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D . n # loop_ _pdbx_nonpoly_scheme.asym_id _pdbx_nonpoly_scheme.entity_id _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code F 3 NAG 1 1301 6 NAG NAG A . G 3 NAG 1 1302 7 NAG NAG A . H 3 NAG 1 1301 3 NAG NAG B . I 3 NAG 1 1302 4 NAG NAG B . J 3 NAG 1 1303 5 NAG NAG B . K 3 NAG 1 1301 1 NAG NAG D . 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'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.695 ? 21495 ? f_angle_d ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 5.556 ? 2141 ? f_dihedral_angle_d ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.049 ? 2378 ? f_chiral_restr ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.006 ? 2776 ? f_plane_restr ? ? # _struct.entry_id 8G7B _struct.title 'SARS-CoV-2 spike/Nb3 complex with 1 RBD up and 2 Nb3 (local refinement)' _struct.pdbx_model_details ? _struct.pdbx_formula_weight ? _struct.pdbx_formula_weight_method ? _struct.pdbx_model_type_details ? _struct.pdbx_CASP_flag N # _struct_keywords.entry_id 8G7B _struct_keywords.text 'SARS-CoV-2, VIRAL PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex, Nanobody' _struct_keywords.pdbx_keywords 'VIRAL PROTEIN/IMMUNE SYSTEM' # loop_ _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.entity_id _struct_asym.details A N N 1 ? B N N 2 ? C N N 2 ? D N N 1 ? E N N 2 ? F N N 3 ? G N N 3 ? H N N 3 ? I N N 3 ? J N N 3 ? K N N 3 ? L N N 3 ? # loop_ _struct_ref.id _struct_ref.db_name _struct_ref.db_code _struct_ref.pdbx_db_accession _struct_ref.pdbx_db_isoform _struct_ref.entity_id _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code _struct_ref.pdbx_align_begin 1 PDB 8G7B 8G7B ? 1 ? 1 2 UNP SPIKE_SARS2 P0DTC2 ? 2 ;QCVNLTTRTQLPPAYTNSFTRGVYYPDKVFRSSVLHSTQDLFLPFFSNVTWFHAIHVSGTNGTKRFDNPVLPFNDGVYFA STEKSNIIRGWIFGTTLDSKTQSLLIVNNATNVVIKVCEFQFCNDPFLGVYYHKNNKSWMESEFRVYSSANNCTFEYVSQ PFLMDLEGKQGNFKNLREFVFKNIDGYFKIYSKHTPINLVRDLPQGFSALEPLVDLPIGINITRFQTLLALHRSYLTPGD SSSGWTAGAAAYYVGYLQPRTFLLKYNENGTITDAVDCALDPLSETKCTLKSFTVEKGIYQTSNFRVQPTESIVRFPNIT NLCPFGEVFNATRFASVYAWNRKRISNCVADYSVLYNSASFSTFKCYGVSPTKLNDLCFTNVYADSFVIRGDEVRQIAPG QTGKIADYNYKLPDDFTGCVIAWNSNNLDSKVGGNYNYLYRLFRKSNLKPFERDISTEIYQAGSTPCNGVEGFNCYFPLQ SYGFQPTNGVGYQPYRVVVLSFELLHAPATVCGPKKSTNLVKNKCVNFNFNGLTGTGVLTESNKKFLPFQQFGRDIADTT DAVRDPQTLEILDITPCSFGGVSVITPGTNTSNQVAVLYQDVNCTEVPVAIHADQLTPTWRVYSTGSNVFQTRAGCLIGA EHVNNSYECDIPIGAGICASYQTQTNSPRRARSVASQSIIAYTMSLGAENSVAYSNNSIAIPTNFTISVTTEILPVSMTK TSVDCTMYICGDSTECSNLLLQYGSFCTQLNRALTGIAVEQDKNTQEVFAQVKQIYKTPPIKDFGGFNFSQILPDPSKPS KRSFIEDLLFNKVTLADAGFIKQYGDCLGDIAARDLICAQKFNGLTVLPPLLTDEMIAQYTSALLAGTITSGWTFGAGAA LQIPFAMQMAYRFNGIGVTQNVLYENQKLIANQFNSAIGKIQDSLSSTASALGKLQDVVNQNAQALNTLVKQLSSNFGAI SSVLNDILSRLDKVEAEVQIDRLITGRLQSLQTYVTQQLIRAAEIRASANLAATKMSECVLGQSKRVDFCGKGYHLMSFP QSAPHGVVFLHVTYVPAQEKNFTTAPAICHDGKAHFPREGVFVSNGTHWFVTQRNFYEPQIITTDNTFVSGNCDVVIGIV NNTVYDPLQPELDSFKEELDKYFKNHTSPDVDLGDISGINASVVNIQKEIDRLNEVAKNLNESLIDLQELGKYEQYIK ; 14 # loop_ _struct_ref_seq.align_id _struct_ref_seq.ref_id _struct_ref_seq.pdbx_PDB_id_code _struct_ref_seq.pdbx_strand_id _struct_ref_seq.seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.seq_align_end _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_db_accession _struct_ref_seq.db_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_db_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.db_align_end _struct_ref_seq.pdbx_db_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_end 1 1 8G7B E 1 ? 138 ? 8G7B -1 ? 136 ? -1 136 2 2 8G7B A 1 ? 1198 ? 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SER D 438 SER D 443 1 ? 6 # _struct_conf_type.id HELX_P _struct_conf_type.criteria ? _struct_conf_type.reference ? # loop_ _struct_conn.id _struct_conn.conn_type_id _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag _struct_conn.pdbx_PDB_id _struct_conn.ptnr1_label_asym_id _struct_conn.ptnr1_label_comp_id _struct_conn.ptnr1_label_seq_id _struct_conn.ptnr1_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id _struct_conn.ptnr1_symmetry _struct_conn.ptnr2_label_asym_id _struct_conn.ptnr2_label_comp_id _struct_conn.ptnr2_label_seq_id _struct_conn.ptnr2_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_symmetry _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code _struct_conn.details _struct_conn.pdbx_dist_value _struct_conn.pdbx_value_order _struct_conn.pdbx_role disulf1 disulf ? ? 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C CYS 118 SG ? ? ? 1_555 C CYS 153 SG ? ? B CYS 131 B CYS 166 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.025 ? ? disulf11 disulf ? ? C CYS 278 SG ? ? ? 1_555 C CYS 288 SG ? ? B CYS 291 B CYS 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.027 ? ? disulf12 disulf ? ? C CYS 366 SG ? ? ? 1_555 C CYS 419 SG ? ? B CYS 379 B CYS 432 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.032 ? ? disulf13 disulf ? ? C CYS 467 SG ? ? ? 1_555 C CYS 475 SG ? ? B CYS 480 B CYS 488 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.030 ? ? disulf14 disulf ? ? C CYS 525 SG ? ? ? 1_555 C CYS 577 SG ? ? B CYS 538 B CYS 590 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.032 ? ? disulf15 disulf ? ? D CYS 24 SG ? ? ? 1_555 D CYS 97 SG ? ? C CYS 22 C CYS 95 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.007 ? ? disulf16 disulf ? ? E CYS 2 SG ? ? ? 1_555 E CYS 123 SG ? ? D CYS 15 D CYS 136 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.030 ? ? disulf17 disulf ? ? E CYS 118 SG ? ? ? 1_555 E CYS 153 SG ? ? D CYS 131 D CYS 166 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.031 ? ? disulf18 disulf ? ? E CYS 278 SG ? ? ? 1_555 E CYS 288 SG ? ? D CYS 291 D CYS 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.026 ? ? disulf19 disulf ? ? E CYS 366 SG ? ? ? 1_555 E CYS 419 SG ? ? D CYS 379 D CYS 432 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.030 ? ? disulf20 disulf ? ? E CYS 467 SG ? ? ? 1_555 E CYS 475 SG ? ? D CYS 480 D CYS 488 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.031 ? ? disulf21 disulf ? ? E CYS 525 SG ? ? ? 1_555 E CYS 577 SG ? ? D CYS 538 D CYS 590 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.025 ? ? covale1 covale one ? B ASN 318 ND2 ? ? ? 1_555 F NAG . C1 ? ? A ASN 331 A NAG 1301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.442 ? N-Glycosylation covale2 covale one ? B ASN 330 ND2 ? ? ? 1_555 G NAG . C1 ? ? A ASN 343 A NAG 1302 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.442 ? N-Glycosylation covale3 covale one ? C ASN 152 ND2 ? ? ? 1_555 J NAG . C1 ? ? B ASN 165 B NAG 1303 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.442 ? N-Glycosylation covale4 covale one ? C ASN 318 ND2 ? ? ? 1_555 H NAG . C1 ? ? B ASN 331 B NAG 1301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.441 ? N-Glycosylation covale5 covale one ? C ASN 330 ND2 ? ? ? 1_555 I NAG . C1 ? ? B ASN 343 B NAG 1302 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.445 ? N-Glycosylation covale6 covale one ? E ASN 318 ND2 ? ? ? 1_555 K NAG . C1 ? ? D ASN 331 D NAG 1301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.451 ? N-Glycosylation covale7 covale one ? E ASN 330 ND2 ? ? ? 1_555 L NAG . C1 ? ? D ASN 343 D NAG 1302 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.441 ? N-Glycosylation # loop_ _struct_conn_type.id _struct_conn_type.criteria _struct_conn_type.reference disulf ? ? covale ? ? # loop_ _struct_sheet.id _struct_sheet.type _struct_sheet.number_strands _struct_sheet.details AA1 ? 4 ? AA2 ? 5 ? AA3 ? 4 ? AA4 ? 2 ? AA5 ? 8 ? AA6 ? 7 ? AA7 ? 3 ? AA8 ? 2 ? AA9 ? 4 ? AB1 ? 6 ? AB2 ? 5 ? AB3 ? 2 ? AB4 ? 2 ? AB5 ? 6 ? AB6 ? 7 ? AB7 ? 3 ? AB8 ? 2 ? AB9 ? 4 ? AC1 ? 6 ? AC2 ? 5 ? AC3 ? 5 ? AC4 ? 2 ? AC5 ? 2 ? AC6 ? 2 ? AC7 ? 4 ? AC8 ? 2 ? AC9 ? 5 ? AD1 ? 7 ? AD2 ? 3 ? AD3 ? 2 ? AD4 ? 4 ? AD5 ? 6 ? AD6 ? 5 ? AD7 ? 2 ? AD8 ? 2 ? # loop_ _struct_sheet_order.sheet_id _struct_sheet_order.range_id_1 _struct_sheet_order.range_id_2 _struct_sheet_order.offset _struct_sheet_order.sense AA1 1 2 ? anti-parallel AA1 2 3 ? anti-parallel AA1 3 4 ? anti-parallel AA2 1 2 ? parallel AA2 2 3 ? anti-parallel AA2 3 4 ? anti-parallel AA2 4 5 ? anti-parallel AA3 1 2 ? parallel AA3 2 3 ? anti-parallel AA3 3 4 ? anti-parallel AA4 1 2 ? parallel AA5 1 2 ? anti-parallel AA5 2 3 ? anti-parallel AA5 3 4 ? anti-parallel AA5 4 5 ? anti-parallel AA5 5 6 ? anti-parallel AA5 6 7 ? anti-parallel AA5 7 8 ? parallel AA6 1 2 ? parallel AA6 2 3 ? anti-parallel AA6 3 4 ? anti-parallel AA6 4 5 ? anti-parallel AA6 5 6 ? anti-parallel AA6 6 7 ? parallel AA7 1 2 ? anti-parallel AA7 2 3 ? anti-parallel AA8 1 2 ? anti-parallel AA9 1 2 ? anti-parallel AA9 2 3 ? parallel AA9 3 4 ? anti-parallel AB1 1 2 ? anti-parallel AB1 2 3 ? anti-parallel AB1 3 4 ? anti-parallel AB1 4 5 ? anti-parallel AB1 5 6 ? anti-parallel AB2 1 2 ? anti-parallel AB2 2 3 ? anti-parallel AB2 3 4 ? anti-parallel AB2 4 5 ? anti-parallel AB3 1 2 ? parallel AB4 1 2 ? anti-parallel AB5 1 2 ? anti-parallel AB5 2 3 ? anti-parallel AB5 3 4 ? anti-parallel AB5 4 5 ? anti-parallel AB5 5 6 ? parallel AB6 1 2 ? anti-parallel AB6 2 3 ? anti-parallel AB6 3 4 ? anti-parallel AB6 4 5 ? anti-parallel AB6 5 6 ? anti-parallel AB6 6 7 ? anti-parallel AB7 1 2 ? anti-parallel AB7 2 3 ? anti-parallel AB8 1 2 ? anti-parallel AB9 1 2 ? anti-parallel AB9 2 3 ? parallel AB9 3 4 ? anti-parallel AC1 1 2 ? anti-parallel AC1 2 3 ? anti-parallel AC1 3 4 ? anti-parallel AC1 4 5 ? anti-parallel AC1 5 6 ? anti-parallel AC2 1 2 ? parallel AC2 2 3 ? anti-parallel AC2 3 4 ? anti-parallel AC2 4 5 ? anti-parallel AC3 1 2 ? anti-parallel AC3 2 3 ? anti-parallel AC3 3 4 ? anti-parallel AC3 4 5 ? anti-parallel AC4 1 2 ? parallel AC5 1 2 ? anti-parallel AC6 1 2 ? anti-parallel AC7 1 2 ? anti-parallel AC7 2 3 ? anti-parallel AC7 3 4 ? anti-parallel AC8 1 2 ? parallel AC9 1 2 ? anti-parallel AC9 2 3 ? anti-parallel AC9 3 4 ? anti-parallel AC9 4 5 ? anti-parallel AD1 1 2 ? anti-parallel AD1 2 3 ? anti-parallel AD1 3 4 ? anti-parallel AD1 4 5 ? anti-parallel AD1 5 6 ? anti-parallel AD1 6 7 ? anti-parallel AD2 1 2 ? anti-parallel AD2 2 3 ? anti-parallel AD3 1 2 ? anti-parallel AD4 1 2 ? anti-parallel AD4 2 3 ? parallel AD4 3 4 ? anti-parallel AD5 1 2 ? anti-parallel AD5 2 3 ? anti-parallel AD5 3 4 ? anti-parallel AD5 4 5 ? anti-parallel AD5 5 6 ? anti-parallel AD6 1 2 ? anti-parallel AD6 2 3 ? anti-parallel AD6 3 4 ? anti-parallel AD6 4 5 ? anti-parallel AD7 1 2 ? anti-parallel AD8 1 2 ? anti-parallel # loop_ _struct_sheet_range.sheet_id _struct_sheet_range.id _struct_sheet_range.beg_label_comp_id _struct_sheet_range.beg_label_asym_id _struct_sheet_range.beg_label_seq_id _struct_sheet_range.pdbx_beg_PDB_ins_code _struct_sheet_range.end_label_comp_id _struct_sheet_range.end_label_asym_id _struct_sheet_range.end_label_seq_id _struct_sheet_range.pdbx_end_PDB_ins_code _struct_sheet_range.beg_auth_comp_id _struct_sheet_range.beg_auth_asym_id _struct_sheet_range.beg_auth_seq_id _struct_sheet_range.end_auth_comp_id _struct_sheet_range.end_auth_asym_id _struct_sheet_range.end_auth_seq_id AA1 1 LEU A 6 ? 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PRO B 217 ? ALA A 222 PRO A 230 AA5 8 VAL B 23 ? TYR B 24 ? VAL A 36 TYR A 37 AA6 1 VAL B 29 ? PHE B 30 ? VAL A 42 PHE A 43 AA6 2 PHE E 552 ? GLY E 553 ? PHE D 565 GLY D 566 AA6 3 ALA E 562 ? ARG E 564 ? ALA D 575 ARG D 577 AA6 4 ILE E 571 ? THR E 575 ? ILE D 584 THR D 588 AA6 5 LEU E 533 ? GLU E 541 ? LEU D 546 GLU D 554 AA6 6 VAL E 526 ? PHE E 530 ? VAL D 539 PHE D 543 AA6 7 SER E 312 ? ARG E 315 ? SER D 325 ARG D 328 AA7 1 VAL B 34 ? PHE B 42 ? VAL A 47 PHE A 55 AA7 2 GLN B 258 ? TYR B 266 ? GLN A 271 TYR A 279 AA7 3 ILE B 272 ? ASP B 277 ? ILE A 285 ASP A 290 AA8 1 ILE B 55 ? VAL B 57 ? ILE A 68 VAL A 70 AA8 2 LYS B 64 ? PHE B 66 ? LYS A 77 PHE A 79 AA9 1 LEU B 71 ? PRO B 72 ? LEU A 84 PRO A 85 AA9 2 ARG B 224 ? LEU B 231 ? ARG A 237 LEU A 244 AA9 3 LEU B 128 ? TYR B 132 ? LEU A 141 TYR A 145 AA9 4 MET B 140 ? PHE B 144 ? MET A 153 PHE A 157 AB1 1 LEU B 71 ? PRO B 72 ? LEU A 84 PRO A 85 AB1 2 ARG B 224 ? LEU B 231 ? ARG A 237 LEU A 244 AB1 3 ILE B 88 ? GLY B 94 ? ILE A 101 GLY A 107 AB1 4 SER B 103 ? ASN B 108 ? SER A 116 ASN A 121 AB1 5 VAL B 113 ? CYS B 118 ? VAL A 126 CYS A 131 AB1 6 PHE B 155 ? TYR B 157 ? PHE A 168 TYR A 170 AB2 1 ASN B 341 ? ILE B 345 ? ASN A 354 ILE A 358 AB2 2 ASN B 381 ? ILE B 389 ? ASN A 394 ILE A 402 AB2 3 TYR B 495 ? GLU B 503 ? TYR A 508 GLU A 516 AB2 4 GLY B 418 ? ASN B 424 ? GLY A 431 ASN A 437 AB2 5 THR B 363 ? TYR B 367 ? THR A 376 TYR A 380 AB3 1 CYS B 348 ? VAL B 349 ? CYS A 361 VAL A 362 AB3 2 VAL B 511 ? CYS B 512 ? VAL A 524 CYS A 525 AB4 1 LEU B 439 ? ARG B 441 ? LEU A 452 ARG A 454 AB4 2 LEU B 479 ? SER B 481 ? LEU A 492 SER A 494 AB5 1 VAL B 526 ? PHE B 530 ? VAL A 539 PHE A 543 AB5 2 LEU B 533 ? GLU B 541 ? LEU A 546 GLU A 554 AB5 3 ILE B 571 ? THR B 575 ? ILE A 584 THR A 588 AB5 4 ALA B 562 ? ARG B 564 ? ALA A 575 ARG A 577 AB5 5 PHE B 552 ? GLY B 553 ? PHE A 565 GLY A 566 AB5 6 VAL C 29 ? PHE C 30 ? VAL B 42 PHE B 43 AB6 1 TYR C 15 ? ASN C 17 ? TYR B 28 ASN B 30 AB6 2 ASN C 48 ? HIS C 53 ? ASN B 61 HIS B 66 AB6 3 ALA C 251 ? TYR C 256 ? ALA B 264 TYR B 269 AB6 4 VAL C 77 ? GLU C 83 ? VAL B 90 GLU B 96 AB6 5 ASN C 175 ? ILE C 184 ? ASN B 188 ILE B 197 AB6 6 TYR C 187 ? PRO C 196 ? TYR B 200 PRO B 209 AB6 7 GLU C 211 ? PRO C 217 ? GLU B 224 PRO B 230 AB7 1 VAL C 34 ? PHE C 42 ? VAL B 47 PHE B 55 AB7 2 GLN C 258 ? TYR C 266 ? GLN B 271 TYR B 279 AB7 3 ILE C 272 ? ASP C 277 ? ILE B 285 ASP B 290 AB8 1 ILE C 55 ? VAL C 57 ? ILE B 68 VAL B 70 AB8 2 LYS C 64 ? PHE C 66 ? LYS B 77 PHE B 79 AB9 1 LEU C 71 ? PRO C 72 ? LEU B 84 PRO B 85 AB9 2 ARG C 224 ? LEU C 231 ? ARG B 237 LEU B 244 AB9 3 PHE C 127 ? TYR C 132 ? PHE B 140 TYR B 145 AB9 4 MET C 140 ? PHE C 144 ? MET B 153 PHE B 157 AC1 1 LEU C 71 ? PRO C 72 ? LEU B 84 PRO B 85 AC1 2 ARG C 224 ? LEU C 231 ? ARG B 237 LEU B 244 AC1 3 ILE C 88 ? GLY C 94 ? ILE B 101 GLY B 107 AC1 4 SER C 103 ? ASN C 108 ? SER B 116 ASN B 121 AC1 5 VAL C 113 ? CYS C 118 ? VAL B 126 CYS B 131 AC1 6 GLU C 156 ? TYR C 157 ? 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