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'Lates calcarifer' 8187 ? ? ? ? ? ? ? ? ;Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' ; 866768 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? # _pdbx_entity_src_syn.entity_id 2 _pdbx_entity_src_syn.pdbx_src_id 1 _pdbx_entity_src_syn.pdbx_alt_source_flag sample _pdbx_entity_src_syn.pdbx_beg_seq_num 1 _pdbx_entity_src_syn.pdbx_end_seq_num 15 _pdbx_entity_src_syn.organism_scientific 'synthetic construct' _pdbx_entity_src_syn.organism_common_name ? _pdbx_entity_src_syn.ncbi_taxonomy_id 32630 _pdbx_entity_src_syn.details ? # loop_ _struct_ref.id _struct_ref.db_name _struct_ref.db_code _struct_ref.pdbx_db_accession _struct_ref.pdbx_db_isoform _struct_ref.entity_id _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code _struct_ref.pdbx_align_begin 1 UNP A0A4W6C5C5_LATCA A0A4W6C5C5 ? 1 ;MQKEEQDFLSPHVMLGYPESLDEQEEGERELREVQRIWSSAVPFNDLPEDEAQLIKTMFQITKVSNATLKKFGVRLFKPT KSLVFPWFAGPDSSLKGLKLLSAQNTDTEKVTYNEATVPKISSYYNLFGLTLVGRMDSEVVLTGHELDTLAVSQATGLPS VALPRGVSCLPPMLLPYLEQFKRVTLWLGHDIRSWEASKIFSRKLGLRRCSLVRPGEDRPCPLEALARGKNLSRIIKTSI PAAHKSIVSFKQLREDVYGELLNTEQVAGVKWTRFPELNRILKGHRKGELTVFTGPTGSGKTTFISEVALDLCIQGVNTL WGSFEINNVRLAKIMLTQFAMQRLEENLEQYDFWADKFEELPLYFMTFHGQQNIKTVLDTMQHAVYLYDINHVIIDNLQF MMGQENLSIDKYAVQDHIIGAFRKFATNTSCHVTLIIHPRKEEDDRELQTASIFGSAKASQEADNVLILQEKKLVTCPGR RSLQVTKNRFDGDVGIFPLDFIKSSLTFSAPIKGKVK ; 128 2 PDB 8E2L 8E2L ? 1 ? 518 3 PDB 8E2L 8E2L ? 2 ? 1 # loop_ _struct_ref_seq.align_id _struct_ref_seq.ref_id _struct_ref_seq.pdbx_PDB_id_code _struct_ref_seq.pdbx_strand_id _struct_ref_seq.seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.seq_align_end _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_db_accession _struct_ref_seq.db_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_db_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.db_align_end _struct_ref_seq.pdbx_db_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_end 1 1 8E2L C 1 ? 517 ? 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A0A4W6C5C5 128 ? 644 ? 1 517 13 2 8E2L F 518 ? 542 ? 8E2L 518 ? 542 ? 518 542 # loop_ _struct_ref_seq_dif.align_id _struct_ref_seq_dif.pdbx_pdb_id_code _struct_ref_seq_dif.mon_id _struct_ref_seq_dif.pdbx_pdb_strand_id _struct_ref_seq_dif.seq_num _struct_ref_seq_dif.pdbx_pdb_ins_code _struct_ref_seq_dif.pdbx_seq_db_name _struct_ref_seq_dif.pdbx_seq_db_accession_code _struct_ref_seq_dif.db_mon_id _struct_ref_seq_dif.pdbx_seq_db_seq_num _struct_ref_seq_dif.details _struct_ref_seq_dif.pdbx_auth_seq_num _struct_ref_seq_dif.pdbx_ordinal 1 8E2L GLN C 325 ? UNP A0A4W6C5C5 GLU 452 'engineered mutation' 325 1 4 8E2L GLN A 325 ? UNP A0A4W6C5C5 GLU 452 'engineered mutation' 325 2 6 8E2L GLN B 325 ? UNP A0A4W6C5C5 GLU 452 'engineered mutation' 325 3 8 8E2L GLN D 325 ? UNP A0A4W6C5C5 GLU 452 'engineered mutation' 325 4 10 8E2L GLN E 325 ? UNP A0A4W6C5C5 GLU 452 'engineered mutation' 325 5 12 8E2L GLN F 325 ? UNP A0A4W6C5C5 GLU 452 'engineered mutation' 325 6 # loop_ _chem_comp.id _chem_comp.type _chem_comp.mon_nstd_flag _chem_comp.name _chem_comp.pdbx_synonyms _chem_comp.formula _chem_comp.formula_weight ALA 'L-peptide linking' y ALANINE ? 'C3 H7 N O2' 89.093 ARG 'L-peptide linking' y ARGININE ? 'C6 H15 N4 O2 1' 175.209 ASN 'L-peptide linking' y ASPARAGINE ? 'C4 H8 N2 O3' 132.118 ASP 'L-peptide linking' y 'ASPARTIC ACID' ? 'C4 H7 N O4' 133.103 ATP non-polymer . "ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE" ? 'C10 H16 N5 O13 P3' 507.181 CYS 'L-peptide linking' y CYSTEINE ? 'C3 H7 N O2 S' 121.158 DT 'DNA linking' y "THYMIDINE-5'-MONOPHOSPHATE" ? 'C10 H15 N2 O8 P' 322.208 GLN 'L-peptide linking' y GLUTAMINE ? 'C5 H10 N2 O3' 146.144 GLU 'L-peptide linking' y 'GLUTAMIC ACID' ? 'C5 H9 N O4' 147.129 GLY 'peptide linking' y GLYCINE ? 'C2 H5 N O2' 75.067 HIS 'L-peptide linking' y HISTIDINE ? 'C6 H10 N3 O2 1' 156.162 ILE 'L-peptide linking' y ISOLEUCINE ? 'C6 H13 N O2' 131.173 LEU 'L-peptide linking' y LEUCINE ? 'C6 H13 N O2' 131.173 LYS 'L-peptide linking' y LYSINE ? 'C6 H15 N2 O2 1' 147.195 MET 'L-peptide linking' y METHIONINE ? 'C5 H11 N O2 S' 149.211 MG non-polymer . 'MAGNESIUM ION' ? 'Mg 2' 24.305 PHE 'L-peptide linking' y PHENYLALANINE ? 'C9 H11 N O2' 165.189 PRO 'L-peptide linking' y PROLINE ? 'C5 H9 N O2' 115.130 SER 'L-peptide linking' y SERINE ? 'C3 H7 N O3' 105.093 THR 'L-peptide linking' y THREONINE ? 'C4 H9 N O3' 119.119 TRP 'L-peptide linking' y TRYPTOPHAN ? 'C11 H12 N2 O2' 204.225 TYR 'L-peptide linking' y TYROSINE ? 'C9 H11 N O3' 181.189 VAL 'L-peptide linking' y VALINE ? 'C5 H11 N O2' 117.146 # _exptl.absorpt_coefficient_mu ? _exptl.absorpt_correction_T_max ? _exptl.absorpt_correction_T_min ? _exptl.absorpt_correction_type ? _exptl.absorpt_process_details ? _exptl.entry_id 8E2L _exptl.crystals_number ? _exptl.details ? _exptl.method 'ELECTRON MICROSCOPY' _exptl.method_details ? # _refine.pdbx_refine_id 'ELECTRON MICROSCOPY' _refine.entry_id 8E2L _refine.pdbx_diffrn_id ? _refine.pdbx_TLS_residual_ADP_flag ? _refine.ls_number_reflns_obs ? _refine.ls_number_reflns_all ? _refine.pdbx_ls_sigma_I ? _refine.pdbx_ls_sigma_F ? _refine.pdbx_data_cutoff_high_absF ? _refine.pdbx_data_cutoff_low_absF ? _refine.pdbx_data_cutoff_high_rms_absF ? _refine.ls_d_res_low ? _refine.ls_d_res_high . _refine.ls_percent_reflns_obs ? _refine.ls_R_factor_obs ? _refine.ls_R_factor_all ? _refine.ls_R_factor_R_work ? _refine.ls_R_factor_R_free ? _refine.ls_R_factor_R_free_error ? _refine.ls_R_factor_R_free_error_details ? _refine.ls_percent_reflns_R_free ? _refine.ls_number_reflns_R_free ? _refine.ls_number_parameters ? _refine.ls_number_restraints ? _refine.occupancy_min ? _refine.occupancy_max ? _refine.correlation_coeff_Fo_to_Fc ? _refine.correlation_coeff_Fo_to_Fc_free ? _refine.B_iso_mean ? _refine.aniso_B[1][1] ? _refine.aniso_B[2][2] ? _refine.aniso_B[3][3] ? _refine.aniso_B[1][2] ? _refine.aniso_B[1][3] ? _refine.aniso_B[2][3] ? _refine.solvent_model_details ? _refine.solvent_model_param_ksol ? _refine.solvent_model_param_bsol ? _refine.pdbx_solvent_vdw_probe_radii ? _refine.pdbx_solvent_ion_probe_radii ? _refine.pdbx_solvent_shrinkage_radii ? _refine.pdbx_ls_cross_valid_method ? _refine.details ? _refine.pdbx_starting_model ? _refine.pdbx_method_to_determine_struct ? _refine.pdbx_isotropic_thermal_model ? _refine.pdbx_stereochemistry_target_values ? _refine.pdbx_stereochem_target_val_spec_case ? _refine.pdbx_R_Free_selection_details ? _refine.pdbx_overall_ESU_R ? _refine.pdbx_overall_ESU_R_Free ? _refine.overall_SU_ML ? _refine.pdbx_overall_phase_error ? _refine.overall_SU_B ? _refine.overall_SU_R_Cruickshank_DPI ? _refine.pdbx_overall_SU_R_free_Cruickshank_DPI ? _refine.pdbx_overall_SU_R_Blow_DPI ? _refine.pdbx_overall_SU_R_free_Blow_DPI ? # loop_ _refine_ls_restr.pdbx_refine_id _refine_ls_restr.criterion _refine_ls_restr.dev_ideal _refine_ls_restr.dev_ideal_target _refine_ls_restr.number _refine_ls_restr.rejects _refine_ls_restr.type _refine_ls_restr.weight _refine_ls_restr.pdbx_restraint_function 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.004 ? 17389 ? f_bond_d ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.729 ? 23723 ? f_angle_d ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 15.294 ? 5749 ? f_dihedral_angle_d ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.045 ? 2776 ? f_chiral_restr ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.003 ? 3058 ? f_plane_restr ? ? # _struct.entry_id 8E2L _struct.title 'Structure of Lates calcarifer Twinkle helicase with ATP and DNA' _struct.pdbx_model_details ? _struct.pdbx_formula_weight ? _struct.pdbx_formula_weight_method ? _struct.pdbx_model_type_details ? _struct.pdbx_CASP_flag N # _struct_keywords.entry_id 8E2L _struct_keywords.text 'Helicase Mitochondrion, REPLICATION-DNA complex' _struct_keywords.pdbx_keywords REPLICATION/DNA # loop_ _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.entity_id _struct_asym.details A N N 1 ? B N N 2 ? C N N 1 ? D N N 1 ? E N N 1 ? F N N 1 ? G N N 1 ? H N N 3 ? I N N 4 ? J N N 3 ? K N N 4 ? L N N 3 ? M N N 4 ? N N N 3 ? O N N 4 ? P N N 3 ? 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ASN E 263 ALA E 268 1 ? 6 HELX_P HELX_P77 AI5 PRO F 276 ? ARG F 280 ? PRO E 276 ARG E 280 5 ? 5 HELX_P HELX_P78 AI6 GLY F 300 ? ILE F 314 ? GLY E 300 ILE E 314 1 ? 15 HELX_P HELX_P79 AI7 ASN F 327 ? MET F 341 ? ASN E 327 MET E 341 1 ? 15 HELX_P HELX_P80 AI8 GLN F 350 ? GLU F 360 ? GLN E 350 GLU E 360 1 ? 11 HELX_P HELX_P81 AI9 ASN F 373 ? ASP F 389 ? ASN E 373 ASP E 389 1 ? 17 HELX_P HELX_P82 AJ1 ASN F 397 ? GLY F 403 ? ASN E 397 GLY E 403 1 ? 7 HELX_P HELX_P83 AJ2 ALA F 413 ? SER F 430 ? ALA E 413 SER E 430 1 ? 18 HELX_P HELX_P84 AJ3 GLN F 449 ? ILE F 453 ? GLN E 449 ILE E 453 5 ? 5 HELX_P HELX_P85 AJ4 ALA F 457 ? GLU F 462 ? ALA E 457 GLU E 462 1 ? 6 HELX_P HELX_P86 AJ5 ARG G 254 ? GLY G 259 ? ARG F 254 GLY F 259 1 ? 6 HELX_P HELX_P87 AJ6 PRO G 276 ? ILE G 281 ? PRO F 276 ILE F 281 5 ? 6 HELX_P HELX_P88 AJ7 GLY G 300 ? ILE G 314 ? GLY F 300 ILE F 314 1 ? 15 HELX_P HELX_P89 AJ8 ASN G 327 ? MET G 341 ? ASN F 327 MET F 341 1 ? 15 HELX_P HELX_P90 AJ9 ARG G 343 ? GLU G 349 ? 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ALA F 457 GLU F 462 1 ? 6 # _struct_conf_type.id HELX_P _struct_conf_type.criteria ? _struct_conf_type.reference ? # loop_ _struct_conn.id _struct_conn.conn_type_id _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag _struct_conn.pdbx_PDB_id _struct_conn.ptnr1_label_asym_id _struct_conn.ptnr1_label_comp_id _struct_conn.ptnr1_label_seq_id _struct_conn.ptnr1_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id _struct_conn.ptnr1_symmetry _struct_conn.ptnr2_label_asym_id _struct_conn.ptnr2_label_comp_id _struct_conn.ptnr2_label_seq_id _struct_conn.ptnr2_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_symmetry _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code _struct_conn.details _struct_conn.pdbx_dist_value _struct_conn.pdbx_value_order _struct_conn.pdbx_role metalc1 metalc ? ? 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