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'Homo sapiens' 9606 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? # loop_ _struct_ref.id _struct_ref.db_name _struct_ref.db_code _struct_ref.pdbx_db_accession _struct_ref.pdbx_db_isoform _struct_ref.entity_id _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code _struct_ref.pdbx_align_begin 1 PDB 8FLW 8FLW ? 1 ? 1 2 PDB 8FLW 8FLW ? 2 ? 1 3 UNP Q2N0S6_9HIV1 Q2N0S6 ? 3 ;AVGIGAVFLGFLGAAGSTMGAASMTLTVQARNLLSGIVQQQSNLLRAIEAQQHLLKLTVWGIKQLQARVLAVERYLRDQQ LLGIWGCSGKLICTTNVPWNSSWSNRNLSEIWDNMTWLQWDKEISNYTQIIYGLLEESQNQQEKNEQDLLALD ; 509 4 UNP Q2N0S6_9HIV1 Q2N0S6 ? 4 ;AENLWVTVYYGVPVWKDAETTLFCASDAKAYETEKHNVWATHACVPTDPNPQEIHLENVTEEFNMWKNNMVEQMHTDIIS LWDQSLKPCVKLTPLCVTLQCTNVTNNITDDMRGELKNCSFNMTTELRDKKQKVYSLFYRLDVVQINENQGNRSNNSNKE YRLINCNTSAITQACPKVSFEPIPIHYCAPAGFAILKCKDKKFNGTGPCPSVSTVQCTHGIKPVVSTQLLLNGSLAEEEV MIRSENITNNAKNILVQFNTPVQINCTRPNNNTRKSIRIGPGQAFYATGDIIGDIRQAHCTVSKATWNETLGKVVKQLRK HFGNNTIIRFANSSGGDLEVTTHSFNCGGEFFYCNTSGLFNSTWISNTSVQGSNSTGSNDSITLPCRIKQIINMWQRIGQ AMYAPPIQGVIRCVSNITGLILTRDGGSTNSTTETFRPGGGDMRDNWRSELYKYKVVKIEPLGVAPTRAKRRVVGREKRA V ; 30 # loop_ _struct_ref_seq.align_id _struct_ref_seq.ref_id _struct_ref_seq.pdbx_PDB_id_code _struct_ref_seq.pdbx_strand_id _struct_ref_seq.seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.seq_align_end _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_db_accession _struct_ref_seq.db_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_db_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.db_align_end _struct_ref_seq.pdbx_db_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_end 1 1 8FLW H 1 ? 252 ? 8FLW 1 ? 230 ? 1 230 2 2 8FLW L 1 ? 219 ? 8FLW 1 ? 214 ? 1 214 3 3 8FLW A 1 ? 153 ? Q2N0S6 509 ? 661 ? 512 664 4 3 8FLW B 1 ? 153 ? Q2N0S6 509 ? 661 ? 512 664 5 4 8FLW C 1 ? 481 ? Q2N0S6 30 ? 510 ? 31 513 6 3 8FLW F 1 ? 153 ? Q2N0S6 509 ? 661 ? 512 664 7 4 8FLW G 1 ? 481 ? Q2N0S6 30 ? 510 ? 31 513 8 4 8FLW I 1 ? 481 ? Q2N0S6 30 ? 510 ? 31 513 # loop_ _struct_ref_seq_dif.align_id _struct_ref_seq_dif.pdbx_pdb_id_code _struct_ref_seq_dif.mon_id _struct_ref_seq_dif.pdbx_pdb_strand_id _struct_ref_seq_dif.seq_num _struct_ref_seq_dif.pdbx_pdb_ins_code _struct_ref_seq_dif.pdbx_seq_db_name _struct_ref_seq_dif.pdbx_seq_db_accession_code _struct_ref_seq_dif.db_mon_id _struct_ref_seq_dif.pdbx_seq_db_seq_num _struct_ref_seq_dif.details _struct_ref_seq_dif.pdbx_auth_seq_num _struct_ref_seq_dif.pdbx_ordinal 3 8FLW PRO A 48 ? UNP Q2N0S6 ILE 556 conflict 559 1 3 8FLW CYS A 94 ? UNP Q2N0S6 THR 602 conflict 605 2 4 8FLW PRO B 48 ? UNP Q2N0S6 ILE 556 conflict 559 3 4 8FLW CYS B 94 ? UNP Q2N0S6 THR 602 conflict 605 4 5 8FLW CYS C 171 ? UNP Q2N0S6 ILE 200 conflict 201 5 5 8FLW ASN C 301 ? UNP Q2N0S6 THR 330 conflict 332 6 5 8FLW CYS C 401 ? UNP Q2N0S6 ALA 430 conflict 433 7 5 8FLW CYS C 469 ? UNP Q2N0S6 ALA 498 conflict 501 8 5 8FLW ARG C 477 ? UNP Q2N0S6 GLU 506 conflict 509 9 5 8FLW ARG C 478 ? UNP Q2N0S6 LYS 507 conflict 510 10 5 8FLW ARG C 480 ? UNP Q2N0S6 ALA 509 conflict 512 11 5 8FLW ARG C 481 ? UNP Q2N0S6 VAL 510 conflict 513 12 6 8FLW PRO F 48 ? UNP Q2N0S6 ILE 556 conflict 559 13 6 8FLW CYS F 94 ? UNP Q2N0S6 THR 602 conflict 605 14 7 8FLW CYS G 171 ? UNP Q2N0S6 ILE 200 conflict 201 15 7 8FLW ASN G 301 ? UNP Q2N0S6 THR 330 conflict 332 16 7 8FLW CYS G 401 ? UNP Q2N0S6 ALA 430 conflict 433 17 7 8FLW CYS G 469 ? UNP Q2N0S6 ALA 498 conflict 501 18 7 8FLW ARG G 477 ? UNP Q2N0S6 GLU 506 conflict 509 19 7 8FLW ARG G 478 ? UNP Q2N0S6 LYS 507 conflict 510 20 7 8FLW ARG G 480 ? UNP Q2N0S6 ALA 509 conflict 512 21 7 8FLW ARG G 481 ? UNP Q2N0S6 VAL 510 conflict 513 22 8 8FLW CYS I 171 ? UNP Q2N0S6 ILE 200 conflict 201 23 8 8FLW ASN I 301 ? UNP Q2N0S6 THR 330 conflict 332 24 8 8FLW CYS I 401 ? UNP Q2N0S6 ALA 430 conflict 433 25 8 8FLW CYS I 469 ? UNP Q2N0S6 ALA 498 conflict 501 26 8 8FLW ARG I 477 ? UNP Q2N0S6 GLU 506 conflict 509 27 8 8FLW ARG I 478 ? UNP Q2N0S6 LYS 507 conflict 510 28 8 8FLW ARG I 480 ? UNP Q2N0S6 ALA 509 conflict 512 29 8 8FLW ARG I 481 ? UNP Q2N0S6 VAL 510 conflict 513 30 # loop_ _chem_comp.id _chem_comp.type _chem_comp.mon_nstd_flag _chem_comp.name _chem_comp.pdbx_synonyms _chem_comp.formula _chem_comp.formula_weight ALA 'L-peptide linking' y ALANINE ? 'C3 H7 N O2' 89.093 ARG 'L-peptide linking' y ARGININE ? 'C6 H15 N4 O2 1' 175.209 ASN 'L-peptide linking' y ASPARAGINE ? 'C4 H8 N2 O3' 132.118 ASP 'L-peptide linking' y 'ASPARTIC ACID' ? 'C4 H7 N O4' 133.103 BMA 'D-saccharide, beta linking' . beta-D-mannopyranose 'beta-D-mannose; D-mannose; mannose' 'C6 H12 O6' 180.156 CYS 'L-peptide linking' y CYSTEINE ? 'C3 H7 N O2 S' 121.158 GLN 'L-peptide linking' y GLUTAMINE ? 'C5 H10 N2 O3' 146.144 GLU 'L-peptide linking' y 'GLUTAMIC ACID' ? 'C5 H9 N O4' 147.129 GLY 'peptide linking' y GLYCINE ? 'C2 H5 N O2' 75.067 HIS 'L-peptide linking' y HISTIDINE ? 'C6 H10 N3 O2 1' 156.162 ILE 'L-peptide linking' y ISOLEUCINE ? 'C6 H13 N O2' 131.173 LEU 'L-peptide linking' y LEUCINE ? 'C6 H13 N O2' 131.173 LYS 'L-peptide linking' y LYSINE ? 'C6 H15 N2 O2 1' 147.195 MAN 'D-saccharide, alpha linking' . alpha-D-mannopyranose 'alpha-D-mannose; D-mannose; mannose' 'C6 H12 O6' 180.156 MET 'L-peptide linking' y METHIONINE ? 'C5 H11 N O2 S' 149.211 NAG 'D-saccharide, beta linking' . 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose ;N-acetyl-beta-D-glucosamine; 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose; 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose; 2-acetamido-2-deoxy-glucose; N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE ; 'C8 H15 N O6' 221.208 PHE 'L-peptide linking' y PHENYLALANINE ? 'C9 H11 N O2' 165.189 PRO 'L-peptide linking' y PROLINE ? 'C5 H9 N O2' 115.130 SER 'L-peptide linking' y SERINE ? 'C3 H7 N O3' 105.093 THR 'L-peptide linking' y THREONINE ? 'C4 H9 N O3' 119.119 TRP 'L-peptide linking' y TRYPTOPHAN ? 'C11 H12 N2 O2' 204.225 TYR 'L-peptide linking' y TYROSINE ? 'C9 H11 N O3' 181.189 TYS 'L-peptide linking' n O-SULFO-L-TYROSINE ? 'C9 H11 N O6 S' 261.252 VAL 'L-peptide linking' y VALINE ? 'C5 H11 N O2' 117.146 # _exptl.absorpt_coefficient_mu ? _exptl.absorpt_correction_T_max ? _exptl.absorpt_correction_T_min ? _exptl.absorpt_correction_type ? _exptl.absorpt_process_details ? _exptl.entry_id 8FLW _exptl.crystals_number ? _exptl.details ? _exptl.method 'ELECTRON MICROSCOPY' _exptl.method_details ? # _refine.pdbx_refine_id 'ELECTRON MICROSCOPY' _refine.entry_id 8FLW _refine.pdbx_diffrn_id ? _refine.pdbx_TLS_residual_ADP_flag ? _refine.ls_number_reflns_obs ? _refine.ls_number_reflns_all ? _refine.pdbx_ls_sigma_I ? _refine.pdbx_ls_sigma_F ? _refine.pdbx_data_cutoff_high_absF ? _refine.pdbx_data_cutoff_low_absF ? _refine.pdbx_data_cutoff_high_rms_absF ? _refine.ls_d_res_low ? _refine.ls_d_res_high . _refine.ls_percent_reflns_obs ? _refine.ls_R_factor_obs ? _refine.ls_R_factor_all ? _refine.ls_R_factor_R_work ? _refine.ls_R_factor_R_free ? _refine.ls_R_factor_R_free_error ? _refine.ls_R_factor_R_free_error_details ? _refine.ls_percent_reflns_R_free ? _refine.ls_number_reflns_R_free ? _refine.ls_number_parameters ? _refine.ls_number_restraints ? _refine.occupancy_min ? _refine.occupancy_max ? _refine.correlation_coeff_Fo_to_Fc ? _refine.correlation_coeff_Fo_to_Fc_free ? _refine.B_iso_mean ? _refine.aniso_B[1][1] ? _refine.aniso_B[2][2] ? _refine.aniso_B[3][3] ? _refine.aniso_B[1][2] ? _refine.aniso_B[1][3] ? _refine.aniso_B[2][3] ? _refine.solvent_model_details ? _refine.solvent_model_param_ksol ? _refine.solvent_model_param_bsol ? _refine.pdbx_solvent_vdw_probe_radii ? _refine.pdbx_solvent_ion_probe_radii ? _refine.pdbx_solvent_shrinkage_radii ? _refine.pdbx_ls_cross_valid_method ? _refine.details ? _refine.pdbx_starting_model ? _refine.pdbx_method_to_determine_struct ? _refine.pdbx_isotropic_thermal_model ? _refine.pdbx_stereochemistry_target_values ? _refine.pdbx_stereochem_target_val_spec_case ? _refine.pdbx_R_Free_selection_details ? _refine.pdbx_overall_ESU_R ? _refine.pdbx_overall_ESU_R_Free ? _refine.overall_SU_ML ? _refine.pdbx_overall_phase_error ? _refine.overall_SU_B ? _refine.overall_SU_R_Cruickshank_DPI ? _refine.pdbx_overall_SU_R_free_Cruickshank_DPI ? _refine.pdbx_overall_SU_R_Blow_DPI ? _refine.pdbx_overall_SU_R_free_Blow_DPI ? # loop_ _refine_ls_restr.pdbx_refine_id _refine_ls_restr.criterion _refine_ls_restr.dev_ideal _refine_ls_restr.dev_ideal_target _refine_ls_restr.number _refine_ls_restr.rejects _refine_ls_restr.type _refine_ls_restr.weight _refine_ls_restr.pdbx_restraint_function 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.002 ? 17187 ? f_bond_d ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.525 ? 23330 ? f_angle_d ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 6.010 ? 2799 ? f_dihedral_angle_d ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.056 ? 2925 ? f_chiral_restr ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.003 ? 2833 ? f_plane_restr ? ? # _struct.entry_id 8FLW _struct.title 'Cryo-EM Structure of PGT145 DU303 Fab in complex with BG505 DS-SOSIP.664' _struct.pdbx_model_details ? _struct.pdbx_formula_weight ? _struct.pdbx_formula_weight_method ? _struct.pdbx_model_type_details ? _struct.pdbx_CASP_flag N # _struct_keywords.entry_id 8FLW _struct_keywords.text 'CD4, HIV-1, SOSIP, Vaccine, IMMUNE SYSTEM, llama, V2 apex, therapeutic, VIRAL PROTEIN' _struct_keywords.pdbx_keywords 'VIRAL PROTEIN' # loop_ _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.entity_id _struct_asym.details A N N 1 ? B N N 2 ? C N N 3 ? D N N 3 ? E N N 4 ? F N N 3 ? G N N 4 ? H N N 4 ? I N N 5 ? J N N 6 ? K N N 5 ? L N N 5 ? M N N 5 ? N N N 6 ? O N N 7 ? P N N 5 ? Q N N 6 ? 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E CYS 101 SG ? ? ? 1_555 E CYS 119 SG ? ? C CYS 131 C CYS 157 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.029 ? ? disulf11 disulf ? ? E CYS 171 SG ? ? ? 1_555 E CYS 401 SG ? ? C CYS 201 C CYS 433 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.073 ? ? disulf12 disulf ? ? E CYS 188 SG ? ? ? 1_555 E CYS 217 SG ? ? C CYS 218 C CYS 247 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.030 ? ? disulf13 disulf ? ? E CYS 198 SG ? ? ? 1_555 E CYS 209 SG ? ? C CYS 228 C CYS 239 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.031 ? ? disulf14 disulf ? ? E CYS 266 SG ? ? ? 1_555 E CYS 300 SG ? ? C CYS 296 C CYS 331 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.031 ? ? disulf15 disulf ? ? E CYS 347 SG ? ? ? 1_555 E CYS 413 SG ? ? C CYS 378 C CYS 445 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.032 ? ? disulf16 disulf ? ? E CYS 354 SG ? ? ? 1_555 E CYS 386 SG ? ? C CYS 385 C CYS 418 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.033 ? ? disulf17 disulf ? ? F CYS 87 SG ? ? ? 1_555 F CYS 93 SG ? ? F CYS 598 F CYS 604 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.031 ? ? disulf18 disulf ? ? G CYS 24 SG ? ? ? 1_555 G CYS 44 SG ? ? G CYS 54 G CYS 74 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.032 ? ? disulf19 disulf ? ? G CYS 89 SG ? ? ? 1_555 G CYS 175 SG ? ? G CYS 119 G CYS 205 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.081 ? ? disulf20 disulf ? ? G CYS 96 SG ? ? ? 1_555 G CYS 166 SG ? ? G CYS 126 G CYS 196 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.035 ? ? disulf21 disulf ? ? G CYS 101 SG ? ? ? 1_555 G CYS 119 SG ? ? G CYS 131 G CYS 157 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.032 ? ? disulf22 disulf ? ? G CYS 171 SG ? ? ? 1_555 G CYS 401 SG ? ? G CYS 201 G CYS 433 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.028 ? ? disulf23 disulf ? ? G CYS 188 SG ? ? ? 1_555 G CYS 217 SG ? ? G CYS 218 G CYS 247 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.036 ? ? disulf24 disulf ? ? G CYS 198 SG ? ? ? 1_555 G CYS 209 SG ? ? G CYS 228 G CYS 239 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.032 ? ? disulf25 disulf ? ? G CYS 266 SG ? ? ? 1_555 G CYS 300 SG ? ? G CYS 296 G CYS 331 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.030 ? ? disulf26 disulf ? ? G CYS 347 SG ? ? ? 1_555 G CYS 413 SG ? ? G CYS 378 G CYS 445 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.031 ? ? disulf27 disulf ? ? 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C ASN 363 K NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.440 ? N-Glycosylation covale23 covale one ? E ASN 355 ND2 ? ? ? 1_555 M NAG . C1 ? ? C ASN 386 M NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.438 ? N-Glycosylation covale24 covale one ? E ASN 361 ND2 ? ? ? 1_555 RA NAG . C1 ? ? C ASN 392 C NAG 609 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.451 ? N-Glycosylation covale25 covale one ? E ASN 416 ND2 ? ? ? 1_555 SA NAG . C1 ? ? C ASN 448 C NAG 610 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.439 ? N-Glycosylation covale26 covale one ? F ASN 100 ND2 ? ? ? 1_555 TA NAG . C1 ? ? F ASN 611 F NAG 701 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.440 ? N-Glycosylation covale27 covale one ? F ASN 126 ND2 ? ? ? 1_555 UA NAG . C1 ? ? F ASN 637 F NAG 702 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.441 ? N-Glycosylation covale28 covale one ? G ASN 58 ND2 ? ? ? 1_555 VA NAG . C1 ? ? G ASN 88 G NAG 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.446 ? N-Glycosylation covale29 covale one ? G ASN 103 ND2 ? ? ? 1_555 WA NAG . C1 ? ? G ASN 133 G NAG 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.440 ? N-Glycosylation covale30 covale one ? G ASN 118 ND2 ? ? ? 1_555 XA NAG . C1 ? ? G ASN 156 G NAG 603 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.440 ? N-Glycosylation covale31 covale one ? G ASN 122 ND2 ? ? ? 1_555 V NAG . C1 ? ? G ASN 160 V NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.437 ? N-Glycosylation covale32 covale one ? G ASN 167 ND2 ? ? ? 1_555 P NAG . C1 ? ? G ASN 197 P NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.440 ? N-Glycosylation covale33 covale one ? G ASN 204 ND2 ? ? ? 1_555 YA NAG . C1 ? ? G ASN 234 G NAG 604 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.443 ? N-Glycosylation covale34 covale one ? G ASN 232 ND2 ? ? ? 1_555 Q NAG . C1 ? ? G ASN 262 Q NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.439 ? N-Glycosylation covale35 covale one ? G ASN 246 ND2 ? ? ? 1_555 R NAG . C1 ? ? G ASN 276 R NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.441 ? N-Glycosylation covale36 covale one ? G ASN 265 ND2 ? ? ? 1_555 S NAG . C1 ? ? G ASN 295 S NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.439 ? N-Glycosylation covale37 covale one ? G ASN 271 ND2 ? ? ? 1_555 ZA NAG . C1 ? ? G ASN 301 G NAG 605 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.447 ? 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I ASN 88 I NAG 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.442 ? N-Glycosylation covale46 covale one ? H ASN 103 ND2 ? ? ? 1_555 GB NAG . C1 ? ? I ASN 133 I NAG 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.440 ? N-Glycosylation covale47 covale one ? H ASN 107 ND2 ? ? ? 1_555 NB NAG . C1 ? ? I ASN 137 I NAG 609 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.442 ? N-Glycosylation covale48 covale one ? H ASN 118 ND2 ? ? ? 1_555 EA NAG . C1 ? ? I ASN 156 e NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.440 ? N-Glycosylation covale49 covale one ? H ASN 122 ND2 ? ? ? 1_555 DA NAG . C1 ? ? I ASN 160 d NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.485 ? N-Glycosylation covale50 covale one ? H ASN 167 ND2 ? ? ? 1_555 W NAG . C1 ? ? I ASN 197 W NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.439 ? N-Glycosylation covale51 covale one ? H ASN 204 ND2 ? ? ? 1_555 HB NAG . C1 ? ? I ASN 234 I NAG 603 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.443 ? N-Glycosylation covale52 covale one ? H ASN 232 ND2 ? ? ? 1_555 X NAG . C1 ? ? I ASN 262 X NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.439 ? N-Glycosylation covale53 covale one ? H ASN 246 ND2 ? ? ? 1_555 Y NAG . C1 ? ? I ASN 276 Y NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.442 ? N-Glycosylation covale54 covale one ? H ASN 265 ND2 ? ? ? 1_555 Z NAG . C1 ? ? I ASN 295 Z NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.439 ? N-Glycosylation covale55 covale one ? H ASN 271 ND2 ? ? ? 1_555 IB NAG . C1 ? ? I ASN 301 I NAG 604 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.440 ? N-Glycosylation covale56 covale one ? H ASN 301 ND2 ? ? ? 1_555 JB NAG . C1 ? ? I ASN 332 I NAG 605 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.440 ? N-Glycosylation covale57 covale one ? H ASN 308 ND2 ? ? ? 1_555 KB NAG . C1 ? ? I ASN 339 I NAG 606 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.442 ? N-Glycosylation covale58 covale one ? H ASN 324 ND2 ? ? ? 1_555 LB NAG . C1 ? ? I ASN 355 I NAG 607 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.441 ? N-Glycosylation covale59 covale one ? H ASN 332 ND2 ? ? ? 1_555 AA NAG . C1 ? ? I ASN 363 a NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.439 ? N-Glycosylation covale60 covale one ? H ASN 355 ND2 ? ? ? 1_555 BA NAG . C1 ? ? I ASN 386 b NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.438 ? N-Glycosylation covale61 covale one ? H ASN 361 ND2 ? ? ? 1_555 MB NAG . C1 ? ? I ASN 392 I NAG 608 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.439 ? N-Glycosylation covale62 covale one ? H ASN 416 ND2 ? ? ? 1_555 CA NAG . C1 ? ? I ASN 448 c NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.437 ? N-Glycosylation covale63 covale both ? I NAG . O4 ? ? ? 1_555 I NAG . C1 ? ? D NAG 1 D NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.443 ? ? covale64 covale both ? J NAG . O4 ? ? ? 1_555 J NAG . C1 ? ? E NAG 1 E NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.433 ? ? covale65 covale both ? J NAG . O4 ? ? ? 1_555 J BMA . C1 ? ? E NAG 2 E BMA 3 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.433 ? ? covale66 covale both ? J BMA . O3 ? ? ? 1_555 J MAN . C1 ? ? E BMA 3 E MAN 4 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.434 ? ? covale67 covale both ? J BMA . O6 ? ? ? 1_555 J MAN . C1 ? ? E BMA 3 E MAN 6 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.423 ? ? covale68 covale both ? J MAN . O2 ? ? ? 1_555 J MAN . C1 ? ? E MAN 4 E MAN 5 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.436 ? ? covale69 covale both ? K NAG . O4 ? ? ? 1_555 K NAG . C1 ? ? J NAG 1 J NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.442 ? ? covale70 covale both ? L NAG . O4 ? ? ? 1_555 L NAG . C1 ? ? K NAG 1 K NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.442 ? ? covale71 covale both ? M NAG . O4 ? ? ? 1_555 M NAG . C1 ? ? M NAG 1 M NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.445 ? ? covale72 covale both ? N NAG . O4 ? ? ? 1_555 N NAG . C1 ? ? N NAG 1 N NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.441 ? ? covale73 covale both ? N NAG . O4 ? ? ? 1_555 N BMA . C1 ? ? N NAG 2 N BMA 3 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.442 ? ? covale74 covale both ? N BMA . O3 ? ? ? 1_555 N MAN . C1 ? ? N BMA 3 N MAN 4 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.443 ? ? covale75 covale both ? N BMA . O6 ? ? ? 1_555 N MAN . C1 ? ? N BMA 3 N MAN 6 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.444 ? ? covale76 covale both ? N MAN . O2 ? ? ? 1_555 N MAN . C1 ? ? N MAN 4 N MAN 5 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.441 ? ? covale77 covale both ? O NAG . O4 ? ? ? 1_555 O NAG . C1 ? ? O NAG 1 O NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.436 ? ? covale78 covale both ? O NAG . O4 ? ? ? 1_555 O BMA . C1 ? ? 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'Simons Foundation (SF349247)' 2 # loop_ _pdbx_branch_scheme.asym_id _pdbx_branch_scheme.entity_id _pdbx_branch_scheme.mon_id _pdbx_branch_scheme.num _pdbx_branch_scheme.pdb_asym_id _pdbx_branch_scheme.pdb_mon_id _pdbx_branch_scheme.pdb_seq_num _pdbx_branch_scheme.auth_asym_id _pdbx_branch_scheme.auth_mon_id _pdbx_branch_scheme.auth_seq_num _pdbx_branch_scheme.hetero I 5 NAG 1 D NAG 1 C NAG 1197 n I 5 NAG 2 D NAG 2 C NAG 1198 n J 6 NAG 1 E NAG 1 C NAG 1262 n J 6 NAG 2 E NAG 2 C NAG 1263 n J 6 BMA 3 E BMA 3 C BMA 1264 n J 6 MAN 4 E MAN 4 C MAN 1265 n J 6 MAN 5 E MAN 5 C MAN 1266 n J 6 MAN 6 E MAN 6 C MAN 1267 n K 5 NAG 1 J NAG 1 C NAG 1295 n K 5 NAG 2 J NAG 2 C NAG 1296 n L 5 NAG 1 K NAG 1 C NAG 1363 n L 5 NAG 2 K NAG 2 C NAG 1364 n M 5 NAG 1 M NAG 1 C NAG 1386 n M 5 NAG 2 M NAG 2 C NAG 1387 n N 6 NAG 1 N NAG 1 C NAG 1450 n N 6 NAG 2 N NAG 2 C NAG 1451 n N 6 BMA 3 N BMA 3 C BMA 1452 n N 6 MAN 4 N MAN 4 C MAN 1454 n N 6 MAN 5 N MAN 5 C MAN 1455 n N 6 MAN 6 N MAN 6 C MAN 1453 n O 7 NAG 1 O NAG 1 C NAG 1457 n O 7 NAG 2 O NAG 2 C NAG 1458 n O 7 BMA 3 O BMA 3 C BMA 1459 n P 5 NAG 1 P NAG 1 G NAG 1197 n P 5 NAG 2 P NAG 2 G NAG 1198 n Q 6 NAG 1 Q NAG 1 G NAG 1262 n Q 6 NAG 2 Q NAG 2 G NAG 1263 n Q 6 BMA 3 Q BMA 3 G BMA 1264 n Q 6 MAN 4 Q MAN 4 G MAN 1265 n Q 6 MAN 5 Q MAN 5 G MAN 1266 n Q 6 MAN 6 Q MAN 6 G MAN 1267 n R 7 NAG 1 R NAG 1 G NAG 1276 n R 7 NAG 2 R NAG 2 G NAG 1277 n R 7 BMA 3 R BMA 3 G BMA 1278 n S 5 NAG 1 S NAG 1 G NAG 1295 n S 5 NAG 2 S NAG 2 G NAG 1296 n T 5 NAG 1 T NAG 1 G NAG 1363 n T 5 NAG 2 T NAG 2 G NAG 1364 n U 5 NAG 1 U NAG 1 G NAG 1386 n U 5 NAG 2 U NAG 2 G NAG 1387 n V 7 NAG 1 V NAG 1 G NAG 1394 n V 7 NAG 2 V NAG 2 G NAG 1395 n V 7 BMA 3 V BMA 3 G BMA 1396 n W 5 NAG 1 W NAG 1 I NAG 1197 n W 5 NAG 2 W NAG 2 I NAG 1198 n X 6 NAG 1 X NAG 1 I NAG 1262 n X 6 NAG 2 X NAG 2 I NAG 1263 n X 6 BMA 3 X BMA 3 I BMA 1264 n X 6 MAN 4 X MAN 4 I MAN 1265 n X 6 MAN 5 X MAN 5 I MAN 1266 n X 6 MAN 6 X MAN 6 I MAN 1267 n Y 5 NAG 1 Y NAG 1 I NAG 1276 n Y 5 NAG 2 Y NAG 2 I NAG 1277 n Z 5 NAG 1 Z NAG 1 I NAG 1295 n Z 5 NAG 2 Z NAG 2 I NAG 1296 n AA 5 NAG 1 a NAG 1 I NAG 1363 n AA 5 NAG 2 a NAG 2 I NAG 1364 n BA 5 NAG 1 b NAG 1 I NAG 1386 n BA 5 NAG 2 b NAG 2 I NAG 1387 n CA 7 NAG 1 c NAG 1 I NAG 1452 n CA 7 NAG 2 c NAG 2 I NAG 1453 n CA 7 BMA 3 c BMA 3 I BMA 1454 n DA 7 NAG 1 d NAG 1 I NAG 1455 n DA 7 NAG 2 d NAG 2 I NAG 1456 n DA 7 BMA 3 d BMA 3 I BMA 1457 n EA 5 NAG 1 e NAG 1 I NAG 1458 n EA 5 NAG 2 e NAG 2 I NAG 1459 n # loop_ _pdbx_chem_comp_identifier.comp_id _pdbx_chem_comp_identifier.type _pdbx_chem_comp_identifier.program _pdbx_chem_comp_identifier.program_version _pdbx_chem_comp_identifier.identifier BMA 'CONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL' GMML 1.0 DManpb BMA 'COMMON NAME' GMML 1.0 b-D-mannopyranose BMA 'IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL' PDB-CARE 1.0 b-D-Manp BMA 'SNFG CARBOHYDRATE SYMBOL' GMML 1.0 Man MAN 'CONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL' GMML 1.0 DManpa MAN 'COMMON NAME' GMML 1.0 a-D-mannopyranose MAN 'IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL' PDB-CARE 1.0 a-D-Manp MAN 'SNFG CARBOHYDRATE SYMBOL' GMML 1.0 Man NAG 'CONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL' GMML 1.0 DGlcpNAcb NAG 'COMMON NAME' GMML 1.0 N-acetyl-b-D-glucopyranosamine NAG 'IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL' PDB-CARE 1.0 b-D-GlcpNAc NAG 'SNFG CARBOHYDRATE SYMBOL' GMML 1.0 GlcNAc # loop_ _pdbx_entity_branch.entity_id _pdbx_entity_branch.type 5 oligosaccharide 6 oligosaccharide 7 oligosaccharide # loop_ _pdbx_entity_branch_descriptor.ordinal _pdbx_entity_branch_descriptor.entity_id _pdbx_entity_branch_descriptor.descriptor _pdbx_entity_branch_descriptor.type _pdbx_entity_branch_descriptor.program _pdbx_entity_branch_descriptor.program_version 1 5 DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-ROH 'Glycam Condensed Sequence' GMML 1.0 2 5 'WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1' WURCS PDB2Glycan 1.1.0 3 5 '[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}' LINUCS PDB-CARE ? 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2 6 2 NAG C1 O1 1 NAG O4 HO4 sing ? 3 6 3 BMA C1 O1 2 NAG O4 HO4 sing ? 4 6 4 MAN C1 O1 3 BMA O3 HO3 sing ? 5 6 5 MAN C1 O1 4 MAN O2 HO2 sing ? 6 6 6 MAN C1 O1 3 BMA O6 HO6 sing ? 7 7 2 NAG C1 O1 1 NAG O4 HO4 sing ? 8 7 3 BMA C1 O1 2 NAG O4 HO4 sing ? # loop_ _pdbx_entity_branch_list.entity_id _pdbx_entity_branch_list.comp_id _pdbx_entity_branch_list.num _pdbx_entity_branch_list.hetero 5 NAG 1 n 5 NAG 2 n 6 NAG 1 n 6 NAG 2 n 6 BMA 3 n 6 MAN 4 n 6 MAN 5 n 6 MAN 6 n 7 NAG 1 n 7 NAG 2 n 7 BMA 3 n # _pdbx_entity_nonpoly.entity_id 8 _pdbx_entity_nonpoly.name 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose _pdbx_entity_nonpoly.comp_id NAG # _pdbx_initial_refinement_model.id 1 _pdbx_initial_refinement_model.type 'experimental model' _pdbx_initial_refinement_model.source_name PDB _pdbx_initial_refinement_model.accession_code 6NNF # _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.id 1 _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.experimental_support none _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.details ? 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