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'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.852 ? 4231 ? f_angle_d ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 12.056 ? 1107 ? f_dihedral_angle_d ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.054 ? 448 ? f_chiral_restr ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.006 ? 561 ? f_plane_restr ? ? # _struct.entry_id 8G72 _struct.title 'SARS-CoV-2 spike/Nb2 complex with 1 RBD up (local refinement at 5.6 A)' _struct.pdbx_model_details ? _struct.pdbx_formula_weight ? _struct.pdbx_formula_weight_method ? _struct.pdbx_model_type_details ? _struct.pdbx_CASP_flag N # _struct_keywords.entry_id 8G72 _struct_keywords.text 'SARS-CoV-2, VIRAL PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex, Nanobody' _struct_keywords.pdbx_keywords 'VIRAL PROTEIN/IMMUNE SYSTEM' # loop_ _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.entity_id _struct_asym.details A N N 1 ? B N N 2 ? # loop_ _struct_ref.id _struct_ref.db_name _struct_ref.db_code _struct_ref.pdbx_db_accession _struct_ref.pdbx_db_isoform _struct_ref.entity_id _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code _struct_ref.pdbx_align_begin 1 PDB 8G72 8G72 ? 1 ? 1 2 UNP SPIKE_SARS2 P0DTC2 ? 2 ;QCVNLTTRTQLPPAYTNSFTRGVYYPDKVFRSSVLHSTQDLFLPFFSNVTWFHAIHVSGTNGTKRFDNPVLPFNDGVYFA STEKSNIIRGWIFGTTLDSKTQSLLIVNNATNVVIKVCEFQFCNDPFLGVYYHKNNKSWMESEFRVYSSANNCTFEYVSQ PFLMDLEGKQGNFKNLREFVFKNIDGYFKIYSKHTPINLVRDLPQGFSALEPLVDLPIGINITRFQTLLALHRSYLTPGD SSSGWTAGAAAYYVGYLQPRTFLLKYNENGTITDAVDCALDPLSETKCTLKSFTVEKGIYQTSNFRVQPTESIVRFPNIT NLCPFGEVFNATRFASVYAWNRKRISNCVADYSVLYNSASFSTFKCYGVSPTKLNDLCFTNVYADSFVIRGDEVRQIAPG QTGKIADYNYKLPDDFTGCVIAWNSNNLDSKVGGNYNYLYRLFRKSNLKPFERDISTEIYQAGSTPCNGVEGFNCYFPLQ SYGFQPTNGVGYQPYRVVVLSFELLHAPATVCGPKKSTNLVKNKCVNFNFNGLTGTGVLTESNKKFLPFQQFGRDIADTT DAVRDPQTLEILDITPCSFGGVSVITPGTNTSNQVAVLYQDVNCTEVPVAIHADQLTPTWRVYSTGSNVFQTRAGCLIGA EHVNNSYECDIPIGAGICASYQTQTNSPRRARSVASQSIIAYTMSLGAENSVAYSNNSIAIPTNFTISVTTEILPVSMTK TSVDCTMYICGDSTECSNLLLQYGSFCTQLNRALTGIAVEQDKNTQEVFAQVKQIYKTPPIKDFGGFNFSQILPDPSKPS KRSFIEDLLFNKVTLADAGFIKQYGDCLGDIAARDLICAQKFNGLTVLPPLLTDEMIAQYTSALLAGTITSGWTFGAGAA LQIPFAMQMAYRFNGIGVTQNVLYENQKLIANQFNSAIGKIQDSLSSTASALGKLQDVVNQNAQALNTLVKQLSSNFGAI SSVLNDILSRLDKVEAEVQIDRLITGRLQSLQTYVTQQLIRAAEIRASANLAATKMSECVLGQSKRVDFCGKGYHLMSFP QSAPHGVVFLHVTYVPAQEKNFTTAPAICHDGKAHFPREGVFVSNGTHWFVTQRNFYEPQIITTDNTFVSGNCDVVIGIV NNTVYDPLQPELDSFKEELDKYFKNHTSPDVDLGDISGINASVVNIQKEIDRLNEVAKNLNESLIDLQELGKYEQYIK ; 14 # loop_ _struct_ref_seq.align_id _struct_ref_seq.ref_id _struct_ref_seq.pdbx_PDB_id_code _struct_ref_seq.pdbx_strand_id _struct_ref_seq.seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.seq_align_end _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_db_accession _struct_ref_seq.db_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_db_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.db_align_end _struct_ref_seq.pdbx_db_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_end 1 1 8G72 A 1 ? 152 ? 8G72 -1 ? 150 ? -1 150 2 2 8G72 B 1 ? 1198 ? P0DTC2 14 ? 1211 ? 14 1211 # loop_ _struct_ref_seq_dif.align_id _struct_ref_seq_dif.pdbx_pdb_id_code _struct_ref_seq_dif.mon_id _struct_ref_seq_dif.pdbx_pdb_strand_id _struct_ref_seq_dif.seq_num _struct_ref_seq_dif.pdbx_pdb_ins_code _struct_ref_seq_dif.pdbx_seq_db_name _struct_ref_seq_dif.pdbx_seq_db_accession_code _struct_ref_seq_dif.db_mon_id _struct_ref_seq_dif.pdbx_seq_db_seq_num _struct_ref_seq_dif.details _struct_ref_seq_dif.pdbx_auth_seq_num _struct_ref_seq_dif.pdbx_ordinal 2 8G72 ALA B 669 ? UNP P0DTC2 ARG 682 conflict 682 1 2 8G72 GLY B 670 ? UNP P0DTC2 ARG 683 conflict 683 2 2 8G72 PRO B 804 ? UNP P0DTC2 PHE 817 conflict 817 3 2 8G72 PRO B 879 ? UNP P0DTC2 ALA 892 conflict 892 4 2 8G72 PRO B 886 ? UNP P0DTC2 ALA 899 conflict 899 5 2 8G72 PRO B 929 ? UNP P0DTC2 ALA 942 conflict 942 6 2 8G72 PRO B 973 ? UNP P0DTC2 LYS 986 conflict 986 7 2 8G72 PRO B 974 ? UNP P0DTC2 VAL 987 conflict 987 8 2 8G72 GLY B 1199 ? UNP P0DTC2 ? ? 'expression tag' 1212 9 2 8G72 SER B 1200 ? UNP P0DTC2 ? ? 'expression tag' 1213 10 2 8G72 GLY B 1201 ? UNP P0DTC2 ? ? 'expression tag' 1214 11 2 8G72 TYR B 1202 ? UNP P0DTC2 ? ? 'expression tag' 1215 12 2 8G72 ILE B 1203 ? UNP P0DTC2 ? ? 'expression tag' 1216 13 2 8G72 PRO B 1204 ? UNP P0DTC2 ? ? 'expression tag' 1217 14 2 8G72 GLU B 1205 ? UNP P0DTC2 ? ? 'expression tag' 1218 15 2 8G72 ALA B 1206 ? UNP P0DTC2 ? ? 'expression tag' 1219 16 2 8G72 PRO B 1207 ? UNP P0DTC2 ? ? 'expression tag' 1220 17 2 8G72 ARG B 1208 ? UNP P0DTC2 ? ? 'expression tag' 1221 18 2 8G72 ASP B 1209 ? UNP P0DTC2 ? ? 'expression tag' 1222 19 2 8G72 GLY B 1210 ? UNP P0DTC2 ? ? 'expression tag' 1223 20 2 8G72 GLN B 1211 ? UNP P0DTC2 ? ? 'expression tag' 1224 21 2 8G72 ALA B 1212 ? UNP P0DTC2 ? ? 'expression tag' 1225 22 2 8G72 TYR B 1213 ? UNP P0DTC2 ? ? 'expression tag' 1226 23 2 8G72 VAL B 1214 ? UNP P0DTC2 ? ? 'expression tag' 1227 24 2 8G72 ARG B 1215 ? UNP P0DTC2 ? ? 'expression tag' 1228 25 2 8G72 LYS B 1216 ? UNP P0DTC2 ? ? 'expression tag' 1229 26 2 8G72 ASP B 1217 ? UNP P0DTC2 ? ? 'expression tag' 1230 27 2 8G72 GLY B 1218 ? UNP P0DTC2 ? ? 'expression tag' 1231 28 2 8G72 GLU B 1219 ? UNP P0DTC2 ? ? 'expression tag' 1232 29 2 8G72 TRP B 1220 ? UNP P0DTC2 ? ? 'expression tag' 1233 30 2 8G72 VAL B 1221 ? UNP P0DTC2 ? ? 'expression tag' 1234 31 2 8G72 LEU B 1222 ? UNP P0DTC2 ? ? 'expression tag' 1235 32 2 8G72 LEU B 1223 ? UNP P0DTC2 ? ? 'expression tag' 1236 33 2 8G72 SER B 1224 ? UNP P0DTC2 ? ? 'expression tag' 1237 34 2 8G72 THR B 1225 ? UNP P0DTC2 ? ? 'expression tag' 1238 35 2 8G72 PHE B 1226 ? UNP P0DTC2 ? ? 'expression tag' 1239 36 2 8G72 LEU B 1227 ? UNP P0DTC2 ? ? 'expression tag' 1240 37 2 8G72 GLY B 1228 ? UNP P0DTC2 ? ? 'expression tag' 1241 38 2 8G72 HIS B 1229 ? UNP P0DTC2 ? ? 'expression tag' 1242 39 2 8G72 HIS B 1230 ? UNP P0DTC2 ? ? 'expression tag' 1243 40 2 8G72 HIS B 1231 ? UNP P0DTC2 ? ? 'expression tag' 1244 41 2 8G72 HIS B 1232 ? UNP P0DTC2 ? ? 'expression tag' 1245 42 2 8G72 HIS B 1233 ? UNP P0DTC2 ? ? 'expression tag' 1246 43 2 8G72 HIS B 1234 ? UNP P0DTC2 ? ? 'expression tag' 1247 44 # _pdbx_struct_assembly.id 1 _pdbx_struct_assembly.details author_defined_assembly _pdbx_struct_assembly.method_details ? _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details dimeric _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count 2 # _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression 1 _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list A,B # _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.id 1 _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.experimental_support 'electron microscopy' _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.details ? # _pdbx_struct_oper_list.id 1 _pdbx_struct_oper_list.type 'identity operation' _pdbx_struct_oper_list.name 1_555 _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation ? _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] 1.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.vector[1] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] 1.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.vector[2] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] 1.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 0.0000000000 # loop_ _struct_conf.conf_type_id _struct_conf.id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_id _struct_conf.beg_label_comp_id _struct_conf.beg_label_asym_id _struct_conf.beg_label_seq_id _struct_conf.pdbx_beg_PDB_ins_code _struct_conf.end_label_comp_id _struct_conf.end_label_asym_id _struct_conf.end_label_seq_id _struct_conf.pdbx_end_PDB_ins_code _struct_conf.beg_auth_comp_id _struct_conf.beg_auth_asym_id _struct_conf.beg_auth_seq_id _struct_conf.end_auth_comp_id _struct_conf.end_auth_asym_id _struct_conf.end_auth_seq_id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_class _struct_conf.details _struct_conf.pdbx_PDB_helix_length HELX_P HELX_P1 AA1 GLN A 89 ? THR A 93 ? GLN A 87 THR A 91 5 ? 5 HELX_P HELX_P2 AA2 ARG A 114 ? TYR A 118 ? ARG A 112 TYR A 116 5 ? 5 HELX_P HELX_P3 AA3 PHE B 325 ? ASN B 330 ? PHE B 338 ASN B 343 1 ? 6 HELX_P HELX_P4 AA4 TYR B 352 ? ALA B 359 ? TYR B 365 ALA B 372 1 ? 8 HELX_P HELX_P5 AA5 SER B 370 ? LEU B 374 ? SER B 383 LEU B 387 5 ? 5 HELX_P HELX_P6 AA6 ASP B 392 ? VAL B 394 ? ASP B 405 VAL B 407 5 ? 3 HELX_P HELX_P7 AA7 GLY B 403 ? ASN B 409 ? GLY B 416 ASN B 422 1 ? 7 HELX_P HELX_P8 AA8 GLY B 489 ? TYR B 492 ? GLY B 502 TYR B 505 5 ? 4 # _struct_conf_type.id HELX_P _struct_conf_type.criteria ? _struct_conf_type.reference ? # loop_ _struct_conn.id _struct_conn.conn_type_id _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag _struct_conn.pdbx_PDB_id _struct_conn.ptnr1_label_asym_id _struct_conn.ptnr1_label_comp_id _struct_conn.ptnr1_label_seq_id _struct_conn.ptnr1_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id _struct_conn.ptnr1_symmetry _struct_conn.ptnr2_label_asym_id _struct_conn.ptnr2_label_comp_id _struct_conn.ptnr2_label_seq_id _struct_conn.ptnr2_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_symmetry _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code _struct_conn.details _struct_conn.pdbx_dist_value _struct_conn.pdbx_value_order _struct_conn.pdbx_role disulf1 disulf ? ? A CYS 24 SG ? ? ? 1_555 A CYS 98 SG ? ? A CYS 22 A CYS 96 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.029 ? ? disulf2 disulf ? ? B CYS 366 SG ? ? ? 1_555 B CYS 419 SG ? ? B CYS 379 B CYS 432 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.059 ? ? disulf3 disulf ? ? B CYS 467 SG ? ? ? 1_555 B CYS 475 SG ? ? B CYS 480 B CYS 488 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.031 ? ? disulf4 disulf ? ? B CYS 525 SG ? ? ? 1_555 B CYS 577 SG ? ? B CYS 538 B CYS 590 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.031 ? ? # _struct_conn_type.id disulf _struct_conn_type.criteria ? _struct_conn_type.reference ? # loop_ _struct_sheet.id _struct_sheet.type _struct_sheet.number_strands _struct_sheet.details AA1 ? 4 ? AA2 ? 6 ? AA3 ? 5 ? AA4 ? 5 ? # loop_ _struct_sheet_order.sheet_id _struct_sheet_order.range_id_1 _struct_sheet_order.range_id_2 _struct_sheet_order.offset _struct_sheet_order.sense AA1 1 2 ? anti-parallel AA1 2 3 ? anti-parallel AA1 3 4 ? anti-parallel AA2 1 2 ? parallel AA2 2 3 ? anti-parallel AA2 3 4 ? anti-parallel AA2 4 5 ? anti-parallel AA2 5 6 ? anti-parallel AA3 1 2 ? parallel AA3 2 3 ? anti-parallel AA3 3 4 ? anti-parallel AA3 4 5 ? anti-parallel AA4 1 2 ? anti-parallel AA4 2 3 ? anti-parallel AA4 3 4 ? anti-parallel AA4 4 5 ? anti-parallel # loop_ _struct_sheet_range.sheet_id _struct_sheet_range.id _struct_sheet_range.beg_label_comp_id _struct_sheet_range.beg_label_asym_id _struct_sheet_range.beg_label_seq_id _struct_sheet_range.pdbx_beg_PDB_ins_code _struct_sheet_range.end_label_comp_id _struct_sheet_range.end_label_asym_id _struct_sheet_range.end_label_seq_id _struct_sheet_range.pdbx_end_PDB_ins_code _struct_sheet_range.beg_auth_comp_id _struct_sheet_range.beg_auth_asym_id _struct_sheet_range.beg_auth_seq_id _struct_sheet_range.end_auth_comp_id _struct_sheet_range.end_auth_asym_id _struct_sheet_range.end_auth_seq_id AA1 1 GLN A 5 ? 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