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_pdbx_entity_src_syn.entity_id 2 _pdbx_entity_src_syn.pdbx_src_id 1 _pdbx_entity_src_syn.pdbx_alt_source_flag sample _pdbx_entity_src_syn.pdbx_beg_seq_num 1 _pdbx_entity_src_syn.pdbx_end_seq_num 12 _pdbx_entity_src_syn.organism_scientific 'synthetic construct' _pdbx_entity_src_syn.organism_common_name ? _pdbx_entity_src_syn.ncbi_taxonomy_id 32630 _pdbx_entity_src_syn.details ? # loop_ _struct_ref.id _struct_ref.db_name _struct_ref.db_code _struct_ref.pdbx_db_accession _struct_ref.pdbx_db_isoform _struct_ref.entity_id _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code _struct_ref.pdbx_align_begin 1 UNP MCM_SACS2 Q9UXG1 ? 1 ;EIPSKQIDYRDVFIEFLTTFKGNNNQNKYIERINELVAYRKKSLIIEFSDVLSFNENLAYEIINNTKIILPILEGALYDH ILQLDPTYQRDIEKVHVRIVGIPRVIELRKIRSTDIGKLITIDGILVKVTPVKERIYKATYKHIHPDCMQEFEWPEDEEM PEVLEMPTICPKCGKPGQFRLIPEKTKLIDWQKAVIQERPEEVPSGQLPRQLEIILEDDLVDSARPGDRVKVTGILDIKQ DSPVKRGSRAVFDIYMKVSSIEVSQKVLDEVIISEEDEKKIKDLAKDPWIRDRIISSIAPSIYGHWELKEALALALFGGV 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E MG 702 E 08T 703 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.955 ? ? metalc38 metalc ? ? S MG . MG ? ? ? 1_555 Y HOH . O ? ? E MG 702 E HOH 801 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.950 ? ? metalc39 metalc ? ? S MG . MG ? ? ? 1_555 Y HOH . O ? ? E MG 702 E HOH 802 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.949 ? ? metalc40 metalc ? ? S MG . MG ? ? ? 1_555 Y HOH . O ? ? E MG 702 E HOH 803 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.949 ? ? metalc41 metalc ? ? F HIS 145 ND1 ? ? ? 1_555 U ZN . ZN ? ? F HIS 144 F ZN 701 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.098 ? ? metalc42 metalc ? ? F CYS 150 SG ? ? ? 1_555 U ZN . ZN ? ? F CYS 149 F ZN 701 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.101 ? ? metalc43 metalc ? ? F CYS 172 SG ? ? ? 1_555 U ZN . ZN ? ? F CYS 171 F ZN 701 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.100 ? ? metalc44 metalc ? ? F CYS 175 SG ? ? ? 1_555 U ZN . ZN ? ? F CYS 174 F ZN 701 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.097 ? ? # _struct_conn_type.id metalc _struct_conn_type.criteria ? _struct_conn_type.reference ? # loop_ _struct_sheet.id _struct_sheet.type _struct_sheet.number_strands _struct_sheet.details AA1 ? 8 ? 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F LYS 43 577 1 Y 1 F LYS 43 ? F LYS 44 578 1 Y 1 F SER 44 ? F SER 45 579 1 Y 1 F LEU 45 ? F LEU 46 580 1 Y 1 F ILE 46 ? F ILE 47 581 1 Y 1 F ILE 47 ? F ILE 48 582 1 Y 1 F GLU 48 ? F GLU 49 583 1 Y 1 F PHE 49 ? F PHE 50 584 1 Y 1 F SER 50 ? F SER 51 585 1 Y 1 F ASP 51 ? F ASP 52 586 1 Y 1 F VAL 52 ? F VAL 53 587 1 Y 1 F LEU 53 ? F LEU 54 588 1 Y 1 F SER 54 ? F SER 55 589 1 Y 1 F PHE 55 ? F PHE 56 590 1 Y 1 F ASN 56 ? F ASN 57 591 1 Y 1 F GLU 57 ? F GLU 58 592 1 Y 1 F ASN 58 ? F ASN 59 593 1 Y 1 F LEU 59 ? F LEU 60 594 1 Y 1 F ALA 60 ? F ALA 61 595 1 Y 1 F TYR 61 ? F TYR 62 596 1 Y 1 F GLU 62 ? F GLU 63 597 1 Y 1 F ILE 63 ? F ILE 64 598 1 Y 1 F ILE 64 ? F ILE 65 599 1 Y 1 F ASN 65 ? F ASN 66 600 1 Y 1 F ASN 66 ? F ASN 67 601 1 Y 1 F THR 67 ? F THR 68 602 1 Y 1 F LYS 68 ? F LYS 69 603 1 Y 1 F ILE 69 ? F ILE 70 604 1 Y 1 F ILE 70 ? F ILE 71 605 1 Y 1 F LEU 71 ? F LEU 72 606 1 Y 1 F PRO 72 ? F PRO 73 607 1 Y 1 F ILE 73 ? F ILE 74 608 1 Y 1 F LEU 74 ? F LEU 75 609 1 Y 1 F GLU 75 ? F GLU 76 610 1 Y 1 F GLY 76 ? F GLY 77 611 1 Y 1 F ALA 77 ? F ALA 78 612 1 Y 1 F LEU 78 ? F LEU 79 613 1 Y 1 F TYR 79 ? F TYR 80 614 1 Y 1 F ASP 80 ? F ASP 81 615 1 Y 1 F HIS 81 ? F HIS 82 616 1 Y 1 F ILE 82 ? F ILE 83 617 1 Y 1 F LEU 83 ? F LEU 84 618 1 Y 1 F GLN 84 ? F GLN 85 619 1 Y 1 F LEU 85 ? F LEU 86 620 1 Y 1 F ASP 86 ? F ASP 87 621 1 Y 1 F PRO 87 ? F PRO 88 622 1 Y 1 F THR 88 ? F THR 89 623 1 Y 1 F TYR 89 ? F TYR 90 624 1 Y 1 F GLN 90 ? F GLN 91 625 1 Y 1 F ARG 91 ? F ARG 92 626 1 Y 1 F ASP 92 ? F ASP 93 627 1 Y 1 F ILE 93 ? F ILE 94 628 1 Y 1 F GLU 94 ? F GLU 95 629 1 Y 1 F LYS 95 ? F LYS 96 630 1 Y 1 F VAL 96 ? F VAL 97 631 1 Y 1 F HIS 97 ? F HIS 98 632 1 Y 1 F VAL 98 ? F VAL 99 633 1 Y 1 F ARG 99 ? F ARG 100 634 1 Y 1 F ILE 100 ? F ILE 101 635 1 Y 1 F VAL 101 ? F VAL 102 636 1 Y 1 F GLY 102 ? F GLY 103 637 1 Y 1 F ILE 103 ? F ILE 104 638 1 Y 1 F PRO 104 ? F PRO 105 639 1 Y 1 F GLY 269 ? F GLY 267 640 1 Y 1 F GLY 270 ? F GLY 268 641 1 Y 1 F SER 271 ? F SER 269 642 1 Y 1 F GLY 272 ? F GLY 270 643 1 Y 1 F GLY 273 ? F GLY 271 644 1 Y 1 F SER 274 ? F SER 272 645 1 Y 1 F GLU 605 ? F GLU 603 646 1 Y 1 F SER 606 ? F SER 604 647 1 Y 1 F GLY 607 ? F GLY 605 648 1 Y 1 F LYS 608 ? F LYS 606 649 1 Y 1 F ILE 609 ? F ILE 607 650 1 Y 1 F ASP 610 ? F ASP 608 651 1 Y 1 F ILE 611 ? F ILE 609 652 1 Y 1 F ASP 612 ? F ASP 610 653 1 Y 1 X DT 12 ? G DT 10 654 1 Y 1 X DT 13 ? G DT 11 655 1 Y 1 X DT 14 ? G DT 12 # _em_ctf_correction.id 1 _em_ctf_correction.em_image_processing_id 1 _em_ctf_correction.type 'PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION' _em_ctf_correction.details ;Initial CTF was calculated by cryoSPARC Patch CTF. CTF parameters were refined during final homogeneous refinement in cryoSPARC. ; # _em_entity_assembly_naturalsource.id 2 _em_entity_assembly_naturalsource.entity_assembly_id 1 _em_entity_assembly_naturalsource.cell ? _em_entity_assembly_naturalsource.cellular_location ? _em_entity_assembly_naturalsource.ncbi_tax_id 273057 _em_entity_assembly_naturalsource.organ ? _em_entity_assembly_naturalsource.organelle ? _em_entity_assembly_naturalsource.organism 'Saccharolobus solfataricus P2' _em_entity_assembly_naturalsource.strain ? _em_entity_assembly_naturalsource.tissue ? # _em_entity_assembly_recombinant.id 2 _em_entity_assembly_recombinant.entity_assembly_id 1 _em_entity_assembly_recombinant.cell ? _em_entity_assembly_recombinant.ncbi_tax_id 562 _em_entity_assembly_recombinant.organism 'Escherichia coli' _em_entity_assembly_recombinant.plasmid pEE078.1 _em_entity_assembly_recombinant.strain ? # _em_image_processing.id 1 _em_image_processing.image_recording_id 1 _em_image_processing.details ? # _em_image_recording.id 1 _em_image_recording.imaging_id 1 _em_image_recording.avg_electron_dose_per_image 78 _em_image_recording.average_exposure_time ? _em_image_recording.details ? _em_image_recording.detector_mode ? _em_image_recording.film_or_detector_model 'GATAN K3 (6k x 4k)' _em_image_recording.num_diffraction_images ? _em_image_recording.num_grids_imaged ? _em_image_recording.num_real_images ? _em_image_recording.avg_electron_dose_per_subtomogram ? # _em_particle_selection.id 1 _em_particle_selection.image_processing_id 1 _em_particle_selection.details ;Particles were merged from 3 different datasets that differ in the specific DNA present. The particles for each individual structure were selected in equivalent ways: Particles were selected from a subset of micrographs with cryoSPARC blob picker. 2D class averages were calculated, selected and used as templates with cryoSPARC template picker. ; _em_particle_selection.method ? _em_particle_selection.num_particles_selected ? _em_particle_selection.reference_model ? # loop_ _em_software.id _em_software.category _em_software.details _em_software.name _em_software.version _em_software.image_processing_id _em_software.fitting_id _em_software.imaging_id 1 'PARTICLE SELECTION' ? cryoSPARC ? 1 ? ? 2 'IMAGE ACQUISITION' ? SerialEM ? ? ? 1 3 MASKING ? ? ? ? ? ? 4 'CTF CORRECTION' ? cryoSPARC 2.14.2 1 ? ? 5 'LAYERLINE INDEXING' ? ? ? ? ? ? 6 'DIFFRACTION INDEXING' ? ? ? ? ? ? 7 'MODEL FITTING' ? PHENIX 1.20.1_4487 ? 1 ? 8 OTHER ? ? ? ? ? ? 9 'INITIAL EULER ASSIGNMENT' ? cryoSPARC 2.14.2 1 ? ? 10 'FINAL EULER ASSIGNMENT' Homo_Refine_New cryoSPARC 3.31 1 ? ? 11 CLASSIFICATION Hetero_Refine cryoSPARC 3.31 1 ? ? 12 RECONSTRUCTION Homo_Refine_New cryoSPARC 3.31 1 ? ? 13 'MODEL REFINEMENT' phenix.real_speace_refine PHENIX 1.20.1_4487 ? 1 ? # _em_specimen.id 1 _em_specimen.experiment_id 1 _em_specimen.concentration ? _em_specimen.details ? _em_specimen.embedding_applied NO _em_specimen.shadowing_applied NO _em_specimen.staining_applied NO _em_specimen.vitrification_applied YES # loop_ _pdbx_audit_support.funding_organization _pdbx_audit_support.country _pdbx_audit_support.grant_number _pdbx_audit_support.ordinal 'National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)' 'United States' GM136313 1 'National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)' 'United States' GM098771 2 # loop_ _pdbx_entity_instance_feature.ordinal _pdbx_entity_instance_feature.comp_id _pdbx_entity_instance_feature.asym_id _pdbx_entity_instance_feature.seq_num _pdbx_entity_instance_feature.auth_comp_id _pdbx_entity_instance_feature.auth_asym_id _pdbx_entity_instance_feature.auth_seq_num _pdbx_entity_instance_feature.feature_type _pdbx_entity_instance_feature.details 1 08T ? ? 08T ? ? 'SUBJECT OF INVESTIGATION' ? 2 MG ? ? MG ? ? 'SUBJECT OF INVESTIGATION' ? # loop_ _pdbx_entity_nonpoly.entity_id _pdbx_entity_nonpoly.name _pdbx_entity_nonpoly.comp_id 3 'ZINC ION' ZN 4 'MAGNESIUM ION' MG 5 ;[[[(2R,3S,4R,5R)-5-(6-aminopurin-9-yl)-3,4-bis(oxidanyl)oxolan-2-yl]methoxy-oxidanyl-phosphoryl]oxy-oxidanyl-phosphoryl]oxy-tris(fluoranyl)beryllium ; 08T 6 water HOH # _pdbx_initial_refinement_model.id 1 _pdbx_initial_refinement_model.type 'experimental model' _pdbx_initial_refinement_model.source_name PDB _pdbx_initial_refinement_model.accession_code 6MII # _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.id 1 _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.experimental_support 'gel filtration' _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.details ? #