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EMDB EMD-28612 ? ? # loop_ _pdbx_audit_revision_history.ordinal _pdbx_audit_revision_history.data_content_type _pdbx_audit_revision_history.major_revision _pdbx_audit_revision_history.minor_revision _pdbx_audit_revision_history.revision_date 1 'Structure model' 1 0 2023-07-12 2 'Structure model' 1 1 2023-08-02 3 'Structure model' 2 0 2024-04-03 # loop_ _pdbx_audit_revision_details.ordinal _pdbx_audit_revision_details.revision_ordinal _pdbx_audit_revision_details.data_content_type _pdbx_audit_revision_details.provider _pdbx_audit_revision_details.type _pdbx_audit_revision_details.description _pdbx_audit_revision_details.details 1 1 'Structure model' repository 'Initial release' ? ? 2 3 'Structure model' author 'Coordinate replacement' 'Sequence discrepancy' 'We changed the DNA sequence.' # loop_ _pdbx_audit_revision_group.ordinal _pdbx_audit_revision_group.revision_ordinal _pdbx_audit_revision_group.data_content_type _pdbx_audit_revision_group.group 1 2 'Structure model' 'Database references' 2 3 'Structure model' Advisory 3 3 'Structure model' 'Atomic model' 4 3 'Structure model' 'Data collection' 5 3 'Structure model' 'Database references' 6 3 'Structure model' 'Derived calculations' 7 3 'Structure model' 'Polymer sequence' 8 3 'Structure model' 'Source and taxonomy' 9 3 'Structure model' 'Structure summary' # loop_ _pdbx_audit_revision_category.ordinal _pdbx_audit_revision_category.revision_ordinal _pdbx_audit_revision_category.data_content_type _pdbx_audit_revision_category.category 1 2 'Structure model' citation 2 2 'Structure model' citation_author 3 3 'Structure model' atom_site 4 3 'Structure model' chem_comp_atom 5 3 'Structure model' chem_comp_bond 6 3 'Structure model' em_entity_assembly 7 3 'Structure model' em_software 8 3 'Structure model' entity 9 3 'Structure model' entity_poly 10 3 'Structure model' entity_poly_seq 11 3 'Structure model' entity_src_gen 12 3 'Structure model' ndb_struct_na_base_pair 13 3 'Structure model' ndb_struct_na_base_pair_step 14 3 'Structure model' pdbx_contact_author 15 3 'Structure model' pdbx_entity_src_syn 16 3 'Structure model' pdbx_poly_seq_scheme 17 3 'Structure model' pdbx_struct_assembly 18 3 'Structure model' pdbx_struct_oper_list 19 3 'Structure model' pdbx_struct_sheet_hbond 20 3 'Structure model' pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms 21 3 'Structure model' pdbx_unobs_or_zero_occ_residues 22 3 'Structure model' pdbx_validate_close_contact 23 3 'Structure model' pdbx_validate_rmsd_angle 24 3 'Structure model' pdbx_validate_torsion 25 3 'Structure model' struct_conf 26 3 'Structure model' struct_conn 27 3 'Structure model' struct_ref 28 3 'Structure model' struct_ref_seq 29 3 'Structure model' struct_ref_seq_dif 30 3 'Structure model' struct_sheet 31 3 'Structure model' struct_sheet_order 32 3 'Structure model' struct_sheet_range # loop_ _pdbx_audit_revision_item.ordinal _pdbx_audit_revision_item.revision_ordinal _pdbx_audit_revision_item.data_content_type _pdbx_audit_revision_item.item 1 2 'Structure model' '_citation.journal_volume' 2 2 'Structure model' '_citation.page_first' 3 2 'Structure model' '_citation.page_last' 4 2 'Structure model' '_citation_author.identifier_ORCID' 5 3 'Structure model' '_em_entity_assembly.entity_id_list' 6 3 'Structure model' '_em_entity_assembly.name' 7 3 'Structure model' '_entity.formula_weight' 8 3 'Structure model' '_entity.pdbx_description' 9 3 'Structure model' '_entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code' 10 3 'Structure model' '_entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can' 11 3 'Structure model' '_entity_poly.pdbx_strand_id' 12 3 'Structure model' '_entity_src_gen.pdbx_end_seq_num' 13 3 'Structure model' '_entity_src_gen.pdbx_gene_src_gene' 14 3 'Structure model' '_pdbx_contact_author.id' 15 3 'Structure model' '_pdbx_entity_src_syn.ncbi_taxonomy_id' 16 3 'Structure model' '_pdbx_entity_src_syn.pdbx_beg_seq_num' 17 3 'Structure model' '_pdbx_entity_src_syn.pdbx_end_seq_num' 18 3 'Structure model' '_pdbx_struct_assembly.details' 19 3 'Structure model' '_pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation' 20 3 'Structure model' '_struct_conf.beg_auth_asym_id' 21 3 'Structure model' '_struct_conf.beg_auth_comp_id' 22 3 'Structure model' '_struct_conf.beg_auth_seq_id' 23 3 'Structure model' '_struct_conf.beg_label_comp_id' 24 3 'Structure model' '_struct_conf.beg_label_seq_id' 25 3 'Structure model' '_struct_conf.end_auth_asym_id' 26 3 'Structure model' '_struct_conf.end_auth_comp_id' 27 3 'Structure model' '_struct_conf.end_auth_seq_id' 28 3 'Structure model' '_struct_conf.end_label_comp_id' 29 3 'Structure model' '_struct_conf.end_label_seq_id' 30 3 'Structure model' '_struct_conf.pdbx_PDB_helix_length' 31 3 'Structure model' '_struct_ref.db_code' 32 3 'Structure model' '_struct_ref.db_name' 33 3 'Structure model' '_struct_ref.pdbx_align_begin' 34 3 'Structure model' '_struct_ref.pdbx_db_accession' 35 3 'Structure model' '_struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code' 36 3 'Structure model' '_struct_ref_seq.db_align_beg' 37 3 'Structure model' '_struct_ref_seq.db_align_end' 38 3 'Structure model' '_struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_beg' 39 3 'Structure model' '_struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_end' 40 3 'Structure model' '_struct_ref_seq.pdbx_db_accession' 41 3 'Structure model' '_struct_ref_seq.pdbx_strand_id' 42 3 'Structure model' '_struct_ref_seq.seq_align_beg' 43 3 'Structure model' '_struct_ref_seq.seq_align_end' # _pdbx_database_status.status_code REL _pdbx_database_status.status_code_sf ? _pdbx_database_status.status_code_mr ? _pdbx_database_status.entry_id 8EUE _pdbx_database_status.recvd_initial_deposition_date 2022-10-18 _pdbx_database_status.SG_entry N _pdbx_database_status.deposit_site RCSB _pdbx_database_status.process_site RCSB _pdbx_database_status.status_code_cs ? _pdbx_database_status.status_code_nmr_data ? _pdbx_database_status.methods_development_category ? _pdbx_database_status.pdb_format_compatible Y # _pdbx_database_related.db_name EMDB _pdbx_database_related.details 'Class1 of the INO80-Nucleosome complex' _pdbx_database_related.db_id EMD-28612 _pdbx_database_related.content_type 'associated EM volume' # _pdbx_contact_author.id 3 _pdbx_contact_author.email Yifan.Cheng@ucsf.edu _pdbx_contact_author.name_first Yifan _pdbx_contact_author.name_last Cheng _pdbx_contact_author.name_mi ? _pdbx_contact_author.role 'principal investigator/group leader' _pdbx_contact_author.identifier_ORCID 0000-0001-9535-0369 # loop_ _audit_author.name _audit_author.pdbx_ordinal _audit_author.identifier_ORCID 'Wu, H.' 1 ? 'Munoz, E.' 2 ? 'Gourdet, M.' 3 ? 'Narlikar, G.' 4 ? 'Cheng, Y.F.' 5 ? # _citation.abstract ? _citation.abstract_id_CAS ? _citation.book_id_ISBN ? _citation.book_publisher ? _citation.book_publisher_city ? _citation.book_title ? _citation.coordinate_linkage ? _citation.country US _citation.database_id_Medline ? _citation.details ? _citation.id primary _citation.journal_abbrev Science _citation.journal_id_ASTM SCIEAS _citation.journal_id_CSD 0038 _citation.journal_id_ISSN 1095-9203 _citation.journal_full ? _citation.journal_issue ? _citation.journal_volume 381 _citation.language ? _citation.page_first 319 _citation.page_last 324 _citation.title 'Reorientation of INO80 on hexasomes reveals basis for mechanistic versatility.' _citation.year 2023 _citation.database_id_CSD ? _citation.pdbx_database_id_DOI 10.1126/science.adf4197 _citation.pdbx_database_id_PubMed 37384669 _citation.pdbx_database_id_patent ? _citation.unpublished_flag ? # loop_ _citation_author.citation_id _citation_author.name _citation_author.ordinal _citation_author.identifier_ORCID primary 'Wu, H.' 1 ? primary 'Munoz, E.N.' 2 ? primary 'Hsieh, L.J.' 3 ? primary 'Chio, U.S.' 4 ? primary 'Gourdet, M.A.' 5 ? primary 'Narlikar, G.J.' 6 ? primary 'Cheng, Y.' 7 ? # loop_ _entity.id _entity.type _entity.src_method _entity.pdbx_description _entity.formula_weight _entity.pdbx_number_of_molecules _entity.pdbx_ec _entity.pdbx_mutation _entity.pdbx_fragment _entity.details 1 polymer man 'Histone H3.2' 15403.062 2 ? ? ? ? 2 polymer man 'Histone H4' 11394.426 2 ? ? ? ? 3 polymer man 'Histone H2A type 1' 14109.436 2 ? ? ? ? 4 polymer man 'Histone H2B 1.1' 13655.948 2 ? ? ? ? 5 polymer syn 'DNA (147-MER)' 69840.398 1 ? ? ? ? 6 polymer syn 'DNA (147-MER)' 70347.750 1 ? ? ? ? # loop_ _entity_poly.entity_id _entity_poly.type _entity_poly.nstd_linkage _entity_poly.nstd_monomer _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can _entity_poly.pdbx_strand_id _entity_poly.pdbx_target_identifier 1 'polypeptide(L)' no no ;MARTKQTARKSTGGKAPRKQLATKAARKSAPATGGVKKPHRYRPGTVALREIRRYQKSTELLIRKLPFQRLVREIAQDFK TDLRFQSSAVMALQEASEAYLVALFEDTNLAAIHAKRVTIMPKDIQLARRIRGERA ; ;MARTKQTARKSTGGKAPRKQLATKAARKSAPATGGVKKPHRYRPGTVALREIRRYQKSTELLIRKLPFQRLVREIAQDFK TDLRFQSSAVMALQEASEAYLVALFEDTNLAAIHAKRVTIMPKDIQLARRIRGERA ; A,E ? 2 'polypeptide(L)' no no ;MSGRGKGGKGLGKGGAKRHRKVLRDNIQGITKPAIRRLARRGGVKRISGLIYEETRGVLKVFLENVIRDAVTYTEHAKRK TVTAMDVVYALKRQGRTLYGFGG ; ;MSGRGKGGKGLGKGGAKRHRKVLRDNIQGITKPAIRRLARRGGVKRISGLIYEETRGVLKVFLENVIRDAVTYTEHAKRK TVTAMDVVYALKRQGRTLYGFGG ; B,F ? 3 'polypeptide(L)' no no ;MSGRGKQGGKTRAKAKTRSSRAGLQFPVGRVHRLLRKGNYAERVGAGAPVYLAAVLEYLTAEILELAGNAARDNKKTRII PRHLQLAVRNDEELNKLLGRVTIAQGGVLPNIQSVLLPKKTESSKSAKSK ; ;MSGRGKQGGKTRAKAKTRSSRAGLQFPVGRVHRLLRKGNYAERVGAGAPVYLAAVLEYLTAEILELAGNAARDNKKTRII PRHLQLAVRNDEELNKLLGRVTIAQGGVLPNIQSVLLPKKTESSKSAKSK ; C,G ? 4 'polypeptide(L)' no no ;MAKSAPAPKKGSKKAVTKTQKKDGKKRRKTRKESYAIYVYKVLKQVHPDTGISSKAMSIMNSFVNDVFERIAGEASRLAH YNKRSTITSREIQTAVRLLLPGELAKHAVSEGTKAVTKYTSAK ; ;MAKSAPAPKKGSKKAVTKTQKKDGKKRRKTRKESYAIYVYKVLKQVHPDTGISSKAMSIMNSFVNDVFERIAGEASRLAH YNKRSTITSREIQTAVRLLLPGELAKHAVSEGTKAVTKYTSAK ; D,H ? 5 polydeoxyribonucleotide no no ;(DC)(DT)(DG)(DG)(DA)(DG)(DA)(DA)(DT)(DC)(DC)(DC)(DG)(DG)(DT)(DG)(DC)(DC)(DG)(DA) (DG)(DG)(DC)(DC)(DG)(DC)(DT)(DC)(DA)(DA)(DT)(DT)(DG)(DG)(DT)(DC)(DG)(DT)(DA)(DG) (DA)(DC)(DA)(DG)(DC)(DT)(DC)(DT)(DA)(DG)(DC)(DA)(DC)(DC)(DG)(DC)(DT)(DT)(DA)(DA) (DA)(DC)(DG)(DC)(DA)(DC)(DG)(DT)(DA)(DC)(DG)(DC)(DG)(DC)(DT)(DG)(DT)(DC)(DC)(DC) (DC)(DC)(DG)(DC)(DG)(DT)(DT)(DT)(DT)(DA)(DA)(DC)(DC)(DG)(DC)(DC)(DA)(DA)(DG)(DG) (DG)(DG)(DA)(DT)(DT)(DA)(DC)(DT)(DC)(DC)(DC)(DT)(DA)(DG)(DT)(DC)(DT)(DC)(DC)(DA) (DG)(DG)(DC)(DA)(DC)(DG)(DT)(DG)(DT)(DC)(DA)(DG)(DA)(DT)(DA)(DT)(DA)(DT)(DA)(DC) (DA)(DT)(DC)(DC)(DT)(DG)(DT)(DG)(DC)(DA)(DT)(DG)(DT)(DA)(DT)(DT)(DG)(DA)(DA)(DC) (DA)(DG)(DC)(DG)(DA)(DC)(DC)(DT)(DT)(DG)(DC)(DC)(DG)(DG)(DT)(DG)(DC)(DC)(DA)(DG) (DT)(DC)(DG)(DG)(DA)(DT)(DA)(DG)(DT)(DG)(DT)(DT)(DC)(DC)(DG)(DA)(DG)(DC)(DT)(DC) (DC)(DC)(DA)(DC)(DT)(DC)(DT)(DA)(DG)(DA)(DG)(DG)(DA)(DT)(DC)(DC)(DC)(DC)(DG)(DG) (DG)(DT)(DA)(DC)(DC)(DG)(DA) ; ;CTGGAGAATCCCGGTGCCGAGGCCGCTCAATTGGTCGTAGACAGCTCTAGCACCGCTTAAACGCACGTACGCGCTGTCCC CCGCGTTTTAACCGCCAAGGGGATTACTCCCTAGTCTCCAGGCACGTGTCAGATATATACATCCTGTGCATGTATTGAAC AGCGACCTTGCCGGTGCCAGTCGGATAGTGTTCCGAGCTCCCACTCTAGAGGATCCCCGGGTACCGA ; I ? 6 polydeoxyribonucleotide no no ;(DT)(DC)(DG)(DG)(DT)(DA)(DC)(DC)(DC)(DG)(DG)(DG)(DG)(DA)(DT)(DC)(DC)(DT)(DC)(DT) (DA)(DG)(DA)(DG)(DT)(DG)(DG)(DG)(DA)(DG)(DC)(DT)(DC)(DG)(DG)(DA)(DA)(DC)(DA)(DC) (DT)(DA)(DT)(DC)(DC)(DG)(DA)(DC)(DT)(DG)(DG)(DC)(DA)(DC)(DC)(DG)(DG)(DC)(DA)(DA) (DG)(DG)(DT)(DC)(DG)(DC)(DT)(DG)(DT)(DT)(DC)(DA)(DA)(DT)(DA)(DC)(DA)(DT)(DG)(DC) (DA)(DC)(DA)(DG)(DG)(DA)(DT)(DG)(DT)(DA)(DT)(DA)(DT)(DA)(DT)(DC)(DT)(DG)(DA)(DC) (DA)(DC)(DG)(DT)(DG)(DC)(DC)(DT)(DG)(DG)(DA)(DG)(DA)(DC)(DT)(DA)(DG)(DG)(DG)(DA) (DG)(DT)(DA)(DA)(DT)(DC)(DC)(DC)(DC)(DT)(DT)(DG)(DG)(DC)(DG)(DG)(DT)(DT)(DA)(DA) (DA)(DA)(DC)(DG)(DC)(DG)(DG)(DG)(DG)(DG)(DA)(DC)(DA)(DG)(DC)(DG)(DC)(DG)(DT)(DA) (DC)(DG)(DT)(DG)(DC)(DG)(DT)(DT)(DT)(DA)(DA)(DG)(DC)(DG)(DG)(DT)(DG)(DC)(DT)(DA) (DG)(DA)(DG)(DC)(DT)(DG)(DT)(DC)(DT)(DA)(DC)(DG)(DA)(DC)(DC)(DA)(DA)(DT)(DT)(DG) (DA)(DG)(DC)(DG)(DG)(DC)(DC)(DT)(DC)(DG)(DG)(DC)(DA)(DC)(DC)(DG)(DG)(DG)(DA)(DT) (DT)(DC)(DT)(DC)(DC)(DA)(DG) ; ;TCGGTACCCGGGGATCCTCTAGAGTGGGAGCTCGGAACACTATCCGACTGGCACCGGCAAGGTCGCTGTTCAATACATGC ACAGGATGTATATATCTGACACGTGCCTGGAGACTAGGGAGTAATCCCCTTGGCGGTTAAAACGCGGGGGACAGCGCGTA CGTGCGTTTAAGCGGTGCTAGAGCTGTCTACGACCAATTGAGCGGCCTCGGCACCGGGATTCTCCAG ; J ? # loop_ _entity_poly_seq.entity_id _entity_poly_seq.num _entity_poly_seq.mon_id _entity_poly_seq.hetero 1 1 MET n 1 2 ALA n 1 3 ARG n 1 4 THR n 1 5 LYS n 1 6 GLN n 1 7 THR n 1 8 ALA n 1 9 ARG n 1 10 LYS n 1 11 SER n 1 12 THR n 1 13 GLY n 1 14 GLY n 1 15 LYS n 1 16 ALA n 1 17 PRO n 1 18 ARG n 1 19 LYS n 1 20 GLN n 1 21 LEU n 1 22 ALA n 1 23 THR n 1 24 LYS n 1 25 ALA n 1 26 ALA n 1 27 ARG n 1 28 LYS n 1 29 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J LEU 116 CD2 # _cell.angle_alpha 90.00 _cell.angle_alpha_esd ? _cell.angle_beta 90.00 _cell.angle_beta_esd ? _cell.angle_gamma 90.00 _cell.angle_gamma_esd ? _cell.entry_id 8EUE _cell.details ? _cell.formula_units_Z ? _cell.length_a 1.00 _cell.length_a_esd ? _cell.length_b 1.00 _cell.length_b_esd ? _cell.length_c 1.00 _cell.length_c_esd ? _cell.volume ? _cell.volume_esd ? _cell.Z_PDB ? _cell.reciprocal_angle_alpha ? _cell.reciprocal_angle_beta ? _cell.reciprocal_angle_gamma ? _cell.reciprocal_angle_alpha_esd ? _cell.reciprocal_angle_beta_esd ? _cell.reciprocal_angle_gamma_esd ? _cell.reciprocal_length_a ? _cell.reciprocal_length_b ? _cell.reciprocal_length_c ? _cell.reciprocal_length_a_esd ? _cell.reciprocal_length_b_esd ? _cell.reciprocal_length_c_esd ? _cell.pdbx_unique_axis ? _cell.pdbx_esd_method ? # _symmetry.entry_id 8EUE _symmetry.cell_setting ? _symmetry.Int_Tables_number 1 _symmetry.space_group_name_Hall ? _symmetry.space_group_name_H-M 'P 1' _symmetry.pdbx_full_space_group_name_H-M ? # _exptl.absorpt_coefficient_mu ? _exptl.absorpt_correction_T_max ? _exptl.absorpt_correction_T_min ? _exptl.absorpt_correction_type ? _exptl.absorpt_process_details ? _exptl.entry_id 8EUE _exptl.crystals_number ? _exptl.details ? _exptl.method 'ELECTRON MICROSCOPY' _exptl.method_details ? # _struct.entry_id 8EUE _struct.title 'Class1 of the INO80-Nucleosome complex' _struct.pdbx_model_details ? _struct.pdbx_formula_weight ? _struct.pdbx_formula_weight_method ? _struct.pdbx_model_type_details ? _struct.pdbx_CASP_flag N # _struct_keywords.entry_id 8EUE _struct_keywords.text 'Chromatin Remodeler, hexasome, DNA BINDING PROTEIN, DNA BINDING PROTEIN-DNA complex' _struct_keywords.pdbx_keywords 'DNA BINDING PROTEIN/DNA' # loop_ _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.entity_id _struct_asym.details A N N 1 ? B N N 2 ? C N N 3 ? D N N 4 ? E N N 1 ? F N N 2 ? G N N 4 ? H N N 5 ? I N N 6 ? J N N 3 ? # loop_ _struct_ref.id _struct_ref.db_name _struct_ref.db_code _struct_ref.pdbx_db_accession _struct_ref.pdbx_db_isoform _struct_ref.entity_id _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code _struct_ref.pdbx_align_begin 1 UNP A0A310TTQ1_XENLA A0A310TTQ1 ? 1 ;MARTKQTARKSTGGKAPRKQLATKAARKSAPATGGVKKPHRYRPGTVALREIRRYQKSTELLIRKLPFQRLVREIAQDFK TDLRFQSSAVMALQEASEAYLVALFEDTNLCAIHAKRVTIMPKDIQLARRIRGERA ; 1 2 UNP H4_XENBO P62798 ? 2 ;MSGRGKGGKGLGKGGAKRHRKVLRDNIQGITKPAIRRLARRGGVKRISGLIYEETRGVLKVFLENVIRDAVTYTEHAKRK TVTAMDVVYALKRQGRTLYGFGG ; 1 3 UNP Q6AZJ8_XENLA Q6AZJ8 ? 3 ;MSGRGKQGGKTRAKAKTRSSRAGLQFPVGRVHRLLRKGNYAERVGAGAPVYLAAVLEYLTAEILELAGNAARDNKKTRII PRHLQLAVRNDEELNKLLGRVTIAQGGVLPNIQSVLLPKKTESSKSAKSK ; 1 4 UNP A0A1B8Y854_XENTR A0A1B8Y854 ? 4 ;AKSAPAPKKGSKKAVTKTQKKDGKKRRKTRKESYAIYVYKVLKQVHPDTGISSKAMSIMNSFVNDVFERIAGEASRLAHY NKRSTITSREIQTAVRLLLPGELAKHAVSEGTKAVTKYTSAK ; 5 5 PDB 8EUE 8EUE ? 5 ? 1 6 PDB 8EUE 8EUE ? 6 ? 1 # loop_ _struct_ref_seq.align_id _struct_ref_seq.ref_id _struct_ref_seq.pdbx_PDB_id_code _struct_ref_seq.pdbx_strand_id _struct_ref_seq.seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.seq_align_end _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_db_accession _struct_ref_seq.db_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_db_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.db_align_end _struct_ref_seq.pdbx_db_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_end 1 1 8EUE A 1 ? 136 ? 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'initiating methionine' 1 2 5 8EUE ALA E 111 ? UNP A0A310TTQ1 CYS 111 conflict 111 3 7 8EUE MET H 1 ? UNP A0A1B8Y854 ? ? 'initiating methionine' 1 4 # _pdbx_struct_assembly.id 1 _pdbx_struct_assembly.details author_and_software_defined_assembly _pdbx_struct_assembly.method_details ? _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details decameric _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count 10 # _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression 1 _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list A,B,C,D,E,F,G,H,I,J # _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.id 1 _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.experimental_support 'electron microscopy' _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.details ? # _pdbx_struct_oper_list.id 1 _pdbx_struct_oper_list.type 'identity operation' _pdbx_struct_oper_list.name 1_555 _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation x,y,z _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] 1.0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] 0.0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] 0.0 _pdbx_struct_oper_list.vector[1] 0.0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] 0.0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] 1.0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] 0.0 _pdbx_struct_oper_list.vector[2] 0.0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] 0.0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] 0.0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] 1.0 _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 0.0 # loop_ _struct_conf.conf_type_id _struct_conf.id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_id _struct_conf.beg_label_comp_id _struct_conf.beg_label_asym_id _struct_conf.beg_label_seq_id _struct_conf.pdbx_beg_PDB_ins_code _struct_conf.end_label_comp_id _struct_conf.end_label_asym_id _struct_conf.end_label_seq_id _struct_conf.pdbx_end_PDB_ins_code _struct_conf.beg_auth_comp_id _struct_conf.beg_auth_asym_id _struct_conf.beg_auth_seq_id _struct_conf.end_auth_comp_id _struct_conf.end_auth_asym_id _struct_conf.end_auth_seq_id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_class _struct_conf.details _struct_conf.pdbx_PDB_helix_length HELX_P HELX_P1 AA1 GLY A 45 ? 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LEU D 100 ? THR D 88 LEU D 100 1 ? 13 HELX_P HELX_P17 AB8 PRO D 101 ? ALA D 122 ? PRO D 101 ALA D 122 1 ? 22 HELX_P HELX_P18 AB9 GLY E 45 ? SER E 58 ? GLY E 45 SER E 58 1 ? 14 HELX_P HELX_P19 AC1 ARG E 64 ? LYS E 80 ? ARG E 64 LYS E 80 1 ? 17 HELX_P HELX_P20 AC2 GLN E 86 ? ALA E 115 ? GLN E 86 ALA E 115 1 ? 30 HELX_P HELX_P21 AC3 MET E 121 ? ARG E 132 ? MET E 121 ARG E 132 1 ? 12 HELX_P HELX_P22 AC4 ASP F 25 ? ILE F 30 ? ASP F 25 ILE F 30 5 ? 6 HELX_P HELX_P23 AC5 THR F 31 ? GLY F 43 ? THR F 31 GLY F 43 1 ? 13 HELX_P HELX_P24 AC6 LEU F 50 ? ALA F 77 ? LEU F 50 ALA F 77 1 ? 28 HELX_P HELX_P25 AC7 THR F 83 ? GLN F 94 ? THR F 83 GLN F 94 1 ? 12 HELX_P HELX_P26 AC8 TYR G 35 ? HIS G 47 ? TYR H 35 HIS H 47 1 ? 13 HELX_P HELX_P27 AC9 SER G 53 ? ASN G 82 ? SER H 53 ASN H 82 1 ? 30 HELX_P HELX_P28 AD1 THR G 88 ? LEU G 99 ? THR H 88 LEU H 99 1 ? 12 HELX_P HELX_P29 AD2 PRO G 101 ? SER G 121 ? PRO H 101 SER H 121 1 ? 21 HELX_P HELX_P30 AD3 THR J 17 ? GLY J 23 ? THR G 17 GLY G 23 1 ? 7 HELX_P HELX_P31 AD4 PRO J 27 ? GLY J 38 ? PRO G 27 GLY G 38 1 ? 12 HELX_P HELX_P32 AD5 ALA J 46 ? ASP J 73 ? ALA G 46 ASP G 73 1 ? 28 HELX_P HELX_P33 AD6 ILE J 80 ? ASN J 90 ? ILE G 80 ASN G 90 1 ? 11 HELX_P HELX_P34 AD7 ASP J 91 ? LEU J 98 ? ASP G 91 LEU G 98 1 ? 8 # _struct_conf_type.id HELX_P _struct_conf_type.criteria ? _struct_conf_type.reference ? # loop_ _struct_conn.id _struct_conn.conn_type_id _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag _struct_conn.pdbx_PDB_id _struct_conn.ptnr1_label_asym_id _struct_conn.ptnr1_label_comp_id _struct_conn.ptnr1_label_seq_id _struct_conn.ptnr1_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id _struct_conn.ptnr1_symmetry _struct_conn.ptnr2_label_asym_id _struct_conn.ptnr2_label_comp_id _struct_conn.ptnr2_label_seq_id _struct_conn.ptnr2_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_symmetry _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code _struct_conn.details _struct_conn.pdbx_dist_value _struct_conn.pdbx_value_order _struct_conn.pdbx_role hydrog1 hydrog ? ? 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J 72 ? I -71 ? J 71 ? 1 H DG 3 1_555 I DC 225 1_555 H DG 4 1_555 I DC 224 1_555 0.365 -0.191 3.601 6.328 7.130 36.069 -1.345 0.356 3.514 11.274 -10.006 37.267 2 II_DG-71DG-70:DC70DC71_JJ I -71 ? J 71 ? I -70 ? J 70 ? 1 H DG 4 1_555 I DC 224 1_555 H DA 5 1_555 I DT 223 1_555 -1.098 1.007 3.280 -1.361 5.583 39.539 0.812 1.447 3.420 8.200 2.000 39.938 3 II_DG-70DA-69:DT69DC70_JJ I -70 ? J 70 ? I -69 ? J 69 ? 1 H DA 5 1_555 I DT 223 1_555 H DG 6 1_555 I DC 222 1_555 0.398 0.515 3.637 1.648 0.354 31.890 0.865 -0.390 3.658 0.643 -2.996 31.933 4 II_DA-69DG-68:DC68DT69_JJ I -69 ? J 69 ? I -68 ? J 68 ? 1 H DG 6 1_555 I DC 222 1_555 H DA 7 1_555 I DT 221 1_555 -0.853 0.793 3.459 -1.347 3.168 36.287 0.797 1.163 3.542 5.072 2.157 36.445 5 II_DG-68DA-67:DT67DC68_JJ I -68 ? J 68 ? I -67 ? J 67 ? 1 H DA 7 1_555 I DT 221 1_555 H DA 8 1_555 I DT 220 1_555 0.515 -0.109 3.349 -3.189 4.214 31.714 -0.963 -1.509 3.242 7.645 5.784 32.140 6 II_DA-67DA-66:DT66DT67_JJ I -67 ? J 67 ? I -66 ? 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