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'Escherichia coli' 562 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? # loop_ _struct_ref.id _struct_ref.db_name _struct_ref.db_code _struct_ref.pdbx_db_accession _struct_ref.pdbx_db_isoform _struct_ref.entity_id _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code _struct_ref.pdbx_align_begin 1 UNP E1C1B8_CHICK E1C1B8 ? 1 ;MNLDSLSLALSQISYLVDNLTKKNYRASQQEIQHIVNRHGPEADRHLLRCLFSHVDFSGDGKSSGKDFHQTQFLIQECAS LITKPNFISTLSYAIDNPLHYQKSLKPSPHLFAQLSKVIKLSKVQEVIFGLALLNSFSSDLRGFAAQFIKQKLPDLLRSY IDADVSGNQEGGFQDIAIEVLHLLLSHLLFGQKGAFGVGQEQIDAFLKTLRRDFPQERCPVVLAPLLYPEKRDILMDRIL PDSGGIAKTMMESSLADFMQEVGYGFCTSIEECRNIIMQFGVREVTAAQVARVLGMMARTHSGLTDGIPLQSISAPGSGI WSDGKDKSDGAQAHTWNVEVLIDVLKELNPSLDFKVVTYELDHPGFQIRDSKGLHIVVFGIQRGLGMEVFPVNAIYRPWK HAEGQLSFIQHSLINPDIFCFADYPCHAVTTDILKAPPEDDNREIATWKSLDLIESLLRLAEVGQYEQVKQLFSFPIKHC PDMLVLALLQINTSWHTLRHELISTLMPIFLGNHPNSAIILHYAWHGQGQSPSIRQLIMHAMAEWYMRGEQYDQAKLSRI LDVAQDLKALSMLLNGTPFAFVIDLAALASRREYLKLDKWLTDKIREHGEPFIQACMTFLKRRCPSILGGLAPEKDQPKS AQLPPETLATMLACLQACAGSVSQELSETILTMVANCSNVMN ; 1 2 UNP CNO10_CHICK Q5ZIW2 ? 2 ;DQEKELSSSALQAFLAGNYDACLQHLNTLQDINKDDYKITLNTAVAEFCKSNQTTTDNLRQTLNQLKNQVHSAVEEMDGL DDVENSMLYYNQAVILYHLRQYTEAISVGEKLYQFIEPFEEKFAQAVCFLLVDLYLLTYQAEKALHLLAVLEKMISQGNN NSKNGKNESGNNTNKDSSNQKAESGALIEVAKSKIHQYKVRAYIQMKSLKACKREIKSVMNTAGNSAPSLFLKSNFEYLR GNYRKAVKLLNSANIAEHPGFMKTGECLRCMFWNNLGCIHFAMGKHNLGIFYFKKALQENDNACAQLGTGSSDPGKKFSG RPMCTLLTNKRYELLYNCGIQLLHIGRPLAAFECLIEAVQVYHSNPRLWLRIAECCIAANKGTSEQETKGLPSKKGIVQS IVGQGYHRKIVLASQSIQNVVYNDGQSSAIPVASMEFAAICLRNALLLLPEDQQEPKQENGSKPNNQLGGNTENSESSEA CSNKSHEGDKFIAAPPSSPLKKQELENLRCSILACSAYVALALGDNLMALNHADKLLQQPKLSGSLKFLGHLYAAEALIS LDRISDAITHLNPENVTDVSLGISSNEQDQGSDKGENEAMESSGKQTPQCYPSSVTSARTMMLFNLGSAYCLRSEYDKAR KCLHQAASLIHPKEIPPEAILLAVYLELQNGNTQLALQIIKRNQ ; 24 3 UNP A0A1D5PEY3_CHICK A0A1D5PEY3 ? 3 ;RMSLSPKELTSLLGIVSEEAGGSTFEGLSSAFHHYFGKAEHFRLGSVLVLLLQQPDLLPSPAQRLTALYLLWEMYRTEPL AANPFAAVFAHLLNPAPERGGDEAERTPLSGFLPPITPPEKFFLSQLMLAPPRELFKKTPRQIAAMDVGNMAQSVDISGL QLALAERQSELPTQSKASFPSILSDPDPDSSNSGFDSSVASQITEALVSGPKPPIESHFRPEFIRPPPPLHICEDELAWL NPIEPDHTIQWDKSMCVKNSTGVEIKRIMAKAFKSPLTSPQQTQLLGELEKDPKLVYHIGLTPAKLPDLVENNPLVAIEM LLKLMQSSQITEYFSVLVNMDMSLHSMEVVNRLTTAVDLPPEFIHLYISNCISTCEQIKDKYMQNRLVRLVCVFLQSLIR NKIINVQDLFIEVQAFCIEFSRIREAAGLFRLLKTLDTG ; 25 # loop_ _struct_ref_seq.align_id _struct_ref_seq.ref_id _struct_ref_seq.pdbx_PDB_id_code _struct_ref_seq.pdbx_strand_id _struct_ref_seq.seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.seq_align_end _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_db_accession _struct_ref_seq.db_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_db_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.db_align_end _struct_ref_seq.pdbx_db_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_end 1 1 8FY4 A 1 ? 682 ? E1C1B8 1 ? 682 ? 1 682 2 2 8FY4 B 2 ? 685 ? Q5ZIW2 24 ? 707 ? 24 707 3 3 8FY4 C 4 ? 442 ? A0A1D5PEY3 25 ? 463 ? 25 463 # loop_ _struct_ref_seq_dif.align_id _struct_ref_seq_dif.pdbx_pdb_id_code _struct_ref_seq_dif.mon_id _struct_ref_seq_dif.pdbx_pdb_strand_id _struct_ref_seq_dif.seq_num _struct_ref_seq_dif.pdbx_pdb_ins_code _struct_ref_seq_dif.pdbx_seq_db_name _struct_ref_seq_dif.pdbx_seq_db_accession_code _struct_ref_seq_dif.db_mon_id _struct_ref_seq_dif.pdbx_seq_db_seq_num _struct_ref_seq_dif.details _struct_ref_seq_dif.pdbx_auth_seq_num _struct_ref_seq_dif.pdbx_ordinal 2 8FY4 MET B 1 ? UNP Q5ZIW2 ? ? 'initiating methionine' 23 1 2 8FY4 THR B 583 ? UNP Q5ZIW2 GLY 605 conflict 605 2 2 8FY4 VAL B 584 ? UNP Q5ZIW2 ILE 606 conflict 606 3 3 8FY4 MET C 1 ? UNP A0A1D5PEY3 ? ? 'initiating methionine' 22 4 3 8FY4 LEU C 2 ? UNP A0A1D5PEY3 ? ? 'expression tag' 23 5 3 8FY4 GLU C 3 ? UNP A0A1D5PEY3 ? ? 'expression tag' 24 6 3 8FY4 LEU C 158 ? UNP A0A1D5PEY3 VAL 179 conflict 179 7 3 8FY4 GLY C 159 ? UNP A0A1D5PEY3 ASP 180 conflict 180 8 3 8FY4 SER C 443 ? UNP A0A1D5PEY3 ? ? 'expression tag' 464 9 3 8FY4 GLU C 444 ? UNP A0A1D5PEY3 ? ? 'expression tag' 465 10 3 8FY4 ASN C 445 ? UNP A0A1D5PEY3 ? ? 'expression tag' 466 11 3 8FY4 LEU C 446 ? UNP A0A1D5PEY3 ? ? 'expression tag' 467 12 3 8FY4 TYR C 447 ? UNP A0A1D5PEY3 ? ? 'expression tag' 468 13 3 8FY4 PHE C 448 ? UNP A0A1D5PEY3 ? ? 'expression tag' 469 14 3 8FY4 GLN C 449 ? UNP A0A1D5PEY3 ? ? 'expression tag' 470 15 3 8FY4 GLY C 450 ? UNP A0A1D5PEY3 ? ? 'expression tag' 471 16 3 8FY4 SER C 451 ? UNP A0A1D5PEY3 ? ? 'expression tag' 472 17 3 8FY4 GLY C 452 ? UNP A0A1D5PEY3 ? ? 'expression tag' 473 18 3 8FY4 ALA C 453 ? UNP A0A1D5PEY3 ? ? 'expression tag' 474 19 3 8FY4 MET C 454 ? UNP A0A1D5PEY3 ? ? 'expression tag' 475 20 3 8FY4 GLY C 455 ? UNP A0A1D5PEY3 ? ? 'expression tag' 476 21 3 8FY4 SER C 456 ? UNP A0A1D5PEY3 ? ? 'expression tag' 477 22 3 8FY4 GLY C 457 ? UNP A0A1D5PEY3 ? ? 'expression tag' 478 23 3 8FY4 SER C 458 ? UNP A0A1D5PEY3 ? ? 'expression tag' 479 24 3 8FY4 GLY C 459 ? UNP A0A1D5PEY3 ? ? 'expression tag' 480 25 3 8FY4 HIS C 460 ? UNP A0A1D5PEY3 ? ? 'expression tag' 481 26 3 8FY4 HIS C 461 ? UNP A0A1D5PEY3 ? ? 'expression tag' 482 27 3 8FY4 HIS C 462 ? UNP A0A1D5PEY3 ? ? 'expression tag' 483 28 3 8FY4 HIS C 463 ? UNP A0A1D5PEY3 ? ? 'expression tag' 484 29 3 8FY4 HIS C 464 ? UNP A0A1D5PEY3 ? ? 'expression tag' 485 30 3 8FY4 HIS C 465 ? UNP A0A1D5PEY3 ? ? 'expression tag' 486 31 3 8FY4 GLY C 466 ? UNP A0A1D5PEY3 ? ? 'expression tag' 487 32 3 8FY4 THR C 467 ? UNP A0A1D5PEY3 ? ? 'expression tag' 488 33 # loop_ _chem_comp.id _chem_comp.type _chem_comp.mon_nstd_flag _chem_comp.name _chem_comp.pdbx_synonyms _chem_comp.formula _chem_comp.formula_weight ALA 'L-peptide linking' y ALANINE ? 'C3 H7 N O2' 89.093 ARG 'L-peptide linking' y ARGININE ? 'C6 H15 N4 O2 1' 175.209 ASN 'L-peptide linking' y ASPARAGINE ? 'C4 H8 N2 O3' 132.118 ASP 'L-peptide linking' y 'ASPARTIC ACID' ? 'C4 H7 N O4' 133.103 CYS 'L-peptide linking' y CYSTEINE ? 'C3 H7 N O2 S' 121.158 GLN 'L-peptide linking' y GLUTAMINE ? 'C5 H10 N2 O3' 146.144 GLU 'L-peptide linking' y 'GLUTAMIC ACID' ? 'C5 H9 N O4' 147.129 GLY 'peptide linking' y GLYCINE ? 'C2 H5 N O2' 75.067 HIS 'L-peptide linking' y HISTIDINE ? 'C6 H10 N3 O2 1' 156.162 ILE 'L-peptide linking' y ISOLEUCINE ? 'C6 H13 N O2' 131.173 LEU 'L-peptide linking' y LEUCINE ? 'C6 H13 N O2' 131.173 LYS 'L-peptide linking' y LYSINE ? 'C6 H15 N2 O2 1' 147.195 MET 'L-peptide linking' y METHIONINE ? 'C5 H11 N O2 S' 149.211 PHE 'L-peptide linking' y PHENYLALANINE ? 'C9 H11 N O2' 165.189 PRO 'L-peptide linking' y PROLINE ? 'C5 H9 N O2' 115.130 SER 'L-peptide linking' y SERINE ? 'C3 H7 N O3' 105.093 THR 'L-peptide linking' y THREONINE ? 'C4 H9 N O3' 119.119 TRP 'L-peptide linking' y TRYPTOPHAN ? 'C11 H12 N2 O2' 204.225 TYR 'L-peptide linking' y TYROSINE ? 'C9 H11 N O3' 181.189 VAL 'L-peptide linking' y VALINE ? 'C5 H11 N O2' 117.146 # _exptl.absorpt_coefficient_mu ? _exptl.absorpt_correction_T_max ? _exptl.absorpt_correction_T_min ? _exptl.absorpt_correction_type ? _exptl.absorpt_process_details ? _exptl.entry_id 8FY4 _exptl.crystals_number ? _exptl.details ? _exptl.method 'ELECTRON MICROSCOPY' _exptl.method_details ? # _refine.pdbx_refine_id 'ELECTRON MICROSCOPY' _refine.entry_id 8FY4 _refine.pdbx_diffrn_id ? _refine.pdbx_TLS_residual_ADP_flag ? _refine.ls_number_reflns_obs ? _refine.ls_number_reflns_all ? _refine.pdbx_ls_sigma_I ? _refine.pdbx_ls_sigma_F ? _refine.pdbx_data_cutoff_high_absF ? _refine.pdbx_data_cutoff_low_absF ? _refine.pdbx_data_cutoff_high_rms_absF ? _refine.ls_d_res_low ? _refine.ls_d_res_high . _refine.ls_percent_reflns_obs ? _refine.ls_R_factor_obs ? _refine.ls_R_factor_all ? _refine.ls_R_factor_R_work ? _refine.ls_R_factor_R_free ? _refine.ls_R_factor_R_free_error ? _refine.ls_R_factor_R_free_error_details ? _refine.ls_percent_reflns_R_free ? _refine.ls_number_reflns_R_free ? _refine.ls_number_parameters ? _refine.ls_number_restraints ? _refine.occupancy_min ? _refine.occupancy_max ? _refine.correlation_coeff_Fo_to_Fc ? _refine.correlation_coeff_Fo_to_Fc_free ? _refine.B_iso_mean ? _refine.aniso_B[1][1] ? _refine.aniso_B[2][2] ? _refine.aniso_B[3][3] ? _refine.aniso_B[1][2] ? _refine.aniso_B[1][3] ? _refine.aniso_B[2][3] ? _refine.solvent_model_details ? _refine.solvent_model_param_ksol ? _refine.solvent_model_param_bsol ? _refine.pdbx_solvent_vdw_probe_radii ? _refine.pdbx_solvent_ion_probe_radii ? _refine.pdbx_solvent_shrinkage_radii ? _refine.pdbx_ls_cross_valid_method ? _refine.details ? _refine.pdbx_starting_model ? _refine.pdbx_method_to_determine_struct ? _refine.pdbx_isotropic_thermal_model ? _refine.pdbx_stereochemistry_target_values ? _refine.pdbx_stereochem_target_val_spec_case ? _refine.pdbx_R_Free_selection_details ? _refine.pdbx_overall_ESU_R ? _refine.pdbx_overall_ESU_R_Free ? _refine.overall_SU_ML ? _refine.pdbx_overall_phase_error ? _refine.overall_SU_B ? _refine.overall_SU_R_Cruickshank_DPI ? _refine.pdbx_overall_SU_R_free_Cruickshank_DPI ? _refine.pdbx_overall_SU_R_Blow_DPI ? _refine.pdbx_overall_SU_R_free_Blow_DPI ? # loop_ _refine_ls_restr.pdbx_refine_id _refine_ls_restr.criterion _refine_ls_restr.dev_ideal _refine_ls_restr.dev_ideal_target _refine_ls_restr.number _refine_ls_restr.rejects _refine_ls_restr.type _refine_ls_restr.weight _refine_ls_restr.pdbx_restraint_function 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.003 ? 7957 ? f_bond_d ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.560 ? 10759 ? f_angle_d ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 3.278 ? 1044 ? f_dihedral_angle_d ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.035 ? 1231 ? f_chiral_restr ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.004 ? 1371 ? f_plane_restr ? ? # _struct.entry_id 8FY4 _struct.title 'Structure of NOT1:NOT10:NOT11 module of the chicken CCR4-NOT complex' _struct.pdbx_model_details ? _struct.pdbx_formula_weight ? _struct.pdbx_formula_weight_method ? _struct.pdbx_model_type_details ? _struct.pdbx_CASP_flag N # _struct_keywords.entry_id 8FY4 _struct_keywords.text 'mRNA degradation, gene expression, RNA BINDING PROTEIN' _struct_keywords.pdbx_keywords 'RNA BINDING PROTEIN' # loop_ _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.entity_id _struct_asym.details A N N 1 ? B N N 2 ? C N N 3 ? # loop_ _struct_conf.conf_type_id _struct_conf.id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_id _struct_conf.beg_label_comp_id _struct_conf.beg_label_asym_id _struct_conf.beg_label_seq_id _struct_conf.pdbx_beg_PDB_ins_code _struct_conf.end_label_comp_id _struct_conf.end_label_asym_id _struct_conf.end_label_seq_id _struct_conf.pdbx_end_PDB_ins_code _struct_conf.beg_auth_comp_id _struct_conf.beg_auth_asym_id _struct_conf.beg_auth_seq_id _struct_conf.end_auth_comp_id _struct_conf.end_auth_asym_id _struct_conf.end_auth_seq_id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_class _struct_conf.details _struct_conf.pdbx_PDB_helix_length HELX_P HELX_P1 AA1 ASP A 4 ? ASN A 19 ? ASP A 4 ASN A 19 1 ? 16 HELX_P HELX_P2 AA2 ASN A 24 ? HIS A 54 ? ASN A 24 HIS A 54 1 ? 31 HELX_P HELX_P3 AA3 ASP A 67 ? ILE A 82 ? ASP A 67 ILE A 82 1 ? 16 HELX_P HELX_P4 AA4 ASN A 86 ? ASN A 97 ? ASN A 86 ASN A 97 1 ? 12 HELX_P HELX_P5 AA5 HIS A 110 ? LYS A 120 ? HIS A 110 LYS A 120 1 ? 11 HELX_P HELX_P6 AA6 SER A 122 ? LEU A 134 ? SER A 122 LEU A 134 1 ? 13 HELX_P HELX_P7 AA7 SER A 138 ? ASP A 162 ? SER A 138 ASP A 162 1 ? 25 HELX_P HELX_P8 AA8 ALA A 177 ? PHE A 190 ? ALA A 177 PHE A 190 1 ? 14 HELX_P HELX_P9 AA9 GLY A 199 ? PHE A 214 ? GLY A 199 PHE A 214 1 ? 16 HELX_P HELX_P10 AB1 LEU A 223 ? TYR A 228 ? LEU A 223 TYR A 228 1 ? 6 HELX_P HELX_P11 AB2 LEU A 235 ? LEU A 240 ? LEU A 235 LEU A 240 5 ? 6 HELX_P HELX_P12 AB3 GLN B 3 ? GLY B 18 ? GLN B 25 GLY B 40 1 ? 16 HELX_P HELX_P13 AB4 ASN B 19 ? ASN B 34 ? ASN B 41 ASN B 56 1 ? 16 HELX_P HELX_P14 AB5 ASP B 37 ? SER B 52 ? ASP B 59 SER B 74 1 ? 16 HELX_P HELX_P15 AB6 THR B 56 ? VAL B 71 ? THR B 78 VAL B 93 1 ? 16 HELX_P HELX_P16 AB7 ASN B 86 ? LEU B 100 ? ASN B 108 LEU B 122 1 ? 15 HELX_P HELX_P17 AB8 GLN B 102 ? PHE B 116 ? GLN B 124 PHE B 138 1 ? 15 HELX_P HELX_P18 AB9 GLU B 121 ? THR B 139 ? GLU B 143 THR B 161 1 ? 19 HELX_P HELX_P19 AC1 GLN B 141 ? GLN B 158 ? GLN B 163 GLN B 180 1 ? 18 HELX_P HELX_P20 AC2 ALA B 183 ? LYS B 208 ? ALA B 205 LYS B 230 1 ? 26 HELX_P HELX_P21 AC3 SER B 209 ? MET B 221 ? SER B 231 MET B 243 1 ? 13 HELX_P HELX_P22 AC4 SER B 227 ? GLY B 242 ? SER B 249 GLY B 264 1 ? 16 HELX_P HELX_P23 AC5 ASN B 243 ? ALA B 254 ? ASN B 265 ALA B 276 1 ? 12 HELX_P HELX_P24 AC6 CYS B 268 ? MET B 284 ? CYS B 290 MET B 306 1 ? 17 HELX_P HELX_P25 AC7 LYS B 286 ? GLN B 307 ? LYS B 308 GLN B 329 1 ? 22 HELX_P HELX_P26 AC8 ASP B 314 ? LYS B 318 ? ASP B 336 LYS B 340 5 ? 5 HELX_P HELX_P27 AC9 PRO B 323 ? THR B 329 ? PRO B 345 THR B 351 5 ? 7 HELX_P HELX_P28 AD1 LYS B 331 ? GLY B 347 ? LYS B 353 GLY B 369 1 ? 17 HELX_P HELX_P29 AD2 ARG B 348 ? VAL B 360 ? ARG B 370 VAL B 382 1 ? 13 HELX_P HELX_P30 AD3 ASN B 366 ? ASN B 381 ? ASN B 388 ASN B 403 1 ? 16 HELX_P HELX_P31 AD4 SER B 435 ? LEU B 450 ? SER B 457 LEU B 472 1 ? 16 HELX_P HELX_P32 AD5 LYS B 502 ? GLY B 525 ? LYS B 524 GLY B 547 1 ? 24 HELX_P HELX_P33 AD6 ASP B 526 ? GLN B 539 ? ASP B 548 GLN B 561 1 ? 14 HELX_P HELX_P34 AD7 SER B 544 ? LEU B 562 ? 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