data_8DAV # _entry.id 8DAV # _audit_conform.dict_name mmcif_pdbx.dic _audit_conform.dict_version 5.364 _audit_conform.dict_location http://mmcif.pdb.org/dictionaries/ascii/mmcif_pdbx.dic # loop_ _database_2.database_id _database_2.database_code _database_2.pdbx_database_accession _database_2.pdbx_DOI PDB 8DAV pdb_00008dav 10.2210/pdb8dav/pdb WWPDB D_1000264775 ? ? EMDB EMD-27277 ? ? # _pdbx_database_related.db_name EMDB _pdbx_database_related.details ;Saccharomyces cerevisiae Ufd1/Npl4/Cdc48 complex bound to two ubiquitin moieties and one unfolded ubiquitin in presence of SUMO-ubiquitin(K48polyUb)-mEOS and ATP, state 2 (uC) ; _pdbx_database_related.db_id EMD-27277 _pdbx_database_related.content_type 'associated EM volume' # _pdbx_database_status.status_code REL _pdbx_database_status.status_code_sf ? _pdbx_database_status.status_code_mr ? _pdbx_database_status.entry_id 8DAV _pdbx_database_status.recvd_initial_deposition_date 2022-06-14 _pdbx_database_status.SG_entry N _pdbx_database_status.deposit_site RCSB _pdbx_database_status.process_site RCSB _pdbx_database_status.status_code_cs ? _pdbx_database_status.status_code_nmr_data ? _pdbx_database_status.methods_development_category ? _pdbx_database_status.pdb_format_compatible Y # loop_ _audit_author.name _audit_author.pdbx_ordinal _audit_author.identifier_ORCID 'Lee, H.G.' 1 ? 'Lima, C.D.' 2 0000-0002-9163-6092 # _citation.abstract ? _citation.abstract_id_CAS ? _citation.book_id_ISBN ? _citation.book_publisher ? _citation.book_publisher_city ? _citation.book_title ? _citation.coordinate_linkage ? _citation.country US _citation.database_id_Medline ? _citation.details ? _citation.id primary _citation.journal_abbrev Proc.Natl.Acad.Sci.USA _citation.journal_id_ASTM PNASA6 _citation.journal_id_CSD 0040 _citation.journal_id_ISSN 1091-6490 _citation.journal_full ? _citation.journal_issue ? _citation.journal_volume 120 _citation.language ? _citation.page_first e2213703120 _citation.page_last e2213703120 _citation.title 'SUMO enhances unfolding of SUMO-polyubiquitin-modified substrates by the Ufd1/Npl4/Cdc48 complex.' _citation.year 2023 _citation.database_id_CSD ? _citation.pdbx_database_id_DOI 10.1073/pnas.2213703120 _citation.pdbx_database_id_PubMed 36574706 _citation.pdbx_database_id_patent ? _citation.unpublished_flag ? # loop_ _citation_author.citation_id _citation_author.name _citation_author.ordinal _citation_author.identifier_ORCID primary 'Lee, H.G.' 1 ? primary 'Lemmon, A.A.' 2 0000-0001-6798-9384 primary 'Lima, C.D.' 3 0000-0002-9163-6092 # _cell.angle_alpha 90.00 _cell.angle_alpha_esd ? _cell.angle_beta 90.00 _cell.angle_beta_esd ? _cell.angle_gamma 90.00 _cell.angle_gamma_esd ? _cell.entry_id 8DAV _cell.details ? _cell.formula_units_Z ? _cell.length_a 1.00 _cell.length_a_esd ? _cell.length_b 1.00 _cell.length_b_esd ? _cell.length_c 1.00 _cell.length_c_esd ? _cell.volume ? _cell.volume_esd ? _cell.Z_PDB ? _cell.reciprocal_angle_alpha ? _cell.reciprocal_angle_beta ? _cell.reciprocal_angle_gamma ? _cell.reciprocal_angle_alpha_esd ? _cell.reciprocal_angle_beta_esd ? _cell.reciprocal_angle_gamma_esd ? _cell.reciprocal_length_a ? _cell.reciprocal_length_b ? _cell.reciprocal_length_c ? _cell.reciprocal_length_a_esd ? _cell.reciprocal_length_b_esd ? _cell.reciprocal_length_c_esd ? _cell.pdbx_unique_axis ? _cell.pdbx_esd_method ? # _symmetry.entry_id 8DAV _symmetry.cell_setting ? _symmetry.Int_Tables_number 1 _symmetry.space_group_name_Hall ? _symmetry.space_group_name_H-M 'P 1' _symmetry.pdbx_full_space_group_name_H-M ? # loop_ _entity.id _entity.type _entity.src_method _entity.pdbx_description _entity.formula_weight _entity.pdbx_number_of_molecules _entity.pdbx_ec _entity.pdbx_mutation _entity.pdbx_fragment _entity.details 1 polymer man 'Cell division control protein 48' 92389.195 6 3.6.4.6 ? ? ? 2 polymer man 'Nuclear protein localization protein 4' 66144.336 1 ? ? ? ? 3 polymer man 'Ubiquitin fusion degradation protein 1' 40001.449 1 ? ? ? ? 4 polymer man Ubiquitin 8568.769 3 ? ? ? ;ubiquitin that is part of the SUMO-ubiquitin(K48polyUb)-mEOS substrate; SUMO-ubiquitin-mEOS modified on K48 of ubiquitin with a K48-linked polyubiquitin. Sequence of the unmodified substrate is MGSSHHHHHHSSGENLYFQGHMSDSEVNQEAKPEVKPEVKPETHINLKVSDGSSEIFFKIKKTTPLRRLMEAFAKRQGKEMDSLRFLYDGIRIQADQTPEDLDMEDNDIIEAHREQIGGSHMQIFVKTLTGKTITLEVESSDTIDNVKSKIQDKEGIPPDQQRLIFAGKQLEDGRTLSDYNIQKESTLHLVLRLRGGMSAIKPDMKIKLRMEGNVNGHHFVIDGDGTGKPFEGKQSMDLEVKEGGPLPFAFDILTTAFHYGNRVFAKYPDNIQDYFKQSFPKGYSWERSLTFEDGGICNARNDITMEGDTFYNKVRFYGTNFPANGPVMQKKTLKWEPSTEKMYVRDGVLTGDIEMALLLEGNAHYRCDFRTTYKAKEKGVKLPGAHFVDHCIEILSHDKDYNKVKLYEHAVAHSGLPDNARR ; 5 non-polymer syn "ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE" 507.181 5 ? ? ? ? 6 non-polymer syn "ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE" 427.201 7 ? ? ? ? 7 non-polymer syn 'ZINC ION' 65.409 2 ? ? ? ? # loop_ _entity_name_com.entity_id _entity_name_com.name 1 'Cell division cycle protein 48,Transitional endoplasmic reticulum ATPase homolog' 2 'HMG-CoA reductase degradation protein 4' 3 'UB fusion protein 1,Polymerase-interacting protein 3' # loop_ _entity_poly.entity_id _entity_poly.type _entity_poly.nstd_linkage _entity_poly.nstd_monomer _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can _entity_poly.pdbx_strand_id _entity_poly.pdbx_target_identifier 1 'polypeptide(L)' no no ;GSHMGEEHKPLLDASGVDPREEDKTATAILRRKKKDNMLLVDDAINDDNSVIAINSNTMDKLELFRGDTVLVKGKKRKDT VLIVLIDDELEDGACRINRVVRNNLRIRLGDLVTIHPCPDIKYATRISVLPIADTIEGITGNLFDVFLKPYFVEAYRPVR KGDHFVVRGGMRQVEFKVVDVEPEEYAVVAQDTIIHWEGEPINREDEENNMNEVGYDDIGGCRKQMAQIREMVELPLRHP QLFKAIGIKPPRGVLMYGPPGTGKTLMARAVANETGAFFFLINGPEVMSKMAGESESNLRKAFEEAEKNAPAIIFIDEID SIAPKRDKTNGEVERRVVSQLLTLMDGMKARSNVVVIAATNRPNSIDPALRRFGRFDREVDIGIPDATGRLEVLRIHTKN MKLADDVDLEALAAETHGYVGADIASLCSEAAMQQIREKMDLIDLDEDEIDAEVLDSLGVTMDNFRFALGNSNPSALRET VVESVNVTWDDVGGLDEIKEELKETVEYPVLHPDQYTKFGLSPSKGVLFYGPPGTGKTLLAKAVATEVSANFISVKGPEL LSMWYGESESNIRDIFDKARAAAPTVVFLDELDSIAKARGGSLGDAGGASDRVVNQLLTEMDGMNAKKNVFVIGATNRPD QIDPAILRPGRLDQLIYVPLPDENARLSILNAQLRKTPLEPGLELTAIAKATQGFSGADLLYIVQRAAKYAIKDSIEAHR QHEAEKEVKVEGEDVEMTDEGAKAEQEPEVDPVPYITKEHFAEAMKTAKRSVSDAELRRYEAYSQQMKASRGQFSNFNFN DAPLGTTATDNANSNNSAPSGAGAAFGSNAEEDDDLYS ; ;GSHMGEEHKPLLDASGVDPREEDKTATAILRRKKKDNMLLVDDAINDDNSVIAINSNTMDKLELFRGDTVLVKGKKRKDT VLIVLIDDELEDGACRINRVVRNNLRIRLGDLVTIHPCPDIKYATRISVLPIADTIEGITGNLFDVFLKPYFVEAYRPVR KGDHFVVRGGMRQVEFKVVDVEPEEYAVVAQDTIIHWEGEPINREDEENNMNEVGYDDIGGCRKQMAQIREMVELPLRHP QLFKAIGIKPPRGVLMYGPPGTGKTLMARAVANETGAFFFLINGPEVMSKMAGESESNLRKAFEEAEKNAPAIIFIDEID SIAPKRDKTNGEVERRVVSQLLTLMDGMKARSNVVVIAATNRPNSIDPALRRFGRFDREVDIGIPDATGRLEVLRIHTKN MKLADDVDLEALAAETHGYVGADIASLCSEAAMQQIREKMDLIDLDEDEIDAEVLDSLGVTMDNFRFALGNSNPSALRET VVESVNVTWDDVGGLDEIKEELKETVEYPVLHPDQYTKFGLSPSKGVLFYGPPGTGKTLLAKAVATEVSANFISVKGPEL LSMWYGESESNIRDIFDKARAAAPTVVFLDELDSIAKARGGSLGDAGGASDRVVNQLLTEMDGMNAKKNVFVIGATNRPD QIDPAILRPGRLDQLIYVPLPDENARLSILNAQLRKTPLEPGLELTAIAKATQGFSGADLLYIVQRAAKYAIKDSIEAHR QHEAEKEVKVEGEDVEMTDEGAKAEQEPEVDPVPYITKEHFAEAMKTAKRSVSDAELRRYEAYSQQMKASRGQFSNFNFN DAPLGTTATDNANSNNSAPSGAGAAFGSNAEEDDDLYS ; A,B,C,D,E,F ? 2 'polypeptide(L)' no no ;GSHMLIRFRSKNGTHRVSCQENDLFGTVIEKLVGNLDPNADVDTFTVCEKPGQGIHAVSELADRTVMDLGLKHGDMLILN YSDKPANEKDGVNVEIGSVGIDSKGIRQHRYGPLRIKELAVDEELEKEDGLIPRQKSKLCKHGDRGMCEYCSPLPPWDKE YHEKNKIKHISFHSYLKKLNENANKKENGSSYISPLSEPDFRINKRCHNGHEPWPRGICSKCQPSAITLQQQEFRMVDHV EFQKSEIINEFIQAWRYTGMQRFGYMYGSYSKYDNTPLGIKAVVEAIYEPPQHDEQDGLTMDVEQVKNEMLQIDRQAQEM GLSRIGLIFTDLSDAGAGDGSVFCKRHKDSFFLSSLEVIMAARHQTRHPNVSKYSEQGFFSSKFVTCVISGNLEGEIDIS SYQVSTEAEALVTADMISGSTFPSMAYINDTTDERYVPEIFYMKSNEYGITVKENAKPAFPVDYLLVTLTHGFPNTDTET NSKFVSSTGFPWSNRQAMGQSQDYQELKKYLFNVASSGDFNLLHEKISNFHLLLYINSLQILSPDEWKLLIESAVKNEWE ESLLKLVSSAGWQTLVMILQESG ; ;GSHMLIRFRSKNGTHRVSCQENDLFGTVIEKLVGNLDPNADVDTFTVCEKPGQGIHAVSELADRTVMDLGLKHGDMLILN YSDKPANEKDGVNVEIGSVGIDSKGIRQHRYGPLRIKELAVDEELEKEDGLIPRQKSKLCKHGDRGMCEYCSPLPPWDKE YHEKNKIKHISFHSYLKKLNENANKKENGSSYISPLSEPDFRINKRCHNGHEPWPRGICSKCQPSAITLQQQEFRMVDHV EFQKSEIINEFIQAWRYTGMQRFGYMYGSYSKYDNTPLGIKAVVEAIYEPPQHDEQDGLTMDVEQVKNEMLQIDRQAQEM GLSRIGLIFTDLSDAGAGDGSVFCKRHKDSFFLSSLEVIMAARHQTRHPNVSKYSEQGFFSSKFVTCVISGNLEGEIDIS 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MQIFVKTLTGKTITLEVESSDTIDNVKSKIQDKEGIPPDQQRLIFAGKQLEDGRTLSDYNIQKESTLHLVLRLRGG MQIFVKTLTGKTITLEVESSDTIDNVKSKIQDKEGIPPDQQRLIFAGKQLEDGRTLSDYNIQKESTLHLVLRLRGG I,J,K ? # loop_ _entity_poly_seq.entity_id _entity_poly_seq.num _entity_poly_seq.mon_id _entity_poly_seq.hetero 1 1 GLY n 1 2 SER n 1 3 HIS n 1 4 MET n 1 5 GLY n 1 6 GLU n 1 7 GLU n 1 8 HIS n 1 9 LYS n 1 10 PRO n 1 11 LEU n 1 12 LEU n 1 13 ASP n 1 14 ALA n 1 15 SER n 1 16 GLY n 1 17 VAL n 1 18 ASP n 1 19 PRO n 1 20 ARG n 1 21 GLU n 1 22 GLU n 1 23 ASP n 1 24 LYS n 1 25 THR n 1 26 ALA n 1 27 THR n 1 28 ALA n 1 29 ILE n 1 30 LEU n 1 31 ARG n 1 32 ARG n 1 33 LYS n 1 34 LYS n 1 35 LYS n 1 36 ASP n 1 37 ASN n 1 38 MET n 1 39 LEU n 1 40 LEU n 1 41 VAL n 1 42 ASP n 1 43 ASP n 1 44 ALA n 1 45 ILE n 1 46 ASN n 1 47 ASP n 1 48 ASP n 1 49 ASN n 1 50 SER n 1 51 VAL n 1 52 ILE n 1 53 ALA n 1 54 ILE n 1 55 ASN n 1 56 SER n 1 57 ASN n 1 58 THR n 1 59 MET n 1 60 ASP n 1 61 LYS n 1 62 LEU n 1 63 GLU n 1 64 LEU n 1 65 PHE n 1 66 ARG n 1 67 GLY n 1 68 ASP n 1 69 THR n 1 70 VAL n 1 71 LEU n 1 72 VAL n 1 73 LYS n 1 74 GLY n 1 75 LYS n 1 76 LYS n 1 77 ARG n 1 78 LYS n 1 79 ASP n 1 80 THR n 1 81 VAL n 1 82 LEU n 1 83 ILE n 1 84 VAL n 1 85 LEU n 1 86 ILE n 1 87 ASP n 1 88 ASP n 1 89 GLU n 1 90 LEU n 1 91 GLU n 1 92 ASP n 1 93 GLY n 1 94 ALA n 1 95 CYS n 1 96 ARG n 1 97 ILE n 1 98 ASN n 1 99 ARG n 1 100 VAL n 1 101 VAL n 1 102 ARG n 1 103 ASN n 1 104 ASN n 1 105 LEU n 1 106 ARG n 1 107 ILE n 1 108 ARG n 1 109 LEU n 1 110 GLY n 1 111 ASP n 1 112 LEU n 1 113 VAL n 1 114 THR n 1 115 ILE n 1 116 HIS n 1 117 PRO n 1 118 CYS n 1 119 PRO n 1 120 ASP n 1 121 ILE n 1 122 LYS n 1 123 TYR n 1 124 ALA n 1 125 THR n 1 126 ARG n 1 127 ILE n 1 128 SER n 1 129 VAL n 1 130 LEU n 1 131 PRO n 1 132 ILE n 1 133 ALA n 1 134 ASP n 1 135 THR n 1 136 ILE n 1 137 GLU n 1 138 GLY n 1 139 ILE n 1 140 THR n 1 141 GLY n 1 142 ASN n 1 143 LEU n 1 144 PHE n 1 145 ASP n 1 146 VAL n 1 147 PHE n 1 148 LEU n 1 149 LYS n 1 150 PRO n 1 151 TYR n 1 152 PHE n 1 153 VAL n 1 154 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'Escherichia coli' 562 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? # loop_ _struct_ref.id _struct_ref.db_name _struct_ref.db_code _struct_ref.pdbx_db_accession _struct_ref.pdbx_db_isoform _struct_ref.entity_id _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code _struct_ref.pdbx_align_begin 1 UNP CDC48_YEAST P25694 ? 1 ;MGEEHKPLLDASGVDPREEDKTATAILRRKKKDNMLLVDDAINDDNSVIAINSNTMDKLELFRGDTVLVKGKKRKDTVLI VLIDDELEDGACRINRVVRNNLRIRLGDLVTIHPCPDIKYATRISVLPIADTIEGITGNLFDVFLKPYFVEAYRPVRKGD HFVVRGGMRQVEFKVVDVEPEEYAVVAQDTIIHWEGEPINREDEENNMNEVGYDDIGGCRKQMAQIREMVELPLRHPQLF KAIGIKPPRGVLMYGPPGTGKTLMARAVANETGAFFFLINGPEVMSKMAGESESNLRKAFEEAEKNAPAIIFIDEIDSIA PKRDKTNGEVERRVVSQLLTLMDGMKARSNVVVIAATNRPNSIDPALRRFGRFDREVDIGIPDATGRLEVLRIHTKNMKL ADDVDLEALAAETHGYVGADIASLCSEAAMQQIREKMDLIDLDEDEIDAEVLDSLGVTMDNFRFALGNSNPSALRETVVE SVNVTWDDVGGLDEIKEELKETVEYPVLHPDQYTKFGLSPSKGVLFYGPPGTGKTLLAKAVATEVSANFISVKGPELLSM WYGESESNIRDIFDKARAAAPTVVFLDELDSIAKARGGSLGDAGGASDRVVNQLLTEMDGMNAKKNVFVIGATNRPDQID PAILRPGRLDQLIYVPLPDENARLSILNAQLRKTPLEPGLELTAIAKATQGFSGADLLYIVQRAAKYAIKDSIEAHRQHE AEKEVKVEGEDVEMTDEGAKAEQEPEVDPVPYITKEHFAEAMKTAKRSVSDAELRRYEAYSQQMKASRGQFSNFNFNDAP LGTTATDNANSNNSAPSGAGAAFGSNAEEDDDLYS ; 1 2 UNP NPL4_YEAST P33755 ? 2 ;MLIRFRSKNGTHRVSCQENDLFGTVIEKLVGNLDPNADVDTFTVCEKPGQGIHAVSELADRTVMDLGLKHGDMLILNYSD KPANEKDGVNVEIGSVGIDSKGIRQHRYGPLRIKELAVDEELEKEDGLIPRQKSKLCKHGDRGMCEYCSPLPPWDKEYHE KNKIKHISFHSYLKKLNENANKKENGSSYISPLSEPDFRINKRCHNGHEPWPRGICSKCQPSAITLQQQEFRMVDHVEFQ KSEIINEFIQAWRYTGMQRFGYMYGSYSKYDNTPLGIKAVVEAIYEPPQHDEQDGLTMDVEQVKNEMLQIDRQAQEMGLS RIGLIFTDLSDAGAGDGSVFCKRHKDSFFLSSLEVIMAARHQTRHPNVSKYSEQGFFSSKFVTCVISGNLEGEIDISSYQ VSTEAEALVTADMISGSTFPSMAYINDTTDERYVPEIFYMKSNEYGITVKENAKPAFPVDYLLVTLTHGFPNTDTETNSK FVSSTGFPWSNRQAMGQSQDYQELKKYLFNVASSGDFNLLHEKISNFHLLLYINSLQILSPDEWKLLIESAVKNEWEESL LKLVSSAGWQTLVMILQESG ; 1 3 UNP UFD1_YEAST P53044 ? 3 ;MFSGFSSFGGGNGFVNMPQTFEEFFRCYPIAMMNDRIRKDDANFGGKIFLPPSALSKLSMLNIRYPMLFKLTANETGRVT HGGVLEFIAEEGRVYLPQWMMETLGIQPGSLLQISSTDVPLGQFVKLEPQSVDFLDISDPKAVLENVLRNFSTLTVDDVI EISYNGKTFKIKILEVKPESSSKSICVIETDLVTDFAPPVGYVEPDYKALKAQQDKEKKNSFGKGQVLDPSVLGQGSMST RIDYAGIANSSRNKLSKFVGQGQNISGKAPKAEPKQDIKDMKITFDGEPAKLDLPEGQLFFGFPMVLPKEDEESAAGSKS SEQNFQGQGISLRKSNKRKTKSDHDSSKSKAPKSPEVIEID ; 1 4 UNP UBI4P_YEAST P0CG63 ? 4 MQIFVKTLTGKTITLEVESSDTIDNVKSKIQDKEGIPPDQQRLIFAGKQLEDGRTLSDYNIQKESTLHLVLRLRGG 1 # loop_ _struct_ref_seq.align_id _struct_ref_seq.ref_id _struct_ref_seq.pdbx_PDB_id_code _struct_ref_seq.pdbx_strand_id _struct_ref_seq.seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.seq_align_end _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_db_accession _struct_ref_seq.db_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_db_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.db_align_end _struct_ref_seq.pdbx_db_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_end 1 1 8DAV A 4 ? 838 ? P25694 1 ? 835 ? 1 835 2 1 8DAV B 4 ? 838 ? P25694 1 ? 835 ? 1 835 3 1 8DAV C 4 ? 838 ? P25694 1 ? 835 ? 1 835 4 1 8DAV D 4 ? 838 ? P25694 1 ? 835 ? 1 835 5 1 8DAV E 4 ? 838 ? P25694 1 ? 835 ? 1 835 6 1 8DAV F 4 ? 838 ? P25694 1 ? 835 ? 1 835 7 2 8DAV G 4 ? 583 ? P33755 1 ? 580 ? 1 580 8 3 8DAV H 3 ? 363 ? P53044 1 ? 361 ? 1 361 9 4 8DAV I 1 ? 76 ? P0CG63 1 ? 76 ? 1 76 10 4 8DAV J 1 ? 76 ? P0CG63 1 ? 76 ? 101 176 11 4 8DAV K 1 ? 76 ? P0CG63 1 ? 76 ? 201 276 # loop_ _struct_ref_seq_dif.align_id _struct_ref_seq_dif.pdbx_pdb_id_code _struct_ref_seq_dif.mon_id _struct_ref_seq_dif.pdbx_pdb_strand_id _struct_ref_seq_dif.seq_num _struct_ref_seq_dif.pdbx_pdb_ins_code _struct_ref_seq_dif.pdbx_seq_db_name _struct_ref_seq_dif.pdbx_seq_db_accession_code _struct_ref_seq_dif.db_mon_id _struct_ref_seq_dif.pdbx_seq_db_seq_num _struct_ref_seq_dif.details _struct_ref_seq_dif.pdbx_auth_seq_num _struct_ref_seq_dif.pdbx_ordinal 1 8DAV GLY A 1 ? UNP P25694 ? ? 'expression tag' -2 1 1 8DAV SER A 2 ? UNP P25694 ? ? 'expression tag' -1 2 1 8DAV HIS A 3 ? UNP P25694 ? ? 'expression tag' 0 3 2 8DAV GLY B 1 ? UNP P25694 ? ? 'expression tag' -2 4 2 8DAV SER B 2 ? UNP P25694 ? ? 'expression tag' -1 5 2 8DAV HIS B 3 ? UNP P25694 ? ? 'expression tag' 0 6 3 8DAV GLY C 1 ? UNP P25694 ? ? 'expression tag' -2 7 3 8DAV SER C 2 ? UNP P25694 ? ? 'expression tag' -1 8 3 8DAV HIS C 3 ? UNP P25694 ? ? 'expression tag' 0 9 4 8DAV GLY D 1 ? UNP P25694 ? ? 'expression tag' -2 10 4 8DAV SER D 2 ? UNP P25694 ? ? 'expression tag' -1 11 4 8DAV HIS D 3 ? UNP P25694 ? ? 'expression tag' 0 12 5 8DAV GLY E 1 ? UNP P25694 ? ? 'expression tag' -2 13 5 8DAV SER E 2 ? UNP P25694 ? ? 'expression tag' -1 14 5 8DAV HIS E 3 ? UNP P25694 ? ? 'expression tag' 0 15 6 8DAV GLY F 1 ? UNP P25694 ? ? 'expression tag' -2 16 6 8DAV SER F 2 ? UNP P25694 ? ? 'expression tag' -1 17 6 8DAV HIS F 3 ? UNP P25694 ? ? 'expression tag' 0 18 7 8DAV GLY G 1 ? UNP P33755 ? ? 'expression tag' -2 19 7 8DAV SER G 2 ? UNP P33755 ? ? 'expression tag' -1 20 7 8DAV HIS G 3 ? UNP P33755 ? ? 'expression tag' 0 21 8 8DAV GLY H 1 ? UNP P53044 ? ? 'expression tag' -1 22 8 8DAV SER H 2 ? UNP P53044 ? ? 'expression tag' 0 23 # loop_ _chem_comp.id _chem_comp.type _chem_comp.mon_nstd_flag _chem_comp.name _chem_comp.pdbx_synonyms _chem_comp.formula _chem_comp.formula_weight ADP non-polymer n "ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE" ? 'C10 H15 N5 O10 P2' 427.201 ALA 'L-peptide linking' y ALANINE ? 'C3 H7 N O2' 89.093 ARG 'L-peptide linking' y ARGININE ? 'C6 H15 N4 O2 1' 175.209 ASN 'L-peptide linking' y ASPARAGINE ? 'C4 H8 N2 O3' 132.118 ASP 'L-peptide linking' y 'ASPARTIC ACID' ? 'C4 H7 N O4' 133.103 ATP non-polymer . "ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE" ? 'C10 H16 N5 O13 P3' 507.181 CYS 'L-peptide linking' y CYSTEINE ? 'C3 H7 N O2 S' 121.158 GLN 'L-peptide linking' y GLUTAMINE ? 'C5 H10 N2 O3' 146.144 GLU 'L-peptide linking' y 'GLUTAMIC ACID' ? 'C5 H9 N O4' 147.129 GLY 'peptide linking' y GLYCINE ? 'C2 H5 N O2' 75.067 HIS 'L-peptide linking' y HISTIDINE ? 'C6 H10 N3 O2 1' 156.162 ILE 'L-peptide linking' y ISOLEUCINE ? 'C6 H13 N O2' 131.173 LEU 'L-peptide linking' y LEUCINE ? 'C6 H13 N O2' 131.173 LYS 'L-peptide linking' y LYSINE ? 'C6 H15 N2 O2 1' 147.195 MET 'L-peptide linking' y METHIONINE ? 'C5 H11 N O2 S' 149.211 PHE 'L-peptide linking' y PHENYLALANINE ? 'C9 H11 N O2' 165.189 PRO 'L-peptide linking' y PROLINE ? 'C5 H9 N O2' 115.130 SER 'L-peptide linking' y SERINE ? 'C3 H7 N O3' 105.093 THR 'L-peptide linking' y THREONINE ? 'C4 H9 N O3' 119.119 TRP 'L-peptide linking' y TRYPTOPHAN ? 'C11 H12 N2 O2' 204.225 TYR 'L-peptide linking' y TYROSINE ? 'C9 H11 N O3' 181.189 VAL 'L-peptide linking' y VALINE ? 'C5 H11 N O2' 117.146 ZN non-polymer . 'ZINC ION' ? 'Zn 2' 65.409 # _exptl.absorpt_coefficient_mu ? _exptl.absorpt_correction_T_max ? _exptl.absorpt_correction_T_min ? _exptl.absorpt_correction_type ? _exptl.absorpt_process_details ? _exptl.entry_id 8DAV _exptl.crystals_number ? _exptl.details ? _exptl.method 'ELECTRON MICROSCOPY' _exptl.method_details ? # _struct.entry_id 8DAV _struct.title ;Saccharomyces cerevisiae Ufd1/Npl4/Cdc48 complex bound to two ubiquitin moieties and one unfolded ubiquitin in presence of SUMO-ubiquitin(K48polyUb)-mEOS and ATP, state 2 (uC) ; _struct.pdbx_model_details ? _struct.pdbx_formula_weight ? _struct.pdbx_formula_weight_method ? _struct.pdbx_model_type_details ? _struct.pdbx_CASP_flag N # _struct_keywords.entry_id 8DAV _struct_keywords.text 'ATPASE, ATPASE COMPLEX, UBIQUITIN, SUMO, SMT3, QUALITY CONTROL, MOTOR PROTEIN' _struct_keywords.pdbx_keywords 'MOTOR PROTEIN' # loop_ _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.entity_id _struct_asym.details A N N 1 ? B N N 1 ? C N N 1 ? D N N 1 ? E N N 1 ? F N N 1 ? G N N 2 ? H N N 3 ? I N N 4 ? J N N 4 ? K N N 4 ? L N N 5 ? M N N 6 ? N N N 5 ? O N N 6 ? P N N 5 ? Q N N 6 ? R N N 5 ? S N N 6 ? T N N 6 ? U N N 6 ? V N N 5 ? W N N 6 ? X N N 7 ? Y N N 7 ? # loop_ _struct_conf.conf_type_id _struct_conf.id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_id _struct_conf.beg_label_comp_id _struct_conf.beg_label_asym_id _struct_conf.beg_label_seq_id _struct_conf.pdbx_beg_PDB_ins_code _struct_conf.end_label_comp_id _struct_conf.end_label_asym_id _struct_conf.end_label_seq_id _struct_conf.pdbx_end_PDB_ins_code _struct_conf.beg_auth_comp_id _struct_conf.beg_auth_asym_id _struct_conf.beg_auth_seq_id _struct_conf.end_auth_comp_id _struct_conf.end_auth_asym_id _struct_conf.end_auth_seq_id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_class _struct_conf.details _struct_conf.pdbx_PDB_helix_length HELX_P HELX_P1 AA1 ASN A 55 ? GLU A 63 ? ASN A 52 GLU A 60 1 ? 9 HELX_P HELX_P2 AA2 ASN A 98 ? ARG A 106 ? ASN A 95 ARG A 103 1 ? 9 HELX_P HELX_P3 AA3 ILE A 132 ? GLU A 137 ? ILE A 129 GLU A 134 5 ? 6 HELX_P HELX_P4 AA4 LEU A 143 ? PHE A 152 ? LEU A 140 PHE A 149 1 ? 10 HELX_P HELX_P5 AA5 ARG A 204 ? ASN A 210 ? ARG A 201 ASN A 207 1 ? 7 HELX_P HELX_P6 AA6 GLY A 215 ? ILE A 219 ? GLY A 212 ILE A 216 5 ? 5 HELX_P HELX_P7 AA7 CYS A 222 ? HIS A 239 ? CYS A 219 HIS A 236 1 ? 18 HELX_P HELX_P8 AA8 PRO A 240 ? GLY A 247 ? PRO A 237 GLY A 244 1 ? 8 HELX_P HELX_P9 AA9 GLY A 263 ? GLY A 276 ? GLY A 260 GLY A 273 1 ? 14 HELX_P HELX_P10 AB1 GLY A 284 ? SER A 289 ? GLY A 281 SER A 286 1 ? 6 HELX_P HELX_P11 AB2 GLY A 293 ? ASN A 309 ? GLY A 290 ASN A 306 1 ? 17 HELX_P HELX_P12 AB3 GLU A 318 ? ALA A 323 ? GLU A 315 ALA A 320 1 ? 6 HELX_P HELX_P13 AB4 GLY A 331 ? GLY A 347 ? GLY A 328 GLY A 344 1 ? 17 HELX_P HELX_P14 AB5 ASP A 367 ? ARG A 372 ? ASP A 364 ARG A 369 5 ? 6 HELX_P HELX_P15 AB6 ASP A 386 ? THR A 398 ? ASP A 383 THR A 395 1 ? 13 HELX_P HELX_P16 AB7 ASP A 408 ? THR A 416 ? ASP A 405 THR A 413 1 ? 9 HELX_P HELX_P17 AB8 VAL A 420 ? ASP A 441 ? VAL A 417 ASP A 438 1 ? 22 HELX_P HELX_P18 AB9 ASP A 451 ? SER A 457 ? ASP A 448 SER A 454 1 ? 7 HELX_P HELX_P19 AC1 THR A 461 ? ASN A 471 ? THR A 458 ASN A 468 1 ? 11 HELX_P HELX_P20 AC2 SER A 475 ? GLU A 479 ? SER A 472 GLU A 476 5 ? 5 HELX_P HELX_P21 AC3 THR A 488 ? VAL A 492 ? THR A 485 VAL A 489 5 ? 5 HELX_P HELX_P22 AC4 LEU A 495 ? HIS A 512 ? LEU A 492 HIS A 509 1 ? 18 HELX_P HELX_P23 AC5 HIS A 512 ? GLY A 520 ? HIS A 509 GLY A 517 1 ? 9 HELX_P HELX_P24 AC6 GLY A 536 ? VAL A 548 ? GLY A 533 VAL A 545 1 ? 13 HELX_P HELX_P25 AC7 LYS A 556 ? GLY A 566 ? LYS A 553 GLY A 563 1 ? 11 HELX_P HELX_P26 AC8 ASN A 571 ? ALA A 582 ? ASN A 568 ALA A 579 1 ? 12 HELX_P HELX_P27 AC9 GLU A 591 ? ALA A 596 ? GLU A 588 ALA A 593 5 ? 6 HELX_P HELX_P28 AD1 ASP A 611 ? MET A 624 ? ASP A 608 MET A 621 1 ? 14 HELX_P HELX_P29 AD2 ASP A 643 ? ARG A 648 ? ASP A 640 ARG A 645 5 ? 6 HELX_P HELX_P30 AD3 ASP A 662 ? LEU A 674 ? ASP A 659 LEU A 671 1 ? 13 HELX_P HELX_P31 AD4 LEU A 685 ? THR A 692 ? LEU A 682 THR A 689 1 ? 8 HELX_P HELX_P32 AD5 SER A 696 ? GLN A 721 ? SER A 693 GLN A 718 1 ? 26 HELX_P HELX_P33 AD6 THR A 757 ? THR A 767 ? THR A 754 THR A 764 1 ? 11 HELX_P HELX_P34 AD7 SER A 773 ? ALA A 789 ? SER A 770 ALA A 786 1 ? 17 HELX_P HELX_P35 AD8 ASN B 55 ? GLU B 63 ? ASN B 52 GLU B 60 1 ? 9 HELX_P HELX_P36 AD9 ASN B 98 ? ARG B 106 ? ASN B 95 ARG B 103 1 ? 9 HELX_P HELX_P37 AE1 ALA B 133 ? GLU B 137 ? ALA B 130 GLU B 134 5 ? 5 HELX_P HELX_P38 AE2 ASN B 142 ? VAL B 153 ? ASN B 139 VAL B 150 1 ? 12 HELX_P HELX_P39 AE3 GLU B 205 ? ASN B 209 ? GLU B 202 ASN B 206 5 ? 5 HELX_P HELX_P40 AE4 GLY B 215 ? ILE B 219 ? GLY B 212 ILE B 216 5 ? 5 HELX_P HELX_P41 AE5 CYS B 222 ? GLU B 234 ? CYS B 219 GLU B 231 1 ? 13 HELX_P HELX_P42 AE6 HIS B 239 ? GLY B 247 ? HIS B 236 GLY B 244 1 ? 9 HELX_P HELX_P43 AE7 GLY B 263 ? GLY B 276 ? GLY B 260 GLY B 273 1 ? 14 HELX_P HELX_P44 AE8 ASN B 283 ? MET B 288 ? 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I LYS 48 NZ ? ? ? 1_555 J GLY 76 C ? ? I LYS 48 J GLY 176 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.312 ? ? covale2 covale one ? J LYS 48 NZ ? ? ? 1_555 K GLY 76 C ? ? J LYS 148 K GLY 276 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.372 ? ? metalc1 metalc ? ? G CYS 140 SG ? ? ? 1_555 X ZN . ZN ? ? G CYS 137 G ZN 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.234 ? ? metalc2 metalc ? ? G HIS 142 NE2 ? ? ? 1_555 X ZN . ZN ? ? G HIS 139 G ZN 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.011 ? ? metalc3 metalc ? ? G CYS 148 SG ? ? ? 1_555 X ZN . ZN ? ? G CYS 145 G ZN 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.303 ? ? metalc4 metalc ? ? G CYS 151 SG ? ? ? 1_555 X ZN . ZN ? ? G CYS 148 G ZN 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.131 ? ? metalc5 metalc ? ? G CYS 207 SG ? ? ? 1_555 Y ZN . ZN ? ? G CYS 204 G ZN 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.338 ? ? metalc6 metalc ? ? G HIS 211 NE2 ? ? ? 1_555 Y ZN . ZN ? ? G HIS 208 G ZN 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.042 ? ? metalc7 metalc ? ? G CYS 219 SG ? ? ? 1_555 Y ZN . ZN ? ? G CYS 216 G ZN 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.265 ? ? metalc8 metalc ? ? G CYS 222 SG ? ? ? 1_555 Y ZN . ZN ? ? G CYS 219 G ZN 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.262 ? ? # loop_ _struct_conn_type.id _struct_conn_type.criteria _struct_conn_type.reference covale ? ? metalc ? ? # loop_ _struct_mon_prot_cis.pdbx_id _struct_mon_prot_cis.label_comp_id _struct_mon_prot_cis.label_seq_id _struct_mon_prot_cis.label_asym_id _struct_mon_prot_cis.label_alt_id _struct_mon_prot_cis.pdbx_PDB_ins_code _struct_mon_prot_cis.auth_comp_id _struct_mon_prot_cis.auth_seq_id _struct_mon_prot_cis.auth_asym_id _struct_mon_prot_cis.pdbx_label_comp_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_label_seq_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_label_asym_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_PDB_ins_code_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_auth_comp_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_auth_seq_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_auth_asym_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_PDB_model_num _struct_mon_prot_cis.pdbx_omega_angle 1 GLU 182 A . ? GLU 179 A PRO 183 A ? PRO 180 A 1 0.59 2 GLU 184 A . ? GLU 181 A GLU 185 A ? GLU 182 A 1 1.65 3 ALA 310 A . ? ALA 307 A PRO 311 A ? 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AC4 ? 2 ? AC5 ? 2 ? AC6 ? 5 ? AC7 ? 5 ? # loop_ _struct_sheet_order.sheet_id _struct_sheet_order.range_id_1 _struct_sheet_order.range_id_2 _struct_sheet_order.offset _struct_sheet_order.sense AA1 1 2 ? anti-parallel AA1 2 3 ? anti-parallel AA1 3 4 ? anti-parallel AA1 4 5 ? parallel AA2 1 2 ? anti-parallel AA2 2 3 ? anti-parallel AA2 3 4 ? parallel AA3 1 2 ? parallel AA3 2 3 ? parallel AA3 3 4 ? parallel AA3 4 5 ? parallel AA4 1 2 ? parallel AA4 2 3 ? parallel AA4 3 4 ? parallel AA4 4 5 ? parallel AA5 1 2 ? parallel AA5 2 3 ? anti-parallel AA5 3 4 ? anti-parallel AA6 1 2 ? parallel AA6 2 3 ? anti-parallel AA7 1 2 ? anti-parallel AA7 2 3 ? anti-parallel AA7 3 4 ? parallel AA8 1 2 ? parallel AA8 2 3 ? parallel AA8 3 4 ? parallel AA8 4 5 ? parallel AA9 1 2 ? parallel AA9 2 3 ? parallel AA9 3 4 ? parallel AA9 4 5 ? parallel AB1 1 2 ? parallel AB1 2 3 ? parallel AB1 3 4 ? parallel AB1 4 5 ? parallel AB2 1 2 ? parallel AB3 1 2 ? parallel AB3 2 3 ? parallel AB4 1 2 ? parallel AB4 2 3 ? parallel AB4 3 4 ? parallel AB4 4 5 ? parallel AB5 1 2 ? parallel AB5 2 3 ? parallel AB5 3 4 ? parallel AB5 4 5 ? parallel AB6 1 2 ? parallel AB6 2 3 ? parallel AB6 3 4 ? parallel AB6 4 5 ? parallel AB7 1 2 ? parallel AB7 2 3 ? parallel AB7 3 4 ? parallel AB7 4 5 ? parallel AB8 1 2 ? parallel AB8 2 3 ? parallel AB8 3 4 ? parallel AB8 4 5 ? parallel AB9 1 2 ? parallel AB9 2 3 ? parallel AB9 3 4 ? parallel AB9 4 5 ? parallel AC1 1 2 ? parallel AC1 2 3 ? anti-parallel AC1 3 4 ? anti-parallel AC1 4 5 ? parallel AC1 5 6 ? anti-parallel AC1 6 7 ? anti-parallel AC2 1 2 ? anti-parallel AC3 1 2 ? anti-parallel AC4 1 2 ? anti-parallel AC5 1 2 ? anti-parallel AC6 1 2 ? anti-parallel AC6 2 3 ? parallel AC6 3 4 ? anti-parallel AC6 4 5 ? anti-parallel AC7 1 2 ? anti-parallel AC7 2 3 ? parallel AC7 3 4 ? anti-parallel AC7 4 5 ? anti-parallel # loop_ _struct_sheet_range.sheet_id _struct_sheet_range.id _struct_sheet_range.beg_label_comp_id _struct_sheet_range.beg_label_asym_id _struct_sheet_range.beg_label_seq_id _struct_sheet_range.pdbx_beg_PDB_ins_code _struct_sheet_range.end_label_comp_id _struct_sheet_range.end_label_asym_id _struct_sheet_range.end_label_seq_id _struct_sheet_range.pdbx_end_PDB_ins_code _struct_sheet_range.beg_auth_comp_id _struct_sheet_range.beg_auth_asym_id _struct_sheet_range.beg_auth_seq_id _struct_sheet_range.end_auth_comp_id _struct_sheet_range.end_auth_asym_id _struct_sheet_range.end_auth_seq_id AA1 1 MET A 38 ? LEU A 40 ? MET A 35 LEU A 37 AA1 2 LEU A 112 ? HIS A 116 ? LEU A 109 HIS A 113 AA1 3 THR A 69 ? LYS A 73 ? THR A 66 LYS A 70 AA1 4 ASP A 79 ? ILE A 86 ? ASP A 76 ILE A 83 AA1 5 VAL A 51 ? ILE A 54 ? VAL A 48 ILE A 51 AA2 1 HIS A 164 ? GLY A 169 ? HIS A 161 GLY A 166 AA2 2 ARG A 172 ? GLU A 182 ? ARG A 169 GLU A 179 AA2 3 TYR A 123 ? LEU A 130 ? TYR A 120 LEU A 127 AA2 4 VAL A 188 ? HIS A 196 ? VAL A 185 HIS A 193 AA3 1 PHE A 278 ? ASN A 283 ? PHE A 275 ASN A 280 AA3 2 ALA A 312 ? ASP A 317 ? ALA A 309 ASP A 314 AA3 3 VAL A 354 ? THR A 360 ? VAL A 351 THR A 357 AA3 4 GLY A 253 ? TYR A 257 ? GLY A 250 TYR A 254 AA3 5 ARG A 378 ? ASP A 381 ? ARG A 375 ASP A 378 AA4 1 ASN A 551 ? VAL A 555 ? ASN A 548 VAL A 552 AA4 2 THR A 585 ? LEU A 589 ? THR A 582 LEU A 586 AA4 3 VAL A 630 ? THR A 636 ? VAL A 627 THR A 633 AA4 4 GLY A 526 ? TYR A 530 ? GLY A 523 TYR A 527 AA4 5 GLN A 654 ? TYR A 657 ? GLN A 651 TYR A 654 AA5 1 VAL B 51 ? ILE B 54 ? VAL B 48 ILE B 51 AA5 2 ASP B 79 ? ILE B 86 ? ASP B 76 ILE B 83 AA5 3 VAL B 70 ? LYS B 73 ? VAL B 67 LYS B 70 AA5 4 THR B 114 ? PRO B 117 ? THR B 111 PRO B 114 AA6 1 LYS B 122 ? TYR B 123 ? LYS B 119 TYR B 120 AA6 2 TYR B 186 ? VAL B 188 ? TYR B 183 VAL B 185 AA6 3 PRO B 158 ? ARG B 160 ? PRO B 155 ARG B 157 AA7 1 HIS B 164 ? GLY B 169 ? HIS B 161 GLY B 166 AA7 2 ARG B 172 ? GLU B 182 ? ARG B 169 GLU B 179 AA7 3 ARG B 126 ? PRO B 131 ? ARG B 123 PRO B 128 AA7 4 ILE B 194 ? HIS B 196 ? ILE B 191 HIS B 193 AA8 1 PHE B 278 ? LEU B 281 ? PHE B 275 LEU B 278 AA8 2 ALA B 312 ? ILE B 316 ? ALA B 309 ILE B 313 AA8 3 VAL B 354 ? THR B 360 ? VAL B 351 THR B 357 AA8 4 GLY B 253 ? TYR B 257 ? GLY B 250 TYR B 254 AA8 5 ARG B 378 ? ASP B 381 ? ARG B 375 ASP B 378 AA9 1 ASN B 551 ? VAL B 555 ? ASN B 548 VAL B 552 AA9 2 THR B 585 ? LEU B 589 ? THR B 582 LEU B 586 AA9 3 VAL B 632 ? ALA B 635 ? VAL B 629 ALA B 632 AA9 4 VAL B 527 ? TYR B 530 ? VAL B 524 TYR B 527 AA9 5 GLN B 654 ? TYR B 657 ? GLN B 651 TYR B 654 AB1 1 PHE C 278 ? LEU C 281 ? PHE C 275 LEU C 278 AB1 2 ALA C 312 ? PHE C 315 ? ALA C 309 PHE C 312 AB1 3 VAL C 354 ? THR C 360 ? VAL C 351 THR C 357 AB1 4 VAL C 254 ? TYR C 257 ? VAL C 251 TYR C 254 AB1 5 ARG C 378 ? ASP C 381 ? ARG C 375 ASP C 378 AB2 1 VAL C 527 ? TYR C 530 ? VAL C 524 TYR C 527 AB2 2 GLN C 654 ? TYR C 657 ? GLN C 651 TYR C 654 AB3 1 SER C 554 ? VAL C 555 ? SER C 551 VAL C 552 AB3 2 VAL C 586 ? LEU C 589 ? VAL C 583 LEU C 586 AB3 3 PHE C 631 ? VAL C 632 ? PHE C 628 VAL C 629 AB4 1 PHE D 278 ? ILE D 282 ? PHE D 275 ILE D 279 AB4 2 ALA D 312 ? ILE D 316 ? ALA D 309 ILE D 313 AB4 3 VAL D 354 ? THR D 360 ? VAL D 351 THR D 357 AB4 4 GLY D 253 ? TYR D 257 ? GLY D 250 TYR D 254 AB4 5 ARG D 378 ? ASP D 381 ? ARG D 375 ASP D 378 AB5 1 ASN D 551 ? LYS D 556 ? ASN D 548 LYS D 553 AB5 2 THR D 585 ? ASP D 590 ? THR D 582 ASP D 587 AB5 3 VAL D 630 ? ALA D 635 ? VAL D 627 ALA D 632 AB5 4 VAL D 527 ? TYR D 530 ? VAL D 524 TYR D 527 AB5 5 GLN D 654 ? TYR D 657 ? GLN D 651 TYR D 654 AB6 1 PHE E 278 ? ILE E 282 ? PHE E 275 ILE E 279 AB6 2 ALA E 312 ? ILE E 316 ? ALA E 309 ILE E 313 AB6 3 VAL E 354 ? THR E 360 ? VAL E 351 THR E 357 AB6 4 GLY E 253 ? TYR E 257 ? GLY E 250 TYR E 254 AB6 5 ARG E 378 ? ASP E 381 ? ARG E 375 ASP E 378 AB7 1 ASN E 551 ? VAL E 555 ? ASN E 548 VAL E 552 AB7 2 THR E 585 ? LEU E 589 ? THR E 582 LEU E 586 AB7 3 VAL E 630 ? ALA E 635 ? VAL E 627 ALA E 632 AB7 4 GLY E 526 ? TYR E 530 ? GLY E 523 TYR E 527 AB7 5 GLN E 654 ? TYR E 657 ? GLN E 651 TYR E 654 AB8 1 PHE F 278 ? LEU F 281 ? PHE F 275 LEU F 278 AB8 2 PRO F 311 ? PHE F 315 ? PRO F 308 PHE F 312 AB8 3 ASN F 353 ? THR F 360 ? ASN F 350 THR F 357 AB8 4 VAL F 254 ? TYR F 257 ? VAL F 251 TYR F 254 AB8 5 ARG F 378 ? ASP F 381 ? ARG F 375 ASP F 378 AB9 1 ASN F 551 ? VAL F 555 ? ASN F 548 VAL F 552 AB9 2 THR F 585 ? ASP F 590 ? THR F 582 ASP F 587 AB9 3 VAL F 630 ? THR F 636 ? VAL F 627 THR F 633 AB9 4 GLY F 526 ? TYR F 530 ? GLY F 523 TYR F 527 AB9 5 GLN F 654 ? TYR F 657 ? GLN F 651 TYR F 654 AC1 1 HIS G 239 ? PHE G 242 ? HIS G 236 PHE G 239 AC1 2 GLY G 279 ? TYR G 288 ? GLY G 276 TYR G 285 AC1 3 PHE G 263 ? TYR G 273 ? PHE G 260 TYR G 270 AC1 4 SER G 323 ? THR G 330 ? SER G 320 THR G 327 AC1 5 VAL G 385 ? ILE G 389 ? VAL G 382 ILE G 386 AC1 6 ILE G 399 ? VAL G 404 ? ILE G 396 VAL G 401 AC1 7 LEU G 466 ? THR G 468 ? LEU G 463 THR G 465 AC2 1 HIS G 293 ? ASP G 294 ? HIS G 290 ASP G 291 AC2 2 LEU G 299 ? THR G 300 ? LEU G 296 THR G 297 AC3 1 MET G 425 ? TYR G 427 ? MET G 422 TYR G 424 AC3 2 ALA G 459 ? PRO G 461 ? ALA G 456 PRO G 458 AC4 1 LYS G 444 ? SER G 445 ? LYS G 441 SER G 442 AC4 2 THR G 451 ? VAL G 452 ? THR G 448 VAL G 449 AC5 1 PHE G 473 ? PRO G 474 ? PHE G 470 PRO G 471 AC5 2 GLN I 40 ? GLN I 41 ? GLN I 40 GLN I 41 AC6 1 THR J 12 ? GLU J 16 ? THR J 112 GLU J 116 AC6 2 GLN J 2 ? THR J 7 ? GLN J 102 THR J 107 AC6 3 THR J 66 ? LEU J 71 ? THR J 166 LEU J 171 AC6 4 GLN J 41 ? PHE J 45 ? GLN J 141 PHE J 145 AC6 5 LYS J 48 ? GLN J 49 ? LYS J 148 GLN J 149 AC7 1 THR K 12 ? LEU K 15 ? THR K 212 LEU K 215 AC7 2 ILE K 3 ? LYS K 6 ? ILE K 203 LYS K 206 AC7 3 THR K 66 ? VAL K 70 ? THR K 266 VAL K 270 AC7 4 ARG K 42 ? PHE K 45 ? ARG K 242 PHE K 245 AC7 5 LYS K 48 ? GLN K 49 ? 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Added 0.05% CHAPSO before vitrification.' _em_buffer.pH 8 _em_buffer.specimen_id 1 _em_buffer.name ? # loop_ _em_entity_assembly.id _em_entity_assembly.parent_id _em_entity_assembly.details _em_entity_assembly.name _em_entity_assembly.source _em_entity_assembly.type _em_entity_assembly.entity_id_list _em_entity_assembly.synonym _em_entity_assembly.oligomeric_details 1 0 ;Ufd1/Npl4/Cdc48 was pre-incubated with polyubiquitylated SUMO-ubiquitin-mEOS and ATP - this class represents the portion of the substrate-bound complex engaged with two folded ubiquitin moieties and one unfolded ubiquitin (state uC) ; ;Saccharomyces cerevisiae Ufd1/Npl4/Cdc48 complex bound to two folded ubiquitin moieties and one unfolded ubiquitin in presence of SUMO-ubquitin(K48polyUb)-mEOS and ATP, state 2 (uC) ; RECOMBINANT COMPLEX 1,2,3,4 ? ? 2 1 ;overall refinement map is "uncopenC_overall_390_postprocess_masked.mrc" and associated half maps are "uncopenC_overall_half1.mrc" and "uncopenC_overall_half2.mrc" ; ;Saccharomyces cerevisiae Ufd1/Npl4/Cdc48 complex bound to two folded ubiquitin moieties and one unfolded ubiquitin in presence of SUMO-ubquitin(K48polyUb)-mEOS and ATP, state 2 (uC) ; RECOMBINANT COMPLEX 1,2,3,4 ? ? 3 1 ;focused refinement map of the Cdc48 is "uncopenC_cdc48_533_postprocess_masked.mrc" and associated half maps are "uncopenC_cdc48_half1.mrc" and "uncopenC_cdc48_half2.mrc" ; 'Cdc48 hexamer' RECOMBINANT COMPLEX 1 ? ? 4 1 ;Focused refinement map of the Ufd1/Npl4 tower with polyubiquitin is "uncopenC_tower_399_postprocess_masked.mrc" and associated half maps are "uncopenC_tower_half1.mrc" and "uncopenC_tower_half2.mrc" ; 'Two folded ubiqutin moieties and one unfolded ubiquitin bound to Ufd1/Npl4' RECOMBINANT COMPLEX 2,3,4 ? ? 5 3 ;focused refinement map of the D1/D2 ATPase domains of Cdc48 is "uncopenC_atpase_526_postprocess_masked.mrc" and associated half maps are "uncopenC_atpase_half1.mrc" and "uncopenC_atpase_half2.mrc" ; 'D1/D2 ATPase domains of the Cdc48 hexamer' RECOMBINANT COMPLEX 1 ? ? 6 4 ;Focused refinement map of the Ufd1/Npl4 tower with polyubiquitin is "uncopenC_tower_399_postprocess_masked.mrc" and associated half maps are "uncopenC_tower_half1.mrc" and "uncopenC_tower_half2.mrc" ; 'Two folded ubiqutin moieties bound to Ufd1/Npl4' RECOMBINANT COMPLEX 2,4 ? ? # _em_imaging.id 1 _em_imaging.entry_id 8DAV _em_imaging.accelerating_voltage 300 _em_imaging.alignment_procedure ? _em_imaging.c2_aperture_diameter ? _em_imaging.calibrated_defocus_max ? _em_imaging.calibrated_defocus_min ? _em_imaging.calibrated_magnification ? _em_imaging.cryogen ? _em_imaging.details ? _em_imaging.electron_source 'FIELD EMISSION GUN' _em_imaging.illumination_mode 'FLOOD BEAM' _em_imaging.microscope_model 'FEI TITAN KRIOS' _em_imaging.mode 'BRIGHT FIELD' _em_imaging.nominal_cs ? _em_imaging.nominal_defocus_max 2800 _em_imaging.nominal_defocus_min 1200 _em_imaging.nominal_magnification ? _em_imaging.recording_temperature_maximum ? _em_imaging.recording_temperature_minimum ? _em_imaging.residual_tilt ? _em_imaging.specimen_holder_model ? _em_imaging.specimen_id 1 _em_imaging.citation_id ? _em_imaging.date ? _em_imaging.temperature ? _em_imaging.tilt_angle_min ? _em_imaging.tilt_angle_max ? _em_imaging.astigmatism ? _em_imaging.detector_distance ? _em_imaging.electron_beam_tilt_params ? _em_imaging.specimen_holder_type ? # _em_vitrification.id 1 _em_vitrification.specimen_id 1 _em_vitrification.chamber_temperature 295 _em_vitrification.cryogen_name ETHANE _em_vitrification.details '8 s wait, 4 s blot before plunging' _em_vitrification.humidity 100 _em_vitrification.instrument 'FEI VITROBOT MARK IV' _em_vitrification.entry_id 8DAV _em_vitrification.citation_id ? _em_vitrification.method ? _em_vitrification.temp ? _em_vitrification.time_resolved_state ? # _em_experiment.entry_id 8DAV _em_experiment.id 1 _em_experiment.aggregation_state PARTICLE _em_experiment.reconstruction_method 'SINGLE PARTICLE' _em_experiment.entity_assembly_id 1 # loop_ _pdbx_validate_close_contact.id _pdbx_validate_close_contact.PDB_model_num _pdbx_validate_close_contact.auth_atom_id_1 _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_1 _pdbx_validate_close_contact.auth_comp_id_1 _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_1 _pdbx_validate_close_contact.PDB_ins_code_1 _pdbx_validate_close_contact.label_alt_id_1 _pdbx_validate_close_contact.auth_atom_id_2 _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_2 _pdbx_validate_close_contact.auth_comp_id_2 _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_2 _pdbx_validate_close_contact.PDB_ins_code_2 _pdbx_validate_close_contact.label_alt_id_2 _pdbx_validate_close_contact.dist 1 1 OG D SER 559 ? ? 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