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EMDB EMD-29845 ? ? # loop_ _pdbx_database_related.db_name _pdbx_database_related.details _pdbx_database_related.db_id _pdbx_database_related.content_type EMDB 'Nucleosome with human LIN28B sequence in complex with Human Oct4' EMD-29845 'associated EM volume' EMDB 'Human Oct4 bound to nucleosome with human nMatn1 sequence (focused refinement of Oct4 bound region)' EMD-29841 'other EM volume' EMDB 'Human Oct4 bound to nucleosome with human nMatn1 sequence (focused refinement of nucleosome)' EMD-29837 'other EM volume' EMDB 'Human Oct4 bound to nucleosome with human nMatn1 sequence' EMD-29843 'other EM volume' EMDB 'Human Oct4 bound to nucleosome with human LIN28B sequence' EMD-29846 'other EM volume' EMDB 'Human Oct4 bound to nucleosome with human LIN28B sequence' EMD-29850 'other EM volume' PDB 'Human Oct4 bound to nucleosome with human nMatn1 sequence (focused refinement of nucleosome)' 8G86 unspecified PDB 'Human Oct4 bound to nucleosome with human nMatn1 sequence (focused refinement of Oct4 bound region)' 8G87 unspecified PDB 'Human Oct4 bound to nucleosome with human nMatn1 sequence' 8G88 unspecified PDB 'Human Oct4 bound to nucleosome with human LIN28B sequence' 8G8E unspecified PDB 'Human Oct4 bound to nucleosome with human LIN28B sequence' 8G8G unspecified # _pdbx_database_status.status_code REL _pdbx_database_status.status_code_sf ? _pdbx_database_status.status_code_mr ? _pdbx_database_status.entry_id 8G8B _pdbx_database_status.recvd_initial_deposition_date 2023-02-17 _pdbx_database_status.SG_entry N _pdbx_database_status.deposit_site RCSB _pdbx_database_status.process_site RCSB _pdbx_database_status.status_code_cs ? _pdbx_database_status.status_code_nmr_data ? _pdbx_database_status.methods_development_category ? _pdbx_database_status.pdb_format_compatible Y # loop_ _audit_author.name _audit_author.pdbx_ordinal _audit_author.identifier_ORCID 'Sinha, K.K.' 1 0000-0001-7884-7664 'Bilokapic, S.' 2 0000-0003-2199-2929 'Du, Y.' 3 0000-0001-8015-6037 'Malik, D.' 4 0000-0001-5155-0262 'Halic, M.' 5 0000-0002-0061-7372 # _citation.abstract ? _citation.abstract_id_CAS ? _citation.book_id_ISBN ? _citation.book_publisher ? _citation.book_publisher_city ? _citation.book_title ? _citation.coordinate_linkage ? _citation.country UK _citation.database_id_Medline ? _citation.details ? _citation.id primary _citation.journal_abbrev Nature _citation.journal_id_ASTM NATUAS _citation.journal_id_CSD 0006 _citation.journal_id_ISSN 1476-4687 _citation.journal_full ? _citation.journal_issue ? _citation.journal_volume 619 _citation.language ? _citation.page_first 378 _citation.page_last 384 _citation.title 'Histone modifications regulate pioneer transcription factor cooperativity.' _citation.year 2023 _citation.database_id_CSD ? _citation.pdbx_database_id_DOI 10.1038/s41586-023-06112-6 _citation.pdbx_database_id_PubMed 37225990 _citation.pdbx_database_id_patent ? _citation.unpublished_flag ? # loop_ _citation_author.citation_id _citation_author.name _citation_author.ordinal _citation_author.identifier_ORCID primary 'Sinha, K.K.' 1 ? primary 'Bilokapic, S.' 2 ? primary 'Du, Y.' 3 ? primary 'Malik, D.' 4 ? primary 'Halic, M.' 5 ? # _cell.angle_alpha 90.00 _cell.angle_alpha_esd ? _cell.angle_beta 90.00 _cell.angle_beta_esd ? _cell.angle_gamma 90.00 _cell.angle_gamma_esd ? _cell.entry_id 8G8B _cell.details ? _cell.formula_units_Z ? _cell.length_a 1.00 _cell.length_a_esd ? _cell.length_b 1.00 _cell.length_b_esd ? _cell.length_c 1.00 _cell.length_c_esd ? _cell.volume ? _cell.volume_esd ? _cell.Z_PDB ? _cell.reciprocal_angle_alpha ? _cell.reciprocal_angle_beta ? _cell.reciprocal_angle_gamma ? _cell.reciprocal_angle_alpha_esd ? _cell.reciprocal_angle_beta_esd ? _cell.reciprocal_angle_gamma_esd ? _cell.reciprocal_length_a ? _cell.reciprocal_length_b ? _cell.reciprocal_length_c ? _cell.reciprocal_length_a_esd ? _cell.reciprocal_length_b_esd ? _cell.reciprocal_length_c_esd ? _cell.pdbx_unique_axis ? _cell.pdbx_esd_method ? # _symmetry.entry_id 8G8B _symmetry.cell_setting ? _symmetry.Int_Tables_number 1 _symmetry.space_group_name_Hall ? _symmetry.space_group_name_H-M 'P 1' _symmetry.pdbx_full_space_group_name_H-M ? # loop_ _entity.id _entity.type _entity.src_method _entity.pdbx_description _entity.formula_weight _entity.pdbx_number_of_molecules _entity.pdbx_ec _entity.pdbx_mutation _entity.pdbx_fragment _entity.details 1 polymer man 'Histone H3' 15303.930 2 ? ? ? 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'polypeptide(L)' no no ;SGRGKGGKGLGKGGAKRHRKVLRDNIQGITKPAIRRLARRGGVKRISGLIYEETRGVLKVFLENVIRDAVTYTEHAKRKT VTAMDVVYALKRQGRTLYGFGG ; ;SGRGKGGKGLGKGGAKRHRKVLRDNIQGITKPAIRRLARRGGVKRISGLIYEETRGVLKVFLENVIRDAVTYTEHAKRKT VTAMDVVYALKRQGRTLYGFGG ; B,F ? 3 'polypeptide(L)' no no ;SGRGKQGGKTRAKAKTRSSRAGLQFPVGRVHRLLRKGNYAERVGAGAPVYLAAVLEYLTAEILELAGNAARDNKKTRIIP RHLQLAVRNDEELNKLLGRVTIAQGGVLPNIQSVLLPKKTESSKSAKSK ; ;SGRGKQGGKTRAKAKTRSSRAGLQFPVGRVHRLLRKGNYAERVGAGAPVYLAAVLEYLTAEILELAGNAARDNKKTRIIP RHLQLAVRNDEELNKLLGRVTIAQGGVLPNIQSVLLPKKTESSKSAKSK ; C,G ? 4 'polypeptide(L)' no no ;AKSAPAPKKGSKKAVTKTQKKDGKKRRKTRKESYAIYVYKVLKQVHPDTGISSKAMSIMNSFVNDVFERIAGEASRLAHY NKRSTITSREIQTAVRLLLPGELAKHAVSEGTKAVTKYTSAK ; ;AKSAPAPKKGSKKAVTKTQKKDGKKRRKTRKESYAIYVYKVLKQVHPDTGISSKAMSIMNSFVNDVFERIAGEASRLAHY NKRSTITSREIQTAVRLLLPGELAKHAVSEGTKAVTKYTSAK ; D,H ? 5 polydeoxyribonucleotide no no ;(DA)(DC)(DA)(DT)(DG)(DC)(DA)(DC)(DA)(DC)(DA)(DT)(DG)(DC)(DT)(DA)(DA)(DT)(DA)(DT) 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J 71 ? I -70 ? J 70 ? 1 I DT 4 1_555 J DA 183 1_555 I DG 5 1_555 J DC 182 1_555 -0.328 0.509 3.266 -6.559 9.626 40.753 -0.305 -0.233 3.310 13.493 9.194 42.317 2 II_DT-70DG-69:DC69DA70_JJ I -70 ? J 70 ? I -69 ? J 69 ? 1 I DG 5 1_555 J DC 182 1_555 I DC 6 1_555 J DG 181 1_555 0.215 -0.244 3.272 -0.822 0.872 38.267 -0.481 -0.432 3.261 1.330 1.254 38.285 3 II_DG-69DC-68:DG68DC69_JJ I -69 ? J 69 ? I -68 ? J 68 ? 1 I DC 6 1_555 J DG 181 1_555 I DA 7 1_555 J DT 180 1_555 -0.368 0.366 3.096 -0.313 6.044 35.204 -0.239 0.557 3.117 9.902 0.513 35.704 4 II_DC-68DA-67:DT67DG68_JJ I -68 ? J 68 ? I -67 ? J 67 ? 1 I DA 7 1_555 J DT 180 1_555 I DC 8 1_555 J DG 179 1_555 -0.367 -0.447 3.347 -0.451 -2.169 41.394 -0.395 0.469 3.368 -3.065 0.637 41.451 5 II_DA-67DC-66:DG66DT67_JJ I -67 ? J 67 ? I -66 ? J 66 ? 1 I DC 8 1_555 J DG 179 1_555 I DA 9 1_555 J DT 178 1_555 -0.342 0.480 3.481 0.591 0.184 25.119 1.047 0.972 3.476 0.422 -1.359 25.127 6 II_DC-66DA-65:DT65DG66_JJ I -66 ? J 66 ? I -65 ? 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J 50 ? 1 I DC 24 1_555 J DG 163 1_555 I DA 25 1_555 J DT 162 1_555 -0.100 0.433 3.243 1.244 7.491 38.568 -0.252 0.297 3.263 11.209 -1.861 39.281 22 II_DC-50DA-49:DT49DG50_JJ I -50 ? J 50 ? I -49 ? J 49 ? 1 I DA 25 1_555 J DT 162 1_555 I DC 26 1_555 J DG 161 1_555 -0.066 0.195 3.401 -2.528 -0.122 33.605 0.356 -0.314 3.396 -0.211 4.366 33.697 23 II_DA-49DC-48:DG48DT49_JJ I -49 ? J 49 ? I -48 ? J 48 ? 1 I DC 26 1_555 J DG 161 1_555 I DA 27 1_555 J DT 160 1_555 -0.174 0.630 3.208 -3.816 2.603 36.745 0.646 -0.233 3.245 4.109 6.023 37.024 24 II_DC-48DA-47:DT47DG48_JJ I -48 ? J 48 ? I -47 ? J 47 ? 1 I DA 27 1_555 J DT 160 1_555 I DC 28 1_555 J DG 159 1_555 -0.280 1.204 3.501 -0.228 -10.700 41.589 2.742 0.359 3.114 -14.776 0.315 42.885 25 II_DA-47DC-46:DG46DT47_JJ I -47 ? J 47 ? I -46 ? J 46 ? 1 I DC 28 1_555 J DG 159 1_555 I DA 29 1_555 J DT 158 1_555 0.431 1.950 3.649 -1.617 -14.167 41.397 4.009 -0.738 2.847 -19.363 2.209 43.682 26 II_DC-46DA-45:DT45DG46_JJ I -46 ? J 46 ? I -45 ? 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