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'Tsybovsky, Y.' 10 ? primary 'Verardi, R.' 11 ? primary 'Wang, S.' 12 ? primary 'Yang, Y.' 13 ? primary 'Zhang, B.' 14 ? primary 'Rawi, R.' 15 ? primary 'Keele, B.F.' 16 ? primary 'Lifson, J.D.' 17 ? primary 'Liu, J.' 18 ? primary 'Roederer, M.' 19 ? primary 'Kwong, P.D.' 20 ? # loop_ _entity.id _entity.type _entity.src_method _entity.pdbx_description _entity.formula_weight _entity.pdbx_number_of_molecules _entity.pdbx_ec _entity.pdbx_mutation _entity.pdbx_fragment _entity.details 1 polymer man 'Envelope glycoprotein gp41' 16852.207 3 ? ? ? ? 2 polymer man 'Envelope glycoprotein gp120' 59053.578 3 ? ? ? ? 3 polymer man 'ITS92.02 Heavy Chain' 24275.268 3 ? ? ? ? 4 polymer man 'ITS92.02 Light Chain' 23397.963 3 ? ? ? ? 5 branched man 'beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose' 586.542 6 ? ? ? ? 6 branched man 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KQAWCWFGGSWKEAIQEVKETLVKHPRYTGTNDTRKINLTAPAGGDPEVTFMWTNCRGEFLYCKMNWFLNWVEDRDQKSS RWRQQNTRERQKKNYVPCHIRQIINTWHKVGKNVYLPPREGDLTCNSTVTSLIAEIDWTNNNETNITMSAEVAELYRLEL GDYKLVEITPIGLAPTSCRRYTTTGASRRRRR ; G,C,I ? 3 'polypeptide(L)' no no ;QVQLQESGPGLVKPSETLSLTCAVSGGSVSGNWWSWIRQPPGKGLEYIGRISGSDGTTYYRSSLKVTISRDTSKNQFSLR LNSVTAADTAVYYCARKPTWDWFDVWGPGLLVTVSSASTKGPSVFPLAPSSKSTSGGTAALGCLVKDYFPEPVTVSWNSG ALTSGVHTFPAVLQSSGLYSLSSVVTVPSSSLGTQTYICNVNHKPSNTKVDKKVEPKSCDKGLEVLFQ ; ;QVQLQESGPGLVKPSETLSLTCAVSGGSVSGNWWSWIRQPPGKGLEYIGRISGSDGTTYYRSSLKVTISRDTSKNQFSLR LNSVTAADTAVYYCARKPTWDWFDVWGPGLLVTVSSASTKGPSVFPLAPSSKSTSGGTAALGCLVKDYFPEPVTVSWNSG ALTSGVHTFPAVLQSSGLYSLSSVVTVPSSSLGTQTYICNVNHKPSNTKVDKKVEPKSCDKGLEVLFQ ; H,D,J ? 4 'polypeptide(L)' no no ;DIQMTQSPSSLSASVGDRVTITCRASQGIDNYLNWYQQKPGKAPKRLIFAASSLHNGVPSRFSGSGSGTKFTLTISSLQP EDLGTYYCLQYYSDPYTFGQGTKVEIKRTVAAPSVFIFPPSEDQVKSGTVSVVCLLNNFYPREASVKWKVDGALKTGNSQ ESVTEQDSKDNTYSLSSTLTLSSTEYQSHKVYACEVTHQGLSSPVTKSFNRGEC ; ;DIQMTQSPSSLSASVGDRVTITCRASQGIDNYLNWYQQKPGKAPKRLIFAASSLHNGVPSRFSGSGSGTKFTLTISSLQP EDLGTYYCLQYYSDPYTFGQGTKVEIKRTVAAPSVFIFPPSEDQVKSGTVSVVCLLNNFYPREASVKWKVDGALKTGNSQ ESVTEQDSKDNTYSLSSTLTLSSTEYQSHKVYACEVTHQGLSSPVTKSFNRGEC ; L,E,K ? # loop_ _entity_poly_seq.entity_id _entity_poly_seq.num _entity_poly_seq.mon_id _entity_poly_seq.hetero 1 1 GLY n 1 2 VAL n 1 3 PHE n 1 4 VAL n 1 5 LEU n 1 6 GLY n 1 7 PHE n 1 8 LEU n 1 9 GLY n 1 10 PHE n 1 11 LEU n 1 12 ALA n 1 13 THR n 1 14 ALA n 1 15 GLY n 1 16 SER n 1 17 ALA n 1 18 MET n 1 19 GLY n 1 20 ALA n 1 21 ALA n 1 22 SER n 1 23 LEU n 1 24 THR n 1 25 LEU n 1 26 SER n 1 27 ALA n 1 28 GLN n 1 29 SER n 1 30 ARG n 1 31 THR n 1 32 LEU n 1 33 LEU n 1 34 ALA n 1 35 GLY n 1 36 ILE n 1 37 VAL n 1 38 GLN n 1 39 GLN n 1 40 GLN n 1 41 GLN n 1 42 GLN n 1 43 LEU n 1 44 LEU n 1 45 ASP n 1 46 VAL n 1 47 PRO n 1 48 LYS n 1 49 ARG n 1 50 GLN n 1 51 GLN n 1 52 GLU n 1 53 LEU n 1 54 LEU n 1 55 ARG n 1 56 LEU n 1 57 PRO n 1 58 VAL n 1 59 TRP n 1 60 GLY n 1 61 THR n 1 62 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'Homo sapiens' 9606 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? # loop_ _struct_ref.id _struct_ref.db_name _struct_ref.db_code _struct_ref.pdbx_db_accession _struct_ref.pdbx_db_isoform _struct_ref.entity_id _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code _struct_ref.pdbx_align_begin 1 UNP V9PL68_SIV V9PL68 ? 1 ;GVFVLGFLGFLATAGSAMGAASLTLSAQSRTLLAGIVQQQQQLLDVVKRQQELLRLTVWGTKNLQTRVTAIEKYLKDQAQ LNSWGCAFRQVCHTTVPWPNETLVPNWSNMTWQEWERQVDFLEANITQLLEEAQIQQEKNMYELQKLN ; 534 2 UNP C4NR77_SIV C4NR77 ? 2 ;IQYVTVFYGVPAWKNATIPLFCATKNRDTWGTTQCLPDNDDYSELAINITEAFDAWNNTVTEQAIEDVWNLFETSIKPCV KLTPLCIAMRCNKTETDRWGLTRNAGTTTTTTTTTTAATPSVAENVINESNPCIKNNSCAGLEQEPMIGCKFNMTGLKRD KRIEYNETWYSRDLICEQSANESESKCYMHHCNTSVIQESCDKHYWDAIRFRYCAPPGYALLRCNDSNYSGFAPNCSKVV VSSCTRMMETQTSTWFGFNGTRAENRTYIYWHGKSNRTIISLNKYYNLTMRCRRPGNKTVLPVTIMSGLVFHSQPINERP KQAWCWFGGSWKEAIQEVKETLVKHPRYTGTNDTRKINLTAPAGGDPEVTFMWTNCRGEFLYCKMNWFLNWVEDRDQKSS RWRQQNTRERQKKNYVPCHIRQIINTWHKVGKNVYLPPREGDLTCNSTVTSLIAEIDWTNNNETNITMSAEVAELYRLEL GDYKLVEITPIGLAPTSVRRYTTTGASRNKR ; 23 3 PDB 8DUA 8DUA ? 3 ? 1 4 PDB 8DUA 8DUA ? 4 ? 1 # loop_ _struct_ref_seq.align_id _struct_ref_seq.ref_id _struct_ref_seq.pdbx_PDB_id_code _struct_ref_seq.pdbx_strand_id _struct_ref_seq.seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.seq_align_end _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_db_accession _struct_ref_seq.db_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_db_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.db_align_end _struct_ref_seq.pdbx_db_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_end 1 1 8DUA B 1 ? 148 ? 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UNP C4NR77 ASN 531 conflict 512 19 10 8DUA ARG I 510 ? UNP C4NR77 LYS 532 conflict 513 20 10 8DUA ARG I 512 ? UNP C4NR77 ? ? 'expression tag' 515 21 # loop_ _chem_comp.id _chem_comp.type _chem_comp.mon_nstd_flag _chem_comp.name _chem_comp.pdbx_synonyms _chem_comp.formula _chem_comp.formula_weight ALA 'L-peptide linking' y ALANINE ? 'C3 H7 N O2' 89.093 ARG 'L-peptide linking' y ARGININE ? 'C6 H15 N4 O2 1' 175.209 ASN 'L-peptide linking' y ASPARAGINE ? 'C4 H8 N2 O3' 132.118 ASP 'L-peptide linking' y 'ASPARTIC ACID' ? 'C4 H7 N O4' 133.103 BMA 'D-saccharide, beta linking' . beta-D-mannopyranose 'beta-D-mannose; D-mannose; mannose' 'C6 H12 O6' 180.156 CYS 'L-peptide linking' y CYSTEINE ? 'C3 H7 N O2 S' 121.158 GLN 'L-peptide linking' y GLUTAMINE ? 'C5 H10 N2 O3' 146.144 GLU 'L-peptide linking' y 'GLUTAMIC ACID' ? 'C5 H9 N O4' 147.129 GLY 'peptide linking' y GLYCINE ? 'C2 H5 N O2' 75.067 HIS 'L-peptide linking' y HISTIDINE ? 'C6 H10 N3 O2 1' 156.162 ILE 'L-peptide linking' y ISOLEUCINE ? 'C6 H13 N O2' 131.173 LEU 'L-peptide linking' y LEUCINE ? 'C6 H13 N O2' 131.173 LYS 'L-peptide linking' y LYSINE ? 'C6 H15 N2 O2 1' 147.195 MAN 'D-saccharide, alpha linking' . alpha-D-mannopyranose 'alpha-D-mannose; D-mannose; mannose' 'C6 H12 O6' 180.156 MET 'L-peptide linking' y METHIONINE ? 'C5 H11 N O2 S' 149.211 NAG 'D-saccharide, beta linking' . 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose ;N-acetyl-beta-D-glucosamine; 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose; 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose; 2-acetamido-2-deoxy-glucose; N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE ; 'C8 H15 N O6' 221.208 PHE 'L-peptide linking' y PHENYLALANINE ? 'C9 H11 N O2' 165.189 PRO 'L-peptide linking' y PROLINE ? 'C5 H9 N O2' 115.130 SER 'L-peptide linking' y SERINE ? 'C3 H7 N O3' 105.093 THR 'L-peptide linking' y THREONINE ? 'C4 H9 N O3' 119.119 TRP 'L-peptide linking' y TRYPTOPHAN ? 'C11 H12 N2 O2' 204.225 TYR 'L-peptide linking' y TYROSINE ? 'C9 H11 N O3' 181.189 VAL 'L-peptide linking' y VALINE ? 'C5 H11 N O2' 117.146 # _exptl.absorpt_coefficient_mu ? _exptl.absorpt_correction_T_max ? _exptl.absorpt_correction_T_min ? _exptl.absorpt_correction_type ? _exptl.absorpt_process_details ? _exptl.entry_id 8DUA _exptl.crystals_number ? _exptl.details ? _exptl.method 'ELECTRON MICROSCOPY' _exptl.method_details ? # _refine.pdbx_refine_id 'ELECTRON MICROSCOPY' _refine.entry_id 8DUA _refine.pdbx_diffrn_id ? _refine.pdbx_TLS_residual_ADP_flag ? _refine.ls_number_reflns_obs ? _refine.ls_number_reflns_all ? _refine.pdbx_ls_sigma_I ? _refine.pdbx_ls_sigma_F ? _refine.pdbx_data_cutoff_high_absF ? _refine.pdbx_data_cutoff_low_absF ? _refine.pdbx_data_cutoff_high_rms_absF ? _refine.ls_d_res_low ? _refine.ls_d_res_high . _refine.ls_percent_reflns_obs ? _refine.ls_R_factor_obs ? _refine.ls_R_factor_all ? _refine.ls_R_factor_R_work ? _refine.ls_R_factor_R_free ? _refine.ls_R_factor_R_free_error ? _refine.ls_R_factor_R_free_error_details ? _refine.ls_percent_reflns_R_free ? _refine.ls_number_reflns_R_free ? _refine.ls_number_parameters ? _refine.ls_number_restraints ? _refine.occupancy_min ? _refine.occupancy_max ? _refine.correlation_coeff_Fo_to_Fc ? _refine.correlation_coeff_Fo_to_Fc_free ? _refine.B_iso_mean ? _refine.aniso_B[1][1] ? _refine.aniso_B[2][2] ? _refine.aniso_B[3][3] ? _refine.aniso_B[1][2] ? _refine.aniso_B[1][3] ? _refine.aniso_B[2][3] ? _refine.solvent_model_details ? _refine.solvent_model_param_ksol ? _refine.solvent_model_param_bsol ? _refine.pdbx_solvent_vdw_probe_radii ? _refine.pdbx_solvent_ion_probe_radii ? _refine.pdbx_solvent_shrinkage_radii ? _refine.pdbx_ls_cross_valid_method ? _refine.details ? _refine.pdbx_starting_model ? _refine.pdbx_method_to_determine_struct ? _refine.pdbx_isotropic_thermal_model ? _refine.pdbx_stereochemistry_target_values ? _refine.pdbx_stereochem_target_val_spec_case ? _refine.pdbx_R_Free_selection_details ? _refine.pdbx_overall_ESU_R ? _refine.pdbx_overall_ESU_R_Free ? _refine.overall_SU_ML ? _refine.pdbx_overall_phase_error ? _refine.overall_SU_B ? _refine.overall_SU_R_Cruickshank_DPI ? _refine.pdbx_overall_SU_R_free_Cruickshank_DPI ? _refine.pdbx_overall_SU_R_Blow_DPI ? _refine.pdbx_overall_SU_R_free_Blow_DPI ? # loop_ _refine_ls_restr.pdbx_refine_id _refine_ls_restr.criterion _refine_ls_restr.dev_ideal _refine_ls_restr.dev_ideal_target _refine_ls_restr.number _refine_ls_restr.rejects _refine_ls_restr.type _refine_ls_restr.weight _refine_ls_restr.pdbx_restraint_function 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.002 ? 16011 ? f_bond_d ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.556 ? 21789 ? f_angle_d ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 6.157 ? 2631 ? f_dihedral_angle_d ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.163 ? 2658 ? f_chiral_restr ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.003 ? 2622 ? f_plane_restr ? ? # _struct.entry_id 8DUA _struct.title 'SIV E660.CR54 SOS-2P Env Trimer with ITS92.02' _struct.pdbx_model_details ? _struct.pdbx_formula_weight ? _struct.pdbx_formula_weight_method ? _struct.pdbx_model_type_details ? _struct.pdbx_CASP_flag N # _struct_keywords.entry_id 8DUA _struct_keywords.text 'SIV, ITS92, HIV-1, quaternary, HIV-2, VIRAL PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex' _struct_keywords.pdbx_keywords 'VIRAL PROTEIN/IMMUNE SYSTEM' # loop_ _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.entity_id _struct_asym.details A N N 1 ? B N N 2 ? C N N 3 ? D N N 4 ? E N N 1 ? F N N 2 ? G N N 3 ? H N N 4 ? I N N 1 ? J N N 2 ? K N N 3 ? L N N 4 ? M N N 5 ? N N N 6 ? O N N 5 ? P N N 7 ? Q N N 6 ? R N N 5 ? S N N 6 ? T N N 5 ? 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ASN G 98 LYS G 117 1 ? 20 HELX_P HELX_P7 AA7 TRP B 331 ? HIS B 345 ? TRP G 338 HIS G 352 1 ? 15 HELX_P HELX_P8 AA8 ASP B 366 ? PHE B 371 ? ASP G 368 PHE G 373 1 ? 6 HELX_P HELX_P9 AA9 MET B 385 ? ASN B 390 ? MET G 387 ASN G 392 1 ? 6 HELX_P HELX_P10 AB1 VAL B 472 ? LEU B 480 ? VAL G 475 LEU G 483 1 ? 9 HELX_P HELX_P11 AB2 THR C 85 ? THR C 89 ? THR H 83 THR H 87 5 ? 5 HELX_P HELX_P12 AB3 TRP E 59 ? LEU E 81 ? TRP A 571 LEU A 593 1 ? 23 HELX_P HELX_P13 AB4 ASN E 100 ? VAL E 104 ? ASN A 612 VAL A 620 5 ? 5 HELX_P HELX_P14 AB5 THR E 111 ? VAL E 119 ? THR A 627 VAL A 635 1 ? 9 HELX_P HELX_P15 AB6 VAL E 119 ? ASN E 148 ? VAL A 635 ASN A 664 1 ? 30 HELX_P HELX_P16 AB7 TRP F 30 ? CYS F 35 ? TRP C 69 CYS C 74 5 ? 6 HELX_P HELX_P17 AB8 ASN F 58 ? LYS F 77 ? ASN C 98 LYS C 117 1 ? 20 HELX_P HELX_P18 AB9 TRP F 331 ? HIS F 345 ? TRP C 338 HIS C 352 1 ? 15 HELX_P HELX_P19 AC1 ASP F 366 ? PHE F 371 ? ASP C 368 PHE C 373 1 ? 6 HELX_P HELX_P20 AC2 MET F 385 ? ASN F 390 ? MET C 387 ASN C 392 1 ? 6 HELX_P HELX_P21 AC3 VAL F 472 ? LEU F 480 ? VAL C 475 LEU C 483 1 ? 9 HELX_P HELX_P22 AC4 THR G 85 ? THR G 89 ? THR D 83 THR D 87 5 ? 5 HELX_P HELX_P23 AC5 TRP I 59 ? LEU I 81 ? TRP F 571 LEU F 593 1 ? 23 HELX_P HELX_P24 AC6 ASN I 100 ? VAL I 104 ? ASN F 612 VAL F 620 5 ? 5 HELX_P HELX_P25 AC7 THR I 111 ? VAL I 119 ? THR F 627 VAL F 635 1 ? 9 HELX_P HELX_P26 AC8 VAL I 119 ? ASN I 148 ? VAL F 635 ASN F 664 1 ? 30 HELX_P HELX_P27 AC9 TRP J 30 ? CYS J 35 ? TRP I 69 CYS I 74 5 ? 6 HELX_P HELX_P28 AD1 ASN J 58 ? LYS J 77 ? ASN I 98 LYS I 117 1 ? 20 HELX_P HELX_P29 AD2 TRP J 331 ? HIS J 345 ? TRP I 338 HIS I 352 1 ? 15 HELX_P HELX_P30 AD3 ASP J 366 ? PHE J 371 ? ASP I 368 PHE I 373 1 ? 6 HELX_P HELX_P31 AD4 MET J 385 ? ASN J 390 ? MET I 387 ASN I 392 1 ? 6 HELX_P HELX_P32 AD5 VAL J 472 ? LEU J 480 ? VAL I 475 LEU I 483 1 ? 9 HELX_P HELX_P33 AD6 THR K 85 ? THR K 89 ? THR J 83 THR J 87 5 ? 5 # _struct_conf_type.id HELX_P _struct_conf_type.criteria ? _struct_conf_type.reference ? # loop_ _struct_conn.id _struct_conn.conn_type_id _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag _struct_conn.pdbx_PDB_id _struct_conn.ptnr1_label_asym_id _struct_conn.ptnr1_label_comp_id _struct_conn.ptnr1_label_seq_id _struct_conn.ptnr1_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id _struct_conn.ptnr1_symmetry _struct_conn.ptnr2_label_asym_id _struct_conn.ptnr2_label_comp_id _struct_conn.ptnr2_label_seq_id _struct_conn.ptnr2_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_symmetry _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code _struct_conn.details _struct_conn.pdbx_dist_value _struct_conn.pdbx_value_order _struct_conn.pdbx_role disulf1 disulf ? ? 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Leginon ? ? ? 1 3 MASKING ? ? ? ? ? ? 4 'CTF CORRECTION' ? ? ? 1 ? ? 5 'LAYERLINE INDEXING' ? ? ? ? ? ? 6 'DIFFRACTION INDEXING' ? ? ? ? ? ? 7 'MODEL FITTING' ? ? ? ? 1 ? 8 OTHER ? ? ? ? ? ? 9 'INITIAL EULER ASSIGNMENT' ? ? ? 1 ? ? 10 'FINAL EULER ASSIGNMENT' ? ? ? 1 ? ? 11 CLASSIFICATION ? ? ? 1 ? ? 12 RECONSTRUCTION ? cryoSPARC ? 1 ? ? 13 'VOLUME SELECTION' ? ? ? 1 1 1 14 'SERIES ALIGNMENT' ? ? ? 1 1 1 15 'MOLECULAR REPLACEMENT' ? ? ? 1 1 1 16 'LATTICE DISTORTION CORRECTION' ? ? ? 1 1 1 17 'SYMMETRY DETERMINATION' ? ? ? 1 1 1 18 'CRYSTALLOGRAPHY MERGING' ? ? ? 1 1 1 19 'MODEL REFINEMENT' ? ? ? ? 1 ? # _em_specimen.id 1 _em_specimen.experiment_id 1 _em_specimen.concentration 2 _em_specimen.details 'SIV E660.CR54 SOS-2P with ITS92.02' _em_specimen.embedding_applied NO _em_specimen.shadowing_applied NO _em_specimen.staining_applied NO _em_specimen.vitrification_applied YES # loop_ _pdbx_audit_support.funding_organization _pdbx_audit_support.country _pdbx_audit_support.grant_number _pdbx_audit_support.ordinal 'National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)' 'United States' GM103310 1 'Other private' ? 'Simons Foundation (SF349247)' 2 # loop_ _pdbx_branch_scheme.asym_id _pdbx_branch_scheme.entity_id _pdbx_branch_scheme.mon_id _pdbx_branch_scheme.num _pdbx_branch_scheme.pdb_asym_id _pdbx_branch_scheme.pdb_mon_id _pdbx_branch_scheme.pdb_seq_num _pdbx_branch_scheme.auth_asym_id _pdbx_branch_scheme.auth_mon_id _pdbx_branch_scheme.auth_seq_num _pdbx_branch_scheme.hetero M 5 NAG 1 M NAG 1 B NAG 1664 n M 5 NAG 2 M NAG 2 B NAG 1665 n M 5 BMA 3 M BMA 3 B BMA 1666 n N 6 NAG 1 N NAG 1 B NAG 1667 n N 6 NAG 2 N NAG 2 B NAG 1668 n N 6 BMA 3 N BMA 3 B BMA 1669 n N 6 MAN 4 N MAN 4 B MAN 1670 n N 6 MAN 5 N MAN 5 B MAN 1671 n O 5 NAG 1 O NAG 1 G NAG 1012 n O 5 NAG 2 O NAG 2 G NAG 1013 n O 5 BMA 3 O BMA 3 G BMA 1014 n P 7 NAG 1 P NAG 1 G NAG 1024 n P 7 NAG 2 P NAG 2 G NAG 1025 n P 7 BMA 3 P BMA 3 G BMA 1026 n P 7 MAN 4 P MAN 4 G MAN 1027 n Q 6 NAG 1 Q NAG 1 G NAG 1315 n Q 6 NAG 2 Q NAG 2 G NAG 1316 n Q 6 BMA 3 Q BMA 3 G BMA 1317 n Q 6 MAN 4 Q MAN 4 G MAN 1319 n Q 6 MAN 5 Q MAN 5 G MAN 1318 n R 5 NAG 1 R NAG 1 A NAG 1664 n R 5 NAG 2 R NAG 2 A NAG 1665 n R 5 BMA 3 R BMA 3 A BMA 1666 n S 6 NAG 1 S NAG 1 A NAG 1667 n S 6 NAG 2 S NAG 2 A NAG 1668 n S 6 BMA 3 S BMA 3 A BMA 1669 n S 6 MAN 4 S MAN 4 A MAN 1670 n S 6 MAN 5 S MAN 5 A MAN 1671 n T 5 NAG 1 T NAG 1 C NAG 1012 n T 5 NAG 2 T NAG 2 C NAG 1013 n T 5 BMA 3 T BMA 3 C BMA 1014 n U 7 NAG 1 U NAG 1 C NAG 1024 n U 7 NAG 2 U NAG 2 C NAG 1025 n U 7 BMA 3 U BMA 3 C BMA 1026 n U 7 MAN 4 U MAN 4 C MAN 1027 n V 6 NAG 1 V NAG 1 C NAG 1315 n V 6 NAG 2 V NAG 2 C NAG 1316 n V 6 BMA 3 V BMA 3 C BMA 1317 n V 6 MAN 4 V MAN 4 C MAN 1319 n V 6 MAN 5 V MAN 5 C MAN 1318 n W 5 NAG 1 W NAG 1 F NAG 1664 n W 5 NAG 2 W NAG 2 F NAG 1665 n W 5 BMA 3 W BMA 3 F BMA 1666 n X 6 NAG 1 X NAG 1 F NAG 1667 n X 6 NAG 2 X NAG 2 F NAG 1668 n X 6 BMA 3 X BMA 3 F BMA 1669 n X 6 MAN 4 X MAN 4 F MAN 1670 n X 6 MAN 5 X MAN 5 F MAN 1671 n Y 5 NAG 1 Y NAG 1 I NAG 1012 n Y 5 NAG 2 Y NAG 2 I NAG 1013 n Y 5 BMA 3 Y BMA 3 I BMA 1014 n Z 7 NAG 1 Z NAG 1 I NAG 1024 n Z 7 NAG 2 Z NAG 2 I NAG 1025 n Z 7 BMA 3 Z BMA 3 I BMA 1026 n Z 7 MAN 4 Z MAN 4 I MAN 1027 n AA 6 NAG 1 a NAG 1 I NAG 1315 n AA 6 NAG 2 a NAG 2 I NAG 1316 n AA 6 BMA 3 a BMA 3 I BMA 1317 n AA 6 MAN 4 a MAN 4 I MAN 1319 n AA 6 MAN 5 a MAN 5 I MAN 1318 n # loop_ _pdbx_chem_comp_identifier.comp_id _pdbx_chem_comp_identifier.type _pdbx_chem_comp_identifier.program _pdbx_chem_comp_identifier.program_version _pdbx_chem_comp_identifier.identifier BMA 'CONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL' GMML 1.0 DManpb BMA 'COMMON NAME' GMML 1.0 b-D-mannopyranose BMA 'IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL' PDB-CARE 1.0 b-D-Manp BMA 'SNFG CARBOHYDRATE SYMBOL' GMML 1.0 Man MAN 'CONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL' GMML 1.0 DManpa MAN 'COMMON NAME' GMML 1.0 a-D-mannopyranose MAN 'IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL' PDB-CARE 1.0 a-D-Manp MAN 'SNFG CARBOHYDRATE SYMBOL' GMML 1.0 Man NAG 'CONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL' GMML 1.0 DGlcpNAcb NAG 'COMMON NAME' GMML 1.0 N-acetyl-b-D-glucopyranosamine NAG 'IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL' PDB-CARE 1.0 b-D-GlcpNAc NAG 'SNFG CARBOHYDRATE SYMBOL' GMML 1.0 GlcNAc # loop_ _pdbx_entity_branch.entity_id _pdbx_entity_branch.type 5 oligosaccharide 6 oligosaccharide 7 oligosaccharide # loop_ _pdbx_entity_branch_descriptor.ordinal _pdbx_entity_branch_descriptor.entity_id _pdbx_entity_branch_descriptor.descriptor _pdbx_entity_branch_descriptor.type _pdbx_entity_branch_descriptor.program _pdbx_entity_branch_descriptor.program_version 1 5 DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-ROH 'Glycam Condensed Sequence' GMML 1.0 2 5 'WURCS=2.0/2,3,2/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5]/1-1-2/a4-b1_b4-c1' WURCS PDB2Glycan 1.1.0 3 5 '[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{}}}' LINUCS PDB-CARE ? 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