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'Rubinstein, J.L.' 3 0000-0003-0566-2209 # loop_ _citation.abstract _citation.abstract_id_CAS _citation.book_id_ISBN _citation.book_publisher _citation.book_publisher_city _citation.book_title _citation.coordinate_linkage _citation.country _citation.database_id_Medline _citation.details _citation.id _citation.journal_abbrev _citation.journal_id_ASTM _citation.journal_id_CSD _citation.journal_id_ISSN _citation.journal_full _citation.journal_issue _citation.journal_volume _citation.language _citation.page_first _citation.page_last _citation.title _citation.year _citation.database_id_CSD _citation.pdbx_database_id_DOI _citation.pdbx_database_id_PubMed _citation.pdbx_database_id_patent _citation.unpublished_flag ? ? ? ? ? ? ? US ? ? primary Proc.Natl.Acad.Sci.USA PNASA6 0040 1091-6490 ? ? 120 ? e2217181120 e2217181120 'Structural basis of V-ATPase V O region assembly by Vma12p, 21p, and 22p.' 2023 ? 10.1073/pnas.2217181120 36724250 ? ? ? ? ? ? ? ? ? US ? ? 1 Biorxiv ? ? 2692-8205 ? ? ? ? ? ? 'Structural basis of V-ATPase V0 region assembly by Vma12p, 21p, and 22p' 2022 ? 10.1101/2022.10.19.512923 ? ? ? # loop_ _citation_author.citation_id _citation_author.name _citation_author.ordinal _citation_author.identifier_ORCID primary 'Wang, H.' 1 0000-0002-7823-4259 primary 'Bueler, S.A.' 2 ? primary 'Rubinstein, J.L.' 3 0000-0003-0566-2209 1 'Wang, H.' 4 ? 1 'Bueler, S.A.' 5 ? 1 'Rubinstein, J.L.' 6 ? # loop_ _entity.id _entity.type _entity.src_method _entity.pdbx_description _entity.formula_weight _entity.pdbx_number_of_molecules _entity.pdbx_ec _entity.pdbx_mutation _entity.pdbx_fragment _entity.details 1 polymer nat 'Vacuolar ATPase assembly protein VMA22' 21104.717 1 ? ? ? ? 2 polymer nat 'V-type proton ATPase assembly factor Vma12p' 16460.309 1 ? ? ? ? 3 polymer nat 'V-type proton ATPase subunit F' 13479.170 1 ? ? ? ? 4 polymer nat 'V-type proton ATPase subunit a, vacuolar isoform' 95625.484 1 ? ? ? ? 5 polymer nat 'V0 assembly protein 1' 29694.885 1 ? ? ? ? 6 polymer nat 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11 ;V-ATPase subunit c',Proteolipid protein VMA11,Trifluoperazine resistance protein 3,V-ATPase 16 kDa proteolipid subunit 2,Vacuolar proton pump c' subunit ; # loop_ _entity_poly.entity_id _entity_poly.type _entity_poly.nstd_linkage _entity_poly.nstd_monomer _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can _entity_poly.pdbx_strand_id _entity_poly.pdbx_target_identifier 1 'polypeptide(L)' no no ;MSETRMAQNMDTTDEQYLRLIELLSNYDSTLEQLQKGFQDGYIQLSRSNYYNKDSLRGNYGEDYWDETYIGQLMATVEEK NSKVVVEIVKRKAQDKQEKKEEEDNKLTQRKKGTKPEKQKTQSHKLKQDYDPILMFGGVLSVPSSLRQSQTSFKGCIPLI AQLINYKNEILTLVETLSEQE ; ;MSETRMAQNMDTTDEQYLRLIELLSNYDSTLEQLQKGFQDGYIQLSRSNYYNKDSLRGNYGEDYWDETYIGQLMATVEEK NSKVVVEIVKRKAQDKQEKKEEEDNKLTQRKKGTKPEKQKTQSHKLKQDYDPILMFGGVLSVPSSLRQSQTSFKGCIPLI AQLINYKNEILTLVETLSEQE ; A ? 2 'polypeptide(L)' no no ;MFEIKLNDRITEFLRKFKNSAKSNEGIDEDIDLFLKRHAIPMQSLLFYVKEYRKDSDLQCSIKELLKPLEFEFKPKAVRG LHYSEDFKKKLEFLKYQEQELEYQSMVK(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) 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P32842 1 ? 164 ? 1 164 # _pdbx_struct_assembly.id 1 _pdbx_struct_assembly.details author_defined_assembly _pdbx_struct_assembly.method_details ? _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details octadecameric _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count 18 # _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression 1 _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L,M,N,O,P,Q,R # _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.id 1 _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.experimental_support 'electron microscopy' _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.details ? # _pdbx_struct_oper_list.id 1 _pdbx_struct_oper_list.type 'identity operation' _pdbx_struct_oper_list.name 1_555 _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation ? _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] 1.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.vector[1] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] 1.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.vector[2] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] 1.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 0.0000000000 # loop_ _struct_conf.conf_type_id _struct_conf.id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_id _struct_conf.beg_label_comp_id _struct_conf.beg_label_asym_id _struct_conf.beg_label_seq_id _struct_conf.pdbx_beg_PDB_ins_code _struct_conf.end_label_comp_id _struct_conf.end_label_asym_id _struct_conf.end_label_seq_id _struct_conf.pdbx_end_PDB_ins_code _struct_conf.beg_auth_comp_id _struct_conf.beg_auth_asym_id _struct_conf.beg_auth_seq_id _struct_conf.end_auth_comp_id _struct_conf.end_auth_asym_id _struct_conf.end_auth_seq_id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_class _struct_conf.details _struct_conf.pdbx_PDB_helix_length HELX_P HELX_P1 AA1 GLU A 15 ? TYR A 50 ? GLU A 15 TYR A 50 1 ? 36 HELX_P HELX_P2 AA2 GLY A 61 ? TRP A 65 ? GLY A 61 TRP A 65 5 ? 5 HELX_P HELX_P3 AA3 ASP A 131 ? GLY A 137 ? ASP A 131 GLY A 137 5 ? 7 HELX_P HELX_P4 AA4 PRO A 143 ? LEU A 177 ? PRO A 143 LEU A 177 1 ? 35 HELX_P HELX_P5 AA5 ASN B 7 ? LYS B 18 ? ASN B 7 LYS B 18 1 ? 12 HELX_P HELX_P6 AA6 ASN B 24 ? HIS B 38 ? ASN B 24 HIS B 38 1 ? 15 HELX_P HELX_P7 AA7 PRO B 41 ? ARG B 53 ? PRO B 41 ARG B 53 1 ? 13 HELX_P HELX_P8 AA8 SER B 84 ? VAL B 107 ? SER B 84 VAL B 107 1 ? 24 HELX_P HELX_P9 AA9 UNK B 110 ? UNK B 137 ? UNK B 124 UNK B 151 1 ? 28 HELX_P HELX_P10 AB1 ASP C 13 ? GLY C 24 ? ASP F 13 GLY F 24 1 ? 12 HELX_P HELX_P11 AB2 THR C 46 ? GLU C 59 ? THR F 46 GLU F 59 1 ? 14 HELX_P HELX_P12 AB3 GLN C 71 ? ILE C 77 ? GLN F 71 ILE F 77 1 ? 7 HELX_P HELX_P13 AB4 ILE C 77 ? SER C 83 ? ILE F 77 SER F 83 1 ? 7 HELX_P HELX_P14 AB5 ASP C 102 ? LYS C 105 ? ASP F 102 LYS F 105 5 ? 4 HELX_P HELX_P15 AB6 ASP C 106 ? LEU C 115 ? ASP F 106 LEU F 115 1 ? 10 HELX_P HELX_P16 AB7 ILE D 25 ? GLY D 37 ? ILE a 25 GLY a 37 1 ? 13 HELX_P HELX_P17 AB8 PHE D 55 ? HIS D 79 ? PHE a 55 HIS a 79 1 ? 25 HELX_P HELX_P18 AB9 GLY D 104 ? GLN D 146 ? GLY a 104 GLN a 146 1 ? 43 HELX_P HELX_P19 AC1 ASP D 149 ? LEU D 153 ? ASP a 149 LEU a 153 5 ? 5 HELX_P HELX_P20 AC2 LYS D 195 ? LEU D 207 ? LYS a 195 LEU a 207 1 ? 13 HELX_P HELX_P21 AC3 GLY D 242 ? LEU D 256 ? GLY a 242 LEU a 256 1 ? 15 HELX_P HELX_P22 AC4 ASN D 267 ? GLY D 269 ? ASN a 267 GLY a 269 5 ? 3 HELX_P HELX_P23 AC5 ARG D 270 ? LYS D 325 ? ARG a 270 LYS a 325 1 ? 56 HELX_P HELX_P24 AC6 GLU D 345 ? LEU D 360 ? GLU a 345 LEU a 360 1 ? 16 HELX_P HELX_P25 AC7 THR D 387 ? GLY D 398 ? THR a 387 GLY a 398 1 ? 12 HELX_P HELX_P26 AC8 ALA D 407 ? PHE D 423 ? ALA a 407 PHE a 423 1 ? 17 HELX_P HELX_P27 AC9 ASP D 425 ? ASN D 442 ? ASP a 425 ASN a 442 1 ? 18 HELX_P HELX_P28 AD1 ASN D 442 ? ASN D 447 ? ASN a 442 ASN a 447 1 ? 6 HELX_P HELX_P29 AD2 GLU D 453 ? GLY D 461 ? GLU a 453 GLY a 461 1 ? 9 HELX_P HELX_P30 AD3 GLY D 461 ? ASN D 480 ? GLY a 461 ASN a 480 1 ? 20 HELX_P HELX_P31 AD4 ASP D 519 ? HIS D 523 ? ASP a 519 HIS a 523 5 ? 5 HELX_P HELX_P32 AD5 ASN D 527 ? PHE D 562 ? ASN a 527 PHE a 562 1 ? 36 HELX_P HELX_P33 AD6 SER D 564 ? ASN D 571 ? SER a 564 ASN a 571 1 ? 8 HELX_P HELX_P34 AD7 ASN D 571 ? VAL D 596 ? ASN a 571 VAL a 596 1 ? 26 HELX_P HELX_P35 AD8 ASP D 597 ? GLY D 602 ? ASP a 597 GLY a 602 1 ? 6 HELX_P HELX_P36 AD9 GLY D 607 ? SER D 618 ? GLY a 607 SER a 618 1 ? 12 HELX_P HELX_P37 AE1 HIS D 629 ? PHE D 658 ? HIS a 629 PHE a 658 1 ? 30 HELX_P HELX_P38 AE2 ASP D 710 ? TYR D 733 ? ASP a 710 TYR a 733 1 ? 24 HELX_P HELX_P39 AE3 TYR D 733 ? MET D 753 ? TYR a 733 MET a 753 1 ? 21 HELX_P HELX_P40 AE4 THR D 754 ? PHE D 759 ? THR a 754 PHE a 759 1 ? 6 HELX_P HELX_P41 AE5 ARG D 762 ? LEU D 785 ? ARG a 762 LEU a 785 1 ? 24 HELX_P HELX_P42 AE6 LEU D 787 ? VAL D 803 ? LEU a 787 VAL a 803 1 ? 17 HELX_P HELX_P43 AE7 SER D 805 ? PHE D 810 ? SER a 805 PHE a 810 1 ? 6 HELX_P HELX_P44 AE8 ASP D 826 ? SER D 833 ? ASP a 826 SER a 833 1 ? 8 HELX_P HELX_P45 AE9 THR E 220 ? ASN E 246 ? THR b 220 ASN b 246 1 ? 27 HELX_P HELX_P46 AF1 PHE F 17 ? THR F 39 ? PHE c 17 THR c 39 1 ? 23 HELX_P HELX_P47 AF2 HIS F 41 ? ILE F 45 ? HIS c 41 ILE c 45 5 ? 5 HELX_P HELX_P48 AF3 ASN F 46 ? THR F 54 ? ASN c 46 THR c 54 1 ? 9 HELX_P HELX_P49 AF4 SER F 55 ? GLY F 90 ? SER c 55 GLY c 90 1 ? 36 HELX_P HELX_P50 AF5 ALA F 93 ? ARG F 95 ? ALA c 93 ARG c 95 5 ? 3 HELX_P HELX_P51 AF6 ILE F 96 ? SER F 123 ? ILE c 96 SER c 123 1 ? 28 HELX_P HELX_P52 AF7 THR F 129 ? MET F 133 ? THR c 129 MET c 133 5 ? 5 HELX_P HELX_P53 AF8 SER F 135 ? ASP F 177 ? SER c 135 ASP c 177 1 ? 43 HELX_P HELX_P54 AF9 LEU F 180 ? ALA F 206 ? LEU c 180 ALA c 206 1 ? 27 HELX_P HELX_P55 AG1 GLU G 2 ? PHE G 6 ? GLU d 2 PHE d 6 1 ? 5 HELX_P HELX_P56 AG2 PHE G 6 ? GLY G 23 ? PHE d 6 GLY d 23 1 ? 18 HELX_P HELX_P57 AG3 SER G 26 ? GLN G 35 ? SER d 26 GLN d 35 1 ? 10 HELX_P HELX_P58 AG4 THR G 38 ? SER G 47 ? THR d 38 SER d 47 1 ? 10 HELX_P HELX_P59 AG5 THR G 64 ? GLN G 86 ? THR d 64 GLN d 86 1 ? 23 HELX_P HELX_P60 AG6 SER G 88 ? HIS G 116 ? SER d 88 HIS d 116 1 ? 29 HELX_P HELX_P61 AG7 ASP G 119 ? ARG G 126 ? ASP d 119 ARG d 126 1 ? 8 HELX_P HELX_P62 AG8 LEU G 136 ? VAL G 141 ? LEU d 136 VAL d 141 5 ? 6 HELX_P HELX_P63 AG9 ASP G 144 ? VAL G 152 ? ASP d 144 VAL d 152 1 ? 9 HELX_P HELX_P64 AH1 LEU G 158 ? LYS G 163 ? LEU d 158 LYS d 163 5 ? 6 HELX_P HELX_P65 AH2 ASP G 173 ? ILE G 200 ? ASP d 173 ILE d 200 1 ? 28 HELX_P HELX_P66 AH3 PRO G 201 ? LEU G 228 ? PRO d 201 LEU d 228 1 ? 28 HELX_P HELX_P67 AH4 ASP G 234 ? ASP G 240 ? ASP d 234 ASP d 240 1 ? 7 HELX_P HELX_P68 AH5 PRO G 250 ? ALA G 257 ? PRO d 250 ALA d 257 1 ? 8 HELX_P HELX_P69 AH6 ASP G 261 ? ALA G 270 ? ASP d 261 ALA d 270 1 ? 10 HELX_P HELX_P70 AH7 ASN G 283 ? PHE G 300 ? ASN d 283 PHE d 300 1 ? 18 HELX_P HELX_P71 AH8 ILE G 306 ? GLN G 332 ? 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GLN K 122 ? ALA h 83 GLN h 122 1 ? 40 HELX_P HELX_P87 AJ6 ARG K 124 ? ARG K 153 ? ARG h 124 ARG h 153 1 ? 30 HELX_P HELX_P88 AJ7 TYR L 8 ? ARG L 46 ? TYR i 8 ARG i 46 1 ? 39 HELX_P HELX_P89 AJ8 LEU L 49 ? ILE L 54 ? LEU i 49 ILE i 54 1 ? 6 HELX_P HELX_P90 AJ9 ILE L 54 ? TYR L 76 ? ILE i 54 TYR i 76 1 ? 23 HELX_P HELX_P91 AK1 ALA L 83 ? GLN L 122 ? ALA i 83 GLN i 122 1 ? 40 HELX_P HELX_P92 AK2 ARG L 124 ? ARG L 153 ? ARG i 124 ARG i 153 1 ? 30 HELX_P HELX_P93 AK3 TYR M 8 ? CYS M 43 ? TYR j 8 CYS j 43 1 ? 36 HELX_P HELX_P94 AK4 ARG M 46 ? ASP M 48 ? ARG j 46 ASP j 48 5 ? 3 HELX_P HELX_P95 AK5 LEU M 49 ? ILE M 54 ? LEU j 49 ILE j 54 1 ? 6 HELX_P HELX_P96 AK6 ILE M 54 ? SER M 77 ? ILE j 54 SER j 77 1 ? 24 HELX_P HELX_P97 AK7 ALA M 83 ? SER M 120 ? ALA j 83 SER j 120 1 ? 38 HELX_P HELX_P98 AK8 ARG M 124 ? THR M 155 ? ARG j 124 THR j 155 1 ? 32 HELX_P HELX_P99 AK9 TYR N 8 ? CYS N 43 ? TYR k 8 CYS k 43 1 ? 36 HELX_P HELX_P100 AL1 ARG N 46 ? ASP N 48 ? 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