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'PEAK3, C19orf35' ? ? ? ? ? ? 'Homo sapiens' 9606 ? ? ? ? ? ? ? Human 'Homo sapiens' 9606 ? ? ? ? ? ? ? ? Expi293 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2 1 sample 'Biological sequence' 1 246 human ? YWHAB ? ? ? ? ? ? 'Homo sapiens' 9606 ? ? ? ? ? ? ? Human 'Homo sapiens' 9606 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3 1 sample 'Biological sequence' 1 255 human ? YWHAE ? ? ? ? ? ? 'Homo sapiens' 9606 ? ? ? ? ? ? ? Human 'Homo sapiens' 9606 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 4 1 sample 'Biological sequence' 1 491 human ? 'PEAK3, C19orf35' ? ? ? ? ? ? 'Homo sapiens' 9606 ? ? ? ? ? ? ? Human 'Homo sapiens' 9606 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? # loop_ _struct_ref.id _struct_ref.db_name _struct_ref.db_code _struct_ref.pdbx_db_accession _struct_ref.pdbx_db_isoform _struct_ref.entity_id _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code _struct_ref.pdbx_align_begin 1 UNP PEAK3_HUMAN Q6ZS72 ? 1 ;MSSPEPPTEPPEPDNPTWSTQPTYSNLGQIRAHLLPSKACRLRTPGSLSTNPEPLPPPLPKKILTRTQSLPTRRTLHPSS IQVQPPRRPFLGSHSVDKSQAAVGPACLPAELTFGPADAPLGLSLRDLHSPEAVHTALAARQLQGLRTIYARLRARLMGG HPGPCHPGHSFRLLDSSPCAESGDALYYRVVRAHEDAWHILVAKVPKPGADVPHPWGLELQASLSPHFNLQGLCGLVPEG TLPGAPWRGAVALAAEVPERTVAQWLAEACTQPPEEFVWAVALLLLQLSAALKFLEAWGAALVELRPENLLLVAPRGCAT TGPPRLLLTDFGRVCLQPPGPPGSPGPHAPQLGSLLRALLSLAAPSTTPLAAGLELLAAQLTRLRPSASRTRGALQALLW GPGPELRGRGAPLGPWLRALGPWLRVRRGLLVLRLAERAAGGEAPSLEDWLCCEYLAEATESSMGQALALLWD ; 1 2 UNP 1433B_HUMAN P31946 ? 2 ;MTMDKSELVQKAKLAEQAERYDDMAAAMKAVTEQGHELSNEERNLLSVAYKNVVGARRSSWRVISSIEQKTERNEKKQQM GKEYREKIEAELQDICNDVLELLDKYLIPNATQPESKVFYLKMKGDYFRYLSEVASGDNKQTTVSNSQQAYQEAFEISKK EMQPTHPIRLGLALNFSVFYYEILNSPEKACSLAKTAFDEAIAELDTLNEESYKDSTLIMQLLRDNLTLWTSENQGDEGD AGEGEN ; 1 3 UNP 1433E_HUMAN P62258 ? 3 ;MDDREDLVYQAKLAEQAERYDEMVESMKKVAGMDVELTVEERNLLSVAYKNVIGARRASWRIISSIEQKEENKGGEDKLK MIREYRQMVETELKLICCDILDVLDKHLIPAANTGESKVFYYKMKGDYHRYLAEFATGNDRKEAAENSLVAYKAASDIAM TELPPTHPIRLGLALNFSVFYYEILNSPDRACRLAKAAFDDAIAELDTLSEESYKDSTLIMQLLRDNLTLWTSDMQGDGE EQNKEALQDVEDENQ ; 1 4 UNP PEAK3_HUMAN Q6ZS72 ? 4 ;MSSPEPPTEPPEPDNPTWSTQPTYSNLGQIRAHLLPSKACRLRTPGSLSTNPEPLPPPLPKKILTRTQSLPTRRTLHPSS IQVQPPRRPFLGSHSVDKSQAAVGPACLPAELTFGPADAPLGLSLRDLHSPEAVHTALAARQLQGLRTIYARLRARLMGG HPGPCHPGHSFRLLDSSPCAESGDALYYRVVRAHEDAWHILVAKVPKPGADVPHPWGLELQASLSPHFNLQGLCGLVPEG TLPGAPWRGAVALAAEVPERTVAQWLAEACTQPPEEFVWAVALLLLQLSAALKFLEAWGAALVELRPENLLLVAPRGCAT TGPPRLLLTDFGRVCLQPPGPPGSPGPHAPQLGSLLRALLSLAAPSTTPLAAGLELLAAQLTRLRPSASRTRGALQALLW GPGPELRGRGAPLGPWLRALGPWLRVRRGLLVLRLAERAAGGEAPSLEDWLCCEYLAEATESSMGQALALLWD ; 1 # loop_ _struct_ref_seq.align_id _struct_ref_seq.ref_id _struct_ref_seq.pdbx_PDB_id_code _struct_ref_seq.pdbx_strand_id _struct_ref_seq.seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.seq_align_end _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_db_accession _struct_ref_seq.db_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_db_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.db_align_end _struct_ref_seq.pdbx_db_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_end 1 1 8DP5 A 1 ? 473 ? 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SER D 210 SER D 233 1 ? 24 # _struct_conf_type.id HELX_P _struct_conf_type.criteria ? _struct_conf_type.reference ? # loop_ _struct_conn.id _struct_conn.conn_type_id _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag _struct_conn.pdbx_PDB_id _struct_conn.ptnr1_label_asym_id _struct_conn.ptnr1_label_comp_id _struct_conn.ptnr1_label_seq_id _struct_conn.ptnr1_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id _struct_conn.ptnr1_symmetry _struct_conn.ptnr2_label_asym_id _struct_conn.ptnr2_label_comp_id _struct_conn.ptnr2_label_seq_id _struct_conn.ptnr2_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_symmetry _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code _struct_conn.details _struct_conn.pdbx_dist_value _struct_conn.pdbx_value_order _struct_conn.pdbx_role covale1 covale both ? 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P . n # loop_ _pdbx_contact_author.id _pdbx_contact_author.email _pdbx_contact_author.name_first _pdbx_contact_author.name_last _pdbx_contact_author.name_mi _pdbx_contact_author.role _pdbx_contact_author.identifier_ORCID 3 Natalia.jura@ucsf.edu Natalia Jura ? 'principal investigator/group leader' 0000-0001-5129-641X 4 verba@msg.ucsf.edu Kliment Verba A 'principal investigator/group leader' 0000-0002-2238-8590 # loop_ _pdbx_struct_mod_residue.id _pdbx_struct_mod_residue.label_asym_id _pdbx_struct_mod_residue.label_comp_id _pdbx_struct_mod_residue.label_seq_id _pdbx_struct_mod_residue.auth_asym_id _pdbx_struct_mod_residue.auth_comp_id _pdbx_struct_mod_residue.auth_seq_id _pdbx_struct_mod_residue.PDB_ins_code _pdbx_struct_mod_residue.parent_comp_id _pdbx_struct_mod_residue.details 1 E SEP 69 E SEP 69 ? SER 'modified residue' 2 F SEP 69 P SEP 69 ? SER 'modified residue' # _pdbx_struct_assembly.id 1 _pdbx_struct_assembly.details author_defined_assembly _pdbx_struct_assembly.method_details ? _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details hexameric _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count 6 # _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression 1 _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list A,B,C,D,E,F # _pdbx_struct_oper_list.id 1 _pdbx_struct_oper_list.type 'identity operation' _pdbx_struct_oper_list.name 1_555 _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation ? _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] 1.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.vector[1] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] 1.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.vector[2] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] 1.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 0.0000000000 # _pdbx_audit_revision_history.ordinal 1 _pdbx_audit_revision_history.data_content_type 'Structure model' _pdbx_audit_revision_history.major_revision 1 _pdbx_audit_revision_history.minor_revision 0 _pdbx_audit_revision_history.revision_date 2023-06-28 # _pdbx_audit_revision_details.ordinal 1 _pdbx_audit_revision_details.revision_ordinal 1 _pdbx_audit_revision_details.data_content_type 'Structure model' _pdbx_audit_revision_details.provider repository _pdbx_audit_revision_details.type 'Initial release' _pdbx_audit_revision_details.description ? _pdbx_audit_revision_details.details ? # _pdbx_entry_details.entry_id 8DP5 _pdbx_entry_details.has_ligand_of_interest N _pdbx_entry_details.compound_details ;The authors state that chains E and P are part of Chains A and B. However, because they cannot resolve a large portion of the N-terminal segments of Chain A and B and therefore the connectivity between these two sets of chains, they cannot with confidence assign Chain E residues to Chains A or B and the same with Chain P residues. ; _pdbx_entry_details.source_details ? _pdbx_entry_details.nonpolymer_details ? _pdbx_entry_details.sequence_details ? # _em_3d_fitting.entry_id 8DP5 _em_3d_fitting.id 1 _em_3d_fitting.details ? _em_3d_fitting.overall_b_value ? _em_3d_fitting.ref_protocol ? _em_3d_fitting.ref_space ? _em_3d_fitting.target_criteria ? _em_3d_fitting.method ? # _em_3d_reconstruction.entry_id 8DP5 _em_3d_reconstruction.id 1 _em_3d_reconstruction.algorithm ? _em_3d_reconstruction.details ? _em_3d_reconstruction.refinement_type ? _em_3d_reconstruction.image_processing_id 1 _em_3d_reconstruction.num_class_averages ? _em_3d_reconstruction.num_particles 169563 _em_3d_reconstruction.resolution 3.1 _em_3d_reconstruction.resolution_method 'FSC 0.143 CUT-OFF' _em_3d_reconstruction.symmetry_type POINT _em_3d_reconstruction.method ? _em_3d_reconstruction.nominal_pixel_size ? _em_3d_reconstruction.actual_pixel_size ? _em_3d_reconstruction.magnification_calibration ? # _em_buffer.id 1 _em_buffer.details 'A final concentration of 0.1% of Octyl-beta-Glucoside (C14H28O6) was added to the sample before freezing.' _em_buffer.pH 7.5 _em_buffer.specimen_id 1 _em_buffer.name ? # _em_entity_assembly.id 1 _em_entity_assembly.parent_id 0 _em_entity_assembly.details ? _em_entity_assembly.name 'Complex between PEAK3 and 14-3-3 epsilon, beta' _em_entity_assembly.source RECOMBINANT _em_entity_assembly.type COMPLEX _em_entity_assembly.entity_id_list 1,2,3,4 _em_entity_assembly.synonym ? _em_entity_assembly.oligomeric_details ? # _em_imaging.id 1 _em_imaging.entry_id 8DP5 _em_imaging.accelerating_voltage 300 _em_imaging.alignment_procedure 'COMA FREE' _em_imaging.c2_aperture_diameter ? _em_imaging.calibrated_defocus_max ? _em_imaging.calibrated_defocus_min ? _em_imaging.calibrated_magnification ? _em_imaging.cryogen NITROGEN _em_imaging.details ? _em_imaging.electron_source 'FIELD EMISSION GUN' _em_imaging.illumination_mode 'FLOOD BEAM' _em_imaging.microscope_model 'FEI TITAN KRIOS' _em_imaging.mode 'BRIGHT FIELD' _em_imaging.nominal_cs ? _em_imaging.nominal_defocus_max 2000 _em_imaging.nominal_defocus_min 1000 _em_imaging.nominal_magnification 105000 _em_imaging.recording_temperature_maximum ? _em_imaging.recording_temperature_minimum ? _em_imaging.residual_tilt ? _em_imaging.specimen_holder_model 'FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER' _em_imaging.specimen_id 1 _em_imaging.citation_id ? _em_imaging.date ? _em_imaging.temperature ? _em_imaging.tilt_angle_min ? _em_imaging.tilt_angle_max ? _em_imaging.astigmatism ? _em_imaging.detector_distance ? _em_imaging.electron_beam_tilt_params ? _em_imaging.specimen_holder_type ? # _em_sample_support.id 1 _em_sample_support.specimen_id 1 _em_sample_support.details ? _em_sample_support.grid_material GOLD _em_sample_support.grid_mesh_size 300 _em_sample_support.grid_type 'Quantifoil R1.2/1.3' _em_sample_support.method ? _em_sample_support.film_material ? # _em_vitrification.id 1 _em_vitrification.specimen_id 1 _em_vitrification.chamber_temperature 278.15 _em_vitrification.cryogen_name ETHANE _em_vitrification.details ;blot time = 7s blot force = 4 ; _em_vitrification.humidity 100 _em_vitrification.instrument 'FEI VITROBOT MARK IV' _em_vitrification.entry_id 8DP5 _em_vitrification.citation_id ? _em_vitrification.method ? _em_vitrification.temp ? _em_vitrification.time_resolved_state ? # _em_experiment.entry_id 8DP5 _em_experiment.id 1 _em_experiment.aggregation_state PARTICLE _em_experiment.reconstruction_method 'SINGLE PARTICLE' _em_experiment.entity_assembly_id 1 # loop_ _pdbx_validate_close_contact.id _pdbx_validate_close_contact.PDB_model_num _pdbx_validate_close_contact.auth_atom_id_1 _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_1 _pdbx_validate_close_contact.auth_comp_id_1 _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_1 _pdbx_validate_close_contact.PDB_ins_code_1 _pdbx_validate_close_contact.label_alt_id_1 _pdbx_validate_close_contact.auth_atom_id_2 _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_2 _pdbx_validate_close_contact.auth_comp_id_2 _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_2 _pdbx_validate_close_contact.PDB_ins_code_2 _pdbx_validate_close_contact.label_alt_id_2 _pdbx_validate_close_contact.dist 1 1 HD11 C LEU 205 ? ? 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CZ A ARG 141 ? ? NH1 A ARG 141 ? ? 123.90 120.30 3.60 0.50 N 2 1 NE A ARG 260 ? ? CZ A ARG 260 ? ? NH1 A ARG 260 ? ? 123.45 120.30 3.15 0.50 N 3 1 NE A ARG 325 ? ? CZ A ARG 325 ? ? NH1 A ARG 325 ? ? 123.78 120.30 3.48 0.50 N 4 1 NE A ARG 392 ? ? CZ A ARG 392 ? ? NH1 A ARG 392 ? ? 123.45 120.30 3.15 0.50 N 5 1 NE A ARG 434 ? ? CZ A ARG 434 ? ? NH1 A ARG 434 ? ? 124.76 120.30 4.46 0.50 N 6 1 NE B ARG 141 ? ? CZ B ARG 141 ? ? NH1 B ARG 141 ? ? 123.72 120.30 3.42 0.50 N 7 1 NE B ARG 306 ? ? CZ B ARG 306 ? ? NH1 B ARG 306 ? ? 123.69 120.30 3.39 0.50 N 8 1 NE C ARG 43 ? ? CZ C ARG 43 ? ? NH1 C ARG 43 ? ? 123.69 120.30 3.39 0.50 N 9 1 NE C ARG 85 ? ? CZ C ARG 85 ? ? NH1 C ARG 85 ? ? 123.64 120.30 3.34 0.50 N 10 1 NE D ARG 42 ? ? CZ D ARG 42 ? ? NH1 D ARG 42 ? ? 124.43 120.30 4.13 0.50 N 11 1 NE D ARG 57 ? ? CZ D ARG 57 ? ? NH1 D ARG 57 ? ? 123.99 120.30 3.69 0.50 N 12 1 NE D ARG 86 ? ? CZ D ARG 86 ? ? NH1 D ARG 86 ? ? 124.27 120.30 3.97 0.50 N 13 1 NE D ARG 86 ? ? CZ D ARG 86 ? ? 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NH1 D ARG 130 ? ? 124.05 120.30 3.75 0.50 N # loop_ _pdbx_validate_torsion.id _pdbx_validate_torsion.PDB_model_num _pdbx_validate_torsion.auth_comp_id _pdbx_validate_torsion.auth_asym_id _pdbx_validate_torsion.auth_seq_id _pdbx_validate_torsion.PDB_ins_code _pdbx_validate_torsion.label_alt_id _pdbx_validate_torsion.phi _pdbx_validate_torsion.psi 1 1 HIS A 129 ? ? 56.97 19.99 2 1 PRO B 365 ? ? -57.56 170.61 3 1 ARG C 20 ? ? -114.39 78.58 4 1 SER C 186 ? ? -118.34 79.30 5 1 ARG D 19 ? ? -106.46 62.77 # loop_ _pdbx_validate_planes.id _pdbx_validate_planes.PDB_model_num _pdbx_validate_planes.auth_comp_id _pdbx_validate_planes.auth_asym_id _pdbx_validate_planes.auth_seq_id _pdbx_validate_planes.PDB_ins_code _pdbx_validate_planes.label_alt_id _pdbx_validate_planes.rmsd _pdbx_validate_planes.type 1 1 ARG A 333 ? ? 0.112 'SIDE CHAIN' 2 1 TYR C 127 ? ? 0.071 'SIDE CHAIN' # loop_ _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.id _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.PDB_model_num _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.polymer_flag _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.occupancy_flag _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.auth_asym_id _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.auth_comp_id _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.auth_seq_id _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.PDB_ins_code _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.label_asym_id _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.label_comp_id _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.label_seq_id 1 1 Y 1 A MET 1 ? 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A LEU 70 71 1 Y 1 A PRO 71 ? A PRO 71 72 1 Y 1 A THR 72 ? A THR 72 73 1 Y 1 A ARG 73 ? A ARG 73 74 1 Y 1 A ARG 74 ? A ARG 74 75 1 Y 1 A THR 75 ? A THR 75 76 1 Y 1 A LEU 76 ? A LEU 76 77 1 Y 1 A HIS 77 ? A HIS 77 78 1 Y 1 A PRO 78 ? A PRO 78 79 1 Y 1 A SER 79 ? A SER 79 80 1 Y 1 A SER 80 ? A SER 80 81 1 Y 1 A ILE 81 ? A ILE 81 82 1 Y 1 A GLN 82 ? A GLN 82 83 1 Y 1 A VAL 83 ? A VAL 83 84 1 Y 1 A GLN 84 ? A GLN 84 85 1 Y 1 A PRO 85 ? A PRO 85 86 1 Y 1 A PRO 86 ? A PRO 86 87 1 Y 1 A ARG 87 ? A ARG 87 88 1 Y 1 A ARG 88 ? A ARG 88 89 1 Y 1 A PRO 89 ? A PRO 89 90 1 Y 1 A PHE 90 ? A PHE 90 91 1 Y 1 A LEU 91 ? A LEU 91 92 1 Y 1 A GLY 92 ? A GLY 92 93 1 Y 1 A SER 93 ? A SER 93 94 1 Y 1 A HIS 94 ? A HIS 94 95 1 Y 1 A SER 95 ? A SER 95 96 1 Y 1 A VAL 96 ? A VAL 96 97 1 Y 1 A ASP 97 ? A ASP 97 98 1 Y 1 A LYS 98 ? A LYS 98 99 1 Y 1 A SER 99 ? A SER 99 100 1 Y 1 A GLN 100 ? A GLN 100 101 1 Y 1 A ALA 101 ? A ALA 101 102 1 Y 1 A ALA 102 ? A ALA 102 103 1 Y 1 A VAL 103 ? A VAL 103 104 1 Y 1 A GLY 104 ? 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