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EMDB EMD-29280 ? ? # _pdbx_database_related.db_name EMDB _pdbx_database_related.details 'Cas1-Cas2/3 integrase and IHF bound to CRISPR leader, repeat and foreign DNA' _pdbx_database_related.db_id EMD-29280 _pdbx_database_related.content_type 'associated EM volume' # _pdbx_database_status.status_code REL _pdbx_database_status.status_code_sf ? _pdbx_database_status.status_code_mr ? _pdbx_database_status.entry_id 8FLJ _pdbx_database_status.recvd_initial_deposition_date 2022-12-21 _pdbx_database_status.SG_entry N _pdbx_database_status.deposit_site RCSB _pdbx_database_status.process_site RCSB _pdbx_database_status.status_code_cs ? _pdbx_database_status.status_code_nmr_data ? _pdbx_database_status.methods_development_category ? _pdbx_database_status.pdb_format_compatible Y # loop_ _audit_author.name _audit_author.pdbx_ordinal _audit_author.identifier_ORCID 'Santiago-Frangos, A.' 1 0000-0001-9615-065X 'Henriques, W.S.' 2 0000-0001-9836-3827 'Wiegand, T.' 3 0000-0002-0528-268X 'Gauvin, C.' 4 0000-0001-7171-552X 'Buyukyoruk, M.' 5 0000-0003-1534-7202 'Neselu, K.' 6 0000-0002-6908-9037 'Eng, E.T.' 7 0000-0002-8014-7269 'Lander, G.C.' 8 0000-0003-4921-1135 'Wiedenheft, B.' 9 0000-0001-9297-5304 # _citation.abstract ? _citation.abstract_id_CAS ? _citation.book_id_ISBN ? _citation.book_publisher ? _citation.book_publisher_city ? _citation.book_title ? _citation.coordinate_linkage ? _citation.country US _citation.database_id_Medline ? _citation.details ? _citation.id primary _citation.journal_abbrev Nat.Struct.Mol.Biol. _citation.journal_id_ASTM ? _citation.journal_id_CSD ? _citation.journal_id_ISSN 1545-9985 _citation.journal_full ? _citation.journal_issue ? _citation.journal_volume 30 _citation.language ? _citation.page_first 1675 _citation.page_last 1685 _citation.title 'Structure reveals why genome folding is necessary for site-specific integration of foreign DNA into CRISPR arrays.' _citation.year 2023 _citation.database_id_CSD ? _citation.pdbx_database_id_DOI 10.1038/s41594-023-01097-2 _citation.pdbx_database_id_PubMed 37710013 _citation.pdbx_database_id_patent ? _citation.unpublished_flag ? # loop_ _citation_author.citation_id _citation_author.name _citation_author.ordinal _citation_author.identifier_ORCID primary 'Santiago-Frangos, A.' 1 0000-0001-9615-065X primary 'Henriques, W.S.' 2 ? primary 'Wiegand, T.' 3 0000-0002-0528-268X primary 'Gauvin, C.C.' 4 0000-0001-7171-552X primary 'Buyukyoruk, M.' 5 ? primary 'Graham, A.B.' 6 ? primary 'Wilkinson, R.A.' 7 ? primary 'Triem, L.' 8 ? primary 'Neselu, K.' 9 ? primary 'Eng, E.T.' 10 0000-0002-8014-7269 primary 'Lander, G.C.' 11 0000-0003-4921-1135 primary 'Wiedenheft, B.' 12 0000-0001-9297-5304 # _cell.angle_alpha 90.00 _cell.angle_alpha_esd ? _cell.angle_beta 90.00 _cell.angle_beta_esd ? _cell.angle_gamma 90.00 _cell.angle_gamma_esd ? _cell.entry_id 8FLJ _cell.details ? _cell.formula_units_Z ? _cell.length_a 1.00 _cell.length_a_esd ? _cell.length_b 1.00 _cell.length_b_esd ? _cell.length_c 1.00 _cell.length_c_esd ? _cell.volume ? _cell.volume_esd ? _cell.Z_PDB ? _cell.reciprocal_angle_alpha ? _cell.reciprocal_angle_beta ? _cell.reciprocal_angle_gamma ? _cell.reciprocal_angle_alpha_esd ? _cell.reciprocal_angle_beta_esd ? _cell.reciprocal_angle_gamma_esd ? _cell.reciprocal_length_a ? _cell.reciprocal_length_b ? _cell.reciprocal_length_c ? _cell.reciprocal_length_a_esd ? _cell.reciprocal_length_b_esd ? _cell.reciprocal_length_c_esd ? _cell.pdbx_unique_axis ? _cell.pdbx_esd_method ? # _symmetry.entry_id 8FLJ _symmetry.cell_setting ? _symmetry.Int_Tables_number 1 _symmetry.space_group_name_Hall ? _symmetry.space_group_name_H-M 'P 1' _symmetry.pdbx_full_space_group_name_H-M ? # loop_ _entity.id _entity.type _entity.src_method _entity.pdbx_description _entity.formula_weight _entity.pdbx_number_of_molecules _entity.pdbx_ec _entity.pdbx_mutation _entity.pdbx_fragment _entity.details 1 polymer man 'CRISPR-associated endonuclease Cas1' 38267.148 4 3.1.-.- ? ? ? 2 polymer man 'Integration host factor subunit alpha' 11646.299 2 ? ? ? ? 3 polymer man 'Integration host factor subunit beta' 10805.378 2 ? ? ? ? 4 polymer syn 'CRISPR leader, sense strand of DNA' 42935.559 1 ? 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;(DA)(DA)(DG)(DC)(DT)(DT)(DC)(DC)(DG)(DA)(DC)(DC)(DC)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DC) (DG)(DG)(DA)(DC)(DG)(DA)(DT)(DT)(DT)(DA)(DA)(DA)(DA)(DA)(DA)(DC)(DC)(DC)(DT)(DT) (DA)(DT)(DA)(DA)(DA)(DT)(DC)(DA)(DG)(DC)(DA)(DA)(DG)(DT)(DT)(DA)(DC)(DG)(DA)(DG) (DA)(DC)(DC)(DT)(DC)(DG)(DA)(DA)(DA)(DA)(DA)(DA)(DG)(DA)(DG)(DG)(DG)(DT)(DT)(DT) (DC)(DT)(DG)(DG)(DC)(DG)(DG)(DG)(DA)(DA)(DA)(DA)(DA)(DC)(DT)(DC)(DA)(DA)(DA)(DA) (DA)(DA)(DC)(DG)(DC)(DT)(DT)(DC)(DG)(DA)(DA)(DA)(DT)(DC)(DA)(DA)(DC)(DC)(DG)(DG) (DT)(DT)(DA)(DT)(DA)(DG)(DG)(DT)(DT)(DT)(DT)(DC)(DG)(DG)(DA)(DG)(DC)(DT)(DA) ; ;AAGCTTCCGACCCTTTTTTCGGACGATTTAAAAAACCCTTATAAATCAGCAAGTTACGAGACCTCGAAAAAAGAGGGTTT CTGGCGGGAAAAACTCAAAAAACGCTTCGAAATCAACCGGTTATAGGTTTTCGGAGCTA ; I ? 5 polydeoxyribonucleotide no no ;(DT)(DG)(DA)(DT)(DT)(DT)(DT)(DC)(DT)(DT)(DA)(DG)(DC)(DT)(DG)(DC)(DC)(DT)(DA)(DC) (DA)(DC)(DG)(DG)(DC)(DA)(DG)(DT)(DG)(DA)(DA)(DC)(DT)(DA)(DG)(DC)(DT)(DC)(DC)(DG) (DA)(DA)(DA)(DA)(DC)(DC)(DT)(DA)(DT)(DA)(DA)(DC)(DC)(DG)(DG)(DT)(DT)(DG)(DA)(DT) 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no ;(DG)(DC)(DT)(DC)(DT)(DA)(DG)(DC)(DA)(DA)(DA)(DA)(DC)(DG)(DA)(DC)(DT)(DT)(DG)(DC) (DA)(DC)(DA)(DA)(DC)(DG)(DA) ; GCTCTAGCAAAACGACTTGCACAACGA L ? 8 'polypeptide(L)' no no ;MNILLVSQCEKRALSETRRILDQFAERRGERTWQTPITQAGLDTLRRLLKKSARRNTAVACHWIRGRDHSELLWIVGDAS RFNAQGAVPTNRTCRDILRKEDENDWHSAEDIRLLTVMAALFHDIGKASQAFQAKLRNRGKPMADAYRHEWVSLRLFEAF VGPGSSDEDWLRRLADKRETGDAWLSQLARDDRQSAPPGPFQKSRLPPLAQAVGWLIVSHHRLPNGDHRGSASLARLPAP IQSQWCGARDADAKEKAACWQFPHGLPFASAHWRARTALCAQSMLERPGLLARGPALLHDSYVMHVSRLILMLADHHYSS LPADSRLGDPNFPLHANTDRDSGKLKQRLDEHLLGVALHSRKLAGTLPRLERQLPRLARHKGFTRRVEQPRFRWQDKAYD CAMACREQAMEHGFFGLNLASTGCGKTLANGRILYALADPQRGARFSIALGLRSLTLQTGQAYRERLGLGDDDLAILVGG SAARELFEKQQERLERSGSESAQELLAENSHVHFAGTLEDGPLREWLGRNSAGNRLLQAPILACTIDHLMPASESLRGGH QIAPLLRLMTSDLVLDEVDDFDIDDLPALSRLVHWAGLFGSRVLLSSATLPPALVQGLFEAYRSGREIFQRHRGAPGRAT EIRCAWFDEFSSQSSAHGAVTSFSEAHATFVAQRLAKLEQLPPRRQAQLCTVHAAGEARPALCRELAGQMNTWMADLHRC HHTEHQGRRISFGLLRLANIEPLIELAQAILAQGAPEGLHVHLCVYHSRHPLLVRSAIERQLDELLKRSDDDAAALFARP 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_entity_src_gen.pdbx_host_org_atcc _entity_src_gen.pdbx_host_org_culture_collection _entity_src_gen.pdbx_host_org_cell _entity_src_gen.pdbx_host_org_organelle _entity_src_gen.pdbx_host_org_cellular_location _entity_src_gen.pdbx_host_org_vector_type _entity_src_gen.pdbx_host_org_vector _entity_src_gen.host_org_details _entity_src_gen.expression_system_id _entity_src_gen.plasmid_name _entity_src_gen.plasmid_details _entity_src_gen.pdbx_description 1 1 sample 'Biological sequence' 1 341 ? ? 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'DC-DG PAIR' ? ? ? # _struct_conn_type.id hydrog _struct_conn_type.criteria ? _struct_conn_type.reference ? # loop_ _struct_sheet.id _struct_sheet.type _struct_sheet.number_strands _struct_sheet.details AA1 ? 2 ? AA2 ? 8 ? AA3 ? 6 ? AA4 ? 2 ? AA5 ? 8 ? AA6 ? 8 ? AA7 ? 3 ? AA8 ? 3 ? AA9 ? 2 ? AB1 ? 2 ? AB2 ? 2 ? AB3 ? 2 ? AB4 ? 2 ? AB5 ? 2 ? AB6 ? 4 ? AB7 ? 2 ? AB8 ? 9 ? AB9 ? 3 ? AC1 ? 4 ? AC2 ? 4 ? AC3 ? 2 ? AC4 ? 9 ? 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L 8 ? 1 K DG 15 1_555 L DC 8 1_555 K DC 16 1_555 L DG 7 1_555 -0.200 -0.549 3.164 -6.296 3.837 38.209 -1.274 -0.438 3.090 5.796 9.511 38.888 162 KK_DG15DC16:DG7DC8_LL K 15 ? L 8 ? K 16 ? L 7 ? 1 K DC 16 1_555 L DG 7 1_555 K DT 17 1_555 L DA 6 1_555 0.066 -0.497 3.261 -1.382 2.997 29.966 -1.559 -0.405 3.191 5.773 2.662 30.143 163 KK_DC16DT17:DA6DG7_LL K 16 ? L 7 ? K 17 ? L 6 ? 1 K DT 17 1_555 L DA 6 1_555 K DA 18 1_555 L DT 5 1_555 0.065 -0.074 3.035 -0.171 7.453 38.366 -0.942 -0.117 2.969 11.211 0.257 39.057 164 KK_DT17DA18:DT5DA6_LL K 17 ? L 6 ? K 18 ? L 5 ? 1 K DA 18 1_555 L DT 5 1_555 K DG 19 1_555 L DC 4 1_555 0.389 -0.759 3.051 -1.194 -1.104 29.416 -1.271 -1.003 3.059 -2.173 2.348 29.460 165 KK_DA18DG19:DC4DT5_LL K 18 ? L 5 ? K 19 ? L 4 ? 1 K DG 19 1_555 L DC 4 1_555 K DA 20 1_555 L DT 3 1_555 0.013 -0.332 3.168 2.700 -0.997 38.882 -0.381 0.297 3.169 -1.495 -4.049 38.984 166 KK_DG19DA20:DT3DC4_LL K 19 ? L 4 ? K 20 ? L 3 ? 1 K DA 20 1_555 L DT 3 1_555 K DG 21 1_555 L DC 2 1_555 -0.004 -0.267 3.434 2.938 -0.482 28.929 -0.420 0.685 3.420 -0.961 -5.861 29.078 167 KK_DA20DG21:DC2DT3_LL K 20 ? L 3 ? K 21 ? L 2 ? 1 K DG 21 1_555 L DC 2 1_555 K DC 22 1_555 L DG 1 1_555 0.923 0.974 2.137 23.950 -1.845 36.668 1.442 0.456 2.259 -2.617 -33.971 43.608 168 KK_DG21DC22:DG1DC2_LL K 21 ? L 2 ? K 22 ? L 1 ? # loop_ _pdbx_audit_support.funding_organization _pdbx_audit_support.country _pdbx_audit_support.grant_number _pdbx_audit_support.ordinal 'National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)' 'United States' GM147842 1 'Life Sciences Research Foundation' ? ? 2 'Simons Foundation' 'United States' ? 3 'M.J. Murdock Charitable Trust' ? ? 4 'National Science Foundation (NSF, United States)' 'United States' 1828765 5 'NIH Common Fund Transformative High Resolution Cryo-Electron Microscopy program' ? GM129539 6 'Simons Foundation' 'United States' SF349247 7 'National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)' 'United States' GM134867 8 Amgen ? ? 9 'Montana State University Agricultural Experimental Station (USDA NIFA)' ? ? 10 'VIRIS Detection Systems' ? ? 11 # _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.id 1 _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.experimental_support 'gel filtration' _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.details ;The I-F integration complex was assembled from purified DNAs, IHF and Cas1-2/3 as described in the methods section, and the assembled complex was further purified by size-exclusion chromatography (SEC) (Superdex 200 10/300, Cytiva). Individual fractions were collected along the elution profile, and were concentrated and stored separately for further analysis and imaging. Individual SEC fractions were analyzed by SDS-PAGE to determine which fractions contained all the proteins necessary for a complete complex. Individual SEC fractions were phenol-chloroform extracted, and the aqueous layer was analyzed by Urea-PAGE to determine which fractions contained all four DNA strands necessary for a complete complex. The fraction chosen for cryo-EM analysis contains all polypeptides and DNA strands required for a complete complex. ; # _space_group.crystal_system triclinic _space_group.name_H-M_alt 'P 1' _space_group.IT_number 1 _space_group.name_Hall 'P 1' _space_group.id 1 #