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4 ;MESTPSRGLNRVHLQCRNLQEFLGGLSPGVLDRLYGHPATCLAVFRELPSLAKNWVMRMLFLEQPLPQAAVALWVKKEFS KAQEESTGLLSGLRIWHTQLLPGGLQGLILNPIFRQNLRIALLGGGKAWSDDTSQLGPDKHARDVPSLDKYAEERWEVVL HFMVGSPSAAVSQDLAQLLSQAGLMKSTEPGEPPCITSAGFQFLLLDTPAQLWYFMLQYLQTAQSRGMDLVEILSFLFQL SFSTLGKDYSVEGMSDSLLNFLQHLREFGLVFQRKRKSRRYYPTRLAINLSSGVSGAGGTVHQPGFIVVETNYRLYAYTE SELQIALIALFSEMLYRFPNMVVAQVTRESVQQAIASGITAQQIIHFLRTRAHPVMLKQTPVLPPTITDQIRLWELERDR LRFTEGVLYNQFLSQVDFELLLAHARELGVLVFENSAKRLMVVTPAGHSDVKRFWKRQKHSS ; 1 5 UNP TF2H2_HUMAN Q13888 ? 5 ;MDEEPERTKRWEGGYERTWEILKEDESGSLKATIEDILFKAKRKRVFEHHGQVRLGMMRHLYVVVDGSRTMEDQDLKPNR LTCTLKLLEYFVEEYFDQNPISQIGIIVTKSKRAEKLTELSGNPRKHITSLKKAVDMTCHGEPSLYNSLSIAMQTLKHMP GHTSREVLIIFSSLTTCDPSNIYDLIKTLKAAKIRVSVIGLSAEVRVCTVLARETGGTYHVILDESHYKELLTHHVSPPP ASSSSECSLIRMGFPQHTIASLSDQDAKPSFSMAHLDGNTEPGLTLGGYFCPQCRAKYCELPVECKICGLTLVSAPHLAR SYHHLFPLDAFQEIPLEEYNGERFCYGCQGELKDQHVYVCAVCQNVFCVDCDVFVHDSLHCCPGCIHKIPAPSGV ; 1 6 UNP TF2H3_HUMAN Q13889 ? 6 ;MVSDEDELNLLVIVVDANPIWWGKQALKESQFTLSKCIDAVMVLGNSHLFMNRSNKLAVIASHIQESRFLYPGKNGRLGD FFGDPGNPPEFNPSGSKDGKYELLTSANEVIVEEIKDLMTKSDIKGQHTETLLAGSLAKALCYIHRMNKEVKDNQEMKSR ILVIKAAEDSALQYMNFMNVIFAAQKQNILIDACVLDSDSGLLQQACDITGGLYLKVPQMPSLLQYLLWVFLPDQDQRSQ LILPPPVHVDYRAACFCHRNLIEIGYVCSVCLSIFCNFSPICTTCETAFKISLPPVLKAKKKKLKVSA ; 1 7 UNP TF2H5_HUMAN Q6ZYL4 ? 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9 ;MQVTLKTLQQQTFKIDIDPEETVKALKEKIESEKGKDAFPVAGQKLIYAGKILNDDTALKEYKIDEKNFVVVMVTKPKAV STPAPATTQQSAPASTTAVTSSTTTTVAQAPTPVPALAPTSTPASITPASATASSEPAPASAAKQEKPAEKPAETPVATS PTATDSTSGDSSRSNLFEDATSALVTGQSYENMVTEIMSMGYEREQVIAALRASFNNPDRAVEYLLMGIPGDRESQAVVD PPQAASTGAPQSSAVAAAAATTTATTTTTSSGGHPLEFLRNQPQFQQMRQIIQQNPSLLPALLQQIGRENPQLLQQISQH QEHFIQMLNEPVQEAGGQGGGGGGGSGGIAEAGSGHMNYIQVTPQEKEAIERLKALGFPEGLVIQAYFACEKNENLAANF LLQQNFDED ; 1 10 UNP CETN2_HUMAN P41208 ? 10 ;MASNFKKANMASSSQRKRMSPKPELTEEQKQEIREAFDLFDADGTGTIDVKELKVAMRALGFEPKKEEIKKMISEIDKEG TGKMNFGDFLTVMTQKMSEKDTKEEILKAFKLFDDDETGKISFKNLKRVAKELGENLTDEELQEMIDEADRDGDGEVSEQ EFLRIMKKTSLY ; 1 11 PDB 8EBW 8EBW ? 11 ? 1 12 PDB 8EBW 8EBW ? 12 ? 1 # loop_ _struct_ref_seq.align_id _struct_ref_seq.ref_id _struct_ref_seq.pdbx_PDB_id_code _struct_ref_seq.pdbx_strand_id _struct_ref_seq.seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.seq_align_end _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_db_accession _struct_ref_seq.db_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_db_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.db_align_end _struct_ref_seq.pdbx_db_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_end 1 1 8EBW A 1 ? 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'expression tag' 417 49 # loop_ _chem_comp.id _chem_comp.type _chem_comp.mon_nstd_flag _chem_comp.name _chem_comp.pdbx_synonyms _chem_comp.formula _chem_comp.formula_weight 3DR 'DNA linking' . "1',2'-DIDEOXYRIBOFURANOSE-5'-PHOSPHATE" 'ABASIC DIDEOXYRIBOSE' 'C5 H11 O6 P' 198.111 ALA 'L-peptide linking' y ALANINE ? 'C3 H7 N O2' 89.093 ARG 'L-peptide linking' y ARGININE ? 'C6 H15 N4 O2 1' 175.209 ASN 'L-peptide linking' y ASPARAGINE ? 'C4 H8 N2 O3' 132.118 ASP 'L-peptide linking' y 'ASPARTIC ACID' ? 'C4 H7 N O4' 133.103 CA non-polymer . 'CALCIUM ION' ? 'Ca 2' 40.078 CYS 'L-peptide linking' y CYSTEINE ? 'C3 H7 N O2 S' 121.158 DA 'DNA linking' y "2'-DEOXYADENOSINE-5'-MONOPHOSPHATE" ? 'C10 H14 N5 O6 P' 331.222 DC 'DNA linking' y "2'-DEOXYCYTIDINE-5'-MONOPHOSPHATE" ? 'C9 H14 N3 O7 P' 307.197 DG 'DNA linking' y "2'-DEOXYGUANOSINE-5'-MONOPHOSPHATE" ? 'C10 H14 N5 O7 P' 347.221 DT 'DNA linking' y "THYMIDINE-5'-MONOPHOSPHATE" ? 'C10 H15 N2 O8 P' 322.208 GLN 'L-peptide linking' y GLUTAMINE ? 'C5 H10 N2 O3' 146.144 GLU 'L-peptide linking' y 'GLUTAMIC ACID' ? 'C5 H9 N O4' 147.129 GLY 'peptide linking' y GLYCINE ? 'C2 H5 N O2' 75.067 HIS 'L-peptide linking' y HISTIDINE ? 'C6 H10 N3 O2 1' 156.162 ILE 'L-peptide linking' y ISOLEUCINE ? 'C6 H13 N O2' 131.173 LEU 'L-peptide linking' y LEUCINE ? 'C6 H13 N O2' 131.173 LYS 'L-peptide linking' y LYSINE ? 'C6 H15 N2 O2 1' 147.195 MET 'L-peptide linking' y METHIONINE ? 'C5 H11 N O2 S' 149.211 PHE 'L-peptide linking' y PHENYLALANINE ? 'C9 H11 N O2' 165.189 PRO 'L-peptide linking' y PROLINE ? 'C5 H9 N O2' 115.130 SER 'L-peptide linking' y SERINE ? 'C3 H7 N O3' 105.093 SF4 non-polymer . 'IRON/SULFUR CLUSTER' ? 'Fe4 S4' 351.640 THR 'L-peptide linking' y THREONINE ? 'C4 H9 N O3' 119.119 TRP 'L-peptide linking' y TRYPTOPHAN ? 'C11 H12 N2 O2' 204.225 TYR 'L-peptide linking' y TYROSINE ? 'C9 H11 N O3' 181.189 VAL 'L-peptide linking' y VALINE ? 'C5 H11 N O2' 117.146 ZN non-polymer . 'ZINC ION' ? 'Zn 2' 65.409 # _exptl.absorpt_coefficient_mu ? _exptl.absorpt_correction_T_max ? _exptl.absorpt_correction_T_min ? _exptl.absorpt_correction_type ? _exptl.absorpt_process_details ? _exptl.entry_id 8EBW _exptl.crystals_number ? _exptl.details ? _exptl.method 'ELECTRON MICROSCOPY' _exptl.method_details ? # _struct.entry_id 8EBW _struct.title 'Initial DNA-lesion (AP) binding by XPC and TFIIH complex2' _struct.pdbx_model_details ? _struct.pdbx_formula_weight ? _struct.pdbx_formula_weight_method ? _struct.pdbx_model_type_details ? _struct.pdbx_CASP_flag N # _struct_keywords.entry_id 8EBW _struct_keywords.text 'protein-DNA complex, DNA BINDING PROTEIN-DNA complex' _struct_keywords.pdbx_keywords 'DNA BINDING PROTEIN/DNA' # loop_ _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.entity_id _struct_asym.details A N N 1 ? B N N 2 ? C N N 3 ? D N N 4 ? E N N 5 ? F N N 6 ? G N N 7 ? H N N 8 ? I N N 9 ? J N N 10 ? K N N 11 ? L N N 12 ? M N N 13 ? 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'CRYSTALLOGRAPHY MERGING' ? 19 1 1 1 ? ? # _em_specimen.concentration 0.4 _em_specimen.details ? _em_specimen.embedding_applied NO _em_specimen.experiment_id 1 _em_specimen.id 1 _em_specimen.shadowing_applied NO _em_specimen.staining_applied NO _em_specimen.vitrification_applied YES # loop_ _ndb_struct_conf_na.entry_id _ndb_struct_conf_na.feature 8EBW 'double helix' 8EBW 'a-form double helix' 8EBW 'b-form double helix' # loop_ _ndb_struct_na_base_pair.model_number _ndb_struct_na_base_pair.i_label_asym_id _ndb_struct_na_base_pair.i_label_comp_id _ndb_struct_na_base_pair.i_label_seq_id _ndb_struct_na_base_pair.i_symmetry _ndb_struct_na_base_pair.j_label_asym_id _ndb_struct_na_base_pair.j_label_comp_id _ndb_struct_na_base_pair.j_label_seq_id _ndb_struct_na_base_pair.j_symmetry _ndb_struct_na_base_pair.shear _ndb_struct_na_base_pair.stretch _ndb_struct_na_base_pair.stagger _ndb_struct_na_base_pair.buckle _ndb_struct_na_base_pair.propeller _ndb_struct_na_base_pair.opening _ndb_struct_na_base_pair.pair_number _ndb_struct_na_base_pair.pair_name _ndb_struct_na_base_pair.i_auth_asym_id _ndb_struct_na_base_pair.i_auth_seq_id _ndb_struct_na_base_pair.i_PDB_ins_code _ndb_struct_na_base_pair.j_auth_asym_id _ndb_struct_na_base_pair.j_auth_seq_id _ndb_struct_na_base_pair.j_PDB_ins_code _ndb_struct_na_base_pair.hbond_type_28 _ndb_struct_na_base_pair.hbond_type_12 1 K DA 1 1_555 L DT 53 1_555 0.068 -0.142 -0.078 0.177 0.303 2.058 1 L_DA1:DT56_M L 1 ? 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