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O ILE V 743 # loop_ _pdbx_validate_close_contact.id _pdbx_validate_close_contact.PDB_model_num _pdbx_validate_close_contact.auth_atom_id_1 _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_1 _pdbx_validate_close_contact.auth_comp_id_1 _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_1 _pdbx_validate_close_contact.PDB_ins_code_1 _pdbx_validate_close_contact.label_alt_id_1 _pdbx_validate_close_contact.auth_atom_id_2 _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_2 _pdbx_validate_close_contact.auth_comp_id_2 _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_2 _pdbx_validate_close_contact.PDB_ins_code_2 _pdbx_validate_close_contact.label_alt_id_2 _pdbx_validate_close_contact.dist 1 1 HD23 F LEU 77 ? ? HD13 F LEU 80 ? ? 1.17 2 1 HD23 D LEU 77 ? ? HD13 D LEU 80 ? ? 1.17 3 1 HD23 J LEU 77 ? ? HD13 J LEU 80 ? ? 1.17 4 1 HD23 C LEU 77 ? ? HD13 C LEU 80 ? ? 1.17 5 1 HD23 G LEU 77 ? ? HD13 G LEU 80 ? ? 1.17 6 1 HD23 A LEU 77 ? ? HD13 A LEU 80 ? ? 1.17 7 1 HD23 I LEU 77 ? ? HD13 I LEU 80 ? ? 1.17 8 1 HD23 B LEU 77 ? ? 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CA D ARG 234 ? ? 2.10 # loop_ _pdbx_validate_torsion.id _pdbx_validate_torsion.PDB_model_num _pdbx_validate_torsion.auth_comp_id _pdbx_validate_torsion.auth_asym_id _pdbx_validate_torsion.auth_seq_id _pdbx_validate_torsion.PDB_ins_code _pdbx_validate_torsion.label_alt_id _pdbx_validate_torsion.phi _pdbx_validate_torsion.psi 1 1 ARG B 73 ? ? 37.11 48.05 2 1 THR B 82 ? ? 61.58 61.32 3 1 THR B 150 ? ? 38.68 64.44 4 1 ALA B 194 ? ? 58.73 -118.65 5 1 ASN B 202 ? ? 51.73 -102.91 6 1 ARG B 263 ? ? 60.23 68.65 7 1 ARG C 73 ? ? 37.13 48.01 8 1 THR C 82 ? ? 61.60 61.32 9 1 THR C 150 ? ? 38.59 64.47 10 1 ALA C 194 ? ? 58.75 -118.67 11 1 ASN C 202 ? ? 51.78 -102.92 12 1 ARG C 263 ? ? 60.23 68.66 13 1 ARG D 73 ? ? 37.16 48.05 14 1 THR D 82 ? ? 61.61 61.40 15 1 THR D 150 ? ? 38.60 64.48 16 1 ALA D 194 ? ? 58.78 -118.70 17 1 ASN D 202 ? ? 51.84 -102.97 18 1 ARG D 263 ? ? 60.27 68.68 19 1 ARG E 73 ? ? 37.17 47.99 20 1 THR E 82 ? ? 61.56 61.35 21 1 THR E 150 ? ? 38.61 64.41 22 1 ALA E 194 ? ? 58.87 -118.71 23 1 ASN E 202 ? ? 51.77 -102.96 24 1 ARG E 263 ? ? 60.25 68.65 25 1 ARG F 73 ? ? 37.21 47.97 26 1 THR F 82 ? ? 61.64 61.31 27 1 THR F 150 ? ? 38.62 64.42 28 1 ALA F 194 ? ? 58.83 -118.71 29 1 ASN F 202 ? ? 51.73 -102.98 30 1 ARG F 263 ? ? 60.25 68.67 31 1 ARG G 73 ? ? 37.19 47.97 32 1 THR G 82 ? ? 61.61 61.28 33 1 THR G 150 ? ? 38.56 64.45 34 1 ALA G 194 ? ? 58.82 -118.71 35 1 ASN G 202 ? ? 51.80 -102.91 36 1 ARG G 263 ? ? 60.22 68.71 37 1 ARG H 73 ? ? 37.11 48.05 38 1 THR H 82 ? ? 61.57 61.34 39 1 THR H 150 ? ? 38.54 64.43 40 1 ALA H 194 ? ? 58.78 -118.67 41 1 ASN H 202 ? ? 51.72 -102.86 42 1 ARG H 263 ? ? 60.26 68.68 43 1 ARG I 73 ? ? 37.17 47.96 44 1 THR I 82 ? ? 61.59 61.36 45 1 THR I 150 ? ? 38.58 64.45 46 1 ALA I 194 ? ? 58.77 -118.65 47 1 ASN I 202 ? ? 51.80 -102.94 48 1 ARG I 263 ? ? 60.24 68.72 49 1 ARG J 73 ? ? 37.11 48.07 50 1 THR J 82 ? ? 61.56 61.29 51 1 THR J 150 ? ? 38.55 64.46 52 1 ALA J 194 ? ? 58.77 -118.69 53 1 ASN J 202 ? ? 51.80 -102.93 54 1 ARG J 263 ? ? 60.25 68.73 55 1 ARG K 73 ? ? 37.11 48.03 56 1 THR K 82 ? ? 61.68 61.30 57 1 THR K 150 ? ? 38.64 64.42 58 1 ALA K 194 ? ? 58.74 -118.69 59 1 ASN K 202 ? ? 51.72 -102.87 60 1 ARG K 263 ? ? 60.23 68.72 61 1 ARG A 73 ? ? 37.16 48.00 62 1 THR A 82 ? ? 61.55 61.35 63 1 THR A 150 ? ? 38.59 64.47 64 1 ALA A 194 ? ? 58.78 -118.74 65 1 ASN A 202 ? ? 51.76 -102.89 66 1 ARG A 263 ? ? 60.19 68.72 67 1 ASP L 735 ? ? -151.13 78.65 68 1 LEU L 784 ? ? 67.76 -3.62 69 1 LEU L 795 ? ? -90.10 -60.43 70 1 ASP M 735 ? ? -151.16 78.69 71 1 LEU M 784 ? ? 67.77 -3.62 72 1 LEU M 795 ? ? -90.14 -60.40 73 1 ASP N 735 ? ? -151.13 78.67 74 1 LEU N 784 ? ? 67.83 -3.66 75 1 LEU N 795 ? ? -90.16 -60.42 76 1 ASP O 735 ? ? -151.08 78.65 77 1 LEU O 784 ? ? 67.85 -3.66 78 1 LEU O 795 ? ? -90.17 -60.40 79 1 ASP P 735 ? ? -151.16 78.67 80 1 LEU P 784 ? ? 67.80 -3.63 81 1 LEU P 795 ? ? -90.16 -60.41 82 1 ASP Q 735 ? ? -151.11 78.68 83 1 LEU Q 784 ? ? 67.84 -3.65 84 1 LEU Q 795 ? ? -90.11 -60.41 85 1 ASP R 735 ? ? -151.11 78.72 86 1 LEU R 784 ? ? 67.78 -3.66 87 1 LEU R 795 ? ? -90.16 -60.41 88 1 ASP S 735 ? ? -151.08 78.64 89 1 LEU S 784 ? ? 67.79 -3.65 90 1 LEU S 795 ? ? -90.23 -60.35 91 1 ASP T 735 ? ? -151.11 78.67 92 1 LEU T 784 ? ? 67.81 -3.64 93 1 LEU T 795 ? ? -90.20 -60.45 94 1 ASP U 735 ? ? -151.15 78.66 95 1 LEU U 784 ? ? 67.79 -3.61 96 1 LEU U 795 ? ? -90.19 -60.33 97 1 ASP V 735 ? ? -151.11 78.60 98 1 LEU V 784 ? ? 67.80 -3.68 99 1 LEU V 795 ? ? -90.15 -60.38 # _em_3d_fitting.id 1 _em_3d_fitting.entry_id 8FMA _em_3d_fitting.method ? _em_3d_fitting.target_criteria ? _em_3d_fitting.details ;The final model includes 22 chains representing 11 protein A polypeptides. Chains A-K represent the N-terminal floor segment built into the high-resolution EM density. Chains L-V represent a mainchain trace of the polymerase segment rigid body fit into the map and are included to give a more complete picture of the molecule. The polymerase mainchain trace was refined from an Alphafold prediction into a map obtained by symmetry expansion with subtraction. The polymerase map is uploaded as a separate entry. The two segments have separate chain IDs as it is unclear from the density which polymerase connects to which floor segment. ; _em_3d_fitting.overall_b_value ? _em_3d_fitting.ref_space ? _em_3d_fitting.ref_protocol 'FLEXIBLE FIT' # _em_3d_reconstruction.entry_id 8FMA _em_3d_reconstruction.id 1 _em_3d_reconstruction.method ? _em_3d_reconstruction.algorithm ? _em_3d_reconstruction.citation_id ? _em_3d_reconstruction.details ? _em_3d_reconstruction.resolution 3.1 _em_3d_reconstruction.resolution_method 'FSC 0.143 CUT-OFF' _em_3d_reconstruction.magnification_calibration ? _em_3d_reconstruction.nominal_pixel_size ? _em_3d_reconstruction.actual_pixel_size ? _em_3d_reconstruction.num_particles 13701 _em_3d_reconstruction.euler_angles_details ? _em_3d_reconstruction.num_class_averages ? _em_3d_reconstruction.refinement_type ? _em_3d_reconstruction.image_processing_id 1 _em_3d_reconstruction.symmetry_type POINT # _em_buffer.id 1 _em_buffer.specimen_id 1 _em_buffer.name ? _em_buffer.details ? _em_buffer.pH 7.4 # _em_entity_assembly.id 1 _em_entity_assembly.parent_id 0 _em_entity_assembly.source RECOMBINANT _em_entity_assembly.type COMPLEX _em_entity_assembly.name 'Nodavirus RNA replication proto-crown, detergent-solubliized C11 multimer' _em_entity_assembly.details ? _em_entity_assembly.synonym ? _em_entity_assembly.oligomeric_details ? _em_entity_assembly.entity_id_list 1 # _em_image_scans.entry_id 8FMA _em_image_scans.id 1 _em_image_scans.number_digital_images ? _em_image_scans.details ? _em_image_scans.scanner_model ? _em_image_scans.sampling_size ? _em_image_scans.od_range ? _em_image_scans.quant_bit_size ? _em_image_scans.citation_id ? _em_image_scans.dimension_height 4096 _em_image_scans.dimension_width 4096 _em_image_scans.frames_per_image ? _em_image_scans.image_recording_id 1 _em_image_scans.used_frames_per_image ? # _em_imaging.entry_id 8FMA _em_imaging.id 1 _em_imaging.astigmatism ? _em_imaging.electron_beam_tilt_params ? _em_imaging.residual_tilt ? _em_imaging.microscope_model 'FEI TITAN KRIOS' _em_imaging.specimen_holder_type ? _em_imaging.specimen_holder_model ? _em_imaging.details ? _em_imaging.date ? _em_imaging.accelerating_voltage 300 _em_imaging.illumination_mode 'FLOOD BEAM' _em_imaging.mode 'BRIGHT FIELD' _em_imaging.nominal_cs 2.7 _em_imaging.nominal_defocus_min 500 _em_imaging.nominal_defocus_max 2500 _em_imaging.calibrated_defocus_min ? _em_imaging.calibrated_defocus_max ? _em_imaging.tilt_angle_min ? _em_imaging.tilt_angle_max ? _em_imaging.nominal_magnification ? _em_imaging.calibrated_magnification ? _em_imaging.electron_source 'FIELD EMISSION GUN' _em_imaging.citation_id ? _em_imaging.temperature ? _em_imaging.detector_distance ? _em_imaging.recording_temperature_minimum ? _em_imaging.recording_temperature_maximum ? _em_imaging.alignment_procedure ? _em_imaging.c2_aperture_diameter 100 _em_imaging.specimen_id 1 _em_imaging.cryogen ? # _em_sample_support.id 1 _em_sample_support.film_material ? _em_sample_support.method ? _em_sample_support.grid_material COPPER _em_sample_support.grid_mesh_size 300 _em_sample_support.grid_type 'Quantifoil R1.2/1.3' _em_sample_support.details ? _em_sample_support.specimen_id 1 _em_sample_support.citation_id ? # _em_vitrification.entry_id 8FMA _em_vitrification.id 1 _em_vitrification.specimen_id 1 _em_vitrification.cryogen_name ETHANE _em_vitrification.humidity 100 _em_vitrification.temp ? _em_vitrification.chamber_temperature 277 _em_vitrification.instrument 'FEI VITROBOT MARK IV' _em_vitrification.method ? _em_vitrification.time_resolved_state ? _em_vitrification.citation_id ? _em_vitrification.details ? # _em_experiment.entry_id 8FMA _em_experiment.id 1 _em_experiment.reconstruction_method 'SINGLE PARTICLE' _em_experiment.aggregation_state PARTICLE _em_experiment.entity_assembly_id 1 # _em_single_particle_entity.entry_id 8FMA _em_single_particle_entity.id 1 _em_single_particle_entity.image_processing_id 1 _em_single_particle_entity.point_symmetry C11 # loop_ _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.id _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.PDB_model_num _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.polymer_flag _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.occupancy_flag _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.auth_asym_id _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.auth_comp_id _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.auth_seq_id _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.PDB_ins_code _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.label_asym_id _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.label_comp_id _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.label_seq_id 1 1 Y 1 B MET 1 ? A MET 1 2 1 Y 1 B THR 2 ? A THR 2 3 1 Y 1 B LEU 3 ? A LEU 3 4 1 Y 1 B LYS 4 ? A LYS 4 5 1 Y 1 B VAL 5 ? A VAL 5 6 1 Y 1 B ILE 6 ? A ILE 6 7 1 Y 1 B LEU 7 ? A LEU 7 8 1 Y 1 B GLY 8 ? A GLY 8 9 1 Y 1 B GLU 9 ? A GLU 9 10 1 Y 1 B HIS 10 ? A HIS 10 11 1 Y 1 B GLN 11 ? A GLN 11 12 1 Y 1 B ILE 12 ? A ILE 12 13 1 Y 1 B THR 13 ? A THR 13 14 1 Y 1 B ARG 14 ? A ARG 14 15 1 Y 1 B THR 15 ? A THR 15 16 1 Y 1 B GLU 16 ? A GLU 16 17 1 Y 1 B LEU 17 ? A LEU 17 18 1 Y 1 B LEU 18 ? A LEU 18 19 1 Y 1 B VAL 19 ? A VAL 19 20 1 Y 1 B GLY 20 ? A GLY 20 21 1 Y 1 B ILE 21 ? A ILE 21 22 1 Y 1 B ALA 22 ? A ALA 22 23 1 Y 1 B THR 23 ? A THR 23 24 1 Y 1 B VAL 24 ? A VAL 24 25 1 Y 1 B SER 25 ? A SER 25 26 1 Y 1 B GLY 26 ? A GLY 26 27 1 Y 1 B CYS 27 ? A CYS 27 28 1 Y 1 B GLY 28 ? A GLY 28 29 1 Y 1 B ALA 29 ? A ALA 29 30 1 Y 1 B VAL 30 ? A VAL 30 31 1 Y 1 B VAL 31 ? A VAL 31 32 1 Y 1 B TYR 32 ? A TYR 32 33 1 Y 1 B CYS 33 ? A CYS 33 34 1 Y 1 B ILE 34 ? A ILE 34 35 1 Y 1 B SER 35 ? A SER 35 36 1 Y 1 B LYS 36 ? A LYS 36 37 1 Y 1 B PHE 37 ? A PHE 37 38 1 Y 1 B TRP 38 ? A TRP 38 39 1 Y 1 B GLY 39 ? A GLY 39 40 1 Y 1 B TYR 40 ? A TYR 40 41 1 Y 1 B GLY 41 ? A GLY 41 42 1 Y 1 B ALA 42 ? A ALA 42 43 1 Y 1 B ILE 43 ? A ILE 43 44 1 Y 1 B ALA 44 ? A ALA 44 45 1 Y 1 B PRO 45 ? A PRO 45 46 1 Y 1 B TYR 46 ? A TYR 46 47 1 Y 1 B PRO 47 ? A PRO 47 48 1 Y 1 B GLN 48 ? A GLN 48 49 1 Y 1 B SER 49 ? A SER 49 50 1 Y 1 B GLY 50 ? A GLY 50 51 1 Y 1 B GLY 51 ? A GLY 51 52 1 Y 1 B ASN 52 ? A ASN 52 53 1 Y 1 B ARG 53 ? A ARG 53 54 1 Y 1 B VAL 54 ? A VAL 54 55 1 Y 1 B PRO 123 ? A PRO 123 56 1 Y 1 B ASN 124 ? A ASN 124 57 1 Y 1 B PRO 125 ? A PRO 125 58 1 Y 1 B ASN 126 ? A ASN 126 59 1 Y 1 B SER 127 ? A SER 127 60 1 Y 1 B SER 128 ? A SER 128 61 1 Y 1 B THR 129 ? A THR 129 62 1 Y 1 B GLY 130 ? A GLY 130 63 1 Y 1 B LEU 131 ? A LEU 131 64 1 Y 1 B ARG 132 ? A ARG 132 65 1 Y 1 B ASN 133 ? A ASN 133 66 1 Y 1 B HIS 134 ? A HIS 134 67 1 Y 1 B PHE 135 ? A PHE 135 68 1 Y 1 B HIS 136 ? A HIS 136 69 1 Y 1 B PHE 137 ? A PHE 137 70 1 Y 1 B ALA 138 ? A ALA 138 71 1 Y 1 B VAL 139 ? A VAL 139 72 1 Y 1 B GLY 140 ? A GLY 140 73 1 Y 1 B VAL 397 ? A VAL 397 74 1 Y 1 B HIS 398 ? A HIS 398 75 1 Y 1 B TRP 399 ? A TRP 399 76 1 Y 1 B PRO 400 ? A PRO 400 77 1 Y 1 B VAL 401 ? A VAL 401 78 1 Y 1 B THR 402 ? A THR 402 79 1 Y 1 B SER 403 ? A SER 403 80 1 Y 1 B ASP 404 ? A ASP 404 81 1 Y 1 B ALA 405 ? A ALA 405 82 1 Y 1 B ASP 406 ? A ASP 406 83 1 Y 1 B VAL 407 ? A VAL 407 84 1 Y 1 B PRO 408 ? A PRO 408 85 1 Y 1 B GLU 409 ? A GLU 409 86 1 Y 1 B VAL 410 ? A VAL 410 87 1 Y 1 B SER 411 ? A SER 411 88 1 Y 1 B ALA 412 ? A ALA 412 89 1 Y 1 B ARG 413 ? A ARG 413 90 1 Y 1 B GLN 414 ? A GLN 414 91 1 Y 1 B TYR 415 ? A TYR 415 92 1 Y 1 B THR 416 ? A THR 416 93 1 Y 1 B LEU 417 ? A LEU 417 94 1 Y 1 B PRO 418 ? A PRO 418 95 1 Y 1 B ILE 419 ? A ILE 419 96 1 Y 1 B VAL 420 ? A VAL 420 97 1 Y 1 B SER 421 ? A SER 421 98 1 Y 1 B ASP 422 ? A ASP 422 99 1 Y 1 B CYS 423 ? A CYS 423 100 1 Y 1 B MET 424 ? A MET 424 101 1 Y 1 B MET 425 ? 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