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'Conformational trajectory of allosteric gating of the human cone photoreceptor cyclic nucleotide-gated channel.' _citation.year 2023 _citation.database_id_CSD ? _citation.pdbx_database_id_DOI 10.1038/s41467-023-39971-8 _citation.pdbx_database_id_PubMed 37463923 _citation.pdbx_database_id_patent ? _citation.unpublished_flag ? # loop_ _citation_author.citation_id _citation_author.name _citation_author.ordinal _citation_author.identifier_ORCID primary 'Hu, Z.' 1 ? primary 'Zheng, X.' 2 ? primary 'Yang, J.' 3 0000-0003-0290-7688 # _cell.angle_alpha 90.00 _cell.angle_alpha_esd ? _cell.angle_beta 90.00 _cell.angle_beta_esd ? _cell.angle_gamma 90.00 _cell.angle_gamma_esd ? _cell.entry_id 8EVA _cell.details ? _cell.formula_units_Z ? _cell.length_a 1.00 _cell.length_a_esd ? _cell.length_b 1.00 _cell.length_b_esd ? _cell.length_c 1.00 _cell.length_c_esd ? _cell.volume ? _cell.volume_esd ? _cell.Z_PDB ? _cell.reciprocal_angle_alpha ? _cell.reciprocal_angle_beta ? _cell.reciprocal_angle_gamma ? 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_entity_src_gen.pdbx_host_org_tissue _entity_src_gen.pdbx_host_org_tissue_fraction _entity_src_gen.pdbx_host_org_strain _entity_src_gen.pdbx_host_org_variant _entity_src_gen.pdbx_host_org_cell_line _entity_src_gen.pdbx_host_org_atcc _entity_src_gen.pdbx_host_org_culture_collection _entity_src_gen.pdbx_host_org_cell _entity_src_gen.pdbx_host_org_organelle _entity_src_gen.pdbx_host_org_cellular_location _entity_src_gen.pdbx_host_org_vector_type _entity_src_gen.pdbx_host_org_vector _entity_src_gen.host_org_details _entity_src_gen.expression_system_id _entity_src_gen.plasmid_name _entity_src_gen.plasmid_details _entity_src_gen.pdbx_description 1 1 sample 'Biological sequence' 1 552 human ? 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K N N 4 ? # loop_ _struct_conf.conf_type_id _struct_conf.id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_id _struct_conf.beg_label_comp_id _struct_conf.beg_label_asym_id _struct_conf.beg_label_seq_id _struct_conf.pdbx_beg_PDB_ins_code _struct_conf.end_label_comp_id _struct_conf.end_label_asym_id _struct_conf.end_label_seq_id _struct_conf.pdbx_end_PDB_ins_code _struct_conf.beg_auth_comp_id _struct_conf.beg_auth_asym_id _struct_conf.beg_auth_seq_id _struct_conf.end_auth_comp_id _struct_conf.end_auth_asym_id _struct_conf.end_auth_seq_id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_class _struct_conf.details _struct_conf.pdbx_PDB_helix_length HELX_P HELX_P1 AA1 ASN A 24 ? ASP A 51 ? ASN A 166 ASP A 193 1 ? 28 HELX_P HELX_P2 AA2 GLU A 52 ? TYR A 57 ? GLU A 194 TYR A 199 1 ? 6 HELX_P HELX_P3 AA3 TYR A 57 ? ALA A 80 ? TYR A 199 ALA A 222 1 ? 24 HELX_P HELX_P4 AA4 ASP A 93 ? THR A 103 ? ASP A 235 THR A 245 1 ? 11 HELX_P HELX_P5 AA5 THR A 105 ? SER A 113 ? THR A 247 SER A 255 1 ? 9 HELX_P HELX_P6 AA6 PRO A 129 ? LEU A 137 ? 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ASN B 166 ASP B 193 1 ? 28 HELX_P HELX_P21 AC3 TYR B 57 ? ARG B 81 ? TYR B 199 ARG B 223 1 ? 25 HELX_P HELX_P22 AC4 ASP B 93 ? THR B 103 ? ASP B 235 THR B 245 1 ? 11 HELX_P HELX_P23 AC5 THR B 104 ? SER B 113 ? THR B 246 SER B 255 1 ? 10 HELX_P HELX_P24 AC6 ASN B 134 ? LEU B 137 ? ASN B 276 LEU B 279 5 ? 4 HELX_P HELX_P25 AC7 LYS B 138 ? THR B 153 ? LYS B 280 THR B 295 1 ? 16 HELX_P HELX_P26 AC8 TYR B 155 ? GLY B 187 ? TYR B 297 GLY B 329 1 ? 33 HELX_P HELX_P27 AC9 ARG B 205 ? THR B 222 ? ARG B 347 THR B 364 1 ? 18 HELX_P HELX_P28 AD1 LYS B 232 ? ASN B 265 ? LYS B 374 ASN B 407 1 ? 34 HELX_P HELX_P29 AD2 ASN B 265 ? LYS B 286 ? ASN B 407 LYS B 428 1 ? 22 HELX_P HELX_P30 AD3 THR B 288 ? ASN B 305 ? THR B 430 ASN B 447 1 ? 18 HELX_P HELX_P31 AD4 ASP B 310 ? LEU B 315 ? ASP B 452 LEU B 457 1 ? 6 HELX_P HELX_P32 AD5 PRO B 319 ? LYS B 336 ? PRO B 461 LYS B 478 1 ? 18 HELX_P HELX_P33 AD6 GLU B 345 ? LEU B 356 ? GLU B 487 LEU B 498 1 ? 12 HELX_P HELX_P34 AD7 SER B 438 ? GLU B 448 ? SER B 580 GLU B 590 1 ? 11 HELX_P HELX_P35 AD8 TYR B 449 ? LEU B 469 ? TYR B 591 LEU B 611 1 ? 21 HELX_P HELX_P36 AD9 ASN C 24 ? ASP C 51 ? ASN C 166 ASP C 193 1 ? 28 HELX_P HELX_P37 AE1 GLU C 52 ? TYR C 57 ? GLU C 194 TYR C 199 1 ? 6 HELX_P HELX_P38 AE2 TYR C 57 ? ALA C 80 ? TYR C 199 ALA C 222 1 ? 24 HELX_P HELX_P39 AE3 ASP C 93 ? THR C 103 ? ASP C 235 THR C 245 1 ? 11 HELX_P HELX_P40 AE4 THR C 105 ? SER C 113 ? THR C 247 SER C 255 1 ? 9 HELX_P HELX_P41 AE5 THR C 117 ? GLY C 125 ? THR C 259 GLY C 267 1 ? 9 HELX_P HELX_P42 AE6 TYR C 128 ? LEU C 137 ? TYR C 270 LEU C 279 5 ? 10 HELX_P HELX_P43 AE7 LYS C 138 ? THR C 151 ? LYS C 280 THR C 293 1 ? 14 HELX_P HELX_P44 AE8 TYR C 155 ? GLY C 187 ? TYR C 297 GLY C 329 1 ? 33 HELX_P HELX_P45 AE9 ARG C 205 ? THR C 222 ? ARG C 347 THR C 364 1 ? 18 HELX_P HELX_P46 AF1 LYS C 232 ? ASN C 265 ? LYS C 374 ASN C 407 1 ? 34 HELX_P HELX_P47 AF2 ASN C 265 ? ARG C 285 ? ASN C 407 ARG C 427 1 ? 21 HELX_P HELX_P48 AF3 THR C 288 ? ASN C 305 ? THR C 430 ASN C 447 1 ? 18 HELX_P HELX_P49 AF4 ASP C 310 ? LEU C 315 ? ASP C 452 LEU C 457 1 ? 6 HELX_P HELX_P50 AF5 LYS C 316 ? LEU C 318 ? LYS C 458 LEU C 460 5 ? 3 HELX_P HELX_P51 AF6 PRO C 319 ? LYS C 336 ? PRO C 461 LYS C 478 1 ? 18 HELX_P HELX_P52 AF7 GLU C 345 ? LEU C 356 ? GLU C 487 LEU C 498 1 ? 12 HELX_P HELX_P53 AF8 GLU C 407 ? ASN C 412 ? GLU C 549 ASN C 554 1 ? 6 HELX_P HELX_P54 AF9 LYS C 439 ? LEU C 446 ? LYS C 581 LEU C 588 1 ? 8 HELX_P HELX_P55 AG1 PRO C 450 ? ASP C 467 ? PRO C 592 ASP C 609 1 ? 18 HELX_P HELX_P56 AG2 ASP D 146 ? PHE D 173 ? ASP D 215 PHE D 242 1 ? 28 HELX_P HELX_P57 AG3 ASN D 180 ? ILE D 202 ? ASN D 249 ILE D 271 1 ? 23 HELX_P HELX_P58 AG4 GLN D 203 ? LEU D 206 ? GLN D 272 LEU D 275 5 ? 4 HELX_P HELX_P59 AG5 ASP D 217 ? THR D 227 ? ASP D 286 THR D 296 1 ? 11 HELX_P HELX_P60 AG6 THR D 229 ? ILE D 238 ? THR D 298 ILE D 307 1 ? 10 HELX_P HELX_P61 AG7 PRO D 240 ? TYR D 245 ? PRO D 309 TYR D 314 5 ? 6 HELX_P HELX_P62 AG8 ARG D 255 ? LEU D 260 ? ARG D 324 LEU D 329 5 ? 6 HELX_P HELX_P63 AG9 LYS D 261 ? MET D 276 ? LYS D 330 MET D 345 1 ? 16 HELX_P HELX_P64 AH1 LYS D 278 ? GLY D 310 ? LYS D 347 GLY D 379 1 ? 33 HELX_P HELX_P65 AH2 ASN D 323 ? ILE D 337 ? ASN D 392 ILE D 406 1 ? 15 HELX_P HELX_P66 AH3 THR D 347 ? THR D 380 ? THR D 416 THR D 449 1 ? 34 HELX_P HELX_P67 AH4 THR D 380 ? TYR D 400 ? THR D 449 TYR D 469 1 ? 21 HELX_P HELX_P68 AH5 PRO D 403 ? ARG D 422 ? PRO D 472 ARG D 491 1 ? 20 HELX_P HELX_P69 AH6 ASP D 425 ? LYS D 431 ? ASP D 494 LYS D 500 1 ? 7 HELX_P HELX_P70 AH7 PRO D 434 ? LYS D 452 ? PRO D 503 LYS D 521 1 ? 19 HELX_P HELX_P71 AH8 VAL D 453 ? LYS D 457 ? VAL D 522 LYS D 526 5 ? 5 HELX_P HELX_P72 AH9 ASP D 460 ? ARG D 470 ? ASP D 529 ARG D 539 1 ? 11 HELX_P HELX_P73 AI1 LYS D 552 ? VAL D 560 ? LYS D 621 VAL D 629 1 ? 9 HELX_P HELX_P74 AI2 TYR D 562 ? LEU D 577 ? TYR D 631 LEU D 646 1 ? 16 # _struct_conf_type.id HELX_P _struct_conf_type.criteria ? _struct_conf_type.reference ? # loop_ _struct_conn.id _struct_conn.conn_type_id _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag _struct_conn.pdbx_PDB_id _struct_conn.ptnr1_label_asym_id _struct_conn.ptnr1_label_comp_id _struct_conn.ptnr1_label_seq_id _struct_conn.ptnr1_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id _struct_conn.ptnr1_symmetry _struct_conn.ptnr2_label_asym_id _struct_conn.ptnr2_label_comp_id _struct_conn.ptnr2_label_seq_id _struct_conn.ptnr2_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_symmetry _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code _struct_conn.details _struct_conn.pdbx_dist_value _struct_conn.pdbx_value_order _struct_conn.pdbx_role covale1 covale one ? A ASN 197 ND2 ? ? ? 1_555 E NAG . C1 ? ? A ASN 339 A NAG 801 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.437 ? N-Glycosylation covale2 covale one ? B ASN 197 ND2 ? ? ? 1_555 G NAG . C1 ? ? B ASN 339 B NAG 801 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.436 ? N-Glycosylation covale3 covale one ? C ASN 197 ND2 ? ? ? 1_555 I NAG . C1 ? ? C ASN 339 C NAG 801 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.437 ? N-Glycosylation # _struct_conn_type.id covale _struct_conn_type.criteria ? _struct_conn_type.reference ? # loop_ _struct_sheet.id _struct_sheet.type _struct_sheet.number_strands _struct_sheet.details AA1 ? 2 ? AA2 ? 4 ? AA3 ? 4 ? AA4 ? 2 ? AA5 ? 4 ? AA6 ? 4 ? AA7 ? 2 ? AA8 ? 4 ? AA9 ? 4 ? AB1 ? 2 ? AB2 ? 2 ? AB3 ? 4 ? AB4 ? 4 ? # loop_ _struct_sheet_order.sheet_id _struct_sheet_order.range_id_1 _struct_sheet_order.range_id_2 _struct_sheet_order.offset _struct_sheet_order.sense AA1 1 2 ? anti-parallel AA2 1 2 ? anti-parallel AA2 2 3 ? anti-parallel AA2 3 4 ? anti-parallel AA3 1 2 ? anti-parallel AA3 2 3 ? anti-parallel AA3 3 4 ? anti-parallel AA4 1 2 ? anti-parallel AA5 1 2 ? anti-parallel AA5 2 3 ? anti-parallel AA5 3 4 ? anti-parallel AA6 1 2 ? anti-parallel AA6 2 3 ? anti-parallel AA6 3 4 ? anti-parallel AA7 1 2 ? anti-parallel AA8 1 2 ? anti-parallel AA8 2 3 ? anti-parallel AA8 3 4 ? anti-parallel AA9 1 2 ? anti-parallel AA9 2 3 ? anti-parallel AA9 3 4 ? anti-parallel AB1 1 2 ? anti-parallel AB2 1 2 ? anti-parallel AB3 1 2 ? anti-parallel AB3 2 3 ? anti-parallel AB3 3 4 ? anti-parallel AB4 1 2 ? anti-parallel AB4 2 3 ? anti-parallel AB4 3 4 ? anti-parallel # loop_ _struct_sheet_range.sheet_id _struct_sheet_range.id _struct_sheet_range.beg_label_comp_id _struct_sheet_range.beg_label_asym_id _struct_sheet_range.beg_label_seq_id _struct_sheet_range.pdbx_beg_PDB_ins_code _struct_sheet_range.end_label_comp_id _struct_sheet_range.end_label_asym_id _struct_sheet_range.end_label_seq_id _struct_sheet_range.pdbx_end_PDB_ins_code _struct_sheet_range.beg_auth_comp_id _struct_sheet_range.beg_auth_asym_id _struct_sheet_range.beg_auth_seq_id _struct_sheet_range.end_auth_comp_id _struct_sheet_range.end_auth_asym_id _struct_sheet_range.end_auth_seq_id AA1 1 LEU A 85 ? GLU A 86 ? LEU A 227 GLU A 228 AA1 2 LEU A 89 ? MET A 90 ? LEU A 231 MET A 232 AA2 1 ARG A 357 ? PHE A 361 ? ARG A 499 PHE A 503 AA2 2 SER A 432 ? SER A 438 ? SER A 574 SER A 580 AA2 3 GLU A 376 ? ASN A 381 ? GLU A 518 ASN A 523 AA2 4 TYR A 404 ? PHE A 405 ? TYR A 546 PHE A 547 AA3 1 TYR A 366 ? CYS A 368 ? TYR A 508 CYS A 510 AA3 2 ASN A 425 ? SER A 428 ? ASN A 567 SER A 570 AA3 3 LEU A 385 ? VAL A 388 ? LEU A 527 VAL A 530 AA3 4 VAL A 398 ? LEU A 399 ? VAL A 540 LEU A 541 AA4 1 LEU B 85 ? GLU B 86 ? LEU B 227 GLU B 228 AA4 2 LEU B 89 ? MET B 90 ? LEU B 231 MET B 232 AA5 1 ARG B 357 ? PHE B 361 ? ARG B 499 PHE B 503 AA5 2 SER B 432 ? LEU B 437 ? SER B 574 LEU B 579 AA5 3 MET B 377 ? ILE B 380 ? MET B 519 ILE B 522 AA5 4 TYR B 404 ? PHE B 405 ? TYR B 546 PHE B 547 AA6 1 TYR B 366 ? CYS B 368 ? TYR B 508 CYS B 510 AA6 2 ASN B 425 ? SER B 428 ? ASN B 567 SER B 570 AA6 3 LEU B 385 ? VAL B 388 ? LEU B 527 VAL B 530 AA6 4 VAL B 398 ? LEU B 399 ? VAL B 540 LEU B 541 AA7 1 LEU C 85 ? GLU C 86 ? LEU C 227 GLU C 228 AA7 2 LEU C 89 ? MET C 90 ? LEU C 231 MET C 232 AA8 1 ARG C 357 ? VAL C 360 ? ARG C 499 VAL C 502 AA8 2 ASP C 433 ? SER C 438 ? ASP C 575 SER C 580 AA8 3 GLU C 376 ? ILE C 380 ? GLU C 518 ILE C 522 AA8 4 TYR C 404 ? PHE C 405 ? TYR C 546 PHE C 547 AA9 1 TYR C 366 ? CYS C 368 ? TYR C 508 CYS C 510 AA9 2 ASN C 425 ? SER C 428 ? ASN C 567 SER C 570 AA9 3 LEU C 385 ? VAL C 388 ? LEU C 527 VAL C 530 AA9 4 VAL C 398 ? LEU C 399 ? VAL C 540 LEU C 541 AB1 1 ASP C 372 ? ILE C 373 ? ASP C 514 ILE C 515 AB1 2 ARG C 421 ? ARG C 422 ? ARG C 563 ARG C 564 AB2 1 PHE D 208 ? ARG D 210 ? PHE D 277 ARG D 279 AB2 2 ASP D 213 ? ILE D 215 ? ASP D 282 ILE D 284 AB3 1 LYS D 472 ? SER D 473 ? LYS D 541 SER D 542 AB3 2 LEU D 547 ? ASP D 551 ? LEU D 616 ASP D 620 AB3 3 GLU D 491 ? ILE D 495 ? GLU D 560 ILE D 564 AB3 4 VAL D 520 ? PHE D 521 ? VAL D 589 PHE D 590 AB4 1 PHE D 481 ? CYS D 483 ? PHE D 550 CYS D 552 AB4 2 ASN D 538 ? ALA D 541 ? ASN D 607 ALA D 610 AB4 3 VAL D 500 ? LEU D 503 ? VAL D 569 LEU D 572 AB4 4 THR D 514 ? LEU D 515 ? THR D 583 LEU D 584 # loop_ _pdbx_struct_sheet_hbond.sheet_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_id_1 _pdbx_struct_sheet_hbond.range_id_2 _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_label_atom_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_label_comp_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_label_asym_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_label_seq_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_PDB_ins_code _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_auth_atom_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_auth_comp_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_auth_asym_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_auth_seq_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_label_atom_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_label_comp_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_label_asym_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_label_seq_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_PDB_ins_code _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_auth_atom_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_auth_comp_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_auth_asym_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_auth_seq_id AA1 1 2 N GLU A 86 ? 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