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OA 4 NAG 1 1308 47 NAG NAG D . # _cell.angle_alpha 90.00 _cell.angle_alpha_esd ? _cell.angle_beta 90.00 _cell.angle_beta_esd ? _cell.angle_gamma 90.00 _cell.angle_gamma_esd ? _cell.entry_id 8G74 _cell.details ? _cell.formula_units_Z ? _cell.length_a 1.00 _cell.length_a_esd ? _cell.length_b 1.00 _cell.length_b_esd ? _cell.length_c 1.00 _cell.length_c_esd ? _cell.volume ? _cell.volume_esd ? _cell.Z_PDB ? _cell.reciprocal_angle_alpha ? _cell.reciprocal_angle_beta ? _cell.reciprocal_angle_gamma ? _cell.reciprocal_angle_alpha_esd ? _cell.reciprocal_angle_beta_esd ? _cell.reciprocal_angle_gamma_esd ? _cell.reciprocal_length_a ? _cell.reciprocal_length_b ? _cell.reciprocal_length_c ? _cell.reciprocal_length_a_esd ? _cell.reciprocal_length_b_esd ? _cell.reciprocal_length_c_esd ? _cell.pdbx_unique_axis ? _cell.pdbx_esd_method ? # _symmetry.entry_id 8G74 _symmetry.cell_setting ? _symmetry.Int_Tables_number 1 _symmetry.space_group_name_Hall ? _symmetry.space_group_name_H-M 'P 1' _symmetry.pdbx_full_space_group_name_H-M ? # _exptl.absorpt_coefficient_mu ? _exptl.absorpt_correction_T_max ? _exptl.absorpt_correction_T_min ? _exptl.absorpt_correction_type ? _exptl.absorpt_process_details ? _exptl.entry_id 8G74 _exptl.crystals_number ? _exptl.details ? _exptl.method 'ELECTRON MICROSCOPY' _exptl.method_details ? # _refine.pdbx_refine_id 'ELECTRON MICROSCOPY' _refine.entry_id 8G74 _refine.pdbx_diffrn_id ? _refine.pdbx_TLS_residual_ADP_flag ? _refine.ls_number_reflns_obs ? _refine.ls_number_reflns_all ? _refine.pdbx_ls_sigma_I ? _refine.pdbx_ls_sigma_F ? _refine.pdbx_data_cutoff_high_absF ? _refine.pdbx_data_cutoff_low_absF ? _refine.pdbx_data_cutoff_high_rms_absF ? _refine.ls_d_res_low ? _refine.ls_d_res_high . _refine.ls_percent_reflns_obs ? _refine.ls_R_factor_obs ? _refine.ls_R_factor_all ? _refine.ls_R_factor_R_work ? _refine.ls_R_factor_R_free ? _refine.ls_R_factor_R_free_error ? _refine.ls_R_factor_R_free_error_details ? _refine.ls_percent_reflns_R_free ? _refine.ls_number_reflns_R_free ? _refine.ls_number_parameters ? _refine.ls_number_restraints ? _refine.occupancy_min ? _refine.occupancy_max ? _refine.correlation_coeff_Fo_to_Fc ? _refine.correlation_coeff_Fo_to_Fc_free ? _refine.B_iso_mean ? _refine.aniso_B[1][1] ? _refine.aniso_B[2][2] ? _refine.aniso_B[3][3] ? _refine.aniso_B[1][2] ? _refine.aniso_B[1][3] ? _refine.aniso_B[2][3] ? _refine.solvent_model_details ? _refine.solvent_model_param_ksol ? _refine.solvent_model_param_bsol ? _refine.pdbx_solvent_vdw_probe_radii ? _refine.pdbx_solvent_ion_probe_radii ? _refine.pdbx_solvent_shrinkage_radii ? _refine.pdbx_ls_cross_valid_method ? _refine.details ? _refine.pdbx_starting_model ? _refine.pdbx_method_to_determine_struct ? _refine.pdbx_isotropic_thermal_model ? _refine.pdbx_stereochemistry_target_values ? _refine.pdbx_stereochem_target_val_spec_case ? _refine.pdbx_R_Free_selection_details ? _refine.pdbx_overall_ESU_R ? _refine.pdbx_overall_ESU_R_Free ? _refine.overall_SU_ML ? _refine.pdbx_overall_phase_error ? _refine.overall_SU_B ? _refine.overall_SU_R_Cruickshank_DPI ? _refine.pdbx_overall_SU_R_free_Cruickshank_DPI ? _refine.pdbx_overall_SU_R_Blow_DPI ? _refine.pdbx_overall_SU_R_free_Blow_DPI ? # loop_ _refine_ls_restr.pdbx_refine_id _refine_ls_restr.criterion _refine_ls_restr.dev_ideal _refine_ls_restr.dev_ideal_target _refine_ls_restr.number _refine_ls_restr.rejects _refine_ls_restr.type _refine_ls_restr.weight _refine_ls_restr.pdbx_restraint_function 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.005 ? 28167 ? f_bond_d ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.842 ? 38337 ? f_angle_d ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 14.752 ? 10131 ? f_dihedral_angle_d ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.064 ? 4469 ? f_chiral_restr ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.011 ? 4917 ? f_plane_restr ? ? # _struct.entry_id 8G74 _struct.title 'SARS-CoV-2 spike/Nb3 complex with 1 RBD up and 2 Nb3' _struct.pdbx_model_details ? _struct.pdbx_formula_weight ? _struct.pdbx_formula_weight_method ? _struct.pdbx_model_type_details ? _struct.pdbx_CASP_flag N # _struct_keywords.entry_id 8G74 _struct_keywords.text 'SARS-CoV-2, VIRAL PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex, Nanobody' _struct_keywords.pdbx_keywords 'VIRAL PROTEIN/IMMUNE SYSTEM' # loop_ _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.entity_id _struct_asym.details A N N 1 ? B N N 2 ? C N N 2 ? D N N 1 ? E N N 2 ? F N N 3 ? G N N 3 ? H N N 3 ? I N N 3 ? J N N 3 ? K N N 3 ? L N N 3 ? M N N 3 ? N N N 3 ? O N N 3 ? P N N 3 ? Q N N 4 ? R N N 4 ? S N N 4 ? T N N 4 ? 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OA N N 4 ? # loop_ _struct_ref.id _struct_ref.db_name _struct_ref.db_code _struct_ref.pdbx_db_accession _struct_ref.pdbx_db_isoform _struct_ref.entity_id _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code _struct_ref.pdbx_align_begin 1 PDB 8G74 8G74 ? 1 ? 1 2 UNP SPIKE_SARS2 P0DTC2 ? 2 ;QCVNLTTRTQLPPAYTNSFTRGVYYPDKVFRSSVLHSTQDLFLPFFSNVTWFHAIHVSGTNGTKRFDNPVLPFNDGVYFA STEKSNIIRGWIFGTTLDSKTQSLLIVNNATNVVIKVCEFQFCNDPFLGVYYHKNNKSWMESEFRVYSSANNCTFEYVSQ PFLMDLEGKQGNFKNLREFVFKNIDGYFKIYSKHTPINLVRDLPQGFSALEPLVDLPIGINITRFQTLLALHRSYLTPGD SSSGWTAGAAAYYVGYLQPRTFLLKYNENGTITDAVDCALDPLSETKCTLKSFTVEKGIYQTSNFRVQPTESIVRFPNIT NLCPFGEVFNATRFASVYAWNRKRISNCVADYSVLYNSASFSTFKCYGVSPTKLNDLCFTNVYADSFVIRGDEVRQIAPG QTGKIADYNYKLPDDFTGCVIAWNSNNLDSKVGGNYNYLYRLFRKSNLKPFERDISTEIYQAGSTPCNGVEGFNCYFPLQ SYGFQPTNGVGYQPYRVVVLSFELLHAPATVCGPKKSTNLVKNKCVNFNFNGLTGTGVLTESNKKFLPFQQFGRDIADTT DAVRDPQTLEILDITPCSFGGVSVITPGTNTSNQVAVLYQDVNCTEVPVAIHADQLTPTWRVYSTGSNVFQTRAGCLIGA EHVNNSYECDIPIGAGICASYQTQTNSPRRARSVASQSIIAYTMSLGAENSVAYSNNSIAIPTNFTISVTTEILPVSMTK TSVDCTMYICGDSTECSNLLLQYGSFCTQLNRALTGIAVEQDKNTQEVFAQVKQIYKTPPIKDFGGFNFSQILPDPSKPS KRSFIEDLLFNKVTLADAGFIKQYGDCLGDIAARDLICAQKFNGLTVLPPLLTDEMIAQYTSALLAGTITSGWTFGAGAA LQIPFAMQMAYRFNGIGVTQNVLYENQKLIANQFNSAIGKIQDSLSSTASALGKLQDVVNQNAQALNTLVKQLSSNFGAI SSVLNDILSRLDKVEAEVQIDRLITGRLQSLQTYVTQQLIRAAEIRASANLAATKMSECVLGQSKRVDFCGKGYHLMSFP QSAPHGVVFLHVTYVPAQEKNFTTAPAICHDGKAHFPREGVFVSNGTHWFVTQRNFYEPQIITTDNTFVSGNCDVVIGIV NNTVYDPLQPELDSFKEELDKYFKNHTSPDVDLGDISGINASVVNIQKEIDRLNEVAKNLNESLIDLQELGKYEQYIK ; 14 # loop_ _struct_ref_seq.align_id _struct_ref_seq.ref_id _struct_ref_seq.pdbx_PDB_id_code _struct_ref_seq.pdbx_strand_id _struct_ref_seq.seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.seq_align_end _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_db_accession _struct_ref_seq.db_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_db_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.db_align_end _struct_ref_seq.pdbx_db_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_end 1 1 8G74 E 1 ? 136 ? 8G74 1 ? 136 ? 1 136 2 2 8G74 A 1 ? 1198 ? 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PRO D 1140 SER D 1147 1 ? 8 # _struct_conf_type.id HELX_P _struct_conf_type.criteria ? _struct_conf_type.reference ? # loop_ _struct_conn.id _struct_conn.conn_type_id _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag _struct_conn.pdbx_PDB_id _struct_conn.ptnr1_label_asym_id _struct_conn.ptnr1_label_comp_id _struct_conn.ptnr1_label_seq_id _struct_conn.ptnr1_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id _struct_conn.ptnr1_symmetry _struct_conn.ptnr2_label_asym_id _struct_conn.ptnr2_label_comp_id _struct_conn.ptnr2_label_seq_id _struct_conn.ptnr2_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_symmetry _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code _struct_conn.details _struct_conn.pdbx_dist_value _struct_conn.pdbx_value_order _struct_conn.pdbx_role disulf1 disulf ? ? A CYS 22 SG ? ? ? 1_555 A CYS 95 SG ? ? E CYS 22 E CYS 95 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.039 ? ? disulf2 disulf ? ? B CYS 2 SG ? ? ? 1_555 B CYS 123 SG ? ? A CYS 15 A CYS 136 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.030 ? ? disulf3 disulf ? ? B CYS 118 SG ? ? ? 1_555 B CYS 153 SG ? ? A CYS 131 A CYS 166 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.031 ? ? disulf4 disulf ? ? B CYS 278 SG ? ? ? 1_555 B CYS 288 SG ? ? A CYS 291 A CYS 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.045 ? ? disulf5 disulf ? ? B CYS 366 SG ? ? ? 1_555 B CYS 419 SG ? ? A CYS 379 A CYS 432 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.027 ? ? disulf6 disulf ? ? B CYS 467 SG ? ? ? 1_555 B CYS 475 SG ? ? A CYS 480 A CYS 488 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.031 ? ? disulf7 disulf ? ? B CYS 525 SG ? ? ? 1_555 B CYS 577 SG ? ? A CYS 538 A CYS 590 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.026 ? ? disulf8 disulf ? ? B CYS 604 SG ? ? ? 1_555 B CYS 636 SG ? ? A CYS 617 A CYS 649 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.032 ? ? disulf9 disulf ? ? B CYS 649 SG ? ? ? 1_555 B CYS 658 SG ? ? A CYS 662 A CYS 671 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.033 ? ? disulf10 disulf ? ? B CYS 725 SG ? ? ? 1_555 B CYS 747 SG ? ? A CYS 738 A CYS 760 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.028 ? ? disulf11 disulf ? ? B CYS 730 SG ? ? ? 1_555 B CYS 736 SG ? ? A CYS 743 A CYS 749 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.028 ? ? disulf12 disulf ? ? B CYS 1019 SG ? ? ? 1_555 B CYS 1030 SG ? ? A CYS 1032 A CYS 1043 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.029 ? ? disulf13 disulf ? ? B CYS 1069 SG ? ? ? 1_555 B CYS 1113 SG ? ? A CYS 1082 A CYS 1126 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.029 ? ? disulf14 disulf ? ? C CYS 2 SG ? ? ? 1_555 C CYS 123 SG ? ? B CYS 15 B CYS 136 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.031 ? ? disulf15 disulf ? ? C CYS 118 SG ? ? ? 1_555 C CYS 153 SG ? ? B CYS 131 B CYS 166 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.030 ? ? disulf16 disulf ? ? C CYS 278 SG ? ? ? 1_555 C CYS 288 SG ? ? B CYS 291 B CYS 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.063 ? ? disulf17 disulf ? ? C CYS 323 SG ? ? ? 1_555 C CYS 348 SG ? ? B CYS 336 B CYS 361 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.048 ? ? disulf18 disulf ? ? C CYS 366 SG ? ? ? 1_555 C CYS 419 SG ? ? B CYS 379 B CYS 432 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.031 ? ? disulf19 disulf ? ? C CYS 378 SG ? ? ? 1_555 C CYS 512 SG ? ? B CYS 391 B CYS 525 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.058 ? ? disulf20 disulf ? ? C CYS 467 SG ? ? ? 1_555 C CYS 475 SG ? ? B CYS 480 B CYS 488 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.032 ? ? disulf21 disulf ? ? C CYS 525 SG ? ? ? 1_555 C CYS 577 SG ? ? B CYS 538 B CYS 590 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.033 ? ? disulf22 disulf ? ? C CYS 604 SG ? ? ? 1_555 C CYS 636 SG ? ? B CYS 617 B CYS 649 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.033 ? ? disulf23 disulf ? ? C CYS 649 SG ? ? ? 1_555 C CYS 658 SG ? ? B CYS 662 B CYS 671 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.032 ? ? disulf24 disulf ? ? C CYS 725 SG ? ? ? 1_555 C CYS 747 SG ? ? B CYS 738 B CYS 760 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.022 ? ? disulf25 disulf ? ? C CYS 730 SG ? ? ? 1_555 C CYS 736 SG ? ? B CYS 743 B CYS 749 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.028 ? ? disulf26 disulf ? ? C CYS 1019 SG ? ? ? 1_555 C CYS 1030 SG ? ? B CYS 1032 B CYS 1043 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.016 ? ? disulf27 disulf ? ? C CYS 1069 SG ? ? ? 1_555 C CYS 1113 SG ? ? B CYS 1082 B CYS 1126 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.029 ? ? disulf28 disulf ? ? D CYS 22 SG ? ? ? 1_555 D CYS 95 SG ? ? C CYS 22 C CYS 95 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.034 ? ? disulf29 disulf ? ? E CYS 2 SG ? ? ? 1_555 E CYS 123 SG ? ? D CYS 15 D CYS 136 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.029 ? ? disulf30 disulf ? ? E CYS 118 SG ? ? ? 1_555 E CYS 153 SG ? ? D CYS 131 D CYS 166 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.030 ? ? disulf31 disulf ? ? E CYS 278 SG ? ? ? 1_555 E CYS 288 SG ? ? D CYS 291 D CYS 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.028 ? ? disulf32 disulf ? ? E CYS 366 SG ? ? ? 1_555 E CYS 419 SG ? ? D CYS 379 D CYS 432 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.036 ? ? disulf33 disulf ? ? E CYS 378 SG ? ? ? 1_555 E CYS 512 SG ? ? D CYS 391 D CYS 525 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.051 ? ? disulf34 disulf ? ? E CYS 467 SG ? ? ? 1_555 E CYS 475 SG ? ? D CYS 480 D CYS 488 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.031 ? ? disulf35 disulf ? ? E CYS 525 SG ? ? ? 1_555 E CYS 577 SG ? ? 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C ASN 644 ND2 ? ? ? 1_555 DA NAG . C1 ? ? B ASN 657 B NAG 1307 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.441 ? N-Glycosylation covale19 covale one ? C ASN 696 ND2 ? ? ? 1_555 EA NAG . C1 ? ? B ASN 709 B NAG 1308 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.439 ? N-Glycosylation covale20 covale one ? C ASN 704 ND2 ? ? ? 1_555 FA NAG . C1 ? ? B ASN 717 B NAG 1309 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.440 ? N-Glycosylation covale21 covale one ? C ASN 788 ND2 ? ? ? 1_555 J NAG . C1 ? ? B ASN 801 I NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.439 ? N-Glycosylation covale22 covale one ? C ASN 1061 ND2 ? ? ? 1_555 GA NAG . C1 ? ? B ASN 1074 B NAG 1310 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.440 ? N-Glycosylation covale23 covale one ? C ASN 1085 ND2 ? ? ? 1_555 K NAG . C1 ? ? B ASN 1098 K NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.432 ? N-Glycosylation covale24 covale one ? C ASN 1121 ND2 ? ? ? 1_555 L NAG . C1 ? ? B ASN 1134 L NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.425 ? N-Glycosylation covale25 covale one ? E ASN 48 ND2 ? ? ? 1_555 HA NAG . C1 ? ? D ASN 61 D NAG 1301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.438 ? 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I NAG 1 I NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.439 ? ? covale42 covale both ? K NAG . O4 ? ? ? 1_555 K NAG . C1 ? ? K NAG 1 K NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.431 ? ? covale43 covale both ? L NAG . O4 ? ? ? 1_555 L NAG . C1 ? ? L NAG 1 L NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.431 ? ? covale44 covale both ? M NAG . O4 ? ? ? 1_555 M NAG . C1 ? ? M NAG 1 M NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.445 ? ? covale45 covale both ? N NAG . O4 ? ? ? 1_555 N NAG . C1 ? ? N NAG 1 N NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.432 ? ? covale46 covale both ? O NAG . O4 ? ? ? 1_555 O NAG . C1 ? ? O NAG 1 O NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.433 ? ? covale47 covale both ? P NAG . O4 ? ? ? 1_555 P NAG . C1 ? ? 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NAG D 1305 ? 1_555 ASN D 616 ? 1_555 C1 ND2 ASN 1 NAG N-Glycosylation Carbohydrate 20 NAG M . ? ASN E 704 ? NAG M 1 ? 1_555 ASN D 717 ? 1_555 C1 ND2 ASN 1 NAG N-Glycosylation Carbohydrate 21 NAG MA . ? ASN E 644 ? NAG D 1306 ? 1_555 ASN D 657 ? 1_555 C1 ND2 ASN 1 NAG N-Glycosylation Carbohydrate 22 NAG N . ? ASN E 788 ? NAG N 1 ? 1_555 ASN D 801 ? 1_555 C1 ND2 ASN 1 NAG N-Glycosylation Carbohydrate 23 NAG NA . ? ASN E 696 ? NAG D 1307 ? 1_555 ASN D 709 ? 1_555 C1 ND2 ASN 1 NAG N-Glycosylation Carbohydrate 24 NAG O . ? ASN E 1085 ? NAG O 1 ? 1_555 ASN D 1098 ? 1_555 C1 ND2 ASN 1 NAG N-Glycosylation Carbohydrate 25 NAG OA . ? ASN E 1061 ? NAG D 1308 ? 1_555 ASN D 1074 ? 1_555 C1 ND2 ASN 1 NAG N-Glycosylation Carbohydrate 26 NAG P . ? ASN E 1121 ? NAG P 1 ? 1_555 ASN D 1134 ? 1_555 C1 ND2 ASN 1 NAG N-Glycosylation Carbohydrate 27 NAG Q . ? ASN B 269 ? NAG A 1301 ? 1_555 ASN A 282 ? 1_555 C1 ND2 ASN 1 NAG N-Glycosylation Carbohydrate 28 NAG R . ? ASN B 318 ? 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