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'rpoA, pez, phs, sez, b3295, JW3257' ? ? ? ? ? ? 'Escherichia coli' 562 ? ? ? ? ? ? ? ? 'Escherichia coli' 562 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3 1 sample 'Biological sequence' 1 1342 ? ? 'rpoB, groN, nitB, rif, ron, stl, stv, tabD, b3987, JW3950' ? ? ? ? ? ? 'Escherichia coli' 562 ? ? ? ? ? ? ? ? 'Escherichia coli' 562 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 4 1 sample 'Biological sequence' 1 1430 ? ? 'rpoC, tabB, b3988, JW3951' ? ? ? ? ? ? 'Escherichia coli' 562 ? ? ? ? ? ? ? ? 'Escherichia coli' 562 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 5 1 sample 'Biological sequence' 1 91 ? ? 'rpoZ, b3649, JW3624' ? ? ? ? ? ? 'Escherichia coli' 562 ? ? ? ? ? ? ? ? 'Escherichia coli' 562 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 6 1 sample 'Biological sequence' 1 480 ? ? 'rpoN, glnF, ntrA, b3202, JW3169' ? ? ? ? ? ? 'Escherichia coli' 562 ? ? ? ? ? ? ? ? 'Escherichia coli' 562 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? # loop_ _pdbx_entity_src_syn.entity_id _pdbx_entity_src_syn.pdbx_src_id _pdbx_entity_src_syn.pdbx_alt_source_flag _pdbx_entity_src_syn.pdbx_beg_seq_num _pdbx_entity_src_syn.pdbx_end_seq_num _pdbx_entity_src_syn.organism_scientific _pdbx_entity_src_syn.organism_common_name _pdbx_entity_src_syn.ncbi_taxonomy_id _pdbx_entity_src_syn.details 1 1 sample 1 36 'Aquifex aeolicus' ? 63363 ? 7 1 sample 1 36 'Aquifex aeolicus' ? 63363 ? # loop_ _struct_ref.id _struct_ref.db_name _struct_ref.db_code _struct_ref.pdbx_db_accession _struct_ref.pdbx_db_isoform _struct_ref.entity_id _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code _struct_ref.pdbx_align_begin 1 GB AE000657.1 AE000657.1 ? 1 CCAGAAATTGGCACGAAAATTGCAATAAATACAACG 144218 2 UNP RPOA_ECOLI P0A7Z4 ? 2 ;MQGSVTEFLKPRLVDIEQVSSTHAKVTLEPLERGFGHTLGNALRRILLSSMPGCAVTEVEIDGVLHEYSTKEGVQEDILE ILLNLKGLAVRVQGKDEVILTLNKSGIGPVTAADITHDGDVEIVKPQHVICHLTDENASISMRIKVQRGRGYVPASTRIH SEEDERPIGRLLVDACYSPVERIAYNVEAARVEQRTDLDKLVIEMETNGTIDPEEAIRRAATILAEQLEAFVDLRDVRQP EVKEEKPEFDPILLRPVDDLELTVRSANCLKAEAIHYIGDLVQRTEVELLKTPNLGKKSLTEIKDVLASRGLSLGMRLEN WPPASIADE ; 1 3 UNP RPOB_ECOLI P0A8V2 ? 3 ;MVYSYTEKKRIRKDFGKRPQVLDVPYLLSIQLDSFQKFIEQDPEGQYGLEAAFRSVFPIQSYSGNSELQYVSYRLGEPVF DVQECQIRGVTYSAPLRVKLRLVIYEREAPEGTVKDIKEQEVYMGEIPLMTDNGTFVINGTERVIVSQLHRSPGVFFDSD KGKTHSSGKVLYNARIIPYRGSWLDFEFDPKDNLFVRIDRRRKLPATIILRALNYTTEQILDLFFEKVIFEIRDNKLQME LVPERLRGETASFDIEANGKVYVEKGRRITARHIRQLEKDDVKLIEVPVEYIAGKVVAKDYIDESTGELICAANMELSLD LLAKLSQSGHKRIETLFTNDLDHGPYISETLRVDPTNDRLSALVEIYRMMRPGEPPTREAAESLFENLFFSEDRYDLSAV GRMKFNRSLLREEIEGSGILSKDDIIDVMKKLIDIRNGKGEVDDIDHLGNRRIRSVGEMAENQFRVGLVRVERAVKERLS LGDLDTLMPQDMINAKPISAAVKEFFGSSQLSQFMDQNNPLSEITHKRRISALGPGGLTRERAGFEVRDVHPTHYGRVCP IETPEGPNIGLINSLSVYAQTNEYGFLETPYRKVTDGVVTDEIHYLSAIEEGNYVIAQANSNLDEEGHFVEDLVTCRSKG ESSLFSRDQVDYMDVSTQQVVSVGASLIPFLEHDDANRALMGANMQRQAVPTLRADKPLVGTGMERAVAVDSGVTAVAKR GGVVQYVDASRIVIKVNEDEMYPGEAGIDIYNLTKYTRSNQNTCINQMPCVSLGEPVERGDVLADGPSTDLGELALGQNM RVAFMPWNGYNFEDSILVSERVVQEDRFTTIHIQELACVSRDTKLGPEEITADIPNVGEAALSKLDESGIVYIGAEVTGG DILVGKVTPKGETQLTPEEKLLRAIFGEKASDVKDSSLRVPNGVSGTVIDVQVFTRDGVEKDKRALEIEEMQLKQAKKDL SEELQILEAGLFSRIRAVLVAGGVEAEKLDKLPRDRWLELGLTDEEKQNQLEQLAEQYDELKHEFEKKLEAKRRKITQGD DLAPGVLKIVKVYLAVKRRIQPGDKMAGRHGNKGVISKINPIEDMPYDENGTPVDIVLNPLGVPSRMNIGQILETHLGMA AKGIGDKINAMLKQQQEVAKLREFIQRAYDLGADVRQKVDLSTFSDEEVMRLAENLRKGMPIATPVFDGAKEAEIKELLK LGDLPTSGQIRLYDGRTGEQFERPVTVGYMYMLKLNHLVDDKMHARSTGSYSLVTQQPLGGKAQFGGQRFGEMEVWALEA YGAAYTLQEMLTVKSDDVNGRTKMYKNIVDGNHQMEPGMPESFNVLLKEIRSLGINIELEDE ; 1 4 UNP RPOC_ECOLI P0A8T7 ? 4 ;MKDLLKFLKAQTKTEEFDAIKIALASPDMIRSWSFGEVKKPETINYRTFKPERDGLFCARIFGPVKDYECLCGKYKRLKH RGVICEKCGVEVTQTKVRRERMGHIELASPTAHIWFLKSLPSRIGLLLDMPLRDIERVLYFESYVVIEGGMTNLERQQIL TEEQYLDALEEFGDEFDAKMGAEAIQALLKSMDLEQECEQLREELNETNSETKRKKLTKRIKLLEAFVQSGNKPEWMILT VLPVLPPDLRPLVPLDGGRFATSDLNDLYRRVINRNNRLKRLLDLAAPDIIVRNEKRMLQEAVDALLDNGRRGRAITGSN KRPLKSLADMIKGKQGRFRQNLLGKRVDYSGRSVITVGPYLRLHQCGLPKKMALELFKPFIYGKLELRGLATTIKAAKKM VEREEAVVWDILDEVIREHPVLLNRAPTLHRLGIQAFEPVLIEGKAIQLHPLVCAAYNADFDGDQMAVHVPLTLEAQLEA RALMMSTNNILSPANGEPIIVPSQDVVLGLYYMTRDCVNAKGEGMVLTGPKEAERLYRSGLASLHARVKVRITEYEKDAN GELVAKTSLKDTTVGRAILWMIVPKGLPYSIVNQALGKKAISKMLNTCYRILGLKPTVIFADQIMYTGFAYAARSGASVG IDDMVIPEKKHEIISEAEAEVAEIQEQFQSGLVTAGERYNKVIDIWAAANDRVSKAMMDNLQTETVINRDGQEEKQVSFN SIYMMADSGARGSAAQIRQLAGMRGLMAKPDGSIIETPITANFREGLNVLQYFISTHGARKGLADTALKTANSGYLTRRL VDVAQDLVVTEDDCGTHEGIMMTPVIEGGDVKEPLRDRVLGRVTAEDVLKPGTADILVPRNTLLHEQWCDLLEENSVDAV KVRSVVSCDTDFGVCAHCYGRDLARGHIINKGEAIGVIAAQSIGEPGTQLTMRTFHIGGAASRAAAESSIQVKNKGSIKL SNVKSVVNSSGKLVITSRNTELKLIDEFGRTKESYKVPYGAVLAKGDGEQVAGGETVANWDPHTMPVITEVSGFVRFTDM IDGQTITRQTDELTGLSSLVVLDSAERTAGGKDLRPALKIVDAQGNDVLIPGTDMPAQYFLPGKAIVQLEDGVQISSGDT LARIPQESGGTKDITGGLPRVADLFEARRPKEPAILAEISGIVSFGKETKGKRRLVITPVDGSDPYEEMIPKWRQLNVFE GERVERGDVISDGPEAPHDILRLRGVHAVTRYIVNEVQDVYRLQGVKINDKHIEVIVRQMLRKATIVNAGSSDFLEGEQV EYSRVKIANRELEANGKVGATYSRDLLGITKASLATESFISAASFQETTRVLTEAAVAGKRDELRGLKENVIVGRLIPAG TGYAYHQDRMRRRAAGEAPAAPQVTAEDASASLAELLNAGLGGSDNE ; 1 5 UNP RPOZ_ECOLI P0A800 ? 5 ;MARVTVQDAVEKIGNRFDLVLVAARRARQMQVGGKDPLVPEENDKTTVIALREIEEGLINNQILDVRERQEQQEQEAAEL QAVTAIAEGRR ; 1 6 UNP RP54_ECOLI P24255 ? 6 ;MKQGLQLRLSQQLAMTPQLQQAIRLLQLSTLELQQELQQALESNPLLEQIDTHEEIDTRETQDSETLDTADALEQKEMPE ELPLDASWDTIYTAGTPSGTSGDYIDDELPVYQGETTQTLQDYLMWQVELTPFSDTDRAIATSIVDAVDETGYLTVPLED ILESIGDEEIDIDEVEAVLKRIQRFDPVGVAAKDLRDCLLIQLSQFDKTTPWLEEARLIISDHLDLLANHDFRTLMRVTR LKEDVLKEAVNLIQSLDPRPGQSIQTGEPEYVIPDVLVRKHNGHWTVELNSDSIPRLQINQHYASMCNNARNDGDSQFIR SNLQDAKWLIKSLESRNDTLLRVSRCIVEQQQAFFEQGEEYMKPMVLADIAQAVEMHESTISRVTTQKYLHSPRGIFELK YFFSSHVNTEGGGEASSTAIRALVKKLIAAENPAKPLSDSKLTSLLSEQGIMVARRTVAKYRESLSIPPSNQRKQLV ; 1 7 GB AE000657.1 AE000657.1 ? 7 CGTTGTATTTATTGCAATTTTCGTGCCAATTTCTGG 144253 # loop_ _struct_ref_seq.align_id _struct_ref_seq.ref_id _struct_ref_seq.pdbx_PDB_id_code _struct_ref_seq.pdbx_strand_id _struct_ref_seq.seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.seq_align_end _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_db_accession _struct_ref_seq.db_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_db_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.db_align_end _struct_ref_seq.pdbx_db_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_end 1 1 8F1K A 1 ? 36 ? 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'expression tag' 1408 1 6 8F1K GLU J 1409 ? UNP P0A8T7 ? ? 'expression tag' 1409 2 6 8F1K LEU J 1410 ? UNP P0A8T7 ? ? 'expression tag' 1410 3 6 8F1K GLU J 1411 ? UNP P0A8T7 ? ? 'expression tag' 1411 4 6 8F1K VAL J 1412 ? UNP P0A8T7 ? ? 'expression tag' 1412 5 6 8F1K LEU J 1413 ? UNP P0A8T7 ? ? 'expression tag' 1413 6 6 8F1K PHE J 1414 ? UNP P0A8T7 ? ? 'expression tag' 1414 7 6 8F1K GLN J 1415 ? UNP P0A8T7 ? ? 'expression tag' 1415 8 6 8F1K GLY J 1416 ? UNP P0A8T7 ? ? 'expression tag' 1416 9 6 8F1K PRO J 1417 ? UNP P0A8T7 ? ? 'expression tag' 1417 10 6 8F1K SER J 1418 ? UNP P0A8T7 ? ? 'expression tag' 1418 11 6 8F1K SER J 1419 ? UNP P0A8T7 ? ? 'expression tag' 1419 12 6 8F1K GLY J 1420 ? UNP P0A8T7 ? ? 'expression tag' 1420 13 6 8F1K HIS J 1421 ? UNP P0A8T7 ? ? 'expression tag' 1421 14 6 8F1K HIS J 1422 ? UNP P0A8T7 ? ? 'expression tag' 1422 15 6 8F1K HIS J 1423 ? UNP P0A8T7 ? ? 'expression tag' 1423 16 6 8F1K HIS J 1424 ? UNP P0A8T7 ? ? 'expression tag' 1424 17 6 8F1K HIS J 1425 ? UNP P0A8T7 ? ? 'expression tag' 1425 18 6 8F1K HIS J 1426 ? UNP P0A8T7 ? ? 'expression tag' 1426 19 6 8F1K HIS J 1427 ? UNP P0A8T7 ? ? 'expression tag' 1427 20 6 8F1K HIS J 1428 ? UNP P0A8T7 ? ? 'expression tag' 1428 21 6 8F1K HIS J 1429 ? UNP P0A8T7 ? ? 'expression tag' 1429 22 6 8F1K HIS J 1430 ? UNP P0A8T7 ? ? 'expression tag' 1430 23 8 8F1K SER M 1 ? UNP P24255 ? ? 'expression tag' -2 24 8 8F1K GLU M 2 ? UNP P24255 ? ? 'expression tag' -1 25 8 8F1K PHE M 3 ? UNP P24255 ? ? 'expression tag' 0 26 # loop_ _chem_comp.id _chem_comp.type _chem_comp.mon_nstd_flag _chem_comp.name _chem_comp.pdbx_synonyms _chem_comp.formula _chem_comp.formula_weight ALA 'L-peptide linking' y ALANINE ? 'C3 H7 N O2' 89.093 ARG 'L-peptide linking' y ARGININE ? 'C6 H15 N4 O2 1' 175.209 ASN 'L-peptide linking' y ASPARAGINE ? 'C4 H8 N2 O3' 132.118 ASP 'L-peptide linking' y 'ASPARTIC ACID' ? 'C4 H7 N O4' 133.103 CYS 'L-peptide linking' y CYSTEINE ? 'C3 H7 N O2 S' 121.158 DA 'DNA linking' y "2'-DEOXYADENOSINE-5'-MONOPHOSPHATE" ? 'C10 H14 N5 O6 P' 331.222 DC 'DNA linking' y "2'-DEOXYCYTIDINE-5'-MONOPHOSPHATE" ? 'C9 H14 N3 O7 P' 307.197 DG 'DNA linking' y "2'-DEOXYGUANOSINE-5'-MONOPHOSPHATE" ? 'C10 H14 N5 O7 P' 347.221 DT 'DNA linking' y "THYMIDINE-5'-MONOPHOSPHATE" ? 'C10 H15 N2 O8 P' 322.208 GLN 'L-peptide linking' y GLUTAMINE ? 'C5 H10 N2 O3' 146.144 GLU 'L-peptide linking' y 'GLUTAMIC ACID' ? 'C5 H9 N O4' 147.129 GLY 'peptide linking' y GLYCINE ? 'C2 H5 N O2' 75.067 HIS 'L-peptide linking' y HISTIDINE ? 'C6 H10 N3 O2 1' 156.162 HOH non-polymer . WATER ? 'H2 O' 18.015 ILE 'L-peptide linking' y ISOLEUCINE ? 'C6 H13 N O2' 131.173 LEU 'L-peptide linking' y LEUCINE ? 'C6 H13 N O2' 131.173 LYS 'L-peptide linking' y LYSINE ? 'C6 H15 N2 O2 1' 147.195 MET 'L-peptide linking' y METHIONINE ? 'C5 H11 N O2 S' 149.211 MG non-polymer . 'MAGNESIUM ION' ? 'Mg 2' 24.305 PHE 'L-peptide linking' y PHENYLALANINE ? 'C9 H11 N O2' 165.189 PRO 'L-peptide linking' y PROLINE ? 'C5 H9 N O2' 115.130 SER 'L-peptide linking' y SERINE ? 'C3 H7 N O3' 105.093 THR 'L-peptide linking' y THREONINE ? 'C4 H9 N O3' 119.119 TRP 'L-peptide linking' y TRYPTOPHAN ? 'C11 H12 N2 O2' 204.225 TYR 'L-peptide linking' y TYROSINE ? 'C9 H11 N O3' 181.189 VAL 'L-peptide linking' y VALINE ? 'C5 H11 N O2' 117.146 ZN non-polymer . 'ZINC ION' ? 'Zn 2' 65.409 # _exptl.absorpt_coefficient_mu ? _exptl.absorpt_correction_T_max ? _exptl.absorpt_correction_T_min ? _exptl.absorpt_correction_type ? _exptl.absorpt_process_details ? _exptl.entry_id 8F1K _exptl.crystals_number ? _exptl.details ? _exptl.method 'ELECTRON MICROSCOPY' _exptl.method_details ? # _refine.pdbx_refine_id 'ELECTRON MICROSCOPY' _refine.entry_id 8F1K _refine.pdbx_diffrn_id ? _refine.pdbx_TLS_residual_ADP_flag ? _refine.ls_number_reflns_obs ? _refine.ls_number_reflns_all ? _refine.pdbx_ls_sigma_I ? _refine.pdbx_ls_sigma_F ? _refine.pdbx_data_cutoff_high_absF ? _refine.pdbx_data_cutoff_low_absF ? _refine.pdbx_data_cutoff_high_rms_absF ? _refine.ls_d_res_low ? _refine.ls_d_res_high . _refine.ls_percent_reflns_obs ? _refine.ls_R_factor_obs ? _refine.ls_R_factor_all ? _refine.ls_R_factor_R_work ? _refine.ls_R_factor_R_free ? _refine.ls_R_factor_R_free_error ? _refine.ls_R_factor_R_free_error_details ? _refine.ls_percent_reflns_R_free ? _refine.ls_number_reflns_R_free ? _refine.ls_number_parameters ? _refine.ls_number_restraints ? _refine.occupancy_min ? _refine.occupancy_max ? _refine.correlation_coeff_Fo_to_Fc ? _refine.correlation_coeff_Fo_to_Fc_free ? _refine.B_iso_mean ? _refine.aniso_B[1][1] ? _refine.aniso_B[2][2] ? _refine.aniso_B[3][3] ? _refine.aniso_B[1][2] ? _refine.aniso_B[1][3] ? _refine.aniso_B[2][3] ? _refine.solvent_model_details ? _refine.solvent_model_param_ksol ? _refine.solvent_model_param_bsol ? _refine.pdbx_solvent_vdw_probe_radii ? _refine.pdbx_solvent_ion_probe_radii ? _refine.pdbx_solvent_shrinkage_radii ? _refine.pdbx_ls_cross_valid_method ? _refine.details ? _refine.pdbx_starting_model ? _refine.pdbx_method_to_determine_struct ? _refine.pdbx_isotropic_thermal_model ? _refine.pdbx_stereochemistry_target_values ? _refine.pdbx_stereochem_target_val_spec_case ? _refine.pdbx_R_Free_selection_details ? _refine.pdbx_overall_ESU_R ? _refine.pdbx_overall_ESU_R_Free ? _refine.overall_SU_ML ? _refine.pdbx_overall_phase_error ? _refine.overall_SU_B ? _refine.overall_SU_R_Cruickshank_DPI ? _refine.pdbx_overall_SU_R_free_Cruickshank_DPI ? _refine.pdbx_overall_SU_R_Blow_DPI ? _refine.pdbx_overall_SU_R_free_Blow_DPI ? # loop_ _refine_ls_restr.pdbx_refine_id _refine_ls_restr.criterion _refine_ls_restr.dev_ideal _refine_ls_restr.dev_ideal_target _refine_ls_restr.number _refine_ls_restr.rejects _refine_ls_restr.type _refine_ls_restr.weight _refine_ls_restr.pdbx_restraint_function 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.002 ? 31499 ? f_bond_d ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.450 ? 42966 ? f_angle_d ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 16.546 ? 12205 ? f_dihedral_angle_d ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.040 ? 4926 ? f_chiral_restr ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.004 ? 5288 ? f_plane_restr ? ? # _struct.entry_id 8F1K _struct.title 'SigN RNA polymerase early-melted intermediate bound to full duplex DNA fragment dhsU36 (-12T)' _struct.pdbx_model_details ? _struct.pdbx_formula_weight ? _struct.pdbx_formula_weight_method ? _struct.pdbx_model_type_details ? _struct.pdbx_CASP_flag N # _struct_keywords.entry_id 8F1K _struct_keywords.text 'promoter-bound, initiation, DNA melting, transcription bubble nucleation, TRANSCRIPTION, TRANSCRIPTION-DNA complex' _struct_keywords.pdbx_keywords TRANSCRIPTION/DNA # loop_ _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.entity_id _struct_asym.details A N N 1 ? B N N 1 ? C N N 2 ? D N N 2 ? E N N 3 ? F N N 4 ? G N N 5 ? H N N 6 ? I N N 7 ? J N N 7 ? K N N 8 ? L N N 9 ? 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ZN ? ? J CYS 895 J ZN 1503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.325 ? ? metalc11 metalc ? ? F CYS 898 SG ? ? ? 1_555 M ZN . ZN ? ? J CYS 898 J ZN 1503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.329 ? ? hydrog1 hydrog ? ? A DC 1 N3 ? ? ? 1_555 I DG 36 N1 ? ? A DC 1 B DG 72 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog2 hydrog ? ? A DC 1 N4 ? ? ? 1_555 I DG 36 O6 ? ? A DC 1 B DG 72 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog3 hydrog ? ? A DC 1 O2 ? ? ? 1_555 I DG 36 N2 ? ? A DC 1 B DG 72 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog4 hydrog ? ? A DC 2 N3 ? ? ? 1_555 I DG 35 N1 ? ? A DC 2 B DG 71 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog5 hydrog ? ? A DC 2 N4 ? ? ? 1_555 I DG 35 O6 ? ? A DC 2 B DG 71 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog6 hydrog ? ? A DC 2 O2 ? ? ? 1_555 I DG 35 N2 ? ? A DC 2 B DG 71 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog7 hydrog ? ? A DA 3 N1 ? ? ? 1_555 I DT 34 N3 ? ? A DA 3 B DT 70 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog8 hydrog ? ? A DA 3 N6 ? ? ? 1_555 I DT 34 O4 ? ? 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A DC 14 B DG 59 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog36 hydrog ? ? A DG 15 N1 ? ? ? 1_555 I DC 22 N3 ? ? A DG 15 B DC 58 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog37 hydrog ? ? A DG 15 N2 ? ? ? 1_555 I DC 22 O2 ? ? A DG 15 B DC 58 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog38 hydrog ? ? A DG 15 O6 ? ? ? 1_555 I DC 22 N4 ? ? A DG 15 B DC 58 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog39 hydrog ? ? A DA 16 N1 ? ? ? 1_555 I DT 21 N3 ? ? A DA 16 B DT 57 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog40 hydrog ? ? A DA 16 N6 ? ? ? 1_555 I DT 21 O4 ? ? A DA 16 B DT 57 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog41 hydrog ? ? A DA 17 N1 ? ? ? 1_555 I DT 20 N3 ? ? A DA 17 B DT 56 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog42 hydrog ? ? A DA 17 N6 ? ? ? 1_555 I DT 20 O4 ? ? A DA 17 B DT 56 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog43 hydrog ? ? A DA 18 N1 ? ? ? 1_555 I DT 19 N3 ? ? A DA 18 B DT 55 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog44 hydrog ? ? A DA 18 N6 ? ? ? 1_555 I DT 19 O4 ? ? 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A DG 22 B DC 51 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog54 hydrog ? ? A DC 23 N3 ? ? ? 1_555 I DG 14 N1 ? ? A DC 23 B DG 50 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog55 hydrog ? ? A DC 23 N4 ? ? ? 1_555 I DG 14 O6 ? ? A DC 23 B DG 50 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog56 hydrog ? ? A DC 23 O2 ? ? ? 1_555 I DG 14 N2 ? ? A DC 23 B DG 50 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog57 hydrog ? ? A DT 26 N3 ? ? ? 1_555 I DA 11 N1 ? ? A DT 26 B DA 47 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog58 hydrog ? ? A DT 26 O4 ? ? ? 1_555 I DA 11 N6 ? ? A DT 26 B DA 47 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog59 hydrog ? ? A DA 27 N1 ? ? ? 1_555 I DT 10 N3 ? ? A DA 27 B DT 46 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog60 hydrog ? ? A DA 27 N6 ? ? ? 1_555 I DT 10 O4 ? ? A DA 27 B DT 46 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog61 hydrog ? ? A DA 28 N1 ? ? ? 1_555 I DT 9 N3 ? ? A DA 28 B DT 45 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog62 hydrog ? ? A DA 28 N6 ? ? ? 1_555 I DT 9 O4 ? ? A DA 28 B DT 45 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog63 hydrog ? ? A DA 29 N1 ? ? ? 1_555 I DT 8 N3 ? ? A DA 29 B DT 44 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog64 hydrog ? ? A DA 29 N6 ? ? ? 1_555 I DT 8 O4 ? ? A DA 29 B DT 44 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog65 hydrog ? ? A DT 30 N3 ? ? ? 1_555 I DA 7 N1 ? ? A DT 30 B DA 43 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog66 hydrog ? ? A DT 30 O4 ? ? ? 1_555 I DA 7 N6 ? ? A DT 30 B DA 43 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog67 hydrog ? ? A DA 31 N1 ? ? ? 1_555 I DT 6 N3 ? ? A DA 31 B DT 42 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog68 hydrog ? ? A DA 31 N6 ? ? ? 1_555 I DT 6 O4 ? ? A DA 31 B DT 42 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog69 hydrog ? ? A DC 32 N3 ? ? ? 1_555 I DG 5 N1 ? ? A DC 32 B DG 41 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog70 hydrog ? ? A DC 32 N4 ? ? ? 1_555 I DG 5 O6 ? ? A DC 32 B DG 41 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog71 hydrog ? ? A DC 32 O2 ? ? ? 1_555 I DG 5 N2 ? ? 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WATSON-CRICK ? ? ? # loop_ _struct_conn_type.id _struct_conn_type.criteria _struct_conn_type.reference metalc ? ? hydrog ? ? # loop_ _struct_mon_prot_cis.pdbx_id _struct_mon_prot_cis.label_comp_id _struct_mon_prot_cis.label_seq_id _struct_mon_prot_cis.label_asym_id _struct_mon_prot_cis.label_alt_id _struct_mon_prot_cis.pdbx_PDB_ins_code _struct_mon_prot_cis.auth_comp_id _struct_mon_prot_cis.auth_seq_id _struct_mon_prot_cis.auth_asym_id _struct_mon_prot_cis.pdbx_label_comp_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_label_seq_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_label_asym_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_PDB_ins_code_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_auth_comp_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_auth_seq_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_auth_asym_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_PDB_model_num _struct_mon_prot_cis.pdbx_omega_angle 1 GLU 29 C . ? GLU 29 G PRO 30 C ? PRO 30 G 1 -5.02 2 GLU 29 D . ? GLU 29 H PRO 30 D ? PRO 30 H 1 -6.25 3 PHE 57 E . ? PHE 57 I PRO 58 E ? PRO 58 I 1 -0.62 4 ALA 426 F . ? ALA 426 J PRO 427 F ? PRO 427 J 1 1.00 5 ASP 189 H . ? ASP 186 M PRO 190 H ? PRO 187 M 1 0.95 # loop_ _struct_sheet.id _struct_sheet.type _struct_sheet.number_strands _struct_sheet.details AA1 ? 4 ? AA2 ? 4 ? AA3 ? 2 ? AA4 ? 2 ? AA5 ? 2 ? AA6 ? 4 ? AA7 ? 4 ? AA8 ? 2 ? AA9 ? 2 ? AB1 ? 2 ? AB2 ? 2 ? AB3 ? 4 ? AB4 ? 3 ? AB5 ? 4 ? AB6 ? 5 ? AB7 ? 2 ? AB8 ? 2 ? AB9 ? 2 ? AC1 ? 2 ? AC2 ? 3 ? AC3 ? 6 ? AC4 ? 3 ? AC5 ? 4 ? AC6 ? 2 ? AC7 ? 2 ? AC8 ? 8 ? AC9 ? 5 ? AD1 ? 2 ? AD2 ? 2 ? AD3 ? 8 ? AD4 ? 2 ? AD5 ? 3 ? AD6 ? 3 ? AD7 ? 3 ? AD8 ? 2 ? AD9 ? 3 ? AE1 ? 2 ? AE2 ? 2 ? AE3 ? 2 ? AE4 ? 2 ? AE5 ? 2 ? AE6 ? 5 ? AE7 ? 4 ? AE8 ? 4 ? AE9 ? 4 ? AF1 ? 4 ? AF2 ? 3 ? AF3 ? 2 ? AF4 ? 4 ? AF5 ? 2 ? # loop_ _struct_sheet_order.sheet_id _struct_sheet_order.range_id_1 _struct_sheet_order.range_id_2 _struct_sheet_order.offset _struct_sheet_order.sense AA1 1 2 ? anti-parallel AA1 2 3 ? anti-parallel AA1 3 4 ? anti-parallel AA2 1 2 ? anti-parallel AA2 2 3 ? anti-parallel AA2 3 4 ? anti-parallel AA3 1 2 ? anti-parallel AA4 1 2 ? anti-parallel AA5 1 2 ? anti-parallel AA6 1 2 ? anti-parallel AA6 2 3 ? anti-parallel AA6 3 4 ? anti-parallel AA7 1 2 ? anti-parallel AA7 2 3 ? anti-parallel AA7 3 4 ? anti-parallel AA8 1 2 ? anti-parallel AA9 1 2 ? anti-parallel AB1 1 2 ? anti-parallel AB2 1 2 ? parallel AB3 1 2 ? anti-parallel AB3 2 3 ? anti-parallel AB3 3 4 ? anti-parallel AB4 1 2 ? anti-parallel AB4 2 3 ? anti-parallel AB5 1 2 ? anti-parallel AB5 2 3 ? parallel AB5 3 4 ? anti-parallel AB6 1 2 ? anti-parallel AB6 2 3 ? anti-parallel AB6 3 4 ? anti-parallel AB6 4 5 ? anti-parallel AB7 1 2 ? anti-parallel AB8 1 2 ? anti-parallel AB9 1 2 ? anti-parallel AC1 1 2 ? anti-parallel AC2 1 2 ? anti-parallel AC2 2 3 ? anti-parallel AC3 1 2 ? anti-parallel AC3 2 3 ? anti-parallel AC3 3 4 ? parallel AC3 4 5 ? anti-parallel AC3 5 6 ? anti-parallel AC4 1 2 ? anti-parallel AC4 2 3 ? anti-parallel AC5 1 2 ? anti-parallel AC5 2 3 ? anti-parallel AC5 3 4 ? anti-parallel AC6 1 2 ? anti-parallel AC7 1 2 ? anti-parallel AC8 1 2 ? anti-parallel AC8 2 3 ? anti-parallel AC8 3 4 ? anti-parallel AC8 4 5 ? parallel AC8 5 6 ? anti-parallel AC8 6 7 ? parallel AC8 7 8 ? anti-parallel AC9 1 2 ? anti-parallel AC9 2 3 ? anti-parallel AC9 3 4 ? anti-parallel AC9 4 5 ? anti-parallel AD1 1 2 ? anti-parallel AD2 1 2 ? anti-parallel AD3 1 2 ? anti-parallel AD3 2 3 ? anti-parallel AD3 3 4 ? anti-parallel AD3 4 5 ? anti-parallel AD3 5 6 ? parallel AD3 6 7 ? anti-parallel AD3 7 8 ? parallel AD4 1 2 ? anti-parallel AD5 1 2 ? anti-parallel AD5 2 3 ? anti-parallel AD6 1 2 ? parallel AD6 2 3 ? anti-parallel AD7 1 2 ? anti-parallel AD7 2 3 ? anti-parallel AD8 1 2 ? anti-parallel AD9 1 2 ? parallel AD9 2 3 ? anti-parallel AE1 1 2 ? anti-parallel AE2 1 2 ? parallel AE3 1 2 ? anti-parallel AE4 1 2 ? anti-parallel AE5 1 2 ? anti-parallel AE6 1 2 ? anti-parallel AE6 2 3 ? anti-parallel AE6 3 4 ? anti-parallel AE6 4 5 ? anti-parallel AE7 1 2 ? anti-parallel AE7 2 3 ? anti-parallel AE7 3 4 ? anti-parallel AE8 1 2 ? anti-parallel AE8 2 3 ? anti-parallel AE8 3 4 ? anti-parallel AE9 1 2 ? anti-parallel AE9 2 3 ? anti-parallel AE9 3 4 ? anti-parallel AF1 1 2 ? anti-parallel AF1 2 3 ? anti-parallel AF1 3 4 ? anti-parallel AF2 1 2 ? anti-parallel AF2 2 3 ? anti-parallel AF3 1 2 ? anti-parallel AF4 1 2 ? anti-parallel AF4 2 3 ? parallel AF4 3 4 ? anti-parallel AF5 1 2 ? anti-parallel # loop_ _struct_sheet_range.sheet_id _struct_sheet_range.id _struct_sheet_range.beg_label_comp_id _struct_sheet_range.beg_label_asym_id _struct_sheet_range.beg_label_seq_id _struct_sheet_range.pdbx_beg_PDB_ins_code _struct_sheet_range.end_label_comp_id _struct_sheet_range.end_label_asym_id _struct_sheet_range.end_label_seq_id _struct_sheet_range.pdbx_end_PDB_ins_code _struct_sheet_range.beg_auth_comp_id _struct_sheet_range.beg_auth_asym_id _struct_sheet_range.beg_auth_seq_id _struct_sheet_range.end_auth_comp_id _struct_sheet_range.end_auth_asym_id _struct_sheet_range.end_auth_seq_id AA1 1 ARG C 12 ? 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RECONSTRUCTION 'NU refinement with global CTF and per-particle defocus refinement enabled' 13 1 ? ? cryoSPARC v3.2.0 # _em_specimen.concentration ? _em_specimen.details ? _em_specimen.embedding_applied NO _em_specimen.experiment_id 1 _em_specimen.id 1 _em_specimen.shadowing_applied NO _em_specimen.staining_applied NO _em_specimen.vitrification_applied YES # loop_ _ndb_struct_conf_na.entry_id _ndb_struct_conf_na.feature 8F1K 'double helix' 8F1K 'b-form double helix' # loop_ _ndb_struct_na_base_pair.model_number _ndb_struct_na_base_pair.i_label_asym_id _ndb_struct_na_base_pair.i_label_comp_id _ndb_struct_na_base_pair.i_label_seq_id _ndb_struct_na_base_pair.i_symmetry _ndb_struct_na_base_pair.j_label_asym_id _ndb_struct_na_base_pair.j_label_comp_id _ndb_struct_na_base_pair.j_label_seq_id _ndb_struct_na_base_pair.j_symmetry _ndb_struct_na_base_pair.shear _ndb_struct_na_base_pair.stretch _ndb_struct_na_base_pair.stagger _ndb_struct_na_base_pair.buckle _ndb_struct_na_base_pair.propeller _ndb_struct_na_base_pair.opening _ndb_struct_na_base_pair.pair_number _ndb_struct_na_base_pair.pair_name _ndb_struct_na_base_pair.i_auth_asym_id _ndb_struct_na_base_pair.i_auth_seq_id _ndb_struct_na_base_pair.i_PDB_ins_code _ndb_struct_na_base_pair.j_auth_asym_id _ndb_struct_na_base_pair.j_auth_seq_id _ndb_struct_na_base_pair.j_PDB_ins_code _ndb_struct_na_base_pair.hbond_type_28 _ndb_struct_na_base_pair.hbond_type_12 1 A DC 1 1_555 I DG 36 1_555 0.160 -0.169 0.568 -3.576 -4.282 -1.299 1 A_DC1:DG72_B A 1 ? 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