? 5 HELX_P HELX_P7 AA7 CYS A 222 ? HIS A 239 ? CYS A 219 HIS A 236 1 ? 18 HELX_P HELX_P8 AA8 PRO A 240 ? GLY A 247 ? PRO A 237 GLY A 244 1 ? 8 HELX_P HELX_P9 AA9 GLY A 263 ? GLY A 276 ? GLY A 260 GLY A 273 1 ? 14 HELX_P HELX_P10 AB1 GLY A 284 ? SER A 289 ? GLY A 281 SER A 286 1 ? 6 HELX_P HELX_P11 AB2 GLY A 293 ? ASN A 309 ? GLY A 290 ASN A 306 1 ? 17 HELX_P HELX_P12 AB3 GLU A 318 ? ALA A 323 ? GLU A 315 ALA A 320 1 ? 6 HELX_P HELX_P13 AB4 GLY A 331 ? MET A 348 ? GLY A 328 MET A 345 1 ? 18 HELX_P HELX_P14 AB5 ASP A 367 ? ARG A 372 ? ASP A 364 ARG A 369 5 ? 6 HELX_P HELX_P15 AB6 ASP A 386 ? THR A 398 ? ASP A 383 THR A 395 1 ? 13 HELX_P HELX_P16 AB7 ASP A 408 ? THR A 416 ? ASP A 405 THR A 413 1 ? 9 HELX_P HELX_P17 AB8 VAL A 420 ? ASP A 441 ? VAL A 417 ASP A 438 1 ? 22 HELX_P HELX_P18 AB9 ASP A 451 ? LEU A 458 ? ASP A 448 LEU A 455 1 ? 8 HELX_P HELX_P19 AC1 THR A 461 ? ASN A 471 ? THR A 458 ASN A 468 1 ? 11 HELX_P HELX_P20 AC2 SER A 475 ? GLU A 479 ? SER A 472 GLU A 476 5 ? 5 HELX_P HELX_P21 AC3 THR A 488 ? VAL A 492 ? THR A 485 VAL A 489 5 ? 5 HELX_P HELX_P22 AC4 LEU A 495 ? HIS A 512 ? LEU A 492 HIS A 509 1 ? 18 HELX_P HELX_P23 AC5 HIS A 512 ? GLY A 520 ? HIS A 509 GLY A 517 1 ? 9 HELX_P HELX_P24 AC6 LYS A 537 ? VAL A 548 ? LYS A 534 VAL A 545 1 ? 12 HELX_P HELX_P25 AC7 LYS A 556 ? GLY A 566 ? LYS A 553 GLY A 563 1 ? 11 HELX_P HELX_P26 AC8 ASN A 571 ? ALA A 582 ? ASN A 568 ALA A 579 1 ? 12 HELX_P HELX_P27 AC9 GLU A 591 ? ALA A 596 ? GLU A 588 ALA A 593 5 ? 6 HELX_P HELX_P28 AD1 ASP A 611 ? MET A 624 ? ASP A 608 MET A 621 1 ? 14 HELX_P HELX_P29 AD2 ASP A 643 ? ARG A 648 ? ASP A 640 ARG A 645 5 ? 6 HELX_P HELX_P30 AD3 ASP A 662 ? LEU A 674 ? ASP A 659 LEU A 671 1 ? 13 HELX_P HELX_P31 AD4 LEU A 685 ? THR A 692 ? LEU A 682 THR A 689 1 ? 8 HELX_P HELX_P32 AD5 SER A 696 ? GLN A 721 ? SER A 693 GLN A 718 1 ? 26 HELX_P HELX_P33 AD6 THR A 757 ? THR A 767 ? THR A 754 THR A 764 1 ? 11 HELX_P HELX_P34 AD7 SER A 773 ? ALA A 789 ? SER A 770 ALA A 786 1 ? 17 HELX_P HELX_P35 AD8 ASN B 55 ? GLU B 63 ? ASN B 52 GLU B 60 1 ? 9 HELX_P HELX_P36 AD9 ASN B 98 ? ARG B 106 ? ASN B 95 ARG B 103 1 ? 9 HELX_P HELX_P37 AE1 ALA B 133 ? GLU B 137 ? ALA B 130 GLU B 134 5 ? 5 HELX_P HELX_P38 AE2 ASN B 142 ? VAL B 153 ? ASN B 139 VAL B 150 1 ? 12 HELX_P HELX_P39 AE3 GLU B 205 ? ASN B 209 ? GLU B 202 ASN B 206 5 ? 5 HELX_P HELX_P40 AE4 GLY B 215 ? ILE B 219 ? GLY B 212 ILE B 216 5 ? 5 HELX_P HELX_P41 AE5 CYS B 222 ? HIS B 239 ? CYS B 219 HIS B 236 1 ? 18 HELX_P HELX_P42 AE6 PRO B 240 ? GLY B 247 ? PRO B 237 GLY B 244 1 ? 8 HELX_P HELX_P43 AE7 GLY B 263 ? GLY B 276 ? GLY B 260 GLY B 273 1 ? 14 HELX_P HELX_P44 AE8 PRO B 285 ? MET B 288 ? 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I LYS 48 NZ ? ? ? 1_555 J GLY 76 C ? ? I LYS 48 J GLY 176 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.378 ? ? covale2 covale one ? J LYS 48 NZ ? ? ? 1_555 K GLY 76 C ? ? J LYS 148 K GLY 276 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.366 ? ? metalc1 metalc ? ? G CYS 140 SG ? ? ? 1_555 X ZN . ZN ? ? G CYS 137 G ZN 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.248 ? ? metalc2 metalc ? ? G HIS 142 NE2 ? ? ? 1_555 X ZN . ZN ? ? G HIS 139 G ZN 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.022 ? ? metalc3 metalc ? ? G CYS 148 SG ? ? ? 1_555 X ZN . ZN ? ? G CYS 145 G ZN 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.351 ? ? metalc4 metalc ? ? G CYS 151 SG ? ? ? 1_555 X ZN . ZN ? ? G CYS 148 G ZN 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.177 ? ? metalc5 metalc ? ? G CYS 207 SG ? ? ? 1_555 Y ZN . ZN ? ? G CYS 204 G ZN 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.312 ? ? metalc6 metalc ? ? G HIS 211 NE2 ? ? ? 1_555 Y ZN . ZN ? ? G HIS 208 G ZN 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.056 ? ? metalc7 metalc ? ? G CYS 219 SG ? ? ? 1_555 Y ZN . ZN ? ? G CYS 216 G ZN 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.251 ? ? metalc8 metalc ? ? G CYS 222 SG ? ? ? 1_555 Y ZN . ZN ? ? G CYS 219 G ZN 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.268 ? ? # loop_ _struct_conn_type.id _struct_conn_type.criteria _struct_conn_type.reference covale ? ? metalc ? ? # loop_ _struct_mon_prot_cis.pdbx_id _struct_mon_prot_cis.label_comp_id _struct_mon_prot_cis.label_seq_id _struct_mon_prot_cis.label_asym_id _struct_mon_prot_cis.label_alt_id _struct_mon_prot_cis.pdbx_PDB_ins_code _struct_mon_prot_cis.auth_comp_id _struct_mon_prot_cis.auth_seq_id _struct_mon_prot_cis.auth_asym_id _struct_mon_prot_cis.pdbx_label_comp_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_label_seq_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_label_asym_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_PDB_ins_code_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_auth_comp_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_auth_seq_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_auth_asym_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_PDB_model_num _struct_mon_prot_cis.pdbx_omega_angle 1 GLU 182 A . ? GLU 179 A PRO 183 A ? PRO 180 A 1 -0.17 2 GLU 184 A . ? GLU 181 A GLU 185 A ? GLU 182 A 1 2.95 3 ALA 310 A . ? ALA 307 A PRO 311 A ? 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AC4 ? 2 ? AC5 ? 4 ? AC6 ? 5 ? # loop_ _struct_sheet_order.sheet_id _struct_sheet_order.range_id_1 _struct_sheet_order.range_id_2 _struct_sheet_order.offset _struct_sheet_order.sense AA1 1 2 ? anti-parallel AA1 2 3 ? anti-parallel AA1 3 4 ? anti-parallel AA1 4 5 ? parallel AA2 1 2 ? anti-parallel AA2 2 3 ? anti-parallel AA2 3 4 ? parallel AA3 1 2 ? anti-parallel AA4 1 2 ? parallel AA4 2 3 ? parallel AA4 3 4 ? parallel AA4 4 5 ? parallel AA5 1 2 ? parallel AA5 2 3 ? parallel AA5 3 4 ? parallel AA5 4 5 ? parallel AA6 1 2 ? anti-parallel AA6 2 3 ? anti-parallel AA6 3 4 ? anti-parallel AA6 4 5 ? parallel AA7 1 2 ? parallel AA7 2 3 ? anti-parallel AA8 1 2 ? anti-parallel AA8 2 3 ? anti-parallel AA8 3 4 ? parallel AA9 1 2 ? parallel AA9 2 3 ? parallel AA9 3 4 ? parallel AA9 4 5 ? parallel AB1 1 2 ? parallel AB1 2 3 ? parallel AB1 3 4 ? parallel AB1 4 5 ? parallel AB2 1 2 ? parallel AB2 2 3 ? parallel AB2 3 4 ? parallel AB2 4 5 ? parallel AB3 1 2 ? parallel AB4 1 2 ? parallel AB4 2 3 ? parallel AB5 1 2 ? parallel AB5 2 3 ? parallel AB5 3 4 ? parallel AB5 4 5 ? parallel AB6 1 2 ? parallel AB6 2 3 ? parallel AB6 3 4 ? parallel AB6 4 5 ? parallel AB7 1 2 ? parallel AB7 2 3 ? parallel AB7 3 4 ? parallel AB7 4 5 ? parallel AB8 1 2 ? parallel AB8 2 3 ? parallel AB8 3 4 ? parallel AB8 4 5 ? parallel AB9 1 2 ? parallel AB9 2 3 ? parallel AB9 3 4 ? parallel AB9 4 5 ? parallel AC1 1 2 ? parallel AC1 2 3 ? parallel AC1 3 4 ? parallel AC1 4 5 ? parallel AC2 1 2 ? anti-parallel AC2 2 3 ? anti-parallel AC2 3 4 ? parallel AC2 4 5 ? anti-parallel AC2 5 6 ? anti-parallel AC2 6 7 ? parallel AC2 7 8 ? parallel AC2 8 9 ? anti-parallel AC3 1 2 ? anti-parallel AC4 1 2 ? anti-parallel AC5 1 2 ? anti-parallel AC5 2 3 ? parallel AC5 3 4 ? anti-parallel AC6 1 2 ? anti-parallel AC6 2 3 ? parallel AC6 3 4 ? anti-parallel AC6 4 5 ? anti-parallel # loop_ _struct_sheet_range.sheet_id _struct_sheet_range.id _struct_sheet_range.beg_label_comp_id _struct_sheet_range.beg_label_asym_id _struct_sheet_range.beg_label_seq_id _struct_sheet_range.pdbx_beg_PDB_ins_code _struct_sheet_range.end_label_comp_id _struct_sheet_range.end_label_asym_id _struct_sheet_range.end_label_seq_id _struct_sheet_range.pdbx_end_PDB_ins_code _struct_sheet_range.beg_auth_comp_id _struct_sheet_range.beg_auth_asym_id _struct_sheet_range.beg_auth_seq_id _struct_sheet_range.end_auth_comp_id _struct_sheet_range.end_auth_asym_id _struct_sheet_range.end_auth_seq_id AA1 1 LEU A 39 ? 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LEU A 649 TYR A 654 AA6 1 MET B 38 ? LEU B 39 ? MET B 35 LEU B 36 AA6 2 VAL B 113 ? PRO B 117 ? VAL B 110 PRO B 114 AA6 3 VAL B 70 ? LYS B 73 ? VAL B 67 LYS B 70 AA6 4 ASP B 79 ? ILE B 86 ? ASP B 76 ILE B 83 AA6 5 VAL B 51 ? ILE B 54 ? VAL B 48 ILE B 51 AA7 1 LYS B 122 ? TYR B 123 ? LYS B 119 TYR B 120 AA7 2 TYR B 186 ? VAL B 188 ? TYR B 183 VAL B 185 AA7 3 VAL B 159 ? ARG B 160 ? VAL B 156 ARG B 157 AA8 1 HIS B 164 ? GLY B 169 ? HIS B 161 GLY B 166 AA8 2 ARG B 172 ? GLU B 182 ? ARG B 169 GLU B 179 AA8 3 ARG B 126 ? PRO B 131 ? ARG B 123 PRO B 128 AA8 4 ILE B 194 ? HIS B 196 ? ILE B 191 HIS B 193 AA9 1 PHE B 278 ? ASN B 283 ? PHE B 275 ASN B 280 AA9 2 ALA B 312 ? ASP B 317 ? ALA B 309 ASP B 314 AA9 3 VAL B 354 ? ALA B 359 ? VAL B 351 ALA B 356 AA9 4 GLY B 253 ? TYR B 257 ? GLY B 250 TYR B 254 AA9 5 ARG B 378 ? ASP B 381 ? ARG B 375 ASP B 378 AB1 1 ASN B 551 ? VAL B 555 ? ASN B 548 VAL B 552 AB1 2 THR B 585 ? ASP B 590 ? THR B 582 ASP B 587 AB1 3 VAL B 632 ? ALA B 635 ? VAL B 629 ALA B 632 AB1 4 GLY B 526 ? TYR B 530 ? GLY B 523 TYR B 527 AB1 5 GLN B 654 ? TYR B 657 ? GLN B 651 TYR B 654 AB2 1 PHE C 278 ? LEU C 281 ? PHE C 275 LEU C 278 AB2 2 ALA C 312 ? PHE C 315 ? ALA C 309 PHE C 312 AB2 3 VAL C 354 ? THR C 360 ? VAL C 351 THR C 357 AB2 4 VAL C 254 ? TYR C 257 ? VAL C 251 TYR C 254 AB2 5 ARG C 378 ? ASP C 381 ? ARG C 375 ASP C 378 AB3 1 VAL C 527 ? TYR C 530 ? VAL C 524 TYR C 527 AB3 2 GLN C 654 ? TYR C 657 ? GLN C 651 TYR C 654 AB4 1 SER C 554 ? VAL C 555 ? SER C 551 VAL C 552 AB4 2 VAL C 586 ? LEU C 589 ? VAL C 583 LEU C 586 AB4 3 PHE C 631 ? VAL C 632 ? PHE C 628 VAL C 629 AB5 1 PHE D 278 ? ILE D 282 ? PHE D 275 ILE D 279 AB5 2 ALA D 312 ? ILE D 316 ? ALA D 309 ILE D 313 AB5 3 VAL D 354 ? THR D 360 ? VAL D 351 THR D 357 AB5 4 GLY D 253 ? TYR D 257 ? GLY D 250 TYR D 254 AB5 5 ARG D 378 ? ASP D 381 ? ARG D 375 ASP D 378 AB6 1 ASN D 551 ? LYS D 556 ? ASN D 548 LYS D 553 AB6 2 THR D 585 ? ASP D 590 ? THR D 582 ASP D 587 AB6 3 PHE D 631 ? ALA D 635 ? 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Ufd1/Npl4/Cdc48 was pre-incubated with polyubiquitylated SUMO-ubiquitin-mEOS and ATP - this class represents the portion of the substrate-bound complex engaged with two folded ubiquitin moieties and one unfolded ubiquitin (state uA) ; ;Saccharomyces cerevisiae Ufd1/Npl4/Cdc48 complex bound to two Ubiquitin moieties and one unfolded Ubiquitin in presence of SUMO-ubiquitin(K48polyUb)-mEOS and ATP, state 1 (uA) ; RECOMBINANT COMPLEX 1,2,3,4 ? ? 2 1 ;overall refinement map is "uncopenB_overall_388_postprocess_masked.mrc" and associated half maps are "uncopen_overall_half1.mrc" and "uncopen_overall_half2.mrc" ; ;Saccharomyces cerevisiae Ufd1/Npl4/Cdc48 complex bound to two ubiquitin moieties and one unfolded ubiquitin in presence of SUMO-ubiquitin(K48polyUb)-mEOS and ATP, state 1 (uA) ; RECOMBINANT COMPLEX 1,2,3,4 ? ? 3 1 ;focused refinement map of the Cdc48 hexamer is "uncopenB_cdc48_525_postprocess_masked.mrc" and associated half maps are "uncopenB_cdc48_half1.mrc" and "uncopenB_cdc48_half2.mrc" ; 'Cdc48 hexamer' RECOMBINANT COMPLEX 1 ? ? 4 1 ;focused refinement map of Npl4/polyubiquitin density is "uncopenB_tower_484_postprocess_masked.mrc" and associated half maps are "uncopenB_tower_half1.mrc" and "uncopenB_tower_half2.mrc" ; 'Two folded ubiqutin moieties and one unfolded ubiquitin bound to Ufd1/Npl4' RECOMBINANT COMPLEX 2,3,4 ? ? 5 3 ;focused refinement map of the D1/D2 ATPase domains of Cdc48 is "uncopenB_atpase_531_postprocess_masked.mrc" and associated half maps are "uncopenB_atpase_half1.mrc" and "uncopenB_atpase_half2.mrc" ; 'D1/D2 ATPase domains of the Cdc48 hexamer' RECOMBINANT COMPLEX 1 ? ? 6 4 ;focused refinement map of the upper density of Npl4/polyubiquitin is "uncopenB_ub_489_postprocess_masked.mrc" and associated half maps are "uncopenB_ub_half1.mrc" and "uncopenB_ub_half2.mrc" ; 'Two folded ubiqutin moieties bound to Npl4' RECOMBINANT COMPLEX 2,4 ? ? # _em_imaging.id 1 _em_imaging.entry_id 8DAU _em_imaging.accelerating_voltage 300 _em_imaging.alignment_procedure ? _em_imaging.c2_aperture_diameter ? _em_imaging.calibrated_defocus_max ? _em_imaging.calibrated_defocus_min ? _em_imaging.calibrated_magnification ? _em_imaging.cryogen ? _em_imaging.details ? _em_imaging.electron_source 'FIELD EMISSION GUN' _em_imaging.illumination_mode 'FLOOD BEAM' _em_imaging.microscope_model 'FEI TITAN KRIOS' _em_imaging.mode 'BRIGHT FIELD' _em_imaging.nominal_cs ? _em_imaging.nominal_defocus_max 2800 _em_imaging.nominal_defocus_min 1200 _em_imaging.nominal_magnification ? _em_imaging.recording_temperature_maximum ? _em_imaging.recording_temperature_minimum ? _em_imaging.residual_tilt ? _em_imaging.specimen_holder_model ? _em_imaging.specimen_id 1 _em_imaging.citation_id ? _em_imaging.date ? _em_imaging.temperature ? _em_imaging.tilt_angle_min ? _em_imaging.tilt_angle_max ? _em_imaging.astigmatism ? _em_imaging.detector_distance ? _em_imaging.electron_beam_tilt_params ? _em_imaging.specimen_holder_type ? # _em_sample_support.id 1 _em_sample_support.specimen_id 1 _em_sample_support.details ? _em_sample_support.grid_material GOLD _em_sample_support.grid_mesh_size 300 _em_sample_support.grid_type 'UltrAuFoil R1.2/1.3' _em_sample_support.method ? _em_sample_support.film_material ? # _em_vitrification.id 1 _em_vitrification.specimen_id 1 _em_vitrification.chamber_temperature 295 _em_vitrification.cryogen_name ETHANE _em_vitrification.details '8 s wait, 4 s blot before plunging' _em_vitrification.humidity 100 _em_vitrification.instrument 'FEI VITROBOT MARK IV' _em_vitrification.entry_id 8DAU _em_vitrification.citation_id ? _em_vitrification.method ? _em_vitrification.temp ? _em_vitrification.time_resolved_state ? # _em_experiment.entry_id 8DAU _em_experiment.id 1 _em_experiment.aggregation_state PARTICLE _em_experiment.reconstruction_method 'SINGLE PARTICLE' _em_experiment.entity_assembly_id 1 # loop_ _pdbx_validate_close_contact.id _pdbx_validate_close_contact.PDB_model_num _pdbx_validate_close_contact.auth_atom_id_1 _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_1 _pdbx_validate_close_contact.auth_comp_id_1 _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_1 _pdbx_validate_close_contact.PDB_ins_code_1 _pdbx_validate_close_contact.label_alt_id_1 _pdbx_validate_close_contact.auth_atom_id_2 _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_2 _pdbx_validate_close_contact.auth_comp_id_2 _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_2 _pdbx_validate_close_contact.PDB_ins_code_2 _pdbx_validate_close_contact.label_alt_id_2 _pdbx_validate_close_contact.dist 1 1 OG1 D THR 754 ? ? 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