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'Hurley, J.H.' 6 0000-0001-5054-5445 # loop_ _entity.id _entity.type _entity.src_method _entity.pdbx_description _entity.formula_weight _entity.pdbx_number_of_molecules _entity.pdbx_ec _entity.pdbx_mutation _entity.pdbx_fragment _entity.details 1 polymer man 'Ras-related GTP-binding protein C' 44384.004 1 3.6.5.- ? ? ? 2 polymer man 'Ras-related GTP-binding protein A' 39362.078 1 ? ? ? ? 3 polymer man 'Ragulator complex protein LAMTOR1' 18325.350 1 ? ? ? ? 4 polymer man 'Ragulator complex protein LAMTOR2' 13645.579 1 ? ? ? ? 5 polymer man 'Ragulator complex protein LAMTOR3' 13637.678 1 ? ? ? ? 6 polymer man 'Ragulator complex protein LAMTOR4' 10753.236 1 ? ? ? ? 7 polymer man 'Ragulator complex protein LAMTOR5' 18178.520 1 ? ? ? ? 8 polymer man 'Glutathione S-transferase class-mu 26 kDa isozyme,Sodium-coupled neutral amino acid transporter 9 chimera' 41000.711 1 2.5.1.18 ? ? ? 9 polymer man 'Folliculin-interacting protein 2' 149865.641 1 ? ? ? ? 10 polymer man Folliculin 69143.070 1 ? 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activator 3,MEK-binding partner 1,Mp1,Mitogen-activated protein kinase kinase 1-interacting protein 1,Mitogen-activated protein kinase scaffold protein 1 ; 6 'Late endosomal/lysosomal adaptor and MAPK and MTOR activator 4' 7 'Hepatitis B virus x interacting protein' 8 'GST 26,Sj26 antigen,SjGST,Solute carrier family 38 member 9,Up-regulated in lung cancer 11' 9 'FNIP1-like protein,O6-methylguanine-induced apoptosis 1 protein' 10 'BHD skin lesion fibrofolliculoma protein,Birt-Hogg-Dube syndrome protein' # loop_ _entity_poly.entity_id _entity_poly.type _entity_poly.nstd_linkage _entity_poly.nstd_monomer _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can _entity_poly.pdbx_strand_id _entity_poly.pdbx_target_identifier 1 'polypeptide(L)' no no ;MSLQYGAEETPLAGSYGAADSFPKDFGYGVEEEEEEAAAAGGGVGAGAGGGCGPGGADSSKPRILLMGLRRSGKSSIQKV VFHKMSPNETLFLESTNKIYKDDISNSSFVNFQIWDFPGQMDFFDPTFDYEMIFRGTGALIYVIDAQDDYMEALTRLHIT 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;GAMLRPKALTQVLSQANTGGVQSTLLLNNEGSLLAYSGYGDTDARVTAAIASNIWAAYDRNGNQAFNEDNLKFILMDCME GRVAITRVANLLLCMYAKETVGFGMLKAKAQALVQYLEEPLTQVAAS ; D ? 5 'polypeptide(L)' no no ;MADDLKRFLYKKLPSVEGLHAIVVSDRDGVPVIKVANDNAPEHALRPGFLSTFALATDQGSKLGLSKNKSIICYYNTYQV VQFNRLPLVVSFIASSSANTGLIVSLEKELAPLFEELRQVVEVS ; ;MADDLKRFLYKKLPSVEGLHAIVVSDRDGVPVIKVANDNAPEHALRPGFLSTFALATDQGSKLGLSKNKSIICYYNTYQV VQFNRLPLVVSFIASSSANTGLIVSLEKELAPLFEELRQVVEVS ; E ? 6 'polypeptide(L)' no no ;MTSALTQGLERIPDQLGYLVLSEGAVLASSGDLENDEQAASAISELVSTACGFRLHRGMNVPFKRLSVVFGEHTLLVTVS GQRVFVVKRQNRGREPIDV ; ;MTSALTQGLERIPDQLGYLVLSEGAVLASSGDLENDEQAASAISELVSTACGFRLHRGMNVPFKRLSVVFGEHTLLVTVS GQRVFVVKRQNRGREPIDV ; F ? 7 'polypeptide(L)' no no ;MEPGAGHLDGHRAGSPSLRQALCDGSAVMFSSKERGRCTVINFVPLEAPLRSTPRSRQVTEACGGEGRAVPLGSEPEWSV GGMEATLEQHLEDTMKNPSIVGVLCTDSQGLNLGCRGTLSDEHAGVISVLAQQAAKLTSDPTDIPVVCLESDNGNIMIQK HDGITVAVHKMAS ; ;MEPGAGHLDGHRAGSPSLRQALCDGSAVMFSSKERGRCTVINFVPLEAPLRSTPRSRQVTEACGGEGRAVPLGSEPEWSV 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'Homo sapiens' 9606 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? # loop_ _chem_comp.id _chem_comp.type _chem_comp.mon_nstd_flag _chem_comp.name _chem_comp.pdbx_synonyms _chem_comp.formula _chem_comp.formula_weight ALA 'L-peptide linking' y ALANINE ? 'C3 H7 N O2' 89.093 ARG 'L-peptide linking' y ARGININE ? 'C6 H15 N4 O2 1' 175.209 ASN 'L-peptide linking' y ASPARAGINE ? 'C4 H8 N2 O3' 132.118 ASP 'L-peptide linking' y 'ASPARTIC ACID' ? 'C4 H7 N O4' 133.103 BEF non-polymer . 'BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION' ? 'Be F3 -1' 66.007 CYS 'L-peptide linking' y CYSTEINE ? 'C3 H7 N O2 S' 121.158 CZC non-polymer . ;[(2~{R},3~{S},4~{R},5~{R})-5-[2,6-bis(oxidanylidene)-3~{H}-purin-9-yl]-3,4-bis(oxidanyl)oxolan-2-yl]methyl phosphono hydrogen phosphate ; 'xanthosine diphosphate' 'C10 H14 N4 O12 P2' 444.185 GDP 'RNA linking' n "GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE" ? 'C10 H15 N5 O11 P2' 443.201 GLN 'L-peptide linking' y GLUTAMINE ? 'C5 H10 N2 O3' 146.144 GLU 'L-peptide linking' y 'GLUTAMIC ACID' ? 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MET J 554 LEU J 557 5 ? 4 # _struct_conf_type.id HELX_P _struct_conf_type.criteria ? _struct_conf_type.reference ? # loop_ _struct_conn.id _struct_conn.conn_type_id _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag _struct_conn.pdbx_PDB_id _struct_conn.ptnr1_label_asym_id _struct_conn.ptnr1_label_comp_id _struct_conn.ptnr1_label_seq_id _struct_conn.ptnr1_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id _struct_conn.ptnr1_symmetry _struct_conn.ptnr2_label_asym_id _struct_conn.ptnr2_label_comp_id _struct_conn.ptnr2_label_seq_id _struct_conn.ptnr2_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_symmetry _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code _struct_conn.details _struct_conn.pdbx_dist_value _struct_conn.pdbx_value_order _struct_conn.pdbx_role disulf1 disulf ? ? 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A BEF 502 ? 1_555 107.7 ? # _pdbx_modification_feature.ordinal 1 _pdbx_modification_feature.label_comp_id CYS _pdbx_modification_feature.label_asym_id J _pdbx_modification_feature.label_seq_id 51 _pdbx_modification_feature.label_alt_id ? _pdbx_modification_feature.modified_residue_label_comp_id CYS _pdbx_modification_feature.modified_residue_label_asym_id J _pdbx_modification_feature.modified_residue_label_seq_id 168 _pdbx_modification_feature.modified_residue_label_alt_id ? _pdbx_modification_feature.auth_comp_id CYS _pdbx_modification_feature.auth_asym_id J _pdbx_modification_feature.auth_seq_id 8 _pdbx_modification_feature.PDB_ins_code ? _pdbx_modification_feature.symmetry 1_555 _pdbx_modification_feature.modified_residue_auth_comp_id CYS _pdbx_modification_feature.modified_residue_auth_asym_id J _pdbx_modification_feature.modified_residue_auth_seq_id 125 _pdbx_modification_feature.modified_residue_PDB_ins_code ? _pdbx_modification_feature.modified_residue_symmetry 1_555 _pdbx_modification_feature.comp_id_linking_atom SG _pdbx_modification_feature.modified_residue_id_linking_atom SG _pdbx_modification_feature.modified_residue_id . _pdbx_modification_feature.ref_pcm_id . _pdbx_modification_feature.ref_comp_id . _pdbx_modification_feature.type None _pdbx_modification_feature.category 'Disulfide bridge' # loop_ _struct_mon_prot_cis.pdbx_id _struct_mon_prot_cis.label_comp_id _struct_mon_prot_cis.label_seq_id _struct_mon_prot_cis.label_asym_id _struct_mon_prot_cis.label_alt_id _struct_mon_prot_cis.pdbx_PDB_ins_code _struct_mon_prot_cis.auth_comp_id _struct_mon_prot_cis.auth_seq_id _struct_mon_prot_cis.auth_asym_id _struct_mon_prot_cis.pdbx_label_comp_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_label_seq_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_label_asym_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_PDB_ins_code_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_auth_comp_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_auth_seq_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_auth_asym_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_PDB_model_num _struct_mon_prot_cis.pdbx_omega_angle 1 LEU 86 E . ? LEU 86 E PRO 87 E ? PRO 87 E 1 -24.63 2 VAL 629 I . ? VAL 392 I PRO 630 I ? PRO 393 I 1 -13.31 3 GLY 522 J . ? GLY 479 J PRO 523 J ? PRO 480 J 1 -3.13 # loop_ _struct_sheet.id _struct_sheet.type _struct_sheet.number_strands _struct_sheet.details AA1 ? 6 ? AA2 ? 10 ? AA3 ? 6 ? AA4 ? 2 ? AA5 ? 9 ? AA6 ? 4 ? AA7 ? 3 ? AA8 ? 9 ? AA9 ? 3 ? 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'Homo sapiens' ? ? # loop_ _em_entity_assembly_recombinant.id _em_entity_assembly_recombinant.entity_assembly_id _em_entity_assembly_recombinant.cell _em_entity_assembly_recombinant.ncbi_tax_id _em_entity_assembly_recombinant.organism _em_entity_assembly_recombinant.plasmid _em_entity_assembly_recombinant.strain 2 1 ? 9606 'Homo sapiens' ? ? 3 2 ? 7108 'Spodoptera frugiperda' ? ? 4 3 ? 9606 'Homo sapiens' ? ? # _em_image_processing.id 1 _em_image_processing.image_recording_id 1 _em_image_processing.details ? # _em_image_recording.id 1 _em_image_recording.imaging_id 1 _em_image_recording.avg_electron_dose_per_image 50 _em_image_recording.average_exposure_time ? _em_image_recording.details ? _em_image_recording.detector_mode ? _em_image_recording.film_or_detector_model 'GATAN K3 (6k x 4k)' _em_image_recording.num_diffraction_images ? _em_image_recording.num_grids_imaged ? _em_image_recording.num_real_images ? _em_image_recording.avg_electron_dose_per_subtomogram ? # loop_ _em_software.id _em_software.category _em_software.details _em_software.name _em_software.version _em_software.image_processing_id _em_software.fitting_id _em_software.imaging_id 1 'PARTICLE SELECTION' ? ? ? 1 ? ? 2 'IMAGE ACQUISITION' ? ? ? ? ? 1 3 MASKING ? ? ? ? ? ? 4 'CTF CORRECTION' ? ? ? 1 ? ? 5 'LAYERLINE INDEXING' ? ? ? ? ? ? 6 'DIFFRACTION INDEXING' ? ? ? ? ? ? 7 'MODEL FITTING' ? ? ? ? ? ? 8 'MODEL REFINEMENT' ? ? ? ? ? ? 9 OTHER ? ? ? ? ? ? 10 'INITIAL EULER ASSIGNMENT' ? ? ? 1 ? ? 11 'FINAL EULER ASSIGNMENT' ? ? ? 1 ? ? 12 CLASSIFICATION ? ? ? 1 ? ? 13 RECONSTRUCTION ? ? ? 1 ? ? # _em_specimen.id 1 _em_specimen.experiment_id 1 _em_specimen.concentration 1 _em_specimen.details ? _em_specimen.embedding_applied NO _em_specimen.shadowing_applied NO _em_specimen.staining_applied NO _em_specimen.vitrification_applied YES # loop_ _pdbx_audit_support.funding_organization _pdbx_audit_support.country _pdbx_audit_support.grant_number _pdbx_audit_support.ordinal 'National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)' 'United States' GM111730 1 'National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)' 'United States' GM130995 2 'National Science Foundation (NSF, United States)' 'United States' ? 3 'Italian Association for Cancer Research' Italy ? 4 # _atom_sites.entry_id 8DHB _atom_sites.Cartn_transf_matrix[1][1] ? _atom_sites.Cartn_transf_matrix[1][2] ? _atom_sites.Cartn_transf_matrix[1][3] ? _atom_sites.Cartn_transf_matrix[2][1] ? _atom_sites.Cartn_transf_matrix[2][2] ? _atom_sites.Cartn_transf_matrix[2][3] ? _atom_sites.Cartn_transf_matrix[3][1] ? _atom_sites.Cartn_transf_matrix[3][2] ? _atom_sites.Cartn_transf_matrix[3][3] ? _atom_sites.Cartn_transf_vector[1] ? _atom_sites.Cartn_transf_vector[2] ? _atom_sites.Cartn_transf_vector[3] ? _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] 1.000000 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][2] 0.000000 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][3] 0.000000 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][1] 0.000000 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] 1.000000 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][3] 0.000000 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][1] 0.000000 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][2] 0.000000 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3] 1.000000 _atom_sites.fract_transf_vector[1] 0.00000 _atom_sites.fract_transf_vector[2] 0.00000 _atom_sites.fract_transf_vector[3] 0.00000 _atom_sites.solution_primary ? _atom_sites.solution_secondary ? _atom_sites.solution_hydrogens ? _atom_sites.special_details ? # loop_ _atom_type.symbol BE C F N O P S # loop_