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EMDB EMD-27483 ? ? # loop_ _pdbx_database_related.db_name _pdbx_database_related.details _pdbx_database_related.db_id _pdbx_database_related.content_type PDB . 7U0J unspecified PDB . 7U0G unspecified PDB . 7U0I unspecified EMDB 'Structure of a nucleosome' EMD-27483 'associated EM volume' # _pdbx_database_status.status_code REL _pdbx_database_status.status_code_sf ? _pdbx_database_status.status_code_mr ? _pdbx_database_status.entry_id 8DK5 _pdbx_database_status.recvd_initial_deposition_date 2022-07-02 _pdbx_database_status.SG_entry N _pdbx_database_status.deposit_site RCSB _pdbx_database_status.process_site RCSB _pdbx_database_status.status_code_cs ? _pdbx_database_status.status_code_nmr_data ? _pdbx_database_status.methods_development_category ? _pdbx_database_status.pdb_format_compatible Y # loop_ _audit_author.name _audit_author.pdbx_ordinal _audit_author.identifier_ORCID 'Lian, T.' 1 ? 'Guan, R.' 2 ? 'Bai, Y.' 3 ? # _citation.abstract ? _citation.abstract_id_CAS ? _citation.book_id_ISBN ? _citation.book_publisher ? _citation.book_publisher_city ? _citation.book_title ? _citation.coordinate_linkage ? _citation.country US _citation.database_id_Medline ? _citation.details ? _citation.id primary _citation.journal_abbrev Mol.Cell _citation.journal_id_ASTM MOCEFL _citation.journal_id_CSD 2168 _citation.journal_id_ISSN 1097-2765 _citation.journal_full ? _citation.journal_issue ? _citation.journal_volume 83 _citation.language ? _citation.page_first 1970 _citation.page_last 1982.e6 _citation.title 'Structural mechanism of LIN28B nucleosome targeting by OCT4.' _citation.year 2023 _citation.database_id_CSD ? _citation.pdbx_database_id_DOI 10.1016/j.molcel.2023.05.030 _citation.pdbx_database_id_PubMed 37327775 _citation.pdbx_database_id_patent ? _citation.unpublished_flag ? # loop_ _citation_author.citation_id _citation_author.name _citation_author.ordinal _citation_author.identifier_ORCID primary 'Guan, R.' 1 ? primary 'Lian, T.' 2 ? primary 'Zhou, B.R.' 3 ? primary 'Wheeler, D.' 4 ? primary 'Bai, Y.' 5 ? # _cell.angle_alpha 90.00 _cell.angle_alpha_esd ? _cell.angle_beta 90.00 _cell.angle_beta_esd ? _cell.angle_gamma 90.00 _cell.angle_gamma_esd ? _cell.entry_id 8DK5 _cell.details ? _cell.formula_units_Z ? _cell.length_a 1.00 _cell.length_a_esd ? _cell.length_b 1.00 _cell.length_b_esd ? _cell.length_c 1.00 _cell.length_c_esd ? _cell.volume ? _cell.volume_esd ? _cell.Z_PDB ? _cell.reciprocal_angle_alpha ? _cell.reciprocal_angle_beta ? _cell.reciprocal_angle_gamma ? _cell.reciprocal_angle_alpha_esd ? _cell.reciprocal_angle_beta_esd ? _cell.reciprocal_angle_gamma_esd ? _cell.reciprocal_length_a ? _cell.reciprocal_length_b ? _cell.reciprocal_length_c ? _cell.reciprocal_length_a_esd ? _cell.reciprocal_length_b_esd ? _cell.reciprocal_length_c_esd ? _cell.pdbx_unique_axis ? _cell.pdbx_esd_method ? # _symmetry.entry_id 8DK5 _symmetry.cell_setting ? _symmetry.Int_Tables_number 1 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H2B-GL105,Histone H2B.q,H2B/q' # loop_ _entity_poly.entity_id _entity_poly.type _entity_poly.nstd_linkage _entity_poly.nstd_monomer _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can _entity_poly.pdbx_strand_id _entity_poly.pdbx_target_identifier 1 'polypeptide(L)' no no ;MARTKQTARKSTGGKAPRKQLATKAARKSAPATGGVKKPHRYRPGTVALREIRRYQKSTELLIRKLPFQRLVREIAQDFK TDLRFQSSAVMALQEACEAYLVGLFEDTNLCAIHAKRVTIMPKDIQLARRIRGERA ; ;MARTKQTARKSTGGKAPRKQLATKAARKSAPATGGVKKPHRYRPGTVALREIRRYQKSTELLIRKLPFQRLVREIAQDFK TDLRFQSSAVMALQEACEAYLVGLFEDTNLCAIHAKRVTIMPKDIQLARRIRGERA ; A,E ? 2 'polypeptide(L)' no no ;MSGRGKGGKGLGKGGAKRHRKVLRDNIQGITKPAIRRLARRGGVKRISGLIYEETRGVLKVFLENVIRDAVTYTEHAKRK TVTAMDVVYALKRQGRTLYGFGG ; ;MSGRGKGGKGLGKGGAKRHRKVLRDNIQGITKPAIRRLARRGGVKRISGLIYEETRGVLKVFLENVIRDAVTYTEHAKRK TVTAMDVVYALKRQGRTLYGFGG ; B,F ? 3 'polypeptide(L)' no no ;MSGRGKQGGKARAKAKSRSSRAGLQFPVGRVHRLLRKGNYAERVGAGAPVYMAAVLEYLTAEILELAGNAARDNKKTRII PRHLQLAIRNDEELNKLLGKVTIAQGGVLPNIQAVLLPKKTESHKAKSK ; ;MSGRGKQGGKARAKAKSRSSRAGLQFPVGRVHRLLRKGNYAERVGAGAPVYMAAVLEYLTAEILELAGNAARDNKKTRII PRHLQLAIRNDEELNKLLGKVTIAQGGVLPNIQAVLLPKKTESHKAKSK ; C,G ? 4 'polypeptide(L)' no no ;MPEPAKSAPAPKKGSKKAVTKAQKKDGKKRKRSRKESYSIYVYKVLKQVHPDTGISSKAMGIMNSFVNDIFERIAGEASR LAHYNKRSTITSREIQTAVRLLLPGELAKHAVSEGTKAVTKYTSSK ; ;MPEPAKSAPAPKKGSKKAVTKAQKKDGKKRKRSRKESYSIYVYKVLKQVHPDTGISSKAMGIMNSFVNDIFERIAGEASR LAHYNKRSTITSREIQTAVRLLLPGELAKHAVSEGTKAVTKYTSSK ; D,H ? 5 'polypeptide(L)' no no ;MKSSHHHHHHENLYFQSNAMEVQLQQSGPELVEPGTSVKMPCKASGYTFTSYTIQWVKQTPRQGLEWIGYIYPYNAGTKY NEKFKGKATLTSDKSSSTVYMELSSLTSEDSAVYYCARKSSRLRSTLDYWGQGTSVTVSSGGGGSGGGGSGGGGSMDIKM TQSPSSMHASLGERVTITCKASQDIRSYLSWYQQKPWKSPKTLIYYATSLADGVPSRFSGSGSGQDFSLTINNLESDDTA TYYCLQHGESPYTFGSGTKLEIKRA ; ;MKSSHHHHHHENLYFQSNAMEVQLQQSGPELVEPGTSVKMPCKASGYTFTSYTIQWVKQTPRQGLEWIGYIYPYNAGTKY NEKFKGKATLTSDKSSSTVYMELSSLTSEDSAVYYCARKSSRLRSTLDYWGQGTSVTVSSGGGGSGGGGSGGGGSMDIKM TQSPSSMHASLGERVTITCKASQDIRSYLSWYQQKPWKSPKTLIYYATSLADGVPSRFSGSGSGQDFSLTINNLESDDTA TYYCLQHGESPYTFGSGTKLEIKRA ; K,N ? 6 polydeoxyribonucleotide no no ;(DG)(DC)(DA)(DT)(DA)(DA)(DG)(DT)(DT)(DA)(DA)(DG)(DT)(DG)(DG)(DA)(DG)(DA)(DG)(DA) (DA)(DA)(DG)(DA)(DA)(DT)(DC)(DC)(DT)(DC)(DA)(DG)(DT)(DG)(DG)(DT)(DG)(DA)(DG)(DT) (DA)(DT)(DT)(DA)(DA)(DC)(DA)(DT)(DG)(DG)(DA)(DA)(DC)(DT)(DT)(DA)(DC)(DT)(DC)(DC) (DA)(DA)(DC)(DA)(DA)(DT)(DA)(DC)(DA)(DG)(DA)(DT)(DG)(DC)(DT)(DG)(DA)(DA)(DT)(DA) (DA)(DA)(DT)(DG)(DT)(DA)(DG)(DT)(DC)(DT)(DA)(DA)(DG)(DT)(DG)(DA)(DA)(DG)(DG)(DA) (DA)(DG)(DA)(DA)(DG)(DG)(DA)(DA)(DA)(DG)(DG)(DT)(DG)(DG)(DG)(DA)(DG)(DC)(DT)(DG) (DC)(DC)(DA)(DT)(DC)(DA)(DC)(DT)(DC)(DA)(DG)(DA)(DA)(DT)(DT)(DG)(DT)(DC)(DC)(DA) (DG)(DC)(DA)(DG)(DG)(DG)(DA)(DT)(DT)(DG)(DT)(DG)(DC)(DA)(DA)(DG)(DC)(DT)(DT)(DG) (DT)(DG)(DA)(DA)(DT)(DA)(DA)(DA)(DG)(DA)(DC)(DA)(DC)(DA)(DT)(DA)(DC)(DT)(DT)(DC) (DA)(DT)(DG)(DT)(DA)(DG)(DT) ; ;GCATAAGTTAAGTGGAGAGAAAGAATCCTCAGTGGTGAGTATTAACATGGAACTTACTCCAACAATACAGATGCTGAATA AATGTAGTCTAAGTGAAGGAAGAAGGAAAGGTGGGAGCTGCCATCACTCAGAATTGTCCAGCAGGGATTGTGCAAGCTTG TGAATAAAGACACATACTTCATGTAGT ; I ? 7 polydeoxyribonucleotide no no ;(DA)(DC)(DT)(DA)(DC)(DA)(DT)(DG)(DA)(DA)(DG)(DT)(DA)(DT)(DG)(DT)(DG)(DT)(DC)(DT) (DT)(DT)(DA)(DT)(DT)(DC)(DA)(DC)(DA)(DA)(DG)(DC)(DT)(DT)(DG)(DC)(DA)(DC)(DA)(DA) (DT)(DC)(DC)(DC)(DT)(DG)(DC)(DT)(DG)(DG)(DA)(DC)(DA)(DA)(DT)(DT)(DC)(DT)(DG)(DA) (DG)(DT)(DG)(DA)(DT)(DG)(DG)(DC)(DA)(DG)(DC)(DT)(DC)(DC)(DC)(DA)(DC)(DC)(DT)(DT) (DT)(DC)(DC)(DT)(DT)(DC)(DT)(DT)(DC)(DC)(DT)(DT)(DC)(DA)(DC)(DT)(DT)(DA)(DG)(DA) (DC)(DT)(DA)(DC)(DA)(DT)(DT)(DT)(DA)(DT)(DT)(DC)(DA)(DG)(DC)(DA)(DT)(DC)(DT)(DG) (DT)(DA)(DT)(DT)(DG)(DT)(DT)(DG)(DG)(DA)(DG)(DT)(DA)(DA)(DG)(DT)(DT)(DC)(DC)(DA) (DT)(DG)(DT)(DT)(DA)(DA)(DT)(DA)(DC)(DT)(DC)(DA)(DC)(DC)(DA)(DC)(DT)(DG)(DA)(DG) (DG)(DA)(DT)(DT)(DC)(DT)(DT)(DT)(DC)(DT)(DC)(DT)(DC)(DC)(DA)(DC)(DT)(DT)(DA)(DA) (DC)(DT)(DT)(DA)(DT)(DG)(DC) ; ;ACTACATGAAGTATGTGTCTTTATTCACAAGCTTGCACAATCCCTGCTGGACAATTCTGAGTGATGGCAGCTCCCACCTT TCCTTCTTCCTTCACTTAGACTACATTTATTCAGCATCTGTATTGTTGGAGTAAGTTCCATGTTAATACTCACCACTGAG GATTCTTTCTCTCCACTTAACTTATGC ; J ? # loop_ _entity_poly_seq.entity_id _entity_poly_seq.num _entity_poly_seq.mon_id _entity_poly_seq.hetero 1 1 MET n 1 2 ALA n 1 3 ARG n 1 4 THR n 1 5 LYS n 1 6 GLN n 1 7 THR n 1 8 ALA n 1 9 ARG n 1 10 LYS n 1 11 SER n 1 12 THR n 1 13 GLY n 1 14 GLY n 1 15 LYS n 1 16 ALA n 1 17 PRO n 1 18 ARG n 1 19 LYS n 1 20 GLN n 1 21 LEU n 1 22 ALA n 1 23 THR n 1 24 LYS n 1 25 ALA n 1 26 ALA n 1 27 ARG n 1 28 LYS n 1 29 SER n 1 30 ALA n 1 31 PRO n 1 32 ALA n 1 33 THR n 1 34 GLY n 1 35 GLY n 1 36 VAL n 1 37 LYS n 1 38 LYS n 1 39 PRO n 1 40 HIS n 1 41 ARG n 1 42 TYR n 1 43 ARG n 1 44 PRO n 1 45 GLY n 1 46 THR n 1 47 VAL n 1 48 ALA n 1 49 LEU n 1 50 ARG n 1 51 GLU n 1 52 ILE n 1 53 ARG n 1 54 ARG n 1 55 TYR n 1 56 GLN n 1 57 LYS n 1 58 SER n 1 59 THR n 1 60 GLU n 1 61 LEU n 1 62 LEU n 1 63 ILE n 1 64 ARG n 1 65 LYS n 1 66 LEU n 1 67 PRO n 1 68 PHE n 1 69 GLN n 1 70 ARG n 1 71 LEU n 1 72 VAL n 1 73 ARG n 1 74 GLU n 1 75 ILE n 1 76 ALA n 1 77 GLN n 1 78 ASP n 1 79 PHE n 1 80 LYS n 1 81 THR n 1 82 ASP n 1 83 LEU n 1 84 ARG n 1 85 PHE n 1 86 GLN n 1 87 SER n 1 88 SER n 1 89 ALA n 1 90 VAL n 1 91 MET n 1 92 ALA n 1 93 LEU n 1 94 GLN n 1 95 GLU n 1 96 ALA n 1 97 CYS n 1 98 GLU n 1 99 ALA n 1 100 TYR n 1 101 LEU n 1 102 VAL n 1 103 GLY n 1 104 LEU n 1 105 PHE n 1 106 GLU n 1 107 ASP n 1 108 THR n 1 109 ASN n 1 110 LEU n 1 111 CYS n 1 112 ALA n 1 113 ILE n 1 114 HIS n 1 115 ALA n 1 116 LYS n 1 117 ARG n 1 118 VAL n 1 119 THR n 1 120 ILE n 1 121 MET n 1 122 PRO n 1 123 LYS n 1 124 ASP n 1 125 ILE n 1 126 GLN n 1 127 LEU n 1 128 ALA n 1 129 ARG n 1 130 ARG n 1 131 ILE n 1 132 ARG n 1 133 GLY n 1 134 GLU n 1 135 ARG n 1 136 ALA n 2 1 MET n 2 2 SER n 2 3 GLY n 2 4 ARG n 2 5 GLY n 2 6 LYS n 2 7 GLY n 2 8 GLY n 2 9 LYS n 2 10 GLY n 2 11 LEU n 2 12 GLY n 2 13 LYS n 2 14 GLY n 2 15 GLY n 2 16 ALA n 2 17 LYS n 2 18 ARG n 2 19 HIS n 2 20 ARG n 2 21 LYS n 2 22 VAL n 2 23 LEU n 2 24 ARG n 2 25 ASP n 2 26 ASN n 2 27 ILE n 2 28 GLN n 2 29 GLY n 2 30 ILE n 2 31 THR n 2 32 LYS n 2 33 PRO n 2 34 ALA n 2 35 ILE n 2 36 ARG n 2 37 ARG n 2 38 LEU n 2 39 ALA n 2 40 ARG n 2 41 ARG n 2 42 GLY n 2 43 GLY n 2 44 VAL n 2 45 LYS n 2 46 ARG n 2 47 ILE n 2 48 SER n 2 49 GLY n 2 50 LEU n 2 51 ILE n 2 52 TYR n 2 53 GLU n 2 54 GLU n 2 55 THR n 2 56 ARG n 2 57 GLY n 2 58 VAL n 2 59 LEU n 2 60 LYS n 2 61 VAL n 2 62 PHE n 2 63 LEU n 2 64 GLU n 2 65 ASN n 2 66 VAL n 2 67 ILE n 2 68 ARG n 2 69 ASP n 2 70 ALA n 2 71 VAL n 2 72 THR n 2 73 TYR n 2 74 THR n 2 75 GLU n 2 76 HIS n 2 77 ALA n 2 78 LYS n 2 79 ARG n 2 80 LYS n 2 81 THR n 2 82 VAL n 2 83 THR n 2 84 ALA n 2 85 MET n 2 86 ASP n 2 87 VAL n 2 88 VAL n 2 89 TYR n 2 90 ALA n 2 91 LEU n 2 92 LYS n 2 93 ARG n 2 94 GLN n 2 95 GLY n 2 96 ARG n 2 97 THR n 2 98 LEU n 2 99 TYR n 2 100 GLY n 2 101 PHE n 2 102 GLY n 2 103 GLY n 3 1 MET n 3 2 SER n 3 3 GLY n 3 4 ARG n 3 5 GLY n 3 6 LYS n 3 7 GLN n 3 8 GLY n 3 9 GLY n 3 10 LYS n 3 11 ALA n 3 12 ARG n 3 13 ALA n 3 14 LYS n 3 15 ALA n 3 16 LYS n 3 17 SER n 3 18 ARG n 3 19 SER n 3 20 SER n 3 21 ARG n 3 22 ALA n 3 23 GLY n 3 24 LEU 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'Homo sapiens' 9606 ? ? ? ? ? ? ? ? 'Escherichia coli' 562 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2 1 sample 'Biological sequence' 1 103 human ? ;HIST1H4A, H4/A, H4FA, HIST1H4B, H4/I, H4FI, HIST1H4C, H4/G, H4FG, HIST1H4D, H4/B, H4FB, HIST1H4E, H4/J, H4FJ, HIST1H4F, H4/C, H4FC, HIST1H4H, H4/H, H4FH, HIST1H4I, H4/M, H4FM, HIST1H4J, H4/E, H4FE, HIST1H4K, H4/D, H4FD, HIST1H4L, H4/K, H4FK, HIST2H4A, H4/N, H4F2, H4FN, HIST2H4, HIST2H4B, H4/O, H4FO, HIST4H4 ; ? ? ? ? ? ? 'Homo sapiens' 9606 ? ? ? ? ? ? ? ? 'Escherichia coli' 562 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3 1 sample 'Biological sequence' 1 129 human ? 'H2AC20, H2AFQ, HIST2H2AC' ? ? ? ? ? ? 'Homo sapiens' 9606 ? ? ? ? ? ? ? ? 'Escherichia coli' 562 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 4 1 sample 'Biological sequence' 1 126 human ? 'H2BC21, H2BFQ, HIST2H2BE' ? ? ? ? ? ? 'Homo sapiens' 9606 ? ? ? ? ? ? ? ? 'Escherichia coli' 562 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 5 1 sample 'Biological sequence' 1 265 ? ? ? ? ? ? ? ? ? 'Mus musculus' 10090 ? ? ? ? ? ? ? ? 'Escherichia coli' 562 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? # loop_ _pdbx_entity_src_syn.entity_id _pdbx_entity_src_syn.pdbx_src_id _pdbx_entity_src_syn.pdbx_alt_source_flag _pdbx_entity_src_syn.pdbx_beg_seq_num _pdbx_entity_src_syn.pdbx_end_seq_num _pdbx_entity_src_syn.organism_scientific _pdbx_entity_src_syn.organism_common_name _pdbx_entity_src_syn.ncbi_taxonomy_id _pdbx_entity_src_syn.details 6 1 sample 1 187 'Homo sapiens' human 9606 ? 7 1 sample 1 187 'Homo sapiens' human 9606 ? # loop_ _struct_ref.id _struct_ref.db_name _struct_ref.db_code _struct_ref.pdbx_db_accession _struct_ref.pdbx_db_isoform _struct_ref.entity_id _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code _struct_ref.pdbx_align_begin 1 UNP H31_HUMAN P68431 ? 1 ;MARTKQTARKSTGGKAPRKQLATKAARKSAPATGGVKKPHRYRPGTVALREIRRYQKSTELLIRKLPFQRLVREIAQDFK TDLRFQSSAVMALQEACEAYLVGLFEDTNLCAIHAKRVTIMPKDIQLARRIRGERA ; 1 2 UNP H4_HUMAN P62805 ? 2 ;MSGRGKGGKGLGKGGAKRHRKVLRDNIQGITKPAIRRLARRGGVKRISGLIYEETRGVLKVFLENVIRDAVTYTEHAKRK TVTAMDVVYALKRQGRTLYGFGG ; 1 3 UNP H2A2C_HUMAN Q16777 ? 3 ;MSGRGKQGGKARAKAKSRSSRAGLQFPVGRVHRLLRKGNYAERVGAGAPVYMAAVLEYLTAEILELAGNAARDNKKTRII PRHLQLAIRNDEELNKLLGKVTIAQGGVLPNIQAVLLPKKTESHKAKSK ; 1 4 UNP H2B2E_HUMAN Q16778 ? 4 ;MPEPAKSAPAPKKGSKKAVTKAQKKDGKKRKRSRKESYSIYVYKVLKQVHPDTGISSKAMGIMNSFVNDIFERIAGEASR LAHYNKRSTITSREIQTAVRLLLPGELAKHAVSEGTKAVTKYTSSK ; 1 5 PDB 8DK5 8DK5 ? 5 ? 1 6 GB Z95329.1 2225930 ? 6 ;GCATAAGTTAAGTGGTATTAACATATCCTCAGTGGTGAGTATTAACATGGAACTTACTCCAACAATACAGATGCTGAATA AATGTAGTCTAAGTGAAGGAAGAAGGAAAGGTGGGAGCTGCCATCACTCAGAATTGTCCAGCAGGGATTGTGCAAGCTTG TGAATAAAGACACATACTTCATGTAGT ; 34535 7 GB Z95329.1 2225930 ? 7 ;ACTACATGAAGTATGTGTCTTTATTCACAAGCTTGCACAATCCCTGCTGGACAATTCTGAGTGATGGCAGCTCCCACCTT TCCTTCTTCCTTCACTTAGACTACATTTATTCAGCATCTGTATTGTTGGAGTAAGTTCCATGTTAATACTCACCACTGAG GATATGTTAATACCACTTAACTTATGC ; 34349 # loop_ _struct_ref_seq.align_id _struct_ref_seq.ref_id _struct_ref_seq.pdbx_PDB_id_code _struct_ref_seq.pdbx_strand_id _struct_ref_seq.seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.seq_align_end _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_db_accession _struct_ref_seq.db_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_db_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.db_align_end _struct_ref_seq.pdbx_db_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_end 1 1 8DK5 A 1 ? 136 ? P68431 1 ? 136 ? 0 135 2 2 8DK5 B 1 ? 103 ? P62805 1 ? 103 ? 0 102 3 3 8DK5 C 1 ? 129 ? Q16777 1 ? 129 ? 0 128 4 4 8DK5 D 1 ? 126 ? Q16778 1 ? 126 ? 1 126 5 1 8DK5 E 1 ? 136 ? P68431 1 ? 136 ? 0 135 6 2 8DK5 F 1 ? 103 ? P62805 1 ? 103 ? 0 102 7 3 8DK5 G 1 ? 129 ? Q16777 1 ? 129 ? 0 128 8 4 8DK5 H 1 ? 126 ? Q16778 1 ? 126 ? 1 126 9 5 8DK5 K 1 ? 265 ? 8DK5 3 ? 267 ? 3 267 10 5 8DK5 N 1 ? 265 ? 8DK5 3 ? 267 ? 3 267 11 6 8DK5 I 1 ? 187 ? 2225930 34535 ? 34349 ? -9 177 12 7 8DK5 J 1 ? 187 ? 2225930 34349 ? 34535 ? -14 172 # loop_ _struct_ref_seq_dif.align_id _struct_ref_seq_dif.pdbx_pdb_id_code _struct_ref_seq_dif.mon_id _struct_ref_seq_dif.pdbx_pdb_strand_id _struct_ref_seq_dif.seq_num _struct_ref_seq_dif.pdbx_pdb_ins_code _struct_ref_seq_dif.pdbx_seq_db_name _struct_ref_seq_dif.pdbx_seq_db_accession_code _struct_ref_seq_dif.db_mon_id _struct_ref_seq_dif.pdbx_seq_db_seq_num _struct_ref_seq_dif.details _struct_ref_seq_dif.pdbx_auth_seq_num _struct_ref_seq_dif.pdbx_ordinal 11 8DK5 DA I 16 ? 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'C4 H7 N O4' 133.103 CYS 'L-peptide linking' y CYSTEINE ? 'C3 H7 N O2 S' 121.158 DA 'DNA linking' y "2'-DEOXYADENOSINE-5'-MONOPHOSPHATE" ? 'C10 H14 N5 O6 P' 331.222 DC 'DNA linking' y "2'-DEOXYCYTIDINE-5'-MONOPHOSPHATE" ? 'C9 H14 N3 O7 P' 307.197 DG 'DNA linking' y "2'-DEOXYGUANOSINE-5'-MONOPHOSPHATE" ? 'C10 H14 N5 O7 P' 347.221 DT 'DNA linking' y "THYMIDINE-5'-MONOPHOSPHATE" ? 'C10 H15 N2 O8 P' 322.208 GLN 'L-peptide linking' y GLUTAMINE ? 'C5 H10 N2 O3' 146.144 GLU 'L-peptide linking' y 'GLUTAMIC ACID' ? 'C5 H9 N O4' 147.129 GLY 'peptide linking' y GLYCINE ? 'C2 H5 N O2' 75.067 HIS 'L-peptide linking' y HISTIDINE ? 'C6 H10 N3 O2 1' 156.162 ILE 'L-peptide linking' y ISOLEUCINE ? 'C6 H13 N O2' 131.173 LEU 'L-peptide linking' y LEUCINE ? 'C6 H13 N O2' 131.173 LYS 'L-peptide linking' y LYSINE ? 'C6 H15 N2 O2 1' 147.195 MET 'L-peptide linking' y METHIONINE ? 'C5 H11 N O2 S' 149.211 PHE 'L-peptide linking' y PHENYLALANINE ? 'C9 H11 N O2' 165.189 PRO 'L-peptide linking' y PROLINE ? 'C5 H9 N O2' 115.130 SER 'L-peptide linking' y SERINE ? 'C3 H7 N O3' 105.093 THR 'L-peptide linking' y THREONINE ? 'C4 H9 N O3' 119.119 TRP 'L-peptide linking' y TRYPTOPHAN ? 'C11 H12 N2 O2' 204.225 TYR 'L-peptide linking' y TYROSINE ? 'C9 H11 N O3' 181.189 VAL 'L-peptide linking' y VALINE ? 'C5 H11 N O2' 117.146 # _exptl.absorpt_coefficient_mu ? _exptl.absorpt_correction_T_max ? _exptl.absorpt_correction_T_min ? _exptl.absorpt_correction_type ? _exptl.absorpt_process_details ? _exptl.entry_id 8DK5 _exptl.crystals_number ? _exptl.details ? _exptl.method 'ELECTRON MICROSCOPY' _exptl.method_details ? # _struct.entry_id 8DK5 _struct.title 'Structure of 187bp LIN28b nucleosome with site 0 mutation' _struct.pdbx_model_details ? _struct.pdbx_formula_weight ? _struct.pdbx_formula_weight_method ? _struct.pdbx_model_type_details ? _struct.pdbx_CASP_flag N # _struct_keywords.entry_id 8DK5 _struct_keywords.text 'nucleosome, transcription, CHROMATIN BINDING PROTEIN-DNA complex, TRANSCRIPTION-DNA complex' _struct_keywords.pdbx_keywords TRANSCRIPTION/DNA # loop_ _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.entity_id _struct_asym.details A N N 1 ? B N N 2 ? C N N 3 ? D N N 4 ? E N N 1 ? F N N 2 ? G N N 3 ? H N N 4 ? I N N 5 ? J N N 5 ? 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GLN E 85 ALA E 114 1 ? 30 HELX_P HELX_P21 AC3 MET E 121 ? ARG E 132 ? MET E 120 ARG E 131 1 ? 12 HELX_P HELX_P22 AC4 ASN F 26 ? ILE F 30 ? ASN F 25 ILE F 29 5 ? 5 HELX_P HELX_P23 AC5 THR F 31 ? GLY F 42 ? THR F 30 GLY F 41 1 ? 12 HELX_P HELX_P24 AC6 LEU F 50 ? ALA F 77 ? LEU F 49 ALA F 76 1 ? 28 HELX_P HELX_P25 AC7 THR F 83 ? GLN F 94 ? THR F 82 GLN F 93 1 ? 12 HELX_P HELX_P26 AC8 SER G 17 ? GLY G 23 ? SER G 16 GLY G 22 1 ? 7 HELX_P HELX_P27 AC9 PRO G 27 ? GLY G 38 ? PRO G 26 GLY G 37 1 ? 12 HELX_P HELX_P28 AD1 GLY G 47 ? ASN G 74 ? GLY G 46 ASN G 73 1 ? 28 HELX_P HELX_P29 AD2 ILE G 80 ? ASN G 90 ? ILE G 79 ASN G 89 1 ? 11 HELX_P HELX_P30 AD3 ASP G 91 ? LEU G 98 ? ASP G 90 LEU G 97 1 ? 8 HELX_P HELX_P31 AD4 GLN G 113 ? LEU G 117 ? GLN G 112 LEU G 116 5 ? 5 HELX_P HELX_P32 AD5 TYR H 38 ? HIS H 50 ? TYR H 38 HIS H 50 1 ? 13 HELX_P HELX_P33 AD6 SER H 56 ? ASN H 85 ? SER H 56 ASN H 85 1 ? 30 HELX_P HELX_P34 AD7 THR H 91 ? LEU H 103 ? 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WATSON-CRICK ? ? ? hydrog327 hydrog ? ? K DA 163 N1 ? ? ? 1_555 L DT 25 N3 ? ? I DA 153 J DT 10 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog328 hydrog ? ? K DA 163 N6 ? ? ? 1_555 L DT 25 O4 ? ? I DA 153 J DT 10 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog329 hydrog ? ? K DA 166 N1 ? ? ? 1_555 L DT 22 N3 ? ? I DA 156 J DT 7 1_555 ? ? ? ? ? ? 'DA-DT PAIR' ? ? ? hydrog330 hydrog ? ? K DA 167 N1 ? ? ? 1_555 L DT 21 N3 ? ? I DA 157 J DT 6 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog331 hydrog ? ? K DA 167 N6 ? ? ? 1_555 L DT 21 O4 ? ? I DA 157 J DT 6 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog332 hydrog ? ? K DA 168 N1 ? ? ? 1_555 L DT 20 N3 ? ? I DA 158 J DT 5 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog333 hydrog ? ? K DA 168 N6 ? ? ? 1_555 L DT 20 O4 ? ? I DA 158 J DT 5 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog334 hydrog ? ? K DG 169 N1 ? ? ? 1_555 L DC 19 O2 ? ? I DG 159 J DC 4 1_555 ? ? ? ? ? ? 'DG-DC PAIR' ? ? ? # loop_ _struct_conn_type.id _struct_conn_type.criteria _struct_conn_type.reference disulf ? ? hydrog ? ? # loop_ _struct_sheet.id _struct_sheet.type _struct_sheet.number_strands _struct_sheet.details AA1 ? 2 ? AA2 ? 2 ? AA3 ? 2 ? AA4 ? 2 ? AA5 ? 2 ? AA6 ? 2 ? AA7 ? 2 ? AA8 ? 2 ? AA9 ? 2 ? AB1 ? 2 ? AB2 ? 4 ? AB3 ? 6 ? AB4 ? 6 ? AB5 ? 4 ? AB6 ? 3 ? AB7 ? 2 ? AB8 ? 6 ? AB9 ? 4 ? AC1 ? 3 ? AC2 ? 4 ? AC3 ? 6 ? # loop_ _struct_sheet_order.sheet_id _struct_sheet_order.range_id_1 _struct_sheet_order.range_id_2 _struct_sheet_order.offset _struct_sheet_order.sense AA1 1 2 ? parallel AA2 1 2 ? parallel AA3 1 2 ? parallel AA4 1 2 ? parallel AA5 1 2 ? parallel AA6 1 2 ? parallel AA7 1 2 ? parallel AA8 1 2 ? parallel AA9 1 2 ? parallel AB1 1 2 ? parallel AB2 1 2 ? anti-parallel AB2 2 3 ? anti-parallel AB2 3 4 ? anti-parallel AB3 1 2 ? parallel AB3 2 3 ? anti-parallel AB3 3 4 ? anti-parallel AB3 4 5 ? anti-parallel AB3 5 6 ? anti-parallel AB4 1 2 ? parallel AB4 2 3 ? anti-parallel AB4 3 4 ? anti-parallel AB4 4 5 ? anti-parallel AB4 5 6 ? anti-parallel AB5 1 2 ? parallel AB5 2 3 ? anti-parallel AB5 3 4 ? anti-parallel AB6 1 2 ? anti-parallel AB6 2 3 ? anti-parallel AB7 1 2 ? anti-parallel AB8 1 2 ? parallel AB8 2 3 ? anti-parallel AB8 3 4 ? anti-parallel AB8 4 5 ? anti-parallel AB8 5 6 ? anti-parallel AB9 1 2 ? parallel AB9 2 3 ? anti-parallel AB9 3 4 ? anti-parallel AC1 1 2 ? anti-parallel AC1 2 3 ? anti-parallel AC2 1 2 ? anti-parallel AC2 2 3 ? anti-parallel AC2 3 4 ? anti-parallel AC3 1 2 ? parallel AC3 2 3 ? anti-parallel AC3 3 4 ? anti-parallel AC3 4 5 ? anti-parallel AC3 5 6 ? anti-parallel # loop_ _struct_sheet_range.sheet_id _struct_sheet_range.id _struct_sheet_range.beg_label_comp_id _struct_sheet_range.beg_label_asym_id _struct_sheet_range.beg_label_seq_id _struct_sheet_range.pdbx_beg_PDB_ins_code _struct_sheet_range.end_label_comp_id _struct_sheet_range.end_label_asym_id _struct_sheet_range.end_label_seq_id _struct_sheet_range.pdbx_end_PDB_ins_code _struct_sheet_range.beg_auth_comp_id _struct_sheet_range.beg_auth_asym_id _struct_sheet_range.beg_auth_seq_id _struct_sheet_range.end_auth_comp_id _struct_sheet_range.end_auth_asym_id _struct_sheet_range.end_auth_seq_id AA1 1 ARG A 84 ? PHE A 85 ? ARG A 83 PHE A 84 AA1 2 THR B 81 ? VAL B 82 ? THR B 80 VAL B 81 AA2 1 THR A 119 ? ILE A 120 ? THR A 118 ILE A 119 AA2 2 ARG B 46 ? ILE B 47 ? ARG B 45 ILE B 46 AA3 1 THR B 97 ? TYR B 99 ? THR B 96 TYR B 98 AA3 2 VAL G 101 ? ILE G 103 ? VAL G 100 ILE G 102 AA4 1 ARG C 43 ? VAL C 44 ? ARG C 42 VAL C 43 AA4 2 THR D 89 ? ILE D 90 ? THR D 89 ILE D 90 AA5 1 ARG C 78 ? ILE C 79 ? ARG C 77 ILE C 78 AA5 2 GLY D 54 ? ILE D 55 ? GLY D 54 ILE D 55 AA6 1 VAL C 101 ? ILE C 103 ? VAL C 100 ILE C 102 AA6 2 THR F 97 ? TYR F 99 ? THR F 96 TYR F 98 AA7 1 ARG E 84 ? PHE E 85 ? ARG E 83 PHE E 84 AA7 2 THR F 81 ? VAL F 82 ? THR F 80 VAL F 81 AA8 1 THR E 119 ? ILE E 120 ? THR E 118 ILE E 119 AA8 2 ARG F 46 ? ILE F 47 ? ARG F 45 ILE F 46 AA9 1 ARG G 43 ? VAL G 44 ? ARG G 42 VAL G 43 AA9 2 THR H 89 ? ILE H 90 ? THR H 89 ILE H 90 AB1 1 ARG G 78 ? ILE G 79 ? ARG G 77 ILE G 78 AB1 2 GLY H 54 ? ILE H 55 ? GLY H 54 ILE H 55 AB2 1 GLN I 23 ? GLN I 26 ? GLN K 25 GLN K 28 AB2 2 SER I 37 ? SER I 45 ? SER K 39 SER K 47 AB2 3 THR I 98 ? SER I 104 ? THR K 100 SER K 106 AB2 4 ALA I 88 ? ASP I 93 ? ALA K 90 ASP K 95 AB3 1 GLU I 30 ? VAL I 32 ? GLU K 32 VAL K 34 AB3 2 THR I 134 ? VAL I 138 ? THR K 136 VAL K 140 AB3 3 ALA I 112 ? SER I 120 ? ALA K 114 SER K 122 AB3 4 TYR I 52 ? THR I 60 ? TYR K 54 THR K 62 AB3 5 GLY I 64 ? TYR I 72 ? GLY K 66 TYR K 74 AB3 6 GLY I 77 ? TYR I 80 ? GLY K 79 TYR K 82 AB4 1 SER I 166 ? ALA I 169 ? SER K 168 ALA K 171 AB4 2 THR I 258 ? ILE I 262 ? THR K 260 ILE K 264 AB4 3 ALA I 240 ? GLN I 246 ? ALA K 242 GLN K 248 AB4 4 LEU I 189 ? GLN I 194 ? LEU K 191 GLN K 196 AB4 5 PRO I 200 ? TYR I 205 ? PRO K 202 TYR K 207 AB4 6 SER I 209 ? LEU I 210 ? SER K 211 LEU K 212 AB5 1 SER I 166 ? ALA I 169 ? SER K 168 ALA K 171 AB5 2 THR I 258 ? ILE I 262 ? THR K 260 ILE K 264 AB5 3 ALA I 240 ? GLN I 246 ? ALA K 242 GLN K 248 AB5 4 THR I 253 ? PHE I 254 ? THR K 255 PHE K 256 AB6 1 VAL I 175 ? THR I 178 ? VAL K 177 THR K 180 AB6 2 ASP I 226 ? ILE I 231 ? ASP K 228 ILE K 233 AB6 3 PHE I 218 ? SER I 223 ? PHE K 220 SER K 225 AB7 1 GLN J 23 ? GLN J 25 ? GLN N 25 GLN N 27 AB7 2 LYS J 43 ? SER J 45 ? LYS N 45 SER N 47 AB8 1 GLU J 30 ? VAL J 32 ? GLU N 32 VAL N 34 AB8 2 THR J 134 ? VAL J 138 ? THR N 136 VAL N 140 AB8 3 ALA J 112 ? SER J 120 ? ALA N 114 SER N 122 AB8 4 TYR J 52 ? THR J 60 ? TYR N 54 THR N 62 AB8 5 GLY J 64 ? TYR J 72 ? GLY N 66 TYR N 74 AB8 6 GLY J 77 ? TYR J 80 ? GLY N 79 TYR N 82 AB9 1 GLU J 30 ? VAL J 32 ? GLU N 32 VAL N 34 AB9 2 THR J 134 ? VAL J 138 ? THR N 136 VAL N 140 AB9 3 ALA J 112 ? SER J 120 ? ALA N 114 SER N 122 AB9 4 TYR J 129 ? TRP J 130 ? TYR N 131 TRP N 132 AC1 1 SER J 37 ? PRO J 41 ? SER N 39 PRO N 43 AC1 2 THR J 98 ? SER J 104 ? THR N 100 SER N 106 AC1 3 ALA J 88 ? ASP J 93 ? ALA N 90 ASP N 95 AC2 1 MET J 160 ? GLN J 162 ? MET N 162 GLN N 164 AC2 2 VAL J 175 ? ALA J 181 ? VAL N 177 ALA N 183 AC2 3 ASP J 226 ? ILE J 231 ? ASP N 228 ILE N 233 AC2 4 PHE J 218 ? SER J 223 ? PHE N 220 SER N 225 AC3 1 SER J 166 ? ALA J 169 ? SER N 168 ALA N 171 AC3 2 THR J 258 ? ILE J 262 ? THR N 260 ILE N 264 AC3 3 ALA J 240 ? GLN J 246 ? ALA N 242 GLN N 248 AC3 4 LEU J 189 ? GLN J 194 ? LEU N 191 GLN N 196 AC3 5 PRO J 200 ? TYR J 205 ? PRO N 202 TYR N 207 AC3 6 SER J 209 ? LEU J 210 ? SER N 211 LEU N 212 # loop_ _pdbx_struct_sheet_hbond.sheet_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_id_1 _pdbx_struct_sheet_hbond.range_id_2 _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_label_atom_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_label_comp_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_label_asym_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_label_seq_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_PDB_ins_code _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_auth_atom_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_auth_comp_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_auth_asym_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_auth_seq_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_label_atom_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_label_comp_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_label_asym_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_label_seq_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_PDB_ins_code _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_auth_atom_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_auth_comp_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_auth_asym_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_auth_seq_id AA1 1 2 N ARG A 84 ? N ARG A 83 O VAL B 82 ? O VAL B 81 AA2 1 2 N ILE A 120 ? N ILE A 119 O ARG B 46 ? O ARG B 45 AA3 1 2 N THR B 97 ? N THR B 96 O THR G 102 ? O THR G 101 AA4 1 2 N ARG C 43 ? N ARG C 42 O ILE D 90 ? O ILE D 90 AA5 1 2 N ILE C 79 ? N ILE C 78 O GLY D 54 ? O GLY D 54 AA6 1 2 N THR C 102 ? N THR C 101 O THR F 97 ? O THR F 96 AA7 1 2 N ARG E 84 ? N ARG E 83 O VAL F 82 ? O VAL F 81 AA8 1 2 N ILE E 120 ? N ILE E 119 O ARG F 46 ? O ARG F 45 AA9 1 2 N ARG G 43 ? N ARG G 42 O ILE H 90 ? O ILE H 90 AB1 1 2 N ILE G 79 ? N ILE G 78 O GLY H 54 ? O GLY H 54 AB2 1 2 N GLN I 25 ? N GLN K 27 O LYS I 43 ? O LYS K 45 AB2 2 3 N VAL I 38 ? N VAL K 40 O LEU I 103 ? O LEU K 105 AB2 3 4 O GLU I 102 ? O GLU K 104 N THR I 89 ? N THR K 91 AB3 1 2 N GLU I 30 ? N GLU K 32 O SER I 135 ? O SER K 137 AB3 2 3 O VAL I 136 ? O VAL K 138 N ALA I 112 ? N ALA K 114 AB3 3 4 O TYR I 115 ? O TYR K 117 N VAL I 57 ? N VAL K 59 AB3 4 5 N LYS I 58 ? N LYS K 60 O GLU I 66 ? O GLU K 68 AB3 5 6 N TYR I 70 ? N TYR K 72 O LYS I 79 ? O LYS K 81 AB4 1 2 N MET I 167 ? N MET K 169 O LYS I 259 ? O LYS K 261 AB4 2 3 O LEU I 260 ? O LEU K 262 N ALA I 240 ? N ALA K 242 AB4 3 4 O THR I 241 ? O THR K 243 N GLN I 194 ? N GLN K 196 AB4 4 5 N GLN I 193 ? N GLN K 195 O LYS I 201 ? O LYS K 203 AB4 5 6 N TYR I 205 ? N TYR K 207 O SER I 209 ? O SER K 211 AB5 1 2 N MET I 167 ? N MET K 169 O LYS I 259 ? O LYS K 261 AB5 2 3 O LEU I 260 ? O LEU K 262 N ALA I 240 ? N ALA K 242 AB5 3 4 N GLN I 246 ? N GLN K 248 O THR I 253 ? O THR K 255 AB6 1 2 N ILE I 177 ? N ILE K 179 O LEU I 229 ? O LEU K 231 AB6 2 3 O SER I 228 ? O SER K 230 N SER I 221 ? N SER K 223 AB7 1 2 N GLN J 23 ? N GLN N 25 O SER J 45 ? O SER N 47 AB8 1 2 N VAL J 32 ? N VAL N 34 O THR J 137 ? O THR N 139 AB8 2 3 O VAL J 136 ? O VAL N 138 N ALA J 112 ? N ALA N 114 AB8 3 4 O ALA J 117 ? O ALA N 119 N GLN J 55 ? N GLN N 57 AB8 4 5 N TRP J 56 ? N TRP N 58 O GLY J 69 ? O GLY N 71 AB8 5 6 N TYR J 72 ? N TYR N 74 O GLY J 77 ? O GLY N 79 AB9 1 2 N VAL J 32 ? N VAL N 34 O THR J 137 ? O THR N 139 AB9 2 3 O VAL J 136 ? O VAL N 138 N ALA J 112 ? N ALA N 114 AB9 3 4 N ARG J 118 ? N ARG N 120 O TYR J 129 ? O TYR N 131 AC1 1 2 N VAL J 38 ? N VAL N 40 O LEU J 103 ? O LEU N 105 AC1 2 3 O THR J 98 ? O THR N 100 N ASP J 93 ? N ASP N 95 AC2 1 2 N THR J 161 ? N THR N 163 O LYS J 180 ? O LYS N 182 AC2 2 3 N VAL J 175 ? N VAL N 177 O ILE J 231 ? O ILE N 233 AC2 3 4 O SER J 228 ? O SER N 230 N SER J 221 ? N SER N 223 AC3 1 2 N MET J 167 ? N MET N 169 O LYS J 259 ? O LYS N 261 AC3 2 3 O LEU J 260 ? O LEU N 262 N ALA J 240 ? N ALA N 242 AC3 3 4 O THR J 241 ? O THR N 243 N GLN J 194 ? N GLN N 196 AC3 4 5 N GLN J 193 ? N GLN N 195 O LYS J 201 ? O LYS N 203 AC3 5 6 N TYR J 205 ? N TYR N 207 O SER J 209 ? O SER N 211 # _atom_sites.entry_id 8DK5 _atom_sites.Cartn_transf_matrix[1][1] ? _atom_sites.Cartn_transf_matrix[1][2] ? _atom_sites.Cartn_transf_matrix[1][3] ? _atom_sites.Cartn_transf_matrix[2][1] ? _atom_sites.Cartn_transf_matrix[2][2] ? _atom_sites.Cartn_transf_matrix[2][3] ? _atom_sites.Cartn_transf_matrix[3][1] ? _atom_sites.Cartn_transf_matrix[3][2] ? _atom_sites.Cartn_transf_matrix[3][3] ? _atom_sites.Cartn_transf_vector[1] ? _atom_sites.Cartn_transf_vector[2] ? _atom_sites.Cartn_transf_vector[3] ? _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] 1.000000 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][2] 0.000000 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][3] 0.000000 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][1] 0.000000 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] 1.000000 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][3] 0.000000 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][1] 0.000000 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][2] 0.000000 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3] 1.000000 _atom_sites.fract_transf_vector[1] 0.00000 _atom_sites.fract_transf_vector[2] 0.00000 _atom_sites.fract_transf_vector[3] 0.00000 _atom_sites.solution_primary ? _atom_sites.solution_secondary ? _atom_sites.solution_hydrogens ? _atom_sites.special_details ? # loop_ _atom_type.symbol C N O P S # loop_ _database_PDB_caveat.id _database_PDB_caveat.text 1 ;Residues DG I 92 and DA I 93 that are next to each other in the sample sequence are not properly linked: distance between O3' and P is 1.38. ; 2 ;Residues DG I 110 and DC I 111 that are next to each other in the sample sequence are not properly linked: distance between O3' and P is 1.39. ; # loop_ _pdbx_poly_seq_scheme.asym_id _pdbx_poly_seq_scheme.entity_id _pdbx_poly_seq_scheme.seq_id _pdbx_poly_seq_scheme.mon_id _pdbx_poly_seq_scheme.ndb_seq_num _pdbx_poly_seq_scheme.pdb_seq_num _pdbx_poly_seq_scheme.auth_seq_num _pdbx_poly_seq_scheme.pdb_mon_id _pdbx_poly_seq_scheme.auth_mon_id _pdbx_poly_seq_scheme.pdb_strand_id _pdbx_poly_seq_scheme.pdb_ins_code _pdbx_poly_seq_scheme.hetero A 1 1 MET 1 0 ? ? ? 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