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Mouse 'Mus musculus' 10090 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? # loop_ _entity_src_nat.entity_id _entity_src_nat.pdbx_src_id _entity_src_nat.pdbx_alt_source_flag _entity_src_nat.pdbx_beg_seq_num _entity_src_nat.pdbx_end_seq_num _entity_src_nat.common_name _entity_src_nat.pdbx_organism_scientific _entity_src_nat.pdbx_ncbi_taxonomy_id _entity_src_nat.genus _entity_src_nat.species _entity_src_nat.strain _entity_src_nat.tissue _entity_src_nat.tissue_fraction _entity_src_nat.pdbx_secretion _entity_src_nat.pdbx_fragment _entity_src_nat.pdbx_variant _entity_src_nat.pdbx_cell_line _entity_src_nat.pdbx_atcc _entity_src_nat.pdbx_cellular_location _entity_src_nat.pdbx_organ _entity_src_nat.pdbx_organelle _entity_src_nat.pdbx_cell _entity_src_nat.pdbx_plasmid_name _entity_src_nat.pdbx_plasmid_details _entity_src_nat.details 1 1 sample 1 158 ;baker's yeast ; 'Saccharomyces cerevisiae' 4932 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2 1 sample 1 222 ;baker's yeast ; 'Saccharomyces cerevisiae' 4932 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3 1 sample 1 431 ;baker's yeast ; 'Saccharomyces cerevisiae' 4932 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? # loop_ _struct_ref.id _struct_ref.db_name _struct_ref.db_code _struct_ref.pdbx_db_accession _struct_ref.pdbx_db_isoform _struct_ref.entity_id _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code _struct_ref.pdbx_align_begin 1 UNP A0A6A5PVU8_YEASX A0A6A5PVU8 ? 1 ;MSADHSRDPCPIVILNDFGGAFAMGAIGGVVWHGIKGFRNSPLGERGSGAMSAIKARAPVLGGNFGVWGGLFSTFDCAVK AVRKREDPWNAIIAGFFTGGALAVRGGWRHTRNSSITCACLLGVIEGVGLMFQRYAAWQAKPMAPPLPEAPSSQPLQA ; 1 2 UNP A0A6A5Q5E3_YEASX A0A6A5Q5E3 ? 2 ;MSWLFGDKTPTDDANAAVGGQDTTKPKELSLKQSLGFEPNINNIISGPGGMHVDTARLHPLAGLDKGVEYLDLEEEQLSS LEGSQGLIPSRGWTDDLCYGTGAVYLLGLGIGGFSGMMQGLQNIPPNSPGKLQLNTVLNHITKRGPFLGNNAGILALSYN IINSTIDALRGKHDTAGSIGAGALTGALFKSSKGLKPMGYSSAMVAAACAVWCSVKKRLLEK ; 1 3 UNP A0A6A5Q2Y5_YEASX A0A6A5Q2Y5 ? 3 ;MHRSTFIRTSGTSSRTLTARYRSQYTGLLVARVLFSTSTTRAQGGNPRSPLQIFRDTFKKEWEKSQELQENIKTLQDASG KLGESEAYKKAREAYLKAQRGSTIVGKTLKKTGETMEHIATKAWESELGKNTRKAAAATAKKLDESFEPVRQTKIYKEVS EVIDDGESSRYGGFITKEQRRLKRERDLASGKRHRAVKSNEDAGTAVVATNIESKESFGKKVEDFKEKTVVGRSIQSLKN KLWDESENPLIVVMRKITNKVGGFFAETESSRVYSQFKLMDPTFSNESFTRHLREYIVPEILEAYVKGDVKVLKKWFSEA PFNVYAAQQKIFKEQDVYADGRILDIRGVEIVSAKLLAPQDIPVLVVGCRAQEINLYRKKKTGEIAAGDEANILMSSYAM VFTRDPEQIDDDETEGWKILEFVRGGSRQFT ; 1 4 PDB 8E1M 8E1M ? 4 ? 1 5 PDB 8E1M 8E1M ? 5 ? 1 # loop_ _struct_ref_seq.align_id _struct_ref_seq.ref_id _struct_ref_seq.pdbx_PDB_id_code _struct_ref_seq.pdbx_strand_id _struct_ref_seq.seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.seq_align_end _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_db_accession _struct_ref_seq.db_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_db_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.db_align_end _struct_ref_seq.pdbx_db_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_end 1 1 8E1M A 1 ? 158 ? A0A6A5PVU8 1 ? 158 ? 1 158 2 2 8E1M B 1 ? 222 ? A0A6A5Q5E3 1 ? 222 ? 1 222 3 3 8E1M C 1 ? 431 ? A0A6A5Q2Y5 1 ? 431 ? 1 431 4 4 8E1M L 1 ? 238 ? 8E1M 1 ? 238 ? 1 238 5 5 8E1M H 1 ? 238 ? 8E1M 1 ? 238 ? 1 238 # loop_ _chem_comp.id _chem_comp.type _chem_comp.mon_nstd_flag _chem_comp.name _chem_comp.pdbx_synonyms _chem_comp.formula _chem_comp.formula_weight ALA 'L-peptide linking' y ALANINE ? 'C3 H7 N O2' 89.093 ARG 'L-peptide linking' y ARGININE ? 'C6 H15 N4 O2 1' 175.209 ASN 'L-peptide linking' y ASPARAGINE ? 'C4 H8 N2 O3' 132.118 ASP 'L-peptide linking' y 'ASPARTIC ACID' ? 'C4 H7 N O4' 133.103 CDL non-polymer . CARDIOLIPIN ;DIPHOSPHATIDYL GLYCEROL; BIS-(1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHO)-1',3'-SN-GLYCEROL ; 'C81 H156 O17 P2 -2' 1464.043 CYS 'L-peptide linking' y CYSTEINE ? 'C3 H7 N O2 S' 121.158 GLN 'L-peptide linking' y GLUTAMINE ? 'C5 H10 N2 O3' 146.144 GLU 'L-peptide linking' y 'GLUTAMIC ACID' ? 'C5 H9 N O4' 147.129 GLY 'peptide linking' y GLYCINE ? 'C2 H5 N O2' 75.067 HIS 'L-peptide linking' y HISTIDINE ? 'C6 H10 N3 O2 1' 156.162 ILE 'L-peptide linking' y ISOLEUCINE ? 'C6 H13 N O2' 131.173 LEU 'L-peptide linking' y LEUCINE ? 'C6 H13 N O2' 131.173 LYS 'L-peptide linking' y LYSINE ? 'C6 H15 N2 O2 1' 147.195 MET 'L-peptide linking' y METHIONINE ? 'C5 H11 N O2 S' 149.211 PHE 'L-peptide linking' y PHENYLALANINE ? 'C9 H11 N O2' 165.189 PRO 'L-peptide linking' y PROLINE ? 'C5 H9 N O2' 115.130 PTY non-polymer . PHOSPHATIDYLETHANOLAMINE ? 'C40 H80 N O8 P' 734.039 SER 'L-peptide linking' y SERINE ? 'C3 H7 N O3' 105.093 THR 'L-peptide linking' y THREONINE ? 'C4 H9 N O3' 119.119 TRP 'L-peptide linking' y TRYPTOPHAN ? 'C11 H12 N2 O2' 204.225 TYR 'L-peptide linking' y TYROSINE ? 'C9 H11 N O3' 181.189 VAL 'L-peptide linking' y VALINE ? 'C5 H11 N O2' 117.146 # _exptl.absorpt_coefficient_mu ? _exptl.absorpt_correction_T_max ? _exptl.absorpt_correction_T_min ? _exptl.absorpt_correction_type ? _exptl.absorpt_process_details ? _exptl.entry_id 8E1M _exptl.crystals_number ? _exptl.details ? _exptl.method 'ELECTRON MICROSCOPY' _exptl.method_details ? # _refine.pdbx_refine_id 'ELECTRON MICROSCOPY' _refine.entry_id 8E1M _refine.pdbx_diffrn_id ? _refine.pdbx_TLS_residual_ADP_flag ? _refine.ls_number_reflns_obs ? _refine.ls_number_reflns_all ? _refine.pdbx_ls_sigma_I ? _refine.pdbx_ls_sigma_F ? _refine.pdbx_data_cutoff_high_absF ? _refine.pdbx_data_cutoff_low_absF ? _refine.pdbx_data_cutoff_high_rms_absF ? _refine.ls_d_res_low ? _refine.ls_d_res_high . _refine.ls_percent_reflns_obs ? _refine.ls_R_factor_obs ? _refine.ls_R_factor_all ? _refine.ls_R_factor_R_work ? _refine.ls_R_factor_R_free ? _refine.ls_R_factor_R_free_error ? _refine.ls_R_factor_R_free_error_details ? _refine.ls_percent_reflns_R_free ? _refine.ls_number_reflns_R_free ? _refine.ls_number_parameters ? _refine.ls_number_restraints ? _refine.occupancy_min ? _refine.occupancy_max ? _refine.correlation_coeff_Fo_to_Fc ? _refine.correlation_coeff_Fo_to_Fc_free ? _refine.B_iso_mean ? _refine.aniso_B[1][1] ? _refine.aniso_B[2][2] ? _refine.aniso_B[3][3] ? _refine.aniso_B[1][2] ? _refine.aniso_B[1][3] ? _refine.aniso_B[2][3] ? _refine.solvent_model_details ? _refine.solvent_model_param_ksol ? _refine.solvent_model_param_bsol ? _refine.pdbx_solvent_vdw_probe_radii ? _refine.pdbx_solvent_ion_probe_radii ? _refine.pdbx_solvent_shrinkage_radii ? _refine.pdbx_ls_cross_valid_method ? _refine.details ? _refine.pdbx_starting_model ? _refine.pdbx_method_to_determine_struct ? _refine.pdbx_isotropic_thermal_model ? _refine.pdbx_stereochemistry_target_values ? _refine.pdbx_stereochem_target_val_spec_case ? _refine.pdbx_R_Free_selection_details ? _refine.pdbx_overall_ESU_R ? _refine.pdbx_overall_ESU_R_Free ? _refine.overall_SU_ML ? _refine.pdbx_overall_phase_error ? _refine.overall_SU_B ? _refine.overall_SU_R_Cruickshank_DPI ? _refine.pdbx_overall_SU_R_free_Cruickshank_DPI ? _refine.pdbx_overall_SU_R_Blow_DPI ? _refine.pdbx_overall_SU_R_free_Blow_DPI ? # loop_ _refine_ls_restr.pdbx_refine_id _refine_ls_restr.criterion _refine_ls_restr.dev_ideal _refine_ls_restr.dev_ideal_target _refine_ls_restr.number _refine_ls_restr.rejects _refine_ls_restr.type _refine_ls_restr.weight _refine_ls_restr.pdbx_restraint_function 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.005 ? 5805 ? f_bond_d ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.588 ? 7840 ? f_angle_d ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 11.551 ? 908 ? f_dihedral_angle_d ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.043 ? 857 ? f_chiral_restr ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.004 ? 1003 ? f_plane_restr ? ? # _struct.entry_id 8E1M _struct.title 'Cryo-EM structure of the endogenous core TIM23 complex from S. cerevisiae' _struct.pdbx_model_details ? _struct.pdbx_formula_weight ? _struct.pdbx_formula_weight_method ? _struct.pdbx_model_type_details ? _struct.pdbx_CASP_flag N # _struct_keywords.entry_id 8E1M _struct_keywords.text 'TRANSLOCASE-IMMUNE SYSTEM complex' _struct_keywords.pdbx_keywords 'TRANSLOCASE/IMMUNE SYSTEM' # loop_ _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.entity_id _struct_asym.details A N N 1 ? B N N 2 ? C N N 3 ? D N N 4 ? E N N 5 ? F N N 6 ? G N N 7 ? # loop_ _struct_conf.conf_type_id _struct_conf.id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_id _struct_conf.beg_label_comp_id _struct_conf.beg_label_asym_id _struct_conf.beg_label_seq_id _struct_conf.pdbx_beg_PDB_ins_code _struct_conf.end_label_comp_id _struct_conf.end_label_asym_id _struct_conf.end_label_seq_id _struct_conf.pdbx_end_PDB_ins_code _struct_conf.beg_auth_comp_id _struct_conf.beg_auth_asym_id _struct_conf.beg_auth_seq_id _struct_conf.end_auth_comp_id _struct_conf.end_auth_asym_id _struct_conf.end_auth_seq_id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_class _struct_conf.details _struct_conf.pdbx_PDB_helix_length HELX_P HELX_P1 AA1 PRO A 9 ? SER A 41 ? PRO A 9 SER A 41 1 ? 33 HELX_P HELX_P2 AA2 PRO A 42 ? ARG A 46 ? PRO A 42 ARG A 46 5 ? 5 HELX_P HELX_P3 AA3 GLY A 47 ? LYS A 84 ? GLY A 47 LYS A 84 1 ? 38 HELX_P HELX_P4 AA4 PRO A 88 ? LEU A 102 ? PRO A 88 LEU A 102 1 ? 15 HELX_P HELX_P5 AA5 GLY A 107 ? TRP A 138 ? GLY A 107 TRP A 138 1 ? 32 HELX_P HELX_P6 AA6 GLY B 92 ? ASN B 123 ? GLY B 92 ASN B 123 1 ? 32 HELX_P HELX_P7 AA7 PRO B 129 ? LEU B 169 ? PRO B 129 LEU B 169 1 ? 41 HELX_P HELX_P8 AA8 ASP B 174 ? LYS B 190 ? ASP B 174 LYS B 190 1 ? 17 HELX_P HELX_P9 AA9 LEU B 195 ? LEU B 220 ? LEU B 195 LEU B 220 1 ? 26 HELX_P HELX_P10 AB1 THR C 108 ? SER C 126 ? THR C 108 SER C 126 1 ? 19 HELX_P HELX_P11 AB2 SER C 126 ? GLN C 152 ? SER C 126 GLN C 152 1 ? 27 HELX_P HELX_P12 AB3 THR C 153 ? ASP C 164 ? THR C 153 ASP C 164 1 ? 12 HELX_P HELX_P13 AB4 GLY C 166 ? GLY C 172 ? GLY C 166 GLY C 172 5 ? 7 HELX_P HELX_P14 AB5 THR C 176 ? SER C 190 ? THR C 176 SER C 190 1 ? 15 HELX_P HELX_P15 AB6 LYS C 256 ? PHE C 265 ? LYS C 256 PHE C 265 1 ? 10 HELX_P HELX_P16 AB7 THR C 268 ? ASP C 281 ? THR C 268 ASP C 281 1 ? 14 HELX_P HELX_P17 AB8 SER C 285 ? TYR C 296 ? SER C 285 TYR C 296 1 ? 12 HELX_P HELX_P18 AB9 TYR C 296 ? GLY C 308 ? TYR C 296 GLY C 308 1 ? 13 HELX_P HELX_P19 AC1 ASP C 309 ? PHE C 317 ? ASP C 309 PHE C 317 1 ? 9 HELX_P HELX_P20 AC2 SER C 318 ? GLN C 335 ? SER C 318 GLN C 335 1 ? 18 HELX_P HELX_P21 AC3 GLN E 105 ? THR E 109 ? GLN H 105 THR H 109 5 ? 5 HELX_P HELX_P22 AC4 GLY E 118 ? ALA E 122 ? GLY H 118 ALA H 122 5 ? 5 # _struct_conf_type.id HELX_P _struct_conf_type.criteria ? _struct_conf_type.reference ? # loop_ _struct_conn.id _struct_conn.conn_type_id _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag _struct_conn.pdbx_PDB_id _struct_conn.ptnr1_label_asym_id _struct_conn.ptnr1_label_comp_id _struct_conn.ptnr1_label_seq_id _struct_conn.ptnr1_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id _struct_conn.ptnr1_symmetry _struct_conn.ptnr2_label_asym_id _struct_conn.ptnr2_label_comp_id _struct_conn.ptnr2_label_seq_id _struct_conn.ptnr2_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_symmetry _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code _struct_conn.details _struct_conn.pdbx_dist_value _struct_conn.pdbx_value_order _struct_conn.pdbx_role disulf1 disulf ? ? A CYS 10 SG ? ? ? 1_555 A CYS 77 SG ? ? A CYS 10 A CYS 77 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.032 ? ? disulf2 disulf ? ? D CYS 43 SG ? ? ? 1_555 D CYS 112 SG ? ? L CYS 43 L CYS 112 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.035 ? ? disulf3 disulf ? ? E CYS 41 SG ? ? ? 1_555 E CYS 114 SG ? ? H CYS 41 H CYS 114 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.032 ? ? # _struct_conn_type.id disulf _struct_conn_type.criteria ? _struct_conn_type.reference ? # loop_ _struct_mon_prot_cis.pdbx_id _struct_mon_prot_cis.label_comp_id _struct_mon_prot_cis.label_seq_id _struct_mon_prot_cis.label_asym_id _struct_mon_prot_cis.label_alt_id _struct_mon_prot_cis.pdbx_PDB_ins_code _struct_mon_prot_cis.auth_comp_id _struct_mon_prot_cis.auth_seq_id _struct_mon_prot_cis.auth_asym_id _struct_mon_prot_cis.pdbx_label_comp_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_label_seq_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_label_asym_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_PDB_ins_code_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_auth_comp_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_auth_seq_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_auth_asym_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_PDB_model_num _struct_mon_prot_cis.pdbx_omega_angle 1 ALA 358 C . ? ALA 358 C PRO 359 C ? PRO 359 C 1 -3.50 2 SER 27 D . ? SER 27 L PRO 28 D ? PRO 28 L 1 -3.42 3 HIS 100 D . ? HIS 100 L PRO 101 D ? PRO 101 L 1 -4.89 4 VAL 118 D . ? VAL 118 L PRO 119 D ? PRO 119 L 1 -0.84 # loop_ _struct_sheet.id _struct_sheet.type _struct_sheet.number_strands _struct_sheet.details AA1 ? 3 ? AA2 ? 4 ? AA3 ? 4 ? AA4 ? 6 ? AA5 ? 4 ? AA6 ? 2 ? AA7 ? 4 ? AA8 ? 5 ? AA9 ? 5 ? # loop_ _struct_sheet_order.sheet_id _struct_sheet_order.range_id_1 _struct_sheet_order.range_id_2 _struct_sheet_order.offset _struct_sheet_order.sense AA1 1 2 ? anti-parallel AA1 2 3 ? anti-parallel AA2 1 2 ? anti-parallel AA2 2 3 ? anti-parallel AA2 3 4 ? anti-parallel AA3 1 2 ? anti-parallel AA3 2 3 ? anti-parallel AA3 3 4 ? anti-parallel AA4 1 2 ? parallel AA4 2 3 ? anti-parallel AA4 3 4 ? anti-parallel AA4 4 5 ? anti-parallel AA4 5 6 ? anti-parallel AA5 1 2 ? parallel AA5 2 3 ? anti-parallel AA5 3 4 ? anti-parallel AA6 1 2 ? anti-parallel AA7 1 2 ? anti-parallel AA7 2 3 ? anti-parallel AA7 3 4 ? anti-parallel AA8 1 2 ? anti-parallel AA8 2 3 ? anti-parallel AA8 3 4 ? anti-parallel AA8 4 5 ? anti-parallel AA9 1 2 ? anti-parallel AA9 2 3 ? anti-parallel AA9 3 4 ? anti-parallel AA9 4 5 ? anti-parallel # loop_ _struct_sheet_range.sheet_id _struct_sheet_range.id _struct_sheet_range.beg_label_comp_id _struct_sheet_range.beg_label_asym_id _struct_sheet_range.beg_label_seq_id _struct_sheet_range.pdbx_beg_PDB_ins_code _struct_sheet_range.end_label_comp_id _struct_sheet_range.end_label_asym_id _struct_sheet_range.end_label_seq_id _struct_sheet_range.pdbx_end_PDB_ins_code _struct_sheet_range.beg_auth_comp_id _struct_sheet_range.beg_auth_asym_id _struct_sheet_range.beg_auth_seq_id _struct_sheet_range.end_auth_comp_id _struct_sheet_range.end_auth_asym_id _struct_sheet_range.end_auth_seq_id AA1 1 VAL C 337 ? 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