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D . n # loop_ _pdbx_nonpoly_scheme.asym_id _pdbx_nonpoly_scheme.entity_id _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code F 3 NAG 1 1301 6 NAG NAG A . G 3 NAG 1 1302 7 NAG NAG A . H 3 NAG 1 1301 3 NAG NAG B . I 3 NAG 1 1302 4 NAG NAG B . J 3 NAG 1 1303 5 NAG NAG B . K 3 NAG 1 1301 1 NAG NAG D . 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'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.695 ? 21495 ? f_angle_d ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 5.556 ? 2141 ? f_dihedral_angle_d ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.049 ? 2378 ? f_chiral_restr ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.006 ? 2776 ? f_plane_restr ? ? # _struct.entry_id 8G7B _struct.title 'SARS-CoV-2 spike/Nb3 complex with 1 RBD up and 2 Nb3 (local refinement)' _struct.pdbx_model_details ? _struct.pdbx_formula_weight ? _struct.pdbx_formula_weight_method ? _struct.pdbx_model_type_details ? _struct.pdbx_CASP_flag N # _struct_keywords.entry_id 8G7B _struct_keywords.text 'SARS-CoV-2, VIRAL PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex, Nanobody' _struct_keywords.pdbx_keywords 'VIRAL PROTEIN/IMMUNE SYSTEM' # loop_ _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.entity_id _struct_asym.details A N N 1 ? B N N 2 ? C N N 2 ? D N N 1 ? E N N 2 ? F N N 3 ? G N N 3 ? H N N 3 ? I N N 3 ? J N N 3 ? K N N 3 ? L N N 3 ? # loop_ _struct_ref.id _struct_ref.db_name _struct_ref.db_code _struct_ref.pdbx_db_accession _struct_ref.pdbx_db_isoform _struct_ref.entity_id _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code _struct_ref.pdbx_align_begin 1 PDB 8G7B 8G7B ? 1 ? 1 2 UNP SPIKE_SARS2 P0DTC2 ? 2 ;QCVNLTTRTQLPPAYTNSFTRGVYYPDKVFRSSVLHSTQDLFLPFFSNVTWFHAIHVSGTNGTKRFDNPVLPFNDGVYFA STEKSNIIRGWIFGTTLDSKTQSLLIVNNATNVVIKVCEFQFCNDPFLGVYYHKNNKSWMESEFRVYSSANNCTFEYVSQ PFLMDLEGKQGNFKNLREFVFKNIDGYFKIYSKHTPINLVRDLPQGFSALEPLVDLPIGINITRFQTLLALHRSYLTPGD SSSGWTAGAAAYYVGYLQPRTFLLKYNENGTITDAVDCALDPLSETKCTLKSFTVEKGIYQTSNFRVQPTESIVRFPNIT NLCPFGEVFNATRFASVYAWNRKRISNCVADYSVLYNSASFSTFKCYGVSPTKLNDLCFTNVYADSFVIRGDEVRQIAPG QTGKIADYNYKLPDDFTGCVIAWNSNNLDSKVGGNYNYLYRLFRKSNLKPFERDISTEIYQAGSTPCNGVEGFNCYFPLQ SYGFQPTNGVGYQPYRVVVLSFELLHAPATVCGPKKSTNLVKNKCVNFNFNGLTGTGVLTESNKKFLPFQQFGRDIADTT DAVRDPQTLEILDITPCSFGGVSVITPGTNTSNQVAVLYQDVNCTEVPVAIHADQLTPTWRVYSTGSNVFQTRAGCLIGA EHVNNSYECDIPIGAGICASYQTQTNSPRRARSVASQSIIAYTMSLGAENSVAYSNNSIAIPTNFTISVTTEILPVSMTK TSVDCTMYICGDSTECSNLLLQYGSFCTQLNRALTGIAVEQDKNTQEVFAQVKQIYKTPPIKDFGGFNFSQILPDPSKPS KRSFIEDLLFNKVTLADAGFIKQYGDCLGDIAARDLICAQKFNGLTVLPPLLTDEMIAQYTSALLAGTITSGWTFGAGAA LQIPFAMQMAYRFNGIGVTQNVLYENQKLIANQFNSAIGKIQDSLSSTASALGKLQDVVNQNAQALNTLVKQLSSNFGAI SSVLNDILSRLDKVEAEVQIDRLITGRLQSLQTYVTQQLIRAAEIRASANLAATKMSECVLGQSKRVDFCGKGYHLMSFP QSAPHGVVFLHVTYVPAQEKNFTTAPAICHDGKAHFPREGVFVSNGTHWFVTQRNFYEPQIITTDNTFVSGNCDVVIGIV NNTVYDPLQPELDSFKEELDKYFKNHTSPDVDLGDISGINASVVNIQKEIDRLNEVAKNLNESLIDLQELGKYEQYIK ; 14 # loop_ _struct_ref_seq.align_id _struct_ref_seq.ref_id _struct_ref_seq.pdbx_PDB_id_code _struct_ref_seq.pdbx_strand_id _struct_ref_seq.seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.seq_align_end _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_db_accession _struct_ref_seq.db_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_db_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.db_align_end _struct_ref_seq.pdbx_db_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_end 1 1 8G7B E 1 ? 138 ? 8G7B -1 ? 136 ? -1 136 2 2 8G7B A 1 ? 1198 ? 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SER D 438 SER D 443 1 ? 6 # _struct_conf_type.id HELX_P _struct_conf_type.criteria ? _struct_conf_type.reference ? # loop_ _struct_conn.id _struct_conn.conn_type_id _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag _struct_conn.pdbx_PDB_id _struct_conn.ptnr1_label_asym_id _struct_conn.ptnr1_label_comp_id _struct_conn.ptnr1_label_seq_id _struct_conn.ptnr1_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id _struct_conn.ptnr1_symmetry _struct_conn.ptnr2_label_asym_id _struct_conn.ptnr2_label_comp_id _struct_conn.ptnr2_label_seq_id _struct_conn.ptnr2_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_symmetry _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code _struct_conn.details _struct_conn.pdbx_dist_value _struct_conn.pdbx_value_order _struct_conn.pdbx_role disulf1 disulf ? ? 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C CYS 118 SG ? ? ? 1_555 C CYS 153 SG ? ? B CYS 131 B CYS 166 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.025 ? ? disulf11 disulf ? ? C CYS 278 SG ? ? ? 1_555 C CYS 288 SG ? ? B CYS 291 B CYS 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.027 ? ? disulf12 disulf ? ? C CYS 366 SG ? ? ? 1_555 C CYS 419 SG ? ? B CYS 379 B CYS 432 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.032 ? ? disulf13 disulf ? ? C CYS 467 SG ? ? ? 1_555 C CYS 475 SG ? ? B CYS 480 B CYS 488 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.030 ? ? disulf14 disulf ? ? C CYS 525 SG ? ? ? 1_555 C CYS 577 SG ? ? B CYS 538 B CYS 590 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.032 ? ? disulf15 disulf ? ? D CYS 24 SG ? ? ? 1_555 D CYS 97 SG ? ? C CYS 22 C CYS 95 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.007 ? ? disulf16 disulf ? ? E CYS 2 SG ? ? ? 1_555 E CYS 123 SG ? ? D CYS 15 D CYS 136 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.030 ? ? disulf17 disulf ? ? E CYS 118 SG ? ? ? 1_555 E CYS 153 SG ? ? D CYS 131 D CYS 166 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.031 ? ? disulf18 disulf ? ? E CYS 278 SG ? ? ? 1_555 E CYS 288 SG ? ? D CYS 291 D CYS 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.026 ? ? disulf19 disulf ? ? E CYS 366 SG ? ? ? 1_555 E CYS 419 SG ? ? D CYS 379 D CYS 432 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.030 ? ? disulf20 disulf ? ? E CYS 467 SG ? ? ? 1_555 E CYS 475 SG ? ? D CYS 480 D CYS 488 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.031 ? ? disulf21 disulf ? ? E CYS 525 SG ? ? ? 1_555 E CYS 577 SG ? ? D CYS 538 D CYS 590 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.025 ? ? covale1 covale one ? B ASN 318 ND2 ? ? ? 1_555 F NAG . C1 ? ? A ASN 331 A NAG 1301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.442 ? N-Glycosylation covale2 covale one ? B ASN 330 ND2 ? ? ? 1_555 G NAG . C1 ? ? A ASN 343 A NAG 1302 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.442 ? N-Glycosylation covale3 covale one ? C ASN 152 ND2 ? ? ? 1_555 J NAG . C1 ? ? B ASN 165 B NAG 1303 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.442 ? N-Glycosylation covale4 covale one ? C ASN 318 ND2 ? ? ? 1_555 H NAG . C1 ? ? B ASN 331 B NAG 1301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.441 ? N-Glycosylation covale5 covale one ? C ASN 330 ND2 ? ? ? 1_555 I NAG . C1 ? ? B ASN 343 B NAG 1302 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.445 ? N-Glycosylation covale6 covale one ? E ASN 318 ND2 ? ? ? 1_555 K NAG . C1 ? ? D ASN 331 D NAG 1301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.451 ? N-Glycosylation covale7 covale one ? E ASN 330 ND2 ? ? ? 1_555 L NAG . C1 ? ? D ASN 343 D NAG 1302 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.441 ? N-Glycosylation # loop_ _struct_conn_type.id _struct_conn_type.criteria _struct_conn_type.reference disulf ? ? covale ? ? # loop_ _pdbx_modification_feature.ordinal _pdbx_modification_feature.label_comp_id _pdbx_modification_feature.label_asym_id _pdbx_modification_feature.label_seq_id _pdbx_modification_feature.label_alt_id _pdbx_modification_feature.modified_residue_label_comp_id _pdbx_modification_feature.modified_residue_label_asym_id _pdbx_modification_feature.modified_residue_label_seq_id _pdbx_modification_feature.modified_residue_label_alt_id _pdbx_modification_feature.auth_comp_id _pdbx_modification_feature.auth_asym_id _pdbx_modification_feature.auth_seq_id _pdbx_modification_feature.PDB_ins_code _pdbx_modification_feature.symmetry _pdbx_modification_feature.modified_residue_auth_comp_id _pdbx_modification_feature.modified_residue_auth_asym_id _pdbx_modification_feature.modified_residue_auth_seq_id _pdbx_modification_feature.modified_residue_PDB_ins_code _pdbx_modification_feature.modified_residue_symmetry _pdbx_modification_feature.comp_id_linking_atom _pdbx_modification_feature.modified_residue_id_linking_atom _pdbx_modification_feature.modified_residue_id _pdbx_modification_feature.ref_pcm_id _pdbx_modification_feature.ref_comp_id _pdbx_modification_feature.type _pdbx_modification_feature.category 1 NAG F . ? ASN B 318 ? NAG A 1301 ? 1_555 ASN A 331 ? 1_555 C1 ND2 ASN 1 NAG N-Glycosylation Carbohydrate 2 NAG G . ? ASN B 330 ? NAG A 1302 ? 1_555 ASN A 343 ? 1_555 C1 ND2 ASN 1 NAG N-Glycosylation Carbohydrate 3 NAG H . ? ASN C 318 ? NAG B 1301 ? 1_555 ASN B 331 ? 1_555 C1 ND2 ASN 1 NAG N-Glycosylation Carbohydrate 4 NAG I . ? ASN C 330 ? NAG B 1302 ? 1_555 ASN B 343 ? 1_555 C1 ND2 ASN 1 NAG N-Glycosylation Carbohydrate 5 NAG J . ? ASN C 152 ? NAG B 1303 ? 1_555 ASN B 165 ? 1_555 C1 ND2 ASN 1 NAG N-Glycosylation Carbohydrate 6 NAG K . ? ASN E 318 ? NAG D 1301 ? 1_555 ASN D 331 ? 1_555 C1 ND2 ASN 1 NAG N-Glycosylation Carbohydrate 7 NAG L . ? ASN E 330 ? NAG D 1302 ? 1_555 ASN D 343 ? 1_555 C1 ND2 ASN 1 NAG N-Glycosylation Carbohydrate 8 CYS A 24 ? CYS A 97 ? CYS E 22 ? 1_555 CYS E 95 ? 1_555 SG SG . . . None 'Disulfide bridge' 9 CYS B 2 ? CYS B 123 ? CYS A 15 ? 1_555 CYS A 136 ? 1_555 SG SG . . . None 'Disulfide bridge' 10 CYS B 118 ? CYS B 153 ? CYS A 131 ? 1_555 CYS A 166 ? 1_555 SG SG . . . None 'Disulfide bridge' 11 CYS B 278 ? CYS B 288 ? CYS A 291 ? 1_555 CYS A 301 ? 1_555 SG SG . . . None 'Disulfide bridge' 12 CYS B 323 ? CYS B 348 ? CYS A 336 ? 1_555 CYS A 361 ? 1_555 SG SG . . . None 'Disulfide bridge' 13 CYS B 366 ? CYS B 419 ? CYS A 379 ? 1_555 CYS A 432 ? 1_555 SG SG . . . None 'Disulfide bridge' 14 CYS B 467 ? CYS B 475 ? CYS A 480 ? 1_555 CYS A 488 ? 1_555 SG SG . . . None 'Disulfide bridge' 15 CYS B 525 ? CYS B 577 ? CYS A 538 ? 1_555 CYS A 590 ? 1_555 SG SG . . . None 'Disulfide bridge' 16 CYS C 2 ? CYS C 123 ? CYS B 15 ? 1_555 CYS B 136 ? 1_555 SG SG . . . None 'Disulfide bridge' 17 CYS C 118 ? CYS C 153 ? CYS B 131 ? 1_555 CYS B 166 ? 1_555 SG SG . . . None 'Disulfide bridge' 18 CYS C 278 ? CYS C 288 ? CYS B 291 ? 1_555 CYS B 301 ? 1_555 SG SG . . . None 'Disulfide bridge' 19 CYS C 366 ? CYS C 419 ? CYS B 379 ? 1_555 CYS B 432 ? 1_555 SG SG . . . None 'Disulfide bridge' 20 CYS C 467 ? CYS C 475 ? CYS B 480 ? 1_555 CYS B 488 ? 1_555 SG SG . . . None 'Disulfide bridge' 21 CYS C 525 ? CYS C 577 ? CYS B 538 ? 1_555 CYS B 590 ? 1_555 SG SG . . . None 'Disulfide bridge' 22 CYS D 24 ? CYS D 97 ? CYS C 22 ? 1_555 CYS C 95 ? 1_555 SG SG . . . None 'Disulfide bridge' 23 CYS E 2 ? CYS E 123 ? CYS D 15 ? 1_555 CYS D 136 ? 1_555 SG SG . . . None 'Disulfide bridge' 24 CYS E 118 ? CYS E 153 ? CYS D 131 ? 1_555 CYS D 166 ? 1_555 SG SG . . . None 'Disulfide bridge' 25 CYS E 278 ? CYS E 288 ? CYS D 291 ? 1_555 CYS D 301 ? 1_555 SG SG . . . None 'Disulfide bridge' 26 CYS E 366 ? CYS E 419 ? CYS D 379 ? 1_555 CYS D 432 ? 1_555 SG SG . . . None 'Disulfide bridge' 27 CYS E 467 ? CYS E 475 ? CYS D 480 ? 1_555 CYS D 488 ? 1_555 SG SG . . . None 'Disulfide bridge' 28 CYS E 525 ? CYS E 577 ? CYS D 538 ? 1_555 CYS D 590 ? 1_555 SG SG . . . None 'Disulfide bridge' # loop_ _struct_sheet.id _struct_sheet.type _struct_sheet.number_strands _struct_sheet.details AA1 ? 4 ? AA2 ? 5 ? AA3 ? 4 ? AA4 ? 2 ? AA5 ? 8 ? AA6 ? 7 ? AA7 ? 3 ? AA8 ? 2 ? AA9 ? 4 ? AB1 ? 6 ? AB2 ? 5 ? AB3 ? 2 ? AB4 ? 2 ? AB5 ? 6 ? AB6 ? 7 ? AB7 ? 3 ? AB8 ? 2 ? AB9 ? 4 ? AC1 ? 6 ? AC2 ? 5 ? AC3 ? 5 ? AC4 ? 2 ? AC5 ? 2 ? AC6 ? 2 ? AC7 ? 4 ? AC8 ? 2 ? AC9 ? 5 ? AD1 ? 7 ? AD2 ? 3 ? AD3 ? 2 ? AD4 ? 4 ? AD5 ? 6 ? AD6 ? 5 ? AD7 ? 2 ? AD8 ? 2 ? # loop_ _struct_sheet_order.sheet_id _struct_sheet_order.range_id_1 _struct_sheet_order.range_id_2 _struct_sheet_order.offset _struct_sheet_order.sense AA1 1 2 ? anti-parallel AA1 2 3 ? anti-parallel AA1 3 4 ? anti-parallel AA2 1 2 ? parallel AA2 2 3 ? anti-parallel AA2 3 4 ? anti-parallel AA2 4 5 ? anti-parallel AA3 1 2 ? parallel AA3 2 3 ? anti-parallel AA3 3 4 ? anti-parallel AA4 1 2 ? parallel AA5 1 2 ? anti-parallel AA5 2 3 ? anti-parallel AA5 3 4 ? anti-parallel AA5 4 5 ? anti-parallel AA5 5 6 ? anti-parallel AA5 6 7 ? anti-parallel AA5 7 8 ? parallel AA6 1 2 ? parallel AA6 2 3 ? anti-parallel AA6 3 4 ? anti-parallel AA6 4 5 ? anti-parallel AA6 5 6 ? anti-parallel AA6 6 7 ? parallel AA7 1 2 ? anti-parallel AA7 2 3 ? anti-parallel AA8 1 2 ? anti-parallel AA9 1 2 ? anti-parallel AA9 2 3 ? parallel AA9 3 4 ? anti-parallel AB1 1 2 ? anti-parallel AB1 2 3 ? anti-parallel AB1 3 4 ? anti-parallel AB1 4 5 ? anti-parallel AB1 5 6 ? anti-parallel AB2 1 2 ? anti-parallel AB2 2 3 ? anti-parallel AB2 3 4 ? anti-parallel AB2 4 5 ? anti-parallel AB3 1 2 ? parallel AB4 1 2 ? anti-parallel AB5 1 2 ? anti-parallel AB5 2 3 ? anti-parallel AB5 3 4 ? anti-parallel AB5 4 5 ? anti-parallel AB5 5 6 ? parallel AB6 1 2 ? anti-parallel AB6 2 3 ? anti-parallel AB6 3 4 ? anti-parallel AB6 4 5 ? anti-parallel AB6 5 6 ? anti-parallel AB6 6 7 ? anti-parallel AB7 1 2 ? anti-parallel AB7 2 3 ? anti-parallel AB8 1 2 ? anti-parallel AB9 1 2 ? anti-parallel AB9 2 3 ? parallel AB9 3 4 ? anti-parallel AC1 1 2 ? anti-parallel AC1 2 3 ? anti-parallel AC1 3 4 ? anti-parallel AC1 4 5 ? anti-parallel AC1 5 6 ? anti-parallel AC2 1 2 ? parallel AC2 2 3 ? anti-parallel AC2 3 4 ? anti-parallel AC2 4 5 ? anti-parallel AC3 1 2 ? anti-parallel AC3 2 3 ? anti-parallel AC3 3 4 ? anti-parallel AC3 4 5 ? anti-parallel AC4 1 2 ? parallel AC5 1 2 ? anti-parallel AC6 1 2 ? anti-parallel AC7 1 2 ? anti-parallel AC7 2 3 ? anti-parallel AC7 3 4 ? anti-parallel AC8 1 2 ? parallel AC9 1 2 ? anti-parallel AC9 2 3 ? anti-parallel AC9 3 4 ? anti-parallel AC9 4 5 ? anti-parallel AD1 1 2 ? anti-parallel AD1 2 3 ? anti-parallel AD1 3 4 ? anti-parallel AD1 4 5 ? anti-parallel AD1 5 6 ? anti-parallel AD1 6 7 ? anti-parallel AD2 1 2 ? anti-parallel AD2 2 3 ? anti-parallel AD3 1 2 ? anti-parallel AD4 1 2 ? anti-parallel AD4 2 3 ? parallel AD4 3 4 ? anti-parallel AD5 1 2 ? anti-parallel AD5 2 3 ? anti-parallel AD5 3 4 ? anti-parallel AD5 4 5 ? anti-parallel AD5 5 6 ? anti-parallel AD6 1 2 ? anti-parallel AD6 2 3 ? anti-parallel AD6 3 4 ? anti-parallel AD6 4 5 ? anti-parallel AD7 1 2 ? anti-parallel AD8 1 2 ? anti-parallel # loop_ _struct_sheet_range.sheet_id _struct_sheet_range.id _struct_sheet_range.beg_label_comp_id _struct_sheet_range.beg_label_asym_id _struct_sheet_range.beg_label_seq_id _struct_sheet_range.pdbx_beg_PDB_ins_code _struct_sheet_range.end_label_comp_id _struct_sheet_range.end_label_asym_id _struct_sheet_range.end_label_seq_id _struct_sheet_range.pdbx_end_PDB_ins_code _struct_sheet_range.beg_auth_comp_id _struct_sheet_range.beg_auth_asym_id _struct_sheet_range.beg_auth_seq_id _struct_sheet_range.end_auth_comp_id _struct_sheet_range.end_auth_asym_id _struct_sheet_range.end_auth_seq_id AA1 1 LEU A 6 ? 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