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'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.8562 ? 33389 ? f_angle_d ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.0639 ? 3891 ? f_chiral_restr ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.0063 ? 4154 ? f_plane_restr ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 6.7785 ? 3522 ? f_dihedral_angle_d ? ? # _struct.entry_id 8GC4 _struct.title 'Domoate-bound GluK2 kainate receptor in partially-open conformation 3' _struct.pdbx_model_details ? _struct.pdbx_formula_weight ? _struct.pdbx_formula_weight_method ? _struct.pdbx_model_type_details ? _struct.pdbx_CASP_flag N # _struct_keywords.entry_id 8GC4 _struct_keywords.text 'ion channel, glutamate kainate receptor 2, homotetramer, MEMBRANE PROTEIN, partial agonist' _struct_keywords.pdbx_keywords 'MEMBRANE PROTEIN' # loop_ _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.entity_id _struct_asym.details A N N 1 ? B N N 1 ? C N N 1 ? D N N 1 ? E N N 2 ? F N N 3 ? G N N 4 ? H N N 4 ? I N N 4 ? J N N 3 ? K N N 4 ? L N N 4 ? M N N 5 ? N N N 6 ? O N N 5 ? P N N 5 ? 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NAG B 1001 ? 1_555 ASN B 412 ? 1_555 C1 ND2 ASN 1 NAG N-Glycosylation Carbohydrate 11 NAG P . ? ASN B 242 ? NAG B 1002 ? 1_555 ASN B 275 ? 1_555 C1 ND2 ASN 1 NAG N-Glycosylation Carbohydrate 12 NAG R . ? ASN C 379 ? NAG C 1001 ? 1_555 ASN C 412 ? 1_555 C1 ND2 ASN 1 NAG N-Glycosylation Carbohydrate 13 NAG T . ? ASN D 379 ? NAG D 1001 ? 1_555 ASN D 412 ? 1_555 C1 ND2 ASN 1 NAG N-Glycosylation Carbohydrate 14 NAG U . ? ASN D 242 ? NAG D 1002 ? 1_555 ASN D 275 ? 1_555 C1 ND2 ASN 1 NAG N-Glycosylation Carbohydrate 15 CYS A 63 ? CYS A 314 ? CYS A 96 ? 1_555 CYS A 347 ? 1_555 SG SG . . . None 'Disulfide bridge' 16 CYS B 63 ? CYS B 314 ? CYS B 96 ? 1_555 CYS B 347 ? 1_555 SG SG . . . None 'Disulfide bridge' 17 CYS C 63 ? CYS C 314 ? CYS C 96 ? 1_555 CYS C 347 ? 1_555 SG SG . . . None 'Disulfide bridge' 18 CYS D 63 ? CYS D 314 ? CYS D 96 ? 1_555 CYS D 347 ? 1_555 SG SG . . . None 'Disulfide bridge' # loop_ _struct_sheet.id _struct_sheet.type _struct_sheet.number_strands _struct_sheet.details AA1 ? 2 ? AA2 ? 5 ? AA3 ? 7 ? AA4 ? 2 ? AA5 ? 3 ? AA6 ? 2 ? AA7 ? 2 ? AA8 ? 4 ? AA9 ? 4 ? AB1 ? 5 ? AB2 ? 7 ? AB3 ? 2 ? AB4 ? 2 ? AB5 ? 2 ? AB6 ? 2 ? AB7 ? 3 ? AB8 ? 4 ? AB9 ? 2 ? AC1 ? 5 ? AC2 ? 7 ? AC3 ? 2 ? AC4 ? 3 ? AC5 ? 2 ? AC6 ? 2 ? AC7 ? 2 ? AC8 ? 2 ? AC9 ? 5 ? AD1 ? 8 ? AD2 ? 2 ? AD3 ? 2 ? AD4 ? 2 ? AD5 ? 4 ? # loop_ _struct_sheet_order.sheet_id _struct_sheet_order.range_id_1 _struct_sheet_order.range_id_2 _struct_sheet_order.offset _struct_sheet_order.sense AA1 1 2 ? parallel AA2 1 2 ? parallel AA2 2 3 ? parallel AA2 3 4 ? parallel AA2 4 5 ? parallel AA3 1 2 ? parallel AA3 2 3 ? parallel AA3 3 4 ? parallel AA3 4 5 ? parallel AA3 5 6 ? anti-parallel AA3 6 7 ? anti-parallel AA4 1 2 ? anti-parallel AA5 1 2 ? parallel AA5 2 3 ? parallel AA6 1 2 ? anti-parallel AA7 1 2 ? anti-parallel AA8 1 2 ? parallel AA8 2 3 ? anti-parallel AA8 3 4 ? anti-parallel AA9 1 2 ? parallel AA9 2 3 ? anti-parallel AA9 3 4 ? anti-parallel AB1 1 2 ? parallel AB1 2 3 ? parallel AB1 3 4 ? parallel AB1 4 5 ? parallel AB2 1 2 ? parallel AB2 2 3 ? parallel AB2 3 4 ? parallel AB2 4 5 ? parallel AB2 5 6 ? anti-parallel AB2 6 7 ? anti-parallel AB3 1 2 ? anti-parallel AB4 1 2 ? anti-parallel AB5 1 2 ? parallel AB6 1 2 ? anti-parallel AB7 1 2 ? anti-parallel AB7 2 3 ? anti-parallel AB8 1 2 ? parallel AB8 2 3 ? anti-parallel AB8 3 4 ? anti-parallel AB9 1 2 ? parallel AC1 1 2 ? parallel AC1 2 3 ? parallel AC1 3 4 ? parallel AC1 4 5 ? parallel AC2 1 2 ? parallel AC2 2 3 ? parallel AC2 3 4 ? parallel AC2 4 5 ? parallel AC2 5 6 ? anti-parallel AC2 6 7 ? anti-parallel AC3 1 2 ? anti-parallel AC4 1 2 ? parallel AC4 2 3 ? parallel AC5 1 2 ? anti-parallel AC6 1 2 ? anti-parallel AC7 1 2 ? anti-parallel AC8 1 2 ? parallel AC9 1 2 ? parallel AC9 2 3 ? parallel AC9 3 4 ? parallel AC9 4 5 ? parallel AD1 1 2 ? parallel AD1 2 3 ? parallel AD1 3 4 ? parallel AD1 4 5 ? parallel AD1 5 6 ? anti-parallel AD1 6 7 ? anti-parallel AD1 7 8 ? anti-parallel AD2 1 2 ? anti-parallel AD3 1 2 ? parallel AD4 1 2 ? anti-parallel AD5 1 2 ? parallel AD5 2 3 ? anti-parallel AD5 3 4 ? anti-parallel # loop_ _struct_sheet_range.sheet_id _struct_sheet_range.id _struct_sheet_range.beg_label_comp_id _struct_sheet_range.beg_label_asym_id _struct_sheet_range.beg_label_seq_id _struct_sheet_range.pdbx_beg_PDB_ins_code _struct_sheet_range.end_label_comp_id _struct_sheet_range.end_label_asym_id _struct_sheet_range.end_label_seq_id _struct_sheet_range.pdbx_end_PDB_ins_code _struct_sheet_range.beg_auth_comp_id _struct_sheet_range.beg_auth_asym_id _struct_sheet_range.beg_auth_seq_id _struct_sheet_range.end_auth_comp_id _struct_sheet_range.end_auth_asym_id _struct_sheet_range.end_auth_seq_id AA1 1 VAL A 2 ? 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TRP A 498 ASN A 499 AA7 1 ASP A 495 ? PHE A 496 ? ASP A 528 PHE A 529 AA7 2 GLY A 734 ? THR A 735 ? GLY A 767 THR A 768 AA8 1 GLU A 648 ? ALA A 651 ? GLU A 681 ALA A 684 AA8 2 TYR A 700 ? GLU A 705 ? TYR A 733 GLU A 738 AA8 3 MET A 501 ? ARG A 510 ? MET A 534 ARG A 543 AA8 4 LEU A 719 ? ILE A 722 ? LEU A 752 ILE A 755 AA9 1 GLU A 648 ? ALA A 651 ? GLU A 681 ALA A 684 AA9 2 TYR A 700 ? GLU A 705 ? TYR A 733 GLU A 738 AA9 3 MET A 501 ? ARG A 510 ? MET A 534 ARG A 543 AA9 4 SER A 728 ? TYR A 731 ? SER A 761 TYR A 764 AB1 1 THR B 42 ? ILE B 50 ? THR B 75 ILE B 83 AB1 2 VAL B 2 ? GLU B 10 ? VAL B 35 GLU B 43 AB1 3 ILE B 73 ? PHE B 74 ? ILE B 106 PHE B 107 AB1 4 HIS B 96 ? GLN B 98 ? HIS B 129 GLN B 131 AB1 5 TYR B 113 ? SER B 115 ? TYR B 146 SER B 148 AB2 1 ARG B 165 ? GLN B 170 ? ARG B 198 GLN B 203 AB2 2 THR B 138 ? TYR B 143 ? THR B 171 TYR B 176 AB2 3 VAL B 193 ? ASP B 196 ? VAL B 226 ASP B 229 AB2 4 TYR B 221 ? PHE B 223 ? TYR B 254 PHE B 256 AB2 5 THR B 244 ? ARG B 247 ? 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LEU D 752 ILE D 755 # loop_ _pdbx_struct_sheet_hbond.sheet_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_id_1 _pdbx_struct_sheet_hbond.range_id_2 _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_label_atom_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_label_comp_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_label_asym_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_label_seq_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_PDB_ins_code _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_auth_atom_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_auth_comp_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_auth_asym_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_auth_seq_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_label_atom_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_label_comp_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_label_asym_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_label_seq_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_PDB_ins_code _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_auth_atom_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_auth_comp_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_auth_asym_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_auth_seq_id AA1 1 2 N LEU A 3 ? 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296 MAN C5 O5 sing N N 297 MAN C5 H5 sing N N 298 MAN C6 O6 sing N N 299 MAN C6 H61 sing N N 300 MAN C6 H62 sing N N 301 MAN O1 HO1 sing N N 302 MAN O2 HO2 sing N N 303 MAN O3 HO3 sing N N 304 MAN O4 HO4 sing N N 305 MAN O6 HO6 sing N N 306 MET N CA sing N N 307 MET N H sing N N 308 MET N H2 sing N N 309 MET CA C sing N N 310 MET CA CB sing N N 311 MET CA HA sing N N 312 MET C O doub N N 313 MET C OXT sing N N 314 MET CB CG sing N N 315 MET CB HB2 sing N N 316 MET CB HB3 sing N N 317 MET CG SD sing N N 318 MET CG HG2 sing N N 319 MET CG HG3 sing N N 320 MET SD CE sing N N 321 MET CE HE1 sing N N 322 MET CE HE2 sing N N 323 MET CE HE3 sing N N 324 MET OXT HXT sing N N 325 NAG C1 C2 sing N N 326 NAG C1 O1 sing N N 327 NAG C1 O5 sing N N 328 NAG C1 H1 sing N N 329 NAG C2 C3 sing N N 330 NAG C2 N2 sing N N 331 NAG C2 H2 sing N N 332 NAG C3 C4 sing N N 333 NAG C3 O3 sing N N 334 NAG C3 H3 sing N N 335 NAG C4 C5 sing N N 336 NAG C4 O4 sing N N 337 NAG C4 H4 sing N N 338 NAG C5 C6 sing N N 339 NAG C5 O5 sing N N 340 NAG C5 H5 sing N N 341 NAG C6 O6 sing N N 342 NAG C6 H61 sing N N 343 NAG C6 H62 sing N N 344 NAG C7 C8 sing N N 345 NAG C7 N2 sing N N 346 NAG C7 O7 doub N N 347 NAG C8 H81 sing N N 348 NAG C8 H82 sing N N 349 NAG C8 H83 sing N N 350 NAG N2 HN2 sing N N 351 NAG O1 HO1 sing N N 352 NAG O3 HO3 sing N N 353 NAG O4 HO4 sing N N 354 NAG O6 HO6 sing N N 355 PHE N CA sing N N 356 PHE N H sing N N 357 PHE N H2 sing N N 358 PHE CA C sing N N 359 PHE CA CB sing N N 360 PHE CA HA sing N N 361 PHE C O doub N N 362 PHE C OXT sing N N 363 PHE CB CG sing N N 364 PHE CB HB2 sing N N 365 PHE CB HB3 sing N N 366 PHE CG CD1 doub Y N 367 PHE CG CD2 sing Y N 368 PHE CD1 CE1 sing Y N 369 PHE CD1 HD1 sing N N 370 PHE CD2 CE2 doub Y N 371 PHE CD2 HD2 sing N N 372 PHE CE1 CZ doub Y N 373 PHE CE1 HE1 sing N N 374 PHE CE2 CZ sing Y N 375 PHE CE2 HE2 sing N N 376 PHE CZ HZ sing N N 377 PHE OXT HXT sing N N 378 PRO N CA sing N N 379 PRO N CD sing N N 380 PRO N H sing N N 381 PRO CA C 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N N 467 TYR CD2 CE2 doub Y N 468 TYR CD2 HD2 sing N N 469 TYR CE1 CZ doub Y N 470 TYR CE1 HE1 sing N N 471 TYR CE2 CZ sing Y N 472 TYR CE2 HE2 sing N N 473 TYR CZ OH sing N N 474 TYR OH HH sing N N 475 TYR OXT HXT sing N N 476 VAL N CA sing N N 477 VAL N H sing N N 478 VAL N H2 sing N N 479 VAL CA C sing N N 480 VAL CA CB sing N N 481 VAL CA HA sing N N 482 VAL C O doub N N 483 VAL C OXT sing N N 484 VAL CB CG1 sing N N 485 VAL CB CG2 sing N N 486 VAL CB HB sing N N 487 VAL CG1 HG11 sing N N 488 VAL CG1 HG12 sing N N 489 VAL CG1 HG13 sing N N 490 VAL CG2 HG21 sing N N 491 VAL CG2 HG22 sing N N 492 VAL CG2 HG23 sing N N 493 VAL OXT HXT sing N N 494 # _em_admin.current_status REL _em_admin.deposition_date 2023-03-01 _em_admin.deposition_site RCSB _em_admin.entry_id 8GC4 _em_admin.last_update 2024-11-13 _em_admin.map_release_date 2024-03-13 _em_admin.title 'Domoate-bound GluK2 kainate receptor in partially-open conformation 3' # _em_buffer_component.buffer_id 1 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particles that are later classified in several rounds of 2D and 3D classifications. The number of final classes for this dataset is 4 of which this state represents "class 2" and contains 100389 as the final number of particles. ; _em_particle_selection.id 1 _em_particle_selection.image_processing_id 1 _em_particle_selection.method ? _em_particle_selection.num_particles_selected 2481151 _em_particle_selection.reference_model ? # loop_ _em_software.category _em_software.details _em_software.id _em_software.image_processing_id _em_software.fitting_id _em_software.imaging_id _em_software.name _em_software.version 'PARTICLE SELECTION' beta 1 1 ? ? RELION 4.0 'IMAGE ACQUISITION' ? 2 ? ? 1 EPU ? MASKING ? 3 ? ? ? ? ? 'CTF CORRECTION' ? 4 1 ? ? Gctf 1.06 'LAYERLINE INDEXING' ? 5 ? ? ? ? ? 'DIFFRACTION INDEXING' ? 6 ? ? ? ? ? 'MODEL FITTING' ? 7 ? 1 ? 'UCSF ChimeraX' 1.4 OTHER ? 8 ? ? ? ? ? 'MODEL REFINEMENT' ? 9 ? 1 ? PHENIX 1.20.1.4487 'INITIAL EULER ASSIGNMENT' beta 10 1 ? ? RELION 4.0 'FINAL EULER ASSIGNMENT' beta 11 1 ? ? RELION 4.0 CLASSIFICATION beta 12 1 ? ? 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