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'Homo sapiens' 9606 ? ? ? ? ? ? ? human 'Homo sapiens' 9606 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? # loop_ _struct_ref.id _struct_ref.db_name _struct_ref.db_code _struct_ref.pdbx_db_accession _struct_ref.pdbx_db_isoform _struct_ref.entity_id _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code _struct_ref.pdbx_align_begin 1 UNP SPIKE_SARS2 P0DTC2 ? 1 ;MFVFLVLLPLVSSQCVNLTTRTQLPPAYTNSFTRGVYYPDKVFRSSVLHSTQDLFLPFFSNVTWFHAIHVSGTNGTKRFD NPVLPFNDGVYFASTEKSNIIRGWIFGTTLDSKTQSLLIVNNATNVVIKVCEFQFCNDPFLGVYYHKNNKSWMESEFRVY SSANNCTFEYVSQPFLMDLEGKQGNFKNLREFVFKNIDGYFKIYSKHTPINLVRDLPQGFSALEPLVDLPIGINITRFQT LLALHRSYLTPGDSSSGWTAGAAAYYVGYLQPRTFLLKYNENGTITDAVDCALDPLSETKCTLKSFTVEKGIYQTSNFRV QPTESIVRFPNITNLCPFGEVFNATRFASVYAWNRKRISNCVADYSVLYNSASFSTFKCYGVSPTKLNDLCFTNVYADSF VIRGDEVRQIAPGQTGKIADYNYKLPDDFTGCVIAWNSNNLDSKVGGNYNYLYRLFRKSNLKPFERDISTEIYQAGSTPC NGVEGFNCYFPLQSYGFQPTNGVGYQPYRVVVLSFELLHAPATVCGPKKSTNLVKNKCVNFNFNGLTGTGVLTESNKKFL PFQQFGRDIADTTDAVRDPQTLEILDITPCSFGGVSVITPGTNTSNQVAVLYQDVNCTEVPVAIHADQLTPTWRVYSTGS NVFQTRAGCLIGAEHVNNSYECDIPIGAGICASYQTQTNSPRRARSVASQSIIAYTMSLGAENSVAYSNNSIAIPTNFTI SVTTEILPVSMTKTSVDCTMYICGDSTECSNLLLQYGSFCTQLNRALTGIAVEQDKNTQEVFAQVKQIYKTPPIKDFGGF NFSQILPDPSKPSKRSFIEDLLFNKVTLADAGFIKQYGDCLGDIAARDLICAQKFNGLTVLPPLLTDEMIAQYTSALLAG TITSGWTFGAGAALQIPFAMQMAYRFNGIGVTQNVLYENQKLIANQFNSAIGKIQDSLSSTASALGKLQDVVNQNAQALN TLVKQLSSNFGAISSVLNDILSRLDKVEAEVQIDRLITGRLQSLQTYVTQQLIRAAEIRASANLAATKMSECVLGQSKRV DFCGKGYHLMSFPQSAPHGVVFLHVTYVPAQEKNFTTAPAICHDGKAHFPREGVFVSNGTHWFVTQRNFYEPQIITTDNT FVSGNCDVVIGIVNNTVYDPLQPELDSFKEELDKYFKNHTSPDVDLGDISGINASVVNIQKEIDRLNEVAKNLNESLIDL QELGKYEQ ; 1 2 PDB 8DLS 8DLS ? 2 ? 1 3 PDB 8DLS 8DLS ? 3 ? 1 # loop_ _struct_ref_seq.align_id _struct_ref_seq.ref_id _struct_ref_seq.pdbx_PDB_id_code _struct_ref_seq.pdbx_strand_id _struct_ref_seq.seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.seq_align_end _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_db_accession _struct_ref_seq.db_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_db_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.db_align_end _struct_ref_seq.pdbx_db_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_end 1 1 8DLS A 1 ? 1208 ? 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'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.8831 ? 5597 ? f_angle_d ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.0623 ? 635 ? f_chiral_restr ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.0070 ? 705 ? f_plane_restr ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 6.0107 ? 579 ? f_dihedral_angle_d ? ? # _struct.entry_id 8DLS _struct.title 'Cryo-EM structure of SARS-CoV-2 Gamma (P.1) spike protein in complex with Fab 4A8 (focused refinement of NTD and 4A8)' _struct.pdbx_model_details ? _struct.pdbx_formula_weight ? _struct.pdbx_formula_weight_method ? _struct.pdbx_model_type_details ? _struct.pdbx_CASP_flag N # _struct_keywords.entry_id 8DLS _struct_keywords.text 'SARS-CoV-2, glycoprotein, fusion protein, viral protein, Viral Protein-Immune System complex, Gamma, P.1, 4A8' _struct_keywords.pdbx_keywords 'VIRAL PROTEIN' # loop_ _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.entity_id _struct_asym.details A N N 1 ? B N N 2 ? C N N 3 ? D N N 4 ? E N N 5 ? F N N 5 ? G N N 5 ? H N N 5 ? I N N 5 ? # loop_ _struct_conf.conf_type_id _struct_conf.id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_id _struct_conf.beg_label_comp_id _struct_conf.beg_label_asym_id _struct_conf.beg_label_seq_id _struct_conf.pdbx_beg_PDB_ins_code _struct_conf.end_label_comp_id _struct_conf.end_label_asym_id _struct_conf.end_label_seq_id _struct_conf.pdbx_end_PDB_ins_code _struct_conf.beg_auth_comp_id _struct_conf.beg_auth_asym_id _struct_conf.beg_auth_seq_id _struct_conf.end_auth_comp_id _struct_conf.end_auth_asym_id _struct_conf.end_auth_seq_id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_class _struct_conf.details _struct_conf.pdbx_PDB_helix_length HELX_P HELX_P1 AA1 THR B 47 ? THR B 49 ? THR H 47 THR H 49 5 ? 3 HELX_P HELX_P2 AA2 ARG B 106 ? THR B 110 ? ARG H 106 THR H 110 5 ? 5 HELX_P HELX_P3 AA3 GLU C 104 ? VAL C 108 ? 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A ASN 234 A NAG 1304 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.437 ? N-Glycosylation covale6 covale one ? A ASN 282 ND2 ? ? ? 1_555 I NAG . C1 ? ? A ASN 282 A NAG 1305 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.437 ? N-Glycosylation covale7 covale both ? D NAG . O4 ? ? ? 1_555 D NAG . C1 ? ? B NAG 1 B NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.450 ? ? # loop_ _struct_conn_type.id _struct_conn_type.criteria _struct_conn_type.reference disulf ? ? covale ? ? # loop_ _struct_mon_prot_cis.pdbx_id _struct_mon_prot_cis.label_comp_id _struct_mon_prot_cis.label_seq_id _struct_mon_prot_cis.label_asym_id _struct_mon_prot_cis.label_alt_id _struct_mon_prot_cis.pdbx_PDB_ins_code _struct_mon_prot_cis.auth_comp_id _struct_mon_prot_cis.auth_seq_id _struct_mon_prot_cis.auth_asym_id _struct_mon_prot_cis.pdbx_label_comp_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_label_seq_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_label_asym_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_PDB_ins_code_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_auth_comp_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_auth_seq_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_auth_asym_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_PDB_model_num _struct_mon_prot_cis.pdbx_omega_angle 1 SER 27 C . ? SER 27 L PRO 28 C ? PRO 28 L 1 -11.53 2 PHE 119 C . ? PHE 119 L PRO 120 C ? PRO 120 L 1 1.29 # loop_ _struct_sheet.id _struct_sheet.type _struct_sheet.number_strands _struct_sheet.details AA1 ? 7 ? AA2 ? 3 ? AA3 ? 4 ? AA4 ? 6 ? AA5 ? 4 ? AA6 ? 6 ? AA7 ? 4 ? AA8 ? 2 ? AA9 ? 4 ? AB1 ? 6 ? # loop_ _struct_sheet_order.sheet_id _struct_sheet_order.range_id_1 _struct_sheet_order.range_id_2 _struct_sheet_order.offset _struct_sheet_order.sense AA1 1 2 ? anti-parallel AA1 2 3 ? anti-parallel AA1 3 4 ? anti-parallel AA1 4 5 ? anti-parallel AA1 5 6 ? anti-parallel AA1 6 7 ? anti-parallel AA2 1 2 ? anti-parallel AA2 2 3 ? anti-parallel AA3 1 2 ? anti-parallel AA3 2 3 ? parallel AA3 3 4 ? anti-parallel AA4 1 2 ? anti-parallel AA4 2 3 ? anti-parallel AA4 3 4 ? anti-parallel AA4 4 5 ? anti-parallel AA4 5 6 ? anti-parallel AA5 1 2 ? anti-parallel AA5 2 3 ? anti-parallel AA5 3 4 ? anti-parallel AA6 1 2 ? parallel AA6 2 3 ? anti-parallel AA6 3 4 ? anti-parallel AA6 4 5 ? anti-parallel AA6 5 6 ? anti-parallel AA7 1 2 ? parallel AA7 2 3 ? anti-parallel AA7 3 4 ? anti-parallel AA8 1 2 ? anti-parallel AA9 1 2 ? anti-parallel AA9 2 3 ? anti-parallel AA9 3 4 ? anti-parallel AB1 1 2 ? parallel AB1 2 3 ? anti-parallel AB1 3 4 ? anti-parallel AB1 4 5 ? anti-parallel AB1 5 6 ? anti-parallel # loop_ _struct_sheet_range.sheet_id _struct_sheet_range.id _struct_sheet_range.beg_label_comp_id _struct_sheet_range.beg_label_asym_id _struct_sheet_range.beg_label_seq_id _struct_sheet_range.pdbx_beg_PDB_ins_code _struct_sheet_range.end_label_comp_id _struct_sheet_range.end_label_asym_id _struct_sheet_range.end_label_seq_id _struct_sheet_range.pdbx_end_PDB_ins_code _struct_sheet_range.beg_auth_comp_id _struct_sheet_range.beg_auth_asym_id _struct_sheet_range.beg_auth_seq_id _struct_sheet_range.end_auth_comp_id _struct_sheet_range.end_auth_asym_id _struct_sheet_range.end_auth_seq_id AA1 1 SER A 26 ? 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GLN H 22 GLU H 25 AA5 2 VAL B 39 ? SER B 44 ? VAL H 39 SER H 44 AA5 3 THR B 97 ? LEU B 102 ? THR H 97 LEU H 102 AA5 4 VAL B 87 ? ASP B 92 ? VAL H 87 ASP H 92 AA6 1 GLU B 29 ? LYS B 31 ? GLU H 29 LYS H 31 AA6 2 THR B 141 ? VAL B 145 ? THR H 141 VAL H 145 AA6 3 ALA B 111 ? THR B 119 ? ALA H 111 THR H 119 AA6 4 LEU B 51 ? GLN B 58 ? LEU H 51 GLN H 58 AA6 5 GLU B 65 ? PHE B 70 ? GLU H 65 PHE H 70 AA6 6 THR B 77 ? TYR B 79 ? THR H 77 TYR H 79 AA7 1 GLU B 29 ? LYS B 31 ? GLU H 29 LYS H 31 AA7 2 THR B 141 ? VAL B 145 ? THR H 141 VAL H 145 AA7 3 ALA B 111 ? THR B 119 ? ALA H 111 THR H 119 AA7 4 VAL B 136 ? TRP B 137 ? VAL H 136 TRP H 137 AA8 1 VAL B 121 ? GLY B 123 ? VAL H 121 GLY H 123 AA8 2 PHE B 128 ? TYR B 130 ? PHE H 128 TYR H 130 AA9 1 MET C 24 ? SER C 27 ? MET L 24 SER L 27 AA9 2 ALA C 39 ? SER C 45 ? ALA L 39 SER L 45 AA9 3 ASP C 95 ? ILE C 100 ? ASP L 95 ILE L 100 AA9 4 PHE C 87 ? ALA C 92 ? PHE L 87 ALA L 92 AB1 1 SER C 30 ? PRO C 32 ? SER L 30 PRO L 32 AB1 2 THR C 127 ? ASP C 130 ? THR L 127 ASP L 130 AB1 3 GLY C 109 ? GLN C 115 ? GLY L 109 GLN L 115 AB1 4 LEU C 58 ? GLN C 63 ? LEU L 58 GLN L 63 AB1 5 ARG C 70 ? TYR C 74 ? ARG L 70 TYR L 74 AB1 6 ASN C 78 ? ARG C 79 ? 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C SER 201 1253 1 Y 1 L SER 202 ? C SER 202 1254 1 Y 1 L TYR 203 ? C TYR 203 1255 1 Y 1 L LEU 204 ? C LEU 204 1256 1 Y 1 L SER 205 ? C SER 205 1257 1 Y 1 L LEU 206 ? C LEU 206 1258 1 Y 1 L THR 207 ? C THR 207 1259 1 Y 1 L PRO 208 ? C PRO 208 1260 1 Y 1 L GLU 209 ? C GLU 209 1261 1 Y 1 L GLN 210 ? C GLN 210 1262 1 Y 1 L TRP 211 ? C TRP 211 1263 1 Y 1 L LYS 212 ? C LYS 212 1264 1 Y 1 L SER 213 ? C SER 213 1265 1 Y 1 L HIS 214 ? C HIS 214 1266 1 Y 1 L ARG 215 ? C ARG 215 1267 1 Y 1 L SER 216 ? C SER 216 1268 1 Y 1 L TYR 217 ? C TYR 217 1269 1 Y 1 L SER 218 ? C SER 218 1270 1 Y 1 L CYS 219 ? C CYS 219 1271 1 Y 1 L GLN 220 ? C GLN 220 1272 1 Y 1 L VAL 221 ? C VAL 221 1273 1 Y 1 L THR 222 ? C THR 222 1274 1 Y 1 L HIS 223 ? C HIS 223 1275 1 Y 1 L GLU 224 ? C GLU 224 1276 1 Y 1 L GLY 225 ? C GLY 225 1277 1 Y 1 L SER 226 ? C SER 226 1278 1 Y 1 L THR 227 ? C THR 227 1279 1 Y 1 L VAL 228 ? C VAL 228 1280 1 Y 1 L GLU 229 ? C GLU 229 1281 1 Y 1 L LYS 230 ? C LYS 230 1282 1 Y 1 L THR 231 ? C THR 231 1283 1 Y 1 L VAL 232 ? C VAL 232 1284 1 Y 1 L ALA 233 ? C ALA 233 1285 1 Y 1 L PRO 234 ? C PRO 234 1286 1 Y 1 L THR 235 ? C THR 235 1287 1 Y 1 L GLU 236 ? C GLU 236 1288 1 Y 1 L CYS 237 ? C CYS 237 1289 1 Y 1 L SER 238 ? C SER 238 # _em_ctf_correction.id 1 _em_ctf_correction.em_image_processing_id 1 _em_ctf_correction.type 'PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION' _em_ctf_correction.details ? # loop_ _em_entity_assembly_naturalsource.id _em_entity_assembly_naturalsource.entity_assembly_id _em_entity_assembly_naturalsource.cell _em_entity_assembly_naturalsource.cellular_location _em_entity_assembly_naturalsource.ncbi_tax_id _em_entity_assembly_naturalsource.organ _em_entity_assembly_naturalsource.organelle _em_entity_assembly_naturalsource.organism _em_entity_assembly_naturalsource.strain _em_entity_assembly_naturalsource.tissue 2 1 ? ? 2697049 ? ? 'Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2' ? ? 4 3 ? ? 9606 ? ? 'Homo sapiens' ? ? 5 2 ? ? 2697049 ? ? 'Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2' ? ? 6 3 ? ? 9606 ? ? 'Homo sapiens' ? ? # loop_ _em_entity_assembly_recombinant.id _em_entity_assembly_recombinant.entity_assembly_id _em_entity_assembly_recombinant.cell _em_entity_assembly_recombinant.ncbi_tax_id _em_entity_assembly_recombinant.organism _em_entity_assembly_recombinant.plasmid _em_entity_assembly_recombinant.strain 2 1 ? 9606 'Homo sapiens' ? ? 4 3 ? 562 'Escherichia coli' ? ? 5 2 ? 9606 'Homo sapiens' ? ? 6 3 ? 9606 'Homo sapiens' ? ? # _em_image_processing.id 1 _em_image_processing.image_recording_id 1 _em_image_processing.details ? # _em_image_recording.id 1 _em_image_recording.imaging_id 1 _em_image_recording.avg_electron_dose_per_image 40 _em_image_recording.average_exposure_time ? _em_image_recording.details ? _em_image_recording.detector_mode ? _em_image_recording.film_or_detector_model 'FEI FALCON IV (4k x 4k)' _em_image_recording.num_diffraction_images ? _em_image_recording.num_grids_imaged ? _em_image_recording.num_real_images ? _em_image_recording.avg_electron_dose_per_subtomogram ? # loop_ _em_software.id _em_software.category _em_software.details _em_software.name _em_software.version _em_software.image_processing_id _em_software.fitting_id _em_software.imaging_id 1 'PARTICLE SELECTION' ? ? ? 1 ? ? 2 'IMAGE ACQUISITION' ? ? ? ? ? 1 3 MASKING ? ? ? ? ? ? 4 'CTF CORRECTION' ? ? ? 1 ? ? 5 'LAYERLINE INDEXING' ? ? ? ? ? ? 6 'DIFFRACTION INDEXING' ? ? ? ? ? ? 7 'MODEL FITTING' ? ? ? ? ? ? 8 'MODEL REFINEMENT' ? ? ? ? ? ? 9 OTHER ? ? ? ? ? ? 10 'INITIAL EULER ASSIGNMENT' ? ? ? 1 ? ? 11 'FINAL EULER ASSIGNMENT' ? ? ? 1 ? ? 12 CLASSIFICATION ? ? ? 1 ? ? 13 RECONSTRUCTION ? ? ? 1 ? ? # _em_specimen.id 1 _em_specimen.experiment_id 1 _em_specimen.concentration ? _em_specimen.details ? _em_specimen.embedding_applied NO _em_specimen.shadowing_applied NO _em_specimen.staining_applied NO _em_specimen.vitrification_applied YES # loop_ _pdbx_audit_support.funding_organization _pdbx_audit_support.country _pdbx_audit_support.grant_number _pdbx_audit_support.ordinal 'Canada Excellence Research Chair Award' Canada 'Precision Cancer Drug Design' 1 'Other government' ? 'COVID-19 research' 2 # loop_ _pdbx_branch_scheme.asym_id _pdbx_branch_scheme.entity_id _pdbx_branch_scheme.mon_id _pdbx_branch_scheme.num _pdbx_branch_scheme.pdb_asym_id _pdbx_branch_scheme.pdb_mon_id _pdbx_branch_scheme.pdb_seq_num _pdbx_branch_scheme.auth_asym_id _pdbx_branch_scheme.auth_mon_id _pdbx_branch_scheme.auth_seq_num _pdbx_branch_scheme.hetero D 4 NAG 1 B NAG 1 A NAG 2122 n D 4 NAG 2 B NAG 2 A NAG 2123 n # loop_ _pdbx_chem_comp_identifier.comp_id _pdbx_chem_comp_identifier.type _pdbx_chem_comp_identifier.program _pdbx_chem_comp_identifier.program_version _pdbx_chem_comp_identifier.identifier NAG 'CONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL' GMML 1.0 DGlcpNAcb NAG 'COMMON NAME' GMML 1.0 N-acetyl-b-D-glucopyranosamine NAG 'IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL' PDB-CARE 1.0 b-D-GlcpNAc NAG 'SNFG CARBOHYDRATE SYMBOL' GMML 1.0 GlcNAc # _pdbx_entity_branch.entity_id 4 _pdbx_entity_branch.type oligosaccharide # loop_ _pdbx_entity_branch_descriptor.ordinal _pdbx_entity_branch_descriptor.entity_id _pdbx_entity_branch_descriptor.descriptor _pdbx_entity_branch_descriptor.type _pdbx_entity_branch_descriptor.program _pdbx_entity_branch_descriptor.program_version 1 4 DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1- 'Glycam Condensed Sequence' GMML 1.0 2 4 'WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1' WURCS PDB2Glycan 1.1.0 3 4 '[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}' LINUCS PDB-CARE ? # _pdbx_entity_branch_link.link_id 1 _pdbx_entity_branch_link.entity_id 4 _pdbx_entity_branch_link.entity_branch_list_num_1 2 _pdbx_entity_branch_link.comp_id_1 NAG _pdbx_entity_branch_link.atom_id_1 C1 _pdbx_entity_branch_link.leaving_atom_id_1 O1 _pdbx_entity_branch_link.entity_branch_list_num_2 1 _pdbx_entity_branch_link.comp_id_2 NAG _pdbx_entity_branch_link.atom_id_2 O4 _pdbx_entity_branch_link.leaving_atom_id_2 HO4 _pdbx_entity_branch_link.value_order sing _pdbx_entity_branch_link.details ? # loop_ _pdbx_entity_branch_list.entity_id _pdbx_entity_branch_list.comp_id _pdbx_entity_branch_list.num _pdbx_entity_branch_list.hetero 4 NAG 1 n 4 NAG 2 n # _pdbx_entity_nonpoly.entity_id 5 _pdbx_entity_nonpoly.name 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose _pdbx_entity_nonpoly.comp_id NAG # _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.id 1 _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.experimental_support 'electron microscopy' _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.details ? # _space_group.crystal_system triclinic _space_group.name_H-M_alt 'P 1' _space_group.IT_number 1 _space_group.name_Hall 'P 1' _space_group.id 1 #