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'Macaca mulatta' 9544 ? ? ? ? ? ? ? ? 'Homo sapiens' 9606 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2 1 sample 'Biological sequence' 1 230 ? ? ? ? ? ? ? ? ? 'Macaca mulatta' 9544 ? ? ? ? ? ? ? ? 'Homo sapiens' 9606 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3 1 sample 'Biological sequence' 1 153 ? ? env ? ? ? ? ? ? 'Human immunodeficiency virus 1' 11676 ? ? ? ? ? ? ? ? 'Homo sapiens' 9606 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 4 1 sample 'Biological sequence' 1 481 ? ? env ? ? ? ? ? ? 'Human immunodeficiency virus 1' 11676 ? ? ? ? ? ? ? ? 'Homo sapiens' 9606 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? # loop_ _struct_ref.id _struct_ref.db_name _struct_ref.db_code _struct_ref.pdbx_db_accession _struct_ref.pdbx_db_isoform _struct_ref.entity_id _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code _struct_ref.pdbx_align_begin 1 PDB 8DP1 8DP1 ? 1 ? 1 2 PDB 8DP1 8DP1 ? 2 ? 1 3 UNP Q2N0S6_9HIV1 Q2N0S6 ? 3 ;AVGIGAVFLGFLGAAGSTMGAASMTLTVQARNLLSGIVQQQSNLLRAIEAQQHLLKLTVWGIKQLQARVLAVERYLRDQQ LLGIWGCSGKLICTTNVPWNSSWSNRNLSEIWDNMTWLQWDKEISNYTQIIYGLLEESQNQQEKNEQDLLALD ; 509 4 UNP Q2N0S6_9HIV1 Q2N0S6 ? 4 ;AENLWVTVYYGVPVWKDAETTLFCASDAKAYETEKHNVWATHACVPTDPNPQEIHLENVTEEFNMWKNNMVEQMHTDIIS LWDQSLKPCVKLTPLCVTLQCTNVTNNITDDMRGELKNCSFNMTTELRDKKQKVYSLFYRLDVVQINENQGNRSNNSNKE YRLINCNTSAITQACPKVSFEPIPIHYCAPAGFAILKCKDKKFNGTGPCPSVSTVQCTHGIKPVVSTQLLLNGSLAEEEV MIRSENITNNAKNILVQFNTPVQINCTRPNNNTRKSIRIGPGQAFYATGDIIGDIRQAHCTVSKATWNETLGKVVKQLRK HFGNNTIIRFANSSGGDLEVTTHSFNCGGEFFYCNTSGLFNSTWISNTSVQGSNSTGSNDSITLPCRIKQIINMWQRIGQ AMYAPPIQGVIRCVSNITGLILTRDGGSTNSTTETFRPGGGDMRDNWRSELYKYKVVKIEPLGVAPTRAKRRVVGR ; 30 # loop_ _struct_ref_seq.align_id _struct_ref_seq.ref_id _struct_ref_seq.pdbx_PDB_id_code _struct_ref_seq.pdbx_strand_id _struct_ref_seq.seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.seq_align_end _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_db_accession _struct_ref_seq.db_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_db_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.db_align_end _struct_ref_seq.pdbx_db_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_end 1 1 8DP1 M 1 ? 219 ? 8DP1 1 ? 219 ? 1 219 2 2 8DP1 R 1 ? 230 ? 8DP1 1 ? 230 ? 1 230 3 3 8DP1 S 1 ? 153 ? Q2N0S6 509 ? 661 ? 512 664 4 4 8DP1 W 1 ? 476 ? Q2N0S6 30 ? 505 ? 31 508 5 4 8DP1 B 1 ? 476 ? Q2N0S6 30 ? 505 ? 31 508 6 2 8DP1 E 1 ? 230 ? 8DP1 1 ? 230 ? 1 230 7 1 8DP1 F 1 ? 219 ? 8DP1 1 ? 219 ? 1 219 8 3 8DP1 H 1 ? 153 ? Q2N0S6 509 ? 661 ? 512 664 9 4 8DP1 J 1 ? 476 ? Q2N0S6 30 ? 505 ? 31 508 10 2 8DP1 N 1 ? 230 ? 8DP1 1 ? 230 ? 1 230 11 1 8DP1 O 1 ? 219 ? 8DP1 1 ? 219 ? 1 219 12 3 8DP1 Q 1 ? 153 ? Q2N0S6 509 ? 661 ? 512 664 # loop_ _struct_ref_seq_dif.align_id _struct_ref_seq_dif.pdbx_pdb_id_code _struct_ref_seq_dif.mon_id _struct_ref_seq_dif.pdbx_pdb_strand_id _struct_ref_seq_dif.seq_num _struct_ref_seq_dif.pdbx_pdb_ins_code _struct_ref_seq_dif.pdbx_seq_db_name _struct_ref_seq_dif.pdbx_seq_db_accession_code _struct_ref_seq_dif.db_mon_id _struct_ref_seq_dif.pdbx_seq_db_seq_num _struct_ref_seq_dif.details _struct_ref_seq_dif.pdbx_auth_seq_num _struct_ref_seq_dif.pdbx_ordinal 3 8DP1 PRO S 48 ? UNP Q2N0S6 ILE 556 conflict 559 1 3 8DP1 CYS S 94 ? UNP Q2N0S6 THR 602 conflict 605 2 4 8DP1 ALA W 107 ? UNP Q2N0S6 ASN 136 'engineered mutation' 137 3 4 8DP1 ASN W 301 ? UNP Q2N0S6 THR 330 'engineered mutation' 332 4 4 8DP1 CYS W 469 ? UNP Q2N0S6 ALA 498 conflict 501 5 4 8DP1 ARG W 477 ? UNP Q2N0S6 ? ? 'expression tag' 509 6 4 8DP1 ARG W 478 ? UNP Q2N0S6 ? ? 'expression tag' 510 7 4 8DP1 ARG W 479 ? UNP Q2N0S6 ? ? 'expression tag' 511 8 4 8DP1 ARG W 480 ? UNP Q2N0S6 ? ? 'expression tag' 512 9 4 8DP1 ARG W 481 ? UNP Q2N0S6 ? ? 'expression tag' 513 10 5 8DP1 ALA B 107 ? UNP Q2N0S6 ASN 136 'engineered mutation' 137 11 5 8DP1 ASN B 301 ? UNP Q2N0S6 THR 330 'engineered mutation' 332 12 5 8DP1 CYS B 469 ? UNP Q2N0S6 ALA 498 conflict 501 13 5 8DP1 ARG B 477 ? UNP Q2N0S6 ? ? 'expression tag' 509 14 5 8DP1 ARG B 478 ? UNP Q2N0S6 ? ? 'expression tag' 510 15 5 8DP1 ARG B 479 ? UNP Q2N0S6 ? ? 'expression tag' 511 16 5 8DP1 ARG B 480 ? UNP Q2N0S6 ? ? 'expression tag' 512 17 5 8DP1 ARG B 481 ? UNP Q2N0S6 ? ? 'expression tag' 513 18 8 8DP1 PRO H 48 ? UNP Q2N0S6 ILE 556 conflict 559 19 8 8DP1 CYS H 94 ? UNP Q2N0S6 THR 602 conflict 605 20 9 8DP1 ALA J 107 ? UNP Q2N0S6 ASN 136 'engineered mutation' 137 21 9 8DP1 ASN J 301 ? UNP Q2N0S6 THR 330 'engineered mutation' 332 22 9 8DP1 CYS J 469 ? UNP Q2N0S6 ALA 498 conflict 501 23 9 8DP1 ARG J 477 ? UNP Q2N0S6 ? ? 'expression tag' 509 24 9 8DP1 ARG J 478 ? UNP Q2N0S6 ? ? 'expression tag' 510 25 9 8DP1 ARG J 479 ? UNP Q2N0S6 ? ? 'expression tag' 511 26 9 8DP1 ARG J 480 ? UNP Q2N0S6 ? ? 'expression tag' 512 27 9 8DP1 ARG J 481 ? UNP Q2N0S6 ? ? 'expression tag' 513 28 12 8DP1 PRO Q 48 ? UNP Q2N0S6 ILE 556 conflict 559 29 12 8DP1 CYS Q 94 ? UNP Q2N0S6 THR 602 conflict 605 30 # loop_ _chem_comp.id _chem_comp.type _chem_comp.mon_nstd_flag _chem_comp.name _chem_comp.pdbx_synonyms _chem_comp.formula _chem_comp.formula_weight ALA 'L-peptide linking' y ALANINE ? 'C3 H7 N O2' 89.093 ARG 'L-peptide linking' y ARGININE ? 'C6 H15 N4 O2 1' 175.209 ASN 'L-peptide linking' y ASPARAGINE ? 'C4 H8 N2 O3' 132.118 ASP 'L-peptide linking' y 'ASPARTIC ACID' ? 'C4 H7 N O4' 133.103 BMA 'D-saccharide, beta linking' . beta-D-mannopyranose 'beta-D-mannose; D-mannose; mannose' 'C6 H12 O6' 180.156 CYS 'L-peptide linking' y CYSTEINE ? 'C3 H7 N O2 S' 121.158 GLN 'L-peptide linking' y GLUTAMINE ? 'C5 H10 N2 O3' 146.144 GLU 'L-peptide linking' y 'GLUTAMIC ACID' ? 'C5 H9 N O4' 147.129 GLY 'peptide linking' y GLYCINE ? 'C2 H5 N O2' 75.067 HIS 'L-peptide linking' y HISTIDINE ? 'C6 H10 N3 O2 1' 156.162 ILE 'L-peptide linking' y ISOLEUCINE ? 'C6 H13 N O2' 131.173 LEU 'L-peptide linking' y LEUCINE ? 'C6 H13 N O2' 131.173 LYS 'L-peptide linking' y LYSINE ? 'C6 H15 N2 O2 1' 147.195 MAN 'D-saccharide, alpha linking' . alpha-D-mannopyranose 'alpha-D-mannose; D-mannose; mannose' 'C6 H12 O6' 180.156 MET 'L-peptide linking' y METHIONINE ? 'C5 H11 N O2 S' 149.211 NAG 'D-saccharide, beta linking' . 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose ;N-acetyl-beta-D-glucosamine; 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose; 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose; 2-acetamido-2-deoxy-glucose; N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE ; 'C8 H15 N O6' 221.208 PHE 'L-peptide linking' y PHENYLALANINE ? 'C9 H11 N O2' 165.189 PRO 'L-peptide linking' y PROLINE ? 'C5 H9 N O2' 115.130 SER 'L-peptide linking' y SERINE ? 'C3 H7 N O3' 105.093 THR 'L-peptide linking' y THREONINE ? 'C4 H9 N O3' 119.119 TRP 'L-peptide linking' y TRYPTOPHAN ? 'C11 H12 N2 O2' 204.225 TYR 'L-peptide linking' y TYROSINE ? 'C9 H11 N O3' 181.189 VAL 'L-peptide linking' y VALINE ? 'C5 H11 N O2' 117.146 # _exptl.absorpt_coefficient_mu ? _exptl.absorpt_correction_T_max ? _exptl.absorpt_correction_T_min ? _exptl.absorpt_correction_type ? _exptl.absorpt_process_details ? _exptl.entry_id 8DP1 _exptl.crystals_number ? _exptl.details ? _exptl.method 'ELECTRON MICROSCOPY' _exptl.method_details ? # _refine.pdbx_refine_id 'ELECTRON MICROSCOPY' _refine.entry_id 8DP1 _refine.pdbx_diffrn_id ? _refine.pdbx_TLS_residual_ADP_flag ? _refine.ls_number_reflns_obs ? _refine.ls_number_reflns_all ? _refine.pdbx_ls_sigma_I ? _refine.pdbx_ls_sigma_F ? _refine.pdbx_data_cutoff_high_absF ? _refine.pdbx_data_cutoff_low_absF ? _refine.pdbx_data_cutoff_high_rms_absF ? _refine.ls_d_res_low ? _refine.ls_d_res_high . _refine.ls_percent_reflns_obs ? _refine.ls_R_factor_obs ? _refine.ls_R_factor_all ? _refine.ls_R_factor_R_work ? _refine.ls_R_factor_R_free ? _refine.ls_R_factor_R_free_error ? _refine.ls_R_factor_R_free_error_details ? _refine.ls_percent_reflns_R_free ? _refine.ls_number_reflns_R_free ? _refine.ls_number_parameters ? _refine.ls_number_restraints ? _refine.occupancy_min ? _refine.occupancy_max ? _refine.correlation_coeff_Fo_to_Fc ? _refine.correlation_coeff_Fo_to_Fc_free ? _refine.B_iso_mean ? _refine.aniso_B[1][1] ? _refine.aniso_B[2][2] ? _refine.aniso_B[3][3] ? _refine.aniso_B[1][2] ? _refine.aniso_B[1][3] ? _refine.aniso_B[2][3] ? _refine.solvent_model_details ? _refine.solvent_model_param_ksol ? _refine.solvent_model_param_bsol ? _refine.pdbx_solvent_vdw_probe_radii ? _refine.pdbx_solvent_ion_probe_radii ? _refine.pdbx_solvent_shrinkage_radii ? _refine.pdbx_ls_cross_valid_method ? _refine.details ? _refine.pdbx_starting_model ? _refine.pdbx_method_to_determine_struct ? _refine.pdbx_isotropic_thermal_model ? _refine.pdbx_stereochemistry_target_values ? _refine.pdbx_stereochem_target_val_spec_case ? _refine.pdbx_R_Free_selection_details ? _refine.pdbx_overall_ESU_R ? _refine.pdbx_overall_ESU_R_Free ? _refine.overall_SU_ML ? _refine.pdbx_overall_phase_error ? _refine.overall_SU_B ? _refine.overall_SU_R_Cruickshank_DPI ? _refine.pdbx_overall_SU_R_free_Cruickshank_DPI ? _refine.pdbx_overall_SU_R_Blow_DPI ? _refine.pdbx_overall_SU_R_free_Blow_DPI ? # loop_ _refine_ls_restr.pdbx_refine_id _refine_ls_restr.criterion _refine_ls_restr.dev_ideal _refine_ls_restr.dev_ideal_target _refine_ls_restr.number _refine_ls_restr.rejects _refine_ls_restr.type _refine_ls_restr.weight _refine_ls_restr.pdbx_restraint_function 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.013 ? 25519 ? f_bond_d ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 1.831 ? 34674 ? f_angle_d ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 13.786 ? 9527 ? f_dihedral_angle_d ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.115 ? 4173 ? f_chiral_restr ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.017 ? 4302 ? f_plane_restr ? ? # _struct.entry_id 8DP1 _struct.title 'Cryo-EM structure of HIV-1 Env(BG505.T332N SOSIP) in complex with DH1030.1 Fab' _struct.pdbx_model_details ? _struct.pdbx_formula_weight ? _struct.pdbx_formula_weight_method ? _struct.pdbx_model_type_details ? _struct.pdbx_CASP_flag N # _struct_keywords.entry_id 8DP1 _struct_keywords.text 'HIV-1 Env, VIRAL PROTEIN, VIRAL PROTEIN-Immune System complex' _struct_keywords.pdbx_keywords 'VIRAL PROTEIN/Immune System' # loop_ _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.entity_id _struct_asym.details A N N 1 ? B N N 2 ? C N N 3 ? D N N 4 ? E N N 4 ? F N N 2 ? G N N 1 ? H N N 3 ? I N N 4 ? J N N 2 ? K N N 1 ? L N N 3 ? M N N 5 ? N N N 6 ? O N N 6 ? P N N 7 ? Q N N 7 ? R N N 5 ? S N N 6 ? T N N 7 ? U N N 7 ? V N N 6 ? W N N 5 ? X N N 6 ? Y N N 7 ? Z N N 7 ? AA N N 8 ? BA N N 9 ? CA N N 9 ? DA N N 9 ? EA N N 9 ? FA N N 9 ? GA N N 9 ? HA N N 9 ? IA N N 9 ? JA N N 9 ? KA N N 9 ? LA N N 9 ? MA N N 9 ? NA N N 9 ? OA N N 9 ? PA N N 9 ? QA N N 9 ? RA N N 9 ? SA N N 9 ? TA N N 9 ? UA N N 9 ? VA N N 9 ? WA N N 9 ? XA N N 9 ? YA N N 9 ? ZA N N 9 ? AB N N 9 ? BB N N 9 ? CB N N 9 ? DB N N 9 ? EB N N 9 ? FB N N 9 ? GB N N 9 ? 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ARG R 87 THR R 91 5 ? 5 HELX_P HELX_P7 AA7 SER B 139 ? GLU B 145 ? SER R 139 GLU R 145 1 ? 7 HELX_P HELX_P8 AA8 SER B 199 ? LEU B 201 ? SER R 199 LEU R 201 5 ? 3 HELX_P HELX_P9 AA9 THR C 18 ? SER C 23 ? THR S 529 SER S 534 1 ? 6 HELX_P HELX_P10 AB1 THR C 25 ? ARG C 31 ? THR S 536 ARG S 542 1 ? 7 HELX_P HELX_P11 AB2 THR C 58 ? TRP C 85 ? THR S 569 TRP S 596 1 ? 28 HELX_P HELX_P12 AB3 LEU C 108 ? ASP C 113 ? LEU S 619 ASP S 624 1 ? 6 HELX_P HELX_P13 AB4 THR C 116 ? SER C 125 ? THR S 627 SER S 636 1 ? 10 HELX_P HELX_P14 AB5 TYR C 127 ? ALA C 151 ? TYR S 638 ALA S 662 1 ? 25 HELX_P HELX_P15 AB6 ALA D 40 ? CYS D 44 ? ALA W 70 CYS W 74 5 ? 5 HELX_P HELX_P16 AB7 ASN D 69 ? LYS D 87 ? ASN W 99 LYS W 117 1 ? 19 HELX_P HELX_P17 AB8 LEU D 92 ? CYS D 96 ? LEU W 122 CYS W 126 5 ? 5 HELX_P HELX_P18 AB9 ASP D 111 ? GLY D 114 ? ASP W 141 GLY W 152 5 ? 4 HELX_P HELX_P19 AC1 SER D 303 ? GLY D 323 ? SER W 334 GLY W 354 1 ? 21 HELX_P HELX_P20 AC2 ASP D 337 ? THR D 342 ? 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B CYS 126 B CYS 196 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.036 ? ? disulf19 disulf ? ? E CYS 101 SG ? ? ? 1_555 E CYS 119 SG ? ? B CYS 131 B CYS 157 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.031 ? ? disulf20 disulf ? ? E CYS 188 SG ? ? ? 1_555 E CYS 217 SG ? ? B CYS 218 B CYS 247 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.035 ? ? disulf21 disulf ? ? E CYS 198 SG ? ? ? 1_555 E CYS 209 SG ? ? B CYS 228 B CYS 239 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.042 ? ? disulf22 disulf ? ? E CYS 266 SG ? ? ? 1_555 E CYS 300 SG ? ? B CYS 296 B CYS 331 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.036 ? ? disulf23 disulf ? ? E CYS 347 SG ? ? ? 1_555 E CYS 413 SG ? ? B CYS 378 B CYS 445 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.030 ? ? disulf24 disulf ? ? E CYS 354 SG ? ? ? 1_555 E CYS 386 SG ? ? B CYS 385 B CYS 418 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.031 ? ? disulf25 disulf ? ? E CYS 469 SG ? ? ? 1_555 H CYS 94 SG ? ? B CYS 501 H CYS 605 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.025 ? ? disulf26 disulf ? ? F CYS 22 SG ? ? ? 1_555 F CYS 96 SG ? ? E CYS 22 E CYS 96 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.028 ? ? disulf27 disulf ? ? 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I CYS 198 SG ? ? ? 1_555 I CYS 209 SG ? ? J CYS 228 J CYS 239 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.038 ? ? disulf37 disulf ? ? I CYS 266 SG ? ? ? 1_555 I CYS 300 SG ? ? J CYS 296 J CYS 331 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.036 ? ? disulf38 disulf ? ? I CYS 347 SG ? ? ? 1_555 I CYS 413 SG ? ? J CYS 378 J CYS 445 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.036 ? ? disulf39 disulf ? ? I CYS 354 SG ? ? ? 1_555 I CYS 386 SG ? ? J CYS 385 J CYS 418 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.026 ? ? disulf40 disulf ? ? I CYS 469 SG ? ? ? 1_555 L CYS 94 SG ? ? J CYS 501 Q CYS 605 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.020 ? ? disulf41 disulf ? ? J CYS 22 SG ? ? ? 1_555 J CYS 96 SG ? ? N CYS 22 N CYS 96 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.030 ? ? disulf42 disulf ? ? J CYS 152 SG ? ? ? 1_555 J CYS 208 SG ? ? N CYS 152 N CYS 208 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.027 ? ? disulf43 disulf ? ? K CYS 23 SG ? ? ? 1_555 K CYS 93 SG ? ? O CYS 23 O CYS 93 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.048 ? ? disulf44 disulf ? ? K CYS 139 SG ? ? ? 1_555 K CYS 199 SG ? ? O CYS 139 O CYS 199 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.032 ? ? disulf45 disulf ? ? 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D ASN 204 ND2 ? ? ? 1_555 HA NAG . C1 ? ? W ASN 234 W NAG 604 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.448 ? N-Glycosylation covale9 covale one ? D ASN 232 ND2 ? ? ? 1_555 N NAG . C1 ? ? W ASN 262 C NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.454 ? N-Glycosylation covale10 covale one ? D ASN 246 ND2 ? ? ? 1_555 IA NAG . C1 ? ? W ASN 276 W NAG 605 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.456 ? N-Glycosylation covale11 covale one ? D ASN 265 ND2 ? ? ? 1_555 Q NAG . C1 ? ? W ASN 295 I NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.443 ? N-Glycosylation covale12 covale one ? D ASN 271 ND2 ? ? ? 1_555 P NAG . C1 ? ? W ASN 301 G NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.444 ? N-Glycosylation covale13 covale one ? D ASN 301 ND2 ? ? ? 1_555 M NAG . C1 ? ? W ASN 332 A NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.446 ? N-Glycosylation covale14 covale one ? D ASN 324 ND2 ? ? ? 1_555 JA NAG . C1 ? ? W ASN 355 W NAG 606 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.452 ? N-Glycosylation covale15 covale one ? D ASN 332 ND2 ? ? ? 1_555 KA NAG . C1 ? ? W ASN 363 W NAG 607 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.451 ? N-Glycosylation covale16 covale one ? D ASN 355 ND2 ? ? ? 1_555 LA NAG . C1 ? ? W ASN 386 W NAG 608 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.445 ? N-Glycosylation covale17 covale one ? E ASN 103 ND2 ? ? ? 1_555 MA NAG . C1 ? ? B ASN 133 B NAG 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.452 ? N-Glycosylation covale18 covale one ? E ASN 118 ND2 ? ? ? 1_555 S NAG . C1 ? ? B ASN 156 L NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.447 ? N-Glycosylation covale19 covale one ? E ASN 122 ND2 ? ? ? 1_555 NA NAG . C1 ? ? B ASN 160 B NAG 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.445 ? N-Glycosylation covale20 covale one ? E ASN 167 ND2 ? ? ? 1_555 OA NAG . C1 ? ? B ASN 197 B NAG 603 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.452 ? N-Glycosylation covale21 covale one ? E ASN 204 ND2 ? ? ? 1_555 PA NAG . C1 ? ? B ASN 234 B NAG 604 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.442 ? N-Glycosylation covale22 covale one ? E ASN 232 ND2 ? ? ? 1_555 V NAG . C1 ? ? B ASN 262 U NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.448 ? N-Glycosylation covale23 covale one ? E ASN 246 ND2 ? ? ? 1_555 QA NAG . C1 ? ? B ASN 276 B NAG 605 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.458 ? N-Glycosylation covale24 covale one ? E ASN 265 ND2 ? ? ? 1_555 T NAG . C1 ? ? B ASN 295 P NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.446 ? N-Glycosylation covale25 covale one ? E ASN 271 ND2 ? ? ? 1_555 U NAG . C1 ? ? B ASN 301 T NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.447 ? N-Glycosylation covale26 covale one ? E ASN 324 ND2 ? ? ? 1_555 RA NAG . C1 ? ? B ASN 355 B NAG 606 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.450 ? N-Glycosylation covale27 covale one ? E ASN 332 ND2 ? ? ? 1_555 SA NAG . C1 ? ? B ASN 363 B NAG 607 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.450 ? N-Glycosylation covale28 covale one ? E ASN 355 ND2 ? ? ? 1_555 TA NAG . C1 ? ? B ASN 386 B NAG 608 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.442 ? N-Glycosylation covale29 covale one ? H ASN 100 ND2 ? ? ? 1_555 UA NAG . C1 ? ? H ASN 611 H NAG 701 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.447 ? N-Glycosylation covale30 covale one ? H ASN 114 ND2 ? ? ? 1_555 VA NAG . C1 ? ? H ASN 625 H NAG 702 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.443 ? N-Glycosylation covale31 covale one ? H ASN 126 ND2 ? ? ? 1_555 WA NAG . C1 ? ? H ASN 637 H NAG 703 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.447 ? N-Glycosylation covale32 covale one ? I ASN 103 ND2 ? ? ? 1_555 XA NAG . C1 ? ? J ASN 133 J NAG 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.451 ? N-Glycosylation covale33 covale one ? I ASN 118 ND2 ? ? ? 1_555 X NAG . C1 ? ? J ASN 156 X NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.447 ? N-Glycosylation covale34 covale one ? I ASN 122 ND2 ? ? ? 1_555 YA NAG . C1 ? ? J ASN 160 J NAG 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.445 ? N-Glycosylation covale35 covale one ? I ASN 167 ND2 ? ? ? 1_555 ZA NAG . C1 ? ? J ASN 197 J NAG 603 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.445 ? N-Glycosylation covale36 covale one ? I ASN 204 ND2 ? ? ? 1_555 AB NAG . C1 ? ? J ASN 234 J NAG 604 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.446 ? N-Glycosylation covale37 covale one ? I ASN 232 ND2 ? ? ? 1_555 AA NAG . C1 ? ? J ASN 262 a NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.441 ? N-Glycosylation covale38 covale one ? I ASN 246 ND2 ? ? ? 1_555 BB NAG . C1 ? ? J ASN 276 J NAG 605 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.458 ? 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Q ASN 625 Q NAG 702 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.442 ? N-Glycosylation covale47 covale one ? L ASN 126 ND2 ? ? ? 1_555 HB NAG . C1 ? ? Q ASN 637 Q NAG 703 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.444 ? N-Glycosylation covale48 covale both ? M NAG . O4 ? ? ? 1_555 M NAG . C1 ? ? A NAG 1 A NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.455 ? ? covale49 covale both ? M NAG . O4 ? ? ? 1_555 M BMA . C1 ? ? A NAG 2 A BMA 3 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.446 ? ? covale50 covale both ? M BMA . O3 ? ? ? 1_555 M MAN . C1 ? ? A BMA 3 A MAN 4 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.444 ? ? covale51 covale both ? M BMA . O6 ? ? ? 1_555 M MAN . C1 ? ? A BMA 3 A MAN 7 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.450 ? ? covale52 covale both ? M MAN . O2 ? ? ? 1_555 M MAN . C1 ? ? A MAN 4 A MAN 5 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.427 ? ? covale53 covale both ? M MAN . O2 ? ? ? 1_555 M MAN . C1 ? ? A MAN 5 A MAN 6 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.438 ? ? covale54 covale both ? M MAN . O6 ? ? ? 1_555 M MAN . C1 ? ? A MAN 7 A MAN 8 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.472 ? ? covale55 covale both ? M MAN . O3 ? ? ? 1_555 M MAN . 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L NAG 2 L BMA 3 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.465 ? ? covale74 covale both ? T NAG . O4 ? ? ? 1_555 T NAG . C1 ? ? P NAG 1 P NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.468 ? ? covale75 covale both ? U NAG . O4 ? ? ? 1_555 U NAG . C1 ? ? T NAG 1 T NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.461 ? ? covale76 covale both ? V NAG . O4 ? ? ? 1_555 V NAG . C1 ? ? U NAG 1 U NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.459 ? ? covale77 covale both ? V NAG . O4 ? ? ? 1_555 V BMA . C1 ? ? U NAG 2 U BMA 3 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.463 ? ? covale78 covale both ? W NAG . O4 ? ? ? 1_555 W NAG . C1 ? ? V NAG 1 V NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.456 ? ? covale79 covale both ? W NAG . O4 ? ? ? 1_555 W BMA . C1 ? ? V NAG 2 V BMA 3 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.442 ? ? covale80 covale both ? W BMA . O3 ? ? ? 1_555 W MAN . C1 ? ? V BMA 3 V MAN 4 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.449 ? ? covale81 covale both ? W BMA . O6 ? ? ? 1_555 W MAN . C1 ? ? V BMA 3 V MAN 7 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.454 ? ? covale82 covale both ? W MAN . O2 ? ? ? 1_555 W MAN . C1 ? ? 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Coot ? ? 1 ? 8 'MODEL FITTING' ? 'UCSF ChimeraX' ? ? 1 ? 9 OTHER ? ? ? ? ? ? 10 'INITIAL EULER ASSIGNMENT' ? ? ? 1 ? ? 11 'FINAL EULER ASSIGNMENT' ? ? ? 1 ? ? 12 CLASSIFICATION ? ? ? 1 ? ? 13 RECONSTRUCTION ? ? ? 1 ? ? 14 'MODEL REFINEMENT' ? ISOLDE ? ? 1 ? 15 'MODEL REFINEMENT' ? 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